1EL1A

X-ray crystal structure analysis of canine milk lysozyme (holo-type)
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
SKIFSKCELARKLKSMGMDGFHGYSLANWVCMAEYESNFNTQAFNGRNSNGSSDYGIFQLNSKWWCKSNSHSSANACNIMCSKFLDDNIDDDIACAKRVVKDPNGMSAWVAWVKHCKGKDLSKYLASCNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Calcium Induced Conformational Changes of Canine Milk Lysozyme Revealed by Structural and Thermodynamical Evidences
rcsb
molecule keywords LYSOZYME C
molecule tags Hydrolase
source organism Canis lupus familiaris
total genus 41
structure length 130
sequence length 130
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-03-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1el1A00
1BQLY 2CJLA 208LA 4NHTA 5B59A 1EQ4A 1GB0A 1LPIA 4NIJA 1D0MA 1B7LA 5D5FA 1LSAA 1KIPC 1JSFA 3A3QA 4B4EA 1B5UA 1OQMA 3W6AA 1HEPA 1WQNA 1IP7A 3W6CA 4KPMA 4D9ZA 2HEDA 3N9AA 1J1PY 4WM6A 1QDTA 2G4PA 3AZ7A 2BQDA 2DQHY 3EXDA 4NGOA 4TTDA 1HEWA 3AYQA 1GB6A 1BWHA 1YAMA 2ZWBA 4PRUA 3P68A 3A91A 4DD0A 5ILFA 4RDSA 1KIRC 2DQCY 2YBMA 1LZ4A 1B7QA 1G7JC 3A94A 1G7IC 6LYTA 3WW5A 5KXWA 3M3UA 1G7HC 2LZ2A 2BQEA 1HMKA 1LJIA 1NQIA 4NG1A 1IY4A 2AUBA 3HBDA 5KXRA 1FLQA 2MEHA 3GXRA 4I8SA 2ZQ3A 4H93A 3WPLA 1IORA 1SLYA 1GBYA 2BLXA 1LYZA 3LYTA 2Z2EA 1LHLA 1UICA 3ULRA 4LYMA 1LSCA 1RCMA 1GB5A 2MEDA 4J1BA 1CKFA 3SP3A 4WOAA 1DPWA 2PC2A 2XBSA 4H90A 1IC5Y 5APCA 5FEKA 1GHLA 2B5ZA 193LA 5DN4A 4WO9A 1LMOA 1IP2A 2ZYCA 4DDAA 3EBAB 1BWJA 3P64A 6LYZA 1LZEA 1WTNA 3J4GA 1CJ8A 1LZ9A 5IHGA 2D91A 4U3XB 4CFOA 1GDWA 4OOOA 4B0DA 3TXGA 1FLUA 1GE4A 4B4IA 1I1ZA 1LSFA 2D4KA 4CFPA 5C6LA 5LVJA 1GB7A 1YROA 4IJ4A 5KXNA 1N4FA 2ZIKA 1IOCA 1QUSA 4ET9A 3B72A 9LYZA 3CSQA 3A6CY 3LN2A 1IVMA 1IOTA 2DQGY 5KKJA 5LYMA 1AM7A 1UBZA 2Z18A 4GCEA 4WL6A 2C8PA 2LYOA 2Z37A 1C46A 194LA 4YM8A 4A7DA 1HENA 4BAPA 5DN5A 4P2EA 5F9UA 1KXYA 4MR1A 4M6DA 1AT5A 1FBIX 4WM1A 1YILA 4RW1A 1HEOA 3TXKA 2YBHA 5M1YA 3ZVQA 1FKQA 2Y8PA 1HSXA 2G4QA 1LZBA 2BQIA 1JJ0A 3A8ZA 1LZ8A 2EIZC 4OWCA 1BWIA 4DWXA 4KXIA 4EOFA 4J1AA 1VEDA 4NG8A 5LAFA 4OWAA 5F14A 1D6QA 4WM3A 1TAYA 4XJIA 4II8A 1LAAA 2WARA 1JTPL 1IX0A 1TCYA 2X0AA 3WXTA 1LZAA 1XFPL 