1DYAA

Determination of alpha-helix propensity within the context of a folded protein: sites 44 and 131 in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 57
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAADNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)3H1 (159-161)EMPTYS1 (14-19)TI'1 (54-57)TI1 (20-23)AH9 (137-141)S2 (25-28)AH3 (60-80)S3 (31-34)AH7 (115-123)AH8 (126-134)AH10 (143-155)AH2 (39-50)AH4 (83-90)AH6 (108-113)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Determination of alpha-helix propensity within the context of a folded protein. Sites 44 and 131 in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1dyaA00
165LA 1QT5A 142LA 3DN6A 4PK0A 1QS9A 3HU8A 4ZPUA 2RAYX 3C8RA 1OYUA 149LA 171LA 1KW7A 3CDOA 1L23A 118LA 1D3NA 4W51A 4AQNA 1G0LA 212LA 1L81A 178LA 1L09A 115LA 137LA 1L40A 4EKQA 4W52A 4EJ4A 231LA 1L00A 3DNAA 4YX7C 3HH5A 251LA 1LI3A 3HT7A 3HTFA 182LA 145LA 114LA 1L60A 3GUIA 4ARJA 1L87A 1L43A 1L22A 2RBNA 4W54A 4I7LA 129LA 1L86A 1P64A 241LA 2B6XA 3HH4A 166LA 127LA 1L35A 1DYFA 1L83A 150LA 4W58A 3OE9A 1L03A 1G06A 4ARQA 1L76A 177LA 2NTGA 1C6EA 159LA 1C6HA 4LDLA 164LA 1LYGA 232LA 2LC9A 3QAKA 4W57A 3GUOA 1L85A 4OO9A 2OTZX 3C7YA 123LA 1QUDA 1CVKA 1DYBA 1QUOA 1L04A 2RBQA 1PQKA 3FADA 3HT6A 223LA 2HUKA 111LA 1XEPA 1L48A 152LA 1QTDA 1D3FA 2F32A 1OWZA 1QUHA 1QTCA 128LA 1L31A 210LA 1L90A 2O79A 113LA 1L32A 1L52A 3CDQA 3DN1A 1QT6A 2NTHA 122LA 1KNIA 1SX7A 1C68A 2OE9X 1L54A 4E97A 1L12A 3DN4A 4DKLA 1L39A 1L66A 1G1VA 4YXAC 233LA 1OVJA 4GRVA 157LA 1L28A 1G0QA 1C6BA 1C64A 253LA 248LA 1L92A 1ZWNA 2RBRA 3GUKA 262LA 3FI5A 3ODUA 1P7SA 2B70A 200LA 2QARC 1L69A 1L34A 1L01A 2RB0X 1CV1A 3HWLA 1L95A 222LA 2Q9DA 3DN0A 3DN2A 2RB1X 1PQDA 3C81A 2F47A 1C6NA 1P2LA 257LA 1L97A 2HULA 1L20A 1QTHA 243LA 3SBBC 3OE6A 191LA 3C82A 1JTNA 3SB8A 3SN6R 190LA 1D2YA 1L08A 255LA 3G3VA 1DYDA 1LW9A 1EPYA 2ANVA 1L61A 3HUQA 1SWYA 189LA 3RZEA 2B75A 168LA 1C6IA 1L65A 1SWZA 1JQUA 3SB7A 4LDEA 4ARMB 1L55A 144LA 139LA 3GUJA 169LA 1XJTA 1L58A 242LA 1L25A 1P6YA 230LA 3NY9A 143LA 170LA 141LA 2F2QA 1L88A 1L57A 3SB6A 1QT3A 3C8SA 1L13A 1G0PA 3GUPA 162LA 1I6SA 130LA 167LA 1L24A 256LA 2B6TA 2CUUA 3G3XA 3HTGA 1LYFA 228LA 4I7QA 1QSBA 