1G0JA

Crystal structure of t4 lysozyme mutant t152s
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITSFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Structural and thermodynamic analysis of the binding of solvent at internal sites in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
total genus 63
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-10-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1g0jA00
4LDEA 1CV1A 1LYIA 140LA 262LA 4ZPUA 4ARJA 2RB2X 130LA 1QUDA 2ANVA 240LA 1L43A 1DYGA 1D3JA 1PQOA 1DYDA 1QTVA 3L64A 1L89A 3SB8A 1ZWNA 1L46A 1LYFA 4K5YA 1WTHA 1T8AA 145LA 4I7QA 2RAZX 1C60A 1P36A 173LA 1LYHA 4EKRA 2B7XA 1L03A 3DN3A 1QTBA 4PJZA 1LGXA 4OO9A 1QUOA 2RH1A 196LA 243LA 4W58A 2OU0X 3K2RA 1LGUA 229LA 3C8QA 1L31A 1CU2A 2RBSA 3C7WA 4W55A 254LA 1PQIA 1G0PA 1P46A 3C7ZA 1L08A 1L74A 2B6TA 161LA 1L68A 2RBQA 1L38A 4I7TA 123LA 3G3XA 4YX7C 4I7LA 7LZMA 1L32A 2OU8A 1L66A 1QT8A 4I7JA 1L92A 1L24A 159LA 174LA 111LA 1L0KA 1KW5A 1XJTA 1QT6A 176LA 1CV0A 1L47A 165LA 1L09A 3DN2A 1LPYA 3GUKA 4ARPA 1L95A 250LA 4I7PA 1QT3A 3C83A 4I7NA 221LA 251LA 4DJHA 1G06A 1L71A 4IAPA 4DKLA 1L53A 162LA 181LA 1KS3A 178LA 211LA 2OE9X 2Q9EA 3DMVA 1L99A 2B6ZA 2O79A 1L62A 4ARQB 184LA 3GUPA 1LI3A 4LDOA 3HT7A 1L86A 1L98A 1G0MA 260LA 3HTDA 171LA 1C6MA 3SB9A 1L13A 3SBBC 188LA 3OE0A 2LCBA 189LA 1L70A 1C69A 1G07A 1L18A 1KNIA 3GUOA 4W53A 1LYJA 3GUIA 195LA 3VW7A 1L37A 3DN8A 3HUQA 158LA 227LA 1PQMA 155LA 1CU3A 235LA 2OTZX 1OVJA 1CU0A 1C6FA 3DN4A 103LA 3C8RA 1C6DA 237LA 199LA 1P6YA 3V2YA 1C63A 3RZEA 180LA 1L87A 3DN0A 1LI2A 3F9LA 3SB5A 115LA 1L94A 3HUAA 1LGWA 1CV4A 1K28A 4W56A 1L67A 1L55A 1L96A 3EMLA 4I7RA 1QT4A 1C62A 163LA 2HUKA 1QUHA 1DYCA 4DAJA 170LA 1XEPA 4E97A 1QS9A 156LA 1QTCA 172LA 4W54A 4W57A 197LA 1C66A 2CUUA 187LA 3GULA 1C6TA 1L14A 1P64A 1SSYA 125LA 1DYAA 1L06A 1D2YA 1L72A 2NTGA 1C68A 258LA 1DYFA 1PQDA 141LA 1KY0A 138LA 2RBRA 241LA 1L58A 112LA 1PQKA 2O7AA 3HH6A 198LA 148LE 104LA 1KY1A 