1DYDA

Determination of alpha-helix propensity within the context of a folded protein: sites 44 and 131 in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAALNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Determination of alpha-helix propensity within the context of a folded protein. Sites 44 and 131 in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1dydA00
1CX6A 2OE9X 1B6IA 1L01A 4EKRA 195LA 1L06A 185LA 3DMXA 3RZEA 1L37A 2IGCA 2OU8A 197LA 158LA 2RBRA 3CDTA 2O79A 1C6BA 4I7KA 4EKPA 159LA 1KW7A 4I7LA 3HUKA 1SX2A 3HUAA 3F9LA 1PQIA 4ARJA 3HT7A 1L94A 1L74A 1L55A 148LE 2B70A 1KY0A 231LA 2B6ZA 113LA 1QT4A 223LA 1L88A 4YXCA 1D3MA 2OE4X 1QUGA 2RBPA 1L28A 1QUOA 1L42A 4I7MA 3SB8A 1WTHA 4LDEA 4ARMB 2RAYX 1CU0A 3V2WA 1NHBA 1OVJA 237LA 255LA 162LA 1C6AA 1L20A 1LWGA 1LI2A 172LA 1L64A 3C8QA 183LA 3NY9A 1L29A 5LZMA 1DYDA 213LA 239LA 1QS9A 1PQMA 1DYAA 2QARC 2OEAX 1L84A 1L58A 126LA 186LA 262LA 3SB6A 120LA 1L82A 1G0MA 1C6IA 3SBAA 109LA 165LA 1L60A 144LA 1L31A 1C6HA 3G3WA 3GUOA 4ARMA 1L54A 1L13A 206LA 1T8FA 4I7OA 222LA 4EKQA 2RBQA 4GRVA 4W52A 1D2WA 3HT6A 238LA 1L03A 1L43A 2B6TA 173LA 1L75A 3OE8A 2O7AA 3GUMA 3HH3A 4W56A 4EXMA 1L36A 1LYDA 1C68A 142LA 163LA 1L09A 246LA 1L44A 1L68A 2NTHA 3DMVA 3VW7A 149LA 4ARQB 4EPIA 1XJUA 1L18A 138LA 4DJHA 1L11A 1CU5A 3HDEA 2O4WA 2B72A 2OTZX 3DN1A 1D3JA 4I7TA 3HTBA 1G06A 176LA 257LA 115LA 3JR6A 1JTNA 2B75A 1L81A 108LA 1D2YA 123LA 146LA 1QT7A 1C60A 2B6YA 225LA 3G3VA 2RH1A 217LA 192LA 1QUHA 259LA 2B74A 1L38A 157LA 1L51A 1OVKA 1L97A 252LA 1SWYA 1OVHA 4ARQA 248LA 1C69A 3FI5A 3SBBC 2RBNA 1XEPA 1L61A 1C6CA 2LC9A 247LA 3GULA 1CTWA 4EJ4A 249LA 1OV7A 1QT6A 3RUNA 1P64A 1C6DA 1C66A 1CVKA 227LA 1OWYA 1L45A 4E97A 3FA0A 1C6QA 2B7XA 152LA 2ANVA 1L95A 2HULA 1C6FA 2CUUA 1G1WA 260LA 2OE7X 1L96A 2OU9A 1L89A 4IAPA 1SSYA 1L63A 3V2YA 3GUNA 1G1VA 200LA 1T97A 1T6HA 1L56A 1L40A 4LDOA 4AQNA 1QS5A 170LA 166LA 3NYAA 1LYHA 3PBLA 1L50A 1CUQA 122LA 3HT9A 1CV1A 1P7SA 111LA 1L57A 4EPFA 1L77A 1ZWNA 216LA 3HU9A 1L80A 258LA 188LA 112LA 4W51A 2Q9EA 3FADA 182LA 1L0KA 226LA 198LA 205LA 3DMZA 234LA 4I7NA 4ARPA 2F47A 2RB2X 1EPYA 3L64A 1L16A 1LYFA 1KW5A 