1D2WA

N-terminal domain core methionine mutation
Total Genus 55

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTMGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)3H1 (159-161)EMPTYS1 (14-19)TIV1 (27-30)TI1 (20-23)AH9 (137-141)S2 (25-28)AH3 (60-80)S3 (31-34)AH2 (39-50)TI'1 (54-57)AH7 (115-123)AH8 (126-134)AH10 (143-155)AH4 (83-90)AH6 (108-113)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Use of differentially substituted selenomethionine proteins in X-ray structure determination.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 55
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-09-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1d2wA00
3DN8A 1L65A 2LCBA 3HT9A 1TLAA 1L63A 138LA 1CV6A 1L41A 1L27A 3HU8A 206LA 246LA 3GUIA 2RB0X 256LA 2RBNA 1L76A 224LA 228LA 1XJTA 1ZWNA 2RBSA 3DMVA 3HUAA 1B6IA 1L22A 172LA 4K5YA 2B72A 1G0JA 1L20A 201LA 1L15A 1KNIA 1L40A 2B75A 1P36A 238LA 2RB2X 1C6AA 1QS9A 1L39A 1QT8A 152LA 3C8SA 174LA 1L28A 1L56A 1QT4A 3CDQA 3DN0A 4DJHA 4EPIA 1T6HA 3GUNA 4I7NA 1L47A 1CX7A 141LA 1G0KA 1CTWA 1OYUA 240LA 1G0PA 4W59A 2QARC 3QAKA 1P3NA 180LA 109LA 1C64A 1QUHA 3C82A 1L95A 1L16A 3C7YA 2A4TA 1T97A 183LA 4LDOA 1PQJA 1L08A 2O79A 1CV1A 259LA 2RB1X 1LW9A 1G0MA 4YXAC 258LA 1CUQA 1OWYA 166LA 1L90A 236LA 1L0JA 189LA 4ZPUA 3DMZA 129LA 2CUUA 145LA 1T8FA 4W52A 3HH4A 186LA 4W57A 3PDSA 1L30A 3NY8A 158LA 4PK0A 127LA 3GUJA 3SB7A 3GUKA 130LA 1L49A 4ARLA 4DAJA 252LA 1L43A 147LA 1L54A 3HTGA 3L2XA 3OE8A 4EXMA 149LA 239LA 1CV4A 1DYGA 4ARMB 1L87A 3HT7A 4EKQA 3NY9A 1L91A 164LA 3HH5A 3HUQA 1OV5A 1K28A 4S0WA 1CV5A 231LA 126LA 3CDRA 2ANXA 4IAPA 1L06A 1L96A 173LA 103LA 1L12A 4W56A 1C62A 1L73A 245LA 1L24A 3SB5A 1D3FA 195LA 1L80A 1L21A 122LA 1L11A 4PJZA 2IGCA 198LA 1CX6A 1L99A 3K2RA 4I7OA 1L79A 1L62A 128LA 148LE 5LZMA 3C8RA 4I7TA 1L84A 1L89A 2NTHA 4LZMA 1L82A 118LA 3SB6A 1C6IA 4DKLA 1G07A 2RAZX 3DN6A 1C6DA 1L66A 1L53A 1ZURA 4W53A 192LA 2F32A 1L44A 1XEPA 4OO9A 1L02A 255LA 151LA 1C66A 