1D2WA

N-terminal domain core methionine mutation
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTMGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Use of differentially substituted selenomethionine proteins in X-ray structure determination.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 55
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-09-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1d2wA00
1L47A 2CUUA 1LW9A 170LA 1C60A 3GULA 1P37A 1EPYA 1L41A 248LA 233LA 3HUKA 1KW7A 4ARQB 198LA 1L71A 1NHBA 3NY9A 160LA 2HUKA 174LA 2Z6BA 251LA 1L52A 1CU2A 1L28A 2NTHA 2O7AA 1L73A 256LA 3NY8A 178LA 3HH6A 185LA 1PQKA 1PQIA 3C82A 216LA 3GUMA 229LA 173LA 1L96A 222LA 1QS5A 149LA 2RB1X 1L11A 107LA 2LCBA 1T97A 2HULA 3OE0A 2Q9DA 245LA 3C81A 3LZMA 1JQUA 1P2LA 244LA 1G0GA 1LI2A 165LA 129LA 1C6CA 1P46A 231LA 3SB7A 1LLHA 1LYFA 189LA 1SX7A 2O4WA 1CUPA 4LDLA 1L17A 1CV5A 130LA 155LA 1L10A 1LYIA 1D3NA 1SSWA 243LA 4W58A 4EJ4A 1C66A 3C8SA 237LA 1CX6A 225LA 1QSBA 1ZURA 3HUQA 2OTYX 158LA 1G0LA 1T8FA 2NTGA 242LA 2RBNA 3HDFA 2OE7X 1L38A 1L39A 152LA 3OE6A 2F32A 4GRVA 127LA 3G3XA 164LA 1QT5A 1L74A 1L75A 218LA 167LA 4I7PA 1L63A 4W55A 3JR6A 4W53A 169LA 199LA 142LA 2Q9EA 4ZPUA 2B73A 2ANVA 1P5CA 3DMXA 3C7ZA 3L2XA 1L83A 1CV3A 1CU6A 1LI3A 3SB9A 4I7LA 4ARMB 1C6KA 4AQNA 1L82A 215LA 5I14A 1L32A 4W52A 2B70A 1G1VA 4I7TA 3ODUA 182LA 1LYGA 1CV4A 190LA 1L22A 2A4TA 3C8RA 3RZEA 1L85A 192LA 183LA 1C6QA 3HT7A 205LA 1L19A 2B75A 1L29A 1XEPA 3C8QA 258LA 2RH1A 1LPYA 1LWKA 3OE9A 166LA 1QTHA 3GUIA 1C6HA 3GUKA 125LA 4W59A 1L16A 1L0JA 4DKLA 1L99A 1D2WA 2OTZX 1L61A 3FA0A 3HTGA 112LA 1L20A 1L86A 1C6IA 1C68A 247LA 1QT6A 238LA 1L51A 1PQMA 3CDQA 1L87A 3HH3A 1CU5A 148LE 254LA 137LA 3EMLA 157LA 3HT6A 1L07A 1G0MA 1KNIA 4I7QA 1L98A 223LA 252LA 115LA 2B74A 3F9LA 3SN6R 3DMZA 1L13A 1L03A 1L42A 3RUNA 1L59A 187LA 1P64A 228LA 3HU8A 4ARJA 159LA 188LA 241LA 2OE9X 1G0KA 212LA 3SBBC 1D3JA 3G3VA 235LA 230LA 1L30A 1L84A 4I7KA 1C6FA 253LA 1L37A 3HT8A 5LZMA 1C6PA 1L49A 1P6YA 110LA 172LA 3HUAA 7LZMA 126LA 4LDOA 3UONA 122LA 4W56A 2LZMA 3GUOA 236LA 4S0WA 3FADA 213LA 1QSQA 1KW5A 1C67A 1CV6A 1L88A 4DAJA 3HT9A 