1CVKA

T4 lysozyme mutant l118a
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSARMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Methionine and alanine substitutions show that the formation of wild-type-like structure in the carboxy-terminal domain of T4 lysozyme is a rate-limiting step in folding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-08-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1cvkA00
248LA 219LA 1KY0A 1L79A 201LA 1L03A 1QUGA 232LA 171LA 225LA 3UONA 245LA 1T97A 2HUKA 4LZMA 1L23A 241LA 4AQNA 181LA 1L20A 4EJ4A 4DAJA 1L35A 2LC9A 3HWLA 4I7NA 4W57A 1L51A 1L38A 222LA 113LA 152LA 2A4TA 1LW9A 1ZYTA 1P56A 1T8FA 214LA 192LA 1C6AA 197LA 2RH1A 3V2YA 1QT6A 250LA 151LA 1L16A 2OU8A 1L60A 1KW7A 244LA 3HTDA 2O4WA 1DYEA 4W53A 2RBSA 2O79A 1EPYA 243LA 3GUMA 3HTBA 1L71A 104LA 1OVJA 3SN6R 4ARQB 1OWYA 186LA 1CVKA 3DN4A 1TLAA 146LA 1L50A 1NHBA 157LA 1L19A 3OE8A 160LA 3GUJA 4EXMA 1G0QA 2LCBA 1L77A 139LA 1D2WA 2F32A 2OU0X 216LA 3F8VA 1G0GA 1P2LA 3D4SA 1CV3A 1CV4A 1L61A 4I7TA 3HTFA 3NY8A 1L32A 3DMZA 3SB7A 1P6YA 1L27A 1LI3A 3DN2A 2HULA 1LGXA 233LA 112LA 3HH3A 1C6HA 4LDLA 205LA 2RB2X 234LA 1QT7A 2Q9DA 3DMXA 4I7KA 3HT6A 211LA 3SBAA 1LLHA 3HT9A 1LYJA 1SX7A 1L13A 1L54A 1G07A 226LA 1L14A 126LA 4W52A 162LA 1L39A 1OVHA 3RZEA 3RUNA 4I7OA 2B6TA 1P2RA 143LA 236LA 1L64A 1LYIA 1L24A 2RBPA 5I14A 2B75A 2B72A 1L82A 177LA 3QAKA 1CV1A 148LE 1CU0A 2QB0B 1CX7A 2B6YA 1DYGA 4E97A 3DN8A 4W59A 239LA 3DMVA 109LA 131LA 147LA 3GUIA 1L40A 1LYGA 144LA 212LA 1C68A 2OE4X 1B6IA 4GBRB 1CU5A 218LA 4I7LA 161LA 1JTMA 1L33A 4EPFA 227LA 165LA 3HDEA 3C80A 1LGWA 215LA 1C63A 3SB5A 3DN3A 224LA 1C6EA 159LA 3G3WA 242LA 1L29A 1L44A 3LZMA 138LA 1L06A 3HH4A 1G0MA 2QARC 1G0JA 3CDTA 1L31A 1P5CA 1C61A 1D9WA 3HDFA 1L00A 4EKPA 1LI2A 1CTWA 166LA 261LA 1QTCA 3HU8A 170LA 1L42A 4GRVA 1L90A 2B74A 1C62A 127LA 1SX2A 172LA 2RBNA 237LA 1L93A 4S0WA 1LWKA 169LA 3CDVA 1L80A 1L70A 184LA 1LYHA 1LPYA 3HH6A 1L46A 228LA 2RBOA 4I7MA 114LA 1QUOA 1L43A 3C8RA 2OTZX 213LA 1L18A 2B6XA 3V2WA 4I7JA 260LA 1G0PA 1QSBA 1L26A 4ZPUA 253LA 4ARMA 235LA 1L83A 167LA 1QT3A 1L68A 251LA 200LA 2OEAX 4K5YA 140LA 