1G06A

Crystal structure of t4 lysozyme mutant v149s
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRSITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and thermodynamic analysis of the binding of solvent at internal sites in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-10-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1g06A00
144LA 3NY8A 2QB0B 4ARPA 1L20A 237LA 4W59A 1CV5A 112LA 260LA 213LA 1C6JA 3F8VA 158LA 1C63A 2OE7X 1QTDA 1SWYA 1L15A 4PJZA 1L83A 229LA 4IAPA 4I7TA 140LA 1L07A 1LGWA 235LA 1XEPA 3DN6A 3GUJA 4I7QA 247LA 206LA 1C6QA 3HTGA 4W54A 1G0LA 1L48A 1KW7A 1L55A 3VW7A 198LA 1CTWA 111LA 3PDSA 1CUQA 3GUMA 1L74A 2LZMA 157LA 1G0QA 151LA 251LA 1L41A 215LA 231LA 3GUNA 3HUAA 3HUKA 3NYAA 2RH1A 1L90A 1L0KA 1CVKA 119LA 1L49A 1CU3A 1LI6A 3HU9A 1C6PA 1LWGA 1OWYA 1L42A 1L53A 243LA 1QT3A 1C60A 1QUHA 4E97A 1T8FA 4OO9A 1D2WA 1XJUA 2L78A 2RB2X 1LWKA 3L2XA 170LA 4I7OA 1G0MA 1P3NA 2LCBA 1QTHA 1LW9A 1SSYA 125LA 162LA 3GUIA 1L10A 3HU8A 110LA 2O7AA 3HDEA 4I7PA 1D3FA 2O79A 1L85A 3F9LA 1WTHA 122LA 1P5CA 1SWZA 2RB0X 2B72A 3C83A 257LA 195LA 1PQMA 1CX7A 1DYGA 129LA 1CV1A 3V2WA 1KW5A 3CDVA 2NTGA 1P64A 3C8SA 3SB8A 180LA 2OU0X 1L47A 171LA 244LA 1L72A 1EPYA 2RBOA 4ARMA 1C6DA 1L57A 114LA 192LA 1C6GA 2HUMA 165LA 1G0KA 1P2LA 253LA 4W52A 238LA 4W51A 145LA 219LA 137LA 2B70A 259LA 128LA 3SB5A 1L14A 115LA 230LA 4PK0A 130LA 1P6YA 2RBQA 3OE0A 2LC9A 1KNIA 1L21A 1T6HA 3HH5A 1D2YA 4AQNA 1L80A 1OVKA 185LA 1C6FA 2NTHA 214LA 1D3NA 1QT8A 146LA 1PQJA 1C6CA 2F47A 240LA 4EKSA 1L16A 3FADA 3DNAA 1C68A 147LA 3GUOA 226LA 3D4SA 1L35A 1L34A 143LA 2OE4X 4ARJA 3CDRA 1L86A 1JTMA 232LA 4EKPA 189LA 4W55A 177LA 1L04A 1L46A 103LA 1QS5A 3GUKA 3JR6A 262LA 3DN0A 4YXCA 245LA 3C80A 1OV5A 1L45A 1L40A 1DYDA 3RUNA 138LA 2RBSA 3DMVA 196LA 1LPYA 155LA 1L31A 1P36A 249LA 118LA 1C6HA 218LA 1C6NA 3HT8A 217LA 1QUGA 1L68A 2Q9DA 1CUPA 1L50A 201LA 3C7ZA 3HWLA 1L71A 1ZURA 176LA 250LA 1L36A 2ANVA 4EPIA 4DAJA 2OE9X 1SSWA 3SBAA 4LDEA 236LA 1P46A 1L00A 3C8QA 4ARMB 1C61A 1C64A 1L25A 242LA 1DYCA 169LA 1L64A 3SB9A 1L08A 261LA 4I7JA 2OEAX 1KY1A 4ARLA 1G0JA 183LA 1L81A 1L79A 3HT9A 1L43A 