1CUPA

Methionine core mutant of t4 lysozyme
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALMNMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Methionine and alanine substitutions show that the formation of wild-type-like structure in the carboxy-terminal domain of T4 lysozyme is a rate-limiting step in folding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-08-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1cupA00
2B75A 151LA 1L99A 222LA 1LW9A 1CU5A 3C80A 1OVHA 1TLAA 2CUUA 261LA 259LA 2IGCA 2OEAX 1C60A 230LA 1G0QA 4I7MA 1L09A 1C6NA 2B6TA 1I6SA 2HUMA 1L85A 1ZWNA 1C68A 241LA 2Q9DA 4LDEA 1T6HA 229LA 4ZPUA 3V2WA 1L90A 1LI2A 3DKEX 4ARMB 1XJUA 1CX6A 3G3XA 4I7SA 3SB7A 164LA 1L01A 1L75A 1QUHA 141LA 1L80A 2F2QA 4DJHA 2O4WA 3HTFA 225LA 130LA 1CU6A 171LA 1L68A 1L71A 2RAYX 163LA 1C6DA 1WTHA 2B6WA 1QUGA 4LDLA 1L57A 4W55A 1L91A 111LA 195LA 1C6MA 2F32A 255LA 2A4TA 1QSQA 1QT3A 1C6PA 2OTZX 4EKRA 3GUIA 2RB0X 2NTHA 3C83A 1LGUA 3G3VA 1L41A 219LA 1C6KA 1L28A 254LA 201LA 252LA 4ARPA 4YX7C 1B6IA 3PDSA 257LA 1ZURA 1JTNA 4I7TA 156LA 1C6AA 2OE9X 2RBQA 3L2XA 4DAJA 3C7WA 1CUQA 3NY9A 1C6JA 4I7JA 3GULA 4I7PA 4YXCA 128LA 129LA 1C67A 3C7YA 1QTBA 1QT8A 4GRVA 2B74A 3CDVA 1L94A 2O79A 1P2RA 1SWYA 3HDEA 1KY1A 223LA 2OU8A 4LDOA 4EJ4A 189LA 1L79A 119LA 4EXMA 1G07A 1LGXA 161LA 3NY8A 108LA 1CUPA 1L73A 173LA 1L61A 185LA 1L83A 1PQJA 1L43A 3F9LA 3V2YA 175LA 1L48A 1QUDA 1C6QA 2OU9A 1L82A 235LA 228LA 176LA 1G0JA 1OWYA 1G0KA 1L86A 1L87A 2LZMA 3RUNA 244LA 1L66A 3HU9A 1DYBA 155LA 211LA 1L72A 3CDQA 1L46A 3CDRA 4ARQB 4ARLA 4EPFA 256LA 1P7SA 1C66A 1L74A 1QTVA 1G0PA 216LA 1CVKA 215LA 1L27A 250LA 3FADA 115LA 1L14A 112LA 1DYGA 107LA 1CV6A 1JTMA 1L81A 1L07A 1JQUA 3QAKA 1L31A 1NHBA 102LA 4I7NA 1PQOA 4EKQA 1L24A 1K28A 1P56A 1L88A 1L35A 1T8FA 1L10A 3GUJA 1OV5A 1CV3A 1L51A 3OE8A 1L70A 1OVKA 227LA 2L78A 214LA 188LA 1C62A 1L02A 1SWZA 1DYAA 1P46A 3HUAA 181LA 148LE 1EPYA 1P37A 182LA 1L44A 113LA 165LA 1C6IA 127LA 3G3WA 2ANVA 243LA 239LA 1L93A 1QS9A 1C6FA 1LGWA 4YXAC 1LYEA 137LA 1L06A 110LA 1LYHA 2B6YA 1L40A 2RB2X 3HT7A 3DN1A 3SBAA 1L33A 2LC9A 3HDFA 1LYDA 262LA 3PBLA 1QS5A 2QARC 3DMVA 125LA 