254LA 1B6IA 2B74A 1P56A 1L50A 103LA 1TLAA 156LA 4K5YA 1C6LA 4EPFA 217LA 2B6YA 1C69A 1L75A 214LA 1P3NA 1SX2A 2HUMA 4LDOA 1OV5A 1C6DA 1L18A 1L80A 1L42A 187LA 3DN8A 221LA 5LZMA 1OVKA 3HU9A 3PBLA 1LWGA 1QT7A 227LA 131LA 2Q9EA 1L64A 1LYJA 1CV6A 1L82A 2B7XA 4I7RA 1LYEA 1L14A 1G0GA 1XJUA 1DYEA 1L68A 240LA 234LA 1L45A 4I7JA 3HH6A 1QTZA 163LA 1QTBA 158LA 3DN3A 120LA 1C61A 4LZMA 1L29A 108LA 1L41A 1L07A 1L21A 2LCBA 199LA 183LA 148LE 201LA 4I7MA 2L78A 1CU6A 3C83A 2RB2X 1PQJA 1OV7A 4W59A 4S0WA 1DYAA 3PDSA 1C62A 4I7PA 229LA 4YXCA 6LZMA 245LA 1KW5A 2RBOA 3C7WA 3F8VA 197LA 1CV3A 3SB9A 2A4TA 224LA 4GBRB 220LA 4ARPA 185LA 174LA 1CUQA 1OWYA 4EKRA 1L59A 259LA 188LA 1L05A 1L70A 247LA 1L0KA 195LA 1CUPA 2OU8A 4ARLA 3DMZA 2OEAX 147LA 2B73A 3HDEA 1D3MA 1L72A 206LA 3HT8A 205LA 249LA 3G3WA 2OE7X 3SB5A 3F9LA 1C6JA 1L91A 1P37A 1L94A 235LA 3HDFA 1LI2A 3HT9A 252LA 1CV5A 2B72A 186LA 3HTBA 126LA 3D4SA 173LA 1C6MA 4I7KA 1L16A 3CDVA 1P5CA 4EKSA 1G1WA 218LA 4W56A 1L46A 3V2WA 1L63A 140LA 2OU0X 3DMXA 4ARQB 244LA 2B6WA 155LA 4I7NA 1PQMA 1L38A 2OU9A 181LA 1CV0A 184LA 1L96A 250LA 2RBPA 1L74A 1K28A 3DMVA 1JTMA 1KY1A 3OE0A 1L44A 1D3JA 1QUGA 1L33A 1T6HA 1LI6A 1T97A 112LA 1P46A 102LA 4EKPA 1C66A 238LA 2OTYX 1G0MA 260LA 1P36A 1CX6A 3VW7A 3JR6A 3C80A 246LA 3OE8A 125LA 3L2XA 1L49A 175LA 1L37A 1QS5A 3C7ZA 1L73A 1L98A 261LA 4EXMA 1L06A 3HTDA 1LYIA 4W55A 4EPIA 1LYDA 3GUMA 1QT8A 4IAPA 1L77A 215LA 3V2YA 3HUKA 239LA 198LA 1L0JA 1LLHA 2B6ZA 1L71A 1OVHA 1L62A 1DYCA 225LA 1LGUA 3C8QA 2O7AA 1DYGA 1NHBA 3SBAA 1L17A 1SSWA 3UONA 1C65A 1T8GA 1ZURA 237LA 219LA 1CX7A 1L93A 192LA 3GULA 1QT4A 226LA 176LA 4PJZA 236LA 1L84A 1CU2A 1WTHA 1C6TA 213LA 1LWKA 1C6AA 1C6CA 1CU0A 161LA 151LA 216LA 3CDTA 3K2RA 1L47A 1L36A 3FA0A 1L53A 1P2RA 3NYAA 2Z6BA 2RAZX 1QSQA 4ARMA 3CDRA 1LPYA 172LA 196LA 1L56A 1L79A 1LGXA 1PQIA 2O4WA 180LA 1L02A 1C6QA 209LA 1G0JA 1LGWA 119LA 4W53A 7LZMA 1T8AA 1C6PA 1CU3A 1KY0A 1C67A 1LYHA 5I14A 1SSYA 4DJHA 1C6GA 107LA 1L11A 1C6KA 1L26A 1G0KA 1L10A 1L51A 3GUNA 1C6FA 109LA 1CV4A 1L67A 2OE4X 2IGCA 2LZMA 4I7OA 4DAJA 2RH1A 3LZMA 3EMLA 3HUAA 160LA 4I7TA 1G07A 138LA 2QB0B 1ZYTA 258LA 1L19A 1PQOA 110LA 1C63A 3NY8A 104LA 1D2WA 1L30A 1D9WA 1CTWA 1L15A 4I7SA 2RBSA 3RUNA 