1D3MA 1D3NA 1L82A 1OVKA 1L21A 4YXCA 3DN1A 249LA 1LWGA 217LA 3DKEX 2B6XA 114LA 2B73A 1CU5A 108LA 224LA 1P3NA 3HH3A 4I7OA 247LA 2HULA 255LA 234LA 4I7SA 239LA 1OV5A 122LA 2LZMA 2OU9A 4EKPA 3L2XA 1L27A 3D4SA 3DMZA 3HT8A 2O4WA 2RB1X 1C61A 1L59A 4W52A 1C6BA 1L44A 3SN6R 2NTHA 1L15A 3HT9A 1L07A 152LA 236LA 4PK0A 1L20A 1L23A 3HTFA 1T8FA 4ARMA 3FADA 257LA 191LA 230LA 4GRVA 1C6HA 3C8SA 1L75A 157LA 4EKQA 216LA 1L57A 1SX2A 1L49A 1XJUA 1L36A 4I7MA 1C6IA 1L10A 167LA 1L76A 200LA 1CTWA 1EPYA 1QT7A 3SBAA 1QTHA 1L02A 1B6IA 3GUJA 164LA 1L73A 1SWYA 2HUMA 223LA 1CUQA 2RB0X 3HDEA 252LA 205LA 1L22A 2B74A 1L90A 2F32A 2F2QA 1L97A 1OWYA 3C7YA 147LA 1CX6A 4EJ4A 160LA 1JTMA 1L60A 1P7SA 226LA 2RBOA 1CVKA 6LZMA 219LA 3SB7A 1DYBA 175LA 118LA 1L50A 3QAKA 206LA 192LA 1C6QA 2ANXA 1C64A 2B6YA 2B72A 1C6NA 2F47A 3OE6A 129LA 3HH4A 1L79A 3UONA 3CDVA 1G1WA 3HU9A 1QS5A 3DNAA 246LA 214LA 253LA 2LC9A 1L84A 261LA 1C6CA 3FA0A 169LA 119LA 4LDLA 2Z6BA 1CV3A 3OE9A 256LA 1L26A 1L88A 1L63A 1CUPA 1C65A 166LA 1QTDA 1G0QA 110LA 1QT5A 1L17A 2QB0B 3HTBA 3SB6A 4GBRB 1C6EA 2RBNA 139LA 2OEAX 228LA 1NHBA 102LA 1L42A 1L65A 1QSQA 2B75A 1SSWA 3HWLA 4ARMB 1QUGA 190LA 137LA 1C6GA 2RBPA 142LA 1L52A 1P5CA 3GUMA 1L04A 3NY8A 3RUNA 3HU8A 4W51A 1L85A 242LA 1G1VA 1C6AA 225LA 1LYDA 1LYEA 1JQUA 3C82A 151LA 4W59A 1L25A 1CV6A 248LA 3CDRA 168LA 1P56A 1TLAA 1L33A 1L80A 3NYAA 1L91A 4YXAC 128LA 1G0KA 1L45A 244LA 1L64A 3HTGA 1SX7A 1LLHA 3DMXA 1QTZA 3G3VA 144LA 182LA 1L83A 4EKSA 213LA 1L40A 3HUKA 1L19A 4EXMA 149LA 4I7KA 1ZURA 1KW7A 1ZYTA 185LA 1QSBA 1P2RA 120LA 1L16A 1CV5A 1L05A 2OTYX 1G0GA 1L81A 1C67A 3CDQA 150LA 3LZMA 1L28A 2OE7X 2QARC 1I6SA 3ODUA 1T8GA 209LA 1CU6A 233LA 232LA 1T6HA 3V2WA 201LA 4AQNA 1OYUA 1L69A 3PDSA 3PBLA 1D2WA 5LZMA 1JTNA 1L51A 3CDOA 1L93A 222LA 3CDTA 146LA 1LI6A 1LYGA 2RAYX 1L77A 2Q9DA 1L29A 2IGCA 3OE8A 3G3WA 4S0WA 2A4TA 1T97A 1C6PA 1L54A 1SWZA 177LA 127LA 1P37A 3JR6A 1L11A 3NY9A 3FI5A 3HT6A 3GUNA 220LA 210LA 143LA 3HDFA 1CX7A 