1DYAA 3NYAA 1C66A 4ARJA 1C60A 4W55A 255LA 4ARPA 1L63A 2RAZX 1C6KA 2L78A 3DN6A 111LA 2RB1X 221LA 1CV5A 3VW7A 4W58A 1LYDA 1L73A 2RB0X 4LDEA 3HU9A 188LA 3SB6A 2RBQA 1L04A 1L57A 1PQKA 4YX7C 191LA 1P7SA 1L25A 3G3XA 185LA 2RAYX 230LA 175LA 3HT7A 125LA 1QTVA 183LA 1P64A 3HUKA 2B6ZA 123LA 1QTHA 223LA 1OV7A 262LA 1L95A 1L12A 4ARLA 1L92A 2B73A 231LA 1G06A 1ZURA 2Q9EA 182LA 1L85A 1L96A 3SBBC 3JR6A 240LA 3CDOA 1CV0A 1G0LA 1L62A 3GUPA 145LA 1DYFA 1LWGA 1JQUA 3PBLA 4EKQA 3HT8A 246LA 2Z6BA 1L0JA 3CDQA 1PQIA 1C6NA 2HUMA 1P36A 1D3FA 1L67A 2OTYX 1D3MA 3G3VA 1C6PA 4ARMB 1L08A 1L91A 1OYUA 2NTGA 2RBRA 1C64A 1DYBA 164LA 2OE7X 257LA 1KNIA 1LYEA 4EKRA 168LA 163LA 259LA 1P3NA 1L11A 1T8AA 149LA 1QSQA 1L84A 1L45A 155LA 2O7AA 1L30A 1ZWNA 1C6CA 142LA 1P46A 3GUNA 1JTNA 189LA 1L86A 2OU9A 4W51A 4EKSA 1PQMA 1L58A 1OV5A 3SB8A 1CV6A 1L94A 190LA 1L81A 1D2YA 4OO9A 1QS5A 1QUDA 252LA 238LA 1T6HA 198LA 1G1WA 128LA 3ODUA 1L36A 1C65A 1L87A 1L09A 1L89A 1SSYA 178LA 258LA 1L74A 3C81A 1L05A 3GUOA 4W54A 254LA 1C6IA 1C67A 1L76A 3DNAA 4I7QA 187LA 3C7ZA 1QT5A 1C6JA 3HUAA 6LZMA 1C6DA 129LA 1L69A 1XJTA 199LA 3CDRA 1LI6A 1L97A 156LA 1G1VA 1QTZA 3HUQA 1L72A 2B6WA 4DKLA 1C6BA 1LYFA 1C6TA 1L48A 1T8GA 1L21A 2IGCA 1PQOA 3C83A 2ANXA 1QT4A 3GULA 4W56A 4LDOA 1L28A 1L47A 1QTDA 3C8SA 1L34A 1L10A 1QS9A 3C7WA 1OVKA 1CUQA 1P37A 7LZMA 2OE9X 1CX6A 3FADA 174LA 4DJHA 137LA 4PK0A 150LA 3DN1A 3GUKA 4I7SA 1XEPA 1L55A 1SWYA 1CU2A 1L02A 3F9LA 4IAPA 130LA 107LA 110LA 1L15A 1L0KA 1CU6A 3DN0A 108LA 1L88A 1D3JA 1L65A 1SWZA 1L01A 119LA 3C7YA 3OE9A 3FA0A 256LA 1L99A 1L41A 1PQDA 141LA 176LA 1QTBA 206LA 103LA 1L37A 118LA 1QUHA 3EMLA 195LA 1L75A 2NTHA 3NY9A 1G0KA 249LA 1C6LA 1L07A 2B70A 1D3NA 1PQJA 210LA 209LA 247LA 1L53A 1DYDA 3DKEX 3K2RA 3OE0A 1L49A 2F47A 1KS3A 196LA 1C6GA 1L98A 3C8QA 1QT8A 1CU3A 4YXAC 2ANVA 3L2XA 1L59A 1KW5A 3HH5A 120LA 3PDSA 1L17A 1LGUA 1I6SA 2CUUA 4ARQA 1L52A 3HTGA 3FI5A 180LA 4PJZA 1K28A 220LA 229LA 217LA 173LA 1KY1A 4YXCA 3OE6A 4EPIA 1WTHA 115LA 4I7PA 5LZMA 1C69A 2LZMA 3SB9A 1L22A 1OWZA 1C6MA 3L64A 122LA 2F2QA 1C6FA 1L56A 3C82A 4I7RA 102LA 1L66A 158LA 1XJUA 1SSWA 1CUPA 1DYCA 2B7XA 