1CV3A

T4 lysozyme mutant l121m
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMMQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Methionine and alanine substitutions show that the formation of wild-type-like structure in the carboxy-terminal domain of T4 lysozyme is a rate-limiting step in folding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-08-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1cv3A00
4W56A 1L10A 2OTZX 4W55A 260LA 2RBPA 1LYGA 2B75A 1XEPA 3OE0A 103LA 1C63A 1L31A 1P46A 1L63A 3GUNA 1L60A 2F32A 4W52A 261LA 1DYBA 4YXCA 2LC9A 2Q9EA 1L81A 196LA 2IGCA 221LA 3RUNA 3UONA 4EKSA 1L69A 1L83A 1L40A 1KNIA 176LA 3HUQA 1L43A 1QSBA 234LA 3G3WA 119LA 1L58A 1CV6A 2O7AA 161LA 4I7KA 3HTGA 3RZEA 3OE9A 175LA 1D3FA 1G1WA 118LA 110LA 4I7JA 1LPYA 1L30A 1L94A 4ZPUA 1L70A 1PQMA 2OE4X 1L06A 2HUKA 3C83A 107LA 3PBLA 1L67A 152LA 247LA 4W58A 157LA 2RBQA 1OV7A 4AQNA 1L56A 1L79A 1T8AA 1D9WA 4EXMA 2RB1X 217LA 4W53A 223LA 2QB0B 253LA 191LA 4I7QA 1G0KA 1L82A 130LA 1LW9A 1D3NA 229LA 1P2RA 227LA 1QSQA 1T6HA 1SWYA 1QT3A 4OO9A 1L48A 1LGWA 1QUHA 201LA 2B7XA 1L46A 3GUJA 255LA 2F2QA 1L74A 2RAZX 1L95A 3NY8A 160LA 222LA 1C6TA 177LA 1D3MA 1C62A 1C6JA 1L07A 199LA 4LDLA 1KW7A 3NY9A 2O79A 142LA 4LDOA 4I7OA 143LA 2RAYX 1D2WA 1DYDA 137LA 4I7SA 250LA 3HH5A 146LA 1QS9A 1OVJA 104LA 252LA 122LA 1L68A 1I6SA 170LA 2B6YA 3HTBA 1C6HA 4EKPA 111LA 198LA 1L14A 1CV4A 155LA 1C6CA 113LA 1EPYA 2HUMA 1L39A 1L15A 1L35A 1QTHA 1P7SA 1C6KA 1L87A 3LZMA 1L86A 1P2LA 1C64A 231LA 4EPIA 5LZMA 1ZURA 1LWKA 1LI2A 1CU2A 2HULA 4EKRA 169LA 2B6WA 1P5CA 1QUDA 1L52A 190LA 3DMXA 1KY0A 228LA 1L98A 1D2YA 195LA 1LWGA 1QT4A 1L53A 129LA 1L97A 206LA 3C7ZA 3GUOA 1QT8A 108LA 185LA 172LA 246LA 4DAJA 1L0KA 1QTZA 1QUGA 3SN6R 1OWZA 1QT7A 1CV5A 1L93A 1L57A 225LA 1L75A 215LA 3F9LA 1LYFA 1L45A 1P3NA 163LA 242LA 1PQKA 3SB6A 209LA 188LA 256LA 1C65A 262LA 180LA 2A4TA 238LA 1KW5A 1CX7A 164LA 3G3VA 192LA 4ARPA 1C61A 1L84A 1LI3A 1CUPA 4YX7C 2ANXA 181LA 216LA 1G0QA 214LA 167LA 259LA 1L09A 186LA 1CX6A 1JQUA 1L92A 205LA 2CUUA 3QAKA 3HT9A 4I7MA 3SB5A 1ZYTA 3DN4A 1L61A 1C6NA 1C6LA 3DN1A 1B6IA 3D4SA 1P6YA 2B74A 1L0JA 1DYAA 