3C81A 1P2LA 231LA 1L30A 1L35A 1PQJA 1D3FA 259LA 1L61A 1D9WA 107LA 1G0LA 1C6JA 3C80A 2B70A 4EPFA 183LA 4EPIA 1L0JA 1LWKA 1C6LA 2OE4X 2L78A 1G0JA 186LA 1OV7A 215LA 1L00A 5I14A 1L56A 3HH5A 4LZMA 1OVHA 113LA 3F8VA 1C6KA 1OWZA 238LA 131LA 4ARLA 4ARQA 1DYEA 3DN6A 1LW9A 1L39A 126LA 1L48A 245LA 2B6WA 1L34A 109LA 1L12A 212LA 1L01A 218LA 1L41A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LPIA 3CT1A 1LYIA 153LA 140LA 4ZPUA 1IWTA 1JITA 1JTOL 1QUDA 3WW5A 1YAMA 2ANVA 3QE8A 1QTVA 1L89A 1L46A 1WTHA 5LIOA 145LA 4I7QA 1REXA 5LVHA 1P36A 173LA 5IDDA 4OO9A 1DKKA 1XGTC 2MEIA 229LA 3C8QA 2BQFA 2RBSA 3W6CA 4W55A 2BAAA 254LA 1FLWA 3A3QA 1LTMA 2LYOA 1UICA 1L68A 4H9CA 4XYYA 2N5ZA 4I7LA 1VDPA 2OU8A 1L66A 4NHSA 1FLQA 1OUDA 1QT6A 1LSBA 1CV0A 1LZAA 3GUKA 250LA 1IY3A 251LA 4G49A 4DKLA 1L53A 1KS3A 1KIPC 1QSAA 178LA 4WL7A 4J0LA 4ARQB 2LYMA 1ZV5L 1L86A 260LA 2BQKA 4G4HA 4HV1A 2BQEA 1GE3A 4WM4A 1C69A 1L18A 3GUOA 1AT5A 1IWXA 1WTNA 3HUQA 1OP9B 227LA 1PQMA 3LHMA 4LYCA 3VWOA 235LA 4W94A 1LMTA 1LSMA 1CU0A 1GF7A 1J1OY 1B5XA 1JJ3A 5KXWA 1WQRA 1GBOA 1P6YA 3TXBA 3V2YA 5LVJA 1C63A 3RZEA 180LA 1LOZA 1JTTL 4LT2A 1DI5A 5D5FA 3A6CY 1CV4A 1G7HC 1YQVY 1GB8A 1YANA 4I7RA 4DD9A 3B0IA 2HTXA 1GF3A 1MLCE 1GAYA 5I4YA 5HLLA 1DYCA 1HEOA 4DAJA 1XEPA 1OUFA 4W57A 1HSXA 2W1MA 2BQHA 1GB9A 5F81A 1C6TA 1P64A 2YSSC 1DYAA 5APFA 4TSBA 2DQDY 4LYBA 4XJIA 1PQDA 2EPEA 4BS7A 1LZDA 2RBRA 4QDNA 1BWHA 1PQKA 2O7AA 3WH1A 3A8ZA 3HH6A 5B1GA 2XBSA 1BB4A 1L21A 4NSJA 4N1CC 5C6JA 3LYZA 217LA 2B6XA 1IP5A 2FBDA 3HH3A 4H92A 4HTKA 2G4NA 4TUNA 1BVXA 1C45A 1TEWA 4I7OA 4LFPA 4NGLA 255LA 4NFVA 4D9ZA 234LA 1YROA 3B6LA 3RNXA 4ET9A 1T6VL 122LA 3AZ5A 4EKPA 3L2XA 1FLYA 1HFZA 4M4OA 2O4WA 3AZ6A 4YF2A 2RB1X 1VDSA 3W3EA 1L44A 4GCBA 3TMUA 1QDTA 3W6BA 1ALCA 4YOPA 1OUHA 3CQLA 3AZ4A 2DQHY 1D0KA 4ARMA 1LSPA 230LA 1IIZA 4GRVA 3C8SA 3T6UA 4RW2A 4DD3A 2Z12A 1LYOA 1IEEA 1L10A 1OQMA 167LA 1GFTA 1CTWA 1EPYA 3SBAA 1QTHA 1L02A 1L73A 1SWYA 1V7TA 1IO5A 1PS5A 4XJBA 2MEBA 1F10A 3WPