1D2YA

N-terminal domain core methionine mutation
Total Genus 59
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAMGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)3H1 (159-161)EMPTYS1 (14-19)TI'1 (54-57)TI1 (20-23)AH9 (137-141)S2 (25-28)AH3 (60-80)S3 (31-34)AH7 (115-123)AH8 (126-134)AH10 (143-155)AH2 (39-50)AH4 (83-90)AH6 (108-113)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Use of differentially substituted selenomethionine proteins in X-ray structure determination.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-09-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1d2yA00
1L70A 1D9WA 2B75A 217LA 3C83A 1C67A 1L03A 211LA 3GUNA 1KY1A 1L80A 3HT8A 2Z6BA 1L79A 180LA 1L07A 3PBLA 4ARQA 1L37A 231LA 253LA 113LA 1C6KA 4I7SA 3C80A 1L18A 4E97A 1SX2A 250LA 4EKSA 1L57A 1C6AA 1LYDA 3DNAA 1DYGA 146LA 1L69A 236LA 1QT3A 4I7QA 2Q9DA 1LWKA 1QT5A 1CTWA 1L43A 3CDOA 1P46A 1L14A 2LC9A 1QTVA 104LA 107LA 182LA 2HULA 1LYHA 192LA 1C6BA 109LA 125LA 2B7XA 1L68A 1L28A 1K28A 112LA 242LA 3C7ZA 2LCBA 7LZMA 2HUKA 240LA 3K2RA 143LA 1L87A 1L39A 1LGXA 3GUJA 1L02A 1L49A 1L86A 2B74A 3DN6A 4W51A 187LA 3GUKA 1C6HA 1L19A 259LA 4ARQB 1G0PA 102LA 1G0KA 1L63A 248LA 4LDOA 1OYUA 1L20A 4I7OA 1C6NA 1L10A 4ARLA 1L83A 4W56A 4YXAC 1G1WA 1L40A 4W58A 4EKPA 2B6YA 1OVKA 1QTDA 200LA 210LA 3SB6A 3HT6A 157LA 206LA 173LA 3UONA 1D3MA 1L91A 1L27A 3V2WA 3GUOA 3HT9A 130LA 4W52A 244LA 1G0QA 159LA 1L41A 1L01A 2OU0X 1LW9A 174LA 1QTHA 1L64A 163LA 1P64A 3G3VA 1L12A 2B72A 3JR6A 1L65A 1L50A 201LA 232LA 1L11A 1PQOA 3C8QA 4W54A 4W53A 4W57A 183LA 220LA 1L96A 1WTHA 108LA 199LA 3CDQA 1L97A 111LA 1OVHA 184LA 233LA 1L67A 127LA 1QUDA 185LA 1L51A 1T6HA 3D4SA 1L71A 4OO9A 160LA 1L84A 219LA 1DYBA 228LA 1CV0A 4PK0A 1QT7A 1C6EA 1LI3A 169LA 2RBNA 3HH4A 186LA 1L31A 155LA 145LA 137LA 1L99A 3RUNA 2OU9A 3QAKA 238LA 172LA 1DYDA 243LA 2ANXA 1QS9A 1L26A 1LGWA 1QUHA 1L82A 3DMVA 3HUAA 4EKRA 3FA0A 1NHBA 2B73A 1ZWNA 214LA 1G07A 1SX7A 3DN2A 4DAJA 