1DYGA

Determination of alpha-helix propensity within the context of a folded protein: sites 44 and 131 in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAENLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Determination of alpha-helix propensity within the context of a folded protein. Sites 44 and 131 in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1dygA00
128LA 1L96A 3OE9A 3HT6A 150LA 1L42A 249LA 1L0KA 1KNIA 3PBLA 1C6GA 120LA 1SSWA 1C6JA 1CU3A 2B75A 1C6HA 2QARC 3HTFA 1L46A 127LA 1KS3A 250LA 1L83A 1QUOA 1P56A 2HULA 156LA 1C6FA 108LA 1DYDA 1P7SA 4EPIA 3C81A 3SN6R 161LA 1CTWA 1C68A 1L51A 3SB5A 1CU0A 3SB9A 115LA 4PK0A 1C61A 1P2LA 122LA 2OE9X 241LA 1L03A 3JR6A 130LA 1L07A 172LA 2OTZX 1L12A 2L78A 1XJTA 151LA 1L22A 1PQIA 102LA 1LYFA 1XJUA 238LA 242LA 4I7SA 4I7QA 152LA 3CDVA 3RZEA 112LA 1D3MA 1JQUA 212LA 171LA 245LA 191LA 3DKEX 1P36A 3OE6A 1L47A 160LA 1L93A 176LA 1K28A 3DN3A 1LWGA 1L24A 1JTMA 1L87A 1CV3A 3C80A 183LA 1L11A 3HT8A 3FADA 262LA 2IGCA 196LA 2Q9DA 2OEAX 3L2XA 230LA 259LA 3NY9A 1KW7A 1C6LA 113LA 3LZMA 1NHBA 1C6BA 3CDTA 222LA 1L44A 1L76A 3GULA 177LA 1C6TA 216LA 114LA 3GUPA 2NTHA 1JTNA 1L71A 3NYAA 211LA 251LA 123LA 1I6SA 1TLAA 1L85A 1L18A 1QT5A 2O7AA 1L89A 3HUAA 1D3JA 1CV1A 3SB8A 1L59A 157LA 1L15A 4I7JA 1L54A 2HUMA 1OVHA 1L29A 1L21A 167LA 138LA 1L26A 1T6HA 1B6IA 2LCBA 4EJ4A 1L64A 3G3VA 4AQNA 4LDEA 2RB1X 4LZMA 4I7RA 104LA 166LA 4W57A 1KY0A 4EKQA 1DYCA 1DYBA 1KY1A 1L19A 4W54A 4YXAC 4GRVA 1T8AA 2B6TA 3C82A 2F32A 4ZPUA 2CUUA 1L86A 1LYIA 1G0GA 3SB7A 4YXCA 1L41A 4ARQB 225LA 3L64A 3CDRA 1DYAA 144LA 3CDOA 1L49A 3C83A 210LA 4W52A 4W59A 2B7XA 1L36A 255LA 111LA 1L23A 3HUKA 1C6NA 1OVKA 1L62A 7LZMA 1L84A 107LA 2OU0X 170LA 244LA 2HUKA 1D2WA 4EKPA 119LA 1LGXA 3DMZA 1L00A 1G1WA 181LA 1L25A 1L66A 243LA 4I7TA 3HDEA 3VW7A 1QTHA 1L43A 1QTZA 1L63A 4DJHA 1L27A 1L52A 1C63A 1L31A 197LA 1LI6A 3V2YA 149LA 3EMLA 3HU8A 1C6MA 1L73A 1L38A 187LA 231LA 141LA 178LA 1LGWA 109LA 1PQKA 1P6YA 164LA 2F47A 252LA 1QUDA 3F9LA 1ZURA 1C66A 1QTDA 1C6CA 4EXMA 195LA 126LA 1L79A 1L75A 1L37A 1LLHA 1D9WA 2OU8A 1C62A 1LI3A 4I7NA 2B72A 1DYGA 223LA 4DKLA 224LA 