1CV4A

T4 lysozyme mutant l118m
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSMRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Methionine and alanine substitutions show that the formation of wild-type-like structure in the carboxy-terminal domain of T4 lysozyme is a rate-limiting step in folding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-08-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1cv4A00
1L23A 2LCBA 195LA 1LI2A 1QSBA 126LA 1CV1A 3F8VA 1L28A 3OE8A 2B6TA 1L19A 1C69A 1G0QA 3SB6A 1EPYA 1KNIA 233LA 2O79A 1G0MA 1L64A 1L39A 232LA 2RAZX 260LA 4EXMA 151LA 2HULA 1L52A 123LA 252LA 113LA 3GUJA 1JTMA 200LA 4YX7C 2ANVA 231LA 1L48A 2CUUA 3QAKA 140LA 178LA 3OE9A 220LA 1P3NA 1C6JA 234LA 125LA 3HH4A 244LA 1L75A 3C7YA 7LZMA 1C6HA 1C66A 3F9LA 1T8FA 241LA 3HUQA 157LA 3DKEX 175LA 139LA 177LA 1DYCA 173LA 3CDVA 1L97A 1L88A 1CV6A 3CDOA 2A4TA 4LDEA 1P7SA 1KY0A 1L54A 2B6ZA 1QS5A 3CDQA 1C67A 1QS9A 3HTBA 1QT7A 1L72A 1ZWNA 1C62A 1K28A 1LYIA 4EPIA 3L64A 1C63A 196LA 4DKLA 2RH1A 119LA 2HUMA 1L66A 1DYAA 3DN6A 1L99A 4I7TA 170LA 251LA 120LA 1L62A 1L32A 1L65A 1L15A 2B70A 1CV5A 181LA 3SB7A 1L84A 2RBQA 1T6HA 1L18A 1L96A 3FA0A 1OWZA 258LA 1C6MA 3NYAA 235LA 3GUKA 156LA 1C61A 3HU8A 1L38A 4EJ4A 4I7RA 3DN1A 1L37A 1LW9A 1L40A 1L46A 3RUNA 1P46A 4W58A 118LA 1L73A 3L2XA 1L79A 2B72A 1DYDA 1XJUA 2B7XA 186LA 130LA 4DAJA 163LA 210LA 159LA 1QT8A 5LZMA 1CUPA 3G3XA 4PK0A 103LA 1T8AA 1L85A 107LA 1L0KA 1LLHA 112LA 214LA 4ARQA 1L90A 1LYGA 1L17A 199LA 4YXCA 3DN2A 164LA 1CVKA 1L00A 197LA 230LA 1CU2A 1G1WA 4EPFA 2RB2X 1L16A 2RBRA 1L76A 1D2WA 3SBBC 4ARQB 1C6BA 1G07A 1LGWA 1QT6A 4EKQA 1P2LA 1PQJA 152LA 1L67A 3HDFA 2F32A 1L06A 137LA 1C6GA 261LA 3DMVA 1SX2A 246LA 4LDOA 4OO9A 2OE9X 182LA 1L41A 166LA 1TLAA 1L12A 1L11A 1QUDA 5I14A 1ZURA 1G0GA 1ZYTA 1OYUA 1G0LA 1P56A 1C6QA 3OE6A 212LA 221LA 1L51A 1D2YA 3HWLA 149LA 1L80A 1QT5A 222LA 3FADA 1L04A 143LA 1CU0A 240LA 1L94A 1LYJA 2B6WA 