191LA 1C67A 1SSWA 3HDEA 3RUNA 3DN1A 3HT8A 4ARQB 1L42A 1L58A 1QUOA 1SX2A 220LA 1P7SA 199LA 218LA 1C6GA 2OU0X 1L36A 176LA 159LA 227LA 4I7PA 2Q9EA 4ARJA 235LA 3SBAA 1L48A 1CUPA 223LA 2OTYX 1OV7A 175LA 1L92A 4LDEA 229LA 3EMLA 3L64A 1CU5A 1C6PA 1L25A 234LA 161LA 113LA 1L51A 1LYFA 1L03A 2RBOA 3RZEA 4I7MA 1DYFA 243LA 2RBPA 3DKEX 2OE7X 1P64A 1L59A 1D3MA 1L68A 1C69A 181LA 1LWKA 1L23A 1QTZA 1CV3A 1L57A 4EKRA 169LA 2F2QA 1C61A 1T8GA 167LA 1CVKA 3ODUA 4I7JA 233LA 131LA 1G0GA 112LA 1LYIA 1L88A 137LA 1C65A 3GULA 1DYCA 171LA 110LA 1L19A 4LDLA 2Z6BA 1P56A 1G1WA 1L01A 1L10A 213LA 3PBLA 1C6BA 2F47A 3HWLA 3HH6A 241LA 1DYBA 242LA 1L31A 3HU9A 1CU0A 262LA 160LA 1QTCA 3SN6R 1L85A 2OU8A 2B6YA 3LZMA 1C6EA 3CDTA 3OE6A 1QTHA 3C81A 1SWZA 1L74A 1D2WA 2QB0B 3FADA 1L75A 1C6JA 3F9LA 1EPYA 3SB9A 1SX7A 1L71A 142LA 1CU6A 3C83A 2OE9X 1QT7A 1QTDA 1KY0A 1CU2A 1L32A 1LGWA 211LA 1P6YA 1LYEA 162LA 4W55A 119LA 225LA 1L93A 1L97A 190LA 219LA 1I6SA 3DN4A 2B6WA 1C68A 4YXCA 4EPFA 102LA 217LA 1C6CA 3DNAA 3D4SA 3HH3A 111LA 2OU9A 139LA 4YX7C 261LA 143LA 1P2RA 7LZMA 1L94A 2B7XA 1L81A 1C6HA 3V2YA 214LA 115LA 196LA 1C63A 1QUDA 2B73A 4ARMA 1XJUA 1L55A 1LGUA 1QTBA 4W51A 1L52A 1L00A 1P2LA 2RH1A 1L46A 3GUOA 3SBBC 221LA 2O4WA 1D3JA 2B74A 3VW7A 244LA 1JTNA 3G3WA 157LA 3GUMA 1PQMA 2HUKA 1OWZA 4W54A 4GRVA 1G1VA 1JTMA 1OVKA 253LA 1OVJA 1DYDA 1LYJA 120LA 1L17A 237LA 5I14A 1SSYA 168LA 3HTDA 4GBRB 1KW5A 1LLHA 1L67A 216LA 4EKPA 3V2WA 215LA 1L29A 2B6XA 226LA 1G0LA 3HTBA 1QT5A 1L77A 3DMXA 2RBRA 1P37A 1C6NA 2HULA 140LA 3NYAA 114LA 222LA 187LA 1L64A 1LGXA 1LWGA 3G3VA 3UONA 1QSQA 1C6LA 1DYEA 3C7WA 1C6QA 1ZYTA 1L0KA 257LA 3C80A 1LYHA 2ANVA 1NHBA 4W58A 1C6KA 1WTHA 2HUMA 1L50A 3OE0A 248LA 2B70A 210LA 2B6ZA 1KY1A 185LA 2LZMA 2LC9A 107LA 4ARQA 247LA 2OTZX 1QTVA 1CV0A 1C60A 1KS3A 230LA 1QUGA 1LI6A 1QT3A 1PQKA 1L37A 1D3NA 3DN2A 3C7ZA 1PQIA 2L78A 1L13A 209LA 170LA 1JQUA 3HUKA 3HTFA 1QT6A 3G3XA 2Q9DA 146LA 1QS5A 4I7RA 4ARPA 1C6FA 1PQDA 1P46A 250LA 2NTGA 3F8VA 3HDFA 1L04A 