1DPW | Genus

Total Genus 49

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	49
sequence length	129
structure length	129
Chain Sequence	KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__609516235738508__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__609516235738508__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1DPW/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__609516235738508__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"609516235738508","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1DPW/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__609516235738508__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfaf84b7c74734b24997d14/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfaf84b7c74734b24997d14/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfaf84b7c74734b24997d14/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfaf84b7c74734b24997d14/pdb.gz): 294 ms

reading 129 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

129 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 18 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:128});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
publication title	Crystallization, structure solution and refinement of hen egg-white lysozyme at pH 8.0 in the presence of MPD. pubmed doi rcsb
molecule keywords	LYSOZYME
total genus	49
structure length	129
sequence length	129
ec nomenclature	ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date	1999-12-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00062	Lys	C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.530.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	1dpwA00

1JHLA 2BQBA 1H87A 1B2KA 4H9EA 4W94A 3TXEA 1IY4A 1GBZA 6LYZA 1BWIA 3D9AC 2MEHA 1LTMA 2W1YA 1GBXA 4GN4A 1QDRA 3W3EA 1FLYA 1GE2A 3A8ZA 4N9RA 4N0JA 5B05A 1LPIA 3P65A 2ZYCA 5KXRA 3P68A 4BADA 1LSCA 4DC4A 1OUAA 2LYZA 4NWEA 1HFXA 3A93A 1F6RA 4XENA 5KXZA 4NGKA 5LVGA 1IOCA 1KIQC 1LZRA 2LYMA 1HHLA 5B06A 4YEMA 5APDA 1OUEA 1JSFA 3HFMY 4DDCA 1IR9A 1GAYA 1BB3A 1BVXA 2HUBA 5FEKA 4YOPA 3M18B 1VDPA 1LMOA 4LYBA 2MEIA 1IR7A 1IWZA 1LJNA 1QTKA 2LHMA 1KIRC 5LYMA 1LZ9A 1LSBA 4NIJA 3P64A 2DQDY 4H9HA 4OWEA 3G3AB 3F6ZA 5J7CA 5KKIA 1LZNA 1RFPA 1D0MA 5I5QA 1HEQA 1G7JC 1A4VA 3T6UA 2EIZC 1LHMA 1GEVA 1PZYA 4RLNA 3WULA 1LSMA 