2B74A 2LZMA 243LA 3V2WA 2L78A 4I7JA 2OU9A 1PQOA 1L86A 6LZMA 3HDEA 1C65A 4GBRB 1LYDA 1P64A 254LA 248LA 2F47A 110LA 3C80A 1CU6A 1LYHA 3SB5A 1P6YA 1L95A 3DNAA 1OV5A 1OV7A 1L44A 1L63A 237LA 1LWKA 1QUOA 1L58A 1L49A 4ZPUA 1QTHA 3K2RA 1QTBA 1XJTA 1L50A 1P36A 1PQMA 4LZMA 216LA 1L25A 3C81A 1P2RA 228LA 108LA 158LA 1L30A 1L34A 1L03A 1L53A 1OVJA 128LA 129LA 1DYBA 1L70A 1L27A 1QUGA 4I7NA 3C8RA 3C8QA 3V2YA 1C6PA 1QTCA 188LA 1QSQA 1CUQA 219LA 1L69A 1KW7A 4ARMA 1LGXA 161LA 1CV0A 225LA 1L01A 165LA 1L21A 3HU9A 1LYFA 3DMZA 1PQDA 1LI3A 3C82A 1G0PA 224LA 109LA 247LA 122LA 191LA 1KY1A 4I7KA 205LA 2NTHA 4ARMB 1L89A 1JTNA 3DN3A 1L31A 1L68A 180LA 1L20A 162LA 190LA 2OU8A 2Z6BA 2IGCA 4E97A 3C83A 209LA 145LA 1CX7A 1QUHA 1NHBA 2Q9DA 1G06A 1L55A 155LA 4IAPA 104LA 1L26A 3HT6A 187LA 1L43A 3EMLA 1CU3A 1CV4A 1L98A 3SN6R 259LA 3GUIA 3NY9A 1C6EA 1LPYA 1L29A 1L07A 245LA 2F2QA 172LA 185LA 3CDRA 4W56A 3SBAA 1L74A 1C68A 3HH6A 1LI6A 1PQIA 255LA 1C6LA 1L0JA 1C6KA 1D9WA 4W55A 3LZMA 2QARC 1WTHA 1L56A 4W54A 1SSYA 189LA 1C64A 1L81A 1L13A 148LE 1L59A 4I7SA 4YXAC 1L71A 2QB0B 1SX7A 4W57A 2RBNA 3HT9A 2B6YA 3HT8A 1L82A 2Q9EA 1D3JA 1SWZA 238LA 4I7QA 2B75A 1L05A 1LGUA 2OEAX 1C6AA 1XEPA 1L24A 1OVHA 144LA 1L60A 206LA 1OWYA 1L10A 4EKPA 2RBPA 4I7LA 4ARPA 192LA 1C6CA 150LA 1L57A 3PBLA 211LA 1D3FA 4DJHA 3DN0A 1D3MA 3GUNA 1T8GA 3D4SA 4K5YA 1SSWA 262LA 213LA 2ANXA 183LA 4AQNA 1C6NA 229LA 1L35A 242LA 169LA 160LA 3HTFA 215LA 1CTWA 102LA 3C7ZA 2RBOA 1QTVA 138LA 2B6XA 3NY8A 1P37A 3HTGA 1C6DA 142LA 3G3WA 250LA 1I6SA 1QT4A 2OTYX 256LA 3GUMA 2OTZX 1CV3A 2NTGA 1QTZA 3JR6A 3OE0A 3HTDA 1C6TA 1L42A 2RBSA 3PDSA 2OU0X 1CX6A 3RZEA 3HT7A 1B6IA 2RAYX 1L77A 1L33A 2O4WA 3C7WA 4W59A 2OE4X 147LA 1DYGA 1L22A 239LA 1L83A 4EKSA 3HUKA 1L02A 171LA 1DYFA 1C60A 146LA 3HH3A 141LA 1DYEA 3GUPA 1L14A 167LA 1L09A 168LA 1C6FA 2LC9A 174LA 1KS3A 3VW7A 257LA 223LA 236LA 2RB1X 2OE7X 4I7OA 1L93A 111LA 1PQKA 1G0JA 2O7AA 115LA 1QT3A 249LA 