1DI4A

Role of amino acid residues at turns in the conformational stability and folding of human lysozyme
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
128
structure length
128
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Role of amino acid residues at turns in the conformational stability and folding of human lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME C
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 46
structure length 128
sequence length 128
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-11-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1di4A00
3A3RX 5FDJA 3TXFA 1GFAA 1HHLA 1REMA 1WQMA 5KKJA 1OUCA 4IJ4A 1KIPC 3AGGG 4TSBA 1UUZC 3A90A 4GCFA 4J7VA 1GDWA 5LXWA 4YEOA 1LSBA 1HMKA 1B5UA 4HJZA 3AGHA 4C5FA 1QSAA 4MR1A 4XJBA 3TMUA 3WPLA 1GB8A 2H9KA 3WU7A 3WU8A 1I56A 4XJFA 4LGKA 1NF5A 4BAPA 2MEBA 3WXTA 4GLAA 1WTNA 2YVBA 3A6CY 1BVXA 1LZ9A 4ETEA 1CKCA 5KXYA 1GFGA 2AUBA 2WARA 1D0MA 3KAMA 4XN6A 5APFA 5HMJA 1GD6A 2DQJY 4ZIXA 6LYTA 2YBHA 4QEQA 1LZRA 1Z55A 4NG8A 1F0WA 1DQJC 2BQAA 5I54A 4Z98A 1GB7A 1IC5Y 1XFPL 3OJPA 4HTNA 2D4JA 4PJ2C 1GFEA 2HUBA 2DQEY 2W1YA 2DQCY 3LHMA 1LJJA 3D3DA 1CJ9A 3WL2A 4XADA 1WVUA 4H9IA 1DI4A 4LYMA 1IP7A 1YKYX 1UIEA 4NHQA 4H8ZA 2EPEA 4OWEA 1YIKA 1LSAA 1V7TA 4WOAA 1LZNA 5DN5A 1YAOA 5HNLA 3F6ZA 1HMLA 2G4NA 3CSRA 2MECA 4NWEA 1B5XA 1GBSA 1W08A 4XJDA 4CJ2A 1GFVA 2C8OA 4N5RA 4ET9A 1NDGC 2Z2EA 1C43A 3EXDA 1CJ7A 1QUTA 1LZEA 1DPWA 1G7LC 1LMNA 4NGKA 2BQDA 4TSCA 4QY9A 4I0CA 1LZTA 5KXXA 4LYOA 4E3UA 4OW1A 1ZV5L 2CGIA 2W1XA 3LYTA 2HEDA 4FJRA 2BLXA 1J1PY 5DN4A 5LYTA 208LA 1LZAA 2XBRA 5F16A 1VDQA 1XGPC 3TXGA 3CB7A 3GXRA 4NGVA 5I5QA 3WPKA 1D6QA 2FYDA 4G4CA 4WM5A 1JJ3A 4NGWA 3W6CA 3LZ2A 2D91A 1HF4A 2DQFC 2DQIY 3TMWA 4J1BA 4ETAA 1EQ4A 1GPQC 4B4JA 1BWIA 5A3ZA 5B59A 1OUEA 2VB1A 4NG1A 3WULA 1TCYA 5F81A 5LINA 1YROA 1HEOA 1RI8B 2D4KA 4H90A 1IP6A 1QSWA 4GCBA 1WQNA 3B0OA 3IWRA 4YENA 4CHXA 4DYGA 1F6SA 4DDBA 3AZ4A 1GBZA 2DKVA 3ZEKA 2IFFY 1QTEA 1KXWA 5DLAA 1AKIA 1GWDA 3CT0A 2BQIA 5L9JA 3EO5A 4Z46A 3B0IA 1KXXA 5II3A 3VWOA 5LIOA 1NBYC 1CNSA 1LMQA 4LT0A 3HFMY 1T6VL 