1DYBA

Determination of alpha-helix propensity within the context of a folded protein: sites 44 and 131 in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAGNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Determination of alpha-helix propensity within the context of a folded protein. Sites 44 and 131 in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1dybA00
142LA 4W54A 188LA 1C66A 143LA 1G0GA 131LA 110LA 3C8QA 3GUJA 184LA 1C67A 1C6LA 1L98A 2LC9A 1L22A 4GBRB 243LA 4DKLA 1PQJA 4ARQB 1L58A 1L71A 2QB0B 1L82A 1P56A 3CDVA 163LA 3HUKA 1L73A 226LA 238LA 104LA 167LA 1XEPA 3GUMA 3C7WA 1L07A 1T8FA 1LYEA 2IGCA 1D2WA 1L61A 120LA 1C6TA 113LA 236LA 3GUIA 1C62A 3FA0A 258LA 2RBQA 1C68A 187LA 1L65A 4EPFA 2B74A 2F2QA 189LA 1QUOA 4ARMA 1L0JA 3SB8A 122LA 2OE7X 1L44A 2B6ZA 1CU0A 1L23A 1L83A 183LA 1L59A 1L81A 232LA 3GUPA 1DYCA 1L72A 3SN6R 2O79A 166LA 1CU5A 3G3XA 2B6WA 130LA 1LI3A 245LA 1SSYA 1OVJA 241LA 4S0WA 1L56A 1L80A 1T8AA 215LA 1L36A 1L76A 3LZMA 3SBBC 1L85A 1C6KA 201LA 1L99A 1LYHA 252LA 1CUPA 1EPYA 1L68A 1L25A 4I7SA 1T97A 1QUGA 4PJZA 1L28A 1L0KA 1L21A 1L52A 1L66A 3G3VA 1QS5A 1G0MA 112LA 1L84A 256LA 1KNIA 1ZWNA 158LA 1PQOA 5LZMA 3OE6A 1JTNA 1L69A 1L48A 1DYBA 4ARJA 1CUQA 1SSWA 1L53A 1L86A 3SB9A 162LA 257LA 3SB7A 1L75A 1P6YA 1QT4A 1C6QA 1L29A 3HTBA 2OTZX 1L43A 1L64A 1QS9A 1L41A 2RH1A 3G3WA 1L42A 1C65A 1L12A 1L16A 118LA 1C6EA 1CU3A 126LA 2LZMA 5I14A 128LA 181LA 1P46A 227LA 2RAYX 1L87A 4W51A 1JTMA 1L35A 229LA 244LA 2B6XA 1QSQA 1QTBA 2A4TA 2NTGA 3HT9A 161LA 1L55A 1LGXA 1P37A 1LLHA 155LA 1OV7A 1ZYTA 3HU9A 144LA 1CX7A 1L51A 1C6FA 1L70A 1L45A 1LGWA 1L15A 4E97A 1G0KA 1L60A 220LA 1L92A 4I7KA 197LA 260LA 3C81A 209LA 1QT7A 1QTHA 1OV5A 1L31A 2L78A 1OYUA 3OE9A 1OWYA 230LA 3HT6A 2OU9A 1LYJA 1CU2A 180LA 1CV4A 3GULA 1L88A 1D3JA 2O7AA 1KY0A 4EKSA 3GUOA 200LA 4LDEA 4ZPUA 3HH6A 4LDLA 3C82A 1DYAA 1L50A 1L30A 1L19A 170LA 4IAPA 1C6GA 2ANVA 4AQNA 4EKQA 1DYGA 4I7NA 129LA 1L79A 3DMVA 2B6YA 3VW7A 249LA 145LA 1L40A 1QT6A 1C6DA 1T8GA 1LYIA 168LA 3DN8A 222LA 4W59A 4ARPA 3HH3A 261LA 1L63A 1L62A 1PQDA 4K5YA 3C8RA 1G07A 3CDQA 3DMZA 2NTHA 4EJ4A 3DMXA 3NY9A 7LZMA 3C7YA 1CV5A 