1L38A 1L03A 260LA 2B6ZA 3SB5A 1L96A 104LA 2ANXA 4IAPA 1G0MA 1LYGA 1DYEA 123LA 4EPIA 2Z6BA 1KW5A 1L34A 3DNAA 1G1VA 1L36A 114LA 1LPYA 1P5CA 1QTZA 172LA 3CDOA 1QT5A 168LA 152LA 1L16A 1L76A 1C6HA 1L98A 103LA 170LA 3GUMA 1L50A 4I7QA 174LA 4W59A 180LA 4AQNA 149LA 1L63A 233LA 2OE4X 3GUNA 1P3NA 3GUKA 1XJTA 1L64A 199LA 258LA 1C6LA 3DN4A 4W54A 1OWZA 186LA 1KNIA 1L65A 1PQMA 1XEPA 1QT6A 177LA 1C69A 3HH4A 4I7LA 1PQKA 2NTGA 1L0JA 3DMXA 131LA 1G0LA 1QUOA 2RBPA 1L55A 1L11A 1L22A 4W53A 1L52A 236LA 3HTGA 2RH1A 1L18A 3C8QA 3OE0A 4I7OA 4S0WA 2OE7X 1L12A 1OVJA 242LA 1QTCA 142LA 3DN2A 1L32A 4PK0A 1DYCA 2RAZX 1LI6A 192LA 1OV7A 1QSBA 210LA 3HWLA 1L23A 237LA 1SSWA 226LA 1CV5A 1L58A 4ARMA 1P36A 248LA 1L13A 1L67A 1LWKA 145LA 1LLHA 3HH3A 3SN6R 245LA 1L60A 2RB1X 1ZYTA 1L21A 1L89A 2B70A 2QB0B 240LA 2OU0X 118LA 217LA 3GUOA 196LA 1C6TA 1CX7A 1QT7A 162LA 3FA0A 1L29A 1L26A 1L15A 200LA 4W52A 224LA 1D3FA 1CU2A 1CV0A 3LZMA 147LA 138LA 3C7ZA 1L45A 1L54A 190LA 2HULA 2B72A 1L42A 1L77A 143LA 3VW7A 126LA 183LA 146LA 1D9WA 4E97A 139LA 140LA 1L08A 2LCBA 1LYJA 3HH6A 1KS3A 1SX7A 213LA 1QT4A 1QTDA 3SB9A 4W56A 4I7RA 167LA 3GUPA 1L62A 232LA 2RBOA 249LA 3C8RA 1D3MA 4DKLA 109LA 5I14A 197LA 4LZMA 1C61A 3HUKA 158LA 3FI5A 3ODUA 4W57A 1OYUA 2B6XA 2HUKA 2RBSA 3HT8A 1L00A 191LA 1P6YA 160LA 4EKPA 212LA 2O7AA 187LA 1L97A 1G1WA 234LA 1P64A 1QTHA 3L64A 7LZMA 4ARJA 1C6EA 3SB8A 3SB6A 4W51A 3DMZA 1T8GA 3DN6A 184LA 178LA 4PJZA 221LA 1L95A 1L49A 1L37A 4ARQA 209LA 3HU8A 2F47A 1T8AA 1L0KA 206LA 3NYAA 1C65A 2B73A 1L69A 1LYFA 198LA 1SSYA 1C6BA 231LA 251LA 3JR6A 3C81A 1PQIA 1L59A 1CU3A 3DN8A 1PQDA 253LA 3HTBA 4EKSA 1LI3A 1L39A 150LA 1LWGA 246LA 1CV4A 3HTDA 3UONA 1D3JA 3HH5A 3C8SA 3SBBC 3RZEA 3EMLA 4GBRB 3OE6A 1P2LA 1L30A 1C64A 1D2WA 3HUQA 1C6GA 1D2YA 1DYFA 1SX2A 2B7XA 3CDTA 3D4SA 1L92A 5LZMA 1DYDA 1L19A 205LA 1L25A 1L20A 3C82A 4K5YA 1L17A 1L56A 3F8VA 1L84A 6LZMA 169LA 1CU0A 2RBRA 3DN3A 3K2RA 1LYIA 220LA 1G0GA 2RBNA 122LA 247LA 157LA 1CTWA 238LA 1G06A 2Q9EA 3DN0A 3OE9A 159LA 1L04A 1D3NA 4OO9A 3HT9A 1KW7A 120LA 144LA 1L05A 2OTYX 1L47A 1CV1A 1L53A 4W58A 1C6CA 218LA 1KY0A 166LA 1T97A 1C63A 4I7KA 