2LZTA 4RLMA 1NMMA 1OP9B 1KIQC 1I56A 1QDRA 1LYYA 4G4CA 4IATA 4PRQA 3W6EA 4W94A 4N1EI 2HEFA 1WVVA 2H5ZA 2DQFC 4AGAA 1OUHA 1GWDA 4C3WA 3K3TA 1GFHA 4DD1A 1PS5A 1LCNA 1UUZC 4R6CA 4DD3A 1GFGA 4H9CA 1GAYA 2YBLA 4TSCA 3TMWA 3WXUA 2YVBA 1XGUC 4MSTA 1OUJA 4H9BA 4TSBA 2A7FA 2W1LA 4LT1A 2YDGA 3TMVA 1HFXA 1TDYA 1B7OA 1GB2A 5KKIA 4LYZA 1F10A 1NBYC 5B06A 3WPJA 1FN5A 4AXTA 1WQRA 2LYMA 1E8LA 1VATA 2HECA 1IWYA 1IWTA 1CJ6A 1HFYA 3LZ2A 1A2YC 5FELA 4B49A 5A3ZA 1IP6A 1BB4A 1JJ1A 3ATNA 1V7TA 4L41A 5C6JA 5LXWA 4G4BA 1CKGA 5HMJA 1HEQA 5LINA 3TXBA 1HFZA 2D6BA 4DDCA 1OUFA 1T3PA 3QNGA 2XTHA 4XJHA 3B6LA 4RW2A 1B7NA 1ZMYL 1B5ZA 4NEBA 5I53A 1GF5A 2Z38A 2DQAA 8LYZA 3WMKA 1LSMA 1AZFA 4LT2A 2MEGA 4H8YA 5KXKA 1NWGA 4WLTA 2ZYPA 2W1XA 1LYSA 133LA 4NFVA 3WU8A 4EMNA 1GE1A 4HJZA 2MEFA 5LA8A 1JEFA 1DKKA 2MEBA 1LZYA 3GXKA 1HHLA 2C8OA 4OW1A 4Z98A 1IOSA 1YIKA 4GN5C 5J7CA 135LA 2FBBA 1GF6A 4WG7A 3LYZA 1B9OA 2ZIJA 4Z41A 4M4OA 3WPKA 3IWRA 4GLAA 2ZILA 2BQHA 2D4JA 1IWZA 2BQGA 4UWVA 4WMGA 1W08A 4LZTA 1LJFA 4ET8A 1NDGC 2DKVA 5B1GA 1IWVA 1REXA 1RFPA 1RI8B 2FYCA 1LMAA 1EQ5A 2YBJA 3QE8A 3AGIA 4X3BA 1UIGA 3LYMA 4ZIXA 1GBOA 1YKXX 4YEMA 1GFVA 1GFAA 4DD9A 2DQIY 1A4VA 4N9RA 3LHMA 1GF4A 1JHLA 2HTXA 1JTTL 1CKDA 4NWEA 1JPOA 5HNLA 4E3UA 1JKDA 1UIBA 3B0IA 3FE0A 4UWUA 3AZ4A 4ZFPA 1DI5A 2H9JA 2LHMA 1G7LC 3A92A 1D0LA 5DM9A 1REZA 5HLLA 4H9EA 2XJWA 2BQFA 1YL1X 2MEEA 1LMNA 5ILCA 1GF9A 3A95A 5I5QA 5LYZA 1REMA 1GFTA 1QIOA 1IWXA 2BQKA 1UC0A 1QTKA 2RSCA 2YBNA 3HBEX 1H87A 1CKHA 4UWNA 1LTMA 1OUEA 2Z39A 4XJBA 4YOPA 2ZNXY 1BHZA 4HTKA 2Q0MX 1GPQC 2DBTA 4HV1A 3CT0A 3A67Y 1HF4A 3WL2A 1OUIA 4GN4A 4QY9A 3B0KA 4HTQA 3LZTA 1ZV5L 1LZNA 4IASA 1IP5A 1OUGA 5L9JA 4NGYA 3TXEA 3AJNA 3A93A 4G9SA 1LMQA 3ZEKA 1LJHA 1UIHA 4BAFA 4C5FA 5APDA 1LHIA 3WYHA 154LA 4GCDA 3N9CA 2ZQ4A 3A3RX 3G3BB 4H91A 4WL7A 1B5YA 4NGVA 1WVUA 1GEZA 5AMYA 3ZVQB 1DPXA 3CB7A 4FDYA 1B7SA 1NHEA 5I4YA 5KXSA 1H6MA 4LYTA 4NGKA 3HFMY 1VDPA 2DQJY 5EBHA 1QTEA 4DD7A 4GCFA 5KXYA 4HPIA 1GFRA 5FCPA 3W6BA 2BPUA 3WVYA 3RU5A 1XGRC 3QY4A 1GAZA 207LA 3WW6A 2XBRA 2Z2FA 1LSPA 4NHQA 1GB8A 1IY3A 1NBZC 3LYOA 2MEIA 1GDXA 2YBIA 1VDQA 3D9AC 4H94A 4H8XA 3KAMA 