1CV3A

T4 lysozyme mutant l121m
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMMQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Methionine and alanine substitutions show that the formation of wild-type-like structure in the carboxy-terminal domain of T4 lysozyme is a rate-limiting step in folding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-08-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1cv3A00
3HH5A 3HDEA 1CX6A 1D2WA 2OE4X 1JQUA 2OU9A 2RB2X 1P37A 4GBRB 3EMLA 3C7YA 1L83A 1L13A 1LI3A 261LA 4I7SA 212LA 2RH1A 3CDVA 1L44A 235LA 3DN3A 4ARMA 2O4WA 2Q9DA 4S0WA 3SB7A 1OWYA 3HUQA 3DKEX 3DN8A 3GULA 3GUKA 4W58A 3DN0A 164LA 190LA 1WTHA 1PQKA 4I7PA 3L2XA 1L0KA 1QS5A 3HTFA 2RAYX 1OV7A 3HDFA 122LA 1L63A 1QSBA 128LA 4DAJA 1SX2A 125LA 107LA 3G3WA 187LA 1L24A 1L45A 4EKPA 3F9LA 1OVJA 2RBNA 1CVKA 1G1VA 2A4TA 3LZMA 1L97A 229LA 257LA 1D3NA 2QARC 1CTWA 1L20A 1D9WA 1C63A 2OE9X 1DYFA 4I7KA 7LZMA 1LGXA 1L02A 225LA 1L71A 139LA 1C6FA 2B6TA 3GUOA 1LWKA 157LA 1SSYA 1P2RA 148LE 186LA 248LA 1LYIA 1PQJA 184LA 3DMXA 1T8AA 3SB6A 1CU3A 110LA 2L78A 140LA 1C6AA 3FADA 1CU0A 1L17A 1C64A 1L85A 1L35A 1L08A 1C6JA 1SWZA 2O7AA 1C69A 1L57A 1L38A 3NYAA 1C6MA 146LA 1C6NA 4EPFA 1CX7A 1QUGA 3PBLA 4EKSA 1L23A 119LA 1L42A 3HT7A 1T97A 1LI2A 195LA 2B74A 4W51A 130LA 4EKRA 4K5YA 3CDRA 242LA 145LA 220LA 1G0KA 1L26A 131LA 159LA 1L05A 222LA 1L65A 1L06A 2Z6BA 1XEPA 112LA 224LA 1G0GA 230LA 3GUPA 243LA 239LA 2CUUA 170LA 114LA 1LYFA 152LA 1L25A 1L01A 189LA 1L64A 3C83A 174LA 176LA 1K28A 3NY8A 1C62A 1QTBA 4E97A 2OTZX 3RUNA 1PQMA 1L12A 1T6HA 1L00A 129LA 185LA 236LA 1L72A 228LA 2HUKA 3SBBC 2OTYX 5I14A 1ZYTA 1CV1A 2RB1X 1L77A 172LA 4LDOA 2F47A 2IGCA 1LPYA 210LA 158LA 1L95A 209LA 226LA 1QT8A 1XJTA 1C60A 1L21A 2RBRA 3CDOA 1L40A 1LWGA 216LA 211LA 3DN2A 1LLHA 1QUHA 3DMZA 3DN1A 3HH6A 1QT5A 3PDSA 142LA 1P46A 250LA 2B73A 1L18A 1D2YA 1L39A 123LA 241LA 1L92A 141LA 232LA 3C8SA 1LI6A 4ARPA 1DYDA 149LA 1L50A 1P56A 3DNAA 1C6HA 4ARQB 3HWLA 1L51A 1L86A 1KW7A 3HUAA 150LA 1C6CA 1DYBA 2LCBA 4AQNA 2B6WA 2OU8A 1L53A 165LA 192LA 1C6EA 180LA 183LA 1L88A 1LYJA 1L75A 2QB0B 1G0QA 1QUOA 3JR6A 144LA 1QT7A 1C66A 