1D9WA

Bacteriophage t4 lysozyme mutant
Total Genus 60
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQDRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)3H1 (159-161)EMPTYS1 (14-19)TI'1 (54-57)TI1 (20-23)AH9 (137-141)S2 (25-28)AH3 (60-80)S3 (31-34)AH2 (39-50)AH6 (108-113)AH7 (115-123)AH8 (126-134)AH10 (143-155)AH4 (83-90)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Helix Capping in Bacteriophage T4 Lysozyme
rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-10-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1d9wA00
1C63A 151LA 1G0QA 210LA 4DKLA 1KW7A 1LYFA 231LA 3C7ZA 4ARJA 170LA 1C6MA 3C8SA 1PQJA 1KY0A 3SB8A 164LA 1D3JA 1T6HA 1CVKA 1L11A 1L21A 1SWYA 232LA 3CDOA 2RB1X 3L2XA 3NY9A 1QTVA 1QUGA 1P2LA 1QT3A 3DN2A 2ANVA 2F47A 4W53A 1XEPA 243LA 156LA 223LA 176LA 2B7XA 185LA 1QTBA 1G0LA 4YXCA 1P3NA 183LA 1LYIA 1L00A 4EPFA 2OU9A 1CU3A 1L49A 3DNAA 1QUHA 1QT4A 3JR6A 1G0JA 2B72A 3LZMA 246LA 4W55A 1CUQA 5LZMA 244LA 1XJTA 1KY1A 1L04A 1L68A 1QTCA 1L46A 168LA 1L91A 1L81A 2OU0X 1L28A 2RAYX 3HT7A 112LA 4PJZA 192LA 1C67A 2OE9X 2CUUA 3DMVA 1P64A 1C6AA 3HT8A 1L27A 3C81A 4W56A 1QSBA 4EJ4A 1C66A 1L15A 1LGXA 1NHBA 2OTYX 1CTWA 150LA 181LA 1C64A 1DYCA 1ZWNA 3HT9A 4YXAC 125LA 4IAPA 103LA 1L79A 3GUMA 1L31A 214LA 261LA 1OVHA 188LA 4I7SA 2B6TA 3C8RA 2HULA 3NY8A 143LA 4W59A 167LA 1L12A 3HWLA 1OWZA 2B73A 1QT8A 1L0JA 211LA 1L62A 128LA 3ODUA 240LA 4I7OA 129LA 1SX2A 4DJHA 1L85A 1L83A 1D3MA 1D3FA 3HU8A 131LA 178LA 1QUOA 1P56A 1LGUA 1CV5A 1L07A 1L40A 1PQIA 1CV4A 1L69A 1L76A 1L10A 225LA 2Q9EA 3DMZA 1L92A 3DMXA 187LA 4EKSA 1L51A 2IGCA 1QTHA 3DKEX 2RBNA 2LC9A 3SBAA 245LA 1L58A 144LA 4GBRB 4ARLA 3HT6A 1QT7A 196LA 4I7RA 1DYFA 3DN3A 3DN1A 159LA 6LZMA 1C6PA 139LA 1T97A 1L95A 2RBRA 189LA 3CDTA 1L56A 206LA 195LA 1JTMA 175LA 217LA 1L50A 141LA 3FA0A 4I7NA 1C6NA 4EKQA 255LA 2O79A 3SB6A 3D4SA 108LA 1L47A 2B6XA 184LA 221LA 4I7TA 1T8FA 1L74A 2QB0B 3HTGA 3OE6A 3QAKA 146LA 1JTNA 1L13A 