1D2YA

N-terminal domain core methionine mutation
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAMGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Use of differentially substituted selenomethionine proteins in X-ray structure determination.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-09-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1d2yA00
4YXCA 1L10A 1CX7A 3HTGA 1LI3A 114LA 137LA 1L62A 1T8FA 1C6EA 1L59A 212LA 2RBQA 1L24A 1KY1A 144LA 5I14A 4ARQB 1L94A 1QTDA 3G3VA 1G0JA 1OVHA 184LA 195LA 3DMXA 3CDRA 1L25A 244LA 112LA 188LA 3CDQA 2B75A 1CUPA 3GUPA 4OO9A 1P64A 1LYIA 2OE9X 1L90A 2O79A 227LA 4I7LA 1SX2A 3DN4A 1OWYA 1L67A 4I7JA 2OU0X 254LA 183LA 1L42A 1QTZA 1L83A 4W53A 1LGWA 1SWZA 2A4TA 2B74A 170LA 233LA 127LA 1L07A 1CV0A 1OV7A 232LA 1C6CA 108LA 251LA 1L36A 1QTCA 1CV1A 1L46A 2LC9A 104LA 152LA 1C6JA 3C82A 3GULA 216LA 241LA 3FI5A 1KW7A 3DKEX 3GUJA 3PBLA 189LA 255LA 4W51A 1L08A 3HU9A 1L89A 2IGCA 2OEAX 213LA 249LA 4I7QA 1L56A 218LA 1CV6A 1L76A 1C6IA 2B6ZA 4IAPA 214LA 3GUMA 2RBOA 1L43A 3C8QA 1L47A 245LA 177LA 1OV5A 3C80A 3OE8A 155LA 231LA 166LA 257LA 3HT7A 4EJ4A 200LA 4ARJA 1L60A 1L0JA 1XJUA 234LA 243LA 1L02A 1QS9A 242LA 2Z6BA 3DMZA 1L75A 206LA 3NYAA 1D3FA 3QAKA 142LA 1L86A 1L11A 1QT4A 3SB8A 3C8RA 4AQNA 1QTHA 4W58A 1CVKA 145LA 239LA 1PQJA 157LA 1L17A 1L95A 3DN2A 3HH3A 3SB7A 1SX7A 3SN6R 2OE4X 228LA 1L21A 1LYFA 1LYDA 1QT7A 1L84A 3NY8A 1C67A 1L61A 4GRVA 199LA 1L55A 3HUAA 1DYGA 2RAZX 159LA 247LA 1L82A 1OVKA 4I7KA 1D2WA 190LA 260LA 4PJZA 176LA 1L28A 196LA 3LZMA 141LA 1OYUA 1C63A 3L2XA 2CUUA 192LA 4DJHA 1LLHA 167LA 1C64A 1LI2A 4W54A 4ARPA 180LA 2QARC 4I7MA 3DN1A 1P46A 163LA 3K2RA 1QT6A 185LA 223LA 2NTGA 1I6SA 1C6DA 4W55A 1L06A 262LA 178LA 205LA 1L81A 198LA 1L68A 1L96A 1P3NA 181LA 148LE 1C6KA 122LA 1P56A 1K28A 1L57A 1L19A 1T8GA 123LA 1L52A 1L12A 4S0WA 1C60A 2ANXA 248LA 3NY9A 3HT9A 1L93A 2Q9EA 6LZMA 1QUOA 3DN8A 3HTFA 1LPYA 1CV5A 1P6YA 1P37A 236LA 2B7XA 1PQDA 224LA 3FA0A 2B6WA 3UONA 4YX7C 1LYGA 1QT5A 1QT8A 156LA 1L35A 1PQKA 1L51A 128LA 1L80A 4W52A 1L77A 1LW9A 3ODUA 1L72A 2RB0X 1L92A 165LA 1NHBA 129LA 2B70A 1PQMA 1DYBA 138LA 