1L69A 169LA 1L34A 3UONA 244LA 231LA 1C6BA 1QTZA 4OO9A 1L98A 1QTVA 238LA 1L67A 3C8RA 1C6TA 1L0JA 3HT8A 4PK0A 2LZMA 104LA 4I7RA 237LA 1L36A 1XJUA 178LA 1L10A 1QT6A 1L59A 1L66A 113LA 1QTDA 2B72A 1L15A 4I7OA 1CV4A 200LA 4YXAC 1D3MA 3DN4A 155LA 109LA 1CU5A 1QS9A 2RBSA 3HUKA 5LZMA 1L22A 1EPYA 1DYCA 240LA 4GRVA 3HTDA 3RZEA 3SB8A 1L60A 1OYUA 3V2YA 2Q9EA 3HU9A 2LC9A 1L96A 227LA 2OE7X 198LA 2ANVA 1L58A 1L99A 1C6QA 1C6IA 1L89A 4I7JA 118LA 4ARLA 1L19A 1L73A 102LA 223LA 108LA 1G0LA 162LA 1DYAA 1LYHA 4I7LA 147LA 1CU6A 251LA 2RAZX 4LDEA 1LYGA 1L37A 1B6IA 177LA 1L54A 1L32A 188LA 3SN6R 1L62A 3C8QA 1L14A 1T8FA 1PQOA 1PQDA 1L28A 1L04A 3CDQA 4LDLA 4EPIA 4I7NA 1L79A 1P36A 1OVHA 3SB5A 6LZMA 3GUJA 3HTBA 1SSWA 3G3XA 4DKLA 4ARMB 1T8GA 2HUMA 1G07A 3OE8A 253LA 1L82A 1D3JA 3HTGA 219LA 1CV5A 3FI5A 1P6YA 1NHBA 163LA 196LA 1L93A 1CU2A 1OVKA 2RBOA 115LA 233LA 215LA 1L55A 4EJ4A 1QSQA 1CV6A 2RB0X 256LA 1CUPA 2B6XA 4I7QA 1G06A 167LA 206LA 1C68A 2O79A 1L43A 1P64A 1L27A 201LA 254LA 2ANXA 1QUDA 1L30A 3DN6A 151LA 1DYGA 3F8VA 1QTCA 4W57A 1ZURA 1L76A 1L84A 234LA 4ARJA 1L09A 245LA 2F32A 3NY9A 1L46A 4I7TA 3HH4A 1JTNA 1ZWNA 1LW9A 1L49A 1SWYA 1KNIA 1L33A 252LA 2B70A 4EKQA 197LA 1LYEA 3SB9A 1KS3A 138LA 1D3FA 1P2LA 3FA0A 260LA 1L74A 4DJHA 1L81A 259LA 1QT4A 3OE0A 249LA 2NTHA 137LA 1C61A 3HH3A 4ZPUA 1L56A 120LA 3C81A 156LA 3HT6A 3C7ZA 1P3NA 1LYDA 2RBPA 4W54A 1L80A 2HULA 4ARQA 1C6LA 1I6SA 3CDTA 1C65A 4W59A 3SBAA 214LA 3ODUA 1OV5A 1L16A 127LA 2RBQA 3DMVA 213LA 1L47A 262LA 218LA 166LA 181LA 3G3VA 3GUIA 1L31A 1G0MA 4I7MA 1JTMA 3QAKA 171LA 3D4SA 1L11A 4W53A 4YX7C 1C67A 2NTGA 3K2RA 1QT3A 1L48A 1L41A 2OEAX 1CV3A 205LA 1PQIA 4W52A 217LA 1L70A 3C7WA 258LA 111LA 2B6YA 1L90A 3C80A 3HU8A 1LGWA 3L64A 1L29A 3C82A 182LA 1SX7A 173LA 3HT9A 1C6DA 1C6PA 1DYEA 1P5CA 4W56A 1G0PA 4W55A 255LA 247LA 1C6GA 1CUQA 1L61A 3OE9A 3GUNA 1LGUA 103LA 126LA 2B7XA 1KY0A 143LA 191LA 1L87A 221LA 2F2QA 1QTHA 160LA 246LA 1TLAA 168LA 4EXMA 1OWZA 4LZMA 3VW7A 1KW5A 1L03A 3V2WA 1L52A 1L07A 2OU0X 4IAPA 1P7SA 1L91A 4YXCA 175LA 4PJZA 1C6KA 2B75A 1KY1A 3GUMA 1CV0A 1L68A 161LA 2B6ZA 3OE6A 199LA 1G1WA 1L94A 1G0JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WPJA 