1D9WA

Bacteriophage t4 lysozyme mutant
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQDRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Helix Capping in Bacteriophage T4 Lysozyme
rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-10-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1d9wA00
1L20A 1LI6A 190LA 244LA 4YXCA 2LCBA 245LA 1L43A 230LA 222LA 3HT8A 1L50A 2OU8A 1P36A 3K2RA 3NY8A 1L62A 1P56A 3F9LA 4W55A 1OV7A 1G0PA 115LA 1L26A 143LA 2B7XA 1P2LA 1CV3A 104LA 1L36A 2B73A 1G0JA 1CX6A 3DNAA 3SBAA 1C66A 1L30A 234LA 1L93A 1P7SA 3SB6A 1L57A 1L86A 4ARPA 3HUAA 3GUMA 3V2WA 3HH4A 159LA 1DYCA 4W52A 2O4WA 1L35A 122LA 1L63A 3FADA 3CDQA 4LDOA 170LA 1L17A 1L61A 1OYUA 1QT4A 3PBLA 1L41A 1QUHA 4PJZA 4LDLA 3HWLA 228LA 1C6CA 2F2QA 1PQIA 131LA 1L21A 1L70A 3SB7A 1CV6A 2F32A 3SB8A 4ARMA 4S0WA 4EPIA 198LA 3RUNA 148LE 201LA 128LA 1L0JA 1C6IA 1L54A 3OE0A 210LA 1C6LA 209LA 255LA 165LA 1ZWNA 219LA 3QAKA 1C6BA 3HH6A 3V2YA 1LGWA 1G1VA 2OTYX 1L19A 1L00A 4EKSA 3LZMA 4OO9A 4I7KA 4E97A 232LA 2OTZX 1OV5A 2HULA 109LA 1B6IA 4I7PA 221LA 4YX7C 1QTZA 1QTVA 1L10A 1QS5A 1QT6A 1XJTA 3G3WA 1G0GA 196LA 4I7RA 4I7QA 1OVJA 1L49A 241LA 1D2WA 1LLHA 1L03A 4I7TA 3HH5A 3C7WA 125LA 236LA 1CU2A 1L68A 1C69A 1L12A 4AQNA 1L23A 2B74A 169LA 1L37A 231LA 2LZMA 3C8RA 1LYHA 1G06A 1NHBA 1SWYA 1C65A 4W54A 2OU9A 1XEPA 3ODUA 1L76A 1L90A 1PQDA 4DAJA 152LA 1ZYTA 1L09A 250LA 2OE7X 2HUMA 156LA 1SWZA 3HU9A 1L45A 2HUKA 1D3JA 120LA 176LA 261LA 3HT7A 1L79A 1L58A 1CTWA 181LA 141LA 2RH1A 3CDOA 1LWKA 2F47A 147LA 248LA 1L16A 127LA 238LA 1QT7A 217LA 4ARJA 1CUQA 1T8AA 2B6WA 4I7SA 1LYFA 1OVHA 1L87A 2B70A 4EPFA 1KY1A 168LA 145LA 4K5YA 1C61A 1JTMA 3SN6R 114LA 1C64A 1L47A 1L51A 1T8FA 3GULA 1C6KA 1D2YA 1P2RA 1C6TA 1QSBA 262LA 1QTDA 1L94A 3UONA 1KY0A 2NTHA 4EXMA 185LA 257LA 192LA 3HTDA 1LYIA 1L56A 1P6YA 1L89A 1KS3A 142LA 1L29A 2O7AA 3NY9A 1T6HA 180LA 1P46A 1QUOA 1QT3A 1P5CA 161LA 1CU0A 253LA 4W56A 1SX7A 2Q9EA 1P64A 2A4TA 1L25A 3DN3A 1OVKA 1DYAA 1L55A 2OU0X 2RBSA 3L2XA 107LA 1L73A 2L78A 3HT9A 260LA 199LA 1C63A 1PQMA 1C6MA 102LA 1PQOA 4ZPUA 178LA 2ANXA 205LA 1L67A 2B6TA 2RB0X 1L0KA 4EJ4A 