1DYAA

Determination of alpha-helix propensity within the context of a folded protein: sites 44 and 131 in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAADNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Determination of alpha-helix propensity within the context of a folded protein. Sites 44 and 131 in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1dyaA00
211LA 1L61A 1SSWA 1QTHA 2Q9EA 1L60A 1G0LA 248LA 1KY1A 2B6XA 3C8RA 4ARQB 4W58A 162LA 221LA 3JR6A 4EKQA 1OYUA 3DN6A 1C6EA 1D2YA 1TLAA 1QS5A 1PQJA 164LA 251LA 187LA 1CV6A 2OU8A 2B6TA 253LA 2O7AA 1LWGA 1QTCA 205LA 129LA 188LA 4EXMA 1P2RA 118LA 1QT7A 1T8FA 257LA 4W51A 1L80A 150LA 2F2QA 4W56A 1QUOA 123LA 1L27A 2LZMA 4I7OA 139LA 3SBAA 142LA 178LA 238LA 195LA 1LPYA 1L06A 243LA 3GUPA 1L03A 3OE9A 4I7TA 1LGXA 1L00A 4K5YA 1QS9A 1L56A 3FADA 114LA 1L05A 1QTBA 3HTDA 2RB0X 1L25A 1KNIA 206LA 3C7WA 1T8GA 155LA 1LI3A 199LA 1P2LA 186LA 3HU8A 1C69A 1C6LA 1PQIA 1C6JA 141LA 2RBQA 4LDOA 104LA 2RH1A 120LA 2B6WA 1C60A 1L74A 1L58A 160LA 2RB1X 1L83A 231LA 4I7RA 1L44A 1LI2A 1P36A 3C8SA 138LA 191LA 1L86A 230LA 252LA 2B74A 4ARQA 261LA 223LA 3HH3A 4W54A 1CX7A 3HTGA 1L71A 3SB8A 1G0QA 1L90A 245LA 3L2XA 4W59A 1C61A 1L87A 3GUOA 3NYAA 1DYAA 1C68A 1G0JA 1OVJA 1L13A 225LA 1L20A 1L94A 1ZYTA 1C6DA 4I7SA 1C6QA 1L14A 1L39A 3OE8A 4ARJA 137LA 1L38A 1SX7A 1CUPA 1ZURA 1L43A 1CU2A 216LA 4IAPA 3DNAA 1L46A 181LA 115LA 1L62A 4I7KA 1SWZA 3DN3A 3PDSA 3SBBC 1D3MA 1OV7A 4W53A 111LA 1C6MA 2OU9A 249LA 1LYIA 1L17A 1C6CA 1LW9A 157LA 217LA 1KW5A 1L0JA 1LGUA 209LA 1T8AA 1L08A 2HULA 3GULA 1LWKA 3RZEA 4EKPA 4I7LA 156LA 3ODUA 1G06A 2ANXA 4S0WA 1L59A 242LA 213LA 3DN8A 113LA 1L09A 1L48A 4DJHA 219LA 119LA 1L55A 212LA 1D3FA 1L35A 1QSQA 1L15A 1L16A 3GUNA 167LA 1L79A 2F32A 4EPFA 2RBSA 2RBOA 184LA 1LYDA 1C67A 147LA 1LGWA 229LA 3EMLA 4W57A 1DYFA 200LA 4OO9A 1L51A 1L33A 2B73A 258LA 151LA 146LA 2HUMA 3SB5A 1ZWNA 1L10A 1L49A 108LA 3HUAA 1L66A 1CV0A 1P37A 1CU3A 1L68A 1L77A 1DYEA 2OE4X 1CV3A 254LA 1L63A 1G0PA 122LA 2B70A 3OE6A 214LA 1DYGA 4PK0A 2OTZX 3C81A 1LI6A 127LA 2NTGA 190LA 2CUUA 1L07A 2A4TA 4EKRA 1CUQA 1L0KA 2QB0B 1OV5A 166LA 165LA 1JTMA 