174LA 123LA 1C6JA 1L19A 4ARMB 1C6GA 2ANXA 1QS9A 3HH4A 1L80A 1LW9A 1C60A 2B6ZA 1L53A 2O7AA 3GULA 199LA 1L33A 1L43A 1QTZA 1L42A 1G0MA 1P2RA 3SN6R 4AQNA 1L44A 130LA 1L32A 256LA 2OE7X 3GUJA 242LA 1G0PA 3EMLA 1CU5A 3F8VA 3HUKA 3SBBC 1L20A 224LA 1P37A 1L66A 3DN0A 2B6YA 1L45A 3G3WA 1T8AA 1L16A 4OO9A 230LA 2OE4X 3PDSA 2QARC 2Z6BA 3HU9A 3C7YA 2RBSA 122LA 3G3XA 2NTGA 1L09A 1L59A 3PBLA 173LA 2HUMA 4W54A 1P7SA 1L17A 241LA 190LA 4PK0A 4YX7C 1L06A 1L86A 1C6KA 2RBQA 3CDQA 1L97A 1L93A 1L60A 3DN8A 3OE9A 3C7WA 4I7PA 1KNIA 1WTHA 1D2WA 2HUKA 1C6BA 180LA 1OV7A 163LA 1CV0A 1G1WA 2OTZX 1ZURA 219LA 2B75A 2F32A 4K5YA 3HTBA 1L37A 1LYDA 155LA 1CV3A 2LZMA 1LYHA 1QT6A 1L0KA 253LA 1QS5A 4ARQA 1L96A 1L73A 1LGWA 1L71A 2RBOA 1OV5A 250LA 1DYGA 220LA 1D9WA 1G07A 233LA 2Q9DA 226LA 3HUAA 137LA 1ZYTA 145LA 1QTDA 2RB0X 3SB7A 172LA 3G3VA 1LPYA 4W58A 4I7QA 127LA 1L84A 1L72A 3DN6A 212LA 2RH1A 4EXMA 4EKRA 1L39A 160LA 1C68A 1L01A 1C61A 2LCBA 1L14A 229LA 1CU2A 158LA 1L90A 3HTDA 119LA 182LA 191LA 1L23A 4GRVA 1P36A 4I7KA 1L25A 3HDEA 4W52A 1DYEA 201LA 3GUOA 109LA 1LYJA 1L03A 5I14A 1L36A 1G0GA 258LA 259LA 198LA 1L29A 165LA 148LE 113LA 213LA 1LWKA 3GUKA 1L08A 3GUNA 3V2YA 3CDRA 1CU6A 104LA 1SSWA 3OE8A 161LA 1C6EA 4S0WA 215LA 218LA 3VW7A 186LA 1C6FA 1D2YA 3FADA 228LA 1TLAA 1P5CA 249LA 4I7JA 1L02A 2L78A 171LA 216LA 1G0KA 3GUIA 1JQUA 239LA 1DYAA 1LI2A 1QUDA 1XJUA 3RUNA 1L52A 2RB2X 152LA 4LDLA 3HH3A 1L77A 1CV6A 3C80A 254LA 4ARPA 4EKPA 2RBPA 1L18A 1L41A 197LA 1D3NA 1L57A 1L70A 1L63A 1L55A 1L94A 1T8GA 257LA 1L35A 234LA 7LZMA 3SB9A 2B70A 118LA 200LA 1QT5A 209LA 114LA 251LA 1C6CA 1C6HA 1L26A 1L61A 1OWYA 238LA 3HUQA 4I7LA 1C6DA 1L05A 1C6LA 235LA 107LA 3NYAA 1L64A 2OU8A 1L67A 247LA 3K2RA 138LA 1L98A 2NTHA 1EPYA 1CX6A 1DYBA 1CUPA 1L48A 222LA 1L87A 227LA 1C69A 1LLHA 4LZMA 1DYDA 1L54A 3HH5A 3F9LA 1CU0A 1OVKA 169LA 2B6WA 3C83A 2F2QA 3DN4A 1SWZA 2RAZX 1OYUA 3C8QA 1L88A 248LA 260LA 3RZEA 1CX7A 1G06A 236LA 1C65A 3GUPA 1P46A 1P6YA 3HH6A 102LA 1C6IA 1SX7A 237LA 147LA 1B6IA 1G1VA 1I6SA 140LA 1LI6A 2OEAX 2O4WA 252LA 205LA 1LYEA 166LA 3OE0A 1LI3A 1L24A 1L89A 3C82A 4E97A 1KW5A 3CDVA 1PQMA 3FI5A 4ARQB 142LA 1K28A 1L82A 4ARMA 1SSYA 2B74A 1KS3A 4DAJA 1CV1A 4W57A 3SB5A 3V2WA 1L75A 4EPIA 1L65A 162LA 120LA 4LDOA 4LDEA 4W51A 110LA 1L30A 1QSQA 2A4TA 3HDFA 115LA 1C6TA 4ZPUA 1L99A 1L38A 3L64A 1PQKA 177LA 1OVJA 3UONA 157LA 149LA 126LA 1PQDA 1C62A 3HTFA 262LA 1C6QA 111LA 4I7MA 1L22A 1LYGA 1PQOA 1L34A 1LWGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1REXA 1G7LC 3BKHA 2BQKA 4WLTA 231LA 1GFRA 1KY0A 1D3JA 4WG7A 1L11A 232LA 1UIAA 7LYZA 3L2XA 3NY9A 1GPQC 1HSWA 1QUGA 1P2LA 1QT3A 1YAQA 5LYMA 2ANVA 4W53A 243LA 4DDBA 1YKXX 1F6RA 2DQHY 1QDTA 4YXCA 1WQQA 154LA 1GF5A 3DNAA 4WM2A 1QUHA 3AZ7A 5HMJA 1VDPA 1ALCA 3CT0A 4W55A 1CUQA 1XJTA 1KY1A 2Y8PA 3RW8A 1QTCA 1INUA 1GEVA 1C67A 2CUUA 1GB5A 1GB9A 1C6AA 4J7VA 1L27A 2LYMA 2YBMA 1L15A 2OTYX 1CTWA 1HF4A 181LA 1ZWNA 4YXAC 1MLCE 1D6QA 4J1BA 261LA 1OVHA 4LT3A 1IWXA 2YSSC 1IORA 3HWLA 2B73A 1L0JA 1GFGA 1L62A 1BWJA 3ODUA 1XEIA 134LA 1SX2A 1L83A 2C8OA 3WULA 3EXDA 4OWAA 2HTXA 1L10A 225LA 4CFPA 1F10A 2IGCA 2LC9A 245LA 4NHSA 5T3FA 144LA 4GBRB 3HT6A 196LA 1DXJA 3DN3A 4ETCA 6LZMA 1YANA 3CDTA 206LA 3AGGG 175LA 1B5XA 1RE2A 4EKQA 108LA 1L47A 2B6XA 2YBNA 5KXTA 1AT5A 3QAKA 1IOSA 1JTNA 123LA 1IOQA 1C6JA 5F81A 5L9JA 1C60A 1XGTC 5M1YA 1L53A 1QTZA 1L42A 4NY5A 3FI7A 4DD9A 3ZVQB 4LYTA 3AW6A 1G0MA 3B6LA 1L44A 2OE7X 2DQGY 2Q0MX 3GUJA 1G0PA 4H9EA 1LSNA 1L66A 1VDQA 1EQ4A 2D6BA 2D4KA 1GF8A 2QARC 5KXNA 5AMYA 4E3UA 1VDSA 1LMTA 4WL6A 122LA 4XJIA 1DI3A 1LSAA 1DQJC 1IWUA 4W54A 3AGHA 1GE1A 4YX7C 1T6VL 2HEBA 1LZCA 3CDQA 1J1XY 3DN8A 3C7WA 4I7PA 1REZA 4YOPA 2HUKA 4LT0A 5B05A 3QE8A 1UACY 1EQEA 219LA 2B75A 5APDA 1L37A 1LYDA 4ZIXA 2LZMA 1HELA 2DQJY 253LA 1JSEA 1VATA 1IC7Y 4QY9A 233LA 1FN5A 1JWRA 3HUAA 1OUIA 1QTDA 4KL7A 172LA 3G3VA 4I7QA 3CSZA 5KXXA 1L84A 212LA 1LSMA 4EXMA 1KIQC 2HU3A 5LVGA 1C61A 4GN4A 1UIBA 158LA 191LA 2ZYCA 4ET9A 4IATA 1CKCA 3W6FA 194LA 3WPLA 1GF7A 4KXIA 1GDWA 165LA 4N9RA 3GUKA 4B1AA 4PPOA 3OE8A 4YEMA 2BLYA 1JKBA 4EOFA 4S0WA 186LA 3TXEA 1XFPL 4PGJB 1TLAA 249LA 1GFHA 1LHHA 3GUIA 1DYAA 3RUNA 1QUDA 4H9FA 4N1EI 152LA 4LDLA 3HH3A 1L77A 3C80A 1LJ4A 1C45A 2MEFA 1OUFA 197LA 1D3NA 2Z18A 1LJGA 4AGAA 1L70A 1D0KA 4XJHA 1L63A 1L55A 1L94A 1T8GA 1ZVYB 4H93A 153LA 1QUSA 3RZ4A 1JSFA 4NGIA 7LZMA 3SB9A 2B70A 3TXGA 1QT5A 2MEDA 251LA 1C6CA 1L61A 1OWYA 4NGKA 5APCA 4B4JA 1GF9A 3W6CA 1GBXA 3WYHA 3B0IA 1JTTL 3N9EA 4OWHA 5LVHA 2YBHA 1CNSA 169LA 2F2QA 4BAFA 2N5ZA 5D5FA 1LZ6A 2W1LA 4LYBA 4TTDA 1B7RA 2B5ZA 1LZYA 3GUPA 2HEFA 4TSBA 1P46A 1FBIX 1WTMA 2H9JA 3WVYA 3K3TA 1SX7A 147LA 3N9CA 3A67Y 2DQFC 140LA 2MECA 2O4WA 1IWZA 3A93A 4WMGA 3A3RX 4UWVA 5I4WA 1L24A 4NEBA 2HECA 1LJEA 3CDVA 4Z3MA 4WM1A 3N9AA 1SSYA 4DAJA 4LFXA 3V2WA 1L65A 4LDOA 1UUZC 4N1CC 5HLLA 2XBSA 1QUTA 1HEOA 1C6TA 4ZPUA 4CJ2A 2DQAA 4H9AA 4BS7A 5FELA 4ML7A 5KXMA 3HBDA 2YBIA 1GF6A 4I7MA 1J1OY 1L22A 1PQOA 1KW7A 1ZV5L 4MR1A 1GXXA 1C6MA 164LA 1L21A 1XEKA 1SWYA 3CDOA 5I54A 1O23A 2RB1X 4NGJA 2W1MA 4YF2A 4P2EA 1B7PA 1XEJA 1UCOA 1BVKC 5B06A 1NKHA 1OQMA 4BAPA 8LYZA 1P3NA 1LYIA 1H6MA 4NWHA 2BQCA 1JKDA 3WXTA 5B1GA 2YBLA 1PZYA 2HUBA 246LA 1WQMA 3IWRA 4NHTA 4LT1A 3LYOA 1L68A 2X0AA 1L81A 1L28A 4PJZA 192LA 2OE9X 4DWXA 3C81A 4YEOA 4C3WA 2EIZC 2ZQ3A 1IWVA 4WM4A 3HT9A 5HNCA 125LA 1CJ7A 4IAPA 1LJIA 1LZGA 4H94A 1JJ1A 188LA 1FLYA 5I4YA 3WH1A 3NY8A 4Z41A 3P65A 1IR9A 2G4QA 4NIJA 128LA 4UWUA 4I7OA 1LSYA 1OUHA 4OWBA 4CHXA 1GXV2 3ATOA 1LJHA 1LZ4A 3HU8A 1QSAA 178LA 1QUOA 3KAMA 1LMAA 1PQIA 187LA 1TEWA 4EKSA 1L51A 1QTHA 1CKFA 1LHKA 1UA6Y 5F16A 1BHZA 4I7RA 5KJ9A 2ZIKA 3DN1A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1REX A;  1G7L C;  3BKH A;  2BQK A;  4WLT A;  231L A;  1GFR A;  1KY0 A;  1D3J A;  4WG7 A;  1L11 A;  232L A;  1UIA A;  7LYZ A;  3L2X A;  3NY9 A;  1GPQ C;  1HSW A;  1QUG A;  1P2L A;  1QT3 A;  1YAQ A;  5LYM A;  2ANV A;  4W53 A;  