1F0WA

Crystal structure of orthorhombic lysozyme grown at ph 6.5
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Hydration, mobility and accessibility of lysozyme: structures of a pH 6.5 orthorhombic form and its low-humidity variant and a comparative study involving 20 crystallographically independent molecules.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-05-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1f0wA00
3A95A 5LVKA 3W3EA 5KJ9A 1JIYA 3HFMY 5FDJA 1IO5A 1DQJC 1HSWA 4OWEA 5D5CA 1YL1X 3A93A 1VDSA 1YANA 3F6ZA 1GF4A 1XGUC 2MEBA 1ZVYB 4NGYA 2DQHY 5I5QA 1IC5Y 4KT3A 1LYYA 1IWXA 1GB5A 3N9CA 1LPIA 1G7MC 1B5WA 3LZ2A 2F30A 4RLMA 1LYOA 1NQIA 3BKVA 4C5FA 3LHMA 1I56A 2D6BA 5B1FA 3WVYA 3WYHA 3P64A 1YKYX 5E9RA 3LN2A 1LZSA 1LHJA 3AZ5A 4HJVA 5KKJA 207LA 1KIPC 1VEDA 1BVKC 1IWTA 1LZ8A 1OUEA 2BQJA 2HEBA 3RT5X 4EMNA 8LYZA 1CJ8A 1QTKA 5J7CA 3ZVQA 2HEEA 4NGLA 4J7VA 1GAYA 4WLXA 4RW2A 4WL6A 3B6LA 3WPJA 2MEIA 5KKIA 4XADA 5HQ1A 3B0KA 1NBYC 4CGEA 1IP1A 4H90A 1XSFA 1IP4A 1LZRA 4BS7A 2HEAA 1JJ3A 5F16A 1FKQA 4DT3A 4KL7A 4EOFA 5HMVA 4ETCA 1D0MA 4IASA 1IIZA 4CHXA 1JTOL 4H9HA 4DD0A 2I26L 1LJ3A 1WQNA 2I6ZA 1GFTA 4WLDA 4YOPA 3TXHA 154LA 1GB0A 1BB7A 1D0KA 1GF6A 3ULRA 4NGWA 3HBHA 4MCKA 3WU8A 1IP2A 4ET8A 4XJBA 2YVBA 1LZAA 1LMNA 1LCNA 3ATNA 4O34A 1HEMA 3GXRA 3AGHA 2VB1A 1TEWA 5D5FA 3LZTA 1LJNA 1VFBC 1IR7A 2EPEA 4Z46A 1B7PA 1NF5A 1QUSA 3W6AA 2Z2EA 1EQ4A 5T3FA 2MEDA 4NG1A 1BVXA 2BQLA 4LYBA 2MEAA 3D9AC 4P2EA 4QDNA 1UIBA 3EBAB 4N1CC 3CSQA 2LZ2A 9LYZA 1PZYA 2Z12A 3AB6A 2YSSC 4OOTA 1LTMA 3WUAA 1TAYA 2X0AA 1W6ZA 1LMAA 2HECA 208LA 1WQOA 1YIKA 5FHWA 3WU9A 1BWIA 1UIFA 4WO9A 3LYMA 4WO6A 5B07A 5K7OA 1IOQA 1REYA 3P66A 4NGOA 4DD2A 2BQDA 2ZILA 4HTKA 1HSXA 4H8YA 4WLYA 4KXIA 5KXLA 4NWEA 3WW5A 1ALCA 1J1PY 3M18B 4NIJA 1LSEA 5KXWA 1LSGA 1D0LA 2HU3A 2MEGA 1LZNA 1PS5A 2YBNA 3RU5A 1JTPL 