1DYEA

Determination of alpha-helix propensity within the context of a folded protein: sites 44 and 131 in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAASNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Determination of alpha-helix propensity within the context of a folded protein. Sites 44 and 131 in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1dyeA00
2B6ZA 2OU8A 1P36A 245LA 1D3JA 257LA 256LA 1L94A 2OE9X 1C68A 1C6CA 2NTGA 1L81A 3PDSA 4LDOA 3C81A 4EKPA 4ARQB 1D3NA 3HH6A 1QUGA 1CVKA 1L48A 1C62A 4K5YA 146LA 1G0LA 3SB5A 1L23A 1T97A 3SN6R 1DYEA 2OEAX 3ODUA 143LA 142LA 1L73A 1C6AA 1L22A 155LA 196LA 197LA 209LA 1L50A 169LA 2F32A 1L27A 1L56A 3OE9A 1L06A 249LA 1G07A 1P64A 3HU9A 205LA 4ARPA 2B6YA 261LA 1SX2A 4GRVA 225LA 1G0MA 1L58A 1L93A 211LA 3OE0A 3L64A 144LA 3G3VA 1L21A 1L57A 4IAPA 1L60A 1C60A 156LA 1CV5A 1L46A 1QUOA 4EKSA 1L03A 2RBSA 4W57A 1C6HA 1XEPA 2O7AA 253LA 1L17A 139LA 1L75A 4EJ4A 1G0GA 1P37A 1LGXA 3FI5A 244LA 1L84A 255LA 1L31A 127LA 1B6IA 220LA 1I6SA 1TLAA 2RAZX 2OTYX 231LA 217LA 1L65A 1P6YA 4OO9A 3C80A 4E97A 1P7SA 218LA 3F9LA 131LA 3CDRA 1L10A 1L24A 1L30A 2IGCA 4I7QA 3NY8A 150LA 234LA 175LA 3DMZA 163LA 3G3XA 3NY9A 1QSQA 1DYAA 1L16A 1G0QA 237LA 3HDEA 4LDEA 1G1WA 174LA 1CUQA 1L28A 115LA 2LZMA 198LA 3HH5A 112LA 1T6HA 3DN0A 1WTHA 232LA 128LA 1LLHA 1L15A 1L66A 1G06A 1L39A 1OV5A 1ZYTA 1CX7A 1L88A 2QB0B 238LA 4I7NA 4I7JA 107LA 1L49A 1QTVA 1L33A 1C6JA 1DYDA 4W54A 110LA 1L64A 1CV0A 3HUAA 3C8RA 1CV4A 1QT8A 1LI3A 1T8FA 129LA 4I7OA 157LA 243LA 1QS9A 2RB1X 1D2YA 1LWKA 247LA 206LA 1L07A 2B72A 2OU9A 1L82A 4AQNA 1KNIA 4W52A 4YXAC 102LA 259LA 1C6PA 239LA 1OYUA 3DN1A 4I7PA 2Q9EA 1T8GA 3C7WA 1L71A 5LZMA 221LA 3C82A 165LA 1LPYA 246LA 3GUNA 122LA 1P56A 1L14A 126LA 1L11A 200LA 1L35A 1C6TA 2RBOA 1L32A 1L92A 4ARLA 2O4WA 158LA 1L38A 201LA 191LA 138LA 3HT6A 4GBRB 1JQUA 1C6KA 1DYCA 4EPFA 2RBRA 2F2QA 1KY0A 252LA 1QTCA 181LA 210LA 1P2RA 2RAYX 4EKRA 1DYBA 1D2WA 1L0JA 1QSBA 1G0JA 3DMXA 3GUPA 104LA 1L26A 1L08A 1C69A 251LA 2B6WA 4ARMA 4DAJA 1L01A 1C6BA 3HU8A 173LA 1D9WA 2QARC 149LA 1CV6A 1OVJA 1L53A 1LYHA 4PJZA 1L40A 2OE4X 4LZMA 2A4TA 172LA 1CTWA 