1C6QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KY0A 1QUGA 232LA 3B0KA 225LA 245LA 3N9EA 1L23A 241LA 5FSTA 4AQNA 1L35A 2LC9A 5KXWA 1L51A 1DZBX 2A4TA 1T8FA 1BB5A 1DKJA 1YKXX 151LA 1L16A 2ZIJA 2H5ZA 1KW7A 1DYEA 4W53A 2RBSA 1JTPL 2O79A 4ETBA 5DL9A 1XEKA 1ZVYB 3GUMA 5L3HA 1LZ6A 1YKYX 4RW2A 1VDQA 3FI7A 186LA 1C43A 1B7QA 3DN4A 1TLAA 146LA 1GE2A 1LHKA 3ZVQB 5A3ZA 2YDGA 3OK0A 139LA 1D2WA 1LZNA 4HP0A 1LYOA 3WULA 1LZ1A 4H93A 3SB7A 1P6YA 1NQIA 1YROA 1HHLA 5HMJA 3DN2A 1NWGA 4H94A 1LHHA 2HULA 5HNCA 1C6HA 1TBYA 4XYYA 4HJZA 1LYJA 3T6UA 4N1CC 1G07A 1JTOL 1L39A 1T6VL 1IWTA 3W6AA 1OUFA 1E8LA 4NIJA 1CKFA 4NWEA 4ETAA 2RBPA 2HEAA 4DQJA 1YIKA 3QAKA 1JISA 1O23A 4NG1A 4E97A 1GFRA 3DMVA 4DD7A 2BQLA 144LA 212LA 1YQVY 3A96A 5AMYA 4XADA 1HEWA 1B6IA 2OE4X 218LA 2CDSA 1LKRA 2BQMA 1JTMA 1C10A 1YAQA 3CT5A 2YSSC 1C63A 2LYZA 1CKGA 3SB5A 5KXLA 1B5WA 4WO9A 3W3EA 1FLWA 1L29A 1GBSA 4PRUA 4IASA 5LXWA 1IP6A 1L00A 1GFEA 1LI2A 1CTWA 1B5VA 166LA 5HMVA 4DD9A 2EPEA 5APEA 4GRVA 3M18B 208LA 3GXRA 1SX2A 4J1BA 1WVVA 2C8OA 5LVGA 1RE2A 1IP5A 184LA 3RNXA 1CNSA 1EQ5A 2RBOA 4CFPA 5FEKA 2OTZX 4LZTA 5D5CA 1L18A 4LT3A 4NGKA 260LA 1L26A 4MCKA 1L83A 5APCA 3W6EA 3A95A 3F6ZA 1DYAA 1C66A 3WMKA 3AZ7A 1REZA 1L63A 2RAZX 2HEFA 1V7TA 2L78A 3DN6A 4C3WA 2RB1X 1OQMA 1WQOA 4ZFPA 2RB0X 4MSTA 188LA 2RBQA 1L57A 1PQKA 2MEEA 3G3XA 2RAYX 3BKHA 4XENA 2B6ZA 4N8ZA 2YBNA 1IWVA 1L95A 1LMTA 262LA 1JEFA 2W1YA 231LA 1XGTC 2X0AA 1IWYA 4LYMA 240LA 4DQ7A 2XBRA 1OUHA 1LZDA 3GUPA 145LA 1DYFA 1LWGA 3KAMA 1UIBA 2ZILA 3HT8A 1GE0A 5E9RA 1GE3A 4H9CA 2G4NA 1KXWA 1P36A 1D3FA 2ZWBA 2EIZC 1C6PA 5KJ9A 5L9JA 3ULRA 2NTGA 2RBRA 2YBLA 4WM3A 4HPEA 1NDMC 2OE7X 3EXDA 4NGZA 1DI4A 4NHIA 4EKRA 163LA 4L41A 4WM1A 1BWIA 1T8AA 1B7SA 1DI5A 2LZTA 1NBYC 4G49A 1LZYA 1L30A 2ZIKA 1P46A 1IWWA 1JTNA 3T36A 2F30A 189LA 1L86A 4EKSA 3A3QA 3SB8A 4N1EI 1D2YA 1CJ9A 1HSXA 2DQIY 4LGKA 1T6HA 2BQKA 128LA 4WOAA 3AYQA 4WO6A 5DLAA 3WPKA 1L36A 1L09A 1L89A 178LA 1B7MA 3P64A 5F16A 4I8SA 1L74A 1AT6A 4NGIA 4W54A 1F6SA 1C6IA 1L76A 4HTKA 3C7ZA 6LZMA 1REXA 129LA 2MEFA 2VB1A 4M6DA 1P2CC 2Z12A 156LA 1QTZA 1INUA 1C46A 9LYZA 2MEBA 1C6TA 1L48A 1T8GA 1L21A 3LN2A 1LMNA 1IR7A 1JKAA 3C83A 