1D2WA

N-terminal domain core methionine mutation
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTMGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Use of differentially substituted selenomethionine proteins in X-ray structure determination.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 55
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-09-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1d2wA00
120LA 230LA 2B75A 254LA 176LA 103LA 1CVKA 1P3NA 1SWYA 1L50A 1LYHA 239LA 1T6HA 1P64A 151LA 170LA 1L11A 1CUPA 1G0QA 2A4TA 1QS5A 1L76A 1DYBA 3L64A 3ODUA 248LA 253LA 2OU0X 1C6JA 2QB0B 1C6AA 1C6NA 1LW9A 1P56A 1QTBA 113LA 2F32A 234LA 1QT5A 1P7SA 196LA 1L62A 2HULA 1L64A 2B7XA 1KS3A 1QUHA 4ARQA 1D9WA 1L24A 1EPYA 1QUDA 1L19A 1L39A 3JR6A 1L46A 4ARMB 205LA 3C8RA 3OE6A 1QT8A 225LA 1LYFA 1L99A 1LYDA 4ARPA 1C62A 1CU0A 4I7OA 1D2WA 3HH3A 1SX2A 1QSQA 177LA 3DN2A 1L66A 211LA 4EKPA 173LA 1L56A 1L02A 1L04A 4ZPUA 1L90A 1B6IA 181LA 188LA 2IGCA 216LA 3V2WA 3GUPA 4E97A 3SB9A 2CUUA 1OVJA 214LA 1L21A 2RBQA 227LA 1L28A 1L17A 1L61A 2B6YA 111LA 1QT6A 3DKEX 3HTBA 1L40A 1L01A 1L49A 4GRVA 184LA 3FADA 144LA 122LA 166LA 3HTFA 178LA 1I6SA 1L26A 3OE8A 1CV1A 1P46A 1QUOA 1C6LA 2O7AA 1L53A 4W56A 251LA 220LA 1CTWA 1OWZA 213LA 1L52A 3CDTA 1ZWNA 1C60A 1C6EA 3DMZA 169LA 175LA 165LA 150LA 167LA 1L48A 2OU9A 4EPIA 1PQDA 1C6GA 1LYIA 1C6DA 1L45A 1L79A 3V2YA 219LA 107LA 3FI5A 1L05A 4YX7C 2RAYX 1L80A 1L95A 1ZURA 1L0JA 3HT6A 2OTZX 3GUJA 1G06A 4W53A 1DYDA 1OWYA 4I7RA 1L65A 155LA 1CX7A 1L38A 5I14A 1C6MA 137LA 246LA 4W55A 1L88A 1CU6A 1L27A 2OU8A 1L54A 1C6TA 2LZMA 1DYCA 4S0WA 4W58A 3HTDA 102LA 126LA 1L13A 200LA 164LA 192LA 4GBRB 1CV5A 2ANVA 1C63A 236LA 1QT4A 1LWGA 1QSBA 3CDOA 1C65A 1L59A 1L12A 152LA 163LA 212LA 3C8SA 235LA 4ARQB 1OV5A 3HH4A 3RUNA 2B6TA 4PJZA 4LDEA 1C69A 1KNIA 1G0LA 1G0JA 1LLHA 1G1VA 4I7NA 232LA 2O79A 1L44A 250LA 145LA 2RB1X 1L14A 1P6YA 3SN6R 1C6HA 1CV3A 160LA 4W52A 228LA 4LDOA 1L08A 2OTYX 3C81A 1D3FA 129LA 3SB6A 4IAPA 4I7PA 3PDSA 206LA 138LA 1OVKA 139LA 247LA 3PBLA 4YXAC 140LA 2RB2X 262LA 1KY0A 1LYGA 1C66A 2B73A 1L58A 1G1WA 3C82A 2Q9DA 3HDFA 4DAJA 258LA 