3HT6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L99A 222LA 1LW9A 1CU5A 1TLAA 230LA 3LZTA 4H9AA 1L85A 1C68A 1T6HA 229LA 4ZPUA 3M18B 1YAOA 4ML7A 4DD2A 1CX6A 4I7SA 4TWSA 1L75A 1L80A 2F2QA 1GDXA 1IC5Y 1LMAA 1XGUC 1L68A 1KXWA 2RAYX 4DYGA 2EKSC 1WTHA 1GHLA 1L57A 195LA 1C46A 1C6MA 2F32A 1YAPA 4EKRA 2DQCY 2RB0X 1G7HC 3G3VA 1KXYA 1IWWA 3B0IA 1FLWA 1ZURA 1VEDA 1JTNA 4H92A 156LA 3L2XA 4DAJA 3C7WA 1C6JA 2MEIA 4HV1A 1DKKA 2B74A 3CDVA 1P2RA 1SWYA 1FKQA 3AGHA 4YEOA 1LSCA 1KY1A 223LA 2DQDY 4B1AA 2F4GA 4EXMA 4OOTA 4KPMA 2Z18A 1CUPA 1L61A 2C8OA 185LA 1QSWA 1WQOA 2XBRA 5LVHA 1L48A 1C6QA 1GFEA 235LA 3D9AC 1G0KA 3AZ6A 4J1AA 1L86A 1LJKA 1IR9A 3AW6A 1W6ZA 2CDSA 3HU9A 1UIFA 3A95A 1J1OY 211LA 4B4JA 3CDQA 1GF7A 2BQEA 1IIZA 4EPFA 4NGZA 1LZSA 4J7VA 3FADA 2ZQ3A 3EBAB 1B7QA 3TMVA 2MEBA 1V7SA 1JTOL 2DQIY 2W1LA 3WUMA 107LA 1CV6A 4HV2A 1L07A 3P66A 2BQNA 4G9SA 1L31A 4I7NA 102LA 1GEVA 1L88A 1L35A 1L10A 3GUJA 1EQ4A 4DDAA 1CV3A 1L51A 5DN4A 3ATOA 1GFHA 1MLCE 1SWZA 3HUAA 148LE 1P37A 1L44A 1C6IA 2I25L 127LA 2ANVA 3LYZA 1E8LA 1C10A 3WU9A 4PJ2C 137LA 1LYHA 2B6YA 2GV0A 3HDFA 1I1ZA 1LYDA 1VDPA 1QS5A 4LFPA 5KXKA 4NY5A 1WTMA 3B0OA 4NGJA 4M4OA 3OK0A 125LA 2YDGA 3E3DA 1L03A 1L96A 5LA8A 4IAPA 1LYGA 3WVYA 1DPXA 4RLMA 1L34A 4HPEA 4TX7A 4X3BA 1G1VA 208LA 1B5UA 1LMPA 1L76A 3QNGA 170LA 4N5RA 4ANRA 1GE1A 3A67Y 1LHLA 3T6UA 2DKVA 1GB2A 3EMSA 1WTNA 1IOTA 1IC7Y 4Z46A 5F9UA 5B05A 3M3UA 2OE4X 1P3NA 3AZ4A 199LA 2FBBA 3DN4A 3ULRA 1KNIA 132LA 1L65A 3HH4A 4I7LA 4WLXA 3AGIA 1N4FA 3P68A 1G0LA 4CHXA 133LA 1LPIA 4LT3A 1AKIA 4ETBA 2RH1A 4OWAA 4QDNA 4I7OA 3EO5A 4S0WA 1L12A 4XJHA 242LA 3DN2A 1LZTA 1GB6A 194LA 4PK0A 1TAYA 192LA 5I54A 4HTKA 1GAZA 4H9BA 1CNSA 5B06A 1LHIA 2DQGY 1L13A 2DQAA 4H8ZA 4XJBA 145LA 1LLHA 1L60A 2RB1X 1L21A 118LA 3GUOA 196LA 1QT7A 1NQIA 1G7MC 1GD6A 4YEMA 1YKZX 2CGIA 1D3FA 1CU2A 3LZMA 4W94A 2PC2A 4XJIA 3TMXA 1L77A 1LSBA 4G49A 3VW7A 153LA 154LA 1QSAA 1QTEA 126LA 139LA 1NDMC 2LCBA 4B49A 193LA 1SX7A 1QT4A 1OUDA 2EIZC 134LA 1LZ4A 3WH1A 4I7RA 4NG8A 167LA 3W6AA 1JJ1A 3C8RA 5LVIA 1D3MA 4J1BA 4ZIXA 1UIGA 197LA 3ODUA 4W57A 5DN5A 1XGTC 1LCNA 1JJ0A 4NGKA 1GXXA 4WO9A 3WPLA 1L97A 1NF5A 7LZMA 2ZYCA 4J0LA 5FEKA 2CWIA 4DD1A 4WMGA 1JKAA 