1LYGA 3FA0A 188LA 4EKSA 144LA 1L70A 182LA 2O7AA 165LA 4AQNA 108LA 2RAYX 4I7KA 1T8AA 1L05A 3CDOA 123LA 1G0QA 1OVHA 163LA 3GUPA 150LA 1L18A 2OE4X 125LA 1G06A 1L33A 3OE9A 2OEAX 1DYAA 3FI5A 178LA 1D2YA 1C6MA 3C8QA 1L26A 1L35A 3DN3A 1L38A 1L86A 1KW7A 1D9WA 1L60A 1C6TA 251LA 1LI2A 155LA 1LPYA 232LA 2B6TA 3JR6A 1L72A 260LA 1P5CA 6LZMA 1LI3A 1L14A 177LA 104LA 200LA 197LA 254LA 212LA 205LA 1L98A 1L69A 3SB8A 4E97A 1L09A 184LA 1L07A 1L45A 3HT6A 1LYDA 1L61A 3CDVA 1PQOA 1L83A 249LA 4I7QA 4EJ4A 1SWYA 156LA 1L34A 1QSBA 1CU3A 4I7LA 2RBQA 4I7SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DN8A 1L65A 1NDGC 1IWTA 2YBNA 1TLAA 1XFPL 4DDAA 206LA 2RB0X 5C6JA 3QNGA 2RBNA 1L76A 1G7LC 1XJTA 1ZWNA 1LSAA 2B72A 2A7DA 1LZSA 5ILFA 2ZNXY 4YM8A 2B75A 1JITA 238LA 2RB2X 3TMVA 1C6AA 1QS9A 1L39A 3AZ6A 152LA 3C8SA 174LA 1L28A 3CDQA 4EPIA 4RDSA 3QE8A 1CTWA 1B7QA 4NY5A 4NSJA 240LA 1G0PA 3HBHA 1IVMA 4XJBA 1C64A 1FKVA 1L95A 1L16A 2A4TA 2O79A 1CV1A 4H92A 2RB1X 1LW9A 4XJFA 1REYA 1GFGA 2ZYCA 1CUQA 1LZGA 145LA 1T8FA 1LYOA 1L30A 4WLTA 5HNLA 1NQIA 5LVKA 4PK0A 127LA 5A3ZA 130LA 1L49A 3A6BY 2MEIA 2C8OA 5F16A 1C45A 1L43A 1GFKA 1DZBX 2ZNWY 3E3DA 1JJ0A 239LA 1CV4A 1JKAA 2C8PA 3NY9A 164LA 4OWEA 4M6DA 2LYOA 2DQGY 1LZCA 5DLAA 3FI7A 1GF7A 4W56A 1B5XA 1KXYA 4QY9A 3SB5A 1L80A 4TSCA 4H8YA 1VDPA 1L11A 4P2EA 1GE4A 1L99A 2Z12A 1L79A 1L62A 1D0LA 1JHLA 4WO6A 2BQDA 1IO5A 1L89A 2NTHA 1CKCA 1B7RA 4PJ2C 1C6IA 4NHTA 4Z3MA 1G07A 2RAZX 1LSCA 6LYTA 151LA 1C67A 3LHMA 3RUNA 3DN1A 1JSFA 1P7SA 199LA 2I25L 2OU0X 176LA 1HEPA 1REZA 2FBBA 1L48A 2OTYX 4GN4A 3L64A 1LSMA 1L25A 4BADA 2YBJA 3TXEA 1C10A 3WUMA 1IWWA 1GBSA 2RBOA 4I7MA 243LA 2OE7X 4W96A 4J0LA 2I6ZA 181LA 1B7LA 1HF4A 5LA8A 167LA 1HMKA 1CVKA 1G0GA 1GBXA 171LA 4LDLA 1LHKA 5F81A 3HWLA 1WVUA 4NHPA 4ETEA 1L31A 3HU9A 1IY4A 1CU0A 1LZAA 262LA 3AB6A 1HEMA 4R0FA 5IDDA 2YBMA 1BGIA 1QTCA 1L85A 1IIZA 3LZMA 1OUGA 4NG8A 4PRUA 1GF9A 1L74A 1SWZA 1G7HC 2CGIA 1LJEA 2FYDA 1L71A 1CU6A 3C83A 1LHLA 4TUNA 1GFAA 2HTXA 225LA 4GCFA 2BAAA 