4NGOA 4PGJB 4HJYA 5FELA 1JTTL 1FN5A 2Y8PA 4NWHA 2G4PA 1YQVY 2ZQ4A 3ATNA 5B07A 2EIZC 2LYZA 1GF7A 5B1FA 4OOTA 5IELA 4H9BA 4IASA 5K7OA 2RSCA 2Z38A 4KPMA 2Z18A 5C6IA 3T6UA 3RZ4A 4ZEEA 3A34A 2A7FA 1LSZA 1LSCA 4LFXA 4XJHA 3WPJA 1D9UA 2A7DA 5LYZA 3RT5X 3WVXA 3WH1A 1PS5A 2HU3A 4RW2A 3RNXA 4BS7A 5ILCA 3QNGA 1G7MC 1GE2A 3N9AA 2BQMA 5KXMA 2MEDA 4IATA 1NBZC 1GFKA 3LZTA 4BAFA 2YBLA 1IWYA 1UA6Y 4D9ZA 2I6ZA 1JIYA 4BADA 4LYCA 1LSNA 1JJ0A 1IWUA 1FKVA 4GCCA 3CT5A 4WLDA 1JUGA 1OUFA 1IY3A 1C45A 4H9FA 5LAGA 5I4WA 1C46A 1FKQA 4B4EA 2ZNWY 1F10A 1BHZA 3CSZA 1UIHA 5KKIA 1JKAA 1LHKA 1LZSA 2HECA 2YDGA 1INUA 4GN4A 4NHSA 5AMYA 2X0AA 5HQ1A 3ZVQA 5LVJA 4HV1A 8LYZA 7LYZA 1LMCA 1DI3A 4O34A 194LA 4W96A 4WO6A 5B05A 4NFVA 1AM7A 1LSYA 1XGQC 4N1EI 3T36A 4HV2A 3CSQA 1JJ1A 1IO5A 1TEWA 2F2NA 4OOOA 1LZ8A 2CJLA 4EMNA 5KJ9A 3ATOA 5E9RA 4GCEA 1H6MA 2BPUA 3CQLA 1WQQA 2EQLA 4L41A 1IORA 4WLXA 3B6LA 2MEFA 1HEMA 4Z3MA 3AZ7A 4NGIA 1B7OA 3A96A 2BQLA 1EL1A 1GB3A 1VDTA 3SP3A 2BQOA 1IC4Y 3AYQA 4G49A 1BWHA 3A93A 4OWCA 4WM2A 3A3QA 1YILA 3WUAA 1GAZA 1MELL 2Z19A 3E3DA 1I1ZA 4U3XB 1C10A 1DKJA 2B5ZA 4W94A 4A7DA 1D0LA 3TXKA 1RFPA 1GB2A 2IHLA 3BKHA 3W6FA 1LMAA 1OUJA 3RW8A 3EBAB 4H9CA 4WMGA 1ZVYB 1SLYA 4LT2A 1EQEA 1HENA 1DKKA 1LZYA 4NY5A 3A94A 1YKXX 1OUBA 1UBZA 2D6BA 4CGEA 1LZ5A 4FDYA 3IJVA 1LJHA 2MEAA 1LJFA 1IP1A 1LZ4A 4R6CA 5F9XA 4B0DA 4XJGA 4WL7A 1ZVHL 5D5CA 1HEWA 3MGWA 2Q0MX 4WG7A 3TXJA 2DQGY 1B7QA 1GB9A 1GXV2 4HP0A 3TXHA 1UIBA 5KXNA 1IOSA 1IVMA 3WYHA 2ZYPA 3A95A 1BB3A 1C7PA 4WM6A 2YSSC 4WLTA 3B0KA 1JPOA 1JEFA 1LJ4A 3QY4A 5KXLA 1LAAA 4ETBA 5B1GA 1REYA 1CJ8A 1WVVA 2DBTA 4DT3A 3TXIA 1GF0A 4N1CC 5KY1A 4LZTA 1N4FA 1JSEA 1HSWA 1IEEA 1LSMA 1BB4A 2ZIKA 3G3AB 2LZTA 1TAYA 4HTQA 3WW6A 2XJWA 1ALCA 3QE8A 1LTMA 5LVKA 4C3WA 4UWUA 5L3HA 4NGJA 3A67Y 4MCKA 1D0KA 135LA 2HEAA 2ZYCA 1DPXA 1GF4A 3WUMA 1LSEA 1LSFA 1BB7A 2BQCA 1JTOL 2C8PA 5I53A 3ULRA 5I4YA 1B5YA 3AJNA 2BQEA 4DC4A 1WQPA 1XGUC 5LVHA 1B7NA 1GFUA 1IWZA 1LKRA 4H94A 5HNCA 1KIQC 1IY4A 1B2KA 1NHEA 2BQFA 4H8YA 2LYOA 5FHWA 2BQJA 4NSJA 4UWNA 1E8LA 1IOTA 1OP9B 1HSXA 1YL0X 2HTXA 2DQAA 1BB5A 2PC2A 3HBDA 1EQ5A 3OK0A 4B49A 