4B0DA 5II3A 3QE8A 1QQYA 2D4KA 4DD7A 6LYZA 4HV2A 1B5XA 1HEPA 5IELA 1F0WA 1B5VA 1BB3A 1LHLA 1LSFA 3CB7A 4GN3A 4TTDA 3WU7A 5HMJA 1BHZA 1LMPA 1GEZA 3AW7A 1LJJA 4GCBA 4R6CA 3WL2A 1XGRC 4OOOA 3B0IA 4B49A 1GWDA 5I54A 4H93A 1OUHA 4GCEA 2NWDX 4NY5A 4ETBA 1QUTA 4MSTA 2LYMA 4L41A 1LZYA 4UWUA 5I53A 1VAUA 4GLAA 2H5ZA 1E8LA 4H8XA 1TDYA 1LZ9A 2XTHA 5LYZA 3A92A 3TXJA 3TXBA 3TXGA 1LSNA 1XEIA 2MEHA 1IX0A 3AGGG 4GCDA 1NWGA 3TXIA 3RZ4A 1EQ5A 4FDYA 5APDA 1UIHA 3W6EA 1DI4A 4HPEA 4TSCA 2F4GA 1GE1A 1B0DA 1EQEA 4LYMA 1LSYA 3TMVA 3ATOA 1KIQC 4DDCA 2ZIKA 3KAMA 1OUDA 1GE3A 1GAZA 1LZDA 2H9JA 194LA 1JWRA 1LZ1A 1IWWA 1HFXA 2FYDA 1LJKA 1LHHA 1B7OA 4IATA 4LGKA 4YENA 1LSAA 1V7TA 4HJYA 4AXTA 1GXV2 1A2YC 2CDSA 3FI7A 1HFYA 2BQFA 4Z41A 3TMWA 1WQQA 2RSCA 4LT3A 4DDBA 1NMMA 1LKSA 1XEJA 4N1EI 4WM4A 5KXTA 2Z38A 1OUCA 5KXPA 5ILCA 4TSBA 1QDTA 133LA 1YKXX 5LIOA 1UACY 1UC0A 1F6SA 4Z98A 5DL9A 4H1PA 1VDPA 1FN5A 1WQRA 1NBZC 2G4QA 2DQGY 1HMLA 1J1XY 1QIOA 4HTNA 1GFAA 4DC4A 4DYGA 4QY9A 1RJCB 1G7JC 1LYSA 1FLYA 4H92A 1C45A 1IY3A 1B5ZA 1O23A 2BLYA 5IHGA 5FSTA 1OUGA 1FLWA 3A96A 4B4IA 3CT5A 2BQHA 4LFXA 5KXMA 4WM3A 4HTQA 1JKCA 1FKVA 3RW8A 2C8PA 1BWJA 1UBZA 2W1YA 3QY4A 1IR8A 2BLXA 4HJZA 5FELA 2PC2A 2YBJA 3SP3A 1OP9B 2MEEA 1UA6Y 4LYTA 1V7SA 1CKDA 4H9CA 5FCPA 1FLUA 2BQEA 4NHPA 1QTEA 3A3QA 4QEQA 4OWAA 1TCYA 1WTNA 4OW1A 1IWUA 3T36A 1LMOA 2G4NA 2MEFA 1BQLY 1LZTA 4ML7A 1IC7Y 1BB6A 1XGTC 4OWBA 1OUAA 1GHLA 2G4PA 3MGWA 4NEBA 1H87A 5IDDA 4Z3MA 2Q0MX 3A94A 3CSRA 1LMQA 1EL1A 4GCFA 3A34A 4FJRA 1AKIA 3AZ4A 1LJEA 5DN5A 2HU1A 1IC4Y 1YAMA 1IP7A 3WMKA 1JEFA 4PPOA 1FBIX 1NHEA 1YAQA 3AYQA 3ZEKA 2FBDA 4LYOA 1GFUA 1LOZA 4XJDA 4CFOA 1B7RA 2EIZC 1NDMC 4H9EA 3CT1A 1WQMA 4PRQA 1LHIA 4PRUA 4BAPA 1HFZA 1HENA 1UIAA 4G4HA 1LJFA 2Z37A 3IJVA 1YKZX 4H9AA 4NGZA 3W6CA 1IOSA 1DKJA 1GBOA 4PGJB 5LAFA 5LA5A 1BWHA 5LA8A 2YBHA 132LA 1OUBA 2ZQ3A 1INUA 