1DYBA

Determination of alpha-helix propensity within the context of a folded protein: sites 44 and 131 in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAGNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Determination of alpha-helix propensity within the context of a folded protein. Sites 44 and 131 in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1dybA00
1L79A 4I7OA 1B6IA 120LA 2B73A 3OE8A 1L84A 114LA 109LA 1KNIA 1QUOA 1OVKA 3EMLA 255LA 3DN2A 2RBQA 1QSQA 115LA 3OE6A 1L54A 1L56A 1L46A 1L55A 1CUQA 1SX7A 4DJHA 126LA 1C61A 131LA 1L45A 3C8RA 1L07A 3C7WA 1LYFA 4W51A 212LA 1L15A 1CV6A 4EKSA 3FA0A 3OE0A 1C6CA 1QT6A 1PQDA 1L38A 1LGXA 1L64A 1JTNA 1C6TA 3VW7A 1QT4A 1L73A 1C6MA 254LA 1L05A 137LA 1G0KA 1QS5A 1T8AA 4GBRB 1PQKA 2RB1X 107LA 1L91A 1DYCA 1QSBA 1G1WA 1L17A 1DYAA 2RB2X 4LDLA 197LA 167LA 1L32A 3PDSA 130LA 1CV1A 175LA 182LA 1C67A 1LW9A 4K5YA 3F8VA 3HT6A 103LA 180LA 1L89A 4ZPUA 4W55A 2A4TA 1L82A 1L37A 1CVKA 170LA 1QUDA 172LA 4I7NA 1SWYA 1L77A 245LA 4ARQB 1QTDA 2HUMA 2LCBA 1K28A 205LA 3DKEX 1L85A 4I7TA 1L09A 3F9LA 3L64A 2B6TA 1QT8A 1OYUA 1OWZA 155LA 1L70A 3HT8A 1L43A 1C64A 1OV5A 1L27A 1G06A 4EPIA 1QTVA 262LA 2RBOA 4E97A 5LZMA 148LE 2OU9A 2NTHA 1CX6A 249LA 1ZWNA 159LA 191LA 1C65A 242LA 166LA 2OTZX 2OU8A 162LA 1L81A 2B74A 4W56A 1OV7A 1L16A 1G0JA 236LA 1CU0A 228LA 2LC9A 1CU3A 1QT5A 3DN1A 2RAZX 1C60A 190LA 1PQJA 2RBRA 3DNAA 156LA 4ARJA 1QUGA 1L41A 250LA 185LA 1C6NA 1C6KA 3DN6A 1D3NA 2OEAX 147LA 184LA 4LZMA 2B75A 1CU2A 1QTCA 1CV0A 2OE4X 1JTMA 2O7AA 1L25A 1L65A 1LWGA 1L08A 140LA 161LA 1L10A 2F2QA 1L18A 2B72A 1DYGA 3SN6R 248LA 2B6XA 1T97A 3SBBC 128LA 1L83A 1L02A 1L01A 1C62A 1L80A 7LZMA 240LA 4PK0A 2CUUA 2ANXA 1KW5A 4ARLA 1D2WA 1LLHA 108LA 260LA 4AQNA 2QB0B 2B7XA 4ARQA 1D2YA 3C83A 1L12A 3HH3A 1CU5A 4ARMB 3GUKA 1LGUA 238LA 4IAPA 220LA 3G3VA 157LA 3GUOA 1P2RA 251LA 4EKQA 1L69A 1L62A 1D3JA 237LA 192LA 2RH1A 3HU9A 241LA 178LA 181LA 1P64A 1L52A 1KY1A 2B6WA 1L61A 4W53A 1C66A 160LA 1D9WA 152LA 235LA 1L86A 3DN0A 112LA 150LA 221LA 1LPYA 1L48A 2IGCA 1L29A 3HTGA 1L20A 1L88A 1OVHA 1SWZA 176LA 2RAYX 215LA 1D3FA 183LA 4I7JA 1L28A 1SSYA 2F47A 3DMZA 