152LA 3HH3A 1L00A 1L68A 2RBQA 1ZURA 1L74A 3SB9A 1L76A 1QUDA 123LA 1LYFA 4EXMA 1C6NA 3C8SA 137LA 2B6TA 3EMLA 1JTMA 162LA 190LA 1G0PA 161LA 167LA 1C66A 1L34A 3F8VA 1L36A 3RZEA 1C6QA 1L42A 3NYAA 1C6MA 1QT3A 1XJTA 1T8AA 1L70A 3FADA 1QT4A 214LA 1OWZA 241LA 130LA 1EPYA 235LA 145LA 1L54A 2ANXA 1OVHA 1L77A 226LA 1QTZA 2RB0X 1C61A 1LYGA 4ZPUA 2B73A 213LA 4W56A 1SSWA 2LCBA 1ZWNA 3L2XA 2RB2X 2B70A 250LA 1L98A 159LA 141LA 1LGUA 1L99A 1LYJA 3OE8A 1L13A 4EPIA 1L20A 3PBLA 114LA 3SB8A 1PQIA 3HT9A 1CU0A 1P2LA 182LA 1SWZA 1L47A 4I7TA 119LA 1PQJA 3HT8A 1G1VA 4ARQA 3DN8A 4I7LA 3K2RA 1L96A 1L18A 184LA 1C64A 3C7YA 3C7ZA 1SSYA 1L80A 2HULA 1SWYA 2Z6BA 1C63A 1D3MA 216LA 4ARJA 118LA 1PQKA 3RUNA 1QT7A 1NHBA 109LA 170LA 2O79A 1L44A 1C67A 1QTDA 1C6GA 4W53A 215LA 171LA 2HUMA 3SB7A 4DKLA 1L87A 3OE6A 1LI2A 1L61A 1LW9A 3GUKA 3HH4A 1L55A 1C6IA 4PK0A 1CUPA 1L04A 4W55A 219LA 111LA 1L43A 1KS3A 3HTDA 3HWLA 3JR6A 1P3NA 4W51A 1L52A 4S0WA 3DN3A 2RBNA 183LA 3G3WA 1KW7A 1OWYA 3CDVA 3FA0A 4I7RA 1L59A 1L97A 1LYEA 195LA 1L62A 2RH1A 229LA 262LA 1XJUA 189LA 1QS5A 1QTHA 4W58A 160LA 1OVKA 3DKEX 1LGWA 3CDTA 151LA 1L91A 1L95A 1CV3A 2LC9A 236LA 3V2WA 166LA 4YX7C 1CU5A 1QTBA 188LA 1LWGA 3SB6A 4I7MA 1L63A 3HUKA 1CU6A 2HUKA 233LA 4W59A 3VW7A 7LZMA 1L79A 1C6DA 1L12A 1CX6A 180LA 3GUMA 103LA 1CV1A 2Q9DA 3HUQA 1G0KA 120LA 1L89A 1L19A 125LA 2OE7X 3LZMA 1JTNA 185LA 3HTFA 2B75A 1L67A 2CUUA 1L02A 1LYDA 1C6FA 1L09A 2OU0X 3D4SA 113LA 1L83A 1L05A 3QAKA 2B74A 186LA 1L90A 168LA 2OTZX 3GUIA 1L0KA 3CDOA 178LA 3GULA 3HTBA 1L51A 148LE 1QT6A 1QUHA 1L45A 3UONA 6LZMA 2L78A 1LYIA 1KW5A 1L85A 3HT7A 1PQDA 3CDQA 3DN2A 1C65A 3GUJA 1K28A 3DN6A 4EKQA 4DJHA 4ARMB 1C6EA 3DN4A 147LA 1P5CA 5I14A 222LA 1L69A 1OV7A 1PQOA 260LA 3SBBC 1C6LA 248LA 224LA 164LA 3C83A 1L25A 199LA 2F47A 176LA 4YXCA 1D3FA 1L29A 1L72A 177LA 192LA 1LI6A 1QT5A 3SBAA 1L41A 2B6XA 1DYGA 1CU2A 242LA 3HDFA 108LA 4I7KA 3C8QA 212LA 227LA 140LA 3HTGA 3DNAA 1DYFA 1L86A 4LDLA 2B7XA 2NTHA 4I7SA 228LA 2ANVA 1KY1A 1CU3A 3V2YA 240LA 230LA 1SX7A 3DMVA 223LA 1L37A 1PQMA 1P46A 254LA 187LA 258LA 2RBPA 3GUOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2OU8A 