1CV5A

T4 lysozyme mutant l133m
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNMAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Methionine and alanine substitutions show that the formation of wild-type-like structure in the carboxy-terminal domain of T4 lysozyme is a rate-limiting step in folding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-08-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1cv5A00
2RH1A 148LE 1CU5A 3DN6A 2RAZX 1EPYA 1L01A 1C6TA 3HDEA 1L16A 4ARPA 3C80A 1OWZA 4I7OA 3FA0A 1C6KA 152LA 1L56A 2Q9EA 1DYFA 1L38A 1QUOA 3SBBC 1L57A 158LA 146LA 4W57A 191LA 1L44A 119LA 141LA 1L28A 5I14A 1QT8A 221LA 1CV4A 236LA 4ARLA 1WTHA 198LA 186LA 1DYBA 1XJUA 3OE0A 1L32A 233LA 1KS3A 2LZMA 1L63A 1L14A 1D3NA 1C6CA 1L30A 1QUGA 1CX6A 248LA 1C6AA 128LA 1PQIA 1L27A 5LZMA 122LA 1L73A 172LA 260LA 3FI5A 4EKPA 1L51A 1CV6A 1LGUA 3HT9A 1P3NA 3SBAA 3GULA 1D3JA 240LA 4W56A 209LA 159LA 1OYUA 1T8AA 253LA 168LA 4DKLA 1OV5A 2NTHA 4AQNA 161LA 3GUIA 254LA 3HUKA 1I6SA 189LA 1C67A 1P5CA 4I7RA 1SX2A 2L78A 213LA 157LA 1XJTA 3PDSA 256LA 2O79A 1G1WA 1L19A 1QTZA 3DN2A 1LPYA 3GUOA 3C82A 3DMXA 170LA 185LA 234LA 1D3MA 1CV3A 1L96A 3NYAA 1DYDA 1L64A 2RBNA 1D9WA 1ZWNA 127LA 1L10A 223LA 1OVKA 3SB7A 1L11A 1JTNA 1L03A 200LA 1L13A 1L77A 1SX7A 3HT6A 115LA 1G0MA 3NY8A 1L60A 3CDVA 1QS9A 1L97A 3HT7A 3C7WA 1LYEA 2RB1X 243LA 2QARC 2B6TA 3NY9A 2O4WA 1LI2A 112LA 1PQJA 3RZEA 1L70A 1L42A 4S0WA 2B75A 183LA 129LA 1CU6A 3CDRA 1KW5A 1DYAA 1QT5A 3G3VA 1L94A 184LA 2OU9A 3HH6A 1G0KA 2A4TA 1P6YA 3HU9A 1NHBA 1L80A 126LA 1C6GA 1L50A 1ZYTA 3HH5A 4I7SA 1L22A 4EKSA 1C69A 1SSWA 3DMVA 4LZMA 225LA 4EJ4A 176LA 2B72A 1L15A 190LA 230LA 2B7XA 1L02A 1QSBA 2B6WA 235LA 1C6MA 1L59A 1L17A 1L45A 4W52A 1P36A 261LA 3SN6R 241LA 4ARMA 1L47A 1KY0A 3DN3A 1QTCA 180LA 3OE6A 4I7QA 108LA 1QTVA 169LA 1LYGA 1L34A 2LC9A 120LA 1L79A 2HULA 1C6DA 1C6FA 1L87A 138LA 3DKEX 1CX7A 3LZMA 4EPIA 1L12A 1G07A 3CDTA 216LA 175LA 145LA 1P37A 3ODUA 1PQOA 3PBLA 102LA 1L53A 1L18A 1L91A 3QAKA 3FADA 1P7SA 3G3WA 3HTBA 3V2YA 237LA 1CUQA 1C68A 1CV1A 3K2RA 3DNAA 3C81A 1P56A 3EMLA 218LA 166LA 1JQUA 1QT3A 1P64A 2LCBA 262LA 1DYGA 4EKRA 1L95A 