1DYFA

Determination of alpha-helix propensity within the context of a folded protein: sites 44 and 131 in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAMNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Determination of alpha-helix propensity within the context of a folded protein. Sites 44 and 131 in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 56
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1dyfA00
1L09A 1G0QA 253LA 156LA 2OE7X 103LA 181LA 1L93A 1OVHA 4LDLA 1LGXA 1L71A 3SBAA 1XEPA 1L51A 1L54A 1P2RA 1L30A 3HT7A 2RB0X 1LI6A 1L70A 4W55A 2ANXA 3UONA 1CU5A 1SX2A 1CV1A 1P5CA 109LA 1D9WA 3DN2A 1L0KA 2OTYX 1QSBA 1CV5A 2B70A 1LYDA 1CU0A 1L95A 1D3FA 171LA 161LA 3C7YA 4I7PA 1DYAA 4W59A 1G0MA 1OV7A 1QT7A 1WTHA 2OU0X 1G0PA 1B6IA 1L86A 2B6WA 1L59A 254LA 192LA 1C6HA 1C60A 220LA 4PK0A 1L32A 4EPFA 1DYCA 258LA 3FADA 2OE9X 1G1WA 1LWGA 4PJZA 3V2YA 1L60A 3V2WA 4I7TA 7LZMA 257LA 1L38A 1L57A 1L66A 2B73A 1KNIA 1P36A 186LA 3FI5A 119LA 237LA 4W51A 114LA 1C66A 1L72A 1D3MA 115LA 1G0JA 4DJHA 221LA 1L68A 1OWYA 224LA 1C62A 1L73A 137LA 1TLAA 200LA 2Q9DA 1PQDA 4W58A 4I7QA 1ZURA 144LA 251LA 1C6PA 4W56A 3OE6A 1L92A 2RBPA 3HH6A 4EJ4A 1CV3A 1P7SA 123LA 3ODUA 3CDOA 1L41A 142LA 3GULA 1C6QA 4LDOA 1L26A 2RBQA 2Z6BA 241LA 2RAYX 158LA 1OVJA 1L13A 4W52A 2NTGA 3HWLA 1CX6A 4S0WA 2RB2X 3C8QA 4EKSA 209LA 178LA 205LA 238LA 118LA 249LA 3G3XA 188LA 1CUQA 3HH4A 228LA 1QT8A 1L39A 107LA 2A4TA 3HH3A 1L25A 3C82A 1L85A 3CDRA 1QT3A 1QTDA 3DMVA 3SB6A 1L45A 1L65A 172LA 189LA 159LA 139LA 225LA 1P2LA 1NHBA 4W54A 1L28A 3C81A 1D3JA 5LZMA 4AQNA 3QAKA 187LA 4I7JA 1P56A 1PQKA 1DYEA 1SX7A 4W53A 199LA 1L02A 236LA 3C8SA 1LI2A 1L52A 108LA 3HUQA 1L88A 1OV5A 239LA 1L27A 215LA 1T8AA 4EXMA 1LYEA 120LA 1C6BA 262LA 250LA 2B75A 4EPIA 162LA 1L67A 170LA 3SN6R 216LA 127LA 1EPYA 4YXAC 2QARC 1CVKA 1L21A 1L19A 3NYAA 2B6TA 3VW7A 146LA 1L04A 1D3NA 1I6SA 240LA 1L14A 167LA 261LA 1T8FA 3GUKA 1L16A 2HUMA 3DN8A 212LA 2B72A 6LZMA 3C83A 2HULA 168LA 1CV0A 2LC9A 128LA 1L07A 1PQMA 1L31A 1KY1A 1C6GA 1CTWA 149LA 163LA 223LA 2O7AA 1P37A 1PQOA 2OU9A 3DN3A 2RAZX 4I7NA 1L76A 1L82A 2RBOA 1XJTA 1QTBA 1L74A 