1CVKA

T4 lysozyme mutant l118a
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSARMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Methionine and alanine substitutions show that the formation of wild-type-like structure in the carboxy-terminal domain of T4 lysozyme is a rate-limiting step in folding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-08-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1cvkA00
3HT9A 188LA 4EXMA 172LA 1G0MA 1PQMA 4OO9A 212LA 1P36A 213LA 131LA 200LA 1OYUA 2RB1X 4LDEA 248LA 253LA 2RBQA 4W59A 259LA 127LA 1L71A 1QUDA 3NYAA 199LA 3HT7A 115LA 2O79A 6LZMA 3RZEA 103LA 1C6FA 1C68A 1LYJA 3SB7A 3CDOA 1L76A 1L23A 2RAZX 4I7PA 4YXAC 4EPIA 140LA 1L84A 1L08A 3L64A 3VW7A 1L92A 1OWZA 1CU3A 165LA 3CDQA 2OE9X 3DN4A 1L73A 1L28A 206LA 1C6JA 3HTDA 125LA 1CUQA 234LA 1L09A 1QT5A 1DYAA 1CUPA 214LA 4W54A 1L46A 2HUKA 3PBLA 1TLAA 3HTGA 4W58A 1KW7A 1JTMA 4I7MA 1QT8A 1OVHA 170LA 3D4SA 3GUNA 1G1VA 3CDVA 1CV4A 167LA 2CUUA 3QAKA 4I7RA 184LA 4K5YA 1G07A 3SB6A 2OU8A 1L45A 1CX7A 1LYDA 3CDRA 1L22A 1QTZA 1C6HA 1L65A 186LA 216LA 1L70A 1L57A 1L35A 4DKLA 3DMXA 1QT3A 3HH3A 130LA 261LA 1KY1A 3RUNA 104LA 1L33A 1L24A 1G0GA 1T8AA 3C82A 147LA 205LA 3GUMA 2RBOA 3HWLA 4W51A 1CV6A 1JQUA 1L63A 139LA 1L42A 2A4TA 3V2WA 4EKRA 1L54A 1XJUA 162LA 1QT6A 159LA 1C6BA 1LYGA 141LA 1L30A 1QSQA 3DN1A 2F32A 2B75A 1CU2A 1L66A 196LA 1KS3A 226LA 2LZMA 2HUMA 1L16A 4LZMA 113LA 1T8GA 228LA 1P2RA 1L05A 128LA 1C6KA 227LA 4E97A 1L85A 1SSYA 4I7TA 1L89A 1C6CA 1KY0A 1L20A 2OEAX 195LA 2OE7X 1PQJA 1P5CA 4GBRB 235LA 257LA 1L41A 4ARMB 246LA 4W52A 3SB9A 3HH4A 255LA 1WTHA 182LA 3OE8A 1PQKA 1L32A 252LA 1L82A 1L0KA 2RB2X 4EKSA 3FI5A 1D2YA 250LA 1DYFA 102LA 110LA 1L69A 2B70A 3CDTA 1CU5A 1P64A 142LA 3GUIA 2Q9EA 1G0LA 2L78A 1L86A 173LA 144LA 1L02A 2HULA 1PQOA 4S0WA 1LI2A 240LA 1C60A 3HT8A 4ARQA 2B6YA 1QUHA 4PJZA 122LA 1L07A 166LA 151LA 1QTDA 3PDSA 1CV0A 2B6TA 4W57A 237LA 3DN8A 1QUGA 3G3VA 155LA 1D2WA 1LPYA 3C8QA 2RAYX 168LA 1C65A 1L12A 1QS5A 221LA 198LA 3HU8A 1L06A 1L62A 1L96A 191LA 1KNIA 1T97A 1L56A 1XJTA 242LA 3GUPA 2LCBA 4EJ4A 1CU6A 3F9LA 4W53A 146LA 1L26A 1D3NA 1L0JA 1G0PA 1L18A 3SBAA 