1D3MA

Methionine core mutation
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKMKPVYDSMDAVRRAAMINMVFQMGETGVAGFTNSMRMMQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Use of differentially substituted selenomethionine proteins in X-ray structure determination.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 62
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-09-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1d3mA00
152LA 175LA 3HH5A 3HDEA 1L98A 1QTBA 1L45A 4I7PA 4I7RA 1ZURA 1C6AA 1QTDA 1T8FA 1P6YA 129LA 1OVKA 1L99A 1LGXA 1L29A 1P64A 3DN4A 1L80A 1L26A 4W52A 212LA 186LA 1PQDA 222LA 189LA 141LA 2B6ZA 1L53A 1CV1A 1CX6A 1L00A 3HH4A 1LYFA 1L95A 3OE6A 1LI2A 1QTZA 4W51A 1L20A 1C6DA 4ARQA 139LA 218LA 1L54A 1D9WA 1P7SA 1OVJA 1KY1A 1C64A 1L64A 1QT6A 3SB6A 4ARLA 1C61A 1L03A 7LZMA 2HUMA 1CV0A 2ANVA 4S0WA 1P37A 1L0KA 3DN0A 3PDSA 1OWZA 3D4SA 1PQMA 1LYGA 1P46A 1L82A 173LA 111LA 211LA 1L31A 4DAJA 2LCBA 4ARQB 1L93A 1C6FA 1QTVA 1L0JA 1NHBA 1SWZA 4IAPA 2B6WA 4ZPUA 4EKQA 2RAZX 3HTBA 1C6CA 1C60A 2OE4X 4W59A 1L90A 3HTFA 185LA 221LA 1L35A 3DN2A 1L66A 3UONA 209LA 1KS3A 243LA 1L40A 1XJUA 1C69A 1G1WA 1T8AA 1T8GA 166LA 249LA 2B70A 2RBQA 1L11A 1L63A 1L70A 1P2RA 1DYDA 1JQUA 3HU9A 2B74A 1G07A 2HULA 1L24A 1L33A 1OWYA 5I14A 1C6KA 1DYGA 1L12A 1LYJA 261LA 1L02A 4ARMB 1L13A 3HUAA 1P36A 4I7JA 4EPIA 155LA 3CDVA 231LA 1QS9A 257LA 2RH1A 110LA 258LA 3NY8A 156LA 4LDOA 143LA 2RBOA 3RZEA 206LA 1QTCA 3L2XA 1L57A 1KNIA 1L09A 216LA 3G3XA 1QUGA 3C8SA 1L16A 169LA 1L37A 1L56A 130LA 1L49A 191LA 1L75A 1L36A 235LA 224LA 1OVHA 247LA 1L28A 3HTGA 3QAKA 1WTHA 1L23A 167LA 2IGCA 3DN3A 165LA 164LA 115LA 2F2QA 1D3MA 171LA 3DNAA 3DMXA 1P56A 1L73A 120LA 1L86A 3CDQA 1D2WA 1DYAA 1L32A 1LWGA 3HH6A 1OV5A 1L74A 223LA 2QB0B 242LA 3GUIA 2B72A 205LA 1L34A 4EKSA 1L92A 3FA0A 4W57A 125LA 180LA 220LA 1QT8A 1L44A 3V2YA 3OE9A 119LA 1L18A 2B7XA 168LA 1L52A 163LA 107LA 4E97A 3HWLA 1L62A 140LA 1LYEA 