2OE4X 1P37A 2XTHA 4ETAA 1L83A 1LI3A 3AZ4A 2RH1A 235LA 2HEFA 5LINA 1OWYA 5LAGA 1IP6A 4Z41A 3DKEX 1LJIA 1B7MA 4DDAA 1LZAA 1QS5A 122LA 4KL7A 1DQJC 2G4PA 1D0MA 4ZFPA 5LXWA 4DQJA 5FEKA 229LA 4TX7A 2QARC 3RNXA 2W1LA 5T3FA 3A95A 2G4NA 1L71A 139LA 4KPMA 2Q0MX 135LA 4H91A 4I0CA 5F14A 4NG1A 2BQJA 3SB6A 4LYBA 110LA 2L78A 4II8A 1C6AA 1CU0A 1IR8A 2BQKA 1YQVY 3J6KA 3NYAA 1C69A 4Z3MA 3AZ6A 1QSWA 1QUGA 1WQNA 2B74A 4W51A 4K5YA 3CDRA 1BGIA 242LA 4YOPA 2C8PA 1L26A 131LA 1NKHA 159LA 1L65A 1L06A 1XEPA 112LA 224LA 230LA 3G3BB 2DQJY 4N5RA 4B1AA 170LA 114LA 4HTKA 1LYFA 5L3HA 1IWVA 189LA 4QY9A 1C45A 176LA 4LYOA 3B72A 4XENA 4LZTA 5KXMA 185LA 4ETBA 228LA 4BAFA 4DQ5A 4LDOA 210LA 4MR1A 1L95A 4NIJA 1XJTA 1L21A 2DQEY 216LA 3DN2A 1QUHA 4DQ7A 1QT5A 142LA 250LA 4H8XA 1L18A 1L39A 4W94A 133LA 4Z46A 4NEBA 4ARPA 1DYDA 1LJHA 4U3XB 1RJCB 1NDMC 1ZVYB 1L51A 1L86A 1LZCA 4WO9A 3M18B 1YAPA 1GB2A 1L75A 1QUOA 144LA 1UUZC 1L69A 169LA 2HEEA 1GF4A 1QTZA 1VDPA 1L98A 5KXXA 1IWZA 1GFJA 1GF5A 3HT8A 1BB7A 4LGKA 4PK0A 1CKFA 4TUNA 104LA 3SP3A 1FLWA 3WPLA 6LYTA 5ILFA 1L36A 4B4JA 1L59A 1B7SA 3M3UA 1QTEA 4DDBA 1LZ8A 1IP1A 5DN4A 1QTDA 4NSJA 3TMUA 155LA 1CU5A 1QS9A 1L22A 1EPYA 4XJIA 1DYCA 1BB6A 2Z19A 1G7IC 3RZEA 1OYUA 3HU9A 1L96A 2BQDA 198LA 4PJ2C 4TSCA 1C6QA 3IJUA 4BAPA 1L19A 3TXEA 1GFTA 1L73A 223LA 1JJ1A 1G0LA 2G4QA 1UIDA 1CU6A 2RAZX 1LZ4A 1B6IA 1HEPA 188LA 1GFUA 1KXXA 4DD3A 3C8QA 5KXNA 1IOSA 1L14A 1W08A 5KXZA 1LMPA 1L04A 1UBZA 1JITA 3SB5A 4OWCA 1SSWA 1UIHA 1CKHA 3G3XA 5KXLA 1G07A 3OE8A 2BLYA 1B7RA 1DI4A 253LA 3HTGA 1CV5A 1WQMA 1P6YA 4NGKA 1DPXA 1HEOA 5ILCA 1LMQA 1L55A 4EJ4A 1D0LA 2RB0X 1IP4A 256LA 5AMYA 4XJBA 1JEFA 4I7QA 1GBSA 2O79A 5KKJA 2BPUA 154LA 1GFRA 1IR9A 1QUDA 1J1OY 1IOTA 4O34A 1BB4A 3P64A 1B5VA 1QTCA 4W57A 1JKBA 4PRQA 2VB1A 3HBDA 2F32A 3NY9A 4AGAA 3N9CA 4N8ZA 4R6CA 5F16A 4GCEA 1B7NA 3FI7A 1D3FA 260LA 1GB9A 4FJRA 1EQ5A 4DJHA 1QT4A 4PRUA 1LJNA 137LA 3HH3A 4HJZA 4ZPUA 4CFOA 120LA 1GF9A 4RW1A 156LA 3HT6A 1VDQA 1P3NA 1LYDA 1P2CC 3CDTA 4W59A 1I56A 3ODUA 1L16A 1J1PY 1IWUA 1GDWA 9LYZA 1VATA 213LA 1L47A 2MEDA 1LSEA 3A67Y 1LJKA 1UIFA 5FCPA 3W6EA 4I7MA 4H9AA 4QDNA 1L11A 5FHWA 1LSMA 