2ANXA 3WW5A 1MLCE 4W56A 4LDOA 1QTDA 1L47A 3C8SA 1L34A 1L10A 4WLDA 2BQDA 4GLAA 1P37A 2YBHA 174LA 4PK0A 3MGWA 1B7NA 3DN1A 3GUKA 1CU2A 4G4HA 1L02A 4EMNA 119LA 153LA 1PQDA 141LA 5HQ1A 1FKQA 5ILFA 1GXV2 1L37A 1I1ZA 4ZEEA 1KIQC 2BQEA 5B59A 3RU5A 1L07A 1LJGA 1B5ZA 1D3NA 1NMMA 4WL7A 1L53A 1H6MA 4H91A 3K2RA 4YENA 1GF0A 3BKVA 4J7VA 4TX7A 1LSPA 4H9HA 1JKDA 1L49A 4B0DA 1GF8A 4U3XB 3A90A 1QT8A 5LA8A 2PC2A 2BQOA 3PDSA 1J1PY 1I6SA 1HFYA 4ARQA 1D0LA 1L52A 2ZNWY 4PJZA 217LA 4UWNA 1LZ5A 3W6FA 1KY1A 2D4KA 3OE6A 5LVJA 1GF4A 3G3AB 5LZMA 1B9OA 3SB9A 4PJ2C 1IO5A 1YANA 5B1FA 1TCYA 3A94A 2B7XA 5F14A 201LA 2W1LA 1LSAA 1T97A 2HUKA 1GE1A 1XSFA 1AKIA 2H9KA 2G4PA 4UWUA 4W57A 1LZ4A 2I26L 4GN3A 3CSRA 2W1MA 1C6AA 2RH1A 1JJ3A 3W6DA 2HEBA 2OU8A 1L60A 244LA 3TXKA 1CKHA 4WL6A 4IJ4A 1G7MC 1XGPC 3HTBA 1L71A 104LA 1GFUA 4XJGA 4ARQB 1G7JC 4WM5A 3OE8A 160LA 1LSMA 3QE8A 1G0QA 4YEMA 1L77A 3N9AA 2F32A 2OU0X 216LA 1G0GA 1P2LA 4G9SA 1BB7A 3NY8A 1L32A 1LZ8A 1LSGA 5I4YA 1ZVHL 1GB9A 205LA 4PRQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1KY0 A;  1QUG A;  232L A;  3B0K A;  225L A;  245L A;  3N9E A;  1L23 A;  241L A;  5FST A;  4AQN A;  1L35 A;  2LC9 A;  5KXW A;  1L51 A;  1DZB X;  2A4T A;  1T8F A;  1BB5 A;  1DKJ A;  1YKX X;  151L A;  1L16 A;  2ZIJ A;  2H5Z A;  1KW7 A;  1DYE A;  4W53 A;  2RBS A;  1JTP L;  2O79 A;  4ETB A;  5DL9 A;  1XEK A;  1ZVY B;  3GUM A;  5L3H A;  1LZ6 A;  1YKY X;  4RW2 A;  1VDQ A;  3FI7 A;  186L A;  1C43 A;  1B7Q A;  3DN4 A;  1TLA A;  146L A;  1GE2 A;  1LHK A;  3ZVQ B;  5A3Z A;  2YDG A;  3OK0 A;  139L A;  1D2W A;  1LZN A;  4HP0 A;  1LYO A;  3WUL A;  1LZ1 A;  4H93 A;  3SB7 A;  1P6Y A;  1NQI A;  1YRO A;  1HHL A;  5HMJ A;  3DN2 A;  1NWG A;  4H94 A;  1LHH A;  2HUL A;  5HNC A;  1C6H A;  1TBY A;  4XYY A;  4HJZ A;  1LYJ A;  3T6U A;  4N1C C;  1G07 A;  1JTO L;  1L39 A;  1T6V L;  1IWT A;  3W6A A;  1OUF A;  1E8L A;  4NIJ A;  1CKF A;  4NWE A;  4ETA A;  2RBP A;  2HEA A;  4DQJ A;  1YIK A;  3QAK A;  1JIS A;  1O23 A;  4NG1 A;  4E97 A;  1GFR A;  3DMV A;  4DD7 A;  2BQL A;  144L A;  212L A;  1YQV Y;  3A96 A;  5AMY A;  4XAD A; 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