2RAZX 4ARLA 200LA 4EKQA 2OE4X 1L05A 1PQJA 2L78A 255LA 1QTBA 3SBAA 1D3MA 4IAPA 1JTMA 257LA 109LA 1L44A 1LWGA 1OVHA 2RBSA 3HTBA 2IGCA 206LA 1L77A 250LA 1CTWA 1D3FA 3C7WA 1L23A 210LA 1P56A 2OU9A 1T8GA 197LA 146LA 186LA 1L92A 1G0PA 2QARC 1L89A 2F2QA 1L12A 141LA 1DYAA 3DKEX 1L45A 184LA 261LA 1P36A 1OV7A 1L02A 1L35A 3C83A 4YXAC 1P2RA 2B7XA 239LA 3CDTA 3QAKA 4E97A 1L27A 1QT8A 3CDOA 1KS3A 1P3NA 4PK0A 191LA 1L62A 3F8VA 1TLAA 1CVKA 1L43A 1L81A 1L33A 147LA 1QT4A 4DJHA 1L68A 1C6DA 1L94A 240LA 249LA 226LA 1L60A 104LA 214LA 1C6EA 1C6AA 3DN2A 180LA 1WTHA 4EKRA 195LA 3HTFA 1L53A 1LYEA 4W57A 4LZMA 3DN4A 1CV0A 161LA 3GUJA 4YX7C 3PBLA 2QB0B 1QT3A 4I7SA 138LA 143LA 2RBRA 1OV5A 1L06A 2RBOA 181LA 2RBQA 3SB6A 111LA 3C7YA 3DN8A 1CV1A 1L18A 1L65A 1SSYA 2HUMA 4W51A 3NYAA 1CU3A 1L55A 1OVKA 1XJTA 1L58A 1L56A 2RBPA 2B6YA 3HU9A 120LA 1D9WA 1G06A 1L00A 3HH4A 1XJUA 1P7SA 1L40A 3HDEA 4I7JA 1DYBA 1L90A 260LA 1L15A 2OEAX 108LA 2B6TA 1QS9A 4ARQA 1OYUA 114LA 1DYGA 1DYDA 221LA 3PDSA 3DN6A 1L36A 1L31A 232LA 1G1WA 1ZYTA 171LA 219LA 1L01A 2O79A 227LA 4EKSA 1QUGA 1G0QA 1QUHA 3HWLA 1T8AA 3VW7A 1L95A 1L97A 1LYJA 3CDVA 1CX7A 1L26A 259LA 4I7NA 1L57A 1PQDA 1LI6A 2RB2X 1L21A 1L46A 1L48A 3FI5A 1C64A 3G3WA 1QUOA 175LA 1C65A 3OE8A 1L14A 1L66A 1LGWA 1LGXA 176LA 4ARPA 4GBRB 2OU0X 1C6GA 4LDEA 1C63A 3GUPA 3L64A 128LA 4EXMA 102LA 1DYFA 3CDRA 140LA 1L24A 2F47A 1QTVA 4I7RA 1C61A 1L67A 3C80A 201LA 113LA 1DYCA 177LA 1OWZA 3SB5A 1L54A 1I6SA 2B6XA 1PQOA 131LA 196LA 1C6MA 1KY0A 3DMVA 4I7MA 211LA 1OVJA 144LA 4EPIA 3HTDA 1QUDA 1D2YA 1KY1A 1L64A 1L91A 1SWYA 3DN1A 4PJZA 1L09A 1C6JA 1SX2A 246LA 162LA 156LA 1L80A 103LA 1QTZA 4EKPA 1LYHA 1ZWNA 2ANXA 2RB0X 4EPFA 1QTDA 1C6BA 123LA 145LA 1L76A 3DN0A 3GUNA 1L08A 220LA 1QT7A 151LA 1G07A 4W54A 4ARMA 3SB8A 1QTCA 1SWZA 4K5YA 1L69A 3V2WA 1C6TA 139LA 2B6ZA 1CU0A 234LA 150LA 118LA 1C6LA 1L50A 262LA 1C6NA 3DNAA 4OO9A 4I7OA 1K28A 1LGUA 1DYEA 217LA 1L34A 3K2RA 3V2YA 1L25A 1L93A 1LYDA 2B6WA 2OU8A 1G0JA 163LA 1L72A 1B6IA 2RAYX 119LA 6LZMA 1L70A 168LA 2B72A 1JTNA 1CUQA 1L0KA 1C69A 224LA 3HH5A 1T6HA 4YXCA 1L79A 3DN3A 3D4SA 1L04A 1C62A 1OWYA 2LC9A 209LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3W6DA 