4PPOA 3T36A 1RJCB 1UACY 1LZ5A 1D6PA 1XEIA 2XJWA 4HJYA 1UICA 1KXXA 2FYCA 2CWIA 4RLMA 4TSCA 5DN4A 5B59A 1UIHA 1IIZA 4H92A 3A3RX 1LZ1A 2D4IA 3LHMA 4ETEA 1LSNA 5IHGA 1DPWA 1GF8A 4QY9A 4LT3A 5B1GA 5IELA 1W08A 3B0OA 4ML7A 4DD1A 3AZ5A 1OUFA 1IWUA 1FKVA 5E4PA 4NGWA 1GFRA 4G4CA 3LYMA 1JKCA 4PGJB 3AB6A 4H91A 2XTHA 3P4ZA 1EQ5A 5KXSA 1P2CC 1HEPA 1BGIA 3AGHA 3CSRA 3W6CA 1JITA 1KIPC 1WQMA 3G3BB 3TXDA 5LVJA 2Z2FA 1B7QA 2C8OA 4WL6A 4XJGA 4Z98A 4P2EA 1VEDA 1DPXA 5L9JA 2HEFA 1LMPA 1I56A 4XJDA 1LMQA 1NDMC 2DKVA 3GXKA 4TUNA 4WM4A 3VWOA 3TMXA 2BAAA 1JJ1A 1C10A 3A34A 4ZIXA 1ZMYL 2BQHA 1QSWA 1GF7A 1REYA 2Z39A 3TXBA 4BAPA 1QQYA 1QUTA 3K3TA 4H9AA 5FDJA 5LVHA 5I53A 1GB6A 3J6KA 1XSFA 1HF4A 2YSSC 1HERA 2HEAA 2I25L 3WXUA 1JKAA 1I1ZA 3W6FA 1G7LC 4AGAA 2DQJY 1VFBC 3A67Y 2EPEA 2CGIA 1LHHA 4GLAA 2BQCA 4B4IA 154LA 1OUHA 2BLXA 1GB0A 1GBSA 5KXNA 5C6LA 4FDYA 5LA5A 3QY4A 2W1MA 4MR1A 4Z41A 7LYZA 1LSEA 1GDXA 1GWDA 2DQCY 4HP0A 1RE2A 1EQEA 4H94A 4HPIA 5AMYA 1LYYA 1YAPA 1AM7A 3P66A 2W1XA 4BAFA 4PJ2C 4GCBA 1YANA 1IP2A 1LJKA 1OUJA 2WARA 3LZTA 5E9RA 1LZSA 1BB6A 1Z55A 2GV0A 5LIOA 1D0LA 3ZVQA 5KXLA 1GE0A 1YIKA 1LHLA 2D6BA 1UCOA 1INUA 1GXV2 2I6ZA 3B0KA 1FDLY 4NHIA 4EMNA 1N4FA 1XGQC 1LMCA 1LZBA 1YKZX 2YDGA 3AW7A 4MSTA 2ZILA 4NFVA 5LXWA 4R6CA 3AZ4A 3WXTA 4Z46A 5II3A 1T3PA 1HENA 1WQRA 4OWAA 4DD9A 4NG1A 1UBZA 2MEEA 3W6DA 4LYCA 4NSHA 4LYMA 1LZYA 4WM5A 1GFGA 1DZBX 4OWCA 1J1PY 4CJ2A 1TAYA 1YL0X 3ATNA 3B72A 4ET9A 1WTNA 2Z19A 4GN3A 4GN5C 1LKRA 4PRQA 1T6VL 3A92A 4B4JA 1IOTA 1GPQC 1LSFA 4WG1A 1CJ9A 1DQJC 1XEKA 2BQNA 5LA8A 5F9UA 4TTDA 1NQIA 3EMSA 132LA 4G4BA 2A7DA 4RW2A 2BQEA 3CSQA 4UWVA 1F6SA 3EBAB 4TWSA 2BQGA 3ZEKA 1UIEA 1BWHA 3WPLA 5I4WA 4G4HA 1B9OA 3WU9A 1HELA 5K7OA 1ZV5L 1LJEA 1RI8B 4NHPA 4OWHA 4C3WA 2Y8PA 2XBSA 4DYGA 5T3FA 4YF2A 2BQFA 1LHKA 2HECA 4ZFPA 2ZIKA 134LA 1WVVA 1FBIX 1BVKC 2DQFC 5ILFA 1B5VA 3RNXA 1D6QA 5L3HA 2H9JA 4LGKA 1LMAA 4NGJA 4NGIA 5DM9A 4DD2A 1XGTC 3BKVA 1LZEA 208LA 1NKHA 3BKHA 4XJHA 5EBHA 3AGIA 4DD3A 1HSWA 4FJRA 4LFPA 4OOTA 5HMVA 2D91A 1GB9A 1QIOA 3FI7A 1OP9B 1GFKA 1IEEA 1LKSA 1J1XY 3AJNA 4WM6A 2BQKA 5DL9A 5FHWA 1GF4A 4H93A 4G49A 3EXDA 1RCMA 3CB7A 5JENB 3EO5A 1QDTA 5KXKA 1LYZA 1JPOA 1UA6Y 1HEOA 5HQ1A 4B49A 1JUGA 1GB8A 2FYDA 4O34A 2HEBA 1WQNA 2BLYA 2BQAA 5APCA 5KXPA 1CKHA 2DQHY 4DWXA 1LJJA 1QUSA 1AZFA 1D0KA 2G4QA 4B4EA 1LJGA 4NWHA 3LN2A 1B7OA 3A90A 1IOQA 1LJ3A 2DQEY 1LSGA 