2NTHA 3SBBC 3HH6A 1L27A 2RBRA 4LDOA 1L44A 1L26A 2RB1X 119LA 4LDLA 2QB0B 2B72A 1CU6A 1L37A 4EPIA 3SB6A 1C62A 3CDTA 1L39A 172LA 1L85A 1P7SA 2F47A 1LWGA 1XJTA 5LZMA 237LA 3GUIA 4I7RA 258LA 1QUDA 187LA 130LA 3C7WA 126LA 1L40A 2B6YA 3HTDA 1QUHA 3CDVA 1L97A 1QS5A 2O4WA 1L70A 174LA 1C6QA 1PQOA 1CUQA 1TLAA 1L71A 222LA 3HT8A 3DMVA 4LDEA 1L16A 1L31A 139LA 1WTHA 3HUKA 3FADA 2B73A 1QTBA 1L32A 201LA 3GUKA 1EPYA 1DYCA 1KW5A 4K5YA 3G3XA 2HULA 1D9WA 1G1VA 1G07A 4I7PA 1LYEA 2L78A 2RBNA 1JTMA 3RUNA 3HH5A 1C6AA 1T6HA 1CV3A 3SB9A 4I7SA 1KY0A 1LGXA 2Q9DA 1L01A 3GUNA 1JQUA 4LZMA 1L58A 186LA 3C7YA 1L87A 2OTYX 1G0LA 3F8VA 4YXAC 1QTVA 1CTWA 1ZURA 1LYHA 1SWYA 120LA 151LA 1OVJA 1LWKA 1JTNA 1DYDA 246LA 1C6TA 111LA 4W57A 182LA 217LA 3L64A 3D4SA 2RAYX 4W59A 3OE6A 1L54A 261LA 140LA 2OTZX 1G06A 3DN3A 215LA 1L23A 1L22A 3EMLA 4W56A 1ZYTA 147LA 1C6LA 1L20A 2ANVA 3OE9A 1CX6A 4ZPUA 1L29A 1L04A 1L34A 2OU8A 3DN0A 1L15A 1G0KA 209LA 2OE7X 3OE0A 4DAJA 3HT6A 164LA 4EKQA 1L33A 1QSBA 1QT3A 1L66A 1L74A 191LA 1C6BA 3C83A 253LA 1QUGA 4EKPA 4ARMA 1C65A 1KS3A 1CU5A 3VW7A 1L98A 229LA 1L18A 3CDOA 197LA 118LA 1C68A 3F9LA 1D2YA 162LA 252LA 1C6FA 1L14A 1XEPA 240LA 3DNAA 1L50A 3HDEA 1L88A 3V2WA 1QSQA 2RH1A 110LA 3JR6A 1L30A 3HUQA 230LA 125LA 238LA 4E97A 3C81A 103LA 1L41A 1G0GA 3GUOA 1L38A 3G3WA 4EPFA 2LCBA 1C69A 4I7NA 219LA 143LA 3C8SA 220LA 4ARQA 1L69A 3HTBA 2O7AA 1C6MA 3C7ZA 211LA 115LA 107LA 259LA 4EKSA 256LA 1LYJA 4EXMA 1PQIA 1L63A 3SB5A 1CU3A 109LA 168LA 1P2RA 221LA 1L65A 1B6IA 3DN6A 1G0MA 3HWLA 4PK0A 4ARLA 1L00A 1OWZA 1L64A 2RBSA 1KNIA 1L49A 1T97A 1P36A 1D3NA 1T8AA 2RBPA 1G1WA 169LA 1CU0A 4EKRA 1P5CA 1L45A 1D3MA 1C6HA 225LA 2B6XA 1L73A 1C66A 226LA 1C61A 1C6NA 1SSYA 2F2QA 1ZWNA 1DYAA 4I7TA 1L48A 1L53A 160LA 1G0PA 1DYEA 3HU8A 1DYFA 149LA 102LA 2RB2X 3RZEA 4I7OA 161LA 1L79A 1P2LA 235LA 2HUKA 150LA 175LA 171LA 3HH4A 1LI6A 1L0KA 7LZMA 1L05A 1L09A 2HUMA 146LA 1CU2A 4ARMB 3V2YA 113LA 2LZMA 4GBRB 131LA 1SSWA 1C6GA 2B6TA 3HDFA 2F32A 2OU9A 3PDSA 3SBAA 1L03A 1L13A 1C6PA 210LA 1LGUA 158LA 1CV4A 173LA 1G0QA 1L99A 250LA 4DKLA 1L91A 1D3JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YXCA 114LA 