1F10A

Crystal structure of orthorhombic lysozyme grown at ph 6.5 at 88% relative humidity
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Hydration, mobility and accessibility of lysozyme: structures of a pH 6.5 orthorhombic form and its low-humidity variant and a comparative study involving 20 crystallographically independent molecules.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-05-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1f10A00
3A95A 1LZTA 4H9BA 1BB6A 2BLYA 3A94A 1JWRA 1WTNA 2MEFA 5A3ZA 2HEEA 1BB4A 1YANA 4CFPA 1LSYA 1GB7A 133LA 1BVKC 5KXPA 1DPWA 1TBYA 1IP6A 5APCA 1GF7A 1LZDA 5DM9A 5C6JA 1CKHA 2HEBA 4HTQA 4NGZA 4G4BA 4XJBA 1XGQC 1OUFA 5KXRA 3AW6A 1GE1A 1LJ3A 4H9EA 5HNLA 4CGEA 3WYHA 1HEQA 1B2KA 1QSWA 1KIQC 5KXSA 1LZCA 1YKXX 1C10A 1GXV2 3TXDA 5II3A 3QE8A 1E8LA 1INUA 5AMYA 1UIFA 4OOOA 1IP3A 1RI8B 2BQFA 1BWHA 4H9IA 1YAMA 2DQDY 154LA 1HFXA 1FDLY 1YAOA 2Z19A 3B0IA 5KXTA 1GF3A 3WPKA 2RSCA 1LKSA 1A4VA 5F81A 5T3FA 4WLXA 1LSCA 5FEKA 1JKDA 1LSBA 1REMA 2MEHA 1GB5A 4HV2A 5KJ9A 4B4EA 1QUTA 3A6CY 3AJNA 4QY9A 1DZBX 5LIOA 1BWJA 2Z39A 1LMCA 4GCBA 2W1YA 4NGWA 4PJ2C 3RU5A 5KXXA 4WG1A 1B5XA 5KKJA 2AUBA 1CNSA 4H90A 4NG8A 2MEDA 1D6QA 2BQNA 1JJ0A 1OQMA 4FDYA 4TUNA 4KL7A 4G49A 4BAPA 2NWDX 1CKGA 3AZ5A 5L9JA 3A67Y 1GBSA 1IP5A 4DD0A 5I4YA 3WXTA 4HPEA 3AZ7A 3W3EA 1ZMYL 1LMOA 5FHWA 1LKRA 5E9RA 3RT5X 1HSWA 2CWIA 4ZFPA 3WPJA 4XJHA 4DDBA 5J7CA 3WU9A 2MEBA 1I56A 1B5ZA 1IX0A 3FE0A 3RW8A 1GFEA 1QDRA 3WXUA 1W08A 3GXRA 1LPIA 1IOQA 5B05A 1GF6A 5HMJA 1LHMA 4H8YA 4N1CC 4NEBA 1J1PY 1LYOA 4Z41A 3B6LA 1LYSA 1FLUA 1GB8A 1IP7A 3J4GA 4XJIA 4OWEA 4DDCA 3A93A 2X0AA 1GEZA 1N4FA 4E3UA 2BQIA 2DQFC 1BVXA 1LHHA 3WW5A 4CJ2A 1GE0A 1LZAA 5I54A 3ATOA 1LYZA 1IY4A 1FN5A 2H9JA 4WL7A 4GCEA 1RCMA 1UC0A 4DT3A 2BQOA 1QIOA 4LYMA 1HNLA 1XEKA 5F16A 1CJ8A 4BS7A 3BKVA 4Z46A 1ZVHL 2LZ2A 4RW1A 3W6CA 2YSSC 1LMTA 1IWZA 1LZ1A 4NSHA 2EPEA 1XGPC 1JKCA 4J0LA 3BKHA 2BQDA 1YAQA 2CGIA 4UWUA 1B7LA 1LYYA 3A90A 1AT5A 1GFGA 4ETCA 2D4JA 3WW6A 2XJWA 1GDXA 3CT1A 4NHPA 1P2CC 3M18B 1J1XY 2WARA 4GN3A 2HUBA 4WM1A 1GXXA 1TCYA 