1PQKA 250LA 2NTGA 2CUUA 3HH3A 1SX7A 1C6QA 1CV5A 1LPYA 3DMZA 161LA 2RB2X 3VW7A 1L08A 1L89A 127LA 3FI5A 2RBPA 1L01A 3RUNA 1L55A 190LA 4K5YA 1G06A 4OO9A 4PJZA 4GRVA 3DMVA 1CX7A 1L58A 1PQIA 3HUKA 229LA 1CUPA 1DYBA 1XEPA 114LA 1C6MA 2NTHA 196LA 1C65A 192LA 1PQJA 131LA 260LA 213LA 1L43A 210LA 1EPYA 1CU6A 1L83A 1ZYTA 1G0LA 1C67A 1QT7A 2Q9EA 162LA 1G1VA 4YXAC 3F8VA 123LA 144LA 4PK0A 1C6LA 3ODUA 138LA 182LA 1L27A 248LA 1P3NA 1T97A 3C82A 3V2WA 1L72A 1QSBA 2RBNA 3PBLA 1CVKA 232LA 1QUDA 187LA 1B6IA 174LA 3GULA 1CU3A 2RBSA 1G0PA 3NYAA 4W58A 3DKEX 1L88A 3C8QA 3SB7A 252LA 1QUHA 262LA 183LA 1C6JA 230LA 1LLHA 3DN1A 181LA 1L67A 1CUQA 113LA 1OV7A 3EMLA 3C80A 197LA 1LGUA 2LC9A 199LA 2Z6BA 3NY9A 1DYEA 3GUNA 4EXMA 1L79A 3GUJA 200LA 233LA 3GUOA 3CDOA 1SSYA 104LA 2QARC 151LA 1L96A 237LA 146LA 145LA 234LA 1L51A 1L61A 1QSQA 2B75A 4DKLA 1QTHA 1L97A 3OE0A 1L39A 2F32A 1CU0A 126LA 3DN8A 1L91A 239LA 176LA 198LA 227LA 1L22A 2O7AA 1DYFA 2HUKA 201LA 1CV6A 3C7YA 3C7WA 2OU8A 3SB9A 2RBRA 1T6HA 3CDTA 4I7OA 2OE9X 1L87A 3DN6A 4W54A 1G0JA 2O79A 241LA 219LA 4I7NA 244LA 1C6IA 245LA 4I7LA 1CU2A 246LA 1C66A 256LA 1L19A 3OE8A 1DYCA 1L05A 1L76A 1L50A 1SSWA 3FADA 1G0MA 3SB5A 1C6EA 4I7QA 1TLAA 128LA 172LA 3HT7A 1L38A 158LA 1L06A 1L84A 1QS5A 3G3VA 1LYIA 2B73A 253LA 4I7KA 1L47A 137LA 1C62A 1L30A 3C8RA 3SB8A 1JTNA 157LA 4LDEA 3HT9A 236LA 2B6XA 1C6PA 1CU5A 225LA 1OYUA 1C68A 4W55A 1D3FA 2OEAX 122LA 159LA 3LZMA 195LA 4I7TA 1G0KA 1L85A 1L42A 2L78A 102LA 112LA 3HUQA 6LZMA 1L17A 259LA 1LGWA 1QT5A 1L94A 2B6YA 2OU0X 240LA 1L48A 228LA 4EPFA 2A4TA 254LA 1C6NA 1G0GA 3SBBC 177LA 238LA 1C6BA 2OU9A 4LDLA 2RAYX 1L77A 214LA 3K2RA 251LA 1K28A 1L60A 3L64A 1QT3A 3F9LA 2OTYX 4W53A 1P2LA 2RB0X 3GUPA 1LYDA 2Q9DA 2F47A 3HU8A 3HTDA 1SX2A 1L68A 3C7ZA 4ARJA 142LA 3G3WA 4LZMA 178LA 2OTZX 184LA 3HDFA 4EJ4A 1C6HA 4ARMA 1L71A 1L10A 4I7MA 1KY0A 4EKRA 2RB1X 3CDRA 4I7SA 170LA 217LA 5LZMA 4DJHA 1LYHA 4YXCA 1C63A 1LW9A 3GUMA 1L46A 