1G0GA

Crystal structure of t4 lysozyme mutant t152a
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITAFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and thermodynamic analysis of the binding of solvent at internal sites in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-10-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1g0gA00
1L89A 1SSWA 3HH6A 1L33A 3C80A 3HTDA 1C64A 1P64A 3DN3A 2LZMA 2B75A 1WTHA 3HH3A 161LA 3EMLA 2IGCA 3PDSA 3C7YA 1L31A 3SB8A 1L11A 4S0WA 2B6XA 262LA 1L83A 1C6MA 3UONA 188LA 1L64A 209LA 1C66A 4EPIA 1L0KA 7LZMA 3HT6A 112LA 1KY0A 2NTHA 145LA 118LA 226LA 1C6PA 103LA 3K2RA 200LA 2B73A 3OE6A 107LA 4ARMA 189LA 205LA 3G3XA 1G0PA 1L42A 3V2YA 1OWYA 2OU8A 244LA 197LA 246LA 1L54A 2OE9X 1XEPA 1CV0A 1P7SA 3NYAA 1CUPA 1L70A 1L39A 3SB7A 3F9LA 5I14A 4W58A 1C6TA 2RBOA 231LA 158LA 1L88A 3HT9A 2Z6BA 1JTMA 125LA 1L35A 1L43A 1G0GA 1CX6A 166LA 234LA 1C68A 144LA 1L07A 1QT7A 4PK0A 1CUQA 198LA 3DN4A 3GUNA 163LA 157LA 1L44A 212LA 3DN6A 3FA0A 3OE0A 3DN1A 2RBPA 1QT8A 1LWKA 1C6NA 4EPFA 123LA 1PQKA 169LA 1LYEA 174LA 1LYHA 168LA 1L04A 1LYDA 1L34A 1PQIA 3HTGA 4IAPA 4ARPA 1L27A 127LA 2CUUA 1L74A 1PQMA 2LC9A 1D3FA 4K5YA 1PQOA 1QUDA 1C6FA 2A4TA 3HT8A 120LA 2B74A 114LA 1L95A 4EKSA 1DYFA 210LA 1T6HA 1C69A 1JTNA 1L22A 1D2YA 1L24A 3SB6A 4I7PA 131LA 1L16A 2QARC 1L62A 4W52A 1L60A 4W57A 149LA 255LA 1G1WA 1CV5A 1D9WA 4GBRB 1L41A 110LA 139LA 181LA 167LA 238LA 1L17A 1LI6A 1C6KA 1T8GA 3CDRA 242LA 150LA 2RBRA 191LA 4YX7C 148LE 239LA 1L03A 4LZMA 3C82A 1L02A 4DAJA 1L19A 2O7AA 156LA 1CV3A 1L13A 247LA 4I7SA 3C8RA 1DYAA 251LA 1L85A 1NHBA 170LA 1LGUA 3FI5A 2O79A 2L78A 3HUQA 1LYGA 2HULA 176LA 217LA 1ZURA 1L21A 1C6CA 2B72A 1L38A 2RH1A 1DYGA 4I7OA 1G0MA 4W55A 2RB1X 1KNIA 184LA 3CDOA 220LA 1P6YA 253LA 1D3NA 248LA 3RZEA 3SB5A 4I7NA 1CV4A 1I6SA 1XJTA 1L05A 1C65A 2HUKA 233LA 1C6GA 3GUOA 254LA 3C81A 4E97A 1L25A 3DNAA 229LA 6LZMA 256LA 1L91A 1L46A 1QTDA 218LA 147LA 2Q9DA 195LA 1L08A 1SX2A 4EKPA 4W53A 3GUIA 4ARQA 1OWZA 1P2LA 1L80A 224LA 4ARLA 1KW5A 1CU6A 2OE7X 3HUKA 2RBNA 185LA 115LA 1PQJA 1G06A 221LA 3DMVA 1K28A 1JQUA 4OO9A 3L64A 1L18A 