1L84A 1C67A 252LA 4W57A 2F2QA 215LA 2RAZX 1L60A 259LA 1QUGA 1P2RA 2QARC 1SWZA 3C83A 7LZMA 198LA 2Q9EA 3HT7A 1L41A 171LA 190LA 108LA 1CUQA 1L03A 3GUNA 1L25A 1L16A 2ANXA 1SX7A 244LA 172LA 3GUMA 1PQMA 1L55A 1P37A 2RBOA 3CDRA 1T8GA 4K5YA 131LA 141LA 256LA 3DN1A 3HUAA 1T97A 249LA 4W59A 3GULA 186LA 1G0PA 158LA 1CX6A 2L78A 157LA 1L37A 110LA 1CV4A 1L10A 123LA 3C80A 149LA 2B6WA 3F9LA 128LA 3VW7A 2F47A 1L18A 4ARJA 3HT9A 218LA 1L30A 1L98A 223LA 1L71A 3SB5A 2RH1A 3C7YA 3GUKA 4EXMA 255LA 3SB8A 1L94A 3HH6A 1C6QA 187LA 2NTGA 1C61A 1D3NA 1D3JA 4W54A 1G0KA 2OE4X 2B70A 4LZMA 114LA 1L33A 183LA 3HWLA 1L23A 2B74A 147LA 3HU8A 1L93A 2OE9X 1L77A 1LYJA 3DN6A 118LA 3OE0A 221LA 142LA 3HTGA 159LA 2HUMA 1L47A 226LA 3DMXA 127LA 182LA 1K28A 4W51A 1L82A 1KW7A 4YXCA 4EKQA 6LZMA 1LPYA 3C7WA 2O4WA 3DNAA 185LA 1C6BA 2NTHA 1G07A 4I7JA 241LA 1QTDA 224LA 4EKSA 1LGUA 1C6IA 3HDEA 1WTHA 2Z6BA 260LA 1QT3A 243LA 1C68A 119LA 1L06A 1L29A 1L31A 1LGXA 3LZMA 4OO9A 1C6CA 1QT7A 148LE 1CV6A 3FA0A 1L70A 191LA 1LWKA 1D3MA 245LA 231LA 3C8QA 3L2XA 1L96A 4AQNA 3OE9A 174LA 2RBPA 162LA 1L57A 1L87A 4I7QA 1L32A 1L81A 4I7MA 1CV0A 1L75A 197LA 3NY8A 1T8FA 1L83A 1LI6A 240LA 3HU9A 1ZYTA 3DN0A 143LA 1JTMA 1L85A 1L92A 189LA 1L91A 1LGWA 4I7LA 1PQJA 1QTCA 4DKLA 3C7ZA 3GUIA 4EKRA 125LA 161LA 1KY1A 1C6PA 1L15A 238LA 1SSWA 2B72A 3DN4A 1QTVA 2LC9A 4PK0A 1L89A 1L86A 1L97A 1L73A 130LA 1XJUA 1T8AA 3G3VA 109LA 217LA 1L43A 3DMVA 4I7KA 1XEPA 1JQUA 1L36A 1CU2A 2LCBA 3UONA 1KW5A 3HT8A 2HUKA 1L09A 3G3WA 4I7TA 233LA 5LZMA 2RBRA 1L51A 168LA 104LA 1C6FA 1D2YA 4ARMA 1L0KA 1LI2A 3SBAA 1C64A 3G3XA 3HUQA 1P5CA 1L22A 1JTNA 180LA 1L00A 1QS9A 1QTZA 2OE7X 1L34A 2B6ZA 1L63A 1OV7A 3EMLA 1P2LA 1OYUA 3GUOA 115LA 1SSYA 3QAKA 1PQIA 3DN3A 1L07A 2B6XA 1G0GA 201LA 2RBSA 3SB7A 257LA 1LI3A 199LA 3CDVA 1DYFA 1DYEA 3RZEA 3NY9A 1CU3A 156LA 1CU5A 210LA 1LYEA 4EJ4A 261LA 3HUKA 1OVHA 4ARLA 1L67A 229LA 1PQOA 3DN8A 1XJTA 1L35A 242LA 1L20A 146LA 3SBBC 1NHBA 1PQKA 1TLAA 1L72A 3D4SA 209LA 3F8VA 2RBNA 4LDLA 1L69A 3K2RA 1G0MA 195LA 4DJHA 1L68A 1L74A 1DYGA 1QTHA 4I7SA 112LA 3HH5A 1C6KA 1DYAA 222LA 1P36A 237LA 3NYAA 4EPFA 1L42A 2RB0X 3CDQA 2OEAX