140LA 1QT3A 227LA 1LYHA 1C6GA 1LYJA 1L70A 250LA 180LA 1CTWA 3DMXA 143LA 3D4SA 1L40A 1B6IA 1L52A 171LA 2Q9DA 2F47A 169LA 1XEPA 1JTNA 218LA 1K28A 2B6ZA 2ANVA 1KW7A 1L98A 198LA 3HTFA 1T6HA 2LCBA 2HUKA 262LA 1L21A 1G1VA 215LA 172LA 3GUKA 3GUMA 1P56A 2OU0X 1QTZA 1L54A 4ARLA 3DKEX 2OEAX 3HWLA 3C80A 1C65A 1QUDA 2OTYX 1L50A 1L18A 1C6KA 3HUKA 159LA 4YX7C 1OVHA 1L04A 3C83A 4I7NA 3C8QA 1L22A 4I7PA 234LA 237LA 1L65A 170LA 1SX2A 232LA 235LA 1L37A 2IGCA 1CX6A 1LYEA 103LA 1CU5A 1L75A 196LA 224LA 197LA 1G0KA 3SB7A 1DYCA 3HT7A 4LDLA 3DN2A 1L26A 145LA 1KY0A 4E97A 4EJ4A 2B75A 109LA 4W52A 1L89A 112LA 1C6AA 2OE9X 4I7MA 5LZMA 233LA 2RAYX 163LA 3HDFA 3DN4A 4EKSA 3G3XA 1XJUA 102LA 1QT5A 1C6FA 125LA 1L30A 189LA 126LA 1L34A 1KS3A 201LA 1L23A 3FI5A 1L95A 1LYFA 1DYBA 3CDVA 1CVKA 2O79A 3DMVA 1L02A 1P7SA 1L11A 247LA 4I7QA 3CDOA 3F9LA 1PQDA 1C6NA 1L92A 128LA 3C7ZA 1QUHA 192LA 3QAKA 3FA0A 1QT4A 144LA 1D3NA 3G3WA 174LA 4DAJA 176LA 3UONA 1NHBA 1LLHA 2NTHA 1L29A 1L99A 3LZMA 2RBPA 3GUJA 1JQUA 3HT9A 1L45A 1T97A 149LA 1QUGA 3CDQA 1L42A 1QTVA 1G1WA 1L41A 1L82A 2B6YA 1L85A 4DKLA 1L84A 1C63A 1C62A 4ARMB 256LA 210LA 3SN6R 2RAZX 1C64A 1L53A 2B72A 1P6YA 3DMZA 2Z6BA 1L67A 158LA 3CDTA 1CV4A 1CV5A 3HT8A 1QTDA 2OE7X 3SB9A 1L47A 1L36A 3RUNA 1C6IA 1L32A 4W55A 3C7YA 1L76A 130LA 1C66A 3HT6A 3OE0A 1QT6A 2RB2X 1L73A 2RBRA 1C6PA 3K2RA 3CDRA 182LA 1OWZA 3HH4A 3NY8A 1L31A 173LA 1P3NA 1L72A 1C6BA 1L91A 161LA 110LA 3DN0A 3HH6A 3VW7A 1D9WA 1L64A 241LA 260LA 3V2YA 1QSBA 152LA 255LA 4PJZA 1L19A 1DYDA 1L24A 2RBNA 3V2WA 6LZMA 4ARPA 1L69A 1SWYA 185LA 1L57A 222LA 1P64A 259LA 240LA 1OWYA 228LA 2L78A 2QARC 4ZPUA 1P5CA 183LA 3GUIA 1L97A 4ARMA 1D3JA 3SB6A 4AQNA 1D2WA 220LA 1G07A 3PBLA 4YXAC 175LA 3G3VA 4YXCA 3NY9A 177LA 4I7JA 2B7XA 3HU9A 3HTBA 1EPYA 4EPIA 1L96A 1CV1A 1L93A 4LDEA 107LA 1QT8A 168LA 1XJTA 4GRVA 236LA 7LZMA 3C82A 1PQMA 1CU6A 131LA 3L64A 3DN1A 1C6TA 1PQOA 246LA 1CU0A 1L81A 3HH5A 3HDEA 1L12A 1C6HA 226LA 1I6SA 1P46A 1G0GA 1WTHA 4LZMA 244LA 1LYGA 2O4WA 1L88A 3F8VA 5I14A 2LC9A 239LA 1SSYA 3HUQA 148LE 1OVKA 1G0MA 1L28A 1PQKA 1L01A 4GBRB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HFZA 