3DN4A 3SB8A 1D3NA 4ARLA 4GRVA 201LA 4LDLA 1LYEA 1L45A 218LA 253LA 198LA 1SWYA 1L08A 3SB9A 4W51A 1LWGA 1G0KA 1JQUA 176LA 1QTDA 4I7PA 1L47A 1L91A 1P5CA 3FI5A 3GULA 226LA 2RB0X 131LA 3HUAA 1T97A 3CDTA 1L36A 1L87A 3DN8A 217LA 4I7MA 3GUOA 1G1VA 1KW5A 4W52A 4W53A 2B73A 4PJZA 114LA 3G3VA 227LA 1C6IA 1CU5A 3HH5A 4S0WA 3UONA 4EKRA 127LA 184LA 3ODUA 3C8SA 3DMXA 1OVKA 1L61A 1L92A 4ARJA 2HUKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2CGIA 2LCBA 1NBYC 1LI2A 2BQJA 3LN2A 2BQMA 4HTKA 4ETEA 1DPXA 1DI4A 2CWIA 3SB6A 1LJ3A 2YVBA 1G0MA 5D5FA 4XENA 232LA 2YBIA 4LT2A 3P66A 4EXMA 151LA 2HULA 2HEAA 113LA 4CJ2A 1JTMA 4YX7C 2ANVA 231LA 1L48A 2MEAA 3N9EA 4HSFA 2Y8PA 3OE9A 1FLUA 244LA 1L75A 4WL7A 7LZMA 1C6HA 1IWVA 1LSYA 3F9LA 3DKEX 177LA 1REYA 3CDVA 1LJFA 1UACY 4I0CA 1KIQC 1AT5A 1L88A 1UIBA 1P7SA 1KY0A 3CDQA 5IDDA 1QT7A 1YAPA 1ZWNA 1C63A 1J1OY 119LA 1DYAA 2HUBA 4NGJA 170LA 4OOOA 2B70A 1RJCB 2MEBA 5KXSA 4G9SA 1L96A 3LYMA 4TWSA 3NYAA 3GUKA 1L38A 1UA6Y 4I7RA 4NSHA 1LW9A 1L40A 2MEGA 5F81A 3T36A 4HPIA 1P46A 4W58A 5K7OA 3ATNA 1LJNA 1NBZC 163LA 4GCCA 4X3BA 1YAQA 3A6CY 1XEJA 1ZMYL 3RW8A 3G3XA 4G4CA 2EIZC 2XJWA 1JKAA 1LLHA 1L0KA 1QTEA 1A4VA 1L90A 2PC2A 1B7RA 1L00A 1B0DA 3W6DA 1L16A 1L76A 3W6BA 3SBBC 2HECA 4ARQB 5L9JA 1XFPL 1G07A 1P2LA 1RFPA 1L67A 3HDFA 1AKIA 1SX2A 2LYOA 4OO9A 3A94A 182LA 2Z39A 4KXIA 3LYOA 4EMNA 3TMWA 5I14A 1GE3A 4YOPA 221LA 4LYZA 3HBDA 1RE2A 4H1PA 1QSWA 5B1GA 4H9FA 3W6EA 4J1AA 1CU0A 1LSDA 4GN5C 2EQLA 4B4EA 1JIYA 2OU9A 1JWRA 1C08C 2HEEA 3C80A 1QDTA 5D5CA 2H5ZA 3SB5A 3WL2A 5DN5A 1B7LA 3DNAA 1OV5A 1GPQC 1JSEA 5KXWA 5HMVA 2FYDA 237LA 4OW1A 5KXKA 5C6LA 1L50A 5B1FA 208LA 2D4JA 216LA 2DQCY 108LA 158LA 1L30A 1L03A 1L53A 4NSGA 1LMAA 1L27A 4PHIA 4PPOA 1IWYA 3C8QA 4M6DA 3TXEA 3KAMA 1ZVYB 3LYZA 3EBAB 1C6PA 219LA 3RNXA 4WM6A 4ARMA 2GV0A 4R6CA 1CV0A 1L01A 3TXJA 3TMXA 1L21A 1F10A 4DDAA 5DLAA 3HU9A 1LYFA 4Z46A 1LI3A 1GB5A 4C5FA 2EKSC 1KY1A 4WMGA 205LA 2NTHA 5T3FA 1L89A 4FJRA 