216LA 1L84A 1LGXA 1ZWNA 3HH4A 3DN3A 1L67A 1PQDA 3HTDA 246LA 2HUKA 149LA 1C6IA 1PQOA 1L59A 182LA 1L92A 168LA 4EKQA 3DN8A 1G0PA 1QUDA 1L52A 3DKEX 4DKLA 1QSBA 3OE6A 1L0JA 161LA 1C6MA 3UONA 256LA 1D9WA 239LA 3HT6A 1C62A 131LA 3OE8A 1C66A 1LYIA 1SX7A 4I7NA 254LA 1L01A 3QAKA 186LA 4EPFA 241LA 1OVJA 2B73A 1L12A 1P7SA 3EMLA 227LA 3HTFA 4I7RA 3C81A 3HT7A 1C67A 3G3VA 1P56A 1JTNA 172LA 1L44A 2F32A 3FA0A 2F2QA 3SB7A 4GRVA 107LA 1L63A 4EJ4A 173LA 1C6EA 205LA 3V2YA 1QT7A 2B6TA 3C7WA 1CV0A 159LA 1I6SA 1T97A 2B7XA 210LA 4ARQB 4W57A 1G1VA 1LYHA 1L29A 4ZPUA 3HH3A 1L94A 3LZMA 4EXMA 174LA 1L54A 160LA 1L87A 139LA 1L99A 3FI5A 2RB1X 109LA 2OTYX 248LA 1L06A 3DMZA 1DYFA 1LYJA 1D3JA 1T8GA 1C6BA 3RZEA 1CV6A 1PQIA 1JQUA 1LI2A 2A4TA 104LA 1C65A 1NHBA 228LA 1CU2A 1L60A 1P37A 2B6WA 2OU9A 4GBRB 1LYEA 1L73A 2Q9EA 1L28A 4LDOA 1XJTA 1CV4A 222LA 1LYFA 1L70A 3L64A 4S0WA 187LA 4ARQA 220LA 148LE 1L65A 5I14A 1QTBA 2CUUA 178LA 1D3MA 1L76A 2IGCA 6LZMA 252LA 2RAZX 4W53A 113LA 2HULA 1L69A 1CV3A 1QTZA 1OV7A 1L56A 1G1WA 1L77A 1L75A 2RAYX 1L03A 1CU0A 225LA 1L91A 1L05A 2B74A 3NY9A 1L88A 1TLAA 3C8RA 3SBBC 4YX7C 1CU5A 1L02A 2OTZX 1C6AA 3HUQA 181LA 1L27A 1QTCA 1L24A 1LGUA 191LA 127LA 1LI3A 3HTBA 120LA 233LA 1DYBA 1L22A 4EKRA 1L82A 4W58A 4LDLA 1C6KA 141LA 1K28A 1L89A 5LZMA 1G0GA 1QT4A 1L19A 1L62A 3GULA 4YXAC 1C69A 1LYDA 258LA 3CDQA 3HH6A 1LYGA 3CDOA 166LA 1T8AA 3HDFA 2O4WA 190LA 2B75A 184LA 4K5YA 1B6IA 1OYUA 1C6LA 175LA 1L32A 4I7LA 4I7SA 212LA 1CU6A 1L51A 4DJHA 1OWZA 164LA 1ZYTA 3SB6A 150LA 3PBLA 4I7MA 1KY0A 4LZMA 1PQKA 188LA 1L23A 142LA 1LLHA 234LA 152LA 1L26A 1DYEA 1QTVA 2B6XA 2QARC 1L37A 1QT6A 1L13A 1L58A 3DN2A 1L38A 1L98A 3SN6R 7LZMA 108LA 1L61A 1DYAA 3K2RA 3DN4A 221LA 3C82A 163LA 4I7KA 3DN1A 1L96A 4W56A 1OVHA 2B6ZA 3GUPA 1KS3A 3DMXA 1QT5A 123LA 1SX2A 1QUOA 1C6TA 102LA 3ODUA 1L97A 1L95A 1QS9A 1L11A 200LA 2OU8A 3C7YA 211LA 167LA 197LA 223LA 3G3XA 255LA 1L39A 3OE9A 1L09A 2B6YA 1G06A 1L18A 126LA 1L30A 1L17A 2ANXA 156LA 2Z6BA 1L66A 1L93A 2RBNA 1CX6A 2RBRA 3G3WA 209LA 224LA 199LA 1L33A 3CDTA 1P2RA 2RBPA 1G07A 1QSQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3EBAB 1JPOA 1LZ9A 