1LGWA 1LYHA 157LA 1CVKA 145LA 1L72A 3HUQA 3HT6A 256LA 1OV5A 1L77A 1L13A 1XEPA 2B73A 1P56A 190LA 180LA 3C8RA 3HU9A 3JR6A 4DAJA 1G0KA 1OVJA 244LA 1L90A 1ZURA 249LA 1L39A 3ODUA 138LA 3SN6R 1C6DA 3UONA 1DYCA 1LWKA 1C67A 4I7KA 3HH6A 2RBNA 3DN6A 2Q9DA 3F8VA 1QT4A 243LA 1L83A 1L94A 5I14A 1QTHA 1LYIA 3EMLA 1QT7A 2RBPA 1P37A 177LA 231LA 2NTGA 1L53A 2B72A 1L67A 229LA 218LA 3DN0A 1C6IA 4ARJA 1D3JA 1C63A 3GUKA 2F2QA 1CTWA 3C7YA 1KW5A 3DN2A 1LGXA 1L95A 1L27A 4IAPA 3HDEA 1G0JA 1L52A 258LA 2OU9A 2RH1A 1QUOA 4EPFA 5LZMA 2B7XA 1DYBA 1P3NA 1DYGA 1LGUA 1L00A 176LA 123LA 156LA 4I7NA 1SWYA 3FADA 1CV1A 1LW9A 1C6GA 1L38A 222LA 1G06A 1L17A 1LLHA 3L2XA 2O7AA 143LA 1L21A 3C8SA 4LDLA 1EPYA 163LA 1P7SA 215LA 1DYDA 4I7LA 4I7SA 1K28A 1P6YA 3GUJA 233LA 2OU0X 1L61A 2IGCA 1L03A 1L36A 239LA 1C66A 1JTNA 1D9WA 1L64A 160LA 1C6QA 1L80A 232LA 1L29A 2B6ZA 189LA 1LYFA 118LA 251LA 3DMZA 3SB5A 254LA 4I7OA 1OV7A 2QARC 3C7WA 107LA 2OE4X 217LA 3OE0A 169LA 1LI6A 152LA 3GULA 4W56A 149LA 1QTCA 1SSWA 2B74A 1L25A 3DNAA 1L55A 2O4WA 161LA 2F47A 1C6MA 260LA 1L44A 3HTBA 4YX7C 148LE 185LA 119LA 1P46A 1LI3A 2LC9A 175LA 3GUOA 4YXCA 3HTFA 224LA 1ZYTA 262LA 1D3FA 2NTHA 1B6IA 1L01A 4EKQA 1L99A 1CV3A 1SWZA 3DKEX 1OVKA 3NY8A 4ARQB 1LYEA 197LA 1L98A 4AQNA 1L34A 1CX6A 1L93A 1G0QA 241LA 178LA 1C6PA 2OTYX 1L14A 3V2YA 4ZPUA 2QB0B 209LA 225LA 245LA 223LA 2ANXA 1L68A 1C61A 1C64A 3SBBC 3SB8A 1SX7A 3C83A 1L40A 1ZWNA 1C6TA 1T8FA 1G1WA 1L75A 1L15A 109LA 1L50A 1QTVA 1C6EA 108LA 1PQIA 1QTBA 192LA 230LA 4W55A 1L79A 3DMVA 1C62A 1PQDA 1L59A 1L60A 164LA 3DN3A 4I7QA 2ANVA 2RBRA 1SX2A 174LA 1C6AA 1L87A 4DJHA 3HUKA 3HDFA 211LA 4ARMA 120LA 1L19A 3HUAA 201LA 2B6XA 3G3XA 1L58A 112LA 2Z6BA 247LA 2OTZX 4LDOA 1L97A 1L48A 1L31A 1L81A 1L43A 4I7JA 210LA 1NHBA 1L04A 3C80A 1I6SA 1OWYA 1D3MA 1L91A 1QSBA 4ARPA 238LA 3OE9A 4GRVA 1QS9A 1T6HA 1C6LA 3C81A 3HH5A 3LZMA 158LA 2RBSA 3FA0A 3G3WA 1DYEA 2B6WA 183LA 1L49A 1L51A 3K2RA 181LA 1C69A 1L88A 4ARLA 1L11A 1L74A 4PK0A 187LA 137LA 126LA 1CV5A 1L10A 1LWGA 1P2LA 1CU0A 111LA 2RB0X 1L47A 3C7ZA 3NY9A 1L37A 236LA 219LA 171LA 3OE6A 129LA 4EKPA 150LA 114LA 7LZMA 220LA 1C6NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5IHGA 