1DYEA

Determination of alpha-helix propensity within the context of a folded protein: sites 44 and 131 in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAASNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Determination of alpha-helix propensity within the context of a folded protein. Sites 44 and 131 in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1dyeA00
2ANVA 1QT6A 1L52A 3GUPA 1L32A 3GUIA 2O79A 229LA 2B6YA 2Q9EA 2B75A 2RBOA 158LA 1QTDA 1L60A 1JTMA 1L12A 1L02A 212LA 3CDRA 1K28A 254LA 1L72A 2RB0X 1G1VA 171LA 4W55A 234LA 1C64A 1G0MA 1C6PA 1L73A 3C7YA 1L28A 1LYFA 3SBBC 3DMXA 1G0QA 1C6MA 4I7OA 4K5YA 129LA 1CV4A 2OE9X 1C6FA 1ZYTA 107LA 3HH6A 4I7SA 4YX7C 1TLAA 3PDSA 3DMZA 169LA 123LA 1L46A 3C82A 1P64A 2NTGA 3PBLA 3C80A 1C6EA 1PQJA 4I7JA 4I7TA 1D3MA 1QUGA 3DKEX 2OE4X 3C8RA 1C65A 224LA 1L35A 4W59A 1CU5A 1LYGA 216LA 4W51A 1L81A 3LZMA 196LA 1L59A 2B73A 2OTYX 1CU6A 3CDVA 205LA 233LA 1QS9A 128LA 1B6IA 3C8SA 3HH3A 1L14A 2RBRA 1L30A 1PQMA 1CV3A 1L03A 1P5CA 4ARPA 2ANXA 248LA 2Z6BA 3HWLA 241LA 1L37A 1G0JA 1L20A 190LA 4LDLA 3OE0A 3HU8A 127LA 1D3FA 3HTGA 1L09A 222LA 1L98A 210LA 215LA 1L06A 1P7SA 170LA 1P36A 172LA 122LA 2F47A 1C68A 1L17A 3DN4A 138LA 1L08A 3GUMA 246LA 3VW7A 1L27A 1C6TA 1OV5A 1L86A 1L87A 1QT4A 7LZMA 173LA 182LA 261LA 1L15A 3D4SA 4EKPA 4ARQA 1L96A 2F32A 4I7LA 1L51A 3GUJA 4S0WA 1OYUA 3HUAA 4I7PA 156LA 163LA 189LA 1L16A 2IGCA 1D2YA 1L26A 3HTBA 4GRVA 1L95A 250LA 2HUMA 137LA 1L91A 3DNAA 1G06A 2RBQA 1CVKA 3GUNA 3HT9A 3DN0A 4EKRA 4EJ4A 1L74A 4ZPUA 247LA 4ARLA 1DYDA 3GUKA 220LA 214LA 1L44A 4W52A 4LDOA 257LA 3NY8A 165LA 1QTHA 244LA 1L58A 1G0LA 200LA 1D2WA 3OE6A 2F2QA 160LA 1KW5A 2OU8A 1CX7A 1D3NA 1CV0A 1C67A 1CV1A 2RH1A 1C6KA 1C6QA 3HH4A 2B72A 1KY0A 1QUOA 4EPFA 2OU0X 1G0KA 230LA 2HUKA 1OVJA 4EKQA 1L22A 1L45A 130LA 1JTNA 195LA 191LA 3HUKA 2QB0B 143LA 103LA 1L79A 1C6GA 1L80A 249LA 1G0GA 1L13A 1LI3A 1SWYA 219LA 4ARMB 1WTHA 3HT6A 2OTZX 4YXCA 1L33A 184LA 2O4WA 1L36A 104LA 1L70A 3HUQA 3SB5A 1L10A 147LA 2L78A 2RBSA 1L56A 4PJZA 1QUDA 3V2YA 1C6AA 192LA 3HTDA 4IAPA 5LZMA 1C6BA 1C61A 1L47A 3G3WA 1CU0A 1C6NA 4W57A 1L97A 252LA 1QT3A 226LA 