4KPMA 5F81A 3WPJA 1HEWA 4PPOA 1KIQC 1IIZA 2HEBA 4LDOA 1DPXA 3C81A 4CFOA 1LYYA 2F4AA 1GD6A 1L48A 1G0LA 1OUBA 3SN6R 2OEAX 1HF4A 1D0KA 1L22A 1JJ1A 197LA 4TX7A 2BQEA 1DI3A 2AUBA 4NGJA 1L56A 1L06A 3CSRA 1WQNA 1XGUC 3HU9A 1SX2A 9LYZA 4GN5C 1QDTA 1BVKC 211LA 1GB9A 3L64A 144LA 3WPLA 1L21A 2DQAA 3HFMY 4Z3MA 4WL6A 5I4WA 1C60A 2YBMA 1CV5A 4NY5A 2RBSA 4H9EA 1DXJA 2W1LA 1DQJC 1P37A 1LGXA 3FI5A 4GN4A 1L84A 4LYCA 5KKJA 4NHSA 1I6SA 2OTYX 4HTQA 1B7LA 1TCYA 2BQHA 1FKVA 4H8YA 3B72A 1JJ0A 3NY8A 150LA 3G3XA 4WO9A 1BB7A 1DYAA 1L16A 237LA 3HDEA 3WUMA 1EQ5A 3D3DA 3HH5A 3BKHA 1GWDA 3LYTA 3AZ4A 5KKIA 1IWWA 232LA 1LLHA 3TMWA 1BB6A 4LT3A 5FELA 1CX7A 1HEMA 1QQYA 1LZSA 4XJHA 3WPKA 107LA 1B5UA 5LYTA 2D91A 1NWGA 1B5ZA 1ZMYL 1C6JA 1DYDA 4DQ7A 2FYCA 3A3QA 5KXOA 1YL1X 5LVGA 3OJPA 1IC5Y 1GAZA 129LA 4Z98A 1QSWA 157LA 1LZEA 1D2YA 1LWKA 4LYOA 2Z19A 1E8LA 206LA 1GEVA 2Y8PA 4BADA 4MSTA 1OYUA 4TWSA 1GF5A 1BWHA 1B5XA 3B0IA 221LA 5FEKA 246LA 1GFUA 122LA 1LJNA 2HU3A 4WL7A 1IP1A 1KIRC 1L11A 4XJIA 1BWIA 3QY4A 3WU9A 1L32A 4EOFA 4HJVA 5C6JA 191LA 1AM7A 1JQUA 1XFPL 2YBJA 2W1YA 3AGHA 4B4IA 181LA 1LOZA 3GXRA 4H8ZA 2DQCY 1L0JA 1GFKA 3GUPA 4OOTA 1L26A 1C69A 4ARMA 5J7CA 2C8OA 1C6BA 1B7PA 1OUAA 3HU8A 4OOOA 149LA 1CV6A 1L53A 4H93A 1L40A 5A3EA 2A4TA 2MEGA 172LA 1GHLA 1CTWA 1NQIA 4HTKA 1L00A 1YKXX 1L74A 2BQAA 1LSDA 1REYA 1L76A 1IORA 1ZVHL 4G49A 4EXMA 137LA 1IO5A 1UCOA 1JTMA 2Z37A 2ZILA 1RI8B 2Z12A 1FLYA 3RZEA 1C6QA 3NYAA 1C6MA 1INUA 1T8AA 3RZ4A 1L70A 4OWHA 1LZ6A 2BQOA 1D6PA 4DD3A 1GB8A 4WG1A 4LYBA 4OWAA 1H6MA 2B73A 4L41A 2Z38A 1SLYA 4I0CA 4RLNA 1ZWNA 2RB2X 1KXXA 250LA 3RT5X 159LA 141LA 4QDNA 1L99A 2FYDA 1L13A 3CB7A 4XYYA 4ET9A 3HT9A 4NGVA 3ZVQA 182LA 3IJVA 2BQLA 3DN8A 4YOPA 2PC2A 4UWVA 184LA 1C64A 1C7PA 2BQFA 1FN5A 4IATA 2HULA 1GB0A 2Z6BA 1D3MA 1LZNA 2XTHA 4A7DA 3RUNA 3TXKA 1W08A 5F9UA 1C6GA 4DKLA 3OE6A 1L61A 1LW9A 4LYZA 4PK0A 4W55A 2ZNXY 2LZ2A 3M18B 1JKBA 4DC4A 2RBNA 183LA 3ZVQB 1OWYA 3FA0A 5I54A 1L97A 1D9UA 1LYEA 2RH1A 5HMVA 1UICA 189LA 4Z41A 1QS5A 160LA 1OVKA 1GE2A 1IR8A 2GV0A 132LA 1G7HC 1T6VL 1CU5A 188LA 4NHQA 4BAFA 1LKRA 1CU6A 1IP7A 4NSHA 4QY9A 4LGKA 1YROA 3F6ZA 4GLAA 4KL7A 1YANA 2D4KA 