1T8FA 1L27A 1C60A 3DKEX 211LA 3HH3A 1CU5A 1QTVA 1L99A 1L89A 2ANXA 1KS3A 146LA 3L64A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DYGA 3C8RA 1Z55A 171LA 4DDBA 1LYYA 1KW7A 1D0LA 4HJZA 178LA 115LA 3OJPA 4E3UA 4EKQA 3RT5X 3OK0A 1L00A 3ULRA 1NHEA 1NBYC 1IR8A 1JJ1A 1LKRA 1LI3A 1UIBA 3D9AC 3HTFA 133LA 3HFMY 182LA 1I20A 1L60A 4I7LA 1JISA 241LA 1B5YA 2B6XA 1L35A 1DYFA 4NHQA 4WO6A 3OE9A 1ALCA 1TCYA 4ARQA 177LA 3IWRA 2LZ2A 2NTGA 1C6EA 1YKZX 4WG7A 1LYGA 3QAKA 1VDTA 154LA 4LFPA 123LA 1QUDA 1CVKA 1D9UA 1PQKA 3FADA 1FLQA 3HT6A 4DD7A 1JKCA 1BHZA 153LA 1GEVA 3LZTA 1L48A 2BQOA 2F32A 1QUHA 1QTCA 128LA 2O79A 4PHIA 3CDQA 4NGLA 122LA 5K7OA 4E97A 1L12A 2DQCY 1L39A 1L66A 4YXAC 3W6EA 3A3RX 4GRVA 4DQ5A 1L28A 1IX0A 4ET8A 2HEBA 5KXWA 1GB7A 3N9EA 5KXSA 3AW7A 1L69A 2G4QA 1L34A 4NEBA 3HWLA 4YEOA 222LA 3DN0A 4B4EA 3C81A 3TXKA 4N8ZA 1LSNA 1GB9A 243LA 3SBBC 3QY4A 3SN6R 3GXRA 1JWRA 1DYDA 1LW9A 1EPYA 4XJGA 1OUEA 4ETAA 3J6KA 4WLTA 1SWYA 5DLAA 3AZ5A 1JUGA 4ARMB 1L55A 2BQCA 1LZAA 2BLYA 1P6YA 5KXZA 1BVKC 1QIOA 170LA 2LHMA 1L13A 3GUPA 162LA 1I6SA 2N5ZA 167LA 256LA 2B5ZA 2BQHA 4WM2A 3G3XA 3HTGA 5LA8A 1LZEA 1REMA 1JTOL 4YOPA 3RU5A 2XQOA 1QSBA 254LA 4H8ZA 1GFJA 5I4WA 1IEEA 1TLAA 3TXGA 4CFPA 1L75A 1AKIA 1P3NA 2HUMA 1OV5A 2I25L 1L80A 1L42A 2LZTA 221LA 1OVKA 1QT7A 1B5WA 1L64A 1V7TA 2YSSC 2IHLA 4I7RA 1L14A 2FBDA 3B0KA 2W1XA 1GB8A 5B07A 1QTBA 5LYMA 158LA 3DN3A 3EO5A 108LA 1L07A 4G4HA 1D0KA 4GCEA 4YM8A 201LA 1LJJA 1B2KA 4W59A 1IP6A 2YVBA 1FN5A 4NHTA 1B7OA 229LA 4MCKA 245LA 1GF0A 1B5ZA 1CV3A 1GWDA 2Z38A 4YF2A 220LA 4ARPA 2D4KA 5E4PA 185LA 174LA 1OWYA 1GFEA 188LA 5LINA 4B0DA 195LA 2OEAX 147LA 1L72A 3WU7A 5E9RA 2ZILA 1UIFA 4G4CA 1RE2A 3F9LA 5KKIA 2I26L 1LMCA 1L91A 1L94A 3HT9A 1FLUA 1TEWA 1OQMA 252LA 186LA 126LA 4H94A 2HU1A 3CDVA 4NGJA 4GCDA 218LA 1L46A 1YAQA 1GAYA 1G7LC 3J4GA 1LSFA 4LYBA 1LYZA 4I0CA 4HPIA 4N1EI 1YANA 1BB6A 1L96A 2HEAA 2RBPA 3LZ2A 1GE3A 2BQNA 1QUGA 4WLYA 4KL7A 4WLXA 2VB1A 4EKPA 3FE0A 5LAGA 1G0MA 135LA 3JR6A 3C80A 5B59A 1QS5A 1L06A 2YBJA 3F6ZA 1YILA 2RSCA 1DPWA 215LA 3HUKA 239LA 198LA 3ZVQB 5DL9A 1IP7A 4MSTA 4GCBA 1XGUC 1GFRA 1HEPA 3C8QA 3CSQA 3SBAA 1NF5A 2BQBA 1NQIA 1IC5Y 219LA 1LZDA 1B7PA 1D6PA 4TTDA 4PJZA 3WPJA 5EBHA 1GE4A 1T6VL 1IVMA 