4NGJA 2CGIA 1JTOL 1LJKA 5DL9A 2HU3A 4ETCA 5I4XA 1HEMA 2W1YA 1GD6A 3IJUA 1MLCE 5DLAA 4CJ2A 1UACY 2DQDY 3P4ZA 5LVKA 1GBZA 1HC0A 1F6RA 1GB3A 1CNSA 1XEKA 4HJYA 1ALCA 1IO5A 1INUA 2I26L 2MECA 1VDTA 1LSDA 1W6ZA 3AW7A 1B5VA 1UA6Y 2HEAA 1AKIA 1KXWA 3A90A 4N5RA 4NHSA 1JITA 1JKCA 4TUNA 5KXZA 3J6KA 3W6DA 3RW8A 5HNCA 4LFXA 3D3DA 1C7PA 1C45A 2F4AA 4NHIA 1NF5A 4HJVA 1DKJA 4XN6A 4OWHA 1B7PA 1EQEA 3A34A 4NSGA 4DDBA 153LA 1GEVA 1BVKC 4HP0A 3MGWA 1HERA 1YAOA 1ZVYB 3AGHA 2CDSA 1LZ5A 4DD2A 4MCKA 1IR8A 4NSIA 4RLNA 1IEEA 4WG1A 5KXMA 4WO6A 4ETEA 1GFKA 3A96A 1LMPA 3G3AB 4H9FA 1IIZA 3WULA 1REYA 2I25L 4N8ZA 1J1OY 2BQOA 4GLVA 3AGGG 2BQLA 1WQOA 3P65A 4CHXA 1FLYA 1BB7A 2VB1A 1CKCA 4TWSA 5B1FA 3OK0A 5B07A 1LZGA 1UIEA 1JJ3A 3EO5A 1LZTA 3RZ4A 5IDDA 4Z46A 1VFBC 5HQ1A 4PJ2C 3VWOA 1LMTA 1QSWA 2CWIA 2BQMA 1LJ4A 1LJJA 1XGTC 5F16A 1IOQA 1QSAA 1LSZA 1GBWA 5KXOA 5F81A 5I54A 3ATOA 1WQMA 4LYOA 4J7VA 4ZEEA 1TEWA 2W1MA 1DQJC 1YKZX 2LYZA 1UIFA 4H1PA 4WM2A 1GF7A 1LHJA 3TXJA 4BADA 4QDNA 2BQBA 1NKHA 3FI7A 4XYYA 5FDJA 1GF8A 4XJGA 2BQNA 4NSHA 5E9RA 5APEA 5T3FA 1LZSA 1VAUA 1B5WA 3IJVA 1P2CC 1FKVA 2YSSC 4NY5A 4HTNA 5FSTA 2FBDA 5IELA 1JSEA 4OOTA 1LKRA 1YAPA 2EKSC 3OJPA 5LIOA 4GCCA 4ETAA 1XEJA 4GCBA 4XADA 1LKSA 4LFPA 4NGIA 4OWEA 1HMLA 1LSYA 1GB9A 1OUCA 1Z55A 1IR9A 4TX7A 5KXXA 5D5CA 1F0WA 1GXXA 4H8ZA 4YENA 3CSRA 1HNLA 1D9UA 3WH1A 1QUTA 1LSNA 2EPEA 1JKAA 1GE0A 5II3A 4WLDA 3P66A 5KXLA 1QQYA 4LT3A 5C6IA 1XGPC 1JKBA 4Z3MA 1UCOA 3W6FA 2FYDA 5B05A 1LJNA 1GFEA 2F2NA 1LZCA 1LJEA 4ETDA 4XENA 3RT5X 5L3IA 1IP1A 2HU1A 4NGWA 2BQCA 1LOZA 1OUBA 1C08C 1V7SA 4NSJA 1LZ1A 7LYZA 3WUMA 3E3DA 3A6BY 2GV0A 3BKVA 3WVXA 5KJ9A 5KXTA 2BQJA 2BLYA 1WQQA 1JWRA 5LAGA 1B0DA 1CJ9A 2IFFY 1DI3A 1EL1A 1D0KA 1VDSA 4G4HA 4YF2A 3WU7A 4NWHA 3CT1A 1IC7Y 1GF0A 4B1AA 4PHIA 5LYTA 5LVIA 1HELA 1LSEA 4WLYA 4J0LA 3F6ZA 4YEOA 1PZYA 2HEBA 5KXPA 2BAAA 1C43A 1LHMA 1JUGA 3BKHA 3WUAA 3AB6A 5FHWA 1IWUA 2F30A 4O34A 1C10A 1GXV2 1LHHA 1LMCA 1SQ2L 1YQVY 3TXFA 1IC4Y 4WM5A 1IP4A 1UIAA 2BQAA 2H9KA 3M18B 1T6VL 1F6SA 4KL7A 4BS7A 4LYCA 4I0CA 4WLXA 1IWWA 1FLWA 1GE2A 1AT6A 4HPEA 2DQEY 3T6UA 5LVHA 4ML7A 1LJGA 4NGZA 1B7RA 5F9XA 3TXHA 