4PJZA 220LA 2LZMA 151LA 3HUAA 1CU0A 2OU8A 2OU0X 1C68A 3DNAA 1C60A 1L08A 1L03A 1KY1A 2NTHA 2B72A 1XJUA 145LA 3HT6A 2RBRA 2QARC 1L76A 197LA 237LA 149LA 3K2RA 3EMLA 184LA 4DJHA 147LA 173LA 1CU6A 3DN6A 251LA 4ARMB 3SB7A 2L78A 3ODUA 4I7LA 1L22A 1L62A 1QUOA 1L02A 1L59A 4EKQA 1LYIA 3HDEA 1QTDA 1K28A 210LA 1L65A 243LA 3HUKA 235LA 248LA 3JR6A 1L28A 1QTCA 1QTVA 1T97A 2B70A 224LA 4YXAC 3HU8A 3G3XA 1SWZA 1OYUA 3C82A 1L54A 1PQDA 1QT6A 244LA 3OE6A 187LA 1C69A 258LA 1CVKA 1P56A 112LA 1G0GA 1L44A 3DMVA 1C6GA 4I7PA 236LA 131LA 174LA 6LZMA 2RB0X 1G0MA 1L49A 165LA 2RBOA 168LA 1C6AA 3CDVA 4ARLA 1CU3A 233LA 128LA 1L77A 1LYHA 240LA 3C7YA 1CV0A 3C80A 1L16A 4IAPA 2B6XA 123LA 1C6MA 3SB8A 1P36A 120LA 219LA 189LA 1G0PA 1L41A 1L42A 1G06A 1G0LA 3F8VA 3C81A 3HH6A 4W59A 162LA 1L00A 3HT8A 2B6ZA 158LA 1CV1A 254LA 1L50A 211LA 1XJTA 1TLAA 1T8FA 4E97A 4I7TA 4I7RA 1LGUA 1OWYA 3V2WA 1L47A 141LA 3CDQA 200LA 1LYJA 115LA 4K5YA 4PK0A 1L17A 1PQIA 3HWLA 4DKLA 1C6PA 1C6FA 1JTMA 1G07A 139LA 171LA 230LA 1C6EA 3OE8A 3DMZA 4ARQB 114LA 1L12A 3SB9A 1L51A 1L90A 3CDTA 1LYDA 1SSYA 183LA 3VW7A 1L72A 1G0JA 1SX2A 4W57A 1L34A 1DYCA 4W54A 4GBRB 102LA 218LA 3HU9A 1DYGA 126LA 3DN0A 1P37A 1LGXA 4LDEA 3SBBC 2Z6BA 257LA 4ARMA 127LA 2NTGA 232LA 3HTFA 226LA 2OTYX 1L05A 212LA 1KS3A 3CDRA 3L64A 1C6DA 1C66A 1QS5A 1L36A 1C6QA 1G1VA 1LLHA 4I7NA 1L27A 1L19A 1CUQA 2Q9DA 2OU9A 3HH4A 1L18A 1L99A 2RBSA 2OE7X 1CTWA 109LA 1QT5A 3DN3A 1NHBA 2LCBA 150LA 1DYFA 4EJ4A 1L23A 159LA 5I14A 1OVHA 1L64A 1OV5A 3FADA 4EPFA 4LZMA 3FA0A 1L20A 3L2XA 144LA 2ANVA 1L21A 1L04A 1L24A 2F47A 3GUIA 1WTHA 1L32A 239LA 1D3JA 166LA 1C6IA 1CV3A 3SBAA 3C8QA 1L26A 182LA 1L55A 1L11A 1L33A 1L89A 1L85A 3C8RA 3GUPA 1C6BA 2OEAX 1T8GA 1L13A 3V2YA 1OVKA 3HDFA 3HH3A 1QTBA 125LA 1LI6A 1L37A 1CU5A 1L80A 213LA 3DN8A 1L88A 1DYEA 4GRVA 3C7WA 2RB2X 241LA 178LA 2RH1A 1SX7A 2B73A 1C67A 1L38A 3NYAA 2OE9X 1L01A 1L73A 138LA 1L25A 156LA 2B6TA 3DKEX 1P64A 1JTNA 3GUMA 3GUKA 1L91A 1PQJA 4ARQA 1SSWA 4W51A 1PQOA 7LZMA 4ARJA 1L66A 3FI5A 1ZWNA 1L96A 2RBNA 3C8SA 140LA 3HTDA 249LA 1L71A 3CDOA 148LE 1LYEA 3HT7A 3PDSA 4S0WA 245LA 1L29A 3DN2A 2O4WA 3GULA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Q0MX 