4YX7C 139LA 164LA 1L21A 3HWLA 1CU2A 1P2LA 162LA 151LA 1DYEA 1KW7A 1L58A 1T8FA 1L05A 3SB9A 1L74A 3SB8A 4W58A 1C60A 1L35A 4ARQB 1L71A 1LYIA 1SSYA 1L00A 2F47A 3HH3A 3HT8A 113LA 4E97A 4I7NA 3CDQA 1CVKA 2OE4X 1P2RA 3DN1A 3GUMA 215LA 3UONA 3SB5A 2B6XA 2OU8A 3D4SA 2B6YA 1ZURA 1L55A 150LA 4IAPA 163LA 130LA 1L36A 255LA 1SWZA 224LA 249LA 3CDOA 238LA 214LA 258LA 1XEPA 1L90A 1C61A 3OE8A 1LI3A 3DN0A 4I7JA 1C63A 219LA 2RBOA 1L68A 1L52A 1L06A 220LA 196LA 1L75A 125LA 3C83A 4YXAC 245LA 2RBPA 4I7PA 1JTMA 4W55A 2IGCA 1CUPA 2ANXA 1P46A 142LA 2B6ZA 1G0GA 2OTYX 1LYJA 171LA 137LA 1L98A 3GUJA 144LA 160LA 1L37A 3DN8A 1L33A 1CV0A 4K5YA 104LA 1C6PA 2NTGA 1L0KA 1L43A 257LA 1C66A 226LA 1L54A 1L49A 1L62A 3G3XA 1D2WA 1L46A 6LZMA 1CU0A 182LA 206LA 3HTFA 147LA 3RUNA 173LA 1C65A 1G0PA 1L48A 2O7AA 1LYFA 1LW9A 4EKQA 1L84A 1L93A 2Q9DA 1L0JA 1L88A 1OVHA 222LA 3OE9A 251LA 195LA 1TLAA 250LA 1L24A 4W51A 3L64A 1L20A 1QUHA 3L2XA 4LDLA 1CV5A 1K28A 109LA 1G1VA 217LA 1PQKA 232LA 2HUKA 1C6NA 3GUNA 114LA 167LA 1QT7A 2RBRA 1SWYA 1LWGA 3GUKA 4GRVA 1QT4A 3HTDA 1QTHA 1LYHA 1PQDA 1B6IA 1L09A 4YXCA 4DJHA 1C6EA 1G0LA 143LA 149LA 244LA 4PJZA 211LA 1C6HA 1L39A 1C6LA 1D2YA 1D3FA 1G06A 4ARJA 4I7KA 2QB0B 4W59A 4DAJA 187LA 2RB2X 2OEAX 2B73A 3C8RA 1OWYA 259LA 2Z6BA 197LA 3C7ZA 178LA 199LA 165LA 1L41A 3SB6A 1L67A 4PK0A 1L99A 1L31A 2RAYX 2ANVA 3GUPA 1L26A 2RBSA 246LA 239LA 1L81A 1CU3A 210LA 1C64A 111LA 1L08A 4GBRB 1OV7A 1L29A 1L89A 1LLHA 1T8GA 2B74A 3HTGA 1PQMA 4EPFA 131LA 228LA 1C6JA 1C62A 2OE7X 2RBQA 1L65A 1L86A 1LGXA 229LA 231LA 1L76A 1QTBA 4W54A 2B70A 4W53A 3HH4A 181LA 4I7LA 174LA 4ZPUA 1CTWA 3F8VA 1C6BA 1G0JA 192LA 2OE9X 3HUAA 4OO9A 140LA 1L92A 1L72A 3JR6A 1T97A 1G0QA 3HU8A 4ARMB 1L40A 1OVJA 3HUQA 212LA 1LI6A 177LA 1QS5A 2F2QA 1KNIA 2OU0X 3C7YA 3VW7A 242LA 7LZMA 3C8SA 1L83A 1L04A 3V2WA 1L82A 1L07A 156LA 4LDEA 188LA 2CUUA 118LA 247LA 252LA 4EXMA 3DMZA 1T6HA 1L61A 1LYDA 1L25A 3F9LA 1DYCA 1L85A 1QT6A 1L66A 1QTDA 2RB0X 227LA 4I7MA 1KY1A 4LDOA 1C6IA 1LWKA 103LA 1L69A 3C8QA 4I7TA 1LGWA 110LA 2OTZX 1QUDA 1L23A 3HDFA 1C6QA 1QSQA 2F32A 3DN4A 4ARQA 2HUMA 123LA 107LA 155LA 201LA 205LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4U3XB 