1L10A 1T8AA 1QSQA 1QS5A 1P46A 1T8FA 141LA 2RB2X 1L69A 175LA 1L49A 1P37A 3HWLA 3QAKA 1QT4A 4I7LA 240LA 2OU0X 1D3JA 1LGWA 1L84A 216LA 1OYUA 1LYIA 4I7QA 257LA 4LDEA 1SWYA 1SX7A 186LA 1LPYA 3DN0A 3VW7A 1L50A 258LA 3CDQA 172LA 196LA 243LA 1C63A 1CU0A 2Q9EA 3HT7A 2ANVA 1L57A 4ARMB 4I7MA 1L06A 3DMXA 1QTZA 109LA 1LW9A 3FADA 1L0JA 1B6IA 1C6DA 1L30A 1QTHA 4DKLA 225LA 1L72A 2F32A 1C6JA 259LA 3GUJA 1L52A 2F2QA 1L15A 250LA 4I7JA 222LA 1CTWA 1T97A 1C6AA 180LA 3LZMA 4W54A 1L58A 1C6BA 2B70A 3SBAA 1L12A 1L53A 219LA 3C7ZA 2OU9A 4ARJA 1L68A 1L94A 1C60A 1L98A 1L32A 1LWGA 3G3VA 1D3MA 1ZYTA 1LGXA 1L86A 227LA 1L09A 1C61A 2LCBA 1QUOA 1L93A 3D4SA 104LA 1L40A 3CDVA 3SN6R 2B6ZA 199LA 1L75A 1L37A 111LA 130LA 1L56A 1L20A 4PJZA 236LA 3SB9A 1L14A 1CV1A 1L29A 1LI2A 261LA 211LA 3DN8A 2RBSA 3OE9A 1LYFA 1QT3A 137LA 1P5CA 1L51A 128LA 2O4WA 1DYEA 3GUKA 1LI3A 1L81A 1C6IA 164LA 2OTYX 3V2WA 1G1VA 146LA 206LA 138LA 2OEAX 3NY8A 3HDEA 1CU5A 1DYDA 1QT6A 1L99A 235LA 1QUGA 4I7KA 122LA 1C6LA 1L77A 1L23A 2QB0B 3HU8A 2B6TA 1G0JA 3C8QA 3DMZA 1KW7A 2B6YA 2HUMA 1L97A 3PBLA 1L92A 2NTGA 3DN2A 3HH4A 178LA 3HTFA 4AQNA 4EXMA 3OE8A 1QUHA 1G0KA 4LDOA 1D2WA 1L61A 159LA 1QT5A 1L47A 1KY1A 1L45A 213LA 173LA 1C67A 1OV5A 1L71A 192LA 230LA 3GUMA 1L55A 129LA 113LA 1L73A 1C62A 126LA 102LA 1LLHA 3L2XA 152LA 1P56A 4YXCA 1L66A 1L63A 237LA 2B6WA 2RAYX 3C7WA 177LA 1C6QA 1CV6A 1L96A 4I7RA 1OVJA 1P36A 252LA 4EKQA 223LA 1L87A 249LA 2OE4X 155LA 201LA 1SSYA 4EKRA 1G0QA 1KS3A 3F8VA 1CU3A 3ODUA 2RAZX 182LA 1G0LA 1QTBA 143LA 232LA 1QSBA 1EPYA 241LA 1OVHA 4GRVA 1L65A 3HDFA 3HUAA 245LA 2ANXA 1L82A 2RB0X 4DJHA 215LA 1C6HA 1LYJA 1L67A 1L59A 4W51A 228LA 4YXAC 1L79A 151LA 1SWZA 108LA 260LA 2OTZX 1L48A 162LA 1CU2A 1QS9A 4W56A 1DYBA 1P2RA 3RUNA 3G3WA 1DYCA 2RBQA 3GUPA 1ZWNA 119LA 4ARQB 3HH5A 3C8SA 1L76A 187LA 3GULA 183LA 1L36A 4EJ4A 1CX7A 160LA 4LDLA 1L01A 1L28A 214LA 3HTBA 1G07A 1L00A 1P3NA 2F47A 1QTCA 1OVKA 1PQDA 4W59A 4ZPUA 140LA 5LZMA 4I7TA 3SBBC 1OV7A 171LA 1QTVA 142LA 3C83A 190LA 1XJUA 3CDTA 1CVKA 1TLAA 1L90A 2B7XA 3NY9A 1C6EA 165LA 3DKEX 1L26A 3JR6A 3HU9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L89A 