1FDLY

Crystallographic refinement of the three-dimensional structure of the fab d1.3-lysozyme complex at 2.5-angstroms resolution
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic refinement of the three-dimensional structure of the FabD1.3-lysozyme complex at 2.5-A resolution.
pubmed rcsb
molecule keywords IGG1-KAPPA D1.3 FAB (LIGHT CHAIN)
molecule tags Complex (antibody-antigen)
source organism Mus musculus
total genus 52
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1990-08-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
Y PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1fdlY00
1GB5A 1V7SA 1GFHA 3N9CA 4YM8A 1BVKC 2IHLA 4O34A 4DDCA 1CJ7A 4AGAA 2BLYA 1VEDA 4NGWA 1BHZA 1GEVA 4QGZA 1LSPA 4NGJA 1BB6A 2BQNA 4TSBA 3CT1A 1B5ZA 1NHEA 3LHMA 4XN6A 1JISA 3J4GA 3WXTA 1WVUA 2DQCY 1CKGA 1LSEA 4H9EA 4PGJB 1LMAA 8LYZA 2ZWBA 2C8OA 5IHGA 1LHIA 4DYGA 3LYMA 4WG7A 1JPOA 5APCA 1JITA 2PC2A 1F0WA 1LTMA 2D91A 1LYYA 2DQGY 2YBMA 5F81A 7LYZA 1UIFA 4WLDA 193LA 1LZCA 5FCPA 1IWYA 1HHLA 4CGEA 1QDTA 2I26L 1I56A 5C6JA 5LIOA 4HP0A 4I8SA 1BB7A 5FHWA 5B06A 4Z46A 2HTXA 4XJHA 5FELA 2Z12A 1TCYA 1B7OA 4GN4A 4XENA 4MR1A 4ETDA 4H9CA 4ETEA 5B05A 2MEHA 1GFGA 2DQEY 1WTMA 2ZQ3A 5LVHA 4HPEA 2MEFA 2YBLA 1REXA 1C10A 1ZV5L 4NWEA 3WUMA 4W96A 4RLMA 1B7RA 4NG8A 3WPKA 3RZ4A 3IWRA 3WUNA 1VAUA 4HTNA 3ATOA 4GCEA 1VDTA 2BQAA 3EBAB 1OUHA 2GV0A 1LMCA 4TX7A 3N9AA 4TSCA 1A2YC 2FYDA 2MEEA 5E4PA 1P2CC 2F4AA 2G4PA 4NFVA 1B0DA 4YOPA 4DD7A 4FJRA 2BQIA 5FSTA 1XEJA 1REMA 1UIAA 3TMWA 1OUAA 5B1FA 3TXHA 3WUAA 1GF0A 1LHHA 1OP9B 1FN5A 3B6LA 1XEKA 3TXFA 3QY4A 3AZ6A 1YAQA 1GE2A 1B5UA 4KXIA 4E3UA 2BLXA 1JIYA 5C6IA 4GLAA 2A7DA 3CT0A 5ILFA 1IY4A 3RU5A 4OWHA 1UCOA 1HEQA 3D3DA 4IATA 1YAPA 5LAFA 1CKHA 1HC0A 1W08A 1LSCA 3W3EA 3WVYA 2Q0MX 5LA8A 3HFMY 3RNXA 3B0OA 2XTHA 1HEWA 1KXWA 5LYZA 1LZ6A 4DD9A 1NDMC 4LYCA 1W6ZA 207LA 2H5ZA 4H92A 3TXIA 5L9JA 1TDYA 2BQHA 1H6MA 1O23A 2DQDY 5B59A 1WQOA 4B4IA 4RW2A 5KXNA 3RW8A 2CWIA 1LPIA 2HEDA 1LJNA 2ZIJA 4NGIA 5LYMA 4HV2A 1BWJA 1UIGA 1BWHA 1UUZC 1VATA 1XGPC 2CDSA 4WM2A 1HFZA 2DQFC 4YENA 2YDGA 4G49A 4CFPA 4LT1A 1YKXX 