148LE 213LA 4LZMA 4W57A 1L47A 1C6HA 205LA 1DYEA 1L74A 4W52A 1CVKA 140LA 182LA 165LA 3JR6A 1L96A 4W53A 1QT8A 2OU8A 169LA 137LA 4I7RA 3HT7A 171LA 1C61A 1L11A 2Q9DA 1LYDA 1QSBA 1L14A 2Z6BA 239LA 2F47A 3C83A 3HUQA 1G0PA 3HTDA 1L20A 1G1VA 115LA 1KY1A 1ZURA 125LA 3L2XA 235LA 185LA 4DAJA 114LA 3ODUA 255LA 2QARC 1OWZA 176LA 4ARQA 3HDFA 191LA 156LA 251LA 4YX7C 3NY8A 217LA 1G0JA 1WTHA 159LA 1LI2A 2RBNA 4ARMB 1L77A 2OU0X 1L91A 1L95A 1L01A 3C8SA 173LA 211LA 160LA 3OE0A 218LA 1P64A 3GUNA 4I7QA 1TLAA 2HUMA 150LA 231LA 1L54A 149LA 4YXCA 178LA 3DN6A 3F9LA 1L97A 108LA 1L13A 210LA 221LA 1C60A 1PQKA 2HULA 1L46A 3SB6A 1XJTA 248LA 1L04A 3GUKA 2B6TA 3K2RA 206LA 3DN1A 4I7JA 3HTGA 111LA 109LA 1C6CA 1KW7A 1CU6A 3OE8A 123LA 1B6IA 2HUKA 1C6BA 1G0QA 146LA 1L67A 3L64A 3DN2A 147LA 4EXMA 198LA 233LA 3PDSA 3HDEA 1PQIA 4PK0A 228LA 3V2WA 3PBLA 3HUAA 195LA 2RBSA 4YXAC 3DN3A 1OVKA 1SWYA 1L08A 2O4WA 225LA 1OVHA 1L05A 1CV6A 253LA 3V2YA 1D3NA 1QTZA 3RUNA 1DYDA 3DKEX 1C6AA 1G0LA 1QT3A 237LA 4LDOA 1L90A 2OE9X 1C6PA 3UONA 1QT5A 3NYAA 1L33A 1K28A 196LA 1KW5A 1QUDA 250LA 107LA 1L18A 6LZMA 2Q9EA 1C6NA 1SWZA 2F32A 4W56A 186LA 2ANXA 1L38A 2B7XA 1QTCA 175LA 3D4SA 1QTDA 3DNAA 3EMLA 212LA 103LA 2B75A 1LGUA 1T6HA 151LA 1LYFA 190LA 3HU8A 4I7TA 1C6IA 242LA 4OO9A 2OE4X 1LPYA 1LWKA 2B70A 2RBRA 4I7LA 259LA 3CDTA 3FI5A 3HTFA 1L94A 3RZEA 3C7ZA 247LA 1L03A 2OTYX 1L89A 4GRVA 2RB1X 2LCBA 4I7OA 2OEAX 1L10A 2RB2X 3SBAA 1D3MA 127LA 3DN4A 1SX2A 174LA 1CTWA 1I6SA 152LA 3HWLA 1D2YA 1LWGA 4W55A 4I7MA 2RB0X 3FADA 1L17A 102LA 1L49A 199LA 1C6JA 1C63A 1L27A 157LA 1C64A 1L32A 3HH5A 214LA 2RAZX 2CUUA 1CV0A 4EPIA 4W58A 4EKRA 3HH4A 1QTVA 2RBOA 216LA 1P5CA 240LA 3SB5A 1P2RA 262LA 1C69A 1NHBA 246LA 1L93A 1P36A 1SX7A 1L37A 1PQMA 1QUHA 1LYGA 139LA 3DN0A 4ARLA 164LA 1CX6A 177LA 1CV1A 1L34A 224LA 3F8VA 1KS3A 223LA 1XJUA 192LA 3QAKA 1L24A 1LW9A 1P2LA 1L26A 1L02A 1G1WA 1L57A 1L09A 3C80A 2RBPA 141LA 1L00A 1L39A 3CDRA 1D3FA 1JQUA 1P3NA 2B72A 1D9WA 1G06A 1C6MA 254LA 2B73A 1L06A 219LA 138LA 1P7SA 234LA 4I7PA 119LA 4DJHA 1LI6A 1DYFA 1CV3A 3CDOA 172LA 4EKPA 3HT8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4TTDA 