1IP2A 1XGRC 4B49A 3WXTA 3A90A 4W96A 2IGCA 3ZVQB 6LYZA 1WTNA 1XEIA 5APDA 1DXJA 2BLYA 1CX7A 4DQ7A 2Q9DA 1G06A 1LPIA 1TAYA 5E9RA 1TCYA 4TTDA 1SQ2L 1HEWA 1L43A 1LJHA 5I54A 1I20A 3SN6R 259LA 1JTPL 5HNCA 3NY9A 4ZEEA 5KXMA 1LYYA 3HH6A 1C68A 3AZ6A 3QNGA 3QY4A 3WYHA 1L0JA 4W55A 2QARC 1WTHA 1BB5A 3WUNA 1C64A 2BPUA 4I7SA 3TXHA 2QB0B 4E3UA 4W57A 2HTXA 1BB4A 2DQJY 2B6YA 1SWZA 2WARA 4IATA 2B75A 1KIRC 4DD7A 2OEAX 4BAPA 1HMLA 1L24A 1OVHA 1JJ1A 1OWYA 4UWNA 1L10A 4WL6A 4EKPA 4I7LA 4ARPA 5KXZA 1T8GA 1LMOA 1A2YC 262LA 183LA 1OUEA 229LA 1L35A 2YDGA 2RBOA 2DQIY 2XBSA 5IELA 1BGIA 1HFXA 4B4IA 250LA 2BQFA 1AT6A 2OTYX 3GUMA 4ET8A 1XGPC 4DD3A 1GBSA 3OE0A 3HTDA 1C6TA 1D9UA 4DC4A 1DQJC 1GEVA 4DQJA 5HQ1A 3OJPA 3HT7A 3WXUA 1NF5A 3C7WA 3ZVQA 3WVYA 171LA 2BQGA 1DYFA 1L14A 1AM7A 133LA 4NHPA 174LA 1KS3A 1FKQA 236LA 3A8ZA 3ULRA 2Z12A 4I7OA 3WVXA 5LXWA 3WPJA 5KKIA 1CJ7A 4NHQA 1BB3A 3IJUA 1BWIA 4NY5A 4BAFA 115LA 4WG1A 5DM9A 3SB8A 3B6LA 1D3NA 4NIJA 4TX7A 4MSTA 2FBDA 1JJ3A 4LDLA 1SWYA 4LFPA 4W51A 1JKBA 1L47A 3FI5A 4N0JA 1ZV5L 1IX0A 131LA 3HUAA 3LZTA 1T97A 2ZYCA 1L36A 3D3DA 1KXYA 3DN8A 4I7MA 2ZNXY 1ALCA 3G3VA 1IP5A 5B06A 1CU5A 3LYTA 3AW6A 1BB6A 3UONA 127LA 4XYYA 4EKRA 1LAAA 1T6VL 4QDNA 1HSXA 4ARJA 1HELA 1CV1A 2MEDA 1GB9A 4YENA 5I53A 1L28A 4ANRA 233LA 2O79A 2ZYPA 4GN3A 2RAZX 1HFYA 1LZ5A 2W1LA 123LA 2HEBA 4H94A 1LZSA 1UCOA 3GUJA 4KPMA 1GF4A 1G7MC 1LZTA 1GBOA 178LA 1P3NA 125LA 4CGEA 1DI5A 1UIFA 5DL9A 241LA 1QTKA 175LA 139LA 5B07A 3M3UA 1CV6A 3N9AA 1KXXA 5LVGA 1QS5A 1C67A 1QUSA 1C10A 1JTOL 3L64A 2RH1A 2BLXA 4H8ZA 4I7TA 251LA 1G7LC 1L62A 1L32A 3WMKA 3SB7A 1LOZA 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1GE2A 2LYMA 3WU7A 3B72A 5J7CA 1NQIA 1CJ6A 4GLAA 3GUIA 1C6EA 1LPYA 1C45A 1CKCA 1L07A 194LA 1L74A 1IWWA 255LA 4LT3A 4DD0A 3LZMA 1GDXA 4DT3A 1HNLA 4UWUA 4LYCA 2YBHA 4DDBA 3B0KA 4OOTA 2RBNA 3WPLA 4WOAA 1N4FA 1UIGA 1D3JA 2MECA 1TDYA 4I7QA 1LGUA 1YKYX 1HERA 4NHSA 1WQOA 1GF7A 1XEPA 1GAYA 