1QT4A 1QTBA 3G3WA 1G1VA 3HUKA 3DN0A 1L48A 1G0LA 258LA 3FADA 1L56A 2RB2X 198LA 188LA 4EJ4A 3C7YA 2RBQA 1CU3A 1L33A 2OE7X 1C69A 1XJTA 197LA 1KNIA 1PQKA 221LA 245LA 1QTZA 1LLHA 1OVJA 2B6ZA 255LA 1L45A 2HUMA 3L2XA 1T97A 3HH5A 1P5CA 2RBOA 1L55A 3OE9A 4I7LA 3GULA 168LA 1TLAA 2RBPA 1PQMA 1PQIA 1DYEA 2B6XA 2OE9X 4I7JA 2OU8A 4IAPA 226LA 1LYIA 3SB5A 1L89A 215LA 1SWZA 1B6IA 3OE0A 123LA 189LA 162LA 1DYCA 3SB9A 254LA 4AQNA 1C6CA 3C7WA 1EPYA 1L60A 1L17A 1T8FA 229LA 1L62A 161LA 1CUPA 2O79A 1KW5A 1L95A 118LA 3DKEX 4LZMA 2ANVA 1L92A 1L53A 4PJZA 1D2WA 1CV1A 1DYAA 1G06A 2B6WA 181LA 2A4TA 165LA 2F47A 224LA 1P2LA 3HH6A 1LWGA 147LA 1LI2A 1L24A 2B70A 4DKLA 2RBRA 144LA 3EMLA 1L72A 1L58A 149LA 1LI6A 1LYJA 1LPYA 1OV5A 237LA 4EXMA 1L66A 1L46A 4YX7C 5I14A 2OTYX 2QB0B 1CV3A 3SB8A 1QS5A 2RH1A 1PQDA 1C68A 1G0JA 5LZMA 4DJHA 1QUOA 1CU2A 195LA 1L0JA 1CVKA 4LDLA 2QARC 2LZMA 1ZURA 1XEPA 3F8VA 1G0MA 1OV7A 1C6FA 1G0GA 4I7NA 1D3NA 1LYFA 3DN4A 1KY0A 190LA 3L64A 1LYGA 4ZPUA 3HDEA 1LGUA 1P7SA 1D2YA 115LA 1C6TA 1L61A 227LA 256LA 1CV4A 3C8SA 3OE8A 251LA 1P3NA 3DMXA 1P56A 3G3XA 2Q9EA 4EKQA 1L59A 4ARMA 2NTGA 1L13A 1JQUA 3HTGA 1L32A 2F2QA 3HTFA 3HUQA 1L23A 3VW7A 2RAZX 1L08A 223LA 119LA 4YXCA 1QT6A 1L81A 1QSQA 3CDVA 4ARJA 110LA 1C6GA 1D3FA 3CDRA 3C81A 129LA 140LA 1L85A 257LA 4EPFA 2RBSA 156LA 3SB7A 1L22A 1QSBA 247LA 249LA 239LA 1L54A 1L05A 1CU6A 1JTMA 3FI5A 1L74A 3C82A 1C64A 3GUPA 260LA 114LA 191LA 4I7KA 4K5YA 122LA 167LA 3NY9A 126LA 3SBAA 131LA 1SSWA 213LA 4I7MA 120LA 1L42A 171LA 1L25A 1L38A 166LA 4W55A 3HU9A 196LA 1CX6A 4ARMB 1L06A 1OWZA 234LA 3HWLA 3HTBA 1C61A 177LA 3RZEA 222LA 1T8GA 1L09A 1XJUA 2O4WA 1C65A 2L78A 1SSYA 1L35A 1L94A 3HDFA 1JTNA 1ZYTA 1L16A 261LA 1PQJA 1D3JA 1OWYA 218LA 3DN3A 2OTZX 1C63A 1L52A 1L36A 2RAYX 1P6YA 175LA 3PDSA 1L73A 4I7PA 235LA 3ODUA 1L98A 205LA 1C6LA 1LYEA 241LA 2F32A 2O7AA 3DN1A 1L0KA 3CDTA 2NTHA 2OE4X 1L88A 1L44A 151LA 1C6MA 3SN6R 4I7RA 6LZMA 2IGCA 230LA 1L47A 4S0WA 3NYAA 4ARPA 138LA 1L77A 1CUQA 