1UIHA 1GBXA 3CSZA 5F9UA 4BADA 1LJJA 2C8PA 4ZIXA 3CB7A 1RI8B 1G7IC 2FBBA 3B0IA 4H9BA 4YF2A 4WO6A 4OWBA 5KKJA 1T6VL 5LVGA 2X0AA 4XJDA 4LYBA 4R0FA 3LN2A 1CNSA 3J6KA 1A4VA 4HJVA 1FBIX 2HU3A 4N5RA 4B4JA 3GXKA 1LJEA 3P64A 5L3IA 2YBIA 1IP1A 5KXSA 1LSMA 1GFKA 3P68A 1FLQA 5A3EA 4ETCA 4OOTA 153LA 2Z39A 1JKCA 1GPQC 1DI4A 4N9RA 5D5CA 1B7SA 1YILA 2HECA 4TUNA 3HBEX 1IR9A 1IOQA 2ZILA 1GE0A 2W1XA 4BS7A 3AGIA 4FDYA 3WL2A 4HSFA 1IOSA 1ZVHL 1FLYA 1MLCE 2ZQ4A 1LOZA 3W6DA 1FLUA 1LJHA 1LZ8A 1LZTA 2HEBA 1YAMA 2DKVA 2Z19A 1H87A 3TXEA 3WPJA 9LYZA 3HBHA 4NY5A 4G4HA 1SLYA 1AM7A 1OUJA 3AB6A 132LA 4WMGA 1LSZA 4Z3MA 3IJUA 1IWTA 3FE0A 4HPIA 1KXXA 1IOCA 5I5QA 4GN3A 4CHXA 4OOOA 5LVIA 4ZEEA 4LYMA 4H94A 4QEQA 1GF9A 1UIBA 1IX0A 1LMNA 3HBDA 1INUA 3MGWA 1QSAA 4NSHA 1BQLY 1IWUA 2G4QA 5FDJA 1HEPA 1NKHA 4OW1A 5APDA 2BQOA 1IR7A 1HELA 1IC5Y 1OUEA 1SQ2L 2B5ZA 1LJFA 1KIQC 3A8ZA 3LYOA 6LYTA 3FI7A 1KIRC 1LCNA 2EQLA 5I4WA 4GCBA 4ETAA 2Z37A 4OWCA 1WQRA 1IIZA 4WG1A 4ET9A 4NIJA 2W1YA 4GLVA 3CT5A 1IVMA 5I4YA 2XJWA 1GE4A 5HNCA 2CGIA 1OUBA 4Z98A 4DDAA 1BB4A 1LYOA 1GDXA 1GFRA 1LSYA 1Z55A 2IFFY 1ZMYL 5FEKA 2FBDA 4CFOA 4M6DA 4MCKA 1LZ9A 1LYZA 1UBZA 4M4OA 1DPXA 2D6BA 4NSGA 1LMTA 4UWUA 4N1CC 1HNLA 5HQ1A 2D4JA 1YANA 2HEEA 4KL7A 1UIEA 5KXTA 2Z2FA 4KT3A 4DT3A 1JKBA 1GB0A 1LKRA 1J1PY 4WL7A 2FYCA 1LSNA 2WARA 1HENA 5D5FA 3WH1A 4X3BA 1LJ4A 4J1AA 5II3A 1IWVA 1AZFA 3OJPA 4G9SA 4YEMA 5KXXA 5DN5A 1QTEA 4QDNA 5I4XA 2BQEA 1ZVYB 1B5VA 3KAMA 1OUFA 1LHLA 1IP5A 1XGUC 3B72A 3TXKA 1GFAA 1G7HC 1BVXA 1HMLA 1LJIA 1NDGC 3GXRA 4H1PA 4N8ZA 1LYSA 1DQJC 1DI5A 1WQNA 1J1XY 4HJZA 1AT5A 1D0KA 1PS5A 1FKQA 4HTKA 1GBSA 1CKDA 1GE1A 4J1BA 4NGLA 3WXUA 2MECA 3WYHA 1I1ZA 2H9KA 5ILCA 1UA6Y 1G7LC 1GEZA 2NWDX 3A3QA 1GF6A 2EIZC 5KXOA 3P66A 3TXBA 1JKDA 1JTOL 2DQJY 4NGYA 1REYA 1FLWA 1LJGA 1YAOA 3CSQA 1GF5A 4II8A 3RT5X 3IJVA 5AMYA 1YKYX 4NSIA 5KXMA 1JJ0A 4A7DA 135LA 1LSBA 2LHMA 1XGQC 3EXDA 1OUGA 4RLNA 5F14A 1B7LA 3A34A 1JJ1A 4NWHA 3A91A 4C5FA 2RSCA 2ZIKA 154LA 1LZ4A 3W6AA 134LA 1QIOA 1IP2A 1FKVA 1G7MC 4XADA 1NBYC 1WTNA 1JEFA 3WU9A 1LZGA 1JKAA 1J1OY 1B7PA 3TMVA 1JWRA 1LHMA 1G7JC 1JTPL 1BB3A 3A90A 