4GCBA 4J7VA 4W55A 3CSQA 2CGIA 1AKIA 1GB2A 3OE0A 1C63A 1L31A 1P46A 3A3QA 4WOAA 1FLQA 261LA 5HMJA 4ETCA 2Q9EA 1I56A 196LA 1WQPA 1SLYA 4EKSA 2X0AA 4G4BA 234LA 4WL6A 119LA 3AZ4A 1CV6A 2CWIA 1WQNA 4KXIA 3D3DA 207LA 1G1WA 3ATOA 4WO9A 2DQJY 4GCFA 107LA 4DC4A 1OV7A 4AQNA 1L56A 5KXPA 1T8AA 2H9JA 4W53A 2A7DA 253LA 191LA 1HC0A 1P2RA 1BWJA 3W6BA 1RE2A 1L48A 2B7XA 4ZEEA 3GUJA 255LA 3NY8A 1C6TA 1B7SA 2MEIA 3AZ7A 3WUMA 2O79A 142LA 4LDOA 4I7OA 2Z38A 4DD1A 2RAYX 1DYDA 4HTKA 9LYZA 146LA 1OVJA 3WW6A 2BQIA 3FI7A 1I20A 1DXJA 4EKPA 3FE0A 5DLAA 1HFXA 198LA 2DBTA 1L14A 4PRUA 1HEQA 2C8OA 4CHXA 1OUFA 1GE2A 1JKBA 1P7SA 3OJPA 3LZMA 3WXTA 4GLAA 1P2LA 1C64A 1MELL 231LA 5KXZA 1CJ8A 5LZMA 1H6MA 1LJEA 1LWKA 4R6CA 5APFA 4EKRA 1GFJA 1LMCA 1P5CA 2HEDA 3TXGA 3TXKA 1QT4A 206LA 3GUOA 4TX7A 1HNLA 2BQOA 3ZVQA 1OUIA 3HFMY 4GN5C 3WU9A 1L0KA 1IP6A 1XGUC 4LT0A 1LMPA 4ETAA 1QT7A 4WL7A 1LYZA 225LA 2YDGA 1I1ZA 1D0MA 1DI4A 209LA 2LHMA 5KXRA 1WTMA 3G3VA 3TMUA 2YBJA 2YVBA 1GF9A 1CUPA 2BQGA 1LTMA 1G0QA 214LA 1XGPC 259LA 2YBHA 5KKJA 1L09A 3B6LA 205LA 3SB5A 2CUUA 4I7MA 1LJ4A 5C6IA 3KAMA 3DN1A 1B6IA 1P6YA 5C6JA 5B05A 1XFPL 4NG8A 1LZGA 2OU8A 1LSPA 1LHIA 132LA 4DD0A 4NFVA 5ILCA 1LSYA 1KY1A 4WM5A 5I53A 197LA 1N4FA 237LA 3K2RA 1IWYA 2I25L 4NGYA 4ARMB 3A8ZA 2L78A 1LJNA 1LJIA 2D4IA 3WYHA 1GBWA 4IATA 1QTDA 1GFGA 5KXLA 2GV0A 210LA 1L65A 3HUKA 4YOPA 1GEVA 4UWVA 135LA 4HJVA 1LZ1A 4J1BA 1B5ZA 2MEBA 4M4OA 1SWZA 1IVMA 1JKAA 1CJ6A 1C69A 3T6UA 3A3RX 4DDAA 3DMVA 2BQFA 3A6CY 4GN4A 7LYZA 1C6AA 3CDVA 1LHJA 1LSZA 4N8ZA 3WXUA 5M1YA 3C7YA 1CV0A 4IAPA 1IC5Y 1G0PA 1L41A 2MEGA 4RLNA 1LZAA 2HEEA 2I26L 1G0LA 3WVYA 3HH6A 1IP5A 3D9AC 4ZFPA 3HT8A 2B6ZA 158LA 1HFYA 2HEBA 4BAFA 1L50A 1LGUA 2YSSC 3P4ZA 3V2WA 5J7CA 3CDQA 200LA 1LYJA 1IWXA 4H8XA 5HNLA 4DKLA 2VB1A 1C6FA 139LA 2BQAA 2RSCA 1FLWA 1L90A 1MLCE 3CDTA 3WW5A 1LHKA 2DQCY 2Z19A 1GAYA 1L34A 3HU9A 4XJBA 1LJKA 1GWDA 4LYZA 4J0LA 2MEHA 3WL2A 3HTFA 226LA 1GXXA 1L05A 212LA 3CDRA 3B0KA 3L64A 4DDBA 4UWUA 4LYTA 1L36A 2MEFA 4B1AA 5K7OA 2BQBA 4HJYA 4KPMA 1L27A 1LJFA 1CUQA 2Q9DA 1HSWA 2OU9A 1LMAA 3ULRA 4H94A 4XN6A 1LAAA 1NMMA 3TMVA 4DT3A 2BQKA 150LA 4EJ4A 1L23A 5KY1A 1NWGA 