3DN8A 1L93A 1C60A 3OE6A 1L21A 139LA 1L15A 3NY8A 176LA 3V2YA 1L29A 2OEAX 3GUIA 212LA 3HU8A 170LA 1L30A 1KW7A 1L76A 3HH3A 3SBBC 3LZMA 1L00A 1I6SA 209LA 262LA 4W59A 1C6DA 142LA 1P36A 225LA 3F9LA 158LA 1CU0A 1L34A 1C6IA 152LA 1SWYA 4GRVA 148LE 2RB0X 150LA 1QUGA 216LA 2RB1X 103LA 1L90A 246LA 4EPIA 1CV6A 128LA 1L75A 2CUUA 3HTDA 252LA 1CU5A 3HT7A 1QT8A 4LDEA 1DYFA 1P2RA 1C6JA 1C6QA 1CX7A 1QTCA 1C62A 4I7TA 1C66A 1CV5A 1P37A 1L04A 1T8AA 1C6PA 3DMZA 1KS3A 4GBRB 3GUMA 141LA 2B6TA 164LA 178LA 3C8RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4W96A 2B75A 1C67A 1PS5A 3WW6A 1B7QA 1L80A 2W1LA 1YKZX 1L79A 3PBLA 4ARQA 231LA 113LA 1JKBA 4E97A 1O23A 3K3TA 250LA 4I0CA 1C6AA 3TXEA 2C8OA 1L69A 1IOSA 1WQRA 3RT5X 1HMLA 1IR7A 1QT3A 1LWKA 1P46A 104LA 182LA 1KXYA 2MEHA 2HULA 2B7XA 1L68A 1H6MA 1D6PA 3C7ZA 1BWJA 2BAAA 2DQJY 1CJ8A 4WM3A 3FI7A 1RI8B 240LA 1YAPA 1L87A 4W51A 1L49A 2W1MA 1L19A 1ZMYL 3A67Y 4WL7A 1RFPA 3AGIA 1L63A 248LA 1JJ3A 1IP3A 2N5ZA 4YEMA 1OYUA 1A2YC 3AW7A 1OVKA 206LA 3LYZA 3A3QA 1IWVA 3HT9A 5LVHA 1REZA 2DQHY 5FCPA 3WUMA 5APFA 1L01A 4DQ7A 4ZFPA 5LYZA 3WW5A 4LT0A 1L64A 2HEEA 2G4PA 1GBOA 1L12A 3G3VA 1L65A 201LA 1LSEA 232LA 4LT3A 1LJJA 1PQOA 3C8QA 4LYCA 1WTHA 1L97A 1QIOA 1Z55A 1OVHA 233LA 3EBAB 3N9EA 1LJGA 1T6HA 4NFVA 4OO9A 160LA 1L84A 1DYBA 228LA 4NHPA 1QT7A 4WMGA 3HH4A 1LHJA 3AZ7A 4N9RA 2D4JA 4UWNA 1L31A 3WXUA 4OWAA 4G4HA 2HU1A 2Z39A 3QAKA 1IP2A 4WO9A 5IELA 1XGQC 1L26A 1QUHA 1UIAA 1GHLA 1LHMA 4EKRA 1ZWNA 4GN5C 1QT4A 3G3WA 1LJFA 1G1VA 4XYYA 4H94A 4NIJA 1L56A 2Q0MX 188LA 4BADA 2OE7X 1C69A 1HFYA 1NBYC 197LA 5C6IA 1QTZA 3TXFA 255LA 2BQBA 4NGWA 1L55A 4H8ZA 4HJVA 1DPWA 3GULA 4UWUA 3A96A 4CGEA 5APDA 1QTEA 3TMXA 1DYEA 1BVKC 3P68A 3RW8A 1LYIA 1L89A 1OUFA 1LJIA 1QTKA 1B6IA 4NSIA 123LA 189LA 1GXV2 1IWUA 1T8FA 1L62A 3HBHA 5E4PA 3WU8A 2O79A 1GF7A 4LZMA 4M6DA 1GB5A 2ANVA 4NGIA 1D2WA 1CV1A 2B6WA 1OUCA 224LA 4G9SA 1XGRC 4A7DA 147LA 1LYOA 1LI2A 4DKLA 3ATNA 5LAFA 1B7SA 1L58A 149LA 1LPYA 3TXJA 1L46A 5II3A 1WTMA 