1LSGA 1OUAA 2IHLA 5L3HA 3TXDA 3TXIA 3W3EA 2G4NA 1DZBX 3EMSA 4QGZA 1G7MC 5KY1A 4HSFA 4N0JA 1UIDA 2MEAA 1IR7A 1YL0X 4ETBA 5K7OA 2HUBA 1GBXA 1BB5A 2HEEA 2F4GA 2N5ZA 1YKYX 2NWDX 3WUNA 134LA 1LYOA 4DYGA 4W96A 3HBHA 3AZ5A 1JISA 1O23A 1DI4A 4LT0A 3T36A 2ZNWY 4GN3A 1FDLY 1MELL 1YAQA 1LZDA 2EQLA 1TBYA 1IP3A 4XJFA 5JENB 2Z12A 4NHPA 3TMUA 1GFUA 1XEIA 5APFA 3B0OA 1BVXA 1WQPA 4H9HA 5I4WA 3AZ6A 1D6PA 1LHKA 2D4IA 5HMVA 1WTMA 4H9IA 1LJ3A 1YANA 3AW6A 4LGKA 4CGEA 1JIYA 1BB3A 1B2KA 2I6ZA 3CT5A 1KXXA 4QEQA 1LZRA 1CJ7A 5A3EA 4FJRA 1LZ6A 1XGQC 4HV2A 4R0FA 4XJDA 1BB6A 1HSWA 1GF3A 4B4JA 1GFJA 5LA5A 1DXJA 4LYBA 1GE3A 1BGIA 3TMXA 4N1CC 1GBSA 4G49A 132LA 2Z19A 3CSZA 1ZVHL 1I20A 1RJCB 4OWBA 1XSFA 4PGJB 1B5XA 4DC4A 1RE2A 4PPOA 5LVGA 4KT3A 1OUDA 5E4PA 1LSBA 3RNXA 3WU9A 4WM4A 4NGLA 4ANRA 1NDMC 1J1XY 4H9AA 3N9EA 1B7MA 2A7DA 4H92A 4DT3A 3CQLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2CJLA 1L71A 220LA 4I7RA 4NIJA 1B7LA 5D5FA 4B4EA 1B5UA 1L32A 1WQNA 4WM6A 2G4PA 4TTDA 1HEWA 1C6FA 5ILFA 4ARQB 232LA 2DQCY 3HT7A 6LYTA 5KXWA 199LA 2LZ2A 4W54A 1NQIA 226LA 5KXRA 1FLQA 1LPYA 2MEHA 4I8SA 1LHLA 2B6ZA 242LA 1GB5A 4J1BA 3SP3A 1LGXA 3HH4A 1P3NA 1L13A 1IC5Y 5APCA 1GHLA 193LA 1LMOA 1IP2A 2B6XA 3P64A 1L92A 5IHGA 4B0DA 3C81A 1LSFA 5C6LA 4IJ4A 1N4FA 3B72A 5LYMA 4W52A 4WL6A 2Z37A 1C46A 194LA 144LA 5DN5A 4M6DA 1FBIX 4WM1A 104LA 1HEOA 3DN8A 2Y8PA 2G4QA 2BQIA 3A8ZA 1JJ0A 1LZ8A 1BWIA 4KXIA 4I7JA 1L53A 4NG8A 1D6QA 3C80A 2B70A 175LA 1JTPL 3PBLA 196LA 3WXTA 1OP9B 4IATA 4W94A 2HEFA 1L33A 4AGAA 1OUHA 4I7QA 1GFHA 4DD1A 1D3MA 1L16A 1UUZC 1GFGA 2Z6BA 3TMWA 1XGUC 4EPIA 2W1LA 4LT1A 2YDGA 3HT9A 5B06A 1FN5A 1WQRA 243LA 2LYMA 1E8LA 1VATA 1HFYA 1A2YC 1V7TA 3GUPA 4G4BA 5LINA 215LA 181LA 1L54A 1OUFA 3QNGA 2XTHA 1C6KA 4XJHA 4RW2A 1ZMYL 5I53A 1GF5A 2Z38A 8LYZA 2MEGA 5KXKA 4EMNA 1QTDA 5LA8A 1JEFA 1DKKA 4Z98A 3NY9A 3LYZA 4M4OA 2ZIJA 140LA 4GLAA 2BQHA 1REXA 3HUAA 3F9LA 1EQ5A 3QE8A 3AGIA 1L38A 1JTMA 4PK0A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BQL Y;  2CJL A;  208L A;  4NHT A;  5B59 A;  1EQ4 A;  1GB0 A;  1LPI A;  4NIJ A;  1D0M A;  1B7L A;  5D5F A;  1LSA A;  1KIP