219LA 1AZFA 1OUJA 3DN4A 1LJKA 5F9UA 1C6CA 3DNAA 5F14A 4WM5A 1GB0A 3TMWA 4WM4A 1CJ7A 4PPOA 5T3FA 5FCPA 1RCMA 2B7XA 1L81A 3WPKA 3V2YA 1QUDA 4ARMA 4ZFPA 4XJIA 1LGUA 3BKVA 1QUTA 1L52A 1L00A 4ETAA 4WO9A 3G3AB 221LA 2BQGA 1D3JA 2B74A 4WM2A 3G3WA 3AGGG 2HUKA 3J6KA 1JTMA 1OVKA 1YAPA 253LA 1LSBA 1XGRC 1GFVA 1DYDA 4GN3A 4CFPA 3WW5A 1DI4A 4LYCA 168LA 4A7DA 5L3IA 3V2WA 215LA 4I8SA 3WU8A 226LA 1LMOA 2DQHY 1G0LA 3CSQA 1QT5A 207LA 1P37A 4UWNA 2XBRA 1LWGA 1LGXA 2YBLA 5LYZA 1QSQA 2HUBA 1WQOA 1L0KA 1J1OY 1XEKA 2ANVA 4OW1A 5L3HA 4W58A 1C6KA 1N4FA 2D4KA 3AGIA 1UIGA 2B6ZA 2LC9A 1D0MA 1C60A 4M4OA 2G4PA 1QUGA 4GCEA 1QT3A 1L37A 3GXRA 1GD6A 4H8XA 3C7ZA 3ZEKA 2L78A 1L13A 5ILCA 209LA 1C43A 4YEOA 170LA 3HUKA 3G3XA 1QS5A 3F8VA 4J1BA 4Z98A 3HDFA 3W6FA 1LYGA 188LA 4EKSA 1Z55A 5E9RA 4AQNA 5B07A 1T8AA 3CDOA 1G0QA 3GUPA 1JSEA 125LA 1BB4A 1B0DA 4XJGA 2LZTA 178LA 1D2YA 3C8QA 1CKFA 1RJCB 4KPMA 3LYMA 1W6ZA 4XJDA 1C6TA 4H94A 1LI2A 1LSNA 2F4AA 1B5WA 4RW1A 3W6AA 5LA5A 260LA 1P5CA 6LZMA 177LA 104LA 1LSEA 1DXJA 200LA 197LA 212LA 1L69A 4H9FA 4G4BA 133LA 1LYDA 1GFHA 2W1LA 4HPEA 1UC0A 4NSGA 1GF6A 4UWVA 4I7LA 4I7SA 1RI8B 4N1CC 2W1YA 4KL7A 1DI5A 1NMMA 1UIBA 3HU8A 3WPLA 3GUIA 1IOSA 1GBWA 1GBZA 2ZQ3A 224LA 228LA 5KKIA 1VEDA 3P65A 4K5YA 4H9IA 1L40A 5LYMA 1IWVA 1JKDA 1NWGA 1QT8A 3TXKA 1QT4A 4DJHA 3B6LA 4WLYA 3IJUA 1CX7A 1IOTA 1LMNA 2H9KA 4LYZA 3TXGA 1JPOA 3TMUA 180LA 3J4GA 1UIEA 109LA 1QUHA 1YAMA 3C82A 4H91A 1L08A 4O34A 1IEEA 259LA 2LYZA 2BQLA 4YXAC 3EO5A 1KXXA 5I5QA 236LA 3B0KA 4HJVA 3WW6A 4XADA 3HH4A 5KXXA 5KXSA 3WMKA 4WM3A 3LN2A 4LT3A 3CB7A 1GEZA 4GLAA 4ARLA 1B9OA 4Z46A 1JJ1A 1HC0A 252LA 3IWRA 4IJ4A 1BHZA 4LT2A 4EXMA 1KIQC 149LA 1LZBA 5LYTA 5E4PA 1GBOA 2BPUA 1GB5A 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2IHLA 2CWIA 1LSZA 4U3XB 2LYMA 196LA 3EXDA 1C63A 3WVXA 2Q0MX 4WL7A 1XJUA 1VDTA 2Z2EA 4NGLA 5I4XA 1QTBA 1WQRA 1GE2A 3P66A 3SBBC 3GUOA 3TXFA 3P68A 1CNSA 1W08A 5L9JA 244LA 1JTNA 3A96A 3GUMA 1PQMA 3LYOA 2IFFY 1IP4A 1DKJA 1LZTA 4HPIA 