3HT9A 4LYCA 188LA 5J7CA 1G0MA 1WQNA 1IOTA 1IR8A 127LA 1QUDA 115LA 1D0LA 3CT0A 3W6CA 3IJUA 3CDOA 5DLAA 5KXTA 4H93A 3MGWA 5HMJA 5HLLA 2ZQ4A 5KXPA 3WU7A 4FDYA 2BPUA 3CSRA 1L73A 1IP5A 1C6JA 3HTDA 4NEBA 3WVYA 1CUQA 1INUA 1GFRA 4DQJA 1DYAA 1CUPA 1GE3A 4H9CA 3WVXA 2D4JA 4KT3A 3CDVA 2CUUA 4GN4A 3TXFA 184LA 2OU8A 2LHMA 1IEEA 1CX7A 2RSCA 1CKCA 3CDRA 3RW8A 1QTZA 186LA 1DKJA 2X0AA 1CNSA 2XBSA 4CFPA 3DMXA 1GFKA 1QT3A 2D4KA 3W6AA 5ILFA 3HH3A 4H8ZA 3WUAA 5FDJA 261LA 3RUNA 4N1EI 4PRQA 4O34A 1ZV5L 3OJPA 3C82A 3HWLA 3V2WA 1B7PA 1J1XY 1C6BA 4XJBA 1QSQA 5E9RA 1XEJA 2HUMA 4TUNA 1UUZC 5II3A 5FHWA 4XYYA 1C6KA 1GF3A 1IOCA 1SSYA 1DI5A 3QY4A 1L20A 1GFTA 1LKSA 2MEHA 4DDCA 4ARMB 2BQMA 4YEOA 255LA 1TBYA 3GXKA 5KXOA 3OE8A 252LA 1GFAA 1L32A 1NHEA 4EKSA 4XADA 4DDAA 250LA 5KXZA 5E4PA 1GF0A 110LA 1NQIA 4BADA 3GXRA 3P65A 4HJZA 1DPXA 1LYOA 2L78A 1L86A 144LA 1L02A 1WVVA 1F10A 1PQOA 4H9EA 4N1CC 4WG7A 3AYQA 3WW6A 4N0JA 5FCPA 3LYTA 1YQVY 1IOSA 4UWNA 5APEA 5I53A 1LPYA 1BB3A 4WL6A 2W1YA 1GFHA 3HU8A 1J1OY 1G7JC 1HHLA 4Z98A 134LA 4NGYA 5APFA 5KXMA 5C6IA 4NSJA 4XJDA 3GUPA 4NGLA 2G4NA 1L0JA 1WQMA 3LYMA 3WYHA 1JKDA 1L18A 3SBAA 1LYHA 1LZTA 1CVKA 4M4OA 3HT6A 4WLDA 5I4WA 1B2KA 1LCNA 5B06A 3HU9A 3JR6A 3ZVQA 4OW1A 2YBIA 1RFPA 1IOQA 4AXTA 1B7LA 138LA 3SN6R 1C6DA 3UONA 1DYCA 3HH6A 2CDSA 3AW7A 3EBAB 1QT4A 2ZYCA 1NBZC 5I14A 5LYTA 1LYIA 1FLUA 6LYTA 2DKVA 1UC0A 1AM7A 4H94A 1C63A 5LA8A 5D5FA 1BB6A 1LMPA 4D9ZA 2FBBA 1JKAA 1KW5A 4CFOA 1L95A 1L27A 3HDEA 1G0JA 258LA 5KKIA 2OU9A 1QUOA 1DYBA 4HV2A 1GFJA 176LA 3W6DA 4I7NA 154LA 1CV1A 1JPOA 4H92A 3EXDA 1I1ZA 1G06A 1LLHA 2O7AA 1LSCA 4B4JA 1I56A 3A96A 5B1GA 143LA 5IDDA 1EPYA 163LA 2PC2A 1B5UA 3RT5X 2BQOA 1CJ6A 4QEQA 5C6LA 3RNXA 3W3EA 2EIZC 4OOTA 2BQDA 3AGIA 3T6UA 2B6ZA 1CJ7A 2Z2FA 1GE2A 2Z39A 1LMTA 5KJ9A 1JEFA 4I7OA 2D4IA 107LA 2HEAA 1WTNA 5KXSA 1QIOA 5KXLA 2ZNWY 169LA 2BQJA 152LA 2EKSC 4W56A 4NG8A 1IY4A 1LMNA 5I4XA 2BLXA 1T6VL 2O4WA 161LA 1ZVHL 4WO6A 4YX7C 1H87A 4WM1A 5IELA 3HTFA 1UICA 224LA 1ZYTA 4N8ZA 2NTHA 3J4GA 3W6EA 1B6IA 1L01A 1L99A 1CV3A 1TAYA 2FBDA 1BHZA 1SWZA 3WULA 1OVKA 3CT5A 3TXJA 1L34A 4WM6A 1IC5Y 1GBXA 5B1FA 2BQCA 4ZPUA 1V7TA 