1L23A 1XJUA 1L53A 1P37A 211LA 2Q9EA 3HUAA 4I7RA 3RUNA 3K2RA 1L67A 210LA 189LA 1PQIA 259LA 3GUJA 1L96A 1PQMA 257LA 1OWYA 1L39A 206LA 232LA 3HDFA 3OE9A 169LA 3LZMA 1XEPA 1L74A 1QS9A 1ZYTA 1L98A 3NY9A 4DKLA 1C6FA 1P2LA 2F32A 253LA 1C6DA 1L93A 4ARMA 111LA 196LA 138LA 1D3MA 1KS3A 1G0QA 2Q9DA 209LA 2Z6BA 1L19A 252LA 3HT7A 4YX7C 1L44A 1L58A 4EKPA 1L06A 4YXCA 1CV3A 1CX7A 188LA 1L97A 1LYHA 1LI6A 243LA 247LA 3HH5A 4EKRA 102LA 177LA 1LWKA 4EJ4A 3G3WA 119LA 2L78A 3C7YA 3HUKA 1P3NA 256LA 244LA 2ANVA 1L87A 3NY8A 3DMVA 1L36A 3FI5A 139LA 1TLAA 1L00A 3C81A 195LA 2B70A 173LA 3UONA 1LYEA 2NTGA 1CV5A 3CDVA 143LA 1QT3A 1L21A 1L60A 246LA 6LZMA 225LA 4EXMA 1QTZA 2HUKA 1I6SA 231LA 1L57A 1L42A 149LA 1T6HA 1L63A 3QAKA 3GULA 2RBPA 4DAJA 1L75A 1T8GA 3G3XA 1C68A 1C6BA 1L50A 1L04A 226LA 4W58A 1LYIA 127LA 2B6YA 1C6EA 3HH4A 168LA 1L31A 1P7SA 201LA 4W54A 1G07A 213LA 1C6HA 3SB8A 164LA 1C6JA 1PQOA 1G0GA 1L03A 4YXAC 1C6GA 141LA 1DYDA 1L95A 3L2XA 3ODUA 1L22A 1C63A 1G0PA 1LYDA 158LA 1QTHA 125LA 2OTYX 261LA 1NHBA 165LA 4S0WA 1L76A 4OO9A 4I7SA 1CU6A 3D4SA 129LA 1L47A 216LA 151LA 1L49A 3V2YA 1LYGA 3RZEA 1L26A 1L92A 1KW7A 2O4WA 4W52A 113LA 218LA 3HWLA 122LA 3C7ZA 174LA 3C82A 233LA 3GUPA 4W59A 4EPFA 1DYFA 1WTHA 3HT9A 4LDOA 1G0LA 1L51A 1DYBA 1L11A 4GRVA 1QUHA 229LA 186LA 199LA 1L30A 2OU0X 2B6ZA 2HULA 1L68A 1CV4A 1SSWA 1EPYA 142LA 239LA 3GUMA 227LA 1L34A 3SB5A 3HTDA 1LGWA 4W57A 1L99A 3HTFA 1SX2A 217LA 198LA 3C8QA 4ARPA 1L66A 223LA 3CDOA 110LA 1QTBA 3HDEA 3HH6A 1L14A 118LA 200LA 3CDQA 2OE9X 1OVJA 3SB7A 1L33A 1G1VA 2RB0X 258LA 3SB9A 1JQUA 2QARC 3SBAA 3CDRA 1CUPA 1CTWA 224LA 4I7KA 1G0MA 1P46A 1T8FA 4PJZA 144LA 1C6QA 2OE7X 1L35A 1P56A 163LA 3DN3A 1C6AA 104LA 1KY0A 4I7LA 146LA 1C6LA 171LA 2LZMA 4I7PA 3PBLA 3NYAA 1ZURA 2O79A 1L24A 1QT7A 3GUIA 214LA 1L13A 1L0JA 3GUNA 3HTBA 4I7QA 3CDTA 1P6YA 1L40A 1P5CA 123LA 1LYJA 4I7MA 3V2WA 230LA 3DMXA 1C6IA 1XJTA 234LA 187LA 145LA 1L59A 2RBSA 222LA 3JR6A 5I14A 1L90A 219LA 3C80A 3FADA 1LI3A 3HUQA 1L94A 3HU8A 3SB6A 3C8SA 1L0KA 1L72A 1C69A 1P36A 1L71A 2RBNA 1LI2A 3DN4A 1DYEA 3DN8A 4LDEA 1C6PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NSJA 