1SWZA 3LZMA 140LA 1JTMA 1QTCA 224LA 1QUDA 4ARLA 4EKSA 1LWKA 1SSWA 1L86A 3HU8A 4DAJA 2QB0B 4I7JA 1L0JA 1L71A 3D4SA 2ANXA 181LA 243LA 221LA 4W59A 1L22A 175LA 2NTGA 1ZYTA 235LA 2HUKA 5I14A 1L46A 1G0KA 2LZMA 107LA 1OWZA 180LA 2HUMA 191LA 1LGWA 256LA 119LA 1G0GA 3DN8A 1JQUA 3CDRA 253LA 1L91A 1P6YA 184LA 171LA 1QT8A 137LA 1P36A 3UONA 3HH4A 4OO9A 1T8AA 1L93A 1PQOA 3EMLA 1L83A 212LA 1L70A 1PQKA 1ZURA 254LA 2OTYX 3GUPA 1L32A 169LA 1L59A 3DN0A 143LA 1L15A 4PK0A 1KY1A 3HTFA 130LA 1P56A 3C8SA 1L25A 1L73A 1L62A 214LA 1C6GA 1L27A 2RB0X 3C7WA 167LA 3ODUA 1L85A 1LGXA 4ZPUA 1QTBA 219LA 3HUQA 1C6MA 1CV5A 160LA 1P3NA 3HH6A 147LA 1CUPA 1LW9A 3SN6R 1CU3A 2B6WA 1G07A 2B6XA 1L79A 150LA 1QSBA 1L34A 2F32A 2RBOA 1L92A 1QTHA 3DKEX 1C61A 1XJTA 1L52A 3OE9A 102LA 1D3FA 1L72A 155LA 233LA 228LA 1L90A 1CV0A 230LA 1LI6A 3C83A 3PDSA 1QTDA 1OYUA 1L24A 1P37A 3C81A 2OU0X 1L08A 1LI3A 1CU2A 1C6PA 1LLHA 1L67A 3K2RA 2Q9DA 1C67A 1LYIA 1L66A 4W53A 3C8RA 1LYJA 3OE6A 1C62A 4W58A 6LZMA 1PQDA 3QAKA 177LA 1L12A 4I7RA 125LA 3C7ZA 3GUIA 210LA 174LA 1L07A 1C64A 1LYEA 232LA 2RBSA 4I7SA 7LZMA 1G0QA 2A4TA 4GBRB 1C6EA 168LA 129LA 261LA 1LPYA 139LA 1L05A 1L48A 1G0LA 1L39A 2RB1X 178LA 1PQJA 251LA 4I7PA 1L10A 1C6KA 1P2LA 240LA 1L02A 1QT5A 218LA 1OV5A 229LA 3HTGA 131LA 241LA 2F2QA 1C63A 2RAZX 1L21A 114LA 1L17A 1L65A 1I6SA 4PJZA 1L49A 1L47A 1L23A 118LA 3HT8A 1G0JA 1L76A 196LA 1DYBA 1DYCA 1L19A 3DN2A 1LYGA 245LA 1CV4A 1P5CA 209LA 3GUKA 189LA 2Z6BA 156LA 220LA 1C6NA 244LA 3L2XA 3DN6A 4S0WA 4DKLA 201LA 1P46A 1KS3A 1P2RA 3C82A 1TLAA 3SB7A 3F8VA 104LA 128LA 1C6LA 187LA 103LA 1CV6A 1L69A 1K28A 2B73A 3CDOA 3HWLA 1L53A 1DYFA 190LA 1QTZA 1C6JA 110LA 145LA 3DN3A 199LA 4W57A 1QT3A 1D9WA 1C65A 3GUJA 1QSQA 2L78A 4I7QA 1L87A 3DN4A 4YXAC 215LA 1CU6A 1G0PA 4W54A 1L35A 1QTVA 1SX7A 1L98A 3HDFA 3HH5A 3OE0A 1L26A 242LA 1C6TA 4K5YA 1L04A 4LZMA 127LA 1L33A 1D3NA 151LA 141LA 3SB9A 1DYEA 2LCBA 3DNAA 161LA 1T8GA 1CX7A 3SB5A 250LA 3C80A 3HTDA 3NY8A 1L99A 1L41A 4YX7C 236LA 3G3XA 1DYGA 164LA 3CDVA 1L14A 1L00A 3C7YA 1KNIA 3CDQA 4LDLA 211LA 1LGUA 1CV3A 1L30A 4W55A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2D4KA 