1GF0A 1DQJC 2H5ZA 2N5ZA 1LMAA 5E9RA 1LSCA 1SQ2L 3DN3A 3W3EA 1GF7A 1GB3A 2BQNA 1JEFA 1OP9B 208LA 1NMMA 1FLWA 5C6JA 1HNLA 1L11A 1GB0A 1QSAA 209LA 4WLTA 4EPIA 1LSDA 4ETDA 1QUSA 112LA 2NTHA 1CJ9A 145LA 3W6CA 1XGQC 1GFUA 4DD7A 4ARMA 3GXKA 3BKHA 4XADA 4H8ZA 4RDSA 1GDWA 3TMWA 4BS7A 1CUPA 1YIKA 1WVVA 1L39A 4FDYA 1C6TA 3TMXA 1TEWA 4DDCA 4IATA 4NIJA 3W6BA 2DBTA 1IP2A 125LA 1IWXA 1G0GA 4WM2A 4CFPA 234LA 2DQGY 4FJRA 5D5FA 1L07A 1QT7A 5B07A 4GLAA 4NHPA 4P2EA 2MEEA 2BQJA 3DN1A 1QT8A 123LA 1IWWA 1DXJA 1LYEA 1D6PA 3A67Y 1L34A 2WARA 4I0CA 4XJDA 4QY9A 2LC9A 1PQMA 4B4IA 1QUDA 1C6FA 1B7PA 2D6BA 1F0WA 3ZVQA 1L95A 1GEVA 4DQ5A 1LZNA 1T6HA 3B72A 2MEDA 4RW2A 1JTNA 2RSCA 1L22A 1ZV5L 5HNCA 1GPQC 1L16A 4LGKA 4BAPA 1L62A 3CQLA 1L60A 2EKSC 4W57A 4HV2A 3TMUA 4GBRB 139LA 181LA 1LHIA 4H9FA 4YENA 1C6KA 4ZEEA 4HP0A 1LCNA 4IASA 2MEHA 3A93A 1KIQC 4YOPA 4DQJA 4YX7C 1GD6A 239LA 1L03A 1PZYA 2DQIY 2ZIKA 1LSEA 4J0LA 1BWJA 1WQOA 4MCKA 4I7SA 4LYTA 3C8RA 1DYAA 1L85A 1LJIA 3HUQA 217LA 1REXA 1GXXA 2LHMA 1DYGA 1JKDA 4W55A 1UBZA 248LA 3SB5A 1CV4A 1C65A 3TXFA 4WO6A 3W6DA 2ZQ3A 4WOAA 1VDPA 3DNAA 1L91A 2YDGA 195LA 4HJVA 4MR1A 4ARLA 1KW5A 2F4AA 1V7SA 3HUKA 5KXYA 3RZ4A 1OUCA 1IO5A 221LA 3T36A 4OO9A 3L64A 1HEMA 1L18A 1CKDA 5EBHA 1EQEA 1QSQA 4YF2A 1T8FA 1GF6A 5KXMA 141LA 1OUAA 1L49A 3IWRA 4WL7A 3QAKA 1QT4A 5KXZA 4PRQA 2VB1A 4I7LA 1IWYA 132LA 1LHLA 4N8ZA 2HECA 1QDTA 4GCEA 1SWYA 1SX7A 5LAGA 1C45A 5LVGA 5M1YA 4AGAA 3AYQA 2W1XA 2Z19A 3HT7A 1IY4A 6LYZA 1IOTA 3BKVA 1L0JA 1BB7A 2CGIA 1WVUA 2DKVA 1P2CC 3OJPA 1IR9A 1C6JA 4H90A 3CT5A 1NWGA 3B0IA 4NGYA 180LA 1XEKA 3LYZA 1L58A 4TWSA 1FLQA 2B70A 3SBAA 1L12A 1IEEA 2XQOA 1VFBC 1L94A 4NWEA 1L86A 1C61A 5DL9A 4XJHA 1GBYA 104LA 3CDVA 2HEDA 1LYYA 4H8YA 1L37A 1GBWA 2BQAA 1JISA 3TXGA 236LA 1LZ1A 1CV1A 1L29A 1XFPL 3ATNA 1BHZA 1QQYA 3DN8A 5ILCA 3OE9A 4DDAA 2BQDA 1LYFA 4W94A 137LA 1B9OA 1DYEA 1FDLY 1LI3A 3CT0A 1MLCE 5B59A 2XBRA 1LZCA 206LA 3CSQA 1GFEA 2YVBA 4H1PA 235LA 1GB2A 1QUGA 3A3RX 4I7KA 4LZTA 1XEJA 1L23A 3HU8A 1KW7A 2HUMA 4R6CA 1L97A 3PBLA 2BAAA 1L92A 5KXSA 4ET9A 3TXHA 3WPJA 1DI4A 4XYYA 2A7DA 5HMJA 4TUNA 3OE8A 1LYOA 1C08C 4E3UA 159LA 1L47A 1KY1A 1FLUA 4J1BA 4OWHA 4HPIA 173LA 3GUMA 1JJ0A 3L2XA 126LA 102LA 1LLHA 4NHQA 4YXCA 1L66A 1L63A 3EO5A 3N9CA 2RAYX 177LA 4DC4A 4EKQA 2AUBA 1L87A 155LA 1QSWA 1QDRA 1LPIA 4LT1A 1IORA 1QTBA 4D9ZA 1D9UA 1CJ7A 245LA 4G4BA 1GBZA 2BQMA 215LA 1WQPA 1LYJA 5I54A 1JJ3A 2ZQ4A 1EL1A 162LA 134LA 4W56A 1DYBA 1P2RA 3G3WA 1DYCA 4ETEA 5APEA 1LZ5A 3GUPA 1HC0A 4ZFPA 5KXOA 3ULRA 187LA 1QTEA 4H9IA 183LA 1FBIX 4NGKA 4QDNA 3FE0A 4LDLA 214LA 1G07A 1NQIA 1L00A 1P3NA 4ZPUA 4OWCA 4Z98A 4I7TA 1OV7A 1UIBA 1XJUA 1HFZA 1TLAA 1TDYA 1HMKA 5LA8A 4PRUA 1LSGA 4N1CC 4WM5A 1GB9A 3HH6A 4HTQA 1C64A 1EQ5A 2LZMA 2B75A 161LA 2IGCA 2ZYPA 1C43A 4WLDA 1L31A 4GCFA 1BVKC 4S0WA 2B6XA 1L83A 1LSPA 4GN3A 7LZMA 3HT6A 4UWVA 1ZMYL 9LYZA 1GXV2 1OUGA 1B5UA 1G7IC 189LA 1GFTA 3G3XA 1L42A 2MEFA 1T6VL 2ZWBA 197LA 246LA 2BQEA 4WMGA 2OE9X 1CV0A 1P7SA 4NGJA 4WLXA 5KXLA 3A3QA 4HTKA 5I53A 4RLMA 5FCPA 5I14A 4W58A 2RBOA 1LJGA 158LA 1TBYA 4H9CA 1OUDA 1KXXA 3P64A 1DKKA 4ANRA 144LA 1GFRA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L89 A;  1GF0 A;  1DQJ C;  2H5Z A;  2N5Z A;  1LMA A;  5E9R A;  1LSC A;  1SQ2 L;  3DN3 A;  3W3E A;  1GF7 A;  1GB3 A;  2BQN A;  1JEF A;  1OP9 B;  208L A;  1NMM A;  1FLW A;  5C6J A;  1HNL A;  1L11 A;  1GB0 A;  1QSA A;  209L A;  4WLT A;  4EPI A;  1LSD A;  4ETD A;  1QUS A;  112L A;  2NTH A;  1CJ9 A;  145L A;  3W6C A;  1XGQ C;  1GFU A;  4DD7 A;  4ARM A;  3GXK A;  3BKH A;  4XAD A;  4H8Z A;  4RDS A;  1GDW A;  3TMW A;  4BS7 A;  1CUP A;  1YIK A;  1WVV A;  1L39 A;  4FDY A;  1C6T A;  3TMX A;  1TEW A;  4DDC A;  4IAT A;  4NIJ A;  3W6B A;  2DBT A;  1IP2 A;  125L A;  1IWX A;  1G0G A;  4WM2 A;  4CFP A;  234L A;  2DQG Y;  4FJR A;  5D5F A;  1L07 A;  1QT7 A;  5B07 A;  4GLA A;  4NHP A;  4P2E A;  2MEE A;  2BQJ A;  3DN1 A;  1QT8 A;  123L A;  1IWW A;  1DXJ A;  1LYE A;  1D6P A;  3A67 Y;  1L34 A;  2WAR A;  4I0C A;  4XJD A;  4QY9 A;  2LC9 A;  1PQM A;  4B4I A;  1QUD A;  1C6F A;  1B7P A;  2D6B A;  1F0W A;  3ZVQ A;  1L95 A;  1GEV A;  4DQ5 A;  1LZN A;  1T6H A;  3B72 A;  2MED A;  4RW2 A;  1JTN A;  2RSC A;  1L22 A;  1ZV5 L; 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