5APFA 1TEWA 1PS5A 1GE2A 4RW2A 2MEEA 1L41A 248LA 4ARQB 2BQOA 1LYSA 5DN4A 1LZ6A 1BB7A 1JSFA 1L28A 1JKAA 2O7AA 1XGTC 256LA 3NY8A 178LA 1D6PA 4GN3A 1GB9A 5KY1A 3WVXA 3GUMA 2LZ2A 1P2CC 1QS5A 4WLXA 3AGGG 1DI3A 3OE0A 4UWNA 1VDQA 245LA 1P2LA 244LA 3CT1A 1GFEA 4NHTA 5B1FA 2O4WA 4LDLA 1L17A 1GF7A 1LMQA 1OUEA 1EQ5A 5HQ1A 1GEVA 4H9HA 1XSFA 4EJ4A 3C8SA 237LA 1QSBA 1ZURA 2HEDA 3HUQA 1T8FA 2NTGA 2RBNA 3HDFA 1L38A 5KXYA 1WQPA 1LSFA 1HNLA 127LA 5F9UA 1QT5A 1IOTA 1L74A 218LA 1FBIX 2ZYPA 1L63A 4W55A 3JR6A 1GDXA 5ILCA 1QDTA 3C7ZA 1LMNA 4WL6A 4OWHA 1LI3A 1CNSA 3SB9A 4I7LA 1YL1X 4ARMB 1KXWA 4WO9A 1AM7A 3A95A 5IDDA 5I5QA 182LA 1LYGA 190LA 1IC4Y 4DWXA 1LCNA 1DI4A 2AUBA 5LVHA 3WPJA 1GE4A 3A96A 2RH1A 1QTHA 1CKHA 1C6HA 1AKIA 3GUKA 1FLUA 1GFRA 1L99A 3P4ZA 2OTZX 1Z55A 3HTGA 5LIOA 4HJVA 112LA 1L20A 5C6JA 247LA 3RNXA 238LA 1EQEA 1PQMA 3CDQA 1L87A 1KIRC 4XN6A 3LYOA 137LA 1NBYC 1FLYA 1L07A 6LYTA 4TSCA 1GFKA 1KNIA 1L98A 223LA 1L03A 4H94A 4Z98A 5E4PA 159LA 4TX7A 2EKSC 212LA 4WM6A 1DKKA 4YOPA 1L84A 1F10A 3IWRA 3AGIA 1L37A 4CFOA 4HV1A 1LKSA 1WTMA 5LINA 3HUAA 3B72A 1B5XA 1W6ZA 3UONA 1IWWA 4PRQA 3LHMA 1LZCA 4W56A 3E3DA 5B05A 1KIQC 1C67A 1KW5A 4DYGA 4DAJA 3HT9A 2RAZX 2OE4X 1L05A 4WM4A 1QTBA 3SBAA 257LA 5C6LA 109LA 4NHQA 2YDGA 1REYA 1CKCA 1HMKA 3QE8A 1C08C 3A3RX 1GF3A 2H5ZA 1T8GA 4NGWA 1D9UA 4YEMA 1UIGA 1G0PA 3FE0A 1IP6A 1L89A 1BB6A 1B5UA 2G4PA 2XJWA 4KXIA 1OV7A 1L02A 1HEMA 1HEQA 1LYYA 3CDTA 3QAKA 1QT8A 1KS3A 1INUA 1UIHA 1QT4A 147LA 1L68A 1L94A 1JJ0A 3M3UA 3OJPA 1IWTA 4QY9A 4OWEA 3DN2A 4H9EA 4EKRA 195LA 3HTFA 1HERA 4LZMA 1LHJA 4I7SA 138LA 4LYBA 181LA 2RBQA 4G4HA 4GCCA 111LA 4ET9A 1L65A 1SSYA 1GDWA 2HUMA 4HTNA 5B07A 5FEKA 3B0KA 1L55A 1QUTA 1HELA 1L58A 2BQMA 1JTOL 2B6YA 5APEA 1B9OA 1KIPC 1P7SA 1CKGA 4G4CA 1OUCA 2Z2EA 2HU1A 1L15A 135LA 1LMAA 1XEJA 4H9IA 114LA 1LJIA 3PDSA 1LZ4A 5KXRA 171LA 1L01A 2O79A 3WW6A 1QUGA 1GD6A 1QUHA 1YAPA 3RU5A 1L95A 1L97A 4I7NA 2D4IA 1C64A 6LYZA 1LSBA 1LOZA 3OE8A 4XENA 1LGWA 3TXEA 3LYMA 176LA 1JKCA 4B4EA 3SP3A 3L64A 2F4GA 2D91A 4H92A 1DYFA 3CDRA 140LA 1L24A 3EXDA 5T3FA 4HV2A 1JTPL 2Y8PA 4XJIA 1JPOA 4XJHA 1LZNA 4EMNA 3C80A 113LA 1DYCA 1QTKA 