1D2YA

N-terminal domain core methionine mutation
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAMGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Use of differentially substituted selenomethionine proteins in X-ray structure determination.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-09-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1d2yA00
1QUOA 1P5CA 253LA 3CDRA 3CDQA 1LPYA 1QUHA 1PQKA 192LA 164LA 166LA 1C61A 1L01A 4W59A 4PK0A 1L42A 1C6KA 1LWGA 4I7RA 127LA 103LA 3C7YA 3GUOA 247LA 1T6HA 130LA 1L02A 1T8GA 1C60A 3NY9A 169LA 2RB2X 172LA 1QTBA 4W56A 131LA 4I7KA 255LA 1L70A 213LA 1SSYA 3OE9A 3PDSA 3HUKA 1L58A 257LA 1L55A 1C64A 1C6LA 1NHBA 4W51A 1L00A 1L83A 1CU0A 3L2XA 1L98A 1L90A 4W54A 4W52A 4K5YA 182LA 1L27A 118LA 259LA 113LA 3C8SA 107LA 1ZURA 104LA 1L45A 1L48A 1C6QA 1L10A 1KNIA 3DMZA 3HTDA 240LA 4ARMA 197LA 3HH6A 1L97A 129LA 3GUMA 1L74A 3HU9A 114LA 3FI5A 2B70A 3HTGA 2ANXA 1C6HA 3OE8A 3NY8A 3V2YA 120LA 1L20A 4ARQB 1C6DA 3SB9A 1T8FA 227LA 3HT9A 1P64A 174LA 1L40A 248LA 1L54A 180LA 3C82A 4I7QA 1K28A 185LA 261LA 2OTZX 109LA 1G0JA 2RBPA 1LYDA 3DMVA 1CU2A 1B6IA 4W58A 3ODUA 1L68A 3SBBC 1QSBA 258LA 2LC9A 2OE9X 2LCBA 214LA 1L0KA 1L04A 1L57A 2Q9EA 186LA 1OVJA 2RB0X 2Z6BA 1G07A 4ARJA 3OE6A 1QT6A 1JTMA 2F47A 3GULA 4I7PA 225LA 183LA 1P56A 2QARC 222LA 1L71A 1L94A 1L96A 219LA 232LA 4EKPA 1D3JA 1QT5A 1L14A 1L12A 3HT6A 1L60A 158LA 2HULA 2OU8A 1L92A 233LA 1LYFA 140LA 1L95A 139LA 1C68A 143LA 209LA 3CDOA 1L09A 1QUDA 4ARLA 4ARMB 221LA 171LA 167LA 1C6FA 1PQOA 1LI3A 1CUPA 1C62A 2HUKA 126LA 1L93A 1G0PA 2OE4X 1CV5A 1CX7A 1L18A 3VW7A 1L13A 1C6CA 3HWLA 3SB7A 181LA 2O7AA 4EPIA 1L06A 1P37A 1L76A 3PBLA 1CU3A 162LA 1L22A 1LWKA 1L99A 1SX2A 3EMLA 1OWYA 1L31A 144LA 1L38A 115LA 2B6WA 4ARPA 1L32A 1C65A 231LA 4EKQA 1QTCA 3CDVA 4YXCA 242LA 1L50A 195LA 206LA 125LA 1L36A 3F8VA 3HH3A 163LA 2B73A 4DJHA 138LA 146LA 1P2LA 119LA 189LA 5LZMA 1OV5A 3DNAA 1L39A 175LA 2CUUA 3V2WA 1D3MA 210LA 3FADA 152LA 1L03A 3HH4A 2RBNA 1L80A 1L34A 2IGCA 1LW9A 3DMXA 3HTFA 1SSWA 1L41A 229LA 1DYBA 1L26A 3L64A 1C63A 1L75A 1KY0A 3GUKA 1QT7A 3HU8A 2B6TA 1L08A 1L0JA 198LA 1WTHA 