1QT7A 1ZURA 3SBAA 3C83A 223LA 2HULA 3JR6A 149LA 1QTCA 2A4TA 1C6DA 1L23A 1P3NA 3SB6A 1XEPA 1P56A 1PQDA 1L53A 1PQIA 3OE9A 1OVKA 126LA 164LA 4EPIA 3C8QA 1D9WA 168LA 1KNIA 1L99A 4OO9A 1QTZA 2B6TA 1SWZA 162LA 2RBPA 118LA 176LA 1KY1A 238LA 3SB9A 1C6IA 1LYHA 1L19A 167LA 1L71A 3FADA 231LA 1L63A 150LA 259LA 221LA 2O7AA 211LA 3HDFA 1T97A 1T8AA 1L39A 242LA 239LA 1CV5A 1L92A 1LLHA 142LA 187LA 1L55A 4LDEA 180LA 4AQNA 1L75A 3HT7A 3EMLA 3HT8A 1L48A 245LA 3V2WA 1SX7A 1G1WA 228LA 3DN8A 2LCBA 1L18A 4W54A 1OVHA 1LGXA 1C60A 2B7XA 4DKLA 1C6HA 258LA 3C81A 1L42A 3DN6A 3HU9A 206LA 1LWGA 2B6WA 4ARMA 3ODUA 113LA 1DYCA 1G0PA 1CU2A 1DYGA 1LI2A 3NYAA 1L54A 3DN1A 3K2RA 3HDEA 2Q9DA 2RB2X 1C6CA 240LA 1QTBA 1L49A 1P37A 185LA 1QSBA 181LA 235LA 1C62A 256LA 131LA 3HH5A 1L34A 1L66A 183LA 1P6YA 139LA 1G07A 262LA 1LGWA 253LA 225LA 114LA 1L31A 1L93A 3SB7A 5I14A 1L11A 1XJUA 188LA 1L61A 3DN3A 178LA 1L41A 1L40A 236LA 1L67A 1KS3A 197LA 4I7QA 1NHBA 159LA 1QT8A 1I6SA 1LYEA 1SX2A 1L04A 1C6JA 146LA 3G3XA 3L2XA 1QSQA 1C6LA 2OU9A 174LA 3DN2A 4ARQB 1L50A 2CUUA 2OEAX 4W58A 157LA 4DAJA 237LA 1L90A 3FI5A 1T8GA 3NY9A 4LZMA 3L64A 140LA 2B6ZA 1LGUA 148LE 1L43A 1LYJA 6LZMA 2QARC 1L84A 1L85A 217LA 1LYDA 1DYBA 2RAZX 112LA 144LA 2LC9A 4I7KA 4I7MA 198LA 108LA 1OV7A 3C7ZA 4EXMA 4DJHA 2RB1X 209LA 1L24A 3C7WA 3HTFA 155LA 1PQKA 227LA 1L00A 1CTWA 251LA 4GBRB 175LA 3QAKA 1LYIA 213LA 3CDTA 1T6HA 2LZMA 1C66A 4ARJA 1SSWA 3SB8A 1EPYA 120LA 1P46A 1OWYA 3CDOA 1LWKA 151LA 1CV6A 1L89A 1L65A 186LA 1CUQA 2NTHA 1L05A 1L21A 3RUNA 3FA0A 1QS5A 1P2RA 1L88A 255LA 201LA 102LA 3DMVA 1JQUA 2B70A 3UONA 1SSYA 1L01A 4W56A 1C69A 1LPYA 260LA 1DYAA 1P2LA 4I7RA 3G3VA 3RZEA 4EKSA 2B6XA 4YXAC 3GUOA 125LA 1L38A 1CU3A 1L64A 3OE8A 4E97A 109LA 1L76A 166LA 1L83A 1DYEA 1L57A 1L0JA 1T8FA 1QTVA 232LA 152LA 1PQOA 1QUHA 161LA 3SN6R 3GULA 4I7NA 1KW7A 4PK0A 1L68A 1L07A 199LA 2OE7X 1L29A 1XJTA 1C63A 1OWZA 110LA 1DYFA 3CDQA 4W53A 1ZWNA 2B74A 3F9LA 2RAYX 141LA 2RBNA 1LW9A 1LI6A 1L25A 1L69A 1L82A 1L62A 1D3JA 177LA 119LA 145LA 3F8VA 1L0KA 111LA 218LA 1L94A 1QT5A 115LA 1CX6A 243LA 1L77A 1CUPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ANVA 