4GN3A 1CX6A 2EIZC 1WQMA 1CV1A 4WOAA 5A3ZA 120LA 2DQEY 4NHIA 3LZMA 4NIJA 3HTFA 1GF0A 1LZAA 2CUUA 1C6FA 113LA 1L83A 2HEDA 2B74A 3W6BA 1HC0A 1WQPA 5KXTA 3EMSA 1L85A 4KT3A 1PQDA 4G4HA 4DD1A 5KXXA 5I14A 4PJ2C 1LZDA 222LA 1L69A 1GFTA 4MCKA 1C6LA 224LA 1H87A 3W6CA 176LA 4YXCA 2BQCA 1D3FA 1L72A 1QIOA 4FJRA 5L3HA 4H92A 1LCNA 3T36A 3C8QA 1BVXA 227LA 4H9CA 1DYFA 2MEIA 5C6IA 2NTHA 5B07A 1UUZC 228LA 4X3BA 2ANVA 1KY1A 2XJWA 1IX0A 3P65A 1JWRA 2CWIA 3TXGA 187LA 4LT2A 258LA 3GUOA 3A8ZA 133LA 1J1XY 3WMKA 1D6QA 4J1AA 257LA 4H91A 2OE9X 4LFXA 1C68A 1L81A 3PDSA 1D0MA 1D3NA 1QUGA 3SB5A 5DLAA 4NWEA 3ODUA 3J4GA 142LA 1L73A 2H9JA 3FE0A 4H1PA 196LA 209LA 4W96A 2F32A 249LA 1G07A 1OUFA 4GRVA 3WULA 2DQIY 1F6SA 3OE0A 4XJFA 1LZ9A 1GBSA 3LHMA 1CKCA 2DBTA 1DI4A 4IJ4A 3G3BB 1LMAA 1LSFA 1OUHA 2LHMA 3N9CA 4W57A 139LA 4EJ4A 244LA 2X0AA 1L31A 1TLAA 4N1CC 1CJ8A 231LA 5LVHA 1LZ4A 4OO9A 1HSXA 1HFXA 218LA 3TXFA 1LSCA 5I53A 3F9LA 3CDRA 3HBEX 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2OU8 A;  4KPM A;  5F81 A;  3WPJ A;  1HEW A;  4PPO A;  1KIQ C;  1IIZ A;  2HEB A;  4LDO A;  1DPX A;  3C81 A;  4CFO A;  1LYY A;  2F4A A;  1GD6 A;  1L48 A;  1G0L A;  1OUB A;  3SN6 R;  2OEA X;  1HF4 A;  1D0K A;  1L22 A;  1JJ1 A;  197L A;  4TX7 A;  2BQE A;  1DI3 A;  2AUB A;  4NGJ A;  1L56 A;  1L06 A;  3CSR A;  1WQN A;  1XGU C;  3HU9 A;  1SX2 A;  9LYZ A;  4GN5 C;  1QDT A;  1BVK C;  211L A;  1GB9 A;  3L64 A;  144L A;  3WPL A;  1L21 A;  2DQA A;  3HFM Y;  4Z3M A;  4WL6 A;  5I4W A;  1C60 A;  2YBM A;  1CV5 A;  4NY5 A;  2RBS A;  4H9E A;  1DXJ A;  2W1L A;  1DQJ C;  1P37 A;  1LGX A;  3FI5 A;  4GN4 A;  1L84 A;  4LYC A;  5KKJ A;  4NHS A;  1I6S A;  2OTY X;  4HTQ A;  1B7L A;  1TCY A;  2BQH A;  1FKV A;  4H8Y A;  3B72 A;  1JJ0 A;  3NY8 A;  150L A;  3G3X A;  4WO9 A;  1BB7 A;  1DYA A;  1L16 A;  237L A;  3HDE A;  3WUM A;  1EQ5 A;  3D3D A;  3HH5 A;  3BKH A;  1GWD A;  3LYT A;  3AZ4 A;  5KKI A;  1IWW A;  232L A;  1LLH A;  3TMW A;  1BB6 A;  4LT3 A;  5FEL A;  1CX7 A;  1HEM A;  1QQY A;  1LZS A;  4XJH A;  3WPK A;  107L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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