1DYDA

Determination of alpha-helix propensity within the context of a folded protein: sites 44 and 131 in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 57
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAALNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-113)3H1 (159-161)EMPTYS1 (14-19)TIV3 (54-57)TI1 (20-23)AH8 (137-141)S2 (25-28)AH3 (60-80)S3 (31-34)AH6 (115-123)AH7 (126-134)AH9 (143-155)AH2 (39-50)AH4 (83-90)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Determination of alpha-helix propensity within the context of a folded protein. Sites 44 and 131 in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1dydA00
1L07A 1XJUA 2RB2X 187LA 1L82A 3C7YA 3HH5A 175LA 1DYGA 1ZURA 1LI3A 1L47A 1C61A 1L90A 4EPIA 4I7QA 1L42A 1KY0A 4DJHA 1L69A 4I7KA 3GULA 176LA 1P3NA 1L0KA 1C6HA 111LA 1I6SA 3ODUA 4OO9A 255LA 4W55A 1ZWNA 159LA 217LA 2HULA 4EKSA 4ARQA 4W56A 259LA 2RBRA 256LA 3HTDA 1QSBA 225LA 171LA 2B7XA 3GUPA 2ANVA 221LA 1L10A 150LA 3GUMA 1L20A 3HT8A 3VW7A 1L91A 4I7OA 1L94A 1L59A 1QT5A 1G06A 3C80A 139LA 1C64A 2OU9A 3C83A 123LA 2F32A 1G0MA 1G0GA 125LA 131LA 241LA 137LA 1QS9A 2RBSA 3QAKA 1L56A 1L06A 4ARJA 146LA 1L30A 1CV3A 3LZMA 1P6YA 1C6IA 212LA 1D3MA 191LA 1L68A 1JTMA 2HUKA 1DYAA 1ZYTA 4I7LA 3EMLA 128LA 143LA 1C62A 156LA 2B6YA 1L32A 1T6HA 155LA 1TLAA 1L54A 1CV6A 1PQIA 2QARC 1L19A 215LA 185LA 1CU0A 2RBPA 1LYHA 2B72A 140LA 1EPYA 1D9WA 1L46A 4W51A 1QT3A 172LA 199LA 2RAZX 2RBQA 1QUHA 1KNIA 4I7PA 3C82A 1JTNA 3NY8A 1L76A 1CV5A 234LA 2Z6BA 1L24A 2A4TA 2LC9A 261LA 2OE9X 1P7SA 1L99A 108LA 165LA 122LA 257LA 206LA 1LGWA 1C60A 1SSYA 1L35A 1QTVA 1C6JA 1L00A 4YXAC 1CUPA 1LYFA 2B70A 3DMVA 1OWZA 1L93A 238LA 4S0WA 1LYDA 3DN3A 178LA 3NY9A 1LW9A 1C6CA 107LA 1SX7A 184LA 1QTZA 1QTHA 1L18A 3SB7A 1CU6A 112LA 3GUJA 1P46A 1QTBA 1XJTA 3DMZA 4PK0A 1CU5A 113LA 163LA 1QUOA 2F47A 1P56A 197LA 4ZPUA 4K5YA 1L95A 260LA 3C8RA 1L14A 4I7NA 1L01A 3C8QA 1C6QA 1C6DA 232LA 2B74A 4ARLA 1KW7A 1G0KA 3G3XA 4W57A 3GUKA 1LYJA 222LA 130LA 1G1WA 2L78A 1L87A 103LA 1C6NA 3HDEA 1C6LA 3SB6A 4EKRA 1PQDA 3HT6A 1KS3A 4LDEA 181LA 1C6MA 104LA 1P64A 253LA 245LA 1L89A 214LA 3HH6A 2NTGA 1C6TA 1L75A 1C65A 1C69A 1CX6A 258LA 102LA 1DYDA 1QUDA 1C6BA 1D3JA 1L86A 1L85A 2ANXA 1P37A 2O4WA 1L04A 1L02A 168LA 1L65A 1L67A 1L25A 1WTHA 129LA 1L81A 2Q9EA 216LA 1CU2A 190LA 1PQKA 3SBAA 1LYIA 1CUQA 3C7WA 3JR6A 161LA 2B6TA 1XEPA 3HT9A 4DKLA 6LZMA 198LA 1L22A 1CV1A 138LA 1L49A 2B6WA 1L92A 182LA 1L21A 1L12A 4EKQA 196LA 3CDOA 1T8AA 1C6FA 1L11A 1B6IA 1JQUA 177LA 162LA 2RB0X 3C7ZA 1T8GA 1L03A 3DMXA 3C81A 3HU9A 242LA 1QT4A 1L41A 1L39A 3V2WA 1P36A 218LA 166LA 2OU0X 5I14A 1T8FA 3HTFA 1L17A 1L34A 4LDLA 1C6KA 1L15A 201LA 3G3VA 1L61A 243LA 7LZMA 1L08A 3HH3A 1L97A 1LLHA 1G0LA 1L64A 248LA 1LGXA 4GRVA 2OTZX 233LA 1OV7A 1K28A 3DN6A 164LA 1L55A 1QS5A 2Q9DA 1DYCA 1L66A 1P2LA 1CV0A 247LA 167LA 3FI5A 1D2WA 1L77A 1L05A 174LA 1D3FA 1OWYA 244LA 1C6PA 239LA 1L33A 209LA 183LA 4W54A 148LE 144LA 224LA 3SB5A 2LZMA 2HUMA 149LA 3CDTA 3HTBA 3DKEX 109LA 3GUIA 173LA 3K2RA 1L53A 3F8VA 114LA 1G1VA 1L0JA 3CDVA 1LWKA 1SWZA 4PJZA 249LA 3C8SA 1C66A 126LA 1OVKA 219LA 1L44A 3V2YA 2RAYX 235LA 1L36A 1L37A 3DN4A 1L62A 1L27A 1L23A 1OVJA 2LCBA 1KY1A 142LA 1QT6A 1OV5A 3HT7A 2OE7X 1D2YA 1L72A 1OYUA 205LA 157LA 1QSQA 1L48A 1L51A 240LA 230LA 4I7MA 4LDOA 3CDRA 1P5CA 115LA 3D4SA 1CU3A 3OE0A 1C6EA 3SB9A 3HTGA 1C63A 1QTDA 189LA 2O7AA 4DAJA 250LA 2B6XA 118LA 4E97A 254LA 1LI2A 1DYBA 1L70A 1KW5A 1P2RA 3DN0A 1L80A 1CTWA 1CVKA 4ARMB 4EJ4A 3SN6R 1L96A 1L79A 1L63A 4W59A 5LZMA 2IGCA 236LA 4LZMA 3DNAA 4EKPA 1DYEA 4I7RA 1L28A 4W53A 3SB8A 2RB1X 152LA 2RH1A 220LA 2RBOA 1LWGA 1QT8A 3CDQA 1L09A 2RBNA 231LA 110LA 1L88A 4IAPA 1SX2A 1L45A 180LA 3DN8A 3OE6A 4EXMA 1LYGA 186LA 1L52A 1SWYA 1T97A 3DN1A 147LA 3NYAA 4ARPA 3HWLA 237LA 3PDSA 1L16A 1L58A 211LA 1L50A 1LI6A 1G0PA 1L73A 1QTCA 1L26A 192LA 158LA 2QB0B 3GUNA 4I7JA 1L29A 3HUQA 1L38A 2OU8A 3RZEA 1L57A 3G3WA 3F9LA 1LYEA 3GUOA 169LA 2CUUA 228LA 119LA 145LA 195LA 2O79A 1C6GA 2B75A 4ARQB 4EPFA 1C68A 252LA 3HU8A 226LA 4I7TA 127LA 229LA 1D3NA 120LA 1LGUA 151LA 1PQJA 246LA 3OE8A 2OE4X 2B73A 188LA 160LA 1SSWA 4AQNA 4I7SA 262LA 1L43A 141LA 3HUKA 1LPYA 1CX7A 1G07A 4W52A 2OEAX 1OVHA 2OTYX 4W58A 210LA 4YX7C 1QT7A 3FADA 1L40A 3HDFA 1L84A 1PQMA 2B6ZA 1NHBA 3HUAA 3L2XA 3PBLA 4GBRB 1C6AA 251LA 1DYFA 1C67A 170LA 4ARMA 4YXCA 3FA0A 1CV4A 1L60A 2F2QA 1QUGA 3HH4A 227LA 3OE9A 3SBBC 1L31A 3UONA 3DN2A 3L64A 1G0QA 1L98A 200LA 213LA 1L74A 1PQOA 1G0JA 1L13A 1L83A 223LA 2NTHA 3RUNA 1L71A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WMGA 2RB2X 1B5WA 1GFKA 4H92A 3HH5A 175LA 1LHIA 1TCYA 1B5XA 1CJ6A 1LI3A 2ZQ4A 1JUGA 1IWTA 2W1XA 2ZNXY 2WARA 2G4QA 1KY0A 3ATNA 3GULA 176LA 2BQJA 1C6HA 3AGHA 4EKSA 5KXZA 2DQCY 256LA 225LA 171LA 2B7XA 3LYTA 1L10A 1L20A 1L91A 1B7PA 1GB3A 4HPEA 1G06A 3C83A 1DZBX 4WLXA 1G0MA 131LA 1GBYA 4IJ4A 4HJYA 3M18B 5KXRA 1L06A 4DT3A 1KIPC 3LZMA 4L41A 5LAGA 3BKHA 1L68A 1BB7A 2HUKA 4G4HA 143LA 1GE3A 3TMUA 3WUNA 1L32A 1INUA 1GB9A 1TAYA 4EMNA 1PZYA 1GBOA 1LMTA 5LVHA 1FLYA 215LA 1LJNA 1JKBA 2RBPA 2B72A 5LVKA 1IR9A 2BQOA 1D6PA 1QUSA 1LZSA 3WH1A 1GF7A 2RBQA 1GAYA 1UCOA 4DD2A 2BQIA 5KKJA 1YILA 2Z6BA 2A4TA 2ZWBA 1P7SA 1L99A 1IP5A 2A7DA 108LA 4OWBA 257LA 4J1BA 1C60A 1SSYA 1IVMA 2BQLA 1L00A 1FKVA 3KAMA 3DMVA 1OWZA 4XJBA 1L93A 4S0WA 3DN3A 3NY9A 1LW9A 1C6CA 1QTKA 1QTHA 4LT1A 2DQHY 1UUZC 1CJ9A 3DMZA 1UC0A 1CU5A 113LA 2F47A 3BKVA 4K5YA 1IP6A 1C6QA 4ARLA 8LYZA 3TXFA 130LA 103LA 1C6NA 3SB6A 1KS3A 181LA 3AJNA 245LA 1REXA 1GF6A 1I56A 1AM7A 1L75A 1C65A 3TMVA 2ZYCA 5LYMA 2CWIA 1L86A 1YQVY 1C46A 3GXRA 2O4WA 1CJ7A 168LA 4GLVA 1GE2A 1L25A 4LGKA 2Q9EA 190LA 3C7WA 161LA 1LZ9A 2B6TA 4B4EA 4DKLA 198LA 1GXV2 1IOQA 4G4CA 2XTHA 1EL1A 3FE0A 3WMKA 1L12A 5I54A 4EKQA 1RE2A 1C6FA 1L11A 1JQUA 3EO5A 162LA 5B05A 1L03A 3ZVQA 3DMXA 3HU9A 242LA 1GFAA 1QT4A 1JJ0A 4YOPA 5FEKA 166LA 5I14A 1DKJA 4LDLA 3QNGA 4DDCA 7LZMA 1DXJA 2YBLA 3G3BB 2OTZX 5J7CA 4CFOA 233LA 1K28A 2Q9DA 4BAFA 1DYCA 3TXIA 2BQEA 3LYZA 2Q0MX 1L05A 174LA 5K7OA 1XGUC 2CJLA 1C6PA 2BQFA 4YF2A 1HNLA 209LA 4KXIA 1BGIA 3AGIA 5B06A 1AT5A 1LZBA 3MGWA 5HLLA 1UBZA 4ETBA 1TBYA 1B9OA 3GUIA 173LA 3K2RA 4ETAA 1TDYA 1C66A 3V2YA 3TXEA 235LA 1VDSA 5HMJA 1L36A 1L62A 1GAZA 1IC4Y 4LYZA 1QT6A 1L72A 5I53A 1OYUA 1JJ3A 4OWAA 4I0CA 4LDOA 1LAAA 115LA 1W08A 3LZ2A 1CU3A 3SB9A 5IHGA 1DPXA 1YKZX 189LA 2O7AA 1MELL 1LTMA 1KW5A 3M3UA 5KXLA 1L80A 4NSIA 4GCFA 4XYYA 1CVKA 2HU3A 4B1AA 4Z41A 5KXSA 1L79A 1LZDA 4W59A 3RZ4A 3AW6A 9LYZA 2RH1A 220LA 2LYMA 4NGWA 3CDQA 4DD0A 110LA 4TUNA 1NF5A 1LYGA 186LA 1LJHA 4DD7A 237LA 4AGAA 1VAUA 4E3UA 1LI6A 1GDXA 2QB0B 3GUNA 4I7JA 1GB5A 3CT0A 1J1PY 2AUBA 3GUOA 1T6VL 2MEBA 4XJFA 