1CX6A

T4 lysozyme substituted with selenomethionine
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKMKPVYDSMDAVRRAAMINMVFQMGETGVAGFTNSMRMMQQKRWDEAAVNMAKSRWYNQTPNRAKRVITTMRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Substitution with selenomethionine can enhance the stability of methionine-rich proteins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 43
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-08-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1cx6A00
1QT4A 142LA 1L51A 4S0WA 1OWZA 1D3JA 175LA 3DN4A 2B6ZA 2CUUA 1L25A 1EPYA 3HT8A 4K5YA 3G3WA 3SB9A 1LGUA 3DN3A 3C83A 2LCBA 1SSWA 4W51A 1L32A 1L66A 1L30A 1QUGA 2Z6BA 3NY8A 1KW5A 3EMLA 1C6FA 1CV4A 1L91A 1L98A 1L22A 1T6HA 226LA 2B73A 1XEPA 1L09A 1OVJA 4EKQA 3GUNA 1L62A 1QT6A 211LA 2OTYX 4EPIA 6LZMA 3CDTA 1LYGA 3DMXA 3HUQA 2NTHA 1C6CA 231LA 225LA 1C66A 1CV0A 1QSBA 209LA 2RBOA 3DN8A 199LA 218LA 1L52A 1L33A 1DYDA 1K28A 4EXMA 1LLHA 1LI6A 2NTGA 3FA0A 4OO9A 1KY1A 205LA 155LA 1L93A 206LA 1P2LA 1JTMA 185LA 217LA 233LA 1SWZA 3HDEA 1G0JA 138LA 4I7MA 2B6XA 1T8GA 125LA 1WTHA 1L94A 1C63A 1L55A 1L97A 180LA 1C6LA 1L96A 220LA 1L89A 1QT8A 181LA 2QB0B 1CUPA 1L27A 4W56A 139LA 3HDFA 3SB6A 4ARQA 128LA 3HT6A 1L63A 2F2QA 163LA 257LA 1C6MA 1CU3A 1DYFA 1P7SA 1L15A 240LA 2RBQA 4YX7C 251LA 7LZMA 1LYEA 1XJTA 3HTBA 1D2WA 4W54A 1C6PA 1L39A 1L40A 1LWKA 1NHBA 1PQIA 1SX7A 4I7KA 4I7TA 1C6AA 4PK0A 2RBPA 1C68A 3GUIA 4DKLA 224LA 201LA 4ARMB 250LA 1L61A 1L35A 1C6NA 1L68A 1L82A 1DYEA 1L79A 3HH5A 122LA 1L88A 1LW9A 4I7QA 246LA 1L73A 1P2RA 104LA 4GBRB 4I7RA 1QTDA 149LA 170LA 3HTFA 3HTDA 3HU8A 2O7AA 1L75A 3CDRA 4YXCA 221LA 1KNIA 3FADA 4YXAC 2RBSA 2LC9A 1L38A 1OV5A 4EKRA 3HH6A 3C8QA 1L86A 4W52A 1LYDA 237LA 3SBAA 3V2WA 110LA 3HH3A 230LA 2RB1X 3DMZA 131LA 191LA 2LZMA 1CX7A 1L14A 1G06A 114LA 1T8FA 3CDOA 182LA 2ANVA 1L34A 1PQJA 195LA 4W59A 1QSQA 120LA 118LA 248LA 3GUMA 1C6HA 129LA 160LA 234LA 1DYGA 3DNAA 3K2RA 4GRVA 1L90A 1P6YA 1L65A 210LA 2RH1A 176LA 2B6YA 3VW7A 4I7LA 4E97A 1L87A 156LA 1L70A 1C62A 1T8AA 1L42A 252LA 1OV7A 3HU9A 3GUJA 1XJUA 1L71A 190LA 223LA 2OTZX 1L76A 3DKEX 171LA 1SWYA 1OVKA 2B6TA 2RBNA 3OE8A 115LA 1QT5A 