234LA 1L35A 173LA 3DN4A 1L06A 2B73A 145LA 2Q9EA 3HH5A 2B6WA 1OV7A 1L01A 1L33A 3C7YA 1L16A 1L55A 2ANXA 1CU5A 3QAKA 155LA 168LA 4EPFA 1L95A 188LA 221LA 2RBOA 3OE8A 1SWZA 2OU9A 4W58A 3K2RA 1QUGA 3HDFA 3G3XA 214LA 4I7MA 239LA 1P3NA 2RB0X 3OE0A 103LA 162LA 246LA 237LA 1QS5A 1SSYA 1QTBA 1CX6A 184LA 253LA 1OWZA 254LA 1L99A 1L28A 2B74A 4OO9A 1CV5A 1PQMA 3C8QA 4ARMA 1LI2A 3HH3A 2OE7X 1C64A 2B6YA 180LA 2RBQA 1QTCA 1L17A 1L34A 1LW9A 3FA0A 1L0JA 1G0KA 1QUHA 201LA 4LDOA 163LA 142LA 189LA 1L30A 1L68A 1C69A 1CU2A 3HTDA 4EKRA 1L50A 4W55A 148LE 1LYEA 159LA 1L08A 1L97A 1L02A 3C7WA 1L04A 1P46A 1OVJA 1G0MA 1PQOA 1L65A 3HUQA 1LYJA 140LA 2NTGA 1L58A 226LA 129LA 1P5CA 1LWKA 1CUQA 1L94A 1C6PA 1G0PA 3FI5A 3G3WA 1L05A 2F2QA 4GBRB 1L90A 1L88A 256LA 110LA 1D3FA 1G0JA 2O4WA 3HH4A 4DAJA 2ANVA 2Z6BA 233LA 1OV5A 125LA 3GUJA 219LA 182LA 261LA 1C60A 6LZMA 1LYGA 1QT6A 1OYUA 1QT3A 1C6AA 229LA 4I7OA 1SWYA 1L92A 1T8GA 4IAPA 1QT7A 1XEPA 1L98A 3C8RA 139LA 3C8SA 2RBNA 192LA 190LA 1G07A 3GUMA 5I14A 2RB2X 174LA 240LA 3DN2A 199LA 3F8VA 1L09A 3CDQA 3V2WA 236LA 2B70A 1L40A 1C67A 247LA 206LA 118LA 3GUKA 1CV4A 1EPYA 1QS9A 205LA 2RBSA 3HTBA 3RUNA 1L80A 2A4TA 260LA 1ZWNA 215LA 1L45A 1L74A 227LA 1SX7A 3C7ZA 1CVKA 1QTVA 1G1VA 4I7KA 213LA 2B6ZA 3DN6A 217LA 3HT7A 3GUOA 4YX7C 1L81A 1C6KA 3DN1A 1LPYA 1LGUA 2LZMA 3HH6A 2RH1A 4PJZA 3DN8A 3DNAA 235LA 3SBBC 1QSQA 220LA 1CU6A 1LYDA 1L57A 2QB0B 1L69A 186LA 1CUPA 1DYFA 1CX7A 1P37A 1L32A 2LC9A 2RAZX 1L82A 1LYHA 4ARJA 248LA 1QT8A 3SB6A 2OE4X 4S0WA 4W56A 2RAYX 1T97A 3SBAA 2B6XA 228LA 1D3NA 2RBPA 3GUIA 4LDLA 3GUNA 4I7LA 3HWLA 4ARPA 1DYEA 1L61A 3ODUA 5LZMA 1C6EA 1C6IA 143LA 169LA 3UONA 1QT4A 1L77A 2OTYX 4ARQA 3DN0A 1L56A 1SX2A 200LA 1G06A 1L91A 1L72A 4E97A 3HT9A 1D2YA 1C6QA 1C65A 4W53A 1QSBA 3PDSA 209LA 3DMVA 3D4SA 158LA 3HTGA 4W51A 2RBRA 147LA 1PQJA 257LA 185LA 198LA 1PQDA 1KW5A 1L67A 1CV0A 3NY8A 146LA 2O79A 1L10A 1L14A 1L39A 1ZYTA 165LA 4ARMB 1WTHA 4I7PA 1G0LA 4EKSA 137LA 1P2RA 1CV6A 1G0QA 1L53A 1L60A 3HU9A 1P64A 1L48A 218LA 1L70A 258LA 1L13A 1L20A 131LA 3DMXA 4ARLA 175LA 4K5YA 1OWYA 232LA 1T8FA 1C6DA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