243L A;  4DDB A;  1YKX X;  1F6R A;  2DQH Y;  1QDT A;  4YXC A;  1WQQ A;  154L A;  1GF5 A;  3DNA A;  4WM2 A;  1QUH A;  3AZ7 A;  5HMJ A;  1VDP A;  1ALC A;  3CT0 A;  4W55 A;  1CUQ A;  1XJT A;  1KY1 A;  2Y8P A;  3RW8 A;  1QTC A;  1INU A;  1GEV A;  1C67 A;  2CUU A;  1GB5 A;  1GB9 A;  1C6A A;  4J7V A;  1L27 A;  2LYM A;  2YBM A;  1L15 A;  2OTY X;  1CTW A;  1HF4 A;  181L A;  1ZWN A;  4YXA C;  1MLC E;  1D6Q A;  4J1B A;  261L A;  1OVH A;  4LT3 A;  1IWX A;  2YSS C;  1IOR A;  3HWL A;  2B73 A;  1L0J A;  1GFG A;  1L62 A;  1BWJ A;  3ODU A;  1XEI A;  134L A;  1SX2 A;  1L83 A;  2C8O A;  3WUL A;  3EXD A;  4OWA A;  2HTX A;  1L10 A;  225L A;  4CFP A;  1F10 A;  2IGC A;  2LC9 A;  245L A;  4NHS A;  5T3F A;  144L A;  4GBR B;  3HT6 A;  196L A;  1DXJ A;  3DN3 A;  4ETC A;  6LZM A;  1YAN A;  3CDT A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1REX A;  1G7L C;  3BKH A;  2BQK A;  4WLT A;  231L A;  1GFR A;  1KY0 A;  1D3J A;  4WG7 A;  1L11 A;  232L A;  1UIA A;  7LYZ A;  3L2X A;  3NY9 A;  1GPQ C;  1HSW A;  1QUG A;  1P2L A;  1QT3 A;  1YAQ A;  5LYM A;  2ANV A;  4W53 A;  243L A;  4DDB A;  1YKX X;  1F6R A;  2DQH Y;  1QDT A;  4YXC A;  1WQQ A;  154L A;  1GF5 A;  3DNA A;  4WM2 A;  1QUH A;  3AZ7 A;  5HMJ A;  1VDP A;  1ALC A;  3CT0 A;  4W55 A;  1CUQ A;  1XJT A;  1KY1 A;  2Y8P A;  3RW8 A;  1QTC A;  1INU A;  1GEV A;  1C67 A;  2CUU A;  1GB5 A;  1GB9 A;  1C6A A;  4J7V A;  1L27 A;  2LYM A;  2YBM A;  1L15 A;  2OTY X;  1CTW A;  1HF4 A;  181L A;  1ZWN A;  4YXA C;  1MLC E;  1D6Q A;  4J1B A;  261L A;  1OVH A;  4LT3 A;  1IWX A;  2YSS C;  1IOR A;  3HWL A;  2B73 A;  1L0J A;  1GFG A;  1L62 A;  1BWJ A;  3ODU A;  1XEI A;  134L A;  1SX2 A;  1L83 A;  2C8O A;  3WUL A;  3EXD A;  4OWA A;  2HTX A;  1L10 A;  225L A;  4CFP A;  1F10 A;  2IGC A;  2LC9 A;  245L A;  4NHS A;  5T3F A;  144L A;  4GBR B;  3HT6 A;  196L A;  1DXJ A;  3DN3 A;  4ETC A;  6LZM A;  1YAN A;  3CDT A; 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