1BQLY 2HEEA 1LJGA 4NSGA 153LA 1BVKC 1I20A 2LYMA 3WW5A 2W1LA 1HEPA 1GB6A 2ZIJA 1NKHA 4XYYA 154LA 4J1AA 1XSFA 3WVYA 1B7MA 4RDSA 1OUDA 3LYMA 5A3EA 1IP2A 1LZ6A 1IP4A 4LYBA 1OUHA 1GAYA 1SQ2L 2LHMA 1IOQA 1JKDA 3IJUA 1QQYA 2DQHY 3LYZA 2YBJA 1GB5A 5FCPA 1LHHA 1B7SA 1JHLA 1LKSA 3AZ5A 4GLVA 5M1YA 4WM3A 1GE0A 3TXEA 4H93A 1LZBA 1V7SA 2ZNXY 3D9AC 4GN5C 3WXUA 1XEKA 1GE3A 2HEBA 1GF3A 1TBYA 4RLNA 133LA 1UACY 2YBIA 2MEIA 1QDTA 1AZFA 1J1OY 3W3EA 3W6DA 1GF9A 1LMPA 1IP5A 4DDAA 2ZILA 4WLYA 1JKBA 1IR9A 4H9HA 193LA 1FLYA 2XTHA 2YBNA 2ZWBA 1JTPL 1VFBC 1YAPA 4LFPA 5KXOA 4M4OA 3P65A 4CFPA 1HC0A 1LJIA 2DQDY 1LZGA 1B7RA 1GB0A 4II8A 1JISA 1DI5A 1UIDA 3HBEX 4G4HA 5LA5A 1G7JC 1FLQA 1B5WA 1J1XY 1LMTA 1OQMA 2BAAA 134LA 3AW6A 5HLLA 1B9OA 3A92A 4DD1A 5I4XA 4TUNA 2G4QA 3P4ZA 2XBSA 4R0FA 5L3IA 1ZMYL 9LYZA 5DL9A 2N5ZA 4NEBA 5ILFA 1LSPA 1JKCA 3RU5A 1B7LA 5C6LA 1IWXA 4H8XA 3ZVQB 2EKSC 4N0JA 4WO9A 4G4BA 1QIOA 1C08C 1CKDA 4ETCA 1WQOA 1IWWA 3G3BB 1RCMA 1RJCB 4PRUA 4KXIA 3K3TA 1YKZX 1LJEA 2D4IA 1XEIA 4LT1A 1B0DA 4WL6A 4DD3A 2BQKA 1XEJA 4QGZA 1HFZA 1VDPA 4H1PA 3W6AA 1LHMA 4PRQA 1VDSA 1GBXA 4PHIA 4HSFA 4KL7A 4XENA 4X3BA 4ML7A 1XGRC 1KXYA 1HFYA 3P66A 2F4AA 4HTKA 1IIZA 1A2YC 5KXPA 4RLMA 5LYMA 1REZA 1B5VA 1LZ1A 1LJNA 4TTDA 3W6BA 4NGYA 4WM4A 1IC7Y 4NSIA 1HELA 2MEGA 4WM1A 4YEMA 1GDXA 3M3UA 4OWAA 3WMKA 1IR7A 1HERA 4ZFPA 2BLYA 4EOFA 2Z39A 3BKVA 1XGTC 3WUNA 1DZBX 1OUGA 4AGAA 5B06A 2ZQ3A 1IOCA 1PZYA 4HPIA 1LCNA 1CKGA 4DWXA 1GFTA 4ETDA 3FE0A 1IWTA 4N8ZA 1LZDA 4LYTA 5KXTA 2GV0A 2BQGA 5FEKA 1GEVA 1KIRC 4OWBA 3LYOA 5F9UA 4KT3A 4HPEA 1LJKA 1IR8A 1CJ6A 4H9EA 4NGZA 5DM9A 4I8SA 1GFJA 3TMVA 3TMXA 1LPIA 4DD9A 1F6RA 3CT1A 2H5ZA 1HFXA 4ANRA 3HBHA 1HEQA 2FYCA 132LA 1LYSA 1T3PA 4H91A 5LA8A 5HMVA 1UIGA 1NDMC 4LYZA 1FBIX 5EBHA 4ET8A 4B1AA 3B72A 1QTKA 1LHLA 4NGLA 1GE1A 1GFHA 1JWRA 1G7HC 5LAFA 3P68A 4H92A 4H9AA 4HJVA 5JENB 1CKHA 1NQIA 1LOZA 2W1MA 5J7CA 1AT6A 1P2CC 4GCDA 1GBWA 1HNLA 5APEA 4NHTA 2BQNA 1LYZA 1UC0A 1MLCE 1OUAA 1G7IC 3J4GA 3TXDA 4M6DA 1VEDA 2MEEA 3TXBA 4P2EA 1YL1X 4OWHA 1GF6A 1BWJA 1IWVA 2MEHA 5E4PA 4TX7A 4CFOA 4YOPA 1QUSA 4XJIA 1DXJA 3A8ZA 2I26L 5FSTA 