3AZ5A 2HU3A 2O79A 2Q9EA 5B05A 2MEHA 1JTMA 1GB0A 1GWDA 1K28A 254LA 5C6JA 2D4KA 4YM8A 4W55A 4LFXA 1LSPA 5M1YA 1GB8A 2LZ2A 3C7YA 1NKHA 1FDLY 1LYFA 2YBJA 1GAZA 1G0QA 1LJ4A 4I7OA 4K5YA 4MSTA 3HH6A 4DD3A 4YX7C 3DMZA 2BQKA 3C82A 1P64A 1N4FA 3IJVA 1LZYA 1D3MA 2OE4X 2BQLA 4WL7A 1CU5A 4NG1A 4HPEA 1YIKA 1GF6A 216LA 3TXFA 2RSCA 3B0OA 1FN5A 1GFJA 4M4OA 4OOOA 5B1FA 1QS9A 3HH3A 3LYTA 1L14A 1UACY 1LHMA 2DQFC 3AZ7A 1PQMA 4LYZA 3LYOA 2ANXA 2Z6BA 4HPIA 4E3UA 3A34A 1HERA 1YROA 4X3BA 3WU9A 4LDLA 3TXIA 1LMQA 1EQEA 3CT0A 2G4QA 4B1AA 127LA 1D3FA 3HTGA 3LYMA 222LA 1IEEA 1IC7Y 3WMKA 4H91A 3D3DA 3WUAA 1C68A 4WL6A 4HTKA 3D4SA 4EKPA 5KXMA 4ARQA 1L96A 1RE2A 3GUJA 4I7PA 3J6KA 2IGCA 4H90A 4GRVA 250LA 2HUMA 137LA 1IR9A 3DNAA 2RBQA 1B5XA 3A91A 4EKRA 5ILFA 4ZPUA 4IASA 1HEPA 4LYTA 4W52A 4NWEA 1CKFA 244LA 1QIOA 200LA 1XEIA 4MCKA 2Z38A 1JTPL 1FLWA 1D3NA 4ET9A 2YBMA 5AMYA 1CV1A 2RH1A 2Y8PA 4LYOA 1OUBA 1KY0A 3LYZA 1DXJA 4DDCA 2OU0X 1GEZA 4OWEA 1L22A 130LA 143LA 103LA 1JSEA 1IVMA 1L80A 1LI3A 1BWHA 1WTHA 1GFTA 104LA 4NHSA 3SB5A 147LA 2G4PA 4NHIA 3T36A 1GFGA 3P4ZA 4IAPA 5C6IA 2ZQ3A 4BS7A 5D5CA 5F9UA 1UCOA 2GV0A 4W57A 1IP3A 1LZBA 1ZURA 2HULA 4PHIA 1I56A 3W6EA 3IJUA 1GXV2 4EMNA 4HJYA 3N9CA 1D9WA 2DQIY 1HF4A 168LA 1QQYA 1QSWA 1L99A 1GBXA 4OO9A 162LA 4XJBA 1C6IA 1LYHA 4XJIA 231LA 1L63A 1BQLY 1DI4A 259LA 221LA 1T97A 1T8AA 1YANA 4UWUA 1BB4A 1CV5A 1LZTA 1GBZA 142LA 187LA 2W1MA 1IY3A 132LA 3EMLA 3HT8A 4W94A 1L48A 4NY5A 134LA 2LYMA 3V2WA 4B4JA 1LZ5A 1LJNA 1IP2A 1LGXA 5I5QA 3DN6A 4PRQA 2F30A 1UBZA 5I54A 1XFPL 1LJHA 4J7VA 1GHLA 1LI2A 4XJHA 3K2RA 4G4CA 2Q9DA 1IWTA 1LSFA 1GXXA 1UICA 1CKCA 1JTTL 4GCDA 139LA 4H9IA 2MEGA 253LA 225LA 4ANRA 4H8ZA 1OUAA 1FKVA 1L11A 1QUSA 188LA 3DN3A 1L41A 4HV1A 3TXDA 1NHBA 3W6DA 159LA 1QT8A 2ZYCA 3IWRA 1L04A 4LT2A 2ZYPA 146LA 1GE0A 1C46A 3L2XA 1QSQA 1KXXA 3RZ4A 1OUGA 174LA 1INUA 1UIDA 1UIAA 5L3IA 4ETDA 3NY9A 2HECA 3EBAB 3L64A 4TTDA 6LZMA 1AT6A 2QARC 1LYDA 1DYBA 2I25L 153LA 4ETEA 4I7KA 2C8PA 4I7MA 1GAYA 1VDPA 2DQEY 1JTOL 3P64A 3C7WA 155LA 4OW1A 227LA 3QAKA 4TWSA 5KY1A 3WYHA 5LAGA 1YAQA 1OUDA 4Z3MA 1C66A 1HSXA 3TMWA 3CDOA 5KXTA 1CV6A 1L89A 1YKYX 1L05A 5KXZA 1QS5A 