4J0LA 1JKBA 2DBTA 5KXZA 4J1AA 4G49A 4H94A 1W08A 1LKRA 1LSZA 3TXDA 1C08C 4XJGA 5EBHA 3K3TA 1C7PA 1C10A 2AUBA 3A90A 1CKHA 1LSMA 5FEKA 1MLCE 1RCMA 1IP6A 4E3UA 3LYZA 1KXWA 2YBIA 3G3AB 4DD9A 3A6CY 5KXRA 1I20A 2ZWBA 1IP3A 4B1AA 4ZIXA 4YM8A 1JJ0A 1GF7A 1MELL 2BQNA 1LJGA 1LZCA 3EXDA 4LZTA 1LJ4A 1G7LC 1GFEA 3N9EA 3W6FA 4RDSA 4R0FA 1HELA 1OQMA 2DQFC 4RW1A 5I4YA 4ETAA 1F10A 1B9OA 1ZMYL 2DQJY 1UIDA 2F2NA 1GF5A 1GFHA 3EO5A 1T6VL 4II8A 5LVGA 2DKVA 1Z55A 2HUBA 4CJ2A 1IOCA 5KXKA 1LHMA 4WM2A 1NKHA 5F9UA 3TXFA 1LZ5A 4LFPA 1YILA 3AGIA 1GB9A 2Z39A 4H8ZA 4BAFA 1KXYA 4ET9A 1WVUA 4HSFA 1GE0A 1DXJA 1AM7A 1NDGC 3OJPA 3E3DA 3HBDA 1LZ4A 1HHLA 4N9RA 2EKSC 3W6DA 1ZV5L 1C46A 1HNLA 1WVVA 1DPXA 4WG1A 1G7IC 5F9XA 1G7HC 1UCOA 1VATA 4M6DA 1OUFA 2W1LA 5F81A 1XFPL 3AZ7A 4MR1A 4WG7A 2XBSA 3LYOA 3WH1A 1T3PA 1A4VA 4CFPA 5I4WA 4QGZA 2YBMA 1H6MA 4IJ4A 4TUNA 4G4BA 4KPMA 1GD6A 5B05A 4LYZA 1GPQC 1GB7A 3P68A 3WULA 4DWXA 2H9KA 1JJ1A 1DZBX 3CSZA 3D3DA 4UWNA 3BKHA 1HEQA 2ZIJA 4PHIA 1IR9A 1IWVA 5A3EA 4OWCA 1BGIA 1IWYA 1GF3A 3B72A 2BQIA 3TXKA 5LVHA 2N5ZA 3WW6A 5KY1A 4X3BA 1B7SA 2IHLA 1GFJA 4OWHA 1B7LA 1HEOA 4AGAA 1KXXA 5C6LA 3A67Y 5C6IA 3VWOA 5APCA 4NGJA 2I25L 1QDRA 1ZVHL 2LHMA 2XBRA 2FBBA 1FLQA 2DQDY 2F4AA 2HEDA 4XYYA 2ZYCA 1CJ9A 2Z2FA 4NSIA 4YEOA 1GF0A 1YROA 3AW6A 1GDWA 4C3WA 5L3IA 1WQPA 5JENB 5L9JA 1XEKA 1LJHA 1REMA 1LSCA 1B5UA 1UUZC 4XJIA 1GXXA 2BQMA 1HMKA 2WARA 1B7NA 1LZEA 2D4IA 3HBEX 4XJHA 1LZ6A 2D4JA 4YEMA 4NSGA 1JUGA 1B7QA 1YAOA 1LAAA 1LJIA 1JSFA 4M4OA 3AZ6A 2HTXA 4N0JA 1LHKA 2ZNXY 4WM1A 4HPIA 5KXYA 5LAGA 1GBZA 2YDGA 1GB3A 1XGQC 3A3RX 5DN4A 3EMSA 3G3BB 1P2CC 3IJUA 1GBXA 5HNCA 1D6PA 1LSBA 4TWSA 4HP0A 1IEEA 1DPWA 4HV1A 4GCCA 3AJNA 1GBWA 1J1OY 1LYZA 4LT0A 1IVMA 1KIRC 4H9IA 1GE4A 2CGIA 3A8ZA 4NSHA 4H91A 5L3HA 1OUJA 1GFKA 1QSAA 2D91A 2MECA 1HEWA 1IY4A 4WM6A 4BADA 5M1YA 3ZVQB 1GBYA 1IORA 1DKKA 3TMUA 