112LA 1AZFA 3WXUA 1CJ7A 1C63A 2BQHA 1LMNA 1SWYA 2BQEA 1REXA 229LA 1IP7A 1I1ZA 4Z98A 247LA 1LJEA 4W54A 1L48A 1KW7A 198LA 111LA 3E3DA 4NY5A 3GUMA 5LVGA 157LA 1MLCE 251LA 4DD7A 3GUNA 3HUAA 3NYAA 2RH1A 1L90A 4PRUA 1L0KA 1L49A 3HU9A 1LI6A 1LMQA 2DQCY 1QT3A 4YM8A 1LZ6A 1E8LA 1T3PA 4A7DA 5DLAA 1XJUA 4HV1A 5KKJA 3WVYA 1LW9A 5LXWA 2EKSC 3WXTA 4LGKA 5F9UA 3HDEA 4DYGA 2O79A 1L85A 3F9LA 3TXKA 1CNSA 257LA 4CJ2A 129LA 1CV1A 2WARA 3CDVA 4II8A 2NTGA 180LA 4PJ2C 1LJ4A 1EPYA 2RBOA 1C6DA 1BB4A 1C6GA 2HUMA 2ZIJA 2DQHY 165LA 3TMXA 4J0LA 4WM5A 253LA 3ULRA 219LA 1JIYA 1UIFA 2RBQA 3OE0A 1L21A 2EIZC 3WPKA 2LYMA 1UIAA 3HH5A 3AGIA 1OVKA 1XGTC 4HPIA 3AZ7A 1D3NA 1LSYA 5HLLA 1JISA 2A7FA 4HTQA 1LMCA 1FLUA 1L35A 1L34A 5T3FA 2MEEA 5LVJA 4ARJA 1JEFA 3CDRA 1L86A 232LA 4PRQA 1GF3A 3WUMA 4WG7A 4TTDA 103LA 1QS5A 262LA 5B59A 1L45A 1HFYA 2ZNXY 2RBSA 3RW8A 196LA 1LPYA 155LA 2XQOA 3ZVQA 1C6HA 3N9AA 4NG1A 1JTPL 4H90A 1C6NA 4B49A 4NIJA 1NQIA 4HTKA 1QUGA 1OUHA 1L68A 1L50A 5APEA 3HWLA 250LA 2H5ZA 1L36A 1GF0A 3WMKA 4DAJA 5E4PA 1BB3A 2OE9X 3SBAA 1D0KA 1P46A 5IELA 1I56A 2NWDX 3IWRA 4XENA 2H9JA 1L25A 3W6AA 4B4JA 153LA 3FE0A 1L64A 261LA 1H6MA 2OEAX 1HEPA 1KY1A 183LA 3HT9A 216LA 2YDGA 1ZWNA 4FDYA 1L67A 1C6IA 4FJRA 4GN3A 4ETCA 2G4QA 1L59A 2BAAA 168LA 4NGIA 4EKQA 1G0PA 1QUDA 3DKEX 4H1PA 3UONA 4DD0A 1WTMA 5B07A 1D9WA 239LA 3AGHA 1HEOA 134LA 5A3EA 3OE8A 1C66A 4I7NA 4DC4A 4IJ4A 3QAKA 1YROA 1GAYA 2LYOA 4EPFA 1OVJA 1LMTA 2DQAA 2D4KA 1B5WA 1GFRA 3HTFA 4I7RA 1XSFA 2DQGY 4ANRA 1C67A 4RW2A 1P56A 172LA 3HBEX 4GCEA 2F2QA 3A91A 3TXIA 4GRVA 173LA 1UIHA 4DQ7A 2LZTA 205LA 1AT5A 159LA 3ATOA 5APCA 1FLQA 3TXGA 4ETAA 1IORA 1FN5A 1NF5A 1JTTL 1QUTA 4W57A 4ZPUA 5LIOA 174LA 1GF7A 1L87A 3FI5A 1LZCA 1LHJA 3DMZA 1DYFA 1T8GA 4QGZA 1DI3A 1INUA 1L60A 2W1LA 2OU9A 2HUBA 1LYEA 1GFJA 1L73A 2HEBA 2Q9EA 1LOZA 1L28A 1CKGA 4LDOA 5LVHA 3QY4A 4XADA 4NGOA 3LN2A 4S0WA 1GE3A 1QTBA 1IY4A 3LYZA 1WTNA 1YAOA 2C8PA 2RAZX 4W96A 1IC7Y 4W53A 113LA 3CSQA 1OV7A 1FBIX 4DT3A 225LA 3SP3A 1TLAA 1B2KA 1CU5A 1XGUC 5M1YA 3HUQA 181LA 1WQNA 1W6ZA 1LI3A 5E9RA 2HU3A 1L22A 1HMLA 1XGQC 4W58A 4CFPA 4I0CA 4IATA 5LZMA 3IJVA 3A34A 1LSDA 1HFXA 258LA 