1L23A 1L69A 1L74A 157LA 3C8RA 127LA 177LA 1L53A 3SBBC 2Q9EA 3DN6A 1D3MA 1QT7A 1L20A 1L43A 1JQUA 1L99A 1LYHA 1PQOA 1L00A 1C6IA 198LA 2OEAX 229LA 261LA 1QTCA 2RAZX 1C6BA 3D4SA 4I7NA 1OVHA 1LGWA 2A4TA 3C82A 1C65A 3LZMA 1C67A 1L21A 255LA 200LA 1L84A 3GUPA 1CU6A 140LA 1C6QA 3C7ZA 2Q9DA 228LA 3DN1A 167LA 102LA 1QT3A 238LA 168LA 1CU5A 1G07A 4ARPA 2OU8A 119LA 222LA 4LZMA 4IAPA 235LA 3G3XA 1L80A 4ZPUA 1LWGA 145LA 1L18A 3NY9A 2OU0X 3G3VA 1G1WA 1QUOA 4ARMA 173LA 1QTHA 1L13A 1QTBA 158LA 3SB7A 3C80A 3DN0A 174LA 254LA 1L85A 1L49A 109LA 3L2XA 1L47A 1P36A 107LA 1D3NA 1LI2A 146LA 3HWLA 1L26A 2B6WA 4EJ4A 1L72A 2F47A 150LA 164LA 5I14A 1G0GA 1P3NA 1P56A 1G0MA 253LA 3FI5A 244LA 2L78A 1CV3A 214LA 1C6GA 3C7WA 130LA 1C6KA 1OYUA 1G0PA 1P64A 1C6JA 236LA 1JTNA 3RUNA 242LA 1L12A 2B74A 1L03A 187LA 1ZYTA 2ANXA 4LDLA 3DN2A 1C6TA 1ZURA 3C8SA 1L16A 108LA 258LA 183LA 192LA 3GULA 3ODUA 3PBLA 178LA 1L31A 2B72A 249LA 247LA 1L50A 166LA 1L81A 1L10A 4DAJA 4W58A 123LA 1P46A 3HT9A 1C6DA 4ARJA 3C7YA 260LA 1CVKA 4AQNA 1D3FA 3PDSA 4W53A 1PQDA 4PJZA 1L58A 2B70A 3C81A 1L95A 3JR6A 1OWYA 1D2YA 2OE4X 3OE9A 3SN6R 162LA 1L37A 1G1VA 1L24A 2HUMA 1QTZA 2RAYX 1C64A 1CUQA 1L36A 256LA 3CDVA 1CV1A 1L29A 197LA 1L77A 3QAKA 3OE0A 103LA 3UONA 1L60A 1L57A 3F8VA 1L05A 1KW7A 3RZEA 1G0KA 1QS9A 4LDEA 4I7JA 4W55A 1L06A 212LA 1LGXA 189LA 1CTWA 1SSYA 141LA 2OE7X 196LA 3DMVA 4I7PA 4DJHA 3GUOA 4EKSA 1L11A 3CDQA 1C60A 232LA 1D9WA 227LA 1LYJA 241LA 1L44A 188LA 137LA 111LA 4W57A 4ARLA 4I7OA 2RB0X 126LA 159LA 1L01A 1LYIA 113LA 172LA 3HUKA 1L48A 161LA 3HTGA 1L56A 1P5CA 1SX2A 3SB8A 215LA 1CU0A 152LA 1L02A 1QUHA 1L04A 1L83A 4EKPA 151LA 1B6IA 2B7XA 2HUKA 2IGCA 1CX6A 1QUDA 216LA 165LA 1LI3A 1L07A 1QTVA 1DYAA 1L46A 1PQKA 5LZMA 1L41A 1G0LA 3V2YA 1CV6A 1DYBA 4ARQB 1G0QA 1KY0A 1T97A 2RB2X 184LA 1QS5A 1ZWNA 3HH4A 3L64A 4LDOA 1CV5A 147LA 3HT7A 2O4WA 1L28A 4I7SA 1TLAA 239LA 144LA 2O79A 1L59A 143LA 213LA 1L19A 1PQMA 112LA 1KS3A 1L08A 2RBRA 1C69A 1DYCA 1L0KA 148LE 1L17A 3F9LA 1P37A 2F32A 1C61A 3SB5A 1I6SA 2OE9X 3OE6A 1CU2A 219LA 1LYFA 4EPFA 3GUKA 169LA 2HULA 3HUAA 259LA 1LPYA 243LA 245LA 1C6EA 1L67A 262LA 1L64A 2B75A 186LA 2OU9A 3NYAA 1L54A 