1IO5A 5LYTA 1CJ9A 4WL6A 2LYMA 4B1AA 1IP4A 1NF5A 1IEEA 3AZ7A 4MSTA 4OWEA 4XYYA 1DI3A 3CQLA 5IELA 1OUCA 1N4FA 2BQBA 4DD0A 4NEBA 3A95A 1B7MA 1V7TA 5KKIA 1C43A 1UICA 1LZSA 3EMSA 4QY9A 2H9JA 3W6EA 3G3BB 4WLTA 1RE2A 4H8YA 2A7FA 1JHLA 2Z2EA 2YBJA 4KPMA 5M1YA 3K3TA 1YIKA 1LZ1A 2DQIY 4L41A 4TTDA 1GB8A 1YKZX 1D9UA 2BQMA 5F9XA 3VWOA 1ALCA 1D0MA 4GCDA 4UWNA 1T3PA 4WM3A 2YSSC 1GFTA 1LSAA 4LYZA 4NHTA 1GE3A 133LA 2Z38A 4WM5A 5KXWA 1HFYA 2YBNA 1OUDA 3M18B 1EQEA 3A3RX 5LA5A 2YBHA 4BAPA 1IP3A 4XJBA 4H9AA 1HFXA 3A6CY 1MELL 4PRUA 1BWIA 5DM9A 1UACY 4NHQA 2LYOA 1WQQA 1GXV2 3A94A 1DPWA 3ZVQA 4Z41A 3LYZA 3AW7A 2HUBA 5APEA 5DLAA 1OQMA 1VDSA 2HU1A 3N9EA 4N1EI 5KXZA 1B5XA 1JJ3A 1LMPA 1XGTC 3P4ZA 2BQDA 5KY1A 1LMOA 2BAAA 2BQFA 2F4GA 1LZRA 1C7PA 208LA 3A92A 4DD2A 1GB7A 1EQ5A 4NHIA 4LT2A 4UWVA 3A6BY 4B49A 1GB3A 1WQPA 3TMXA 1LZBA 1D6PA 2VB1A 3T6UA 4GCFA 2BQJA 1HF4A 1VDQA 5JENB 1LZNA 1BGIA 2MEAA 4TWSA 2XBSA 1HERA 1IOTA 1VFBC 3LZTA 3ULRA 4WO9A 4H8XA 4ANRA 4H9FA 5KXPA 1IP7A 2DQAA 2D4IA 3WVXA 1RFPA 2BQGA 1EL1A 4PPOA 5HMVA 1IR8A 1LZEA 1TEWA 3W6BA 5LAGA 4B4EA 2AUBA 1IC7Y 5KXKA 1LKSA 1LSGA 4N0JA 4NGKA 4ETBA 5J7CA 1LHJA 1BB5A 1NMMA 5A3ZA 1IC4Y 1GBOA 3AJNA 1CKFA 1CJ6A 3A67Y 4DD3A 1LHKA 4HV1A 2BQLA 2LZ2A 2N5ZA 3WPLA 3ZVQB 2W1MA 1RCMA 3WW5A 5LVJA 3W6CA 1LAAA 2Y8PA 2YVBA 1C46A 1IY3A 3TMUA 4H91A 3ZEKA 4GN5C 5F16A 2DQHY 1D0LA 2XBRA 5K7OA 3T36A 4B0DA 1XEIA 4LYTA 5LXWA 1LZYA 2MEGA 4I0CA 1LMQA 1RJCB 1XFPL 4LFXA 4LFPA 4DWXA 4U3XB 1UIDA 1LSFA 1YQVY 1XGRC 4G4CA 4NHPA 1GBYA 1IP6A 2BQCA 2ZYCA 3AZ5A 1GHLA 4H9HA 4XJIA 1HEMA 5B07A 3BKVA 1IWXA 1QUSA 5APFA 3P65A 4PHIA 5IDDA 4R6CA 1GF3A 2DBTA 1FDLY 3M3UA 1QQYA 4W94A 3A93A 5I53A 3TXGA 4PJ2C 3WULA 1YL1X 1EQ4A 1F10A 1C08C 1GF7A 4OWAA 2HEAA 1GFVA 1I20A 1LZDA 5T3FA 194LA 3W6FA 3WMKA 3AZ4A 5KXYA 1D6QA 1GB6A 3QNGA 3QE8A 1HEOA 5B1GA 1TBYA 4WM6A 3TXJA 1GF4A 4HTQA 1LJ3A 4D9ZA 3F6ZA 5LVKA 1LSDA 2EKSC 1YL0X 1HSXA 3LZ2A 4ZFPA 5I54A 4NSJA 4GCCA 2MEIA 3AW6A 1GAZA 1GWDA 4NG1A 2BQKA 4WLXA 4XJFA 3WW6A 4EMNA 1AKIA 1DXJA 4DD1A 1HSWA 2LYZA 2HEFA 4LT3A 4ET8A 4NGVA 1TAYA 1DKJA 4WOAA 3AYQA 1E8LA 1YROA 2G4NA 2F30A 5HMJA 4IASA 4IJ4A 