120LA 1L17A 237LA 1YANA 3HTDA 5FHWA 4GBRB 1KW5A 3WL2A 1IP1A 1L67A 1LLHA 4EKPA 1LSDA 2Z19A 1L29A 2B6XA 2XTHA 2YBIA 1LJ3A 1LPIA 5LINA 1IC5Y 1T6VL 3QY4A 1L77A 2BQKA 1QTKA 187LA 2DQJY 1C6LA 1LZ8A 1ZYTA 257LA 1LYHA 3OE0A 1L50A 3TXHA 1NBZC 210LA 4R6CA 3RZ4A 2OTZX 1JWRA 1JKBA 230LA 1LI6A 1PQKA 3DN2A 1PQIA 2RSCA 1JKCA 4WMGA 2GV0A 5B59A 4OWAA 1JQUA 1QT6A 2Q9DA 3TXJA 4ML7A 1LCNA 3A67Y 1L04A 1EQ5A 3FA0A 3TMXA 182LA 1IY3A 1NHEA 1LMPA 1MLCE 1A2YC 1D6QA 2FBDA 2RAYX 1QSAA 1OVHA 1L18A 1G06A 3OE9A 1DYAA 3FI5A 1REXA 3N9CA 1L26A 1NF5A 3G3BB 2HEDA 155LA 1ZV5L 1GDWA 4PGJB 1L14A 4LFXA 1IOCA 1PZYA 5C6IA 205LA 2BQEA 5LVHA 4OOTA 1DPWA 4TX7A 4DD3A 1L09A 184LA 1HEWA 2BQBA 2YSSC 1IC7Y 3CDVA 4CGEA 4NEBA 1L83A 4NFVA 4QDNA 1SWYA 3HBEX 1QSBA 1CU3A 1UIDA 4CFOA 4NGKA 4ZEEA 2LCBA 1HHLA 138LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3DN8 A;  1L65 A;  1NDG C;  1IWT A;  2YBN A;  1TLA A;  1XFP L;  4DDA A;  206L A;  2RB0 X;  5C6J A;  3QNG A;  2RBN A;  1L76 A;  1G7L C;  1XJT A;  1ZWN A;  1LSA A;  2B72 A;  2A7D A;  1LZS A;  5ILF A;  2ZNX Y;  4YM8 A;  2B75 A;  1JIT A;  238L A;  2RB2 X;  3TMV A;  1C6A A;  1QS9 A;  1L39 A;  3AZ6 A;  152L A;  3C8S A;  174L A;  1L28 A;  3CDQ A;  4EPI A;  4RDS A;  3QE8 A;  1CTW A;  1B7Q A;  4NY5 A;  4NSJ A;  240L A;  1G0P A;  3HBH A;  1IVM A;  4XJB A;  1C64 A;  1FKV A;  1L95 A;  1L16 A;  2A4T A;  2O79 A;  1CV1 A;  4H92 A;  2RB1 X;  1LW9 A;  4XJF A;  1REY A;  1GFG A;  2ZYC A;  1CUQ A;  1LZG A;  145L A;  1T8F A;  1LYO A;  1L30 A;  4WLT A;  5HNL A;  1NQI A;  5LVK A;  4PK0 A;  127L A;  5A3Z A;  130L A;  1L49 A;  3A6B Y;  2MEI A;  2C8O A;  5F16 A;  1C45 A;  1L43 A;  1GFK A;  1DZB X;  2ZNW Y;  3E3D A;  1JJ0 A;  239L A;  1CV4 A;  1JKA A;  2C8P A;  3NY9 A;  164L A;  4OWE A;  4M6D A;  2LYO A;  2DQG Y;  1LZC A;  5DLA A;  3FI7 A;  1GF7 A;  4W56 A;  1B5X A;  1KXY A;  4QY9 A;  3SB5 A;  1L80 A;  4TSC A;  4H8Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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