4ANRA 3WVXA 1GFRA 2BQBA 5F14A 1IWZA 7LYZA 3LYTA 1WTMA 3T6UA 4WL7A 2A7FA 1LZGA 3W6BA 1SLYA 4H9BA 1GF8A 4NG8A 5DLAA 3WPLA 135LA 1GFVA 2BQKA 1D6QA 4H9FA 4XJFA 2BQAA 3WUMA 1LSPA 1LSDA 2BQOA 1JKDA 4DD3A 1HERA 1JHLA 2FYCA 2Y8PA 4GLVA 5I4XA 4WM5A 2LYZA 1AZFA 4LT2A 5APFA 4D9ZA 4LYCA 1F6RA 4NGVA 4DD1A 3CQLA 5A3ZA 1DI5A 2Z18A 3P65A 2W1XA 5KXSA 1GFGA 1YQVY 1B5YA 1LMCA 5KXNA 1C43A 1UIGA 1GF9A 5B59A 1VDQA 5LINA 3TMXA 134LA 1JKAA 2C8OA 3GXKA 1BB5A 3J4GA 4RLNA 1JSEA 3A91A 1LMTA 2ZQ4A 1TBYA 1GB2A 4LT1A 5E4PA 1SQ2L 2HEFA 3WXUA 1AT5A 4WOAA 4WLTA 4J1BA 1RFPA 1N4FA 1VDTA 1IP5A 3N9AA 4NGIA 1GE2A 1UIEA 4PJ2C 4B4EA 3QNGA 3M3UA 2YBLA 3A6BY 4GN5C 2BAAA 5KXXA 3OK0A 1CKCA 1UICA 2DQEY 4ETEA 5C6JA 2BQCA 1JTTL 1JITA 4ZEEA 2XJWA 1REXA 2DQCY 4NHIA 1DI3A 4W94A 1YAPA 4G4CA 3WPKA 2ZNWY 193LA 1I1ZA 1YL0X 5AMYA 4DDAA 1D9UA 1GB6A 4TX7A 4UWVA 1GB8A 4GN4A 5LXWA 1CNSA 2Z19A 4XN6A 1IOTA 4U3XB 5LVIA 4A7DA 1RI8B 4XENA 1CJ7A 5LYTA 1OUIA 4N8ZA 3B0OA 3J6KA 1HC0A 3WUNA 4NWHA 1GDXA 4B4JA 4W96A 2EQLA 4ETDA 2DQAA 2ZYPA 1GBSA 1QSWA 1JPOA 4I0CA 1GEVA 1CKFA 2W1MA 3IWRA 5LYMA 1B2KA 3FE0A 4I8SA 5B06A 2DQIY 2CWIA 1XGPC 5APEA 1REZA 2GV0A 3TXEA 5DM9A 5KXOA 153LA 5HLLA 4YF2A 1JISA 1HF4A 2LYOA 4NHQA 1AT6A 2BPUA 4NHTA 4ZFPA 1CJ6A 1CKGA 3P4ZA 1FDLY 2CJLA 4N5RA 3RNXA 2A7DA 2LZTA 1LZBA 5ILFA 5LVJA 4NFVA 1RE2A 2B5ZA 2IFFY 4G9SA 3CT0A 1B7MA 4NHSA 5B1GA 3WXTA 4NGKA 4NSJA 4WMGA 6LYTA 2BQGA 1BB4A 5HNLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KJ9A 5FDJA 5D5CA 1YL1X 4YX7C 1YANA 1GF4A 2MEBA 2OE9X 1L89A 3N9CA 1LPIA 4RLMA 4C5FA 1NQIA 5LZMA 3LZMA 1LGUA 4EXMA 195LA 3AZ5A 5KKJA 1BVKC 3RT5X 2BQJA 4ARMB 4W51A 1CJ8A 4LDLA 2HEEA 1PQOA 4WL6A 2MEIA 4I7RA 3B0KA 5HQ1A 1G0GA 5F16A 4DT3A 4EOFA 5KXRA 1JTOL 2I26L 1LJ3A 2I6ZA 4WLDA 1GFTA 3GUMA 3HWLA 1ZYTA 151LA 1P6YA 4I7MA 1JTMA 3G3XA 3ATNA 2RBRA 1TEWA 1LJNA 4Z46A 1QUSA 4W54A 