1W6ZA 1IY4A 3W6BA 1SSWA 2Q9EA 132LA 1XSFA 2ZNXY 3C8RA 5E9RA 4I0CA 1OYUA 1IEEA 1PQJA 4XJHA 251LA 3AW7A 3B6LA 4YM8A 1LSAA 5F81A 4NSGA 1RFPA 5APDA 2OU8A 253LA 5EBHA 1GBSA 205LA 2XJWA 4EXMA 1VATA 257LA 1L80A 1GFGA 2F2QA 2DQFC 1IP5A 1L27A 5FHWA 5KXTA 3SBAA 4PJ2C 3TXKA 178LA 238LA 243LA 1LPYA 1L03A 4DDBA 2YBJA 1NBYC 4I7TA 134LA 3FADA 1LSCA 2Z2FA 114LA 1QTBA 2RB0X 4RLMA 2Z12A 1BVXA 1T8GA 199LA 4OWAA 1C69A 4FDYA 5FCPA 4WOAA 5KXKA 2B6WA 1L44A 1DKKA 252LA 4WG1A 4O34A 1FN5A 1L71A 1G0QA 245LA 3LYOA 4TSBA 1WTNA 1G7LC 1L87A 5FELA 1DXJA 1CJ8A 6LYTA 1FKVA 1LYSA 3K3TA 1L39A 3A96A 2A7FA 4XJDA 1ZURA 2FYDA 1CU2A 216LA 4IAPA 3DNAA 1LZSA 1L46A 2DQJY 181LA 115LA 4I7KA 4W53A 1C6MA 1IR8A 2OU9A 4W96A 249LA 4Z3MA 157LA 4M6DA 1L08A 1LWKA 4EKPA 1I56A 1GFAA 3CB7A 2FBBA 1IOCA 1CNSA 2W1LA 1UIBA 1C43A 213LA 1L09A 1L48A 4CJ2A 219LA 4LYOA 1GF3A 4RDSA 4P2EA 1JKCA 3TMUA 1O23A 1PS5A 3TXJA 1L15A 1YROA 5LAFA 2XBSA 1UA6Y 2RBSA 184LA 1LYDA 1LGWA 1YQVY 4TWSA 1FLUA 1DYFA 2B73A 2MECA 3SB5A 1GXV2 108LA 2Z19A 1AT6A 1LYZA 4NHQA 1CU3A 1LYYA 4AXTA 2YBMA 5ILFA 3AZ5A 1CV3A 254LA 5C6JA 1NDGC 5APCA 122LA 3W6DA 1DYGA 135LA 1CJ9A 1OUAA 2NTGA 2DQIY 1LZTA 1V7SA 1IP7A 2CGIA 2A4TA 1L0KA 154LA 4HJZA 2XTHA 227LA 1C6GA 1L70A 3CT5A 1CTWA 4D9ZA 1JKBA 2Q9DA 2F47A 3A90A 1LJKA 1AM7A 2ANVA 4KXIA 4WLTA 4Z41A 1GHLA 1C7PA 4TX7A 172LA 4LT3A 1P56A 1QTZA 5KXMA 3DKEX 2OEAX 3HWLA 3C80A 1GE1A 1SLYA 3RW8A 1IOSA 1KIRC 1LKSA 1DI3A 3WL2A 1REMA 1IOQA 1B2KA 2DQAA 4BADA 2MEIA 1IP6A 1HERA 1YKXX 3LYZA 1L22A 4I7PA 2HEEA 1GB8A 3OJPA 2DKVA 1LSMA 1L37A 1FDLY 4B0DA 1TAYA 1G0KA 1DYCA 3HT7A 4NGOA 3M3UA 4NIJA 4E97A 4NGKA 4NGVA 112LA 3WPKA 4I7MA 1G7JC 163LA 1AT5A 2Y8PA 4NGYA 3F6ZA 1LSZA 3N9EA 2BQHA 3CDVA 4G9SA 1L11A 247LA 2YBNA 1LJGA 1QUHA 2LZTA 1HENA 144LA 3G3WA 176LA 1G7MC 3E3DA 4NGJA 4DDAA 4XJFA 3LZMA 3GUJA 4HV1A 1JQUA 3WUNA 4ET9A 1L45A 1GF7A 1QTVA 1G1WA 4QGZA 1HELA 1L85A 1HEQA 1L84A 5C6LA 1GDWA 3A3QA 2DQHY 1C64A 2B72A 1BB5A 3A8ZA 2A7DA 3CDTA 4G4HA 1CV4A 1OUDA 1CV5A 1DQJC 3GXKA 2OE7X 3SB9A 1L47A 1L36A 3RUNA 1C6IA 4ZEEA 2ZQ4A 3C7YA 3HT6A 1OP9B 1BB4A 1B7SA 1EL1A 2BQMA 3CDRA 1C10A 3NY8A 5A3ZA 5L3HA 173LA 1P3NA 1D0KA 4DQJA 4B4EA 1JHLA 