128LA 1L96A 3TMXA 1IC4Y 150LA 1F10A 1L42A 2ZWBA 4XJDA 1LYYA 5LVIA 1L0KA 1KNIA 3PBLA 1E8LA 4ZEEA 4XYYA 1JKDA 1GFUA 1EQ5A 1CU3A 2B75A 1C6HA 1L46A 1YQVY 5A3ZA 1SQ2L 3LHMA 1DYDA 5EBHA 2DQJY 1KXYA 1C68A 1NWGA 3SB9A 1P2LA 4N5RA 4BAFA 2BQHA 1GBZA 1L03A 1BB7A 1VDTA 1L07A 2OTZX 3WH1A 5B05A 2D91A 1L12A 1BVKC 2DQAA 1C08C 1LSCA 238LA 154LA 242LA 3ATNA 1GF0A 3AZ6A 3RZEA 1D3MA 1LZTA 3BKVA 212LA 191LA 3DKEX 1VDQA 4N0JA 5KKIA 3TMVA 4HJYA 3AW6A 1VDPA 2BQMA 1GBWA 1GF5A 1GEVA 1DZBX 2DQIY 3C80A 4A7DA 207LA 3LYOA 2LZ2A 3FADA 262LA 2DQGY 1AM7A 1OUBA 113LA 3LZMA 2D4JA 2G4QA 1C6BA 2LYZA 1VFBC 3CDTA 1L44A 1L76A 2FYDA 1BVXA 5LYMA 4WG7A 1L71A 3NYAA 4Z41A 1GF4A 1LSGA 1GB0A 1QT5A 2LYOA 4TWSA 3HUAA 1GFHA 1C7PA 1FLYA 4DQ5A 4ZIXA 2HTXA 1L15A 1L54A 1XGRC 5F14A 1L21A 4NY5A 4M6DA 4AQNA 5A3EA 2RB1X 4B0DA 1KY0A 1OUFA 4NGWA 5F16A 1REXA 1NBYC 1YAOA 4DD3A 2YBNA 5KXPA 4ZPUA 2CUUA 1L86A 1XGQC 1MELL 1G0GA 3SB7A 4MCKA 1G7HC 1A2YC 4NHIA 1B5VA 4ETEA 4MR1A 144LA 2BQFA 3CDOA 4NGOA 2C8PA 4W59A 1L36A 1BWIA 2IHLA 1C6NA 3ZVQB 4WM4A 5C6JA 170LA 1MLCE 1REMA 3DMZA 4H94A 4WLXA 1L00A 4BS7A 4YM8A 1LTMA 3AZ4A 1IORA 3VW7A 1QTHA 3T6UA 1L43A 2H9JA 3WPJA 3B72A 2ZNXY 1C63A 2YDGA 2LYMA 3K3TA 1JIYA 1GB9A 4WG1A 3P66A 1J1XY 3RU5A 2YBLA 5IDDA 1RFPA 2C8OA 1OUDA 1QUDA 1LSNA 4NSIA 5D5FA 126LA 1B5ZA 1LSBA 2OU8A 4CFOA 4XN6A 1GFEA 4WOAA 4G49A 4DKLA 1LKRA 3M18B 4RW2A 2Q9EA 3HH5A 5J7CA 1L16A 2LHMA 2ANXA 1FLWA 2DKVA 1XSFA 2BAAA 168LA 4QGZA 5C6IA 1L95A 1TCYA 3J4GA 214LA 3OE0A 5F9UA 4DD7A 246LA 1QTBA 1LZ4A 1OWZA 1GE2A 3HBEX 2MEIA 1IWUA 1CV5A 4IATA 4W94A 1CKFA 1LI2A 1N4FA 4NG8A 4Z3MA 2BLYA 1L34A 201LA 1HSWA 4H93A 1GB6A 3A34A 1HFYA 3TXKA 1BB4A 4WO9A 5L3IA 4IJ4A 1LYEA 1LZRA 1LHKA 4UWVA 1OUCA 1P46A 1OVJA 2BQKA 1G0MA 1IX0A 3HUQA 3A90A 140LA 226LA 1P5CA 1CUQA 1FLQA 1BB3A 1L05A 3FI5A 3G3WA 3TXDA 1JJ3A 3CQLA 1KIRC 3KAMA 110LA 1G0JA 3HH4A 1D6QA 4DAJA 2ANVA 4OWEA 2DQDY 2BQBA 1GDXA 2HU3A 4CGEA 4LT2A 2Z18A 1QT3A 3FI7A 2H9KA 3EXDA 1QT7A 3C8SA 4TUNA 4EMNA 1GE1A 5I14A 4NWEA 3DN2A 247LA 1G7LC 3GUKA 205LA 4G4HA 4R0FA 1XEIA 3T36A 4B49A 5E4PA 1QTVA 4H8XA 1Z55A 4I7KA 2BQAA 3DN6A 217LA 4RLNA 3GXKA 1OUAA 