1L08A 1LYHA 3HTBA 2RB1X 1L77A 155LA 1LI3A 1QUDA 4I7SA 4W57A 1QT6A 1C6NA 3SB7A 1L40A 1C63A 1L90A 1C6JA 1LYFA 1G1VA 190LA 1SWYA 1T8GA 1QTZA 4ARPA 1L69A 3SB9A 4YX7C 1D2YA 1L96A 2RBNA 2RBRA 1C64A 3CDQA 3L64A 1G06A 3HTFA 1PQIA 3DNAA 1C6AA 211LA 185LA 3HU8A 157LA 214LA 1L64A 3NY8A 2IGCA 148LE 4K5YA 1L98A 1DYBA 1LGWA 3C80A 242LA 1C6EA 1T97A 2HUKA 198LA 3SBBC 1L18A 1LWKA 2F47A 3C7ZA 260LA 2QB0B 184LA 141LA 2CUUA 4ARLA 2B6XA 1C69A 3OE9A 1C67A 1C6FA 1L24A 1LPYA 4LZMA 3GUJA 1DYDA 1L20A 1P6YA 1XJUA 2O4WA 3HTDA 3FA0A 1P3NA 1QTVA 1KY0A 152LA 1L36A 1L80A 213LA 147LA 1QTHA 2B6ZA 2B7XA 4EKPA 1G07A 1L75A 2ANVA 3GUPA 3G3WA 3OE8A 1CU3A 1K28A 1L56A 4I7LA 1L29A 3RUNA 4ARQB 1QUOA 4EKQA 3JR6A 1L97A 1JTNA 1L22A 1L42A 1L03A 1L12A 174LA 169LA 3DMXA 1L89A 191LA 1C6LA 1QSQA 1DYGA 4DKLA 3F8VA 1CV6A 210LA 3HT6A 3DN0A 1L99A 126LA 1L10A 4I7MA 3PBLA 122LA 2RBSA 1KS3A 3GUOA 3HDEA 247LA 1JQUA 1L46A 4I7KA 235LA 1DYFA 1C68A 3DN6A 3OE0A 176LA 3PDSA 2B6YA 1OWZA 1C6KA 3F9LA 3DKEX 1PQJA 173LA 182LA 3HT8A 259LA 3SB5A 1CUPA 1L01A 1L62A 206LA 2LZMA 222LA 1QUHA 4IAPA 1L33A 3D4SA 2OEAX 226LA 3EMLA 3DN1A 164LA 1CX7A 4ARQA 1L17A 3NY9A 248LA 3HU9A 145LA 218LA 4I7RA 4EKRA 1LYGA 1L94A 180LA 131LA 1P64A 245LA 1L05A 244LA 3HT9A 1JTMA 1C6CA 3HUKA 196LA 3GUMA 1L44A 166LA 160LA 3GUNA 177LA 2B74A 1C6TA 1L81A 1L11A 2OE4X 4DAJA 2NTHA 3HDFA 1KW7A 4LDEA 231LA 2OU8A 232LA 1T6HA 102LA 1C6IA 3CDTA 3G3VA 1C6MA 234LA 1QT5A 1L63A 113LA 1L34A 233LA 1L83A 2O79A 2OTZX 3K2RA 2F2QA 1CV4A 1QS9A 1L87A 1QUGA 4ARMB 4I7OA 3SB8A 217LA 143LA 151LA 1L58A 3C7WA 3GUIA 138LA 195LA 3LZMA 4GRVA 125LA 201LA 230LA 4OO9A 243LA 4ARJA 197LA 165LA 3DN4A 1L23A 1CU6A 3HH5A 1L37A 2LCBA 1ZWNA 219LA 1L53A 246LA 1C6DA 4YXCA 3RZEA 129LA 4GBRB 2RH1A 229LA 1L49A 1LYJA 1G0GA 1G0KA 1L50A 255LA 1SSYA 2F32A 1L0JA 130LA 3CDVA 183LA 1C65A 1QT4A 1L61A 104LA 1L48A 1L43A 112LA 3DMZA 1G0LA 1LW9A 1L91A 3HTGA 252LA 4ZPUA 1LGUA 1QTCA 1L15A 1KW5A 4E97A 3L2XA 2L78A 3HUAA 110LA 140LA 1CU2A 4ARMA 1ZYTA 1L55A 1C61A 5I14A 150LA 1L84A 1LLHA 1L35A 1OYUA 1P46A 3C8RA 1L79A 175LA 1SSWA 1D2WA 256LA 111LA 1OVKA 227LA 1L47A 2Q9EA 1SWZA 1L06A 1LYIA 1L00A 