3HH6A 1IWXA 4H92A 1L64A 260LA 1KXXA 4TTDA 4J1AA 1QSAA 2RBNA 1QUSA 1L69A 2D91A 1L57A 1IC7Y 3KAMA 3WXTA 1P64A 1LSBA 5LAGA 4HJYA 1WQRA 1N4FA 4ARMA 1IWTA 3SB6A 220LA 1GB2A 1G07A 3ATNA 4XJIA 4YXAC 1WTMA 4H9BA 1JKAA 4YXCA 3NY9A 1XFPL 4I7JA 3HU9A 1G7HC 3HTBA 236LA 1IP2A 5I5QA 4GN5C 2IHLA 3HH5A 4DQ7A 4WO9A 1L12A 1CJ6A 2ZQ3A 1LHJA 3HBDA 1P46A 1YILA 1HSXA 3AYQA 1WVVA 2LC9A 1GBYA 2D4IA 1OVKA 211LA 5KXLA 4C3WA 2N5ZA 1L60A 3AGGG 4ARQB 221LA 1JTOL 4IJ4A 1GF5A 3DN6A 4WM3A 1QS5A 4WL6A 187LA 1CV6A 4WL7A 2B6TA 2O7AA 1FBIX 1QTCA 188LA 193LA 118LA 4R0FA 2G4NA 3A93A 4A7DA 1GE0A 4H8XA 4J1BA 1XGQC 5B1FA 4W56A 4HTNA 2LZMA 1ZMYL 1YAQA 4G4CA 5AMYA 3OE9A 1WQOA 1QS9A 5HNCA 1OUHA 1IWWA 4N5RA 5LXWA 3AW6A 5LYTA 2I26L 2Z39A 4AGAA 206LA 3C7WA 1C6LA 1XGRC 2ZYPA 104LA 2RH1A 1RCMA 4CFOA 1REZA 4W94A 1L74A 1GXXA 231LA 1LI2A 1UIFA 1UBZA 1RI8B 2CDSA 1HEMA 4G49A 1L86A 1MELL 4HV2A 223LA 1CX7A 3P65A 3HTGA 3SB8A 4I8SA 1RJCB 1L90A 1C61A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1HFZ A;  1W6Z A;  1IY4 A;  3W6B A;  1SSW A;  2Q9E A;  132L A;  1XSF A;  2ZNX Y;  3C8R A;  5E9R A;  4I0C A;  1OYU A;  1IEE A;  1PQJ A;  4XJH A;  251L A;  3AW7 A;  3B6L A;  4YM8 A;  1LSA A;  5F81 A;  4NSG A;  1RFP A;  5APD A;  2OU8 A;  253L A;  5EBH A;  1GBS A;  205L A;  2XJW A;  4EXM A;  1VAT A;  257L A;  1L80 A;  1GFG A;  2F2Q A;  2DQF C;  1IP5 A;  1L27 A;  5FHW A;  5KXT A;  3SBA A;  4PJ2 C;  3TXK A;  178L A;  238L A;  243L A;  1LPY A;  1L03 A;  4DDB A;  2YBJ A;  1NBY C;  4I7T A;  134L A;  3FAD A;  1LSC A;  2Z2F A;  114L A;  1QTB A;  2RB0 X;  4RLM A;  2Z12 A;  1BVX A;  1T8G A;  199L A;  4OWA A;  1C69 A;  4FDY A;  5FCP A;  4WOA A;  5KXK A;  2B6W A;  1L44 A;  1DKK A;  252L A;  4WG1 A;  4O34 A;  1FN5 A;  1L71 A;  1G0Q A;  245L A;  3LYO A;  4TSB A;  1WTN A;  1G7L C;  1L87 A;  5FEL A;  1DXJ A;  1CJ8 A;  6LYT A;  1FKV A;  1LYS A;  3K3T A;  1L39 A;  3A96 A;  2A7F A;  4XJD A;  1ZUR A;  2FYD A;  1CU2 A;  216L A;  4IAP A;  3DNA A;  1LZS A;  1L46 A;  2DQJ Y;  181L A;  115L A;  4I7K A;  4W53 A;  1C6M A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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