169LA 1LZ6A 132LA 2O79A 4EPFA 252LA 229LA 1HSXA 4AQNA 262LA 1LPYA 5I4WA 3A6BY 4NWHA 4MR1A 1G7IC 2OEAX 4H8XA 4XJHA 1HEWA 5KKIA 2B6ZA 4RLMA 3HUAA 4X3BA 4WLTA 4XN6A 1GB8A 4TWSA 1B2KA 1C6AA 4GBRB 2MEHA 2DQFC 1BB4A 2ZIKA 1C67A 3CB7A 3EMSA 3ULRA 1QUTA 1LYSA 2MEGA 1NDGC 4YXCA 2FBDA 1I20A 3FA0A 1CV4A 1D9UA 4G4BA 4OOTA 2ZYPA 227LA 1L31A 3DN2A 3CSQA 1L98A 1PS5A 1EQ5A 1EQEA 1L83A 1OUEA 4NGVA 1L71A 1GF3A 4WO9A 1LJ4A 5C6JA 3C7YA 2LHMA 3A95A 4H9IA 1SQ2L 2Z38A 1C61A 1HMKA 1L42A 4UWVA 6LYZA 5DLAA 1D0MA 1RJCB 1I6SA 255LA 4ARQA 134LA 4W56A 259LA 1H6MA 5KXXA 4ET9A 1MLCE 2YSSC 2ANVA 2BQCA 1GXXA 3G3AB 221LA 4I7OA 1L94A 1L59A 3LHMA 1QT5A 4GCBA 5II3A 2I26L 2F32A 3A91A 2MEAA 1HELA 4LFPA 1HF4A 5EBHA 137LA 4H9FA 1VFBC 4ARJA 5L9JA 4B4JA 146LA 1L30A 1P6YA 2HECA 4AXTA 1YKYX 1D3MA 1GBZA 1LKRA 4WG1A 2DQIY 1DYAA 1C62A 3TXBA 154LA 1B7QA 1UIDA 5LIOA 2YBJA 1TLAA 1GFHA 1IP7A 5LA5A 4YENA 1LSYA 1IWUA 4NSJA 185LA 1B5VA 140LA 1D9WA 7LYZA 1GEZA 2G4NA 4W51A 4LT0A 5M1YA 1A4VA 1WTMA 172LA 1LKSA 4PRQA 1JTNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4WMG A;  2RB2 X;  1B5W A;  1GFK A;  4H92 A;  3HH5 A;  175L A;  1LHI A;  1TCY A;  1B5X A;  1CJ6 A;  1LI3 A;  2ZQ4 A;  1JUG A;  1IWT A;  2W1X A;  2ZNX Y;  2WAR A;  2G4Q A;  1KY0 A;  3ATN A;  3GUL A;  176L A;  2BQJ A;  1C6H A;  3AGH A;  4EKS A;  5KXZ A;  2DQC Y;  256L A;  225L A;  171L A;  2B7X A;  3LYT A;  1L10 A;  1L20 A;  1L91 A;  1B7P A;  1GB3 A;  4HPE A;  1G06 A;  3C83 A;  1DZB X;  4WLX A;  1G0M A;  131L A;  1GBY A;  4IJ4 A;  4HJY A;  3M18 B;  5KXR A;  1L06 A;  4DT3 A;  1KIP C;  3LZM A;  4L41 A;  5LAG A;  3BKH A;  1L68 A;  1BB7 A;  2HUK A;  4G4H A;  143L A;  1GE3 A;  3TMU A;  3WUN A;  1L32 A;  1INU A;  1GB9 A;  1TAY A;  4EMN A;  1PZY A;  1GBO A;  1LMT A;  5LVH A;  1FLY A;  215L A;  1LJN A;  1JKB A;  2RBP A;  2B72 A;  5LVK A;  1IR9 A;  2BQO A;  1D6P A;  1QUS A;  1LZS A;  3WH1 A;  1GF7 A;  2RBQ A;  1GAY A;  1UCO A;  4DD2 A;  2BQI A;  5KKJ A;  1YIL A;  2Z6B A;  2A4T A;  2ZWB A;  1P7S A;  1L99 A;  1IP5 A;  2A7D A;  108L A;  4OWB A;  257L A;  4J1B A;  1C60 A;  1SSY A;  1IVM A;  2BQL A;  1L00 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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