3B72A 2IFFY 1B5VA 4XJBA 2RAZX 1EPYA 1GFKA 4B4JA 1L01A 1C6TA 1LHIA 1GAZA 1OUAA 4YENA 3AZ4A 4PGJB 1OWZA 3CSZA 1JKDA 1LSFA 5II3A 1NMMA 191LA 119LA 5L3IA 5I14A 4NSIA 4CFPA 1QT8A 1DYBA 3OE0A 233LA 4X3BA 2LZMA 1KXXA 4WLXA 1HFZA 3OJPA 1LZYA 1L30A 248LA 1GBXA 9LYZA 128LA 3N9CA 1L73A 4NGZA 1LZSA 1CJ6A 1XEJA 2BQDA 1LGUA 1XEKA 1D6PA 1GB9A 3SBAA 5A3EA 4H93A 240LA 4W56A 209LA 159LA 4KT3A 4ANRA 2BQNA 1J1OY 1E8LA 3TXIA 3B0IA 4AQNA 1CKGA 3A93A 3AJNA 3RU5A 3HUKA 1FLYA 3IWRA 3EXDA 1T3PA 1UICA 2I25L 3GXRA 4HTQA 4LT0A 213LA 2W1XA 256LA 2O79A 5KXLA 1YANA 1LPYA 185LA 1TCYA 234LA 1D3MA 1CV3A 5LYMA 1DYDA 1D9WA 127LA 4WLYA 4A7DA 1L10A 1YAQA 1JTNA 1CKHA 2HEFA 1LZ5A 1L13A 1SX7A 1VAUA 3NY8A 4LYMA 1L97A 1LYEA 5F16A 1LJFA 1LSDA 4IATA 1GWDA 4PPOA 1LMTA 1IP6A 1JTPL 112LA 1PQJA 1IP7A 3RZEA 1L42A 2B75A 183LA 129LA 7LYZA 1UBZA 3WVXA 1L94A 184LA 2CDSA 5KXYA 4DDCA 4Z41A 2X0AA 1HMLA 2A4TA 3SP3A 1LZ6A 4ETCA 1ZYTA 4BAPA 1GFRA 1SSWA 4BADA 1IP4A 2B72A 3AZ5A 4NFVA 230LA 2XBRA 5KXNA 4KXIA 1L47A 2G4NA 3WU7A 3DN3A 4HPEA 2DBTA 1IC7Y 4HJVA 1OQMA 1C43A 1GFEA 3TXDA 3A3RX 1A2YC 1LZGA 2HECA 4N5RA 3PBLA 1FLWA 1L53A 2W1YA 1L91A 1OUBA 3FADA 2D4KA 3G3WA 4G9SA 3HTBA 4GCBA 3V2YA 5K7OA 1C68A 4ZFPA 1KXYA 2ZYCA 4H91A 4QEQA 1YIKA 3VWOA 4OWCA 4DD1A 1L95A 4YX7C 1LYSA 3N9AA 162LA 4I8SA 1W6ZA 1L58A 3WL2A 1B9OA 1L74A 3SB8A 2DQJY 4W58A 1OP9B 1OUEA 1LJGA 2N5ZA 4QGZA 4LYTA 1V7TA 1NDMC 1LJIA 1NHEA 1ZV5L 4XYYA 1CVKA 1JKAA 1P2RA 2YBLA 3N9EA 1LZ9A 1LZAA 1LSGA 1FLQA 1EQ4A 3D4SA 1LJHA 4I0CA 4NG1A 3TXEA 130LA 3WW6A 1SWZA 249LA 2LYOA 1LZRA 1REMA 4N9RA 4NGYA 1GDWA 1LI3A 2BQIA 4QDNA 4I7JA 219LA 4NGVA 1L52A 4YXAC 125LA 3TMWA 4YEMA 2F4AA 1GHLA 2HEBA 2ANXA 2B6ZA 5LIOA 3RZ4A 1LYJA 5ILFA 171LA 1QIOA 2D91A 3DN8A 4ETAA 2DQIY 1CV0A 4TSCA 3AGHA 1KIQC 1L43A 1GF5A 2BQHA 1D2WA 1IP3A 1CU0A 182LA 3RUNA 1NF5A 1IWYA 1G0PA 2O7AA 1L84A 5EBHA 1F0WA 1L0JA 5B05A 251LA 195LA 4H9HA 1TLAA 1QUHA 1RJCB 1LJJA 3L2XA 1K28A 4WG1A 109LA 1G1VA 217LA 5DL9A 4FJRA 5HMJA 3W6EA 2C8OA 3A67Y 2I6ZA 3LYZA 1SWYA 3QNGA 1B5XA 5KXRA 4YEOA 1QT4A 3HTDA 2Q0MX 2D6BA 2BQFA 2XBSA 1HERA 1HEOA 1GE0A 244LA 1ALCA 5B1GA 4WO6A 3WXUA 4XENA 2ZNWY 3WULA 1C7PA 