3FADA 4EPFA 1L21A 1L32A 2IHLA 5KJ9A 1JITA 2EPEA 1FDLY 3TXIA 4WLYA 3C8QA 4PGJB 1FLUA 1T6VL 1L13A 1KXWA 3V2YA 1QTBA 1EQEA 4NEBA 1L88A 1BHZA 1DYEA 4PRQA 4NGVA 3M3UA 1IR8A 1OUDA 1WVUA 1IEEA 1KIPC 241LA 3A6BY 1SX7A 1GDWA 2B73A 4ETDA 1L73A 4TTDA 3RT5X 1LJ3A 3TXEA 1UACY 1RFPA 3MGWA 3HBEX 1B7MA 4ARQA 4W51A 2F2NA 3TXBA 1L96A 2RBNA 3C8SA 1GEZA 5D5CA 1DI3A 3DN2A 2O4WA 1LYYA 4W56A 1L10A 1XEJA 1B5XA 3LZTA 4NG1A 1IO5A 1BWHA 1LYGA 1LSDA 2B75A 2HU1A 3LYZA 103LA 3TMWA 1L63A 4WLDA 5E4PA 1IOCA 2ZIJA 3A92A 4YXCA 1BVKC 4U3XB 3UONA 1L83A 3CSRA 4H93A 1L40A 5KXMA 1UICA 4WM2A 5DM9A 154LA 5HQ1A 2O7AA 4XJDA 1JKDA 4I7KA 1NDGC 3HTGA 3RZEA 3OE9A 175LA 1D3FA 118LA 1J1OY 1HENA 5B1FA 1ALCA 3QY4A 2Y8PA 1LZRA 1PQMA 2HUKA 5HLLA 4WM3A 3ATNA 1GB7A 4W58A 2W1XA 2MEDA 2BAAA 1L79A 4KT3A 5I54A 1D9WA 4LFXA 4NGWA 2QB0B 4ZIXA 4I7QA 1Z55A 2HU3A 1D3NA 229LA 5KKIA 1D0LA 1LYSA 4GCEA 1B5VA 1QT3A 1SQ2L 4GCDA 3VWOA 1L74A 2RAZX 1V7TA 222LA 1C6JA 1F6SA 4N1EI 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2Q0M X;  4GCB A;  4J7V A;  4W55 A;  3CSQ A;  2CGI A;  1AKI A;  1GB2 A;  3OE0 A;  1C63 A;  1L31 A;  1P46 A;  3A3Q A;  4WOA A;  1FLQ A;  261L A;  5HMJ A;  4ETC A;  2Q9E A;  1I56 A;  196L A;  1WQP A;  1SLY A;  4EKS A;  2X0A A;  4G4B A;  234L A;  4WL6 A;  119L A;  3AZ4 A;  1CV6 A;  2CWI A;  1WQN A;  4KXI A;  3D3D A;  207L A;  1G1W A;  3ATO A;  4WO9 A;  2DQJ Y;  4GCF A;  107L A;  4DC4 A;  1OV7 A;  4AQN A;  1L56 A;  5KXP A;  1T8A A;  2H9J A;  4W53 A;  2A7D A;  253L A;  191L A;  1HC0 A;  1P2R A;  1BWJ A;  3W6B A;  1RE2 A;  1L48 A;  2B7X A;  4ZEE A;  3GUJ A;  255L A;  3NY8 A;  1C6T A;  1B7S A;  2MEI A;  3AZ7 A;  3WUM A;  2O79 A;  142L A;  4LDO A;  4I7O A;  2Z38 A;  4DD1 A;  2RAY X;  1DYD A;  4HTK A;  9LYZ A;  146L A;  1OVJ A;  3WW6 A;  2BQI A;  3FI7 A;  1I20 A;  1DXJ A;  4EKP A;  3FE0 A;  5DLA A;  1HFX A;  198L A;  2DBT A;  1L14 A;  4PRU A;  1HEQ A;  2C8O A;  4CHX A;  1OUF A;  1GE2 A;  1JKB A;  1P7S A;  3OJP A;  3LZM A;  3WXT A;  4GLA A;  1P2L A;  1C64 A;  1MEL L;  231L A;  5KXZ A;  1CJ8 A;  5LZM A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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