1DYGA

Determination of alpha-helix propensity within the context of a folded protein: sites 44 and 131 in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAENLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Determination of alpha-helix propensity within the context of a folded protein. Sites 44 and 131 in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1dygA00
1L24A 3FADA 2RBSA 4DKLA 4EPFA 4ARLA 3C8QA 1XJTA 142LA 163LA 1L58A 4ARPA 3V2WA 5LZMA 1C65A 157LA 187LA 236LA 1L68A 3HUAA 1L86A 4PK0A 1L95A 2RB0X 1G1WA 3DMZA 1L26A 1L12A 1L39A 1L43A 233LA 2OTZX 2RBNA 1G0GA 1PQOA 219LA 4ARQA 4EKSA 1LWKA 169LA 3UONA 2Q9DA 256LA 3OE9A 1L96A 1C6GA 4ARQB 3DN3A 245LA 1D9WA 220LA 1QT7A 4I7TA 4ARMA 1LI6A 1QT6A 1L88A 1WTHA 261LA 3CDTA 3DN8A 3GUOA 1L57A 3L2XA 2B6WA 3C7WA 1PQKA 186LA 2L78A 4LDEA 127LA 199LA 1L14A 1L34A 1CX7A 1SX2A 3CDQA 3DMVA 1JTNA 1L83A 1C64A 242LA 1LGWA 1L42A 4W57A 1JQUA 1CV0A 1L06A 241LA 123LA 1G0LA 1L54A 1P2LA 1L48A 1L09A 1G0MA 1L90A 2RAYX 178LA 1LYGA 1C6LA 1C67A 1CV1A 1QSQA 1LGXA 248LA 3HT8A 4GBRB 4PJZA 3HH4A 3DN4A 4W54A 209LA 3DN1A 2B6YA 1P36A 110LA 1QUHA 182LA 229LA 3C8RA 4ZPUA 1L37A 1QS5A 1QT8A 3HTGA 201LA 2OU9A 1XEPA 3LZMA 1KW7A 125LA 161LA 1L27A 1QTCA 2OEAX 1QTZA 232LA 118LA 130LA 254LA 1P3NA 1L13A 1L20A 216LA 1L60A 1P7SA 158LA 160LA 3GUNA 1C6CA 4I7NA 1L84A 2RBRA 1L30A 185LA 1ZWNA 1D3NA 2OE9X 1DYGA 1L52A 1CU2A 1C6DA 1CV6A 1I6SA 147LA 3G3VA 3GUPA 1L0KA 192LA 206LA 3OE8A 1L51A 171LA 1L72A 1L99A 4EKPA 213LA 167LA 1LYJA 119LA 2RBPA 1C6JA 1CU5A 198LA 1PQDA 1L74A 2QARC 145LA 1L28A 1P37A 2CUUA 1C62A 3GUJA 4YXAC 191LA 113LA 4I7RA 218LA 3GUIA 3EMLA 3CDVA 1QUOA 3SB6A 1L25A 173LA 3OE0A 189LA 120LA 4I7QA 1OV7A 1KNIA 4IAPA 1L40A 122LA 4AQNA 4YX7C 260LA 2B6TA 128LA 2NTGA 3VW7A 1C6MA 253LA 1T8FA 1PQIA 4LZMA 1L47A 1L69A 1L22A 5I14A 1L18A 1CU3A 1L71A 225LA 2OU8A 1L53A 217LA 259LA 1DYDA 2OE7X 1SSYA 205LA 2B6ZA 230LA 1C6KA 155LA 212LA 1L32A 1L02A 1QTBA 3ODUA 188LA 1JTMA 4LDOA 3FI5A 2RH1A 3HT6A 1L97A 1SWZA 165LA 4I7PA 4I7MA 1L75A 223LA 211LA 1CU0A 2HUKA 3F9LA 176LA 4W53A 1L67A 1PQJA 257LA 3HDFA 3SB5A 3SN6R 1L35A 4W58A 1CUQA 1L65A 3PBLA 4W51A 