1L0JA 1L45A 2QARC 1L92A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1V7SA 1QT4A 4S0WA 4NGIA 3DN4A 2B6ZA 1GB8A 1GPQC 1IC7Y 1L25A 1EPYA 1Z55A 3SB9A 3DN3A 4H9IA 3OJPA 2LCBA 1LMTA 4W51A 1L66A 4OWAA 2Z6BA 4MCKA 2CDSA 1KW5A 4LYMA 3CB7A 4QDNA 1T6HA 3CT1A 1IP2A 4EKQA 3GUNA 2HU3A 211LA 1GF5A 1XSFA 4FDYA 6LZMA 1D0LA 5KXLA 3HUQA 1UUZC 4WM1A 1JTTL 1C66A 2YVBA 2DQEY 1GB2A 4NSIA 1IC4Y 4EXMA 4OO9A 1INUA 2NTGA 4HV1A 2DQHY 5LYTA 4QY9A 1B5VA 1JTMA 1GFRA 217LA 233LA 1SWZA 3HDEA 154LA 4I7MA 2B6XA 125LA 1LZTA 1C63A 1L55A 1L89A 1QT8A 181LA 2QB0B 2F2NA 1HEMA 3A96A 1V7TA 3TXHA 5LAGA 1WQNA 1UIAA 4CFPA 2HTXA 1L15A 4WMGA 240LA 3IJUA 1KIQC 251LA 4HV2A 1IP3A 3HTBA 2I26L 2W1XA 2XTHA 1BWIA 4W54A 2HECA 1EQ5A 1LWKA 3D9AC 2YBNA 5KXPA 5AMYA 1C68A 224LA 1UIFA 1BVXA 1VEDA 4WM6A 2Z38A 5FHWA 2ZYPA 1HF4A 3P65A 4YM8A 5APFA 4DWXA 4NWHA 104LA 4EOFA 4GBRB 2BQFA 2VB1A 3WPJA 4Z41A 2H9KA 3CDRA 1GWDA 1HEOA 221LA 3AB6A 5LINA 1UACY 5KKIA 1LJIA 3HH6A 2MEBA 1HFXA 4H9AA 3TXJA 2YBHA 3N9EA 1GEVA 1L14A 1G06A 1LZBA 2FYDA 2EPEA 3CDOA 2BQJA 5KXKA 2ANVA 1QSQA 1ZMYL 3G3AB 3GUMA 4B4EA 1C6HA 129LA 4NGJA 160LA 1F6RA 5B1FA 3W6FA 1L90A 4H8ZA 2YDGA 3ZVQA 2F4AA 176LA 1JHLA 3WVYA 3WXTA 1GF4A 4O34A 5F14A 1L87A 1T6VL 1LZGA 3RT5X 1CKDA 1L42A 5F16A 252LA 1HMKA 5LYMA 4H93A 1LSGA 1LZEA 190LA 2NWDX 1JISA 4L41A 3E3DA 4H90A 5LVKA 1L69A 1L74A 1B5YA 3EO5A 3SBBC 2Q9EA 4LYTA 1IWYA 1GHLA 1D3MA 1QT7A 1JQUA 5KXSA 2Z18A 1PQOA 4DYGA 2OEAX 261LA 1QUTA 1OVHA 1GF0A 2IFFY 3LZMA 5FEKA 1L21A 1LZ5A 200LA 1JSEA 1LJNA 5KXZA 5I4YA 1C6QA 1AM7A 167LA 4N5RA 168LA 1CU5A 222LA 4IAPA 3G3XA 1LJ4A 1L80A 4ZPUA 1LWGA 145LA 4J1BA 1L18A 4B4JA 2HEFA 2FYCA 4E3UA 1B7PA 3SB7A 4HP0A 2MEEA 1L49A 4ETCA 1L47A 2MEDA 107LA 1BB3A 2B6WA 1GBXA 1LMAA 3AJNA 5DM9A 4EJ4A 1GFHA 4N1EI 4NG1A 164LA 4DDAA 5I14A 1P3NA 2L78A 1HHLA 1CV3A 4GCBA 4LYZA 2ZQ4A 4TWSA 1LOZA 4GLAA 1G0PA 3RUNA 1YQVY 1SQ2L 1WQOA 2B74A 2BQDA 1ZURA 108LA 1LSPA 3GULA 4DD7A 1L50A 3P64A 1L81A 5LXWA 4DAJA 4W58A 1P46A 3HT9A 3A94A 3PDSA 5B06A 4NSJA 1L95A 162LA 1L24A 197LA 2I6ZA 3CDVA 3T6UA 3OE0A 1VAUA 1L05A 1ZV5L 3TMVA 1KW7A 2BQMA 2HEAA 1QS9A 1FBIX 1CJ7A 3CT5A 4W55A 2WARA 1LGXA 4ML7A 4IATA 2OE7X 3GUOA 1C60A 2CGIA 1D9WA 2HU1A 1D6PA 1B5UA 2MEAA 137LA 1NDMC 2RB0X 2Z2EA 1HC0A 1YANA 1LJFA 3HUKA 4WM2A 1IWTA 4U3XB 3WUAA 4G4BA 4KL7A 3SB8A 215LA 3P68A 1FLUA 2B7XA 2IGCA 2FBBA 5APEA 4QGZA 1T3PA 5LIOA 5HLLA 4NIJA 1DYAA 2BQCA 1BGIA 3ZEKA 4ARQB 4RLNA 1DKKA 2HEEA 1FKVA 8LYZA 5LYZA 1REYA 1IIZA 147LA 1LJHA 1WVVA 3RZ4A 1LJKA 1L59A 213LA 1B7QA 1GF7A 4KT3A 1L19A 2XBSA 112LA 4NGYA 2FBDA 2RBRA 5FDJA 1DYCA 3ATNA 4DD0A 2F32A 2BQGA 1B0DA 3SB5A 4BADA 3LYZA 2HULA 4ZEEA 245LA 1C6EA 1I1ZA 208LA 4R6CA 1L54A 5HNLA 1L51A 1H6MA 1D3JA 175LA 1JKBA 1LCNA 2Z37A 3B0KA 5FELA 2CUUA 3G3WA 2HEBA 1LGUA 1ZVYB 2YBMA 3LZTA 3AW7A 1SSWA 1JIYA 1L32A 1QUGA 1XGUC 3NY8A 4H9FA 1L22A 4NSHA 1OVJA 3WH1A 3AGGG 1HMLA 2ZWBA 4UWVA 3CDTA 1LYGA 2NTHA 2BLYA 1IWVA 1CV0A 2Z19A 218LA 3AGIA 1REZA 4NGWA 4YEMA 1LI6A 1GB5A 1OUFA 4PGJB 1L93A 3A3RX 1P2LA 1GF9A 1HENA 1TAYA 3B0IA 1XEIA 4NHQA 3M3UA 1LSMA 4XJBA 5K7OA 3VWOA 1GBWA 4HSFA 4YENA 220LA 1TCYA 4BS7A 2F4GA 3QY4A 4H9CA 3SB6A 3HDFA 4DQ5A 1L63A 1QQYA 4WOAA 5E9RA 1IORA 1F10A 1HEQA 1P7SA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1V7S A;  1QT4 A;  4S0W A;  4NGI A;  3DN4 A;  2B6Z A;  1GB8 A;  1GPQ C;  1IC7 Y;  1L25 A;  1EPY A;  1Z55 A;  3SB9 A;  3DN3 A;  4H9I A;  3OJP A;  2LCB A;  1LMT A;  4W51 A;  1L66 A;  4OWA A;  2Z6B A;  4MCK A;  2CDS A;  1KW5 A;  4LYM A;  3CB7 A;  4QDN A;  1T6H A;  3CT1 A;  1IP2 A;  4EKQ A;  3GUN A;  2HU3 A;  211L A;  1GF5 A;  1XSF A;  4FDY A;  6LZM A;  1D0L A;  5KXL A;  3HUQ A;  1UUZ C;  4WM1 A;  1JTT L;  1C66 A;  2YVB A;  2DQE Y;  1GB2 A;  4NSI A;  1IC4 Y;  4EXM A;  4OO9 A;  1INU A;  2NTG A;  4HV1 A;  2DQH Y;  5LYT A;  4QY9 A;  1B5V A;  1JTM A;  1GFR A;  217L A;  233L A;  1SWZ A;  3HDE A;  154L A;  4I7M A;  2B6X A;  125L A;  1LZT A;  1C63 A;  1L55 A;  1L89 A;  1QT8 A;  181L A;  2QB0 B;  2F2N A;  1HEM A;  3A96 A;  1V7T A;  3TXH A;  5LAG A;  1WQN A;  1UIA A;  4CFP A;  2HTX A;  1L15 A;  4WMG A;  240L A;  3IJU A;  1KIQ C;  251L A;  4HV2 A;  1IP3 A;  3HTB A;  2I26 L;  2W1X A;  2XTH A;  1BWI A;  4W54 A;  2HEC A;  1EQ5 A;  1LWK A;  3D9A C;  2YBN A;  5KXP A;  5AMY A;  1C68 A;  224L A;  1UIF A;  1BVX A; 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