5KXLA 3SP3A 1F6SA 4BAFA 5L3HA 4WM1A 2ZNWY 2D4KA 4LYOA 1IWWA 1GB9A 4LGKA 4LT0A 4J7VA 4NGZA 1AT6A 3BKHA 1GB2A 4DDBA 1IWZA 4WLYA 1GFJA 2ZNXY 2ZYPA 5HNLA 1QTKA 1GXXA 1REZA 4C3WA 1DZBX 4H90A 1QDRA 4ML7A 4NHSA 4J0LA 1B7NA 1B2KA 3D9AC 4NGOA 1XSFA 3AGHA 1GFEA 1IORA 5E9RA 1B5YA 5C6LA 2LZTA 1GDWA 2F2NA 4YEOA 2BPUA 4G4BA 4RDSA 1UC0A 2I6ZA 4P2EA 1NBZC 3LYTA 3TXDA 1F6RA 1GBZA 4H8ZA 4XJGA 1GFUA 4EOFA 1B9OA 2W1LA 1KIPC 1HMKA 2MEBA 4HJYA 4LZTA 1VDPA 4DC4A 1GF8A 1GBWA 3WU8A 4CJ2A 1PZYA 4H93A 3G3AB 4PRQA 6LYZA 1LZAA 5KJ9A 5LINA 1LZ5A 1QSWA 3EO5A 5KXRA 1DKKA 2Z18A 1CJ8A 1CKCA 1JTTL 1LJKA 3B0KA 2CJLA 4H9IA 5EBHA 5HLLA 1OUIA 3AGGG 2EPEA 1WVVA 3WU7A 1WQMA 5DN4A 1QUTA 1C45A 1JUGA 4WM4A 1KXYA 3A96A 1B7QA 3ATNA 2I25L 1JSEA 1GAYA 3CSRA 1NWGA 2MEDA 1JSFA 3OK0A 1GD6A 4RW1A 1B5WA 4AXTA 5DL9A 3E3DA 1NQIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3N9CA 1BVKC 1CJ7A 1VEDA 4NGWA 1GEVA 4QGZA 1L56A 1L89A 4NGJA 4ARMB 3LHMA 3G3XA 3J4GA 1LYEA 4H9EA 2OTZX 165LA 2ZWBA 3F9LA 5IHGA 4DYGA 3LYMA 120LA 2D91A 7LYZA 1IWYA 123LA 1HHLA 4CGEA 2I26L 5C6JA 4HP0A 3HT7A 4W54A 1B7OA 4XENA 4MR1A 4ETDA 4H9CA 127LA 2RB1X 3HTDA 1C6LA 4EPIA 3WUMA 1VAUA 3ATOA 2BQAA 1C61A 3EBAB 247LA 4EKRA 4YOPA 5I14A 4FJRA 3TXHA 1XEJA 1REMA 1OUAA 1LHHA 3TXFA 1L06A 1PQJA 2BLXA 5C6IA 1P5CA 4GLAA 2A7DA 253LA 1LI2A 4OWHA 1YAPA 3WVYA 1L49A 1KXWA 1CV0A 2OE9X 3D4SA 4IAPA 4LYCA 1G0PA 1W6ZA 2H5ZA 2BQHA 4B4IA 5KXNA 1LPIA 2HEDA 4NGIA 5LYMA 1UIGA 1HFZA 2DQFC 146LA 1GBXA 1P7SA 1L27A 2FBBA 1LW9A 4H9BA 4DAJA 113LA 4XJDA 3LN2A 4N5RA 4B4JA 2HU3A 3GXKA 1C6CA 5KXSA 185LA 231LA 3RUNA 1LSMA 1L09A 2Q9EA 4ETCA 2Z39A 1JKCA 4TUNA 3HBEX 4K5YA 1L02A 1NHBA 4W58A 4EXMA 2Z19A 2HEBA 2DKVA 9LYZA 1LSZA 4Z3MA 144LA 1L67A 1L61A 3FE0A 1L01A 4YXCA 4GN3A 1TLAA 111LA 1IX0A 3MGWA 4NSHA 1IWUA 1OUEA 1HELA 2B5ZA 1KIQC 4I7TA 3FI7A 5I4WA 3GUIA 2Z37A 4OWCA 1KY1A 1JQUA 1IIZA 4NIJA 4GLVA 1CU3A 4I7KA 4W56A 149LA 3L2XA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GB5 A;  1V7S A;  1GFH A;  3N9C A;  4YM8 A;  1BVK C;  2IHL A;  4O34 A;  4DDC A;  1CJ7 A;  4AGA A;  2BLY A;  1VED A;  4NGW A;  1BHZ A;  1GEV A;  