1C6EA 2DKVA 4GN4A 1IR7A 1VEDA 184LA 3TXIA 2F4AA 5B06A 134LA 1L25A 2Z19A 4DQ5A 5B05A 1LYIA 2OE9X 227LA 5FSTA 2D4IA 1OUIA 1L42A 1LZGA 1L83A 1B5XA 2B74A 233LA 127LA 1OUGA 3IWRA 4LYTA 1YIKA 4II8A 108LA 1QTCA 2LC9A 104LA 3C82A 4WM2A 2Q0MX 216LA 4NSGA 3GUJA 189LA 255LA 4W51A 5C6IA 2OEAX 1D0KA 1L56A 1LHJA 218LA 2BLYA 5LXWA 1IWZA 1L76A 1GFRA 1C6IA 1AKIA 1I1ZA 1IX0A 3WXUA 245LA 3TXHA 4LYMA 2BAAA 4RLMA 4WM4A 1OV5A 3OE8A 4M4OA 1IWYA 5L9JA 3WYHA 4H1PA 166LA 4TWSA 200LA 2I26L 1H87A 3RT5X 1LZRA 243LA 1GE1A 4ET8A 4XJBA 1L75A 3LYOA 3SP3A 2YDGA 1L11A 3B0OA 3SB8A 4LYZA 4DD9A 239LA 3HH3A 1CJ7A 1GDXA 1NMMA 1TAYA 2OE4X 1L21A 1LYFA 3TXKA 4AGAA 1L84A 1JSFA 1L61A 2I25L 199LA 3HUAA 1XGPC 5C6LA 2RAZX 1GFGA 247LA 1XGTC 1NQIA 4BAPA 1D2WA 190LA 4PJZA 1L28A 196LA 1EQEA 3LZMA 141LA 1YAPA 1C63A 1A2YC 2CUUA 2Y8PA 1LLHA 167LA 2DQEY 3EO5A 5KKJA 3DN1A 4WM6A 1P46A 1QT6A 185LA 2DQCY 4H9CA 1C6DA 1L06A 2Z39A 1BWJA 178LA 3CSRA 205LA 4Z98A 5L3IA 5KXSA 1P3NA 1C6KA 5HLLA 1YKYX 1K28A 4H92A 1C60A 4G49A 1QDTA 4E3UA 1XGRC 2G4QA 1LPYA 236LA 3N9CA 3FA0A 1IOCA 1I56A 156LA 1L35A 1HEMA 1L51A 1HFZA 1L80A 1B7LA 1L77A 1G7MC 4CGEA 1TDYA 1GB6A 5ILFA 3SBBC 4J1AA 4IJ4A 119LA 1GFTA 1JJ0A 1CNSA 2MEDA 4EPIA 1AT5A 3CDTA 1L39A 172LA 1P7SA 1LWGA 3AB6A 5LZMA 5I4YA 1C10A 3GUIA 3AYQA 1QUDA 1RCMA 1LJIA 3CQLA 1LSDA 5I4XA 2DQDY 4NSHA 1QS5A 1VDTA 4ETEA 2YBJA 4DD0A 174LA 1PQOA 1TLAA 1L71A 4H9FA 1LZ6A 3HT8A 1HHLA 2W1YA 5LA5A 139LA 3HBHA 2XBSA 1CKFA 4HPIA 2DQIY 3GUKA 1G07A 2L78A 1IIZA 1JTMA 3RUNA 1GBOA 4B4JA 3B6LA 5LVIA 1E8LA 1KY0A 1JJ1A 2Q9DA 1AZFA 1GFJA 1LMCA 1LSBA 3GUNA 4LZMA 5APCA 1L58A 5LAGA 7LYZA 186LA 1L87A 3F8VA 4GCCA 1AT6A 1SWYA 1BGIA 1DYDA 246LA 1C6TA 4NGKA 3WH1A 4DD3A 2DQJY 140LA 207LA 4YOPA 1L23A 1GXXA 1BB3A 1C6LA 1IC5Y 2Z38A 1WTNA 2ANVA 2YBLA 2ZIJA 5L3HA 1CX6A 4PRQA 3D9AC 1B5YA 3AZ7A 1GBXA 1XSFA 1GFKA 4GCEA 5KXRA 2OU8A 1IP3A 4OWHA 2OE7X 164LA 1CJ9A 1L33A 1EL1A 4ARMA 1C65A 1GAYA 1LJ3A 3CSZA 229LA 153LA 4HJZA 1CKHA 2XQOA 162LA 2HECA 1RJCB 3AGGG 4HTQA 5LVHA 3DNAA 4N9RA 3T36A 5KXPA 1DPWA 5KXNA 4DYGA 2Z12A 4NEBA 110LA 2HTXA 1LZSA 2BQOA 1J1PY 1L38A 3G3WA 1WQQA 5KXKA 1LHIA 2FBDA 1REZA 4ARQA 220LA 