1W6ZA 2FBBA 3FE0A 2RH1A 1PQDA 4UWVA 5LIOA 4OWCA 1G0JA 4DJHA 1NQIA 195LA 3B72A 4NG1A 4XJBA 3F8VA 5KKIA 2D4KA 5FEKA 2I25L 1UIHA 3DN4A 3D9AC 194LA 3HDEA 4YEOA 1GF4A 1V7TA 1D2YA 115LA 227LA 256LA 1CV4A 3C8SA 251LA 1BB6A 3G3XA 1LZEA 1LHLA 4ARMA 2GV0A 3M3UA 4LYBA 1L23A 1L08A 4J0LA 5I53A 1L81A 4NGVA 1QSQA 3CDVA 1D3FA 1LZGA 140LA 3C81A 2DQEY 2XQOA 4H9BA 3A93A 1F10A 239LA 1L54A 4WLXA 5KXSA 1TEWA 1CU6A 3FI5A 2LZ2A 3C82A 1C64A 1UACY 1UICA 3GUPA 1EL1A 4BS7A 1LSDA 2MEGA 1DPXA 1FKVA 1LYZA 3AZ5A 1NDMC 2A7DA 4IJ4A 196LA 1CX6A 1GAZA 1CJ7A 1EQ4A 234LA 2CGIA 1C61A 2MECA 1GF3A 1UCOA 4G4CA 1T8GA 1GBWA 5FHWA 1SSYA 135LA 1JTNA 261LA 5F9XA 4ETBA 4ETAA 1JTTL 4MSTA 4NSHA 3P65A 1DQJC 2EIZC 1L52A 1UIFA 3WMKA 2RAYX 1P6YA 2BQMA 4BAPA 3CSRA 235LA 4G49A 3VWOA 205LA 3W6AA 1V7SA 4R0FA 2F32A 2OE4X 154LA 5ILCA 1L88A 1B5WA 1L44A 1D6QA 1C6MA 3SN6R 3LN2A 5HNLA 2XJWA 1IP6A 4RW1A 4ARPA 2CDSA 1CUQA 1B7PA 1L93A 1GDWA 3A94A 3AB6A 1IX0A 4WOAA 1J1OY 1L29A 2ZWBA 4DDAA 1L76A 3OK0A 1L00A 4RW2A 1B7LA 1C6DA 2AUBA 142LA 225LA 5FSTA 4NY5A 2ZYCA 5KXTA 1SWYA 4GRVA 148LE 2RB0X 4DDCA 150LA 1REXA 103LA 4NGKA 3BKHA 1L75A 1IORA 1YAQA 1UIDA 1FDLY 1DYFA 4H9IA 5IHGA 3WPLA 5KXKA 5C6JA 4LYOA 4QGZA 3ZVQA 1DI5A 1LSYA 1C6PA 3DMZA 2FYDA 1FLQA 141LA 178LA 4B4IA 217LA 4H8YA 3C83A 3WPJA 1KY1A 5F81A 2HEFA 2Z6BA 4EOFA 5ILFA 1B9OA 3W6CA 1L07A 5C6LA 2NWDX 1VATA 1LOZA 2Z37A 4I7SA 1SQ2L 3C80A 1L18A 1UC0A 1SX2A 4EKSA 4J1AA 1BGIA 2BLXA 3F6ZA 193LA 4GLAA 236LA 1CNSA 1J1PY 2Q9DA 1HSWA 4XENA 2ZIKA 1QT5A 4NHTA 1LZ4A 1LJHA 3CDOA 1GB9A 4FJRA 1QTVA 1B7RA 1GFUA 3T36A 112LA 4OWEA 7LZMA 4B4JA 4WM5A 143LA 1WVUA 2B74A 1QDTA 5KXNA 4ARQB 1G0PA 102LA 1TBYA 3ULRA 1JKAA 4HP0A 1C6NA 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1CV3A 3SB8A 1HEMA 4PPOA 1GF5A 1HFZA 1RJCB 5APCA 4LDLA 1GBXA 3WUAA 1KIQC 1LYFA 1KY0A 190LA 2BPUA 1UIGA 4ZPUA 1MELL 1UIBA 1C6TA 1L61A 1BB5A 3DMXA 4HV1A 1FBIX 2Q9EA 2NTGA 5KXZA 2BQHA 4DC4A 1JQUA 2IFFY 1GFGA 2HEAA 5DLAA 1YIKA 1GFTA 3M18B 4XJDA 223LA 119LA 4YXCA 4I8SA 1OP9B 3B0IA 1LYSA 3HFMY 2RBSA 4II8A 5LVKA 1QSBA 249LA 1WQMA 2LYOA 2LZTA 5KXRA 1L74A 1KIRC 2I6ZA 114LA 1B5YA 3NY9A 126LA 3SBAA 1EQ5A 1GF8A 1ZV5L 213LA 3A92A 4WO6A 4ARMB 1OWZA 3HWLA 1LMQA 3RZEA 1G7IC 1L09A 4H90A 4LZTA 1BVXA 2L78A 2EPEA 1I20A 3RNXA 3CSZA 1L94A 4DD7A 4DWXA 1XGPC 1ZYTA 1L16A 1IC5Y 2OTZX 1KXWA 1QSAA 1C63A 1HMKA 1GPQC 1DKJA 1JIYA 175LA 3PDSA 4B0DA 1L73A 4I7PA 3WUNA 2MEFA 1C6LA 4B49A 1LYEA 4QY9A 1GE1A 2NTHA 4PRUA 1LSZA 1BWIA 1GAYA 4I7RA 3TXKA 1IOTA 1GFJA 4NWEA 3WVXA 4OWHA 138LA 1L77A 3DN8A 1IP1A 1KXXA 1C60A 3OE6A 1VAUA 1HHLA 1IOCA 139LA 1L15A 176LA 2OEAX 212LA 2LYMA 1L30A 1KW7A 5HNCA 3HH3A 3SBBC 2EQLA 262LA 1HEOA 4GCDA 2Z2EA 3LYTA 1P36A 1CKHA 4W94A 4Z41A 158LA 4YM8A 4KPMA 1L34A 2CJLA 2YVBA 1C6IA 1T6VL 4MCKA 4AGAA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4W96 A;  2B75 A;  1C67 A;  1PS5 A;  3WW6 A;  1B7Q A;  1L80 A;  2W1L A;  1YKZ X;  1L79 A;  3PBL A;  4ARQ A;  231L A;  113L A;  1JKB A;  4E97 A;  1O23 A;  3K3T A;  250L A;  4I0C A;  1C6A A;  3TXE A;  2C8O A;  1L69 A;  1IOS A;  1WQR A;  3RT5 X;  1HML A;  1IR7 A;  1QT3 A;  1LWK A;  1P46 A;  104L A;  182L A;  1KXY A;  2MEH A;  2HUL A;  2B7X A;  1L68 A;  1H6M A;  1D6P A;  3C7Z A;  1BWJ A;  2BAA A;  2DQJ Y;  1CJ8 A;  4WM3 A;  3FI7 A;  1RI8 B;  240L A;  1YAP A;  1L87 A;  4W51 A;  1L49 A;  2W1M A;  1L19 A;  1ZMY L;  3A67 Y;  4WL7 A;  1RFP A;  3AGI A;  1L63 A;  248L A;  1JJ3 A;  1IP3 A;  2N5Z A;  4YEM A;  1OYU A;  1A2Y C;  3AW7 A;  1OVK A;  206L A;  3LYZ A;  3A3Q A;  1IWV A;  3HT9 A;  5LVH A;  1REZ A;  2DQH Y;  5FCP A;  3WUM A;  5APF A;  1L01 A;  4DQ7 A;  4ZFP A;  5LYZ A;  3WW5 A;  4LT0 A;  1L64 A;  2HEE A;  2G4P A;  1GBO A;  1L12 A;  3G3V A;  1L65 A;  201L A;  1LSE A;  232L A;  4LT3 A;  1LJJ A;  1PQO A;  3C8Q A;  4LYC A;  1WTH A;  1L97 A;  1QIO A;  1Z55 A;  1OVH A;  233L A;  3EBA B;  3N9E A;  1LJG A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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