1B6IA 1OP9B 4GN5C 197LA 3TMXA 1GBOA 3WU9A 1LMQA 4L41A 3LZ2A 4HPIA 3E3DA 2CWIA 3FI7A 5LYMA 1LPIA 1L94A 3CSRA 4NSIA 1L55A 3QE8A 1LJ4A 1IY3A 2MEEA 1D3MA 1JTOL 2OE4X 1QUGA 3G3BB 2RBPA 2MECA 3WXTA 1RE2A 4LZTA 3SB8A 3WU8A 1GDXA 1B7NA 1CU0A 1NHBA 1OVJA 5AMYA 255LA 1JTTL 1L20A 1L64A 3C8QA 183LA 4GCCA 3CQLA 213LA 1QS9A 1DYAA 2QARC 1CJ8A 4UWVA 126LA 2HEAA 3WXUA 4AGAA 1GWDA 1GFUA 1BB7A 3B6LA 2WARA 109LA 165LA 1FLQA 1NDGC 1BVKC 3RT5X 3RW8A 4CFOA 4W52A 1D9UA 1L03A 3OE8A 2O7AA 1QDRA 1LYDA 3RU5A 1IY4A 1L09A 2NTHA 3KAMA 4FDYA 2G4QA 149LA 1HEOA 1GF8A 1ZV5L 4GCBA 1L18A 1CU5A 4DD2A 5HQ1A 4B4EA 1BGIA 4OWEA 2B75A 1GFHA 1L81A 108LA 2BQAA 2CGIA 2RH1A 1QUHA 259LA 2BQLA 1UIDA 1DPXA 1OVKA 1L97A 1W08A 4DD7A 248LA 1C69A 1B5ZA 4LYCA 1L61A 1REMA 4EJ4A 4LYMA 1AT5A 1QT6A 1P64A 1C6DA 1C66A 3HFMY 1L45A 1B9OA 152LA 2HULA 2EIZC 2YVBA 2CUUA 1XGQC 2OE7X 1L96A 1HC0A 2ZQ3A 1SSYA 1L63A 1LZSA 2N5ZA 4PRUA 1G1VA 5APCA 5II3A 1B7OA 1QS5A 1LSBA 170LA 4ETDA 3PBLA 1KIRC 1GB8A 1L50A 1TCYA 2DKVA 3HT9A 1P7SA 111LA 1L57A 1LZYA 4EPFA 2LHMA 1L77A 4B0DA 2G4PA 5APEA 258LA 4HTQA 1C10A 4NHIA 112LA 2Q9EA 226LA 3IJUA 3A93A 3LZMA 1JTMA 2PC2A 4EKSA 1LSAA 1SSWA 1GAYA 1NHEA 2H9KA 1YIKA 2HU3A 1F6RA 4YEOA 1IOQA 1XGTC 1LMNA 1L22A 221LA 3CT5A 2HUKA 1SQ2L 1YAPA 4GCDA 1TEWA 1LSZA 4WL7A 1OWZA 2FBDA 4J0LA 2HUMA 1HENA 119LA 5KXPA 3DN8A 5HMVA 1IVMA 1QT8A 1LJIA 3UONA 2W1XA 3HH4A 1CKCA 4OO9A 1L93A 1HERA 1PQOA 3T36A 1DKKA 212LA 3A94A 4FJRA 4IJ4A 1PZYA 1GD6A 169LA 1YL1X 1G7HC 4PK0A 4H90A 130LA 4PPOA 5FHWA 1L27A 5LVJA 3ODUA 4ZPUA 219LA 1C6MA 147LA 1CU3A 1G07A 3GXRA 3P68A 1EQ4A 4DC4A 3HBDA 3OE9A 1D3FA 2GV0A 5LVKA 155LA 2A7FA 1LI6A 1HEMA 3C83A 1QTDA 1L24A 1UC0A 3K2RA 2Q9DA 3AJNA 4J7VA 1LYIA 4Z3MA 1LSEA 4WLXA 4BAFA 6LZMA 177LA 3GUIA 4OWCA 7LZMA 1G0QA 1GE1A 3WU7A 1INUA 5LYTA 1G0LA 1OUAA 1ZVHL 1L39A 2RB1X 3IWRA 251LA 4I7PA 1P2LA 1HFXA 2ZQ4A 1QT5A 1LYOA 4NGLA 5KXRA 241LA 2F2QA 3A91A 1L21A 1YAMA 3HBHA 1L17A 4NGYA 3WUAA 2AUBA 1L47A 1L23A 3HT8A 1LZ4A 2FYCA 1LYSA 209LA 156LA 1C6NA 1LMPA 1XGPC 1P2CC 5DN5A 5DN4A 2IFFY 1CJ7A 1NBZC 1G7MC 187LA 4H9EA 1GAZA 4B1AA 1LHJA 1B7PA 3BKVA 1DYFA 1JJ3A 3A3RX 3WULA 110LA 2BAAA 1GB6A 1HSWA 1PS5A 