1GBYA 4QDNA 4DD0A 2Z2FA 1GF8A 1A4VA 1FLWA 5LVGA 3AZ6A 4NSHA 5F14A 2BQBA 3AGIA 5LVIA 1OUIA 1YANA 4DD7A 6LYZA 1UCOA 3AB6A 4WG1A 1D6PA 3P64A 4UWVA 1WTMA 1O23A 1BGIA 2Z37A 3LN2A 1W6ZA 2I25L 4NIJA 3W6EA 1FDLY 1RE2A 3N9CA 2F30A 1LSDA 5KXZA 4TWSA 1IX0A 1LMOA 2H9JA 2CWIA 2HU1A 4RW1A 4N9RA 1FLUA 1GEZA 1YAQA 2F4GA 3GXKA 2CDSA 4NHIA 1VATA 4G9SA 5IHGA 4YM8A 1LHIA 1JSFA 1LJ3A 1GXXA 1LHJA 2HEFA 5D5FA 4DDCA 5KXWA 3M18B 1QDRA 1UIAA 3N9EA 5T3FA 1AT5A 1LZCA 1UICA 1GF5A 5KXKA 4YF2A 1NMMA 1GE4A 4DD2A 5KXRA 2NWDX 3A91A 2BQHA 5C6JA 1UIFA 1REXA 1JITA 3A6BY 2YBMA 4LT3A 1LYOA 4GN3A 3FI7A 5KXSA 5IDDA 4PPOA 1GFRA 1VAUA 1LYYA 5APCA 4Z41A 3WU9A 4NHPA 1CKFA 1LSGA 1GHLA 1B7PA 5APDA 3AW7A 1WQRA 1H87A 1YAMA 2LZ2A 1TDYA 207LA 2Z12A 1IP3A 3J6KA 4MSTA 2FBDA 4J0LA 1NWGA 4AXTA 2FBBA 3EMSA 4B4IA 1B5ZA 1GBOA 1BB6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3A3RX 3TXFA 108LA 1UUZC 3GUIA 1LSBA 1B5UA 3AGHA 3JR6A 1QSAA 4MR1A 3TMUA 3WU8A 4XJFA 1L29A 1NF5A 4BAPA 2MEBA 3WXTA 1BVXA 4ETEA 4I7LA 3UONA 5HMJA 4XN6A 4ZIXA 4QEQA 1F0WA 1L04A 1IC5Y 1C6NA 2F47A 3OJPA 2DQCY 1LJJA 1CJ9A 1L16A 1L10A 1DI4A 4LYMA 1D9WA 4OWEA 160LA 1V7TA 4WOAA 2ANXA 3RZEA 1L30A 5HNLA 4EKRA 1DYGA 1L50A 4I7MA 4NWEA 4XJDA 4CJ2A 1L17A 1LWGA 1QUTA 3NY8A 2CGIA 2W1XA 3LYTA 212LA 1TLAA 4FJRA 1LZAA 2XBRA 1PQIA 129LA 3CB7A 4NGVA 218LA 2DQIY 5B59A 1L05A 3PDSA 1HEOA 1RI8B 2D4KA 2LCBA 1G0KA 4DDBA 1L60A 3ZEKA 1L76A 1KXWA 1QT6A 3HH4A 1GWDA 3EO5A 1NBYC 1LMQA 1C6PA 4HJYA 2Y8PA 1FN5A 3K2RA 5B07A 1GF7A 5B1FA 5IELA 4H9BA 3RZ4A 2L78A 1KY0A 7LZMA 3RT5X 3WVXA 2HU3A 1T97A 4BS7A 5ILCA 1L0KA 1G7MC 1OVKA 1GE2A 3N9AA 1L59A 2MEDA 1GFKA 2I6ZA 3HTFA 1IY3A 5LAGA 1FKQA 5AMYA 4NHSA 2YDGA 1INUA 3ZVQA 5LVJA 4HV1A 7LYZA 4WO6A 1CX6A 181LA 1G07A 4N1EI 3T36A 4HV2A 2F2NA 3VW7A 3ATOA 5E9RA 4I7JA 1L70A 2MEFA 1HEMA 4GBRB 1QT3A 1B7OA 3A96A 2BQLA 1EL1A 1IC4Y 1BWHA 3WUAA 1L89A 199LA 1CTWA 1C10A 2B5ZA 2OTZX 3TXKA 3BKHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3A3R X;  5FDJ A;  3TXF A;  1GFA A;  1HHL A;  1REM A;  1WQM A;  5KKJ A;  1OUC A;  4IJ4 A;  1KIP C;  3AGG G;  4TSB A;  1UUZ C;  3A90 A;  4GCF A;  