1MLCE 4WM3A 2IHLA 1HFYA 2Z12A 1LJFA 4WM5A 4XN6A 1JEFA 1GBWA 2DQCY 4J1AA 5C6IA 9LYZA 4HV1A 5HMVA 4M4OA 1O23A 2EQLA 1IY3A 3J6KA 132LA 4WM6A 1GFJA 4NHTA 4NWHA 1YIKA 4OW1A 5LVGA 4CHXA 1UCOA 3EMSA 2ZQ4A 4RLMA 1NQIA 2FBBA 1GFRA 4O34A 2ZIJA 4MR1A 1B9OA 3A3QA 4H92A 1IOSA 4H9FA 4M6DA 4DD7A 1RFPA 3ZEKA 1JKAA 4H1PA 1CKFA 1JSFA 4I8SA 5KXKA 3A96A 1LJKA 1B7NA 5L3HA 1WQNA 2YDGA 3OJPA 1SLYA 2MEEA 2DQEY 1IOCA 1HEWA 4ZEEA 3TXIA 3N9AA 1OP9B 1FLQA 5B07A 2Z2EA 1YQVY 3TMVA 4ETDA 4DD1A 4LT1A 4DD2A 1B5WA 1C43A 5B06A 1B7OA 4NGVA 1PZYA 1OUCA 1GPQC 4P2EA 1BQLY 4H93A 1F10A 1YILA 1IC4Y 2D4IA 4MSTA 3B0OA 5DL9A 1IP1A 1LJGA 5F9UA 1JHLA 1WQPA 1GHLA 5FDJA 4DWXA 1AM7A 4B1AA 2N5ZA 3LYZA 4DYGA 1HF4A 1BWIA 3TMUA 2DKVA 4RLNA 4WM4A 3WU7A 2G4NA 3D9AC 2HECA 5IDDA 1LSAA 4A7DA 1GD6A 1BB7A 2A7DA 2BQCA 2W1XA 1JJ1A 4GCDA 1IR9A 1GFUA 1LMNA 3P68A 1JUGA 3P66A 4YM8A 4KT3A 4YEOA 5FELA 3OK0A 1BB3A 1LZNA 4NFVA 1AT6A 4C5FA 2A7FA 2CJLA 1YKYX 4II8A 1IO5A 3CT0A 4TTDA 4LYTA 2D91A 5LYMA 3TXBA 1IC7Y 4NWEA 1HHLA 1DPXA 3K3TA 4WOAA 4G9SA 4HTKA 2C8PA 3HBHA 1IIZA 3B0KA 3FI7A 4GN4A 1JKBA 2YBLA 5HNCA 5I53A 3GXKA 4OOTA 2YVBA 1FKQA 4OWHA 1JPOA 4LT0A 1DQJC 1LHLA 1LZBA 5APFA 4ETBA 3B72A 4LZTA 4NHQA 3LHMA 1LZ6A 5KXLA 1T3PA 3CB7A 1UUZC 1VATA 2H5ZA 1LHKA 1HFZA 3AW7A 3ZVQB 1REXA 4J1BA 1LJHA 1NKHA 1GF4A 5EBHA 3W6DA 2BQKA 2HU3A 4G4HA 3EO5A 2I26L 4UWVA 1LJ4A 2BQJA 2LYZA 2W1LA 2CDSA 3AGGG 5HLLA 3HFMY 5KXOA 1KXWA 1LMQA 1T6VL 2BQBA 1LJIA 2ZIKA 3D3DA 4NGIA 2C8OA 4RDSA 1D0LA 3CSQA 1F6RA 1HEOA 2G4QA 3E3DA 4H94A 5K7OA 4LYOA 1GF0A 4LGKA 3TMWA 1JITA 1LHJA 4RW2A 1FKVA 1WQMA 1H6MA 2DQJY 4NGOA 3AGIA 5LYTA 4HJZA 2Z38A 5KXYA 1LZ4A 1REZA 2F4AA 2EKSC 2Z37A 3ULRA 5KY1A 1QUSA 1VFBC 3WMKA 1YROA 1GF8A 1NBYC 5B1FA 1EQ5A 1LHIA 2YBNA 1DI4A 1GE2A 1GFHA 1IWXA 1KIRC 1EQ4A 1ALCA 3WH1A 1IEEA 4GCFA 1LZYA 1D9UA 1NBZC 4WLDA 5C6LA 1F0WA 4DC4A 5LYZA 3IJUA 4NSIA 1GBOA 1W6ZA 1LSZA 1D0KA 2XBRA 1LTMA 4MCKA 5LA5A 3IJVA 4B0DA 1YAPA 3AZ6A 4Z3MA 1GBXA 4H9HA 5LAGA 1VDQA 1PS5A 4IATA 4OWAA 5LVIA 1OUEA 4HPIA 4PRUA 5APEA 1GB6A 1UICA 4GN5C 2I6ZA 2F2NA 3G3BB 2LZTA 1UIGA 4WMGA 3CSRA 1LZRA 