3CDOA 166LA 3A3QA 3AB6A 3CSZA 190LA 1GB7A 1B6IA 1IP3A 4H93A 1REYA 1REMA 1NDGC 4XN6A 1IP6A 3SB6A 1ZYTA 3TXEA 1QUSA 4H8YA 3RU5A 1B9OA 234LA 4NSJA 1QTVA 2QARC 4WG1A 3SN6R 7LZMA 1B5ZA 1DYAA 4WLXA 3AZ5A 2Z37A 4NSGA 163LA 5L9JA 1JJ1A 3DN1A 1IWTA 2ZILA 4W56A 5ILFA 1QT5A 2DQEY 3G3AB 4XJIA 1PS5A 2N5ZA 1GF9A 1IY3A 1L97A 2OU8A 4YEMA 1GB0A 4W94A 4WMGA 3OE9A 4J1AA 2B6YA 3WU8A 1G06A 4H9AA 4GLAA 1LJKA 2XJWA 2Z6BA 1D6QA 208LA 1RI8B 1CX6A 1LHHA 4H9IA 3CDTA 2F30A 1T6VL 1XFPL 4ARPA 237LA 2HU1A 4GCCA 4W59A 1IR7A 1CV5A 1GHLA 4EOFA 2GV0A 2OE7X 1QTDA 1L15A 1WVVA 1C10A 4N1CC 1QSWA 2FYCA 4AXTA 4I7TA 5APDA 1XEPA 1IP4A 206LA 1C6QA 3HTGA 5DN5A 4N8ZA 1G0LA 2CJLA 4DD9A 3VW7A 2G4PA 3EMSA 1EL1A 3PDSA 1CUQA 151LA 1L41A 215LA 1WVUA 5B06A 1C6PA 1OWYA 3TXJA 1L53A 1JKBA 4E97A 3A93A 4NWEA 1JKCA 4H9HA 3WPJA 2LCBA 1GB2A 1L10A 5LINA 2O7AA 1YIKA 4TSCA 3WL2A 1D3FA 4WL6A 1HEMA 122LA 1LTMA 4NGVA 1SWZA 2RB0X 2B72A 1QQYA 5I53A 1PQMA 4J1BA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3EBA B;  1JPO A;  1LZ9 A;  112L A;  1AZF A;  3WXU A;  1CJ7 A;  1C63 A;  2BQH A;  1LMN A;  1SWY A;  2BQE A;  1REX A;  229L A;  1IP7 A;  1I1Z A;  4Z98 A;  247L A;  1LJE A;  4W54 A;  1L48 A;  1KW7 A;  198L A;  111L A;  3E3D A;  4NY5 A;  3GUM A;  5LVG A;  157L A;  1MLC E;  251L A;  4DD7 A;  3GUN A;  3HUA A;  3NYA A;  2RH1 A;  1L90 A;  4PRU A;  1L0K A;  1L49 A;  3HU9 A;  1LI6 A;  1LMQ A;  2DQC Y;  1QT3 A;  4YM8 A;  1LZ6 A;  1E8L A;  1T3P A;  4A7D A;  5DLA A;  1XJU A;  4HV1 A;  5KKJ A;  3WVY A;  1LW9 A;  5LXW A;  2EKS C;  3WXT A;  4LGK A;  5F9U A;  3HDE A;  4DYG A;  2O79 A;  1L85 A;  3F9L A;  3TXK A;  1CNS A;  257L A;  4CJ2 A;  129L A;  1CV1 A;  2WAR A;  3CDV A;  4II8 A;  2NTG A;  180L A;  4PJ2 C;  1LJ4 A;  1EPY A;  2RBO A;  1C6D A;  1BB4 A;  1C6G A;  2HUM A;  2ZIJ A;  2DQH Y;  165L A;  3TMX A;  4J0L A;  4WM5 A;  253L A;  3ULR A;  219L A;  1JIY A;  1UIF A;  2RBQ A;  3OE0 A;  1L21 A;  2EIZ C;  3WPK A;  2LYM A;  1UIA A;  3HH5 A;  3AGI A;  1OVK A;  1XGT C;  4HPI A;  3AZ7 A;  1D3N A;  1LSY A;  5HLL A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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