5T3FA 2MEDA 2MEAA 3D9AC 122LA 3GUJA 4EKQA 2X0AA 187LA 1L0JA 1L01A 242LA 1WQOA 2Z6BA 4W56A 1BWIA 3LYMA 1IOQA 1REYA 3C8QA 4NGOA 1TLAA 3WW5A 1ALCA 4NIJA 1D0LA 4B0DA 3RU5A 2LC9A 3QE8A 4DJHA 1B5XA 5IELA 1C6DA 1F0WA 1B5VA 1LSFA 3WU7A 4ARQB 3OE6A 1C6GA 5HMJA 1LMPA 4R6CA 196LA 1GWDA 1DYCA 4MSTA 1L71A 1QTBA 2H5ZA 4H8XA 2Q9DA 1LSNA 4GCDA 1QS9A 251LA 4FDYA 2F4GA 1EQEA 191LA 4DDCA 137LA 2ZIKA 3C7YA 2OU9A 1GAZA 1LZDA 1IWWA 4DQ5A 1LHHA 1OVKA 1A2YC 2CDSA 2BQFA 1NMMA 1L84A 3GUIA 1XEJA 1OUCA 244LA 1SSYA 1QSQA 1SWZA 4H1PA 1FN5A 1WQRA 1NBZC 2G4QA 1L49A 4QY9A 1LYSA 1QT8A 2BLYA 1T6HA 1OVJA 4B4IA 4WM3A 4HTQA 172LA 2F47A 5FELA 2B74A 2YBJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3A95 A;  5LVK A;  3W3E A;  5KJ9 A;  1JIY A;  3HFM Y;  5FDJ A;  1IO5 A;  1DQJ C;  1HSW A;  4OWE A;  5D5C A;  1YL1 X;  3A93 A;  1VDS A;  1YAN A;  3F6Z A;  1GF4 A;  1XGU C;  2MEB A;  1ZVY B;  4NGY A;  2DQH Y;  5I5Q A;  1IC5 Y;  4KT3 A;  1LYY A;  1IWX A;  1GB5 A;  3N9C A;  1LPI A;  1G7M C;  1B5W A;  3LZ2 A;  2F30 A;  4RLM A;  1LYO A;  1NQI A;  3BKV A;  4C5F A;  3LHM A;  1I56 A;  2D6B A;  5B1F A;  3WVY A;  3WYH A;  3P64 A;  1YKY X;  5E9R A;  3LN2 A;  1LZS A;  1LHJ A;  3AZ5 A;  4HJV A;  5KKJ A;  207L A;  1KIP C;  1VED A;  1BVK C;  1IWT A;  1LZ8 A;  1OUE A;  2BQJ A;  2HEB A;  3RT5 X;  4EMN A;  8LYZ A;  1CJ8 A;  1QTK A;  5J7C A;  3ZVQ A;  2HEE A;  4NGL A;  4J7V A;  1GAY A;  4WLX A;  4RW2 A;  4WL6 A;  3B6L A;  3WPJ A;  2MEI A;  5KKI A;  4XAD A;  5HQ1 A;  3B0K A;  1NBY C;  4CGE A;  1IP1 A;  4H90 A;  1XSF A;  1IP4 A;  1LZR A;  4BS7 A;  2HEA A;  1JJ3 A;  5F16 A;  1FKQ A;  4DT3 A;  4KL7 A;  4EOF A;  5HMV A;  4ETC A;  1D0M A;  4IAS A;  1IIZ A;  4CHX A;  1JTO L;  4H9H A;  4DD0 A;  2I26 L;  1LJ3 A;  1WQN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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