1VAUA 1QTKA 4YOPA 1CJ9A 1AZFA 4NSGA 1JSEA 1XGTC 1I20A 1QSAA 1TDYA 2MEAA 1J1OY 4FJRA 1UIDA 4IJ4A 4WO9A 2MEGA 2F4GA 4ET9A 1B5VA 1ZV5L 2I25L 3EXDA 6LYTA 2BQHA 5DLAA 1IP4A 1GBZA 2DQAA 5IELA 3HBEX 3WUMA 4NIJA 5LVJA 4NHSA 2YBIA 4LYZA 1GFKA 1DKKA 4G4CA 1LSPA 1NDGC 1NWGA 1IWTA 2BLXA 2Z18A 3W6FA 2HEAA 2XBSA 2XTHA 5D5FA 6LYZA 1VDSA 1YL1X 1CJ6A 1B7QA 2LHMA 1LJJA 4DDAA 1LMAA 1OUIA 4L41A 5B59A 2Q0MX 4PRQA 1HC0A 3A3RX 5LVKA 3W6EA 1HELA 2G4PA 3A92A 1JTTL 4B4JA 4BADA 1B7PA 1HMLA 3LYMA 4DD3A 3AGHA 3A91A 4AXTA 4C3WA 4LYCA 4QGZA 5B1GA 4DD9A 3P64A 1JISA 4XYYA 5A3EA 1UIAA 4LFXA 1UA6Y 3RZ4A 1YL0X 1GFAA 3A6BY 4N5RA 1OUDA 4NSJA 1I1ZA 5APDA 3HBDA 4QEQA 1NF5A 1GDWA 1IR8A 1GEVA 1LCNA 1LSFA 2BQGA 2LYMA 1VDPA 1RJCB 1LSDA 2H9KA 4NGLA 1DKJA 4B49A 2Y8PA 2B5ZA 1OUGA 4H8ZA 134LA 1G7IC 1GAZA 1KIPC 1WTMA 3CSZA 1VDTA 4NG1A 4WG7A 4H8XA 3TXJA 4YF2A 3A8ZA 1GF5A 4TX7A 1IOTA 3T36A 8LYZA 2BPUA 1FBIX 1WQOA 5LXWA 1NHEA 1D0MA 4OWBA 3WULA 3WUNA 1IVMA 2F30A 3TXGA 2YBHA 1TAYA 3TXEA 4EOFA 1IWVA 1FLYA 1HSXA 1JTOL 4W96A 1XEJA 2HEDA 2ZQ3A 5FCPA 1JIYA 3N9CA 153LA 3CT5A 1OUJA 1LZ8A 3AZ4A 4HJYA 1C08C 1LSEA 3F6ZA 2VB1A 4PPOA 5KXZA 2ZILA 5ILFA 1IWYA 4N1EI 2MECA 1C45A 3LN2A 1NMMA 4U3XB 4YENA 1DI3A 5I4XA 3CQLA 2MEIA 3AYQA 4N8ZA 4W94A 1XGRC 3KAMA 5LAFA 1G7MC 4LT3A 4NHIA 4BAFA 194LA 1F6SA 193LA 2ZNWY 3RNXA 4LT2A 1CKDA 5FSTA 1B0DA 2HEFA 4HJVA 1GE3A 1LZ9A 1IORA 4OWCA 1REYA 1GFTA 1LZEA 1FLWA 2DQGY 1Z55A 1BB5A 3QY4A 4EMNA 1A2YC 3A34A 1XEIA 4J7VA 1DXJA 2DQIY 1GE4A 1B7MA 1V7SA 1UACY 5LVHA 3P65A 1CJ7A 5E4PA 3G3AB 5HQ1A 4WLTA 1WVVA 2D6BA 4TWSA 1WQQA 7LYZA 5F14A 3IWRA 1ZVYB 1BHZA 4GLAA 4N9RA 4Z98A 1D6PA 1UIBA 1IP2A 5KXNA 1GBYA 4X3BA 3LYOA 1YKZX 3TXHA 4LFPA 4QDNA 3W6BA 4AGAA 1KXXA 4HTNA 5L3IA 1UIHA 4N0JA 2YBMA 4HSFA 1JTPL 4XJFA 4WO6A 1QTEA 2BQMA 2HU1A 3W6AA 5KKIA 5F9XA 4ML7A 1GB3A 2FYCA 1LJNA 1LOZA 3LZ2A 1HENA 1HEPA 3ZVQA 3EBAB 1HMKA 3MGWA 1GB9A 2HTXA 1KXYA 4NGYA 5KXMA 4CFOA 135LA 3P4ZA 1H87A 4ANRA 1XFPL 1AKIA 5DN5A 4PHIA 4HP0A 4LYBA 1G7HC 4XADA 1C46A 5ILCA 1LSMA 1WVUA 1GF9A 1V7TA 4KPMA 1QDTA 4I0CA 5IHGA 4GCCA 1TEWA 5JENB 3N9EA 1SQ2L 4GLVA 4PGJB 4TSBA 3TXFA 3WVYA 4XJDA 3TXKA 3WPLA 1EL1A 5LA8A 1JJ3A 1LZSA 4R0FA 1RE2A 2BQLA 2GV0A 2ZWBA 1GAYA 5DN4A 1GB0A 2IFFY 1HERA 1HEMA 1BGIA 3SP3A 1VEDA 1EQEA 5KXWA 1G7LC 2BQAA 4H91A 1B7SA 3AB6A 1UBZA 207LA 1IWUA 4NGJA 2W1MA 4KXIA 4R6CA 2YBJA 3WUAA 4ETAA 1LAAA 1LMPA 5D5CA 3LYTA 4ET8A 4H9AA 1LJEA 1XGUC 1XSFA 4H9CA 3WU8A 4ZIXA 2DQHY 1DI5A 3LZTA 4ETEA 1C7PA 3T6UA 3WVXA 1LZ5A 4XJGA 1UIEA 3ATNA 1LZGA 4NGKA 1QQYA 2FBDA 1B5UA 2DBTA 2ZYPA 1GFVA 1LSNA 4B4IA 1B5YA 1NDMC 1GWDA 2D4KA 4UWNA 1OUAA 1MELL 2ZYCA 2BQEA 1IC5Y 1LSGA 2PC2A 1G7JC 1OUHA 1IR7A 1WQRA 2FYDA 4WM2A 4XENA 5LINA 2EIZC 2LYOA 5I4WA 2Z2FA 4D9ZA 4WLYA 4YEMA 5M1YA 4TSCA 1OUBA 4IASA 3VWOA 4WL6A 4NY5A 1CKCA 208LA 2BAAA 3QNGA 3TMXA 1B7RA 1GB2A 2ZNXY 3M3UA 1IWWA 5I5QA 3WL2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3A95A 1OYUA 1WTNA 5A3ZA 1YANA 1TBYA 5APCA 1LZDA 5DM9A 5C6JA 4NGZA 3AW6A 4CGEA 166LA 1KIQC 5II3A 1E8LA 5AMYA 4LZMA 1IP3A 1DYEA 154LA 1ZWNA 1YAOA 3WPKA 1C6AA 4WLXA 1LSCA 1REMA 1LYIA 4B4EA 4LDEA 5LIOA 205LA 3RU5A 222LA 2QARC 4BAPA 3A67Y 240LA 199LA 4HPEA 3W3EA 1ZMYL 5FHWA 5E9RA 3RT5X 1HSWA 4ZFPA 4DDBA 5J7CA 257LA 3DN2A 4H8YA 4N1CC 4Z41A 3B6LA 1LYSA 3J4GA 4OO9A 4E3UA 2BQIA 1BVXA 1GE0A 5I54A 3ATOA 1LYZA 2H9JA 4DT3A 2BQOA 4LYMA 1XEKA 1CJ8A 4RW1A 184LA 4J0LA 1YAQA 1AT5A 4ETCA 237LA 1L93A 2XJWA 1JQUA 1MLCE 1OV5A 2Z12A 1LJFA 4EKPA 259LA 1JEFA 1PQDA 3HT9A 4J1AA 1O23A 5LVGA 1KS3A 1L89A 1NQIA 2FBBA 1GFRA 4H92A 4H9FA 1CU5A 1SWZA 3ZEKA 1JKAA 1L26A 2YDGA 3OJPA 1L71A 1CVKA 1L97A 1IOCA 1DYCA 1HEWA 3TMVA 1QT3A 1OUCA 4P2EA 1YILA 1IP1A 1L43A 1B6IA 3F9LA 4DWXA 4B1AA 1SWYA 2B72A 1KW7A 2G4NA 3D9AC 3OE6A 1GD6A 2A7DA 3PBLA 1L0KA 2W1XA 1GFUA 1LMNA 4YM8A 3OK0A 4GRVA 1G0LA 3CT0A 149LA 1DPXA 3HH6A 3K3TA 1L25A 3FI7A 1JKBA 2YBLA 5HNCA 4ARLA 1L32A 2YVBA 4OWHA 2B73A 1QSBA 3LHMA 2H5ZA 1VATA 2Q9DA 1LJHA 1GF4A 3W6DA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3A95 A;  1LZT A;  4H9B A;  1BB6 A;  2BLY A;  3A94 A;  1JWR A;  1WTN A;  2MEF A;  5A3Z A;  2HEE A;  1BB4 A;  1YAN A;  4CFP A;  1LSY A;  1GB7 A;  133L A;  1BVK C;  5KXP A;  