1L44A 1L83A 2OEAX 1C6GA 2QB0B 3DN0A 2B6ZA 151LA 1I6SA 3HT6A 2B6YA 3HDFA 2RBQA 1QSQA 3FA0A 1L08A 1OWYA 110LA 7LZMA 163LA 4W58A 1L02A 1L91A 1K28A 1CU6A 1L11A 1LYGA 3OE9A 1LWGA 1JQUA 1T8GA 1D3MA 240LA 3HTFA 3DN4A 3HUQA 139LA 3DKEX 111LA 1G0QA 215LA 2LC9A 149LA 206LA 246LA 162LA 1LI2A 1QTCA 197LA 3C81A 3HH3A 2RB2X 3GUNA 4PK0A 3HTGA 1L33A 3CDVA 144LA 1LYJA 1DYBA 227LA 3CDRA 3JR6A 4I7NA 2RAYX 4ARLA 2RBNA 3C8SA 1D3FA 1L39A 3C8QA 1L04A 1CUPA 252LA 1C6JA 1G07A 4W53A 2RBPA 3F8VA 3HTBA 6LZMA 251LA 1C6DA 1L85A 218LA 2OE4X 1JTNA 103LA 1C62A 2B75A 3SB5A 2RB1X 1C6QA 157LA 226LA 3GUJA 2Z6BA 1QTHA 2OE9X 1QUGA 3C7ZA 167LA 4I7OA 1LW9A 220LA 1PQKA 1KNIA 3OE6A 254LA 1C6FA 3HDEA 189LA 3C80A 1KW5A 160LA 1CVKA 1DYEA 1L13A 223LA 171LA 1CV5A 1CV4A 212LA 1DYGA 1L92A 3GUKA 3GUIA 233LA 3DN8A 183LA 119LA 1L71A 1C67A 1C6HA 1C60A 1CU5A 1L82A 3VW7A 1XJUA 3HUKA 1L69A 123LA 3DN1A 4GRVA 126LA 137LA 1QT8A 1WTHA 214LA 3OE8A 4ARMB 164LA 1L31A 1L22A 3SB9A 1L77A 1L74A 1G0KA 3G3VA 2QARC 3FI5A 4W51A 177LA 5I14A 1TLAA 3SBBC 1L64A 225LA 118LA 1L46A 4EKRA 172LA 2IGCA 191LA 4W59A 1SSWA 1L34A 3CDTA 229LA 1C6EA 1L75A 140LA 1L72A 1QT5A 258LA 138LA 2Q9DA 2RBRA 1L99A 1L28A 4YXAC 2ANVA 1CV0A 1L60A 1L98A 1L01A 3DMZA 1D9WA 1SSYA 1C6AA 130LA 1L96A 1L24A 224LA 1D3NA 186LA 1L95A 3C83A 1EPYA 5LZMA 3DN6A 4ARQB 3RZEA 3C82A 112LA 2B72A 188LA 3D4SA 1L84A 1L18A 1L81A 1DYDA 1LGXA 213LA 4W57A 235LA 184LA 146LA 249LA 1L40A 4LZMA 4EKQA 1LI3A 4DKLA 187LA 1L15A 1P37A 166LA 1C6NA 247LA 1L52A 182LA 1PQJA 237LA 1OWZA 4LDEA 3DMVA 1L88A 1C68A 1G0LA 1L97A 1L32A 1L48A 1L80A 175LA 1QS9A 259LA 173LA 3C7YA 3GUOA 3DMXA 1DYFA 1L59A 1CU3A 1ZURA 1L27A 2RBOA 1L06A 216LA 1T97A 1L07A 1LGUA 256LA 2NTGA 2O79A 2RAZX 1L65A 4EKPA 174LA 1QUDA 3EMLA 1C6PA 200LA 3GUPA 1LYDA 4GBRB 4ARQA 155LA 1G1WA 1L42A 1P3NA 3G3XA 113LA 3PDSA 1CX7A 129LA 2CUUA 1LPYA 195LA 158LA 1L05A 1L14A 3L64A 211LA 3DN2A 4I7MA 1L66A 243LA 150LA 4I7LA 3NYAA 4DJHA 1QTBA 2B6XA 1LYEA 242LA 1SX2A 239LA 1KW7A 1G0MA 1L38A 108LA 1CV1A 1L53A 3HU8A 4IAPA 4I7JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2RSCA 1LMQA 1D0LA 4H8YA 4YXCA 2MEEA 