2F30A 4GN5C 161LA 1LSAA 3WW5A 3FA0A 1H87A 1L53A 1J1PY 4PRUA 3QNGA 5I54A 1HFXA 4Z3MA 4ETCA 4Z46A 172LA 2GV0A 2ZYCA 1QDRA 4NSJA 1PQIA 1E8LA 2O4WA 4NHPA 180LA 1L02A 4LT3A 3T36A 1LZ6A 2CJLA 3RZ4A 1LKSA 3EBAB 1UCOA 3TXBA 1GHLA 1PZYA 4Z41A 7LZMA 1CU3A 4HTKA 1LYHA 1PS5A 2WARA 4DT3A 4N0JA 4B1AA 1G0KA 1L51A 2ZNXY 4DD3A 5T3FA 2OE4X 4I7OA 4DAJA 3LZMA 5HLLA 3QE8A 3EMLA 4I7TA 1G07A 2QB0B 1WQMA 3NY8A 3ZEKA 1L30A 5FEKA 1D9WA 7LYZA 2RBSA 1NKHA 1L27A 3A91A 5DM9A 1VEDA 2BQJA 2ANXA 1SLYA 1KS3A 146LA 1MLCE 3L64A 3AYQA 1QT5A 1GF8A 1FBIX 3G3AB 4ZPUA 1HSWA 2RAYX 1LZ5A 1REXA 1GB6A 1YKYX 1L23A 1IP5A 1YAPA 5HNCA 4WM1A 2ZIKA 4AQNA 4G49A 3WYHA 1OUGA 4W52A 3AGGG 4EJ4A 3TMWA 4L41A 3CT1A 4ML7A 4X3BA 1L87A 3WUAA 1L22A 1BWIA 1L86A 3HH4A 4WL7A 2I6ZA 4FJRA 1G06A 1A4VA 1L76A 2YBMA 232LA 1UACY 4OW1A 4OO9A 3C7YA 1DKKA 4RW2A 2DQHY 1B5UA 2PC2A 1VFBC 1B5VA 2DQJY 4NY5A 111LA 1FLYA 1XEPA 1HERA 5KXYA 1UIDA 4LYTA 1C7PA 1L31A 210LA 1L90A 1H6MA 3A90A 3WULA 113LA 5LVKA 1QUSA 2NTHA 3B0IA 3FI7A 1XEJA 1LZCA 1IY3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4DYG A;  3C8R A;  1Z55 A;  171L A;  4DDB A;  1LYY A;  1KW7 A;  1D0L A;  4HJZ A;  178L A;  115L A;  3OJP A;  4E3U A;  4EKQ A;  3RT5 X;  3OK0 A;  1L00 A;  3ULR A;  1NHE A;  1NBY C;  1IR8 A;  1JJ1 A;  1LKR A;  1LI3 A;  1UIB A;  3D9A C;  3HTF A;  133L A;  3HFM Y;  182L A;  1I20 A;  1L60 A;  4I7L A;  1JIS A;  241L A;  1B5Y A;  2B6X A;  1L35 A;  1DYF A;  4NHQ A;  4WO6 A;  3OE9 A;  1ALC A;  1TCY A;  4ARQ A;  177L A;  3IWR A;  2LZ2 A;  2NTG A;  1C6E A;  1YKZ X;  4WG7 A;  1LYG A;  3QAK A;  1VDT A;  154L A;  4LFP A;  123L A;  1QUD A;  1CVK A;  1D9U A;  1PQK A;  3FAD A;  1FLQ A;  3HT6 A;  4DD7 A;  1JKC A;  1BHZ A;  153L A;  1GEV A;  3LZT A;  1L48 A;  2BQO A;  2F32 A;  1QUH A;  1QTC A;  128L A;  2O79 A;  4PHI A;  3CDQ A;  4NGL A;  122L A;  5K7O A;  4E97 A;  1L12 A;  2DQC Y;  1L39 A;  1L66 A;  4YXA C;  3W6E A;  3A3R X;  4GRV A;  4DQ5 A;  1L28 A;  1IX0 A;  4ET8 A;  2HEB A;  5KXW A;  1GB7 A;  3N9E A;  5KXS A;  3AW7 A;  1L69 A;  2G4Q A;  1L34 A;  4NEB A;  3HWL A;  4YEO A;  222L A;  3DN0 A;  4B4E A;  3C81 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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