1DPW A;  1TBY A;  1IP6 A;  5APC A;  1GF7 A;  1LZD A;  5DM9 A;  5C6J A;  1CKH A;  2HEB A;  4HTQ A;  4NGZ A;  4G4B A;  4XJB A;  1XGQ C;  1OUF A;  5KXR A;  3AW6 A;  1GE1 A;  1LJ3 A;  4H9E A;  5HNL A;  4CGE A;  3WYH A;  1HEQ A;  1B2K A;  1QSW A;  1KIQ C;  5KXS A;  1LZC A;  1YKX X;  1C10 A;  1GXV 2;  3TXD A;  5II3 A;  3QE8 A;  1E8L A;  1INU A;  5AMY A;  1UIF A;  4OOO A;  1IP3 A;  1RI8 B;  2BQF A;  1BWH A;  4H9I A;  1YAM A;  2DQD Y;  154L A;  1HFX A;  1FDL Y;  1YAO A;  2Z19 A;  3B0I A;  5KXT A;  1GF3 A;  3WPK A;  2RSC A;  1LKS A;  1A4V A;  5F81 A;  5T3F A;  4WLX A;  1LSC A;  5FEK A;  1JKD A;  1LSB A;  1REM A;  2MEH A;  1GB5 A;  4HV2 A;  5KJ9 A;  4B4E A;  1QUT A;  3A6C Y;  3AJN A;  4QY9 A;  1DZB X;  5LIO A;  1BWJ A;  2Z39 A;  1LMC A;  4GCB A;  2W1Y A;  4NGW A;  4PJ2 C;  3RU5 A;  5KXX A;  4WG1 A;  1B5X A;  5KKJ A;  2AUB A;  1CNS A; 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 2MEI A;  3AYQ A;  4N8Z A;  4W94 A;  1XGR C;  3KAM A;  5LAF A;  1G7M C;  4LT3 A;  4NHI A;  4BAF A;  194L A;  1F6S A;  193L A;  2ZNW Y;  3RNX A;  4LT2 A;  1CKD A;  5FST A;  1B0D A;  2HEF A;  4HJV A;  1GE3 A;  1LZ9 A;  1IOR A;  4OWC A;  1REY A;  1GFT A;  1LZE A;  1FLW A;  2DQG Y;  1Z55 A;  1BB5 A;  3QY4 A;  4EMN A;  1A2Y C;  3A34 A;  1XEI A;  4J7V A;  1DXJ A;  2DQI Y;  1GE4 A;  1B7M A;  1V7S A;  1UAC Y;  5LVH A;  3P65 A;  1CJ7 A;  5E4P A;  3G3A B;  5HQ1 A;  4WLT A;  1WVV A;  2D6B A;  4TWS A;  1WQQ A;  7LYZ A;  5F14 A;  3IWR A;  1ZVY B;  1BHZ A;  4GLA A;  4N9R A;  4Z98 A;  1D6P A;  1UIB A;  1IP2 A;  5KXN A;  1GBY A;  4X3B A;  3LYO A;  1YKZ X;  3TXH A;  4LFP A;  4QDN A;  3W6B A;  4AGA A;  1KXX A;  4HTN A;  5L3I A;  1UIH A;  4N0J A;  2YBM A;  4HSF A;  1JTP L;  4XJF A;  4WO6 A;  1QTE A;  2BQM A;  2HU1 A;  3W6A A;  5KKI A;  5F9X A;  4ML7 A;  1GB3 A;  2FYC A;  1LJN A;  1LOZ A;  3LZ2 A;  1HEN A;  1HEP A;  3ZVQ A;  3EBA B;  1HMK A;  3MGW A;  1GB9 A;  2HTX A;  1KXY A;  4NGY A;  5KXM A;  4CFO A;  135L A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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