1QS5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2I26L 1OUGA 1QIOA 1G0QA 2ZIKA 156LA 1L93A 1GHLA 4LDLA 3A94A 1LGXA 4G49A 1XEPA 1L54A 1KIPC 4N5RA 3HT7A 4DQ5A 1REYA 1CV1A 1HEQA 109LA 1D9WA 3M3UA 3AB6A 2D4IA 2B70A 1GFVA 161LA 2HEEA 3C7YA 2DQIY 1G0MA 4GN4A 1QT7A 3LYOA 4L41A 4N0JA 2YBNA 1C6HA 220LA 2FBBA 3IWRA 1VDQA 3CT1A 1GB8A 4XJIA 2MEEA 4EPFA 1GEVA 4ZFPA 258LA 2YDGA 4TSCA 1H6MA 1OUFA 4DD9A 2LYMA 2YBIA 257LA 5F9XA 5C6JA 1UACY 4UWVA 2LZTA 1GF4A 1O23A 1C66A 1YKYX 1D3MA 4YOPA 2H9JA 4H9CA 1L68A 224LA 1TLAA 1PQDA 3SP3A 251LA 2ZWBA 4H90A 1L92A 4ML7A 123LA 3WU8A 4GLAA 4WM4A 142LA 4LDOA 1CKGA 241LA 3LZ2A 4N9RA 5DLAA 4S0WA 2RB2X 4EKSA 1IEEA 5HQ1A 178LA 205LA 1JJ0A 249LA 4PRUA 4H91A 1CUQA 1HEWA 1L39A 1L25A 1B7OA 5APCA 3SB6A 5I4YA 1CNSA 172LA 3K3TA 4Z41A 1B7PA 4NGVA 3W6EA 1LHIA 1LJHA 4AQNA 4RLNA 3QAKA 187LA 199LA 3C8SA 4YENA 1LI2A 4DD1A 1L88A 4H9FA 3WU7A 120LA 1NMMA 2B75A 162LA 2DBTA 1L67A 170LA 5FSTA 5B1FA 3LHMA 4NGYA 4ETEA 3BKHA 4YXAC 3ULRA 1L21A 2BQGA 3VW7A 146LA 4LYZA 1L04A 1FLWA 3BKVA 240LA 5LAFA 4I8SA 1WVVA 1T8FA 5C6IA 3MGWA 3WUMA 1B5UA 1G7LC 2WARA 2DQCY 5LA5A 2B72A 4D9ZA 3C83A 1JITA 1BQLY 4M4OA 1INUA 1JSEA 1GE0A 3A34A 1UIAA 1C6GA 1V7TA 149LA 2A7DA 1HFZA 4I7NA 1L76A 1L82A 1REMA 2BLYA 3HTBA 1LYHA 2B5ZA 1QDTA 1QUDA 1C6NA 1GFJA 1L40A 4R6CA 4GN3A 1UIHA 1C6JA 4WLXA 4B49A 1LYFA 1G1VA 190LA 4H9HA 3SB9A 1HMLA 3RT5X 1IC5Y 3WPJA 3WW5A 1NDGC 1GBWA 1OUCA 211LA 3AGHA 2RSCA 1IP1A 4K5YA 1L98A 1DYBA 5HNCA 5APEA 3C80A 5KXWA 5LVIA 1JWRA 4TX7A 4HJVA 4PGJB 4B4IA 4G9SA 141LA 3G3BB 4ARLA 2ZIJA 2B6XA 3A92A 4LYCA 4LZMA 4RLMA 3GUJA 2G4QA 1IP4A 1FDLY 1P3NA 3FA0A 3N9CA 1NBZC 1LSPA 213LA 4NWEA 3CQLA 3CT0A 1G7JC 3LZTA 3AJNA 1GBXA 3GUPA 5LA8A 4H9BA 3OE8A 4I7LA 1HSWA 2BLXA 1GB6A 1LSCA 1LHMA 1LZGA 4Z98A 1L42A 1L12A 5KKJA 1L89A 4DKLA 1HNLA 4XADA 5E9RA 2CWIA 122LA 1C43A 3TMXA 5B07A 1C68A 1LZ5A 1WTNA 176LA 1LPIA 1WTMA 2B6YA 3F9LA 2BQNA 2BPUA 3B0OA 5LINA 2DKVA 1CUPA 1L33A 1ZVYB 2OEAX 4N8ZA 226LA 3DN1A 4HSFA 3W6AA 2BQJA 1AT5A 3J4GA 1LJEA 2H5ZA 1LJKA 1L94A 131LA 245LA 3HT9A 1L05A 4LYBA 1JTMA 3HUKA 1AKIA 166LA 4OWCA 1C6TA 1L81A 1L11A 2OE4X 2NTHA 2BQHA 4H8ZA 4KXIA 1XGPC 1CKFA 6LYTA 4DYGA 