149LA 1C6TA 1C6GA 4GBRB 1L15A 1P5CA 1I6SA 226LA 1CV4A 3C81A 1LI6A 1L69A 1D3NA 4ARPA 4YX7C 1CTWA 1G0QA 1LWKA 1L41A 103LA 147LA 255LA 3HT8A 1JTMA 1L59A 1LI3A 1PQOA 3JR6A 2OE7X 1L81A 3HT6A 1SWYA 188LA 1QUOA 1L04A 1D2YA 1L65A 3SBAA 1KW7A 1L07A 2B6TA 3GUKA 215LA 3SN6R 108LA 2O4WA 150LA 1ZWNA 4EKPA 109LA 4AQNA 118LA 148LE 1KW5A 1L25A 2ANXA 1D3JA 1CV3A 1L21A 1L14A 4W56A 160LA 3C83A 2LZMA 1XJTA 1QT4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LHHA 152LA 4XJIA 4M4OA 2BQGA 4AGAA 1QTBA 4N1EI 2D4KA 1UBZA 5DM9A 2W1MA 3TXGA 129LA 4NGWA 1UIAA 1FDLY 1AKIA 3DN4A 1GEZA 4W52A 4GCBA 186LA 1CNSA 1PQDA 4HJVA 2LYMA 2HECA 1B7PA 3A96A 5C6LA 2B6ZA 3HH4A 1CX6A 3OE6A 1LI2A 4O34A 1L20A 1CKHA 1XSFA 4M6DA 4CGEA 1L54A 1P7SA 2B5ZA 3RW8A 2A7FA 4ARLA 1OUEA 3AW6A 3D3DA 3TXFA 3W6BA 4DQJA 4XJBA 4XJDA 1LSGA 1JITA 1VEDA 1P46A 1OUHA 1L82A 1HFZA 1LSPA 2LCBA 4ARQB 5KXYA 1QTVA 4IAPA 2RAZX 2EPEA 4RLNA 2F4AA 1UIGA 2DQDY 4W59A 4AXTA 1L90A 185LA 1L35A 1KS3A 4GCDA 4IJ4A 2YBHA 1C69A 1NHEA 4II8A 1KIPC 249LA 2B70A 4WLXA 134LA 3HU9A 1P2RA 1G07A 2HULA 1VDPA 1EQ4A 4G9SA 1DYGA 1LYJA 261LA 1UIEA 1GF9A 4I7JA 4EPIA 2EQLA 1IEEA 2G4QA 231LA 135LA 1IP7A 143LA 2RBOA 3RZEA 1GFKA 3L2XA 1IWWA 2D91A 4J1AA 1IR8A 1L37A 1L56A 3HFMY 130LA 191LA 1BVXA 2G4PA 1OVHA 1L28A 3HTGA 4RDSA 2N5ZA 4H8YA 1IOTA 1DI4A 3B0OA 3DNAA 5KXKA 1L86A 3CDQA 1G7JC 1LYYA 1KXYA 3HH6A 3TXDA 1C45A 2MEBA 1OV5A 1L74A 4J1BA 1L34A 2I26L 1RE2A 4EKSA 1B7SA 3TXJA 2Z37A 1YIKA 1GB6A 5KXLA 3OE9A 119LA 163LA 1OQMA 1HFXA 1HELA 1LYEA 250LA 1LHJA 2CUUA 1C6QA 1GFGA 2BQFA 5F9XA 127LA 1EL1A 1JKAA 2RBPA 1LZEA 1L01A 3W6DA 4NGVA 190LA 1XGPC 3B0IA 1G06A 1G7LC 1JTPL 3DMVA 1CX7A 3HUKA 4YENA 1LZSA 1VDQA 1C6MA 1LZ6A 1GHLA 1C65A 192LA 1PQJA 2Z2FA 5LYTA 210LA 1OUCA 3TXKA 1CU6A 1L83A 1LSFA 2Q9EA 1G1VA 1LZ8A 3WU7A 138LA 1B5UA 1L27A 2BLXA 1YAOA 1L72A 1T6VL 1FN5A 3CT0A 1GB0A 5II3A 4H94A 4B4IA 5C6IA 1QUTA 4ETDA 4W58A 3DKEX 3C8QA 2Z12A 252LA 5E4PA 1C6JA 1I56A 4WM3A 1LLHA 