3CSQA 2Z37A 1LZ1A 4ANRA 4D9ZA 3C8QA 1CJ8A 3TXGA 4WLYA 4XJBA 1VDQA 4DKLA 1YAQA 1IOCA 2YBIA 1LYSA 1HERA 163LA 3HUKA 1O23A 3D3DA 104LA 3WH1A 4PRQA 4OOTA 1FLUA 4H92A 1T8FA 1G7MC 2MEGA 1D2WA 4QY9A 1L61A 1NBZC 1C6TA 1LZSA 5E4PA 1QDRA 3FA0A 1IR8A 2I6ZA 2ZWBA 2B74A 2F2QA 2BQDA 3W6FA 3CT1A 122LA 1D6QA 1LZ5A 5IHGA 1BVXA 4OWCA 1L83A 1L59A 232LA 1DYCA 2Z38A 3SN6R 4WOAA 1CU5A 1IEEA 4DDAA 2F4AA 4UWVA 5FELA 4P2EA 4S0WA 1L56A 4DD7A 1XGPC 1L76A 1L85A 1C6KA 201LA 1QDTA 2XBSA 3CB7A 252LA 1CUPA 4OOOA 5FCPA 1EPYA 2G4QA 1L25A 1EQ4A 1T97A 1QUGA 1GBWA 1L0KA 1L52A 3G3VA 4ETEA 5A3ZA 4BAPA 1NMMA 2BQJA 158LA 1IOTA 5LZMA 1L48A 9LYZA 5KKJA 1CUQA 1SSWA 1L86A 4TSCA 1IP4A 1IX0A 1P6YA 1L29A 1REXA 8LYZA 5K7OA 2BAAA 1EL1A 1IP1A 1BB4A 126LA 5I14A 3W6BA 1B7PA 244LA 1LJEA 1NBYC 2BQAA 1KIRC 5II3A 1B7OA 2A4TA 4N0JA 1UIEA 4Z41A 155LA 1GEVA 1LGWA 1LSNA 1A2YC 1CKCA 2DBTA 1BWJA 4I7KA 1OUHA 3C81A 1JISA 1IR7A 1QTHA 4WLTA 4NHPA 230LA 2OU9A 4BAFA 1JJ0A 1HMLA 180LA 3GULA 3WU7A 4C3WA 1KY0A 5F9XA 1UICA 4TWSA 1HELA 1GB3A 4DDBA 1L50A 1L30A 1C6GA 2BQIA 3WULA 1GF4A 129LA 2B6YA 249LA 145LA 1L40A 1LHMA 1B7SA 1L63A 1L62A 132LA 1PQDA 1DZBX 5KKIA 4K5YA 3C8RA 154LA 4I0CA 4TSBA 1GHLA 1BWHA 3B6LA 1C6HA 1DYEA 1FKVA 2ZYCA 3A96A 1CVKA 1D0LA 182LA 1V7TA 208LA 4PPOA 2OU8A 169LA 1IC7Y 2YDGA 1C61A 2Q9DA 1B7QA 1L14A 4H8ZA 239LA 2F47A 5IELA 2MEEA 3HTDA 3W6EA 1IO5A 1PZYA 235LA 4NG1A 4N5RA 3EBAB 191LA 4H9BA 251LA 1CKDA 4ZEEA 1RJCB 3NY8A 217LA 4O34A 4YX7C 3N9EA 1WTHA 4NEBA 2RBNA 2LZTA 1L77A 2OU0X 173LA 211LA 4GCDA 218LA 1OUFA 3GUNA 4I7QA 2I25L 1TLAA 4LYMA 3WYHA 1YANA 150LA 1LYYA 2Z12A 2Y8PA 4YXCA 5LVGA 1GF3A 3TXDA 4FDYA 210LA 1GB2A 3GXRA 3SB6A 248LA 1IP5A 1QQYA 3GUKA 1LZ8A 3DN1A 4I7JA 1GBSA 2W1LA 3KAMA 1CU6A 3OE8A 2HUKA 1G0QA 1L67A 4ML7A 3L64A 3A94A 1LZYA 1PQIA 2C8PA 228LA 3PBLA 5T3FA 1AT6A 4IASA 1CV6A 1GB9A 1D3NA 1QTZA 4H90A 1WQPA 2D6BA 2YBNA 2DQIY 4CJ2A 1L90A 3FI7A 3UONA 1ZVHL 1L33A 1K28A 196LA 3WU8A 4ETAA 1KW5A 1GE0A 4WLXA 4B4EA 4RW2A 1SWZA 1OUJA 4H8YA 1HEQA 2ANXA 175LA 4ZFPA 3OK0A 4R0FA 1B7MA 4X3BA 1LJNA 4NHSA 3HU8A 3HFMY 1LPYA 2RBRA 1YILA 2BPUA 3EMSA 1VDPA 4LFPA 1L03A 1GE1A 2OTYX 1D9UA 2LYZA 2YBLA 2OEAX 