4YENA 3ZVQB 2CJLA 1GFHA 1ZVYB 5IDDA 4KT3A 1GBYA 3RT5X 4IATA 1UC0A 4WLYA 5KXWA 4XN6A 1GE3A 1B7SA 1HC0A 1BB7A 3AGGG 1CJ6A 1YAOA 4OW1A 1IOSA 4XADA 5KJ9A 1LHIA 1B5UA 2D4JA 4NSGA 4TSBA 194LA 4H9BA 5D5CA 3AZ6A 4N1EI 1C43A 1GF6A 1V7TA 2ZWBA 3CQLA 5KXYA 1TBYA 1LCNA 8LYZA 1WQPA 5LYZA 1NMMA 5C6IA 5F81A 3WMKA 1WQOA 2ZNWY 1JKBA 4LYZA 4WG7A 3TXGA 4BS7A 1MLCE 2AUBA 2HTXA 2ZYPA 1B7PA 1FLWA 1YQVY 2RSCA 1NBZC 3D3DA 1GB7A 4WMGA 1LZCA 5I4YA 3TXHA 4B0DA 1GF0A 4HJVA 5KY1A 2LZ2A 2HEDA 2BQJA 2W1LA 1UIFA 4LT1A 4MCKA 4XJIA 1LYSA 1JJ0A 1GD6A 2MECA 1CKCA 3HBEX 4LZTA 1IWWA 4B1AA 5HLLA 4DT3A 5LAFA 2PC2A 1FKQA 1HEMA 1HSXA 2B5ZA 1NDGC 4RDSA 2ZIJA 3LYTA 1YL1X 3WUAA 1HMLA 1CJ8A 3TMUA 3TXKA 4KPMA 3RU5A 2Z18A 5LVKA 1VATA 1OUCA 1AT5A 207LA 3GXRA 1IWVA 2HU1A 3WW5A 1GDWA 2EKSC 2YBIA 1OQMA 4PHIA 1FLQA 2DBTA 1GFAA 3CT5A 1DXJA 5FCPA 1XGPC 1NBYC 1IWYA 2IHLA 1G7HC 1CJ7A 4HPEA 4CHXA 1B5WA 1LSPA 1UIBA 4LT2A 4J1AA 3A91A 5LYTA 1VDSA 4U3XB 3N9CA 2IFFY 3WW6A 1YROA 1IWTA 2Z38A 2BQMA 2MEFA 1GE4A 1IP5A 4ETCA 4CGEA 3WU8A 1DKKA 2YBMA 4OOOA 1UUZC 2LZTA 1LMTA 4L41A 3TMVA 1C7PA 4GCEA 4NG8A 4H8YA 5KKJA 5ILCA 1DKJA 1IC7Y 1GB2A 1IC4Y 4KXIA 1LJIA 2F2NA 4ANRA 3WVYA 1GBWA 2F30A 2H9KA 4WO9A 3LYZA 1I20A 3A3QA 3OK0A 4WL7A 153LA 2NWDX 1REMA 2I26L 1LJFA 3M3UA 4WM2A 4KL7A 3TXJA 4IASA 1OUGA 3QE8A 5B07A 1J1OY 3A6CY 4NGLA 1BB5A 135LA 5LVIA 4HSFA 3WYHA 1C08C 3SP3A 3WUMA 5D5FA 4N8ZA 4EOFA 3B0IA 4NGOA 1SQ2L 1BQLY 4QEQA 1B0DA 4GCCA 1JTOL 5HMJA 2MEBA 1IWXA 1GFTA 2BPUA 2F4AA 4I8SA 4WLXA 1FLUA 1IC5Y 1PS5A 1XFPL 4HTNA 1LZ8A 5APFA 4ETAA 2XBRA 9LYZA 1OUBA 4IJ4A 3N9AA 1LHJA 1EQ4A 2N5ZA 2HEEA 1OUDA 1A2YC 1O23A 4M4OA 1NF5A 1IO5A 1LSZA 2YBHA 1BWJA 1LSDA 1LYOA 3MGWA 1UIGA 3CT1A 3A6BY 4ET8A 1TCYA 1NWGA 1GF5A 4LYTA 1HMKA 1IP4A 1LZDA 1GFJA 4H8ZA 3WU7A 1HEWA 1LAAA 2H5ZA 4G9SA 3RW8A 1YILA 3AZ7A 1F10A 4WOAA 4PRUA 4W96A 3WUNA 3WH1A 3LZ2A 1B7RA 1REXA 1IVMA 2CDSA 2FBDA 4NHTA 4HTQA 1G7MC 3TXIA 1JJ3A 4HTKA 1GB3A 2YBNA 4AXTA 3WPJA 1B5ZA 5APEA 2MEDA 3W6EA 2BQIA 4CFOA 1IP7A 2DQAA 1LSYA 3QNGA 1DI5A 1IP6A 4WM3A 1VAUA 4GCDA 4TX7A 5FELA 1DI3A 2G4NA 2YVBA 4DDAA 1B5XA 1IY3A 1CKFA 5F14A 5L3IA 4HV1A 4GLVA 1JIYA 3HBHA 2LYOA 1LZ4A 4XJFA 2MEAA 1QTEA 2C8PA 4UWNA 5A3EA 2BQLA 4NHSA 3CT0A 2BQDA 5F9XA 1LZTA 1W6ZA 1DI4A 1GHLA 1WTMA 1JSEA 4NGVA 4QDNA 1KXWA 1LZ6A 1YKXX 3CSZA 1YAMA 1WQQA 1HNLA 4ZEEA 3IJVA 3A94A 4NSJA 4WO6A 1JWRA 4LFXA 1GF9A 1YKYX 5HNCA 