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ET9A 3A95A 1B5ZA 176LA 1HHLA 1CVKA 4WG1A 1HMKA 2ZWBA 1CUPA 5LVKA 3L64A 1GFVA 2OU0X 1C6AA 1C6NA 113LA 1BWHA 4N1CC 1LHKA 1QT5A 3A90A 1G7IC 196LA 4NGJA 4NIJA 4XJDA 1CKDA 3ULRA 1F10A 9LYZA 3C8RA 3OE6A 1QT8A 4B4EA 1BVKC 1HSXA 5AMYA 4TX7A 1L99A 3CSZA 5APCA 1IC5Y 1D2WA 1IP6A 177LA 1L66A 211LA 4EKPA 3P4ZA 4G9SA 1L02A 1LZDA 4ZPUA 1CJ7A 1IOQA 2IGCA 216LA 4E97A 2DQDY 5FELA 214LA 1L21A 2MEFA 3T6UA 5EBHA 1CNSA 4B4JA 2EPEA 3W6DA 1L17A 2B6YA 3DKEX 3HTBA 133LA 1L49A 4GRVA 1FLUA 3W6FA 4PJ2C 2MEEA 178LA 1B7OA 3OE8A 2BQEA 1P46A 4H9BA 4TSCA 4DD2A 1QUOA 5B59A 4W56A 251LA 1LJ3A 1H87A 3CSQA 1LZ4A 1VDPA 150LA 4N5RA 2OU9A 4KPMA 1AKIA 3N9CA 4G49A 1GBSA 5HLLA 2YSSC 2DQAA 1LZBA 4H8ZA 4NHTA 3GUJA 1C7PA 1UC0A 4DQ5A 1G06A 4DQ7A 1DYDA 5I5QA 1IP4A 3AW6A 5I14A 1C6MA 4W55A 1GB7A 1L27A 3AYQA 2LZMA 1I56A 1GBOA 1SQ2L 2Z38A 236LA 4DD1A 1TEWA 1LMNA 1GFTA 3B72A 2DQGY 4OWCA 3EXDA 1L12A 212LA 235LA 4LDEA 1F0WA 1LLHA 4I7NA 2ZIJA 1L44A 4B4IA 1L14A 3SN6R 3P66A 1B0DA 1DI4A 5E4PA 2HU1A 4Z46A 2OTYX 1IOTA 1OQMA 3C81A 3SB6A 1NBZC 1LYOA 5FEKA 5F9UA 1INUA 1DXJA 4YXAC 5FSTA 1B2KA 1EQEA 2RSCA 3M18B 2RB2X 1OUCA 1L58A 3WMKA 1L84A 2F2QA 1P2RA 1IR8A 3C83A 1G7LC 1GE2A 4QY9A 198LA 5DLAA 2Q9EA 3HT7A 2N5ZA 1L41A 171LA 3G3AB 108LA 1LCNA 3A92A 4LZTA 1L25A 1VDTA 1BGIA 4CFPA 2BQMA 2ANXA 1SX7A 2XQOA 172LA 4IASA 2RBOA 4Z3MA 3DN1A 1F6RA 2DQHY 1BB3A 1IX0A 3A8ZA 4DD7A 158LA 1CX6A 1L37A 1L10A 3RW8A 6LYZA 1KXXA 5HQ1A 1B7RA 3AJNA 1JKDA 1CJ6A 1DPXA 1RJCB 4WM1A 255LA 3SB8A 1L94A 1GXV2 1REMA 3BKHA 1CJ9A 187LA 1DQJC 4ETAA 3ZVQA 4G4HA 4W54A 3TMUA 2OE4X 1GD6A 2B70A 4LZMA 114LA 183LA 4J1AA 1ZMYL 3IWRA 3E3DA 3EO5A 1L23A 4NSJA 1OUJA 1LJ4A 1L77A 1XEKA 3A6BY 1HNLA 4WLYA 1D0KA 2CGIA 1XGPC 4NGIA 5FCPA 3GXRA 1L82A 1KW7A 4N0JA 1UBZA 4YXCA 4EKQA 1IWVA 1LJIA 1GDXA 1LZTA 1ZVYB 3MGWA 185LA 2F4AA 4I7JA 3N9AA 1IR7A 4EKSA 1NQIA 1NKHA 1VATA 1JWRA 1L06A 1LGXA 4OO9A 3LZMA 148LE 2X0AA 3FA0A 1L70A 4H91A 191LA 4OWBA 2RBPA 1L87A 153LA 4C3WA 1CV0A 1L75A 3WU7A 1JITA 1T8FA 1LI6A 1ZYTA 143LA 1MLCE 1QTCA 3TXEA 1QDTA 4PHIA 4NGKA 1L15A 1VAUA 4HP0A 1LSAA 1LZ1A 1B5UA 3P64A 3M3UA 1WQRA 130LA 4BAFA 1JPOA 