1IWYA 1OQMA 222LA 5IHGA 1P36A 1B7NA 1P56A 5LVJA 2HEEA 115LA 1L26A 2B5ZA 2B7XA 5C6LA 1G0JA 1REZA 1C66A 3OK0A 2ZNWY 1UIEA 3IWRA 3SB6A 1L57A 1DYCA 1GFUA 1GWDA 5B07A 1L35A 3P4ZA 1L63A 5LXWA 3CDQA 4LYZA 4ET9A 170LA 4WG1A 1CKFA 1HEQA 4GLAA 1IR7A 5E9RA 1OUIA 1HSWA 5KXNA 1LHIA 1LSZA 1LSBA 5J7CA 3K3TA 1C6CA 1L70A 1VFBC 3SB8A 4RLMA 4LT3A 4S0WA 201LA 1L0JA 1C6IA 1LJFA 210LA 1C6LA 3QAKA 4LT0A 3HH6A 3VWOA 1LGWA 1NDGC 1G1VA 4BAFA 1L19A 1LSEA 3LZMA 4Z41A 1IOCA 4U3XB 1FKVA 3OJPA 1OUEA 3EBAB 4B0DA 1GDWA 1QTVA 3FI7A 1QS5A 1QT6A 2ZIKA 4NGIA 1G0GA 1QTKA 1JJ0A 3AGHA 1OVJA 1T6VL 3EXDA 2DQGY 154LA 1LZTA 2YBJA 4H9EA 2XJWA 3A3RX 236LA 1CU2A 5L3IA 4AQNA 3C8RA 1GEVA 3IJVA 1FN5A 1LMTA 5KXZA 3WW5A 3ODUA 4ETAA 4DAJA 4TUNA 2F2NA 1ZYTA 1IR8A 1B7PA 1EQ4A 1SWZA 120LA 4ML7A 3WYHA 1CTWA 4N1CC 1IX0A 1LSCA 1XFPL 4WM6A 2XBSA 5LVIA 2BQEA 147LA 1OUFA 1L16A 2X0AA 238LA 217LA 1LMPA 1LZGA 1OVHA 1YKYX 1CKCA 1JTPL 1L87A 2F4GA 5A3EA 4EPFA 1BGIA 3TXHA 2FBDA 1JUGA 114LA 1L47A 1QQYA 3GULA 4H94A 1IP7A 4LYTA 5KXTA 1P2RA 5K7OA 262LA 4GLVA 1HEMA 1QTDA 185LA 1HHLA 3FE0A 1HFYA 2BPUA 1TBYA 1YKZX 257LA 1LYIA 3LYMA 1L29A 3NY9A 1IOSA 1OUHA 1CU0A 1W6ZA 2A4TA 1B5ZA 1L25A 1KIPC 107LA 2L78A 4N9RA 1IP5A 4WL6A 199LA 2D4JA 1GF3A 1C6MA 1ZVYB 4N8ZA 4A7DA 5I53A 205LA 4H93A 4NFVA 1B5WA 3B0IA 1L83A 3WU7A 3D3DA 4WG7A 1LSYA 1GE3A 151LA 1I6SA 5FELA 3ZVQB 2RBQA 1WTMA 1NQIA 3W6BA 4LFXA 4NIJA 3CQLA 1LHMA 132LA 2I25L 3WU8A 4C3WA 1L91A 2D6BA 4HV2A 4NSJA 2MEAA 1JQUA 4H9IA 3J4GA 240LA 3HTFA 3DN4A 3HUQA 2BAAA 3DKEX 2LC9A 4ET8A 1QTCA 3C81A 4XYYA 3WW6A 2RB2X 3GUNA 3HTGA 3CDVA 144LA 3CDRA 2RAYX 1CJ9A 3CSQA 3A8ZA 2HEFA 1HELA 1WQRA 3A93A 1C46A 3ATOA 252LA 5LVHA 4DD1A 1GPQC 218LA 1HMKA 1AZFA 1C6QA 4D9ZA 5B59A 5FDJA 5F9XA 1F10A 1GEZA 2Z6BA 3GXKA 3J6KA 1BWHA 1HEOA 3WVYA 3OE6A 2IHLA 1C6FA 4WL7A 2A7FA 1KW5A 160LA 223LA 2EQLA 4LYMA 4ZIXA 212LA 207LA 1JSEA 5KXRA 1C6HA 1CU5A 4NWEA 1NKHA 3HUKA 1L69A 3DN1A 126LA 4WM4A 4ARMB 164LA 4HJVA 4TSBA 2MEHA 3CT0A 2C8OA 1HF4A 4LYCA 3P66A 5D5FA 1G0KA 3G3VA 2QARC 1IP3A 4IJ4A 1HSXA 5I14A 1TLAA 3SBBC 1LJ3A 1L46A 3G3BB 2CDSA 2VB1A 4ZEEA 2IGCA 1DZBX 191LA 3WULA 1C6EA 4H8ZA 2G4PA 3CSRA 