1CV1A

T4 lysozyme mutant v111m
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGMAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Methionine and alanine substitutions show that the formation of wild-type-like structure in the carboxy-terminal domain of T4 lysozyme is a rate-limiting step in folding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-08-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1cv1A00
4IAPA 1C6JA 3HH6A 1L40A 130LA 213LA 4ARMB 2F2QA 2OU9A 1L60A 1L00A 256LA 3OE6A 1L21A 1QUHA 188LA 3HTFA 1D2YA 3HUAA 2NTHA 1LYIA 1L44A 1C6CA 1L05A 210LA 3QAKA 3DN6A 244LA 3EMLA 4PJZA 1QTZA 2B74A 164LA 1L20A 2L78A 2B70A 3NY8A 1L55A 1L69A 149LA 3HT7A 3SBAA 4DJHA 1ZURA 1L02A 1B6IA 180LA 4I7QA 1OV7A 173LA 187LA 3GUOA 246LA 1T6HA 4EKPA 1SSWA 3C7ZA 1K28A 1T8GA 1NHBA 4I7PA 252LA 235LA 1CUQA 2NTGA 1L87A 147LA 3PBLA 2ANVA 3GUNA 152LA 1DYCA 118LA 1L35A 114LA 2RAZX 218LA 3HWLA 3L64A 229LA 104LA 4I7SA 1DYGA 2HUMA 156LA 1C6HA 3FADA 4ARQA 3NYAA 3DN4A 1C66A 1QT5A 1L31A 3HH3A 3RUNA 1CV0A 1L53A 1L46A 233LA 1L04A 4GBRB 1G0LA 4EPIA 1C65A 1G1WA 1L37A 1C6PA 1C6KA 1L54A 123LA 3HDEA 3C8QA 171LA 198LA 189LA 2HULA 3L2XA 3D4SA 1DYEA 1QTCA 230LA 1C69A 4W54A 1PQMA 5I14A 4LDOA 1LWKA 3C8SA 178LA 1C6NA 1QTVA 195LA 4W53A 1LI6A 1L28A 1C6EA 122LA 192LA 1QS9A 3HH4A 239LA 1L29A 157LA 3DKEX 191LA 1L66A 1D9WA 197LA 1D2WA 1L09A 1D3MA 1XJUA 1L38A 2B7XA 232LA 2O4WA 209LA 254LA 1LYHA 249LA 3DN8A 1OVJA 4EXMA 1LI3A 234LA 1KY1A 1L61A 172LA 4W56A 2RAYX 4EKRA 2F32A 258LA 1C6AA 1C6BA 1P2RA 231LA 143LA 4YX7C 215LA 174LA 3CDTA 4YXAC 3LZMA 1JQUA 1L32A 1L48A 1C6DA 2RBSA 221LA 4ARLA 1L49A 3SB7A 1L47A 4AQNA 1L67A 140LA 1CX7A 1LGWA 4I7NA 1L19A 3K2RA 1C6QA 1G0KA 216LA 138LA 2LCBA 2OE4X 3CDRA 1L95A 168LA 1C63A 1L83A 3RZEA 200LA 158LA 3GUIA 1P37A 1L34A 255LA 1L23A 250LA 4I7KA 1LYDA 1C64A 1G06A 3OE9A 4OO9A 3GUJA 1L62A 2RH1A 4LZMA 3GUPA 1P56A 1P36A 1L84A 3CDOA 4W57A 1TLAA 1L51A 176LA 2B6XA 2RBQA 115LA 1CV4A 1LYGA 160LA 2OTYX 1L82A 1L81A 2Z6BA 3GULA 3V2WA 1P2LA 1C6GA 148LE 1QSBA 1CUPA 1PQOA 3F8VA 241LA 1L45A 1L39A 3C83A 3NY9A 3HT8A 4I7RA 2LC9A 260LA 1D3JA 1P7SA 4EPFA 1EPYA 3HDFA 1LYJA 167LA 