1L51A 2RH1A 1OVKA 1L59A 1L46A 1C69A 3LZMA 1D3NA 128LA 190LA 2OTYX 2HUMA 1XJUA 4DKLA 235LA 3FA0A 216LA 191LA 3SB6A 2OU0X 236LA 2Q9DA 3HH5A 157LA 1L85A 3HT8A 1QUGA 4I7LA 4DAJA 1P6YA 170LA 1G0LA 1QT3A 4ZPUA 148LE 4I7JA 1C6JA 4I7OA 3HT7A 3GUNA 2NTHA 3RZEA 1LYIA 1L21A 1OV7A 1L52A 3QAKA 1L69A 178LA 1L86A 252LA 3SN6R 1OYUA 230LA 156LA 3C8RA 241LA 2F32A 1CU6A 260LA 1G1VA 246LA 1L81A 2NTGA 1DYAA 3DN2A 1CU5A 1DYCA 239LA 1CV1A 4I7MA 1P2RA 1L53A 245LA 251LA 3K2RA 3C8QA 4W57A 4YX7C 224LA 2B72A 3OE0A 1L33A 1L37A 228LA 2B74A 3G3VA 4LZMA 4W55A 1C6EA 2L78A 1LGUA 1QTZA 1XJTA 1D2WA 1JQUA 1P7SA 1QSQA 3C7ZA 201LA 1C6MA 1C6TA 1PQDA 150LA 1ZWNA 4E97A 2O79A 211LA 1OVHA 3G3WA 1CV3A 3DN3A 137LA 4EJ4A 3DN8A 3UONA 1C6NA 3GUIA 1QT8A 188LA 254LA 1I6SA 1CUQA 1QTHA 110LA 1L05A 112LA 184LA 4GBRB 1L44A 4AQNA 1C6GA 1L43A 2OEAX 142LA 3C81A 4EKSA 1LI6A 1P36A 1LYHA 3NYAA 1TLAA 2QB0B 1CV6A 1G0GA 1DYGA 2OU9A 4ARQA 1LI2A 2B7XA 177LA 1CV4A 1L89A 2B75A 244LA 212LA 1L19A 1L66A 187LA 215LA 3HDEA 1QT4A 3SBAA 1QTDA 1L29A 1JTNA 2F2QA 4GRVA 1P46A 3RUNA 2RAZX 1L84A 102LA 1LYJA 1XEPA 200LA 1G0MA 1L56A 141LA 4EKRA 1D2YA 1KW7A 1L62A 2RBQA 1L64A 2RAYX 1L82A 161LA 1L91A 3C80A 1KY1A 205LA 3F9LA 3HTBA 1L35A 3DN6A 3SB8A 4EPFA 3DN1A 1CVKA 1L87A 262LA 1C6BA 1LGXA 2LZMA 1L07A 1KW5A 4I7SA 220LA 1CX6A 4S0WA 1L73A 1L72A 243LA 3HDFA 2B6YA 3SB5A 3GUPA 218LA 111LA 1L15A 3C7WA 234LA 1C6IA 1L24A 1L30A 1LLHA 1QS5A 1L79A 1L61A 4W53A 3HUQA 1D9WA 1ZYTA 1QS9A 226LA 2RBOA 4I7NA 122LA 1G1WA 4I7TA 3JR6A 3G3XA 3GUJA 165LA 1L16A 223LA 1G0KA 1L28A 1CV0A 2O4WA 147LA 1KS3A 2A4TA 1PQIA 151LA 1CTWA 1L63A 123LA 2OE7X 1L77A 4IAPA 4OO9A 1L23A 2B6ZA 237LA 1DYEA 1L47A 196LA 1L11A 1G06A 3DKEX 1L17A 1L25A 2RBRA 1D3FA 1OWZA 217LA 1T97A 256LA 168LA 1L67A 1DYDA 3D4SA 1LYEA 1SWZA 199LA 3HUAA 238LA 7LZMA 1LYGA 250LA 1EPYA 149LA 4YXAC 1C66A 1L88A 4PJZA 1P3NA 159LA 176LA 1DYFA 2RBSA 173LA 1PQMA 1LGWA 2B6XA 3CDTA 145LA 1SWYA 2ANVA 3C83A 6LZMA 4EXMA 1C6PA 1SX7A 3DN4A 1C6AA 1C67A 4LDEA 1G0QA 155LA 1T8AA 1PQJA 3DN0A 4LDLA 249LA 108LA 1L65A 5I14A 1L49A 160LA 2RB1X 1QTVA 4LDOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NSGA 1P5CA 