5KXTA 3TMWA 193LA 1B7NA 1VDQA 1E8LA 4HV2A 3A95A 1F0WA 1GEZA 1LMNA 1TEWA 3FE0A 2G4PA 1UIDA 1VDTA 1WVUA 4H1PA 4H8XA 5DLAA 5FSTA 5A3ZA 1JKDA 4II8A 3A96A 1UIAA 4Z3MA 5KXMA 1IP3A 1MELL 2D4KA 1XGRC 5LINA 1OUIA 1HFZA 4DD0A 1REZA 4LT0A 1GB5A 4ETBA 1FN5A 1LJHA 3LYOA 4H90A 5I4XA 1GFEA 2VB1A 4X3BA 4D9ZA 4HJZA 1KXYA 1D9UA 2DQIY 1TDYA 3WVXA 4YM8A 1XEJA 1JTPL 3W6BA 1CNSA 4DD7A 2X0AA 3B6LA 1BB4A 1AKIA 1YAQA 2F4GA 2ZQ3A 4NHQA 4H9IA 4A7DA 1LJ4A 3AW6A 4GCFA 4NEBA 4NSIA 4NY5A 4CFPA 133LA 1ALCA 1B5YA 4N5RA 4E3UA 1GF3A 1C46A 6LYTA 1IR8A 4WM1A 4DDBA 2DQGY 3AYQA 4NGZA 5B1FA 2MEGA 1GXXA 1V7SA 1HFYA 2ZQ4A 4R0FA 4M6DA 4J1BA 4H9CA 5M1YA 1BHZA 2Q0MX 1JISA 1LSAA 2Z12A 1GE1A 5C6JA 3WPKA 2YBJA 4LYOA 4J0LA 1QSAA 1GBOA 2BQOA 5KXXA 4XJBA 3J4GA 1LOZA 4WLDA 3RZ4A 2FBBA 3OJPA 1SLYA 3W6AA 3ATOA 1GFUA 1JEFA 2HU3A 1JTTL 3HBDA 4XYYA 4YEOA 1B7MA 1LZAA 4QGZA 4ETDA 2ZNXY 4N1CC 2Z2EA 4UWUA 5F16A 4WLTA 3TXFA 1H6MA 2A7FA 2Z37A 1G7IC 4J7VA 4OWBA 4I0CA 1AT6A 1NHEA 1GAZA 2EQLA 3KAMA 5HNLA 4C5FA 3E3DA 1IX0A 3IJUA 1B7LA 5LAGA 1GFVA 3N9EA 1EL1A 1ZVHL 1IP1A 5DN5A 3ULRA 5I54A 1XGUC 4H9FA 3WL2A 3IWRA 1C45A 2YBLA 4NGYA 1IORA 5KXOA 1CKGA 4RW1A 1LZGA 1CKDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1JHL A;  2BQB A;  1H87 A;  1B2K A;  4H9E A;  4W94 A;  3TXE A;  1IY4 A;  1GBZ A;  6LYZ A;  1BWI A;  3D9A C;  2MEH A;  1LTM A;  2W1Y A;  1GBX A;  4GN4 A;  1QDR A;  3W3E A;  1FLY A;  1GE2 A;  3A8Z A;  4N9R A;  4N0J A;  5B05 A;  1LPI A;  3P65 A;  2ZYC A;  5KXR A;  3P68 A;  4BAD A;  1LSC A;  4DC4 A;  1OUA A;  2LYZ A;  4NWE A;  1HFX A;  3A93 A;  1F6R A;  4XEN A;  5KXZ A;  4NGK A;  5LVG A;  1IOC A;  1KIQ C;  1LZR A;  2LYM A;  1HHL A;  5B06 A;  4YEM A;  5APD A;  1OUE A;  1JSF A;  3HFM Y;  4DDC A;  1IR9 A;  1GAY A;  1BB3 A;  1BVX A;  2HUB A;  5FEK A;  4YOP A;  3M18 B;  1VDP A;  1LMO A;  4LYB A;  2MEI A;  1IR7 A;  1IWZ A;  1LJN A;  1QTK A;  2LHM A;  1KIR C;  5LYM A;  1LZ9 A;  1LSB A;  4NIJ A;  3P64 A;  2DQD Y;  4H9H A;  4OWE A;  3G3A B;  3F6Z A;  5J7C A;  5KKI A;  1LZN A;  1RFP A;  1D0M A;  5I5Q A;  1HEQ A;  1G7J C;  1A4V A;  3T6U A;  2EIZ C;  1LHM A;  1GEV A;  1PZY A;  4RLN A;  3WUL A;  1LSM A;  4PPO A;  3T36 A;  1RJC B;  1UAC Y;  1LZ5 A;  1D6P A;  1XEI A;  2XJW A;  4HJY A;  1UIC A;  1KXX A;  2FYC A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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