1L67A 1C46A 3C80A 4H9IA 199LA 1RJCB 1DYEA 3GUNA 1HEPA 1LSZA 1BGIA 1SSYA 234LA 5EBHA 4DKLA 4TUNA 4OWBA 5LAFA 1CU0A 1GPQC 9LYZA 3RZ4A 2MEHA 1V7TA 1AT5A 5LINA 1UICA 1CV6A 3C7WA 4OWCA 1J1OY 5I53A 1B5YA 1JPOA 1G0JA 4LT0A 2DQGY 219LA 3QY4A 1IP6A 2LZ2A 3M18B 5ILFA 3IJVA 1L19A 3AZ7A 3LYOA 1GAYA 3FADA 1UC0A 1JTOL 3AW7A 1C6EA 1TLAA 1LAAA 1GBXA 3HT7A 1L38A 1L84A 1LZCA 1XFPL 3G3VA 2B73A 2HEFA 3A95A 1VAUA 1L47A 4EMNA 137LA 3C8RA 5FCPA 4NEBA 1GB7A 4NGYA 4G49A 4DQ7A 4WO9A 4YOPA 1C68A 1LJFA 4OOOA 122LA 1QQYA 5KKJA 159LA 3E3DA 1B2KA 1OUAA 195LA 2YBIA 1IC5Y 5LAGA 3HUQA 5APEA 4LYMA 259LA 5I4YA 4CHXA 1L48A 1LPIA 2BQOA 5DLAA 1LHMA 4I8SA 2BQBA 1BB6A 4NHQA 2EKSC 177LA 3A94A 1HENA 5B05A 2Z38A 1K28A 1LHLA 2CDSA 2LZTA 5KXNA 3HU8A 4NGJA 1WQOA 4NG8A 5HLLA 1YKYX 5T3FA 178LA 1IWUA 2OTZX 5KXXA 4NSHA 1C6HA 2DKVA 1L10A 5HNLA 1EQ5A 1VATA 1ZMYL 1B5VA 1JJ1A 1LYHA 4YXCA 1XGTC 1C63A 3J6KA 149LA 4WM4A 1KIQC 1L15A 4PRUA 5HQ1A 5HNCA 1CV4A 4YX7C 1CTWA 1GBWA 4LYCA 147LA 3T36A 255LA 3HT8A 1AM7A 1LI3A 3JR6A 188LA 5KXMA 4H9EA 1KXXA 1QUOA 1L04A 4GCFA 4NGZA 1L65A 3GUKA 215LA 4HTQA 1LHKA 1CJ9A 118LA 1DI5A 4QGZA 148LE 3CT1A 3A90A 1REZA 1D3JA 5E9RA 3HH5A 1SQ2L 4L41A 4NHSA 3EXDA 5LXWA 4NWEA 1QTDA 2ZILA 1OVKA 1GB2A 1L99A 1LGXA 1L29A 1PZYA 1L26A 2C8PA 4WLYA 1JKBA 1L00A 3WPKA 4BAPA 4OW1A 1GXXA 4ARQA 2HEBA 218LA 1LZ9A 2BQCA 4DQ5A 1OVJA 1JTTL 1KY1A 3AJNA 3A6BY 1L64A 3WL2A 1KIRC 5AMYA 1GFRA 1CV0A 2H5ZA 1LZGA 4LFPA 3TMUA 2LYZA 1BB3A 1L0KA 5LA8A 1HEWA 3GXKA 2MECA 3WUMA 1L93A 4LGKA 1C6FA 4HTNA 1NHBA 4ZPUA 3HTBA 1C6CA 2DQFC 1LSMA 3TXBA 3AGGG 2YSSC 4H8XA 1GF6A 5FHWA 1LJHA 221LA 4KT3A 4Z46A 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1L91A 1UUZC 176LA 198LA 227LA 1LJGA 4KL7A 2O7AA 2HUKA 4H90A 201LA 1DKKA 1IO5A 4XJGA 3SB9A 3CDTA 1REXA 1LMOA 4I7OA 4BAFA 1XGRC 4WL7A 1LZNA 3A93A 2O79A 4MR1A 4I7NA 1Z55A 4WL6A 3OE8A 1UIDA 4GN5C 4W96A 3WXUA 2BQEA 2BQHA 2F30A 3TXHA 2ZIJA 3AZ4A 153LA 1L50A 4I7QA 1AZFA 1OUJA 172LA 