3A3QA 211LA 259LA 4EKSA 4NFVA 1PQIA 1L63A 2ZNWY 3SB5A 109LA 1GF7A 1JKAA 3DN6A 5K7OA 4PK0A 1PS5A 2WARA 135LA 1EQ5A 1D3NA 1T8AA 1YAMA 1CU0A 2FYDA 1C6HA 2B6XA 4ETCA 4HSFA 2ZYPA 4FJRA 1YKZX 2F4GA 4OWEA 1IP6A 1IOTA 2B5ZA 4TSBA 5EBHA 4NGLA 4RW1A 4NGYA 5F9XA 1DQJC 149LA 1UIDA 2BQDA 1DI5A 1L79A 4WOAA 2HUKA 2MEHA 4TX7A 1DPXA 1HC0A 1IORA 154LA 1L09A 146LA 3V2YA 4MSTA 5IHGA 4GBRB 1C6GA 3WPKA 3WUAA 2HU1A 5F81A 1LHMA 3HDFA 4O34A 3SBAA 1C6PA 4Z46A 4GCBA 1IP7A 1IR8A 4GCFA 1T6VL 250LA 4NHQA 2BQMA 4XJFA 4DKLA 4EMNA 5J7CA 1J1OY 1BB6A 1IP4A 4H91A 1D3JA 3IJVA 5LINA 1T8FA 1OUDA 3WU7A 212LA 1G7JC 1KY1A 2CWIA 4WLTA 3KAMA 1A4VA 5HMVA 3AZ6A 1REYA 3E3DA 2ZILA 188LA 1IP2A 3GXKA 4FDYA 1CUPA 4OO9A 4DQJA 1SX2A 1OWYA 254LA 9LYZA 4W53A 1WQOA 3QY4A 3B0KA 1L07A 5B59A 1CV0A 4ANRA 1JTPL 2ZNXY 1CV1A 2BQJA 1NDMC 3AJNA 3GULA 1KW7A 4NIJA 4I8SA 4NSJA 4DDCA 2HEBA 5I54A 1L08A 3HU9A 2IGCA 4XN6A 1JKBA 1KIQC 3P68A 4N1EI 2BQKA 1G7LC 1B7QA 3OJPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4YXC A;  114L A;  1C6E A;  2DKV A;  4GN4 A;  1IR7 A;  1VED A;  184L A;  3TXI A;  2F4A A;  5B06 A;  134L A;  1L25 A;  2Z19 A;  4DQ5 A;  5B05 A;  1LYI A;  2OE9 X;  227L A;  5FST A;  2D4I A;  1OUI A;  1L42 A;  1LZG A;  1L83 A;  1B5X A;  2B74 A;  233L A;  127L A;  1OUG A;  3IWR A;  4LYT A;  1YIK A;  4II8 A;  108L A;  1QTC A;  2LC9 A;  104L A;  3C82 A;  4WM2 A;  2Q0M X;  216L A;  4NSG A;  3GUJ A;  189L A;  255L A;  4W51 A;  5C6I A;  2OEA X;  1D0K A;  1L56 A;  1LHJ A;  218L A;  2BLY A;  5LXW A;  1IWZ A;  1L76 A;  1GFR A;  1C6I A;  1AKI A;  1I1Z A;  1IX0 A;  3WXU A;  245L A;  3TXH A;  4LYM A;  2BAA A;  4RLM A;  4WM4 A;  1OV5 A;  3OE8 A;  4M4O A;  1IWY A;  5L9J A;  3WYH A;  4H1P A;  166L A;  4TWS A;  200L A;  2I26 L;  1H87 A;  3RT5 X;  1LZR A;  243L A;  1GE1 A;  4ET8 A;  4XJB A;  1L75 A;  3LYO A;  3SP3 A;  2YDG A;  1L11 A;  3B0O A;  3SB8 A;  4LYZ A;  4DD9 A;  239L A;  3HH3 A;  1CJ7 A;  1GDX A;  1NMM A;  1TAY A;  2OE4 X;  1L21 A;  1LYF A;  3TXK A;  4AGA A;  1L84 A;  1JSF A;  1L61 A;  2I25 L;  199L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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