4WM6A 4W57A 1IP3A 1GB0A 4NGVA 1QT3A 5KXWA 1GB3A 2ZNXY 1IC5Y 1I20A 4DDAA 1WVUA 1G7LC 2Y8PA 7LYZA 1JHLA 1L98A 1WQOA 3HDFA 3HH5A 5ILFA 3OE0A 3WUNA 153LA 1IOTA 4W94A 4TWSA 2YBJA 1D3NA 3D3DA 3A90A 2LCBA 2YBIA 4H9HA 3TXHA 5B1FA 2W1LA 1BWJA 3HBEX 5LAFA 1DPWA 1LKRA 1LJ3A 1LOZA 1LZ1A 1L41A 3RNXA 1HF4A 4YX7C 4NGOA 1GF5A 4A7DA 1DYGA 1V7SA 3CDVA 1L14A 1JJ0A 3C7YA 4LDLA 1CV3A 1L30A 4WO9A 1YAOA 5F9XA 1DI5A 4ETAA 195LA 2BLYA 4WLDA 3A34A 2OU8A 1GF6A 158LA 2RBRA 3CDTA 1LJEA 1FBIX 4EKPA 159LA 1KW7A 1IORA 4I7LA 2ZYPA 1SX2A 1UIBA 148LE 1KY0A 231LA 2B6ZA 1HEQA 5KXSA 3WPJA 2W1MA 3F6ZA 4YXCA 5IDDA 1B5XA 1UICA 2CDSA 2YSSC 1OUBA 4BAPA 1LKSA 5LA5A 1WTHA 4QGZA 4ARMB 1NDMC 3N9AA 162LA 4WM3A 5B59A 3P65A 3NY9A 1KIQC 1DYDA 4P2EA 1LZCA 5ILCA 3M3UA 4KXIA 3CSQA 3SB6A 3A8ZA 1GXXA 5B05A 4ET9A 1C6IA 3SBAA 1AT6A 2NWDX 144LA 1UIAA 1ALCA 1CKGA 3GUOA 1WQPA 4I0CA 1FDLY 4XADA 1L13A 222LA 1D2WA 238LA 4H9AA 154LA 3GXKA 3WPKA 3GUMA 4W56A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2D4K A;  1B6I A;  1OP9 B;  4GN5 C;  197L A;  3TMX A;  1GBO A;  3WU9 A;  1LMQ A;  4L41 A;  3LZ2 A;  4HPI A;  3E3D A;  2CWI A;  3FI7 A;  5LYM A;  1LPI A;  1L94 A;  3CSR A;  4NSI A;  1L55 A;  3QE8 A;  1LJ4 A;  1IY3 A;  2MEE A;  1D3M A;  1JTO L;  2OE4 X;  1QUG A;  3G3B B;  2RBP A;  2MEC A;  3WXT A;  1RE2 A;  4LZT A;  3SB8 A;  3WU8 A;  1GDX A;  1B7N A;  1CU0 A;  1NHB A;  1OVJ A;  5AMY A;  255L A;  1JTT L;  1L20 A;  1L64 A;  3C8Q A;  183L A;  4GCC A;  3CQL A;  213L A;  1QS9 A;  1DYA A;  2QAR C;  1CJ8 A;  4UWV A;  126L A;  2HEA A;  3WXU A;  4AGA A;  1GWD A;  1GFU A;  1BB7 A;  3B6L A;  2WAR A;  109L A;  165L A;  1FLQ A;  1NDG C;  1BVK C;  3RT5 X;  3RW8 A;  4CFO A;  4W52 A;  1D9U A;  1L03 A;  3OE8 A;  2O7A A;  1QDR A;  1LYD A;  3RU5 A;  1IY4 A;  1L09 A;  2NTH A;  3KAM A;  4FDY A;  2G4Q A;  149L A;  1HEO A;  1GF8 A;  1ZV5 L;  4GCB A;  1L18 A;  1CU5 A;  4DD2 A;  5HQ1 A;  4B4E A;  1BGI A;  4OWE A;  2B75 A;  1GFH A;  1L81 A;  108L A;  2BQA A;  2CGI A;  2RH1 A;  1QUH A;  259L A;  2BQL A;  1UID A;  1DPX A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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