1C60A 1P5CA 2IGCA 3DN1A 1C68A 1LYEA 3DN0A 1G07A 181LA 4YXCA 1L03A 1L16A 3OE0A 1SX7A 1L74A 1L42A 131LA 2A4TA 3VW7A 3DMVA 1L06A 4ARMA 2CUUA 4W52A 2Q9EA 110LA 1L43A 1P64A 1L65A 1L90A 1OWZA 185LA 1LLHA 4DKLA 1CV6A 1DYBA 3GUMA 220LA 1L18A 243LA 1WTHA 247LA 238LA 3C7YA 4I7TA 4I7MA 1L77A 1L13A 1L57A 201LA 1CTWA 182LA 1L52A 1CU5A 4ARJA 2OTZX 1L0JA 1L12A 2RBRA 1C6MA 1DYDA 3FI5A 1L76A 3DMXA 2OEAX 1L97A 2RB2X 2O7AA 139LA 137LA 1G0MA 1KW7A 169LA 1L64A 1XEPA 4LDLA 2B72A 1PQIA 217LA 248LA 103LA 170LA 2RBPA 1ZWNA 1L99A 1QT6A 3C8RA 1C6IA 2B73A 1P46A 251LA 259LA 1PQDA 2Q9DA 1CV5A 1L41A 1D3NA 4E97A 1L86A 1SWZA 226LA 3V2YA 3CDQA 219LA 3DMZA 1L88A 3HTGA 1DYFA 4EKSA 4EJ4A 107LA 1SX2A 3HTDA 1SWYA 2F47A 1PQJA 4ARQB 4W59A 1L14A 1C61A 2OU0X 242LA 128LA 3CDVA 1C67A 1L01A 1XJTA 1CU2A 1C62A 1PQKA 3JR6A 6LZMA 245LA 1L79A 1QTDA 1OWYA 175LA 1CVKA 1QSQA 151LA 1LYFA 1L72A 1L30A 3C7WA 2QB0B 1L93A 1P3NA 2LZMA 3C82A 2O79A 3SN6R 119LA 1P6YA 3SB5A 3C81A 145LA 166LA 3ODUA 1OV5A 3HU8A 4K5YA 3G3VA 1JTMA 150LA 1G0PA 199LA 4W51A 240LA 1L58A 109LA 1L25A 1L68A 159LA 186LA 212LA 1QT3A 1L63A 196LA 162LA 4I7OA 257LA 1L07A 4PK0A 165LA 1C6FA 1DYAA 1CV1A 111LA 1KNIA 1L71A 102LA 1T8AA 1C6LA 1L73A 112LA 1CU6A 3FA0A 2B75A 3PDSA 1CV3A 3SB9A 3SB6A 2RBNA 1L33A 4I7LA 183LA 1G1VA 1ZYTA 1L89A 1QUDA 1L85A 2RB1X 1G0QA 1OVHA 1CX6A 3HUQA 3HH5A 1KW5A 1LGXA 1L15A 1L91A 1L94A 3G3WA 253LA 2B6ZA 141LA 228LA 2B6WA 2RB0X 1QS5A 142LA 1OVKA 1L36A 1OYUA 1QT7A 205LA 4LDEA 129LA 4S0WA 2OU8A 3F9LA 4DAJA 177LA 127LA 1L98A 2RBOA 4ARPA 227LA 1L17A 3SBBC 125LA 1L70A 2B6TA 4ZPUA 2HUKA 3HU9A 1C6TA 2B6YA 2OE9X 1D3FA 261LA 1L56A 1QUOA 3G3XA 2QARC 1L80A 4W55A 1LW9A 1QT8A 225LA 1LWGA 1L75A 3DN3A 262LA 1CU0A 1KS3A 1JTNA 113LA 3C80A 3SB8A 2OE7X 2ANXA 144LA 190LA 1I6SA 4W58A 1G0GA 1L59A 1QTHA 237LA 3OE8A 155LA 223LA 206LA 1QUGA 1SSYA 211LA 1LPYA 4EKQA 222LA 1L10A 1G0JA 1LGUA 1L22A 4I7JA 1KY0A 108LA 3DNAA 3HT6A 146LA 3UONA 1L50A 1LI2A 1L08A 236LA 3HT9A 126LA 163LA 5LZMA 7LZMA 1T97A 224LA 1QT4A 120LA 161LA 1T8FA 1L26A 1L92A 184LA 1L0KA 214LA 1CU3A 3HTBA 3GUKA 4GRVA 1L24A 1QTBA 3HUKA 3DN2A 1L27A 1L11A 1L96A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2DQIY 