1LHKA 4N5RA 1C6CA 1HHLA 1L57A 4NEBA 211LA 1IR9A 1OUDA 5B59A 4I8SA 4WLTA 4H92A 1SSWA 1OUGA 1UC0A 1YILA 1C6NA 2BQAA 4H93A 160LA 5I4XA 2MEIA 1FN5A 1CKFA 3C7ZA 2B6XA 3HTGA 134LA 3A3RX 1LHIA 2C8OA 1G7HC 5A3ZA 5DN4A 4PJ2C 2Z2EA 4FDYA 3N9CA 1QTZA 5APFA 4LYMA 2H9KA 3PDSA 3AGIA 4WLXA 1YKXX 4HPEA 1GAZA 2YBLA 1F6RA 2W1MA 3CT5A 2OE4X 4L41A 1L83A 2Z37A 4HV2A 1B7NA 1BB7A 3GUPA 1DYEA 1C6FA 1LSCA 3VW7A 5LA8A 1CKHA 1G0JA 4HV1A 3A95A 3AZ4A 2O7AA 5KXXA 1QT3A 1LZAA 4ARLA 2YSSC 1LYEA 253LA 1L08A 5A3EA 3SB9A 1P5CA 3GULA 2RB0X 4HJVA 1L87A 217LA 1KXWA 4W52A 4WO6A 4WLDA 4GCEA 1I1ZA 1GFKA 4AGAA 3C8SA 4IASA 1OVKA 3W6FA 4GBRB 2HUKA 2B5ZA 1WVVA 3F8VA 2B6TA 1L19A 1C69A 3WW6A 1EPYA 1KNIA 1LSMA 1L64A 3RZ4A 1LCNA 1RCMA 1CNSA 4YM8A 200LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2CGI A;  2LCB A;  1NBY C;  1LI2 A;  2BQJ A;  3LN2 A;  2BQM A;  4HTK A;  4ETE A;  1DPX A;  1DI4 A;  2CWI A;  3SB6 A;  1LJ3 A;  2YVB A;  1G0M A;  5D5F A;  4XEN A;  232L A;  2YBI A;  4LT2 A;  3P66 A;  4EXM A;  151L A;  2HUL A;  2HEA A;  113L A;  4CJ2 A;  1JTM A;  4YX7 C;  2ANV A;  231L A;  1L48 A;  2MEA A;  3N9E A;  4HSF A;  2Y8P A;  3OE9 A;  1FLU A;  244L A;  1L75 A;  4WL7 A;  7LZM A;  1C6H A;  1IWV A;  1LSY A;  3F9L A;  3DKE X;  177L A;  1REY A;  3CDV A;  1LJF A;  1UAC Y;  4I0C A;  1KIQ C;  1AT5 A;  1L88 A;  1UIB A;  1P7S A;  1KY0 A;  3CDQ A;  5IDD A;  1QT7 A;  1YAP A;  1ZWN A;  1C63 A;  1J1O Y;  119L A;  1DYA A;  2HUB A;  4NGJ A;  170L A;  4OOO A;  2B70 A;  1RJC B;  2MEB A;  5KXS A;  4G9S A;  1L96 A;  3LYM A;  4TWS A;  3NYA A;  3GUK A;  1L38 A;  1UA6 Y;  4I7R A;  4NSH A;  1LW9 A;  1L40 A;  2MEG A;  5F81 A;  3T36 A;  4HPI A;  1P46 A;  4W58 A;  5K7O A;  3ATN A;  1LJN A;  1NBZ C;  163L A;  4GCC A;  4X3B A;  1YAQ A;  3A6C Y;  1XEJ A;  1ZMY L;  3RW8 A;  3G3X A;  4G4C A;  2EIZ C;  2XJW A;  1JKA A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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