5KXKA 1LJ3A 1C6LA 2H9KA 4H9BA 1G06A 3WPJA 1VDQA 1YL1X 4XJDA 3C8RA 4H9CA 1YQVY 259LA 3C7ZA 199LA 2MECA 1L41A 3SB6A 2RAYX 3AB6A 239LA 4HSFA 1B5YA 4NWHA 1CJ7A 2A7FA 2YBHA 4EPFA 4OWAA 1C45A 228LA 1IVMA 1C62A 1XFPL 2OE7X 5LA5A 1L65A 1LMOA 229LA 4W54A 2B70A 3HH4A 4ZPUA 2ZYPA 3F8VA 192LA 4OO9A 4PHIA 1GB0A 3WYHA 5AMYA 4R0FA 3JR6A 5KKIA 4RLMA 2MEBA 4UWNA 1L40A 3HUQA 1REZA 212LA 1LI6A 4C3WA 5DLAA 1OUCA 1L83A 1L82A 4RW2A 156LA 3CB7A 188LA 5LVHA 1GE3A 118LA 4GCEA 1IOTA 3WXTA 1GF4A 2MEFA 4WMGA 1DYCA 2YBJA 1QT6A 1KY1A 4FDYA 4G4CA 1HFXA 3C8QA 5LVGA 2F32A 4ARQA 2HUMA 123LA 4LFPA 1YKXX 107LA 148LE 4DDBA 1L16A 3GXKA 4LT3A 2DQHY 3C80A 1GB7A 2YSSC 3FA0A 2EIZC 4WO9A 2AUBA 4GN3A 5DM9A 1JSFA 1L38A 1GAYA 4BS7A 1JSEA 4ARLA 1UIAA 1WTHA 4WM1A 3RNXA 1IR8A 186LA 1L32A 4H9IA 1C6CA 2BAAA 2HTXA 1QUGA 1CX6A 2HEEA 4RDSA 3A34A 1WQQA 5B06A 5C6JA 4EKPA 4AXTA 1B7QA 1GB6A 1L51A 5KXWA 4NHIA 3HT9A 1LSBA 4LGKA 3GULA 1BB4A 1OYUA 3AW6A 168LA 1AKIA 4DKLA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4U3X B;  3B72 A;  2IFF Y;  1B5V A;  4XJB A;  2RAZ X;  1EPY A;  1GFK A;  4B4J A;  1L01 A;  1C6T A;  1LHI A;  1GAZ A;  1OUA A;  4YEN A;  3AZ4 A;  4PGJ B;  1OWZ A;  3CSZ A;  1JKD A;  1LSF A;  5II3 A;  1NMM A;  191L A;  119L A;  5L3I A;  5I14 A;  4NSI A;  4CFP A;  1QT8 A;  1DYB A;  3OE0 A;  233L A;  4X3B A;  2LZM A;  1KXX A;  4WLX A;  1HFZ A;  3OJP A;  1LZY A;  1L30 A;  248L A;  1GBX A;  9LYZ A;  128L A;  3N9C A;  1L73 A;  4NGZ A;  1LZS A;  1CJ6 A;  1XEJ A;  2BQD A;  1LGU A;  1XEK A;  1D6P A;  1GB9 A;  3SBA A;  5A3E A;  4H93 A;  240L A;  4W56 A;  209L A;  159L A;  4KT3 A;  4ANR A;  2BQN A;  1J1O Y;  1E8L A;  3TXI A;  3B0I A;  4AQN A;  1CKG A;  3A93 A;  3AJN A;  3RU5 A;  3HUK A;  1FLY A;  3IWR A;  3EXD A;  1T3P A;  1UIC A;  2I25 L;  3GXR A;  4HTQ A;  4LT0 A;  213L A;  2W1X A;  256L A;  2O79 A;  5KXL A;  1YAN A;  1LPY A;  185L A;  1TCY A;  234L A;  1D3M A;  1CV3 A;  5LYM A;  1DYD A;  1D9W A;  127L A;  4WLY A;  4A7D A;  1L10 A;  1YAQ A;  1JTN A;  1CKH A;  2HEF A;  1LZ5 A;  1L13 A;  1SX7 A;  1VAU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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