4I7OA 1B6IA 2B73A 2RSCA 4C5FA 2YSSC 3W3EA 4ETCA 1OUHA 4B4IA 4NHIA 2IHLA 4IJ4A 1CUQA 3A92A 1C61A 1B5ZA 4NHTA 1IP2A 4MSTA 4XJDA 1IOCA 3FA0A 4MR1A 4Z98A 1T6VL 1C10A 2BQKA 4GN3A 4WLYA 1WQRA 3WL2A 1FBIX 137LA 1IOQA 3CB7A 4WLTA 3AZ4A 3AYQA 1WQOA 2BPUA 107LA 1DYCA 1INUA 1G1WA 1L17A 5AMYA 2RB2X 5KXZA 1IO5A 1B7LA 1GFGA 175LA 2Z18A 1C67A 3HT6A 2YDGA 5DN4A 3B6LA 3N9EA 1L82A 2Z39A 1GE4A 1CVKA 170LA 1DKKA 1QUDA 172LA 1SWYA 1JJ1A 1TDYA 3L64A 3W6BA 3CT1A 1QT8A 4WO6A 5I5QA 1OYUA 5FELA 5LA5A 1C64A 1OV5A 1YKXX 1G06A 2RBOA 3WXUA 4E97A 5LZMA 2OU9A 1LZAA 2Z38A 249LA 1OUFA 1GFRA 1XGTC 2BQOA 1KXYA 2F4GA 4RW1A 2B74A 3N9AA 1PZYA 236LA 1CU0A 1HSXA 2LC9A 1UIAA 1QT5A 4H8YA 5F9XA 1EQ5A 5KXWA 190LA 1BQLY 1PQJA 1FN5A 3LZTA 3WXTA 2MEFA 5KXRA 185LA 1D3NA 2OEAX 1C08C 4LZMA 2B75A 1CU2A 3ZVQA 3A90A 1WQQA 1LWGA 2D4IA 1L10A 1L18A 2B72A 1F10A 4B49A 2HU1A 1GBSA 240LA 5D5CA 2ANXA 4Z3MA 1GBWA 1UIBA 4DQJA 5ILCA 3WVYA 2G4QA 4HV1A 3G3VA 3GUOA 9LYZA 1CKHA 1HMLA 3TMVA 1GFTA 3J6KA 237LA 1HNLA 1JKAA 3TXEA 241LA 1IC5Y 4KL7A 1P64A 1L52A 2BQNA 1EQ4A 1KY1A 2B6WA 4W53A 1C66A 2Z12A 160LA 3A91A 150LA 221LA 4R0FA 4H9IA 1GFEA 2BQDA 4OOOA 1FKQA 4ZIXA 4BAPA 3WU8A 3WW5A 176LA 2RAYX 215LA 3D3DA 1UICA 1SSYA 1WTMA 2Q9EA 4XJBA 4NIJA 3K2RA 1L67A 1L96A 4DDAA 257LA 1OWYA 3OE9A 232LA 169LA 1XEPA 5L3IA 1LZ5A 5HNCA 2YBIA 111LA 4PRUA 1D3MA 3LHMA 1G0QA 209LA 2Z6BA 1HENA 1UIFA 5I4WA 1CV3A 4NWEA 2BQIA 1JIYA 3HH5A 1PS5A 5LVHA 4NGYA 244LA 2ANVA 3DMVA 4LYMA 3FI5A 2B70A 2BQJA 5KJ9A 1L60A 246LA 1CJ8A 1QTZA 3ZEKA 5HMJA 2FYCA 1L57A 2Z2EA 1L63A 3GULA 1T8GA 1C68A 5F16A 1RFPA 2HEDA 3WPJA 1L04A 226LA 1BVKC 1UCOA 4LT0A 3LYTA 1P7SA 1G07A 1RE2A 4LT2A 1PQOA 1G0GA 4YXAC 1C6GA 5DM9A 3ODUA 1C63A 1NMMA 1LYDA 158LA 1GBYA 2B5ZA 4OW1A 261LA 2BLXA 1CU6A 129LA 1IIZA 1I1ZA 3GXKA 216LA 3V2YA 3RZEA 2HEBA 4DD0A 1KW7A 3HWLA 1BHZA 4BS7A 2EKSC 4WLXA 5LVKA 174LA 3GUPA 3A3RX 1DYFA 5II3A 1DI3A 3HT9A 1DI4A 3N9CA 1NDGC 1TCYA 2D91A 1ZV5L 4GRVA 3EMSA 1LJKA 1OUAA 1LZ1A 1ALCA 4HTQA 3RW8A 1SX2A 198LA 2HU3A 3C8QA 1IR7A 3RNXA 1QTBA 3HH6A 1L14A 2OE9X 4PJ2C 2MEHA 3SB7A 1JQUA 3CDRA 224LA 4I7KA 4B0DA 4DD7A 1JKDA 1WVVA 4NHSA 3BKHA 3TXIA 1T8FA 2Y8PA 4PJZA 