4QGZA 2W1MA 1OWZA 1YROA 3WUMA 2B6XA 2PC2A 196LA 4N8ZA 1C6MA 3DMVA 4DD2A 4I7MA 211LA 1IWYA 1IWZA 1L64A 1KY1A 1SWYA 4B4JA 4DQ7A 1GAYA 4PJZA 1FLQA 1C6JA 1G7MC 1HHLA 1SX2A 4W94A 156LA 3M18B 1GFGA 1ZWNA 1QTDA 1C6BA 4GCFA 1L76A 1QT7A 151LA 4CHXA 1QTCA 1IWUA 4OOTA 1SWZA 1C6TA 1NBZC 2B6ZA 1CU0A 234LA 118LA 1C6LA 4NGKA 1H87A 1C45A 2FBBA 4LYTA 4OO9A 4DDBA 4WOAA 5LVKA 1GFHA 4NGLA 217LA 4AXTA 3F6ZA 1L34A 3K2RA 4DD7A 5I4YA 1DKJA 5APCA 163LA 1L72A 4HPEA 1L70A 1EL1A 1LHKA 1LSAA 4WLTA 1YKZX 1HC0A 1CJ8A 209LA 1L47A 1LW9A 170LA 1C60A 1EPYA 4ANRA 1NHEA 233LA 5EBHA 1D0KA 1LYOA 4XJBA 174LA 2Z6BA 1LKRA 1GE1A 1CU2A 3AB6A 1L73A 3A34A 3W6FA 3C82A 4NG8A 4HJZA 4NGVA 5F81A 229LA 1L96A 3BKVA 3GXRA 3RZ4A 107LA 2LCBA 1T97A 2HULA 1F6RA 1GBZA 5AMYA 4Z3MA 4WM2A 3J4GA 165LA 129LA 1C6CA 1P46A 4J0LA 1RJCB 1G7JC 9LYZA 4ETAA 4N1CC 2HTXA 155LA 1SSWA 4W58A 5IHGA 3K3TA 1GFTA 1C66A 158LA 3N9CA 4WLDA 1IORA 1L39A 3OE6A 2F32A 3LZ2A 1B5WA 1DI5A 1JIYA 1OUIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3W6D A;  5APF A;  1TEW A;  1PS5 A;  1GE2 A;  4RW2 A;  2MEE A;  1L41 A;  248L A;  4ARQ B;  2BQO A;  1LYS A;  5DN4 A;  1LZ6 A;  1BB7 A;  1JSF A;  1L28 A;  1JKA A;  2O7A A;  1XGT C;  256L A;  3NY8 A;  178L A;  1D6P A;  4GN3 A;  1GB9 A;  5KY1 A;  3WVX A;  3GUM A;  2LZ2 A;  1P2C C;  1QS5 A;  4WLX A;  3AGG G;  1DI3 A;  3OE0 A;  4UWN A;  1VDQ A;  245L A;  1P2L A;  244L A;  3CT1 A;  1GFE A;  4NHT A;  5B1F A;  2O4W A;  4LDL A;  1L17 A;  1GF7 A;  1LMQ A;  1OUE A;  1EQ5 A;  5HQ1 A;  1GEV A;  4H9H A;  1XSF A;  4EJ4 A;  3C8S A;  237L A;  1QSB A;  1ZUR A;  2HED A;  3HUQ A;  1T8F A;  2NTG A;  2RBN A;  3HDF A;  1L38 A;  5KXY A;  1WQP A;  1LSF A;  1HNL A;  127L A;  5F9U A;  1QT5 A;  1IOT A;  1L74 A;  218L A;  1FBI X;  2ZYP A;  1L63 A;  4W55 A;  3JR6 A;  1GDX A;  5ILC A;  1QDT A;  3C7Z A;  1LMN A;  4WL6 A;  4OWH A;  1LI3 A;  1CNS A;  3SB9 A;  4I7L A;  1YL1 X;  4ARM B;  1KXW A;  4WO9 A;  1AM7 A;  3A95 A;  5IDD A;  5I5Q A;  182L A;  1LYG A;  190L A;  1IC4 Y;  4DWX A;  1LCN A;  1DI4 A;  2AUB A;  5LVH A;  3WPJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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