1IWWA 1IOSA 3GUOA 1LZGA 1LHMA 1WQPA 3AYQA 4X3BA 1IWXA 4U3XB 2LZMA 2RH1A 3AGIA 1DI4A 3DNAA 4HJVA 1KIQC 1IR9A 1CU6A 1L57A 1L69A 1HC0A 1DYFA 2RAZX 2LC9A 1PS5A 3N9AA 3A6BY 1GFRA 4KPMA 2WARA 4WM3A 1IY4A 1JJ1A 4S0WA 1LSDA 1LAAA 3N9CA 1T97A 5B06A 5APCA 1YAMA 1FDLY 1D3NA 2RBPA 153LA 4I7LA 1UIBA 1L61A 1C6EA 1GAZA 5I4WA 3UONA 4NSHA 1L77A 1L56A 3WW6A 1G06A 4KT3A 4H9BA 4J1BA 2F4GA 4OW1A 1YL1X 3PDSA 1CNSA 5FCPA 4NHPA 4WM2A 2RBRA 185LA 4XJFA 1L67A 1LZ6A 1LMPA 1UICA 165LA 3WU9A 1IOCA 1YILA 4LYZA 1P2RA 4XJGA 4OWBA 4I0CA 1L48A 218LA 3BKHA 258LA 3DMXA 232LA 3A67Y 2I6ZA 4B4IA 1XEKA 4TSCA 3HT6A 2YBHA 3TXEA 1JEFA 4HSFA 5APEA 2W1LA 4N1EI 1SSWA 1C6JA 2QARC 3HTFA 1CKHA 4H9CA 1C10A 1JUGA 1XGPC 1P56A 156LA 1C6FA 2HEAA 4EPIA 1P2CC 5LXWA 1OUGA 4PGJB 1RCMA 5DM9A 4ET8A 2L78A 1XJTA 1L22A 1PQIA 102LA 1XJUA 1LZCA 1B7QA 1FBIX 2RSCA 4I7SA 1B5XA 4KL7A 1QDRA 1UIDA 4ETCA 2HEFA 171LA 245LA 4LGKA 1G7IC 2DQCY 1L47A 1JTTL 134LA 1UCOA 3OJPA 1REYA 3F6ZA 1JJ0A 1LWGA 3DN3A 5KXMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 128L A;  1L96 A;  3TMX A;  1IC4 Y;  150L A;  1F10 A;  1L42 A;  2ZWB A;  4XJD A;  1LYY A;  5LVI A;  1L0K A;  1KNI A;  3PBL A;  1E8L A;  4ZEE A;  4XYY A;  1JKD A;  1GFU A;  1EQ5 A;  1CU3 A;  2B75 A;  1C6H A;  1L46 A;  1YQV Y;  5A3Z A;  1SQ2 L;  3LHM A;  1DYD A;  5EBH A;  2DQJ Y;  1KXY A;  1C68 A;  1NWG A;  3SB9 A;  1P2L A;  4N5R A;  4BAF A;  2BQH A;  1GBZ A;  1L03 A;  1BB7 A;  1VDT A;  1L07 A;  2OTZ X;  3WH1 A;  5B05 A;  2D91 A;  1L12 A;  1BVK C;  2DQA A;  1C08 C;  1LSC A;  238L A;  154L A;  242L A;  3ATN A;  1GF0 A;  3AZ6 A;  3RZE A;  1D3M A;  1LZT A;  3BKV A;  212L A;  191L A;  3DKE X;  1VDQ A;  4N0J A;  5KKI A;  3TMV A;  4HJY A;  3AW6 A;  1VDP A;  2BQM A;  1GBW A;  1GF5 A;  1GEV A;  1DZB X;  2DQI Y;  3C80 A;  4A7D A;  207L A;  3LYO A;  2LZ2 A;  3FAD A;  262L A;  2DQG Y;  1AM7 A;  1OUB A;  113L A;  3LZM A;  2D4J A;  2G4Q A;  1C6B A;  2LYZ A;  1VFB C;  3CDT A;  1L44 A;  1L76 A;  2FYD A;  1BVX A;  5LYM A;  4WG7 A;  1L71 A;  3NYA A;  4Z41 A;  1GF4 A;  1LSG A;  1GB0 A;  1QT5 A;  2LYO A;  4TWS A; 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