4J7V A;  1GDW A;  5LXW A;  4YEO A;  1LSB A;  1HMK A;  1B5U A;  4HJZ A;  3AGH A;  4C5F A;  1QSA A;  4MR1 A;  4XJB A;  3TMU A;  3WPL A;  1GB8 A;  2H9K A;  3WU7 A;  3WU8 A;  1I56 A;  4XJF A;  4LGK A;  1NF5 A;  4BAP A;  2MEB A;  3WXT A;  4GLA A;  1WTN A;  2YVB A;  3A6C Y;  1BVX A;  1LZ9 A;  4ETE A;  1CKC A;  5KXY A;  1GFG A;  2AUB A;  2WAR A;  1D0M A;  3KAM A;  4XN6 A;  5APF A;  5HMJ A;  1GD6 A;  2DQJ Y;  4ZIX A;  6LYT A;  2YBH A;  4QEQ A;  1LZR A;  1Z55 A;  4NG8 A;  1F0W A;  1DQJ C;  2BQA A;  5I54 A;  4Z98 A;  1GB7 A;  1IC5 Y;  1XFP L;  3OJP A;  4HTN A;  2D4J A;  4PJ2 C;  1GFE A;  2HUB A;  2DQE Y;  2W1Y A;  2DQC Y;  3LHM A;  1LJJ A;  3D3D A;  1CJ9 A;  3WL2 A;  4XAD A;  1WVU A;  4H9I A;  1DI4 A;  4LYM A;  1IP7 A;  1YKY X;  1UIE A;  4NHQ A;  4H8Z A;  2EPE A;  4OWE A;  1YIK A;  1LSA A;  1V7T A;  4WOA A;  1LZN A;  5DN5 A;  1YAO A;  5HNL A;  3F6Z A;  1HML A; 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 4P2E A;  1YL1 X;  4OWH A;  1GF6 A;  1BWJ A;  1IWV A;  2MEH A;  5E4P A;  4TX7 A;  4CFO A;  4YOP A;  1QUS A;  4XJI A;  1DXJ A;  3A8Z A;  2I26 L;  5FST A;  1GBY A;  4QDN A;  4DD0 A;  2Z2F A;  1GF8 A;  1A4V A;  1FLW A;  5LVG A;  3AZ6 A;  4NSH A;  5F14 A;  2BQB A;  3AGI A;  5LVI A;  1OUI A;  1YAN A;  4DD7 A;  6LYZ A;  1UCO A;  3AB6 A;  4WG1 A;  1D6P A;  3P64 A;  4UWV A;  1WTM A;  1O23 A;  1BGI A;  2Z37 A;  3LN2 A;  1W6Z A;  2I25 L;  4NIJ A;  3W6E A;  1FDL Y;  1RE2 A;  3N9C A;  2F30 A;  1LSD A;  5KXZ A;  4TWS A;  1IX0 A;  1LMO A;  2H9J A;  2CWI A;  2HU1 A;  4RW1 A;  4N9R A;  1FLU A;  1GEZ A;  1YAQ A;  2F4G A;  3GXK A;  2CDS A;  4NHI A;  1VAT A;  4G9S A;  5IHG A;  4YM8 A;  1LHI A;  1JSF A;  1LJ3 A;  1GXX A;  1LHJ A;  2HEF A;  5D5F A;  4DDC A;  5KXW A;  3M18 B;  1QDR A;  1UIA A;  3N9E A;  5T3F A;  1AT5 A;  1LZC A;  1UIC A;  1GF5 A;  5KXK A;  4YF2 A;  1NMM A;  1GE4 A;  4DD2 A;  5KXR A;  2NWD X;  3A91 A;  2BQH A;  5C6J A;  1UIF A;  1REX A;  1JIT A;  3A6B Y;  2YBM A;  4LT3 A;  1LYO A;  4GN3 A;  3FI7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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