1J1XY 5KXRA 3DMVA 1B7MA 4B4EA 4GCCA 4BAPA 1WQPA 4W56A 4FJRA 3CQLA 1IY4A 1LMAA 4UWNA 260LA 3RT5X 1D6QA 1W08A 5FDJA 5B1GA 125LA 1L38A 4J1BA 3OE8A 109LA 4NGJA 1XSFA 232LA 166LA 1L57A 4O34A 2Z12A 3LN2A 3J4GA 2YBNA 3MGWA 1QUHA 7LYZA 2MEAA 4OWAA 1HEQA 1L07A 1L29A 1B5WA 1LZDA 1WQQA 1C63A 3A3QA 4AXTA 2RAYX 1L25A 1FLQA 1L69A 1LI6A 1VAUA 3WVXA 1G7MC 144LA 1GDXA 1HEMA 4I0CA 1QT6A 1L52A 3GUPA 1L32A 3ATOA 5J7CA 158LA 1HHLA 4P2EA 5IHGA 1LSMA 2DBTA 2F4GA 1L02A 212LA 1L72A 1G1VA 3GXRA 2NWDX 1C45A 1GF0A 4LT1A 1NDGC 4D9ZA 1LHJA 1GF9A 1L28A 5F16A 3SBBC 2I6ZA 1CV4A 1C6FA 1YILA 4B49A 5FSTA 3W6FA 2BQHA 1FLUA 2NTGA 2YBLA 1C6EA 1GE4A 3DKEX 224LA 1L35A 4II8A 4W59A 1CNSA 5LVIA 1LZ1A 1UC0A 1LTMA 1GF8A 5L3HA 196LA 3WPKA 4H8YA 1CJ9A 2B73A 1LAAA 3M18B 1D0MA 1C7PA 1P2CC 2OTYX 2Z2EA 3CDVA 5LA5A 2RBRA 1B5UA 5KXNA 1GFEA 1AKIA 1F0WA 2C8OA 3ZVQA 1P5CA 2BPUA 2BQIA 1A2YC 6LYZA 1GE2A 1HMKA 2DQDY 3F6ZA 3OK0A 1B5YA 2D91A 5DL9A 1B7SA 3M3UA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2ANV A;  3AZ5 A;  2HU3 A;  2O79 A;  2Q9E A;  5B05 A;  2MEH A;  1JTM A;  1GB0 A;  1GWD A;  1K28 A;  254L A;  5C6J A;  2D4K A;  4YM8 A;  4W55 A;  4LFX A;  1LSP A;  5M1Y A;  1GB8 A;  2LZ2 A;  3C7Y A;  1NKH A;  1FDL Y;  1LYF A;  2YBJ A;  1GAZ A;  1G0Q A;  1LJ4 A;  4I7O A;  4K5Y A;  4MST A;  3HH6 A;  4DD3 A;  4YX7 C;  3DMZ A;  2BQK A;  3C82 A;  1P64 A;  1N4F A;  3IJV A;  1LZY A;  1D3M A;  2OE4 X;  2BQL A;  4WL7 A;  1CU5 A;  4NG1 A;  4HPE A;  1YIK A;  1GF6 A;  216L A;  3TXF A;  2RSC A;  3B0O A;  1FN5 A;  1GFJ A;  4M4O A;  4OOO A;  5B1F A;  1QS9 A;  3HH3 A;  3LYT A;  1L14 A;  1UAC Y;  1LHM A;  2DQF C;  3AZ7 A;  1PQM A;  4LYZ A;  3LYO A;  2ANX A;  2Z6B A;  4HPI A;  4E3U A;  3A34 A;  1HER A;  1YRO A;  4X3B A;  3WU9 A;  4LDL A;  3TXI A;  1LMQ A;  1EQE A;  3CT0 A;  2G4Q A;  4B1A A;  127L A;  1D3F A;  3HTG A;  3LYM A;  222L A;  1IEE A;  1IC7 Y;  3WMK A;  4H91 A;  3D3D A;  3WUA A;  1C68 A;  4WL6 A;  4HTK A;  3D4S A;  4EKP A;  5KXM A;  4ARQ A;  1L96 A;  1RE2 A;  3GUJ A;  4I7P A;  3J6K A;  2IGC A;  4H90 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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