3HBHA 1L48A 1L41A 1B5XA 1BQLY 2PC2A 1IWWA 258LA 2HU1A 3L64A 1L29A 4P2EA 182LA 1LSGA 1IEEA 1C6PA 1DYEA 1XFPL 255LA 2MEAA 1C6GA 1WQPA 3GUNA 1XSFA 2IFFY 1KY0A 143LA 1L87A 5M1YA 4H9IA 168LA 1QSAA 4ET8A 1GF6A 2FYDA 1LZYA 1CJ8A 4OOOA 4OWAA 1HEQA 3V2WA 4H90A 2OU0X 1P7SA 1L91A 4YXCA 3MGWA 1HFXA 1CJ7A 1L68A 161LA 1LCNA 4GCCA 2Z2EA 3BKVA 1LOZA 3WU7A 4N0JA 1G0JA 2DQCY 2RB2X 1JJ3A 3QNGA 1VEDA 1B7OA 3EMLA 1LTMA 4GBRB 2HEDA 1L13A 4YEOA 4I7SA 1J1XY 3DN3A 4XJHA 4ARMA 1GAYA 1LSYA 2FBDA 2LYOA 3P4ZA 3DN8A 3GULA 4W58A 4ETCA 3DN0A 3ZVQA 3A34A 4I7PA 3HTFA 1OV7A 1YAMA 4NSGA 1OUIA 3HDFA 1QQYA 1L63A 1SX2A 4H1PA 2W1YA 2ZYPA 2DQAA 4WG1A 2EPEA 4DD9A 4BS7A 2RBNA 4CHXA 1CVKA 1G1VA 2A4TA 2BQAA 4R0FA 3LZMA 2DQFC 1OUGA 1IC4Y 1L20A 1C63A 1DYFA 5DM9A 1C6FA 5I4WA 2B6TA 3W6DA 3GUOA 3WU8A 3B0IA 186LA 1QDTA 2IHLA 2LZTA 1L17A 1IWTA 3E3DA 1L35A 2AUBA 1L08A 4GN4A 1SWZA 1XGPC 2O7AA 1L57A 3A6CY 146LA 5FSTA 3PBLA 1L23A 119LA 1AT5A 3HT7A 3AB6A 2MEFA 130LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3WPJ A;  2OE4 X;  1P37 A;  2XTH A;  4ETA A;  1L83 A;  1LI3 A;  3AZ4 A;  2RH1 A;  235L A;  2HEF A;  5LIN A;  1OWY A;  5LAG A;  1IP6 A;  4Z41 A;  3DKE X;  1LJI A;  1B7M A;  4DDA A;  1LZA A;  1QS5 A;  122L A;  4KL7 A;  1DQJ C;  2G4P A;  1D0M A;  4ZFP A;  5LXW A;  4DQJ A;  5FEK A;  229L A;  4TX7 A;  2QAR C;  3RNX A;  2W1L A;  5T3F A;  3A95 A;  2G4N A;  1L71 A;  139L A;  4KPM A;  2Q0M X;  135L A;  4H91 A;  4I0C A;  5F14 A;  4NG1 A;  2BQJ A;  3SB6 A;  4LYB A;  110L A;  2L78 A;  4II8 A;  1C6A A;  1CU0 A;  1IR8 A;  2BQK A;  1YQV Y;  3J6K A;  3NYA A;  1C69 A;  4Z3M A;  3AZ6 A;  1QSW A;  1QUG A;  1WQN A;  2B74 A;  4W51 A;  4K5Y A;  3CDR A;  1BGI A;  242L A;  4YOP A;  2C8P A;  1L26 A;  131L A;  1NKH A;  159L A;  1L65 A;  1L06 A;  1XEP A;  112L A;  224L A;  230L A;  3G3B B;  2DQJ Y;  4N5R A;  4B1A A;  170L A;  114L A;  4HTK A;  1LYF A;  5L3H A;  1IWV A;  189L A;  4QY9 A;  1C45 A;  176L A;  4LYO A;  3B72 A;  4XEN A;  4LZT A;  5KXM A;  185L A;  4ETB A;  228L A;  4BAF A;  4DQ5 A;  4LDO A;  210L A;  4MR1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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