3LHMA 3VWOA 5KXKA 2XBRA 2LHMA 1L43A 2XJWA 1B5WA 1IVMA 2D4IA 3DMVA 1QDRA 4I7KA 4NGOA 2I26L 1L36A 2LCBA 1KW5A 4ET8A 1L09A 3ZVQB 4DDAA 2RBRA 132LA 1L51A 168LA 104LA 1C6FA 4ARMA 1C64A 3WPKA 3HUQA 1UIBA 1LSYA 1IOCA 1L22A 180LA 1L00A 2HU3A 1QTZA 1DPWA 4GCCA 3GUOA 1Z55A 1GF5A 4NFVA 3WXTA 5M1YA 1XSFA 3CDVA 1DYEA 2CWIA 1ZVHL 3TMVA 4XENA 5IELA 3HUKA 1J1PY 4OOTA 4RLNA 4ARLA 229LA 3WUMA 3SBBC 4GCFA 5HNCA 1GE0A 1CKHA 2RBNA 1QUSA 1IIZA 3B0KA 5LA5A 1LMQA 1KIQC 4H9FA 4OOOA 3WULA 3AZ7A 112LA 4I8SA 4NEBA 1YILA 120LA 4NWEA 4ETDA 1YQVY 3WUAA 5D5FA 2EIZC 1J1XY 4CGEA 3D9AC 3WYHA 4G4BA 1QS5A 1L76A 1RI8B 193LA 1G7MC 5KXSA 5I4XA 2F32A 1P7SA 4XJFA 1L62A 1LJJA 1L64A 1LSGA 1L24A 3WPJA 2HEDA 1QUDA 1JEFA 1LZEA 1IP3A 4ARMB 3A93A 1REXA 2F4GA 1GB5A 2Z12A 1GE1A 1C62A 1KXYA 7LYZA 4OW1A 1GF8A 1WQQA 1B6IA 188LA 2VB1A 3V2WA 4NG8A 1WQNA 2DQFC 2RBQA 227LA 1HF4A 1IWWA 2D6BA 111LA 4BAPA 3FADA 4WO6A 166LA 1I6SA 1L26A 4B49A 4UWNA 1L53A 1B7SA 1CTWA 6LYTA 1OWZA 1YROA 5KXZA 1ZWNA 4KT3A 1C6EA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4ET9 A;  3A95 A;  1B5Z A;  176L A;  1HHL A;  1CVK A;  4WG1 A;  1HMK A;  2ZWB A;  1CUP A;  5LVK A;  3L64 A;  1GFV A;  2OU0 X;  1C6A A;  1C6N A;  113L A;  1BWH A;  4N1C C;  1LHK A;  1QT5 A;  3A90 A;  1G7I C;  196L A;  4NGJ A;  4NIJ A;  4XJD A;  1CKD A;  3ULR A;  1F10 A;  9LYZ A;  3C8R A;  3OE6 A;  1QT8 A;  4B4E A;  1BVK C;  1HSX A;  5AMY A;  4TX7 A;  1L99 A;  3CSZ A;  5APC A;  1IC5 Y;  1D2W A;  1IP6 A;  177L A;  1L66 A;  211L A;  4EKP A;  3P4Z A;  4G9S A;  1L02 A;  1LZD A;  4ZPU A;  1CJ7 A;  1IOQ A;  2IGC A;  216L A;  4E97 A;  2DQD Y;  5FEL A;  214L A;  1L21 A;  2MEF A;  3T6U A;  5EBH A;  1CNS A;  4B4J A;  2EPE A;  3W6D A;  1L17 A;  2B6Y A;  3DKE X;  3HTB A;  133L A;  1L49 A;  4GRV A;  1FLU A;  3W6F A;  4PJ2 C;  2MEE A;  178L A;  1B7O A;  3OE8 A;  2BQE A;  1P46 A;  4H9B A;  4TSC A;  4DD2 A;  1QUO A;  5B59 A;  4W56 A;  251L A;  1LJ3 A;  1H87 A;  3CSQ A;  1LZ4 A;  1VDP A;  150L A;  4N5R A;  2OU9 A;  4KPM A;  1AKI A;  3N9C A;  4G49 A;  1GBS A;  5HLL A;  2YSS C;  2DQA A;  1LZB A;  4H8Z A;  4NHT A; 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