4QGZ A;  1LSP A;  4NGJ A;  1BB6 A;  2BQN A;  4TSB A;  3CT1 A;  1B5Z A;  1NHE A;  3LHM A;  4XN6 A;  1JIS A;  3J4G A;  3WXT A;  1WVU A;  2DQC Y;  1CKG A;  1LSE A;  4H9E A;  4PGJ B;  1LMA A;  8LYZ A;  2ZWB A;  2C8O A;  5IHG A;  1LHI A;  4DYG A;  3LYM A;  4WG7 A;  1JPO A;  5APC A;  1JIT A;  2PC2 A;  1F0W A;  1LTM A;  2D91 A;  1LYY A;  2DQG Y;  2YBM A;  5F81 A;  7LYZ A;  1UIF A;  4WLD A;  193L A;  1LZC A;  5FCP A;  1IWY A;  1HHL A;  4CGE A;  1QDT A;  2I26 L;  1I56 A;  5C6J A;  5LIO A;  4HP0 A;  4I8S A;  1BB7 A;  5FHW A;  5B06 A;  4Z46 A;  2HTX A;  4XJH A;  5FEL A;  2Z12 A;  1TCY A;  1B7O A;  4GN4 A;  4XEN A;  4MR1 A;  4ETD A;  4H9C A;  4ETE A;  5B05 A;  2MEH A;  1GFG A;  2DQE Y;  1WTM A;  2ZQ3 A;  5LVH A;  4HPE A;  2MEF A;  2YBL A;  1REX A;  1C10 A;  1ZV5 L;  4NWE A;  3WUM A;  4W96 A;  4RLM A;  1B7R A;  4NG8 A;  3WPK A;  3RZ4 A;  3IWR A;  3WUN A;  1VAU A; 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 1HSW A;  2LYZ A;  2HEF A;  4LT3 A;  4ET8 A;  4NGV A;  1TAY A;  1DKJ A;  4WOA A;  3AYQ A;  1E8L A;  1YRO A;  2G4N A;  2F30 A;  5HMJ A;  4IAS A;  4IJ4 A;  5KXL A;  3SP3 A;  1F6S A;  4BAF A;  5L3H A;  4WM1 A;  2ZNW Y;  2D4K A;  4LYO A;  1IWW A;  1GB9 A;  4LGK A;  4LT0 A;  4J7V A;  4NGZ A;  1AT6 A;  3BKH A;  1GB2 A;  4DDB A;  1IWZ A;  4WLY A;  1GFJ A;  2ZNX Y;  2ZYP A;  5HNL A;  1QTK A;  1GXX A;  1REZ A;  4C3W A;  1DZB X;  4H90 A;  1QDR A;  4ML7 A;  4NHS A;  4J0L A;  1B7N A;  1B2K A;  3D9A C;  4NGO A;  1XSF A;  3AGH A;  1GFE A;  1IOR A;  5E9R A;  1B5Y A;  5C6L A;  2LZT A;  1GDW A;  2F2N A;  4YEO A;  2BPU A;  4G4B A;  4RDS A;  1UC0 A;  2I6Z A;  4P2E A;  1NBZ C;  3LYT A;  3TXD A;  1F6R A;  1GBZ A;  4H8Z A;  4XJG A;  1GFU A;  4EOF A;  1B9O A;  2W1L A;  1KIP C;  1HMK A;  2MEB A;  4HJY A;  4LZT A;  1VDP A;  4DC4 A;  1GF8 A;  1GBW A;  3WU8 A;  4CJ2 A;  1PZY A;  4H93 A;  3G3A B;  4PRQ A;  6LYZ A;  1LZA A;  5KJ9 A;  5LIN A;  1LZ5 A;  1QSW A;  3EO5 A;  5KXR A;  1DKK A;  2Z18 A;  1CJ8 A;  1CKC A;  1JTT L; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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