4PJZA 4II8A 2I26L 4M6DA 4ARQA 3W6CA 1T8AA 1EQEA 2B73A 1IP7A 3C81A 1PQIA 2G4PA 253LA 4LYOA 4EKSA 3TXFA 5KXNA 1IOSA 2DQFC 1GE0A 3SBBC 2MECA 1YL1X 4GBRB 1P2LA 1JWRA 1LZRA 3HUQA 3TMWA 1DYFA 1VDSA 2B7XA 4GCCA 5LZMA 1L19A 1HSXA 1P2CC 4YOPA 1RE2A 1IWXA 4K5YA 1L56A 3WXUA 4A7DA 6LYZA 1IWTA 6LZMA 1CU0A 1WVVA 4B4EA 1DPWA 220LA 1YKXX 1G0GA 1JSFA 247LA 1G06A 1H87A 3BKHA 1L04A 4LYTA 1KIQC 1HMKA 4HTNA 1I20A 1CV1A 1L53A 1WQQA 1GB5A 1KY0A 5KY1A 166LA 1T97A 4PGJB 1YAMA 1NHEA 4I7KA 3HFMY 4H9FA 1WQNA 1GEZA 3C80A 2XJWA 1LSNA 1GBWA 4ET8A 2IGCA 1BVKC 1G0QA 1HMLA 1IP3A 1IVMA 1C6NA 1I6SA 2HUMA 1A4VA 241LA 1GB8A 4DQ5A 1IP6A 1LI2A 1NKHA 3SB7A 3CSZA 1L01A 1VDTA 1HF4A 3A92A 141LA 4DJHA 2XQOA 3CB7A 4WLDA 8LYZA 1JHLA 5LXWA 2BQGA 1CKFA 5APDA 5L9JA 1B7OA 4LDLA 5L3HA 3CT1A 2A4TA 5KXMA 1QSQA 5B07A 1C6PA 1JITA 2NTHA 4C5FA 219LA 1JUGA 3PDSA 257LA 1TEWA 5LVGA 2OE9X 2RBQA 1LZ9A 1FLYA 4G4BA 1NMMA 4YXCA 4WL6A 4NSJA 4DWXA 5HLLA 2O79A 2YBLA 2YBHA 2W1MA 1V7TA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L99 A;  222L A;  1LW9 A;  1CU5 A;  1TLA A;  230L A;  3LZT A;  4H9A A;  1L85 A;  1C68 A;  1T6H A;  229L A;  4ZPU A;  3M18 B;  1YAO A;  4ML7 A;  4DD2 A;  1CX6 A;  4I7S A;  4TWS A;  1L75 A;  1L80 A;  2F2Q A;  1GDX A;  1IC5 Y;  1LMA A;  1XGU C;  1L68 A;  1KXW A;  2RAY X;  4DYG A;  2EKS C;  1WTH A;  1GHL A;  1L57 A;  195L A;  1C46 A;  1C6M A;  2F32 A;  1YAP A;  4EKR A;  2DQC Y;  2RB0 X;  1G7H C;  3G3V A;  1KXY A;  1IWW A;  3B0I A;  1FLW A;  1ZUR A;  1VED A;  1JTN A;  4H92 A;  156L A;  3L2X A;  4DAJ A;  3C7W A;  1C6J A;  2MEI A;  4HV1 A;  1DKK A;  2B74 A;  3CDV A;  1P2R A;  1SWY A;  1FKQ A;  3AGH A;  4YEO A;  1LSC A;  1KY1 A;  223L A;  2DQD Y;  4B1A A;  2F4G A;  4EXM A;  4OOT A;  4KPM A;  2Z18 A;  1CUP A;  1L61 A;  2C8O A;  185L A;  1QSW A;  1WQO A;  2XBR A;  5LVH A;  1L48 A;  1C6Q A;  1GFE A;  235L A;  3D9A C;  1G0K A;  3AZ6 A;  4J1A A;  1L86 A;  1LJK A;  1IR9 A;  3AW6 A;  1W6Z A;  2CDS A;  3HU9 A;  1UIF A;  3A95 A;  1J1O Y;  211L A;  4B4J A;  3CDQ A;  1GF7 A;  2BQE A;  1IIZ A;  4EPF A;  4NGZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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