1KY1A 1QTDA 3DMXA 3HTDA 1OVJA 246LA 104LA 1OWYA 1ZURA 1C63A 1NHBA 1L19A 243LA 262LA 2B73A 166LA 164LA 1L93A 184LA 1KS3A 1L87A 3CDOA 1C6IA 3HH6A 144LA 3HUKA 1LYIA 2ANXA 2RB1X 1LW9A 1OWZA 1CTWA 4S0WA 1P6YA 238LA 226LA 172LA 1B6IA 3SBBC 3NYAA 4EXMA 3OE6A 1L15A 150LA 1L29A 2OTYX 3K2RA 3SB7A 2Z6BA 1T97A 1LYHA 3CDRA 4EKQA 1C68A 252LA 1G0QA 1QT3A 3HU8A 1OYUA 1LI3A 1DYFA 1L77A 1G07A 2O7AA 3SBAA 1L00A 1L04A 1L62A 3G3WA 3HT7A 2LCBA 1L98A 1L23A 197LA 115LA 2RBQA 1T8AA 251LA 1C60A 4I7SA 244LA 4YXCA 3GUKA 103LA 148LE 3C82A 214LA 1OVKA 1QTVA 1L85A 4LDLA 2HULA 1K28A 146LA 1L44A 215LA 1T8GA 1QT4A 3C81A 3RUNA 1LGUA 129LA 1L73A 1LLHA 3DNAA 2QB0B 3HU9A 141LA 138LA 1L21A 1PQMA 1CV5A 1L50A 1KY0A 108LA 224LA 2B74A 249LA 2O79A 1C69A 1QUDA 247LA 1DYEA 3HT9A 1L91A 1D3MA 2HUMA 131LA 1C6HA 1L76A 3HTFA 1L64A 3DN2A 3F8VA 1C6TA 1TLAA 159LA 3QAKA 1C6AA 3DN6A 3SB9A 2LC9A 1L55A 239LA 1L11A 2A4TA 4GRVA 1L45A 3C83A 2RB2X 1LYEA 177LA 1LYFA 1L16A 2OU0X 1L41A 1L92A 1EPYA 143LA 1L0JA 1P5CA 1DYAA 114LA 2Q9EA 102LA 1G0KA 1LWGA 2B72A 1L08A 107LA 1KW5A 1SWYA 2OE4X 3HDEA 240LA 137LA 3HH3A 1D2WA 109LA 1L03A 3GULA 1L61A 162LA 1D2YA 1QUGA 1L05A 1QSBA 1L36A 112LA 1CVKA 4E97A 1L17A 1L46A 1C6NA 3DN0A 3G3XA 4W55A 3GUMA 1C6FA 1ZYTA 1G1VA 1L79A 250LA 4EJ4A 180LA 1T6HA 183LA 3HUQA 3D4SA 3C80A 234LA 1L66A 152LA 7LZMA 2B75A 4EPIA 1L10A 3DKEX 221LA 237LA 4OO9A 1CUPA 3C7YA 1C6PA 149LA 3NY8A 1C6BA 4ARMB 200LA 1CV3A 111LA 4I7LA 1L80A 4W56A 231LA 255LA 1G0PA 4K5YA 1DYCA 1QTHA 2B7XA 210LA 1L89A 139LA 1P2RA 2F2QA 1QS9A 1G0JA 235LA 1L49A 222LA 1QT5A 4DJHA 190LA 3L64A 156LA 4I7KA 1LI2A 3RZEA 4W52A 1CU6A 3FA0A 174LA 1L56A 1DYBA 3NY9A 1L38A 6LZMA 2O4WA 1SX7A 2RBOA 170LA 1OVHA 1L70A 4I7JA 1L01A 195LA 1C6QA 1L59A 1D3JA 1XJUA 1L33A 168LA 3HTBA 1L94A 227LA 1L31A 151LA 1P46A 1G06A 1LPYA 2LZMA 3V2YA 4W59A 3C8SA 3SB8A 1P56A 1LYDA 1CV4A 2F32A 1OV5A 1CX6A 4DAJA 181LA 4ARJA 2IGCA 175LA 2F47A 1P64A 258LA 2RAZX 3HH5A 2ANVA 2B6XA 1C6EA 1D3FA 3C7ZA 1SSWA 196LA 1L81A 1C66A 140LA 3JR6A 4I7OA 3HWLA 2B70A 126LA 4EKRA 2NTHA 228LA 3PDSA 1L63A 1L07A 1L82A 1C61A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2RBSA 