1KIQC 1NBYC 4AGAA 1LSMA 2EQLA 5M1YA 1AT6A 1WQOA 166LA 1XSFA 1L01A 1C6KA 1VATA 4I7RA 127LA 5FSTA 3C7YA 1IIZA 1IWUA 130LA 1JTOL 3B6LA 2MEHA 1G7HC 1AT5A 4KXIA 4H9BA 4CFOA 1L70A 1WTNA 1L58A 3HBEX 2ZIKA 3A3RX 1L55A 4LYMA 2CDSA 3L2XA 1CU0A 4NGZA 1L98A 1QSWA 4K5YA 4LT0A 1YL1X 3G3AB 1L27A 4HJZA 107LA 1G7LC 4GN4A 4UWUA 104LA 1XGPC 4OOOA 1C6QA 3DMZA 197LA 240LA 1IC5Y 3HH6A 4HTNA 1REXA 129LA 3ZVQB 1XEIA 4XJFA 1UACY 3NY8A 1UA6Y 1C6DA 3SB9A 227LA 1DI3A 174LA 1L40A 5KKJA 180LA 1QTKA 1VEDA 3C82A 4HV1A 4GN3A 2YBMA 4NSJA 1G0JA 2MEAA 1IP4A 4W58A 3SBBC 258LA 3AZ7A 4OWHA 1GD6A 4G49A 214LA 5F14A 1PS5A 1FBIX 3WPLA 2Z6BA 2RB0X 1OUAA 4TSCA 4ARJA 3OE6A 5KXRA 1JTMA 3GULA 1JJ3A 2QARC 1HF4A 1LMQA 232LA 1RFPA 1L60A 2HULA 3IJUA 4PRQA 4XJGA 1LZ8A 3AYQA 139LA 4H9EA 143LA 1CJ6A 209LA 4E3UA 3CDOA 1NQIA 1C6FA 1GF4A 1CUPA 1DKJA 1CNSA 1GB7A 1LZ1A 4NHIA 3WL2A 1GE3A 2MEIA 2OE4X 1YKZX 1GF8A 2D4IA 1CX7A 1L18A 4N9RA 3F6ZA 1L06A 1P37A 1L76A 2CJLA 4ZIXA 1IWWA 1L22A 3EMLA 2HU1A 1GAZA 1JTTL 1O23A 4IJ4A 2YBIA 3CDVA 4YXCA 1GBZA 1BWIA 2MEEA 1KIRC 1GFKA 3WUAA 189LA 5LZMA 2RSCA 6LYZA 4J7VA 152LA 1GFHA 3HH4A 1L34A 2IGCA 2FBBA 1SSWA 5JENB 3EBAB 4MCKA 1DYBA 3L64A 3IWRA 3AW7A 1LHHA 1GB6A 1L08A 2DQIY 2GV0A 2RH1A 1LMOA 1D3NA 4GCDA 3TXJA 2WARA 4IATA 4BADA 3FA0A 3FE0A 1UICA 191LA 3SB6A 2OU0X 1KXYA 4WOAA 4ANRA 4AXTA 157LA 3WULA 1JISA 1JITA 4I7LA 5T3FA 4N1EI 5LXWA 1QT3A 5C6IA 148LE 1C6JA 1G7MC 4LYBA 4KL7A 1FLYA 4J0LA 4L41A 1NDMC 4WO6A 4ETEA 4B4EA 1IY4A 1LYIA 1LZBA 1OV7A 3QAKA 3P64A 230LA 5HNCA 1GF0A 2XTHA 1B2KA 246LA 5HLLA 2NTGA 1LZGA 1DYAA 2MEFA 3AGIA 1CV1A 1JTPL 4NG1A 251LA 4W57A 4H8ZA 4YX7C 3OE0A 1L37A 1B7SA 4LZMA 1C6EA 2L78A 1XJTA 1UCOA 1JQUA 1BVXA 1EL1A 1BB5A 3B0OA 1OVHA 3WW6A 1GHLA 4LYCA 5ILFA 1BB7A 188LA 1QT8A 2IFFY 112LA 1C08C 1LOZA 1UC0A 1YL0X 4AQNA 1LTMA 1P36A 1WTMA 1VFBC 1HMLA 4LFXA 1CV4A 244LA 1XFPL 212LA 1GE0A 3HDEA 1QTDA 1P46A 2EKSC 5LIOA 3RUNA 102LA 1IORA 200LA 1LPIA 5LVHA 141LA 1KW7A 2LZ2A 1GF6A 4GCCA 4ETAA 4HTKA 3HTBA 4KT3A 3A90A 1LSYA 1UIBA 4EPFA 4NHSA 1CVKA 1NF5A 1ZMYL 208LA 3N9EA 1EQEA 220LA 3AZ5A 5HNLA 1CX6A 1LZTA 243LA 3HDFA 3TXDA 1LMCA 1LZ9A 1LMNA 3C7WA 3WMKA 1C6IA 