4WMGA 2F2NA 3P68A 1B7QA 2ANXA 5KXRA 1L68A 3SBBC 3TXBA 1G7IC 3SB8A 1HEPA 1LZ9A 1HFZA 1C6TA 1GFVA 5FEKA 1L50A 1QTVA 1LZNA 5LVJA 1WQQA 4OWAA 3B0OA 4UWVA 4NHQA 1L79A 3DMVA 1PQDA 4I7QA 1KIRC 174LA 4DJHA 4OWEA 211LA 5LVHA 2B6XA 1YAPA 1B7NA 3A91A 4QGZA 2H9KA 6LYZA 3WH1A 3HBHA 4NSGA 2W1XA 3ZVQB 1BVXA 5L9JA 1JWRA 1OWYA 1OUCA 1LJJA 4R6CA 4YEMA 1IP2A 1LJ3A 3OE9A 1KIPC 4GRVA 1IVMA 3C81A 1OP9B 3LZMA 1F6RA 3FA0A 1DYEA 4Z41A 4XJFA 4ARLA 1XEKA 1BQLY 4H1PA 2DQGY 1LWGA 1IWVA 2ZIKA 1CU0A 1GF7A 1XGRC 3NY9A 5DN5A 1L37A 1DKKA 4GCDA 171LA 129LA 1GWDA 2Q0MX 172LA 4OO9A 1P36A 4NHTA 4LDEA 248LA 2CWIA 5B05A 1XSFA 4PGJB 2LZ2A 199LA 3FI7A 2O79A 2DQHY 1HEMA 103LA 1C6FA 3P66A 5HQ1A 1LZEA 5C6JA 5KKJA 4I7PA 1VEDA 4ETBA 4EPIA 1L84A 1CKDA 4LT0A 1L92A 1OWZA 3LN2A 2BAAA 1YL0X 1JISA 1L28A 206LA 3D9AC 4H91A 4J1AA 4XJIA 1QT5A 2ZNXY 3OK0A 3WPJA 1KW7A 1LJEA 1JTMA 5LVKA 3GUNA 1GXV2 1LYYA 167LA 4I7RA 3SB6A 3D3DA 1L45A 1NF5A 5F14A 1L22A 1GEZA 1LZSA 216LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5IHG A;  3HT9 A;  4LYC A;  188L A;  5J7C A;  1G0M A;  1WQN A;  1IOT A;  1IR8 A;  127L A;  1QUD A;  115L A;  1D0L A;  3CT0 A;  3W6C A;  3IJU A;  3CDO A;  5DLA A;  5KXT A;  4H93 A;  3MGW A;  5HMJ A;  5HLL A;  2ZQ4 A;  5KXP A;  3WU7 A;  4FDY A;  2BPU A;  3CSR A;  1L73 A;  1IP5 A;  1C6J A;  3HTD A;  4NEB A;  3WVY A;  1CUQ A;  1INU A;  1GFR A;  4DQJ A;  1DYA A;  1CUP A;  1GE3 A;  4H9C A;  3WVX A;  2D4J A;  4KT3 A;  3CDV A;  2CUU A;  4GN4 A;  3TXF A;  184L A;  2OU8 A;  2LHM A;  1IEE A;  1CX7 A;  2RSC A;  1CKC A;  3CDR A;  3RW8 A;  1QTZ A;  186L A;  1DKJ A;  2X0A A;  1CNS A;  2XBS A;  4CFP A;  3DMX A;  1GFK A;  1QT3 A;  2D4K A;  3W6A A;  5ILF A;  3HH3 A;  4H8Z A;  3WUA A;  5FDJ A;  261L A;  3RUN A;  4N1E I;  4PRQ A;  4O34 A;  1ZV5 L;  3OJP A;  3C82 A;  3HWL A;  3V2W A;  1B7P A;  1J1X Y;  1C6B A;  4XJB A;  1QSQ A;  5E9R A;  1XEJ A;  2HUM A;  4TUN A;  1UUZ C;  5II3 A;  5FHW A;  4XYY A;  1C6K A;  1GF3 A;  1IOC A;  1SSY A;  1DI5 A;  3QY4 A;  1L20 A;  1GFT A;  1LKS A;  2MEH A;  4DDC A;  4ARM B;  2BQM A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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