144LA 5E4PA 3EBAB 1GBXA 1KY0A 4G4HA 1H6MA 4I7PA 4H93A 3NYAA 1DKJA 2O79A 4A7DA 1LZYA 5D5FA 123LA 3V2WA 4FJRA 1JKCA 230LA 4H94A 2BQCA 4IASA 1JPOA 1C6IA 2HEEA 234LA 1YANA 145LA 1L59A 1VATA 2RBSA 3E3DA 3JR6A 5KXNA 2PC2A 219LA 1LI3A 1GF5A 1L94A 3SB6A 1L72A 1P36A 1GB2A 5I53A 1DYEA 3OE8A 3LYOA 109LA 1QUOA 4LYZA 3DN2A 2RBQA 115LA 4O34A 1L55A 1CKFA 4NY5A 126LA 1W08A 4LYOA 131LA 1LPIA 5T3FA 1L07A 4W51A 1IY3A 5LAFA 5KKIA 1LSBA 5FHWA 5F81A 1L15A 1CV6A 2ZNWY 4EKSA 1BWHA 1C6CA 1QTEA 6LYTA 254LA 1QS5A 3CSRA 1GF8A 2RB1X 1G7JC 1DYAA 1HEOA 197LA 1IWXA 1D9UA 1L32A 3PDSA 2HEAA 1MELL 5LAGA 1LSMA 5DL9A 1LW9A 4K5YA 1LZDA 180LA 4J7VA 4ZPUA 5KY1A 2A4TA 1UC0A 1HEWA 2HEFA 5HMVA 1OP9B 4ARQB 1K28A 1UIGA 205LA 1CJ7A 4NGOA 2Z19A 4YOPA 1L09A 3F9LA 2B6TA 5C6LA 1V7SA 155LA 1L70A 4H1PA 1GBZA 154LA 1LZTA 1LSNA 262LA 1B5XA 2I6ZA 3A34A 148LE 4PPOA 1CX6A 4H9AA 4LFPA 1ZWNA 1XGRC 2OTZX 4W56A 4ML7A 1JSFA 1L16A 2EIZC 4H9EA 1WQNA 1B7RA 1LSEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4NSJ A;  4I7O A;  1B6I A;  2B73 A;  2RSC A;  4C5F A;  2YSS C;  3W3E A;  4ETC A;  1OUH A;  4B4I A;  4NHI A;  2IHL A;  4IJ4 A;  1CUQ A;  3A92 A;  1C61 A;  1B5Z A;  4NHT A;  1IP2 A;  4MST A;  4XJD A;  1IOC A;  3FA0 A;  4MR1 A;  4Z98 A;  1T6V L;  1C10 A;  2BQK A;  4GN3 A;  4WLY A;  1WQR A;  3WL2 A;  1FBI X;  137L A;  1IOQ A;  3CB7 A;  4WLT A;  3AZ4 A;  3AYQ A;  1WQO A;  2BPU A;  107L A;  1DYC A;  1INU A;  1G1W A;  1L17 A;  5AMY A;  2RB2 X;  5KXZ A;  1IO5 A;  1B7L A;  1GFG A;  175L A;  2Z18 A;  1C67 A;  3HT6 A;  2YDG A;  5DN4 A;  3B6L A;  3N9E A;  1L82 A;  2Z39 A;  1GE4 A;  1CVK A;  170L A;  1DKK A;  1QUD A;  172L A;  1SWY A;  1JJ1 A;  1TDY A;  3L64 A;  3W6B A;  3CT1 A;  1QT8 A;  4WO6 A;  5I5Q A;  1OYU A;  5FEL A;  5LA5 A;  1C64 A;  1OV5 A;  1YKX X;  1G06 A;  2RBO A;  3WXU A;  4E97 A;  5LZM A;  2OU9 A;  1LZA A;  2Z38 A;  249L A;  1OUF A;  1GFR A;  1XGT C;  2BQO A;  1KXY A;  2F4G A;  4RW1 A;  2B74 A;  3N9A A;  1PZY A;  236L A;  1CU0 A;  1HSX A;  2LC9 A;  1UIA A;  1QT5 A;  4H8Y A;  5F9X A;  1EQ5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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