5KXMA 1L24A 5D5CA 3P68A 4TWSA 1L79A 3HUQA 1D9WA 3KAMA 1VDSA 122LA 3G3XA 4ZEEA 4H9HA 4LYTA 223LA 3ATOA 1G0KA 2G4QA 1L28A 1CV0A 2HUBA 151LA 4X3BA 1CTWA 123LA 2OE7X 4GLAA 5AMYA 237LA 4NG8A 1JKAA 4NGYA 5KY1A 5C6JA 1D3FA 1OWZA 217LA 256LA 168LA 4HSFA 1LJIA 4OWAA 5C6LA 1B7OA 250LA 1MELL 5DLAA 1DI5A 149LA 4P2EA 4YXAC 4DDAA 3P65A 173LA 3CDTA 4UWVA 4OWBA 1IVMA 2BQNA 2BQLA 5KXKA 1GBWA 1B7QA 1GE1A 2C8OA 1JKDA 4WM3A 2BQGA 1WQPA 4WLXA 3CDQA 1PQKA 164LA 1D0LA 3LYZA 4PK0A 1L42A 154LA 1T6HA 5LA5A 2F4GA 5KKIA 5I53A 1L02A 1ZVYB 1JUGA 2ZQ4A 2YBJA 3K3TA 169LA 2BPUA 2RB2X 1LSPA 5LINA 1LHIA 1YROA 5L3HA 3B72A 1YKXX 2I25L 3OE9A 3FI7A 4XN6A 1JIYA 1WQQA 1TAYA 257LA 4YOPA 3W3EA 1NHBA 4W51A 4W54A 1LZ5A 4W52A 4EOFA 3LYTA 1NMMA 3AW6A 1L48A 1L10A 4ARMA 1L97A 4PRUA 3OJPA 1YAQA 1NKHA 2B70A 3HTGA 2ANXA 3OE8A 1GPQC 3V2YA 120LA 1IC4Y 4ARQB 1T8FA 5K7OA 4DDBA 1GE2A 193LA 1P64A 248LA 1L54A 1JEFA 1LJ3A 2ZWBA 4I7QA 2DQJY 1F10A 4N0JA 2RBPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4NSG A;  1P5C A;  1KIQ C;  1NBY C;  4AGA A;  1LSM A;  2EQL A;  5M1Y A;  1AT6 A;  1WQO A;  166L A;  1XSF A;  1L01 A;  1C6K A;  1VAT A;  4I7R A;  127L A;  5FST A;  3C7Y A;  1IIZ A;  1IWU A;  130L A;  1JTO L;  3B6L A;  2MEH A;  1G7H C;  1AT5 A;  4KXI A;  4H9B A;  4CFO A;  1L70 A;  1WTN A;  1L58 A;  3HBE X;  2ZIK A;  3A3R X;  1L55 A;  4LYM A;  2CDS A;  3L2X A;  1CU0 A;  4NGZ A;  1L98 A;  1QSW A;  4K5Y A;  4LT0 A;  1YL1 X;  3G3A B;  1L27 A;  4HJZ A;  107L A;  1G7L C;  4GN4 A;  4UWU A;  104L A;  1XGP C;  4OOO A;  1C6Q A;  3DMZ A;  197L A;  240L A;  1IC5 Y;  3HH6 A;  4HTN A;  1REX A;  129L A;  3ZVQ B;  1XEI A;  4XJF A;  1UAC Y;  3NY8 A;  1UA6 Y;  1C6D A;  3SB9 A;  227L A;  1DI3 A;  174L A;  1L40 A;  5KKJ A;  180L A;  1QTK A;  1VED A;  3C82 A;  4HV1 A;  4GN3 A;  2YBM A;  4NSJ A;  1G0J A;  2MEA A;  1IP4 A;  4W58 A;  3SBB C;  258L A;  3AZ7 A;  4OWH A;  1GD6 A;  4G49 A;  214L A;  5F14 A;  1PS5 A;  1FBI X;  3WPL A;  2Z6B A;  2RB0 X;  1OUA A;  4TSC A;  4ARJ A;  3OE6 A;  5KXR A;  1JTM A;  3GUL A;  1JJ3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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