138LA 3QY4A 3WL2A 5HQ1A 1L60A 3DMZA 4O34A 1AM7A 2HECA 1C6AA 130LA 1LJKA 1D3NA 4OOTA 4UWVA 3W6FA 2MEGA 1NWGA 3CT1A 4ARQB 2Z18A 3AYQA 3RZEA 1TEWA 1L18A 2A7DA 1DYDA 6LYTA 4GN5C 4B4EA 1LJGA 184LA 7LYZA 4YOPA 247LA 5I4YA 3WH1A 1OWZA 3DMVA 4WM5A 1WVVA 1C68A 2BQLA 1L32A 1L48A 1QS9A 1AT5A 4TWSA 3AZ4A 1CU3A 1L27A 1LZAA 2RBOA 1IP2A 1KIQC 1L06A 1GFAA 2RAZX 2O79A 4NGWA 174LA 1WQNA 1QUDA 3W6CA 1ALCA 1GE4A 5DLAA 4IASA 3G3XA 1GFGA 4NHQA 1CX7A 2C8PA 2CUUA 5EBHA 1G7JC 3RW8A 3L64A 4GCDA 4ETDA 150LA 4QEQA 1RE2A 1LYEA 239LA 1L38A 108LA 4I7JA 1F0WA 1GBSA 4CHXA 1LI6A 1LPIA 244LA 193LA 1IOQA 4N0JA 1YQVY 1ZMYL 230LA 1T3PA 3LYOA 4H90A 1BB3A 2OU8A 1L62A 4HPEA 1O23A 2CJLA 143LA 1P2LA 104LA 2FBBA 1L36A 2B73A 3SBAA 2F4AA 2ZILA 4GN4A 3WXTA 2BQIA 4GCEA 1P7SA 3AZ5A 4UWNA 1L86A 3HUAA 1GF6A 3V2WA 3HH4A 4GCBA 1A4VA 3FADA 4LDOA 1OYUA 4LDLA 4ETBA 2Z12A 1UIHA 4G4HA 1PQIA 131LA 3SB7A 1LZYA 4WLTA 4B4JA 4WO6A 1GFKA 128LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2RSC A;  1LMQ A;  1D0L A;  4H8Y A;  4YXC A;  2MEE A;  1IWY A;  1OQM A;  222L A;  5IHG A;  1P36 A;  1B7N A;  1P56 A;  5LVJ A;  2HEE A;  115L A;  1L26 A;  2B5Z A;  2B7X A;  5C6L A;  1G0J A;  1REZ A;  1C66 A;  3OK0 A;  2ZNW Y;  1UIE A;  3IWR A;  3SB6 A;  1L57 A;  1DYC A;  1GFU A;  1GWD A;  5B07 A;  1L35 A;  3P4Z A;  1L63 A;  5LXW A;  3CDQ A;  4LYZ A;  4ET9 A;  170L A;  4WG1 A;  1CKF A;  1HEQ A;  4GLA A;  1IR7 A;  5E9R A;  1OUI A;  1HSW A;  5KXN A;  1LHI A;  1LSZ A;  1LSB A;  5J7C A;  3K3T A;  1C6C A;  1L70 A;  1VFB C;  3SB8 A;  4RLM A;  4LT3 A;  4S0W A;  201L A;  1L0J A;  1C6I A;  1LJF A;  210L A;  1C6L A;  3QAK A;  4LT0 A;  3HH6 A;  3VWO A;  1LGW A;  1NDG C;  1G1V A;  4BAF A;  1L19 A;  1LSE A;  3LZM A;  4Z41 A;  1IOC A;  4U3X B;  1FKV A;  3OJP A;  1OUE A;  3EBA B;  4B0D A;  1GDW A;  1QTV A;  3FI7 A;  1QS5 A;  1QT6 A;  2ZIK A;  4NGI A;  1G0G A;  1QTK A;  1JJ0 A;  3AGH A;  1OVJ A;  1T6V L;  3EXD A;  2DQG Y;  154L A;  1LZT A;  2YBJ A;  4H9E A;  2XJW A;  3A3R X;  236L A;  1CU2 A;  5L3I A;  4AQN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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