5T3FA 3CDTA 1LMCA 3A6BY 3TXEA 3P66A 4P2EA 1WQPA 1L63A 113LA 233LA 1OUJA 2DQGY 1L83A 2OTZX 2F2QA 4B1AA 4ARMB 151LA 3C7WA 1B7QA 1GFKA 4OO9A 243LA 5KY1A 5EBHA 1LSAA 197LA 3DN4A 1WQRA 3M18B 4AXTA 3A93A 219LA 2Z18A 1L53A 1JUGA 4B4EA 4GBRB 3F6ZA 1LMQA 1L49A 1LYJA 3WUAA 1SSYA 4TSBA 5J7CA 2F32A 1L0JA 130LA 1UA6Y 3AGIA 1J1OY 2D4JA 5LVJA 1IR7A 1L48A 1GE2A 2MEFA 1L91A 1LGUA 1L15A 1FN5A 110LA 1DI5A 1CU2A 2W1YA 4ARMA 5IDDA 1LMNA 2Z37A 1ZYTA 1B7RA 4GLVA 1L35A 4DD7A 1P46A 1L79A 1YROA 1SSWA 4TUNA 1D2WA 2HEFA 3AW6A 1OVKA 253LA 1L06A 160LA 4NG8A 3E3DA 4LFXA 1JKDA 1BB3A 1P2RA 1LI6A 1LSZA 1OUEA 4CFPA 2ANXA 1P5CA 3P65A 5HMJA 1L0KA 2OTYX 1CV5A 1LZRA 5KJ9A 2D6BA 1L95A 3WULA 2I25L 1GXXA 5DL9A 4W59A 3N9AA 154LA 1WTHA 4NSGA 5JENB 1L86A 4W94A 2G4NA 5B59A 6LYZA 2F2NA 1IC7Y 4DQJA 1LMAA 3A8ZA 1VATA 1DKKA 2YVBA 3FADA 4RDSA 4BAPA 2DQHY 1OUIA 1L38A 1GFUA 1L57A 5FCPA 1KNIA 1QSAA 5FHWA 186LA 135LA 119LA 114LA 2FYDA 1L72A 2MEHA 115LA 4NEBA 1LSEA 4DJHA 3WH1A 3TXIA 4QDNA 1OWYA 1JTOL 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2I26 L;  1OUG A;  1QIO A;  1G0Q A;  2ZIK A;  156L A;  1L93 A;  1GHL A;  4LDL A;  3A94 A;  1LGX A;  4G49 A;  1XEP A;  1L54 A;  1KIP C;  4N5R A;  3HT7 A;  4DQ5 A;  1REY A;  1CV1 A;  1HEQ A;  109L A;  1D9W A;  3M3U A;  3AB6 A;  2D4I A;  2B70 A;  1GFV A;  161L A;  2HEE A;  3C7Y A;  2DQI Y;  1G0M A;  4GN4 A;  1QT7 A;  3LYO A;  4L41 A;  4N0J A;  2YBN A;  1C6H A;  220L A;  2FBB A;  3IWR A;  1VDQ A;  3CT1 A;  1GB8 A;  4XJI A;  2MEE A;  4EPF A;  1GEV A;  4ZFP A;  258L A;  2YDG A;  4TSC A;  1H6M A;  1OUF A;  4DD9 A;  2LYM A;  2YBI A;  257L A;  5F9X A;  5C6J A;  1UAC Y;  4UWV A;  2LZT A;  1GF4 A;  1O23 A;  1C66 A;  1YKY X;  1D3M A;  4YOP A;  2H9J A;  4H9C A;  1L68 A;  224L A;  1TLA A;  1PQD A;  3SP3 A;  251L A;  2ZWB A;  4H90 A;  1L92 A;  4ML7 A;  123L A;  3WU8 A;  4GLA A;  4WM4 A;  142L A;  4LDO A;  1CKG A;  241L A;  3LZ2 A;  4N9R A;  5DLA A;  4S0W A;  2RB2 X;  4EKS A;  1IEE A;  5HQ1 A;  178L A;  205L A;  1JJ0 A;  249L A;  4PRU A;  4H91 A;  1CUQ A;  1HEW A;  1L39 A;  1L25 A;  1B7O A;  5APC A;  3SB6 A; 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