1PS5A 1W08A 4LYBA 4ARLA 2F2NA 1XJTA 142LA 163LA 3A6BY 4DQ7A 3EXDA 1C65A 5LZMA 4LT2A 4XN6A 4PK0A 2RB0X 3AGHA 2XBRA 3LYMA 1OUGA 233LA 3CSQA 5HMJA 1LYZA 1G0GA 1PQOA 219LA 2CJLA 2Q9DA 5IHGA 1VDTA 5KXKA 245LA 5B59A 4OWAA 4ARMA 194LA 5B1GA 4OOTA 2DKVA 2BQBA 3CDTA 154LA 4TTDA 1DI4A 3ATOA 1L57A 1IP1A 1CJ7A 3L2XA 2B6WA 4WLXA 4RDSA 1C45A 4N8ZA 2DQAA 1QSAA 1AT6A 1CX7A 3DMVA 4B49A 1JSFA 1L42A 2EIZC 1CV0A 4LFXA 1CNSA 4O34A 5LYZA 5LA8A 241LA 2N5ZA 4ETBA 5FDJA 1L54A 4Z41A 2H9KA 4ET9A 1N4FA 1LYGA 4FDYA 5F81A 248LA 4GBRB 1LMNA 1P36A 110LA 3C8RA 3WL2A 1JJ1A 201LA 1GDXA 2OU9A 1MELL 1IWTA 125LA 1L27A 3TMWA 1FKQA 1GF6A 4CFOA 1LMTA 3GUNA 4I7NA 1L84A 1GXV2 1L30A 4E3UA 1ZWNA 1D3NA 2OE9X 1CU2A 3A93A 2D4KA 1IORA 3GUPA 4LYTA 4DWXA 1LOZA 1L72A 4EKPA 1B5YA 167LA 1LYJA 5LXWA 119LA 2RBPA 1C6JA 1PQDA 1JKCA 2QARC 1WQPA 2BQAA 3GUJA 218LA 4X3BA 1B7LA 1QTEA 3EMLA 3SB6A 1QUOA 5B05A 5KXZA 2LZTA 2B6TA 2NTGA 1C6MA 4YENA 5KXXA 2YBIA 4R0FA 1L18A 1CU3A 1L71A 259LA 3TXGA 205LA 4NGJA 1LPIA 5L3HA 212LA 4XJDA 1LYYA 4GLAA 1LZ6A 1XGUC 2FYCA 2BQEA 1IR7A 4KXIA 3FI5A 1GB9A 4TX7A 1VAUA 3CSRA 3A90A 1L75A 2HTXA 1HC0A 5KXPA 1CU0A 4C3WA 5T3FA 1D6QA 4W53A 132LA 4C5FA 1IY4A 3SN6R 1VDPA 1LSGA 3PBLA 4W51A 1QTDA 5KXSA 4YOPA 4NG1A 1L19A 2HU3A 1L87A 3CDOA 1HHLA 4EMNA 1LYIA 3QY4A 1CKDA 1GF4A 1P6YA 1B7OA 1JISA 3SBBC 2ZNWY 3HBHA 5HMVA 1LJ4A 1B7SA 2OTYX 3ATNA 2BQOA 1WQNA 1YAQA 1LYHA 2FYDA 3CDRA 1DPWA 1B5XA 1LJEA 4HTQA 1DYFA 1FKVA 1Z55A 1IP6A 4N1CC 3SBAA 1L00A 1L62A 1L98A 197LA 5KXMA 1T8AA 4I7SA 1C60A 1LZRA 1UUZC 2YBHA 1L85A 1BWHA 1K28A 4YEOA 1T8GA 1QT4A 3ZVQB 1HF4A 4DD9A 2BQKA 1YAMA 4H91A 1IOSA 3DNAA 1IP2A 1GE4A 4PRQA 3K3TA 1CV5A 1EL1A 1GE0A 4WOAA 249LA 2O79A 1C69A 3CT0A 1QUDA 1DYEA 1T3PA 5APCA 1B7NA 1ZVHL 1GF7A 1L64A 3DN2A 1B9OA 1QQYA 4HPIA 153LA 1TLAA 2LC9A 1YKYX 2XQOA 1WQOA 1L11A 1XGQC 2CDSA 1LHLA 1GF0A 3AZ6A 4LT0A 1LYFA 2OU0X 4NG8A 1V7TA 4KL7A 3AW7A 1G0KA 1LWGA 1L08A 3HDEA 1KXXA 137LA 4WLTA 1LJ3A 1OUEA 1EQ5A 1D2WA 1TBYA 1QSBA 2ZILA 1L36A 4WL7A 1CVKA 4Z3MA 1MLCE 1L46A 1PZYA 1C6NA 3DN0A 4W55A 3GUMA 1C08C 1ZYTA 4NSIA 1L79A 1UC0A 180LA 1DXJA 5ILFA 3C80A 1GWDA 4QGZA 1L10A 3DKEX 1JITA 1LJIA 1GFHA 1HMLA 