3SBAA 1JITA 5B1GA 1D3MA 2EKSC 1TCYA 4PHIA 1SX2A 3OJPA 4NGOA 4XJIA 1CTWA 1I6SA 1DKKA 1D2YA 1AT5A 2HU1A 4ETCA 2EIZC 4GCEA 2XBRA 1L49A 3AZ5A 1C6JA 1YQVY 1L27A 3LZTA 5M1YA 1LJ4A 4W58A 4EKRA 1EQEA 3HH4A 2RBOA 2YSSC 240LA 1C69A 1L93A 1SX7A 3LYZA 1PQMA 4XN6A 1LYGA 5KXXA 139LA 1CKFA 4W94A 3DN0A 3AGGG 5APDA 4GN4A 1UIGA 1CV1A 1RCMA 4NGLA 3F8VA 1KS3A 2ZQ3A 3B72A 1XJUA 1NDMC 1P2LA 1L02A 1G1WA 4YENA 1L09A 3C80A 2RBPA 1D3FA 1P3NA 1G06A 1C6MA 1LMAA 1HEPA 2G4NA 2C8OA 3CDOA 4RW1A 3G3BB 172LA 4NGWA 4DYGA 1WTNA 1B5ZA 4W54A 188LA 1GB0A 3AZ4A 131LA 3GUJA 184LA 3T6UA 1C67A 1L98A 1C46A 4G4CA 1L22A 1LZGA 243LA 1PQJA 3WL2A 1GE2A 1P56A 1B5XA 1L73A 193LA 1XEPA 4WM1A 3M18B 5EBHA 1FLYA 1SLYA 1LYEA 5DN5A 3N9CA 120LA 1QIOA 3B0OA 1IOQA 2RBQA 4HTNA 1C68A 2BQLA 3T36A 1WVUA 5KXSA 1BGIA 4HSFA 1L65A 4C5FA 1D0KA 2CGIA 1IC5Y 1LYZA 4CFOA 1C7PA 1Z55A 1XGQC 2BQHA 1L72A 4G4HA 5F9UA 1GFJA 1LI3A 5F14A 241LA 1BB5A 1L80A 215LA 3A6CY 3SBBC 3WVYA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4TTD A;  3CSQ A;  2Z37 A;  1LZ1 A;  4ANR A;  4D9Z A;  3C8Q A;  1CJ8 A;  3TXG A;  4WLY A;  4XJB A;  1VDQ A;  4DKL A;  1YAQ A;  1IOC A;  2YBI A;  1LYS A;  1HER A;  163L A;  3HUK A;  1O23 A;  3D3D A;  104L A;  3WH1 A;  4PRQ A;  4OOT A;  1FLU A;  4H92 A;  1T8F A;  1G7M C;  2MEG A;  1D2W A;  4QY9 A;  1L61 A;  1NBZ C;  1C6T A;  1LZS A;  5E4P A;  1QDR A;  3FA0 A;  1IR8 A;  2I6Z A;  2ZWB A;  2B74 A;  2F2Q A;  2BQD A;  3W6F A;  3CT1 A;  122L A;  1D6Q A;  1LZ5 A;  5IHG A;  1BVX A;  4OWC A;  1L83 A;  1L59 A;  232L A;  1DYC A;  2Z38 A;  3SN6 R;  4WOA A;  1CU5 A;  1IEE A;  4DDA A;  2F4A A;  4UWV A;  5FEL A;  4P2E A;  4S0W A;  1L56 A;  4DD7 A;  1XGP C;  1L76 A;  1L85 A;  1C6K A;  201L A;  1QDT A;  2XBS A;  3CB7 A;  252L A;  1CUP A;  4OOO A;  5FCP A;  1EPY A;  2G4Q A;  1L25 A;  1EQ4 A;  1T97 A;  1QUG A;  1GBW A;  1L0K A;  1L52 A;  3G3V A;  4ETE A;  5A3Z A;  4BAP A;  1NMM A;  2BQJ A;  158L A;  1IOT A;  5LZM A;  1L48 A;  9LYZ A;  5KKJ A;  1CUQ A;  1SSW A;  1L86 A;  4TSC A;  1IP4 A;  1IX0 A;  1P6Y A;  1L29 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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