1JKDA 1H87A 130LA 4WG7A 2CWIA 2F2QA 1L60A 2B5ZA 1XEIA 188LA 1GDXA 1LMPA 2NTHA 1LYIA 2FBDA 1C6CA 3QAKA 1QTZA 2B74A 4FDYA 1SQ2L 1L20A 2B70A 3NY8A 4PJ2C 3IJVA 3LZTA 4J1BA 3SBAA 1ZURA 1HMLA 3OJPA 1YAQA 1B5VA 1LSCA 1B9OA 1OV7A 173LA 3TXGA 1HHLA 1XGPC 3SP3A 1YL0X 1NHBA 1LSDA 1V7SA 1CUQA 1L87A 1SLYA 1ZVYB 152LA 3GUNA 5FDJA 4N5RA 114LA 1F6RA 4N1CC 1WVVA 1LZGA 1C6HA 5J7CA 4ARQA 1QT5A 2DBTA 1L04A 1C65A 4H94A 1C6PA 2C8OA 1LZNA 1L54A 2MEGA 3QY4A 4WO6A 4DT3A 4NSHA 198LA 189LA 3D4SA 1QTCA 1YKYX 1C69A 4W54A 4D9ZA 2NWDX 4G4CA 2MECA 4LDOA 1LWKA 1LJGA 1C6NA 1QTVA 122LA 192LA 1DPXA 4IJ4A 1QS9A 1GFAA 5A3EA 1L29A 194LA 5B07A 1BVKC 1LMAA 2W1MA 5KXRA 3N9AA 234LA 1REXA 7LYZA 4OWHA 4W56A 5LIOA 258LA 4M6DA 2HUBA 2BQKA 1YKZX 1P2CC 1L48A 2RBSA 1HEWA 1NWGA 3SB7A 6LYZA 4AQNA 4WM6A 140LA 1CX7A 3AB6A 1LGWA 1HEQA 5D5CA 1G0KA 5KXOA 2Z2FA 1GPQC 4WL7A 4H8ZA 5LVJA 3CSQA 1WQNA 1C63A 1CKFA 1UC0A 158LA 1GFGA 1L23A 250LA 4MSTA 1G06A 4OO9A 3GUJA 2RH1A 1TEWA 3TXIA 3CQLA 2Z19A 5IELA 1BB3A 1WQPA 1L51A 5LAFA 1L82A 1IVMA 1XGQC 3GULA 2YBHA 148LE 2A7FA 5KXKA 4DD3A 2MEDA 1B2KA 4H1PA 1DI5A 4ETAA 4AXTA 4PGJB 2H9KA 1JKAA 167LA 1P5CA 2BQMA 3RT5X 1XFPL 2IGCA 1IP3A 4ET8A 5KY1A 3DN0A 1G07A 1YILA 4WM4A 1OUJA 5DLAA 3OE0A 1A4VA 1C45A 1L74A 4HJVA 3WW5A 2DQCY 2YVBA 2MEFA 4TX7A 110LA 1XGRC 2YBLA 1LYYA 1P64A 3TXDA 3FI7A 1L65A 4DKLA 3W6BA 1L18A 3LYMA 1EQ4A 1BVXA 247LA 2HEAA 4I7TA 1JPOA 4I7MA 1LZTA 1O23A 201LA 4IATA 1CKDA 182LA 1B7NA 1LZ9A 1CU5A 1BB6A 4ARJA 1J1OY 2A7DA 3EBAB 3AJNA 1L97A 2O7AA 3WULA 4NIJA 3TMXA 139LA 3J4GA 5FELA 5KXLA 4LDLA 2B72A 217LA 1GE0A 3MGWA 2ZWBA 1F0WA 1LJFA 2B73A 1P46A 259LA 2BQHA 1OUFA 4PRQA 1AT6A 2YBMA 1IC5Y 2HEEA 3CDQA 219LA 1L88A 1LZSA 5KXPA 3HTGA 2N5ZA 1T6VL 2BQOA 1IY4A 2YBNA 1XSFA 2G4NA 1NBZC 4LT3A 8LYZA 4ZIXA 4W59A 1L14A 4DC4A 242LA 1GF6A 1RCMA 3CDVA 2WARA 1XJTA 4OWEA 1C62A 1HFYA 1UIHA 3EMSA 4H9CA 175LA 1QSQA 2HECA 4IASA 1LYFA 2QB0B 3SN6R 119LA 5B1FA 4CGEA 1JTMA 5KXMA 3WL2A 1GBZA 1G0PA 3A96A 1L58A 1L25A 4ML7A 159LA 1CKGA 1B7QA 3TXBA 1IEEA 1QT3A 1L63A 5LINA 5KJ9A 162LA 4I8SA 1G7LC 133LA 1YROA 1GF4A 102LA 5HMJA 3A95A 3N9EA 3SB6A 2RBNA 1RFPA 3WU7A 1JKCA 1IP7A 