1C6PA 149LA 2Z2FA 4H9BA 4ARMB 1GAYA 200LA 1GFJA 1GDWA 5AMYA 1B2KA 231LA 4J7VA 2FBDA 4H9FA 1UIGA 4NHQA 2D4IA 2B7XA 139LA 2MEAA 1D9UA 222LA 1QT5A 190LA 3L64A 156LA 4NGIA 3CT5A 1B5WA 1LZ8A 1IC5Y 1D0LA 3WW5A 3NY9A 1B5ZA 2O4WA 1E8LA 2RBOA 2ZYCA 4HV2A 1L70A 1LZ9A 1LSDA 195LA 4H92A 4H8ZA 2YDGA 1DQJC 1RI8B 1H87A 4OWEA 4QDNA 1J1PY 1JKBA 4DD3A 1HFXA 1HEWA 1P56A 3AGIA 4NWEA 1IX0A 4DAJA 1P64A 4ZIXA 1GB2A 4HPEA 1QIOA 4N1EI 4LGKA 4GN3A 1BB3A 196LA 1C66A 140LA 3B0IA 4WMGA 7LYZA 228LA 1HEOA 5KKIA 4HTKA 1C61A 3FADA 1LMPA 2Z12A 4DDCA 2ZQ4A 3C8QA 4ARPA 3WU7A 4ETEA 1HSXA 4GCCA 5KXWA 4H9EA 3T36A 1L26A 4NGYA 1L43A 4LT1A 3A92A 1F10A 2X0AA 4EKSA 1LWKA 4WLYA 1HMKA 4GN4A 4HJZA 1XGTC 4XADA 4G4BA 1L96A 5FEKA 4ARQB 2DQGY 4H9IA 1L88A 4N0JA 1WTMA 1XSFA 3GUOA 1LZEA 3P68A 3WPKA 186LA 3A6CY 127LA 199LA 1L14A 3WU9A 1JTNA 4ET8A 4IATA 1LGWA 1JQUA 1L06A 2NWDX 3TXIA 1JPOA 1L48A 4WO6A 2F30A 1C7PA 3VWOA 3HT8A 3HH4A 2CGIA 2B6YA 1AZFA 229LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2RBS A;  1PS5 A;  1W08 A;  4LYB A;  4ARL A;  2F2N A;  1XJT A;  142L A;  163L A;  3A6B Y;  4DQ7 A;  3EXD A;  1C65 A;  5LZM A;  4LT2 A;  4XN6 A;  4PK0 A;  2RB0 X;  3AGH A;  2XBR A;  3LYM A;  1OUG A;  233L A;  3CSQ A;  5HMJ A;  1LYZ A;  1G0G A;  1PQO A;  219L A;  2CJL A;  2Q9D A;  5IHG A;  1VDT A;  5KXK A;  245L A;  5B59 A;  4OWA A;  4ARM A;  194L A;  5B1G A;  4OOT A;  2DKV A;  2BQB A;  3CDT A;  154L A;  4TTD A;  1DI4 A;  3ATO A;  1L57 A;  1IP1 A;  1CJ7 A;  3L2X A;  2B6W A;  4WLX A;  4RDS A;  1C45 A;  4N8Z A;  2DQA A;  1QSA A;  1AT6 A;  1CX7 A;  3DMV A;  4B49 A;  1JSF A;  1L42 A;  2EIZ C;  1CV0 A;  4LFX A;  1CNS A;  4O34 A;  5LYZ A;  5LA8 A;  241L A;  2N5Z A;  4ETB A;  5FDJ A;  1L54 A;  4Z41 A;  2H9K A;  4ET9 A;  1N4F A;  1LYG A;  4FDY A;  5F81 A;  248L A;  4GBR B;  1LMN A;  1P36 A;  110L A;  3C8R A;  3WL2 A;  1JJ1 A;  201L A;  1GDX A;  2OU9 A;  1MEL L;  1IWT A;  125L A;  1L27 A;  3TMW A;  1FKQ A;  1GF6 A;  4CFO A;  1LMT A;  3GUN A;  4I7N A;  1L84 A;  1GXV 2;  1L30 A;  4E3U A;  1ZWN A;  1D3N A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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