4YEMA 1L06A 5C6JA 1LYIA 1LJ3A 1TAYA 236LA 5KXSA 2BQJA 1GD6A 2IHLA 2YBNA 4LFXA 1B9OA 1GFVA 5APCA 3W6CA 1ZV5L 4I7TA 4C5FA 1L42A 2L78A 102LA 1GFUA 3AGIA 1QT5A 4N5RA 1KXWA 1BB7A 1D9UA 1B0DA 1YAMA 2B6YA 3WW6A 240LA 4EPFA 2HTXA 5DN5A 3AGHA 1F0WA 238LA 2OU9A 3TMVA 214LA 4HV2A 2OTYX 5B1FA 1P2LA 3LYTA 2DBTA 2Q9DA 2F47A 3HTDA 1RCMA 4DD7A 3CSZA 1L68A 1GFAA 2EIZC 1CKDA 4OWEA 3G3WA 1JSFA 4HTKA 4C3WA 3A34A 1L71A 4I7MA 3CDRA 4I7SA 4KXIA 3ZEKA 1NDMC 1IOSA 4DJHA 1IY4A 3B0KA 2BQIA 1BWHA 3GUMA 1QSAA 3A3RX 1YILA 1QDTA 2DQIY 1HEMA 1I6SA 1B7NA 5KJ9A 1G0QA 5IELA 3IWRA 1BQLY 1JTMA 1L59A 1QDRA 4G4BA 4ET8A 1PQOA 2ZNWY 5KXRA 1D2YA 1KW7A 108LA 2O4WA 150LA 1ZWNA 109LA 4H9BA 1L25A 2ANXA 4W56A 1LMCA 3CT5A 160LA 2LZMA 1XJTA 1QT4A 175LA 1NQIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LHH A;  152L A;  4XJI A;  4M4O A;  2BQG A;  4AGA A;  1QTB A;  4N1E I;  2D4K A;  1UBZ A;  5DM9 A;  2W1M A;  3TXG A;  129L A;  4NGW A;  1UIA A;  1FDL Y;  1AKI A;  3DN4 A;  1GEZ A;  4W52 A;  4GCB A;  186L A;  1CNS A;  1PQD A;  4HJV A;  2LYM A;  2HEC A;  1B7P A;  3A96 A;  5C6L A;  2B6Z A;  3HH4 A;  1CX6 A;  3OE6 A;  1LI2 A;  4O34 A;  1L20 A;  1CKH A;  1XSF A;  4M6D A;  4CGE A;  1L54 A;  1P7S A;  2B5Z A;  3RW8 A;  2A7F A;  4ARL A;  1OUE A;  3AW6 A;  3D3D A;  3TXF A;  3W6B A;  4DQJ A;  4XJB A;  4XJD A;  1LSG A;  1JIT A;  1VED A;  1P46 A;  1OUH A;  1L82 A;  1HFZ A;  1LSP A;  2LCB A;  4ARQ B;  5KXY A;  1QTV A;  4IAP A;  2RAZ X;  2EPE A;  4RLN A;  2F4A A;  1UIG A;  2DQD Y;  4W59 A;  4AXT A;  1L90 A;  185L A;  1L35 A;  1KS3 A;  4GCD A;  4IJ4 A;  2YBH A;  1C69 A;  1NHE A;  4II8 A;  1KIP C;  249L A;  2B70 A;  4WLX A;  134L A;  3HU9 A;  1P2R A;  1G07 A;  2HUL A;  1VDP A;  1EQ4 A;  4G9S A;  1DYG A;  1LYJ A;  261L A;  1UIE A;  1GF9 A;  4I7J A;  4EPI A;  2EQL A;  1IEE A;  2G4Q A;  231L A;  135L A;  1IP7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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