C;  1JSF A;  3A3Q A;  4B4E A;  1B5U A;  1OQM A;  3W6A A;  1HEP A;  1WQN A;  1IP7 A;  3W6C A;  4KPM A;  4D9Z A;  2HED A;  3N9A A;  1J1P Y;  4WM6 A;  1QDT A;  2G4P A;  3AZ7 A;  2BQD A;  2DQH Y;  3EXD A;  4NGO A;  4TTD A;  1HEW A;  3AYQ A;  1GB6 A;  1BWH A;  1YAM A;  2ZWB A;  4PRU A;  3P68 A;  3A91 A;  4DD0 A;  5ILF A;  4RDS A;  1KIR C;  2DQC Y;  2YBM A;  1LZ4 A;  1B7Q A;  1G7J C;  3A94 A;  1G7I C;  6LYT A;  3WW5 A;  5KXW A;  3M3U A;  1G7H C;  2LZ2 A;  2BQE A;  1HMK A;  1LJI A;  1NQI A;  4NG1 A;  1IY4 A;  2AUB A;  3HBD A;  5KXR A;  1FLQ A;  2MEH A;  3GXR A;  4I8S A;  2ZQ3 A;  4H93 A;  3WPL A;  1IOR A;  1SLY A;  1GBY A;  2BLX A;  1LYZ A;  3LYT A;  2Z2E A;  1LHL A;  1UIC A;  3ULR A;  4LYM A;  1LSC A;  1RCM A;  1GB5 A;  2MED A;  4J1B A;  1CKF A;  3SP3 A;  4WOA A;  1DPW A;  2PC2 A;  2XBS A;  4H90 A;  1IC5 Y;  5APC A;  5FEK A;  1GHL A;  2B5Z A;  193L A;  5DN4 A;  4WO9 A;  1LMO A; 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 1AT6 A;  4HPE A;  2DQE Y;  3T6U A;  5LVH A;  4ML7 A;  1LJG A;  4NGZ A;  1B7R A;  5F9X A;  3TXH A;  1LSG A;  1OUA A;  2IHL A;  5L3H A;  3TXD A;  3TXI A;  3W3E A;  2G4N A;  1DZB X;  3EMS A;  4QGZ A;  1G7M C;  5KY1 A;  4HSF A;  4N0J A;  1UID A;  2MEA A;  1IR7 A;  1YL0 X;  4ETB A;  5K7O A;  2HUB A;  1GBX A;  1BB5 A;  2HEE A;  2F4G A;  2N5Z A;  1YKY X;  2NWD X;  3WUN A;  134L A;  1LYO A;  4DYG A;  4W96 A;  3HBH A;  3AZ5 A;  1JIS A;  1O23 A;  1DI4 A;  4LT0 A;  3T36 A;  2ZNW Y;  4GN3 A;  1FDL Y;  1MEL L;  1YAQ A;  1LZD A;  2EQL A;  1TBY A;  1IP3 A;  4XJF A;  5JEN B;  2Z12 A;  4NHP A;  3TMU A;  1GFU A;  1XEI A;  5APF A;  3B0O A;  1BVX A;  1WQP A;  4H9H A;  5I4W A;  3AZ6 A;  1D6P A;  1LHK A;  2D4I A;  5HMV A;  1WTM A;  4H9I A;  1LJ3 A;  1YAN A;  3AW6 A;  4LGK A;  4CGE A;  1JIY A;  1BB3 A;  1B2K A;  2I6Z A;  3CT5 A;  1KXX A;  4QEQ A;  1LZR A;  1CJ7 A;  5A3E A;  4FJR A;  1LZ6 A;  1XGQ C;  4HV2 A;  4R0F A;  4XJD A;  1BB6 A;  1HSW A;  1GF3 A;  4B4J A;  1GFJ A;  5LA5 A;  1DXJ A;  4LYB A;  1GE3 A;  1BGI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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