1G1VA 4NG1A 1D9UA 2RB1X 2BQDA 4NSGA 1GFUA 3HH5A 1KW5A 2YBIA 1LGXA 228LA 4DQ5A 1QS5A 142LA 1OVKA 4OOTA 1OYUA 1LAAA 2RBOA 2W1YA 4NSIA 3CSRA 4GCDA 1WTNA 1DKKA 2Y8PA 3G3XA 1LZEA 4E3UA 1GB6A 4OOOA 1GBOA 4EOFA 1GB0A 4GLVA 4X3BA 262LA 4BADA 154LA 3C80A 4PPOA 5LVHA 4WLXA 1DXJA 144LA 2BQGA 5I5QA 4UWNA 3OE8A 4NWEA 155LA 1LPYA 4I7JA 2ZQ3A 1IWXA 1T3PA 4LYMA 1HFZA 1LI2A 1BWJA 1LYOA 2BQBA 3HT9A 4DQ7A 3AGGG 4J7VA 3AYQA 4YEOA 161LA 2D91A 4NFVA 2BQJA 214LA 3HTBA 153LA 1QTBA 5HMVA 1CNSA 4W94A 207LA 1L11A 1L96A 1L84A 1CKHA 1BQLY 1LSPA 1JEFA 3HH6A 3W6EA 1LSEA 3CSZA 4BAFA 213LA 4HJZA 4WM2A 2OU9A 3WVYA 1L00A 1L21A 4OW1A 3HUAA 2H5ZA 210LA 244LA 3EMLA 4XADA 3KAMA 5B05A 1A2YC 1L55A 4QEQA 1L02A 4DD0A 2D4IA 180LA 3QNGA 3GUOA 1GFVA 3D3DA 3AW7A 1T8GA 235LA 2HEDA 1AM7A 147LA 2ANVA 2LZ2A 1GD6A 1DYCA 118LA 218LA 2MEBA 1BB7A 3WW6A 2HUMA 1FDLY 1L31A 3TXHA 3RUNA 1CV0A 1L53A 5HNLA 4GBRB 2FYDA 1C6KA 5FSTA 1LZAA 1F10A 3HDEA 1IWUA 2HULA 3L2XA 5KXNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2DQI Y;  1JKD A;  1H87 A;  130L A;  4WG7 A;  2CWI A;  2F2Q A;  1L60 A;  2B5Z A;  1XEI A;  188L A;  1GDX A;  1LMP A;  2NTH A;  1LYI A;  2FBD A;  1C6C A;  3QAK A;  1QTZ A;  2B74 A;  4FDY A;  1SQ2 L;  1L20 A;  2B70 A;  3NY8 A;  4PJ2 C;  3IJV A;  3LZT A;  4J1B A;  3SBA A;  1ZUR A;  1HML A;  3OJP A;  1YAQ A;  1B5V A;  1LSC A;  1B9O A;  1OV7 A;  173L A;  3TXG A;  1HHL A;  1XGP C;  3SP3 A;  1YL0 X;  1NHB A;  1LSD A;  1V7S A;  1CUQ A;  1L87 A;  1SLY A;  1ZVY B;  152L A;  3GUN A;  5FDJ A;  4N5R A;  114L A;  1F6R A;  4N1C C;  1WVV A;  1LZG A;  1C6H A;  5J7C A;  4ARQ A;  1QT5 A;  2DBT A;  1L04 A;  1C65 A;  4H94 A;  1C6P A;  2C8O A;  1LZN A;  1L54 A;  2MEG A;  3QY4 A;  4WO6 A;  4DT3 A;  4NSH A;  198L A;  189L A;  3D4S A;  1QTC A;  1YKY X;  1C69 A;  4W54 A;  4D9Z A;  2NWD X;  4G4C A;  2MEC A;  4LDO A;  1LWK A;  1LJG A;  1C6N A;  1QTV A;  122L A;  192L A;  1DPX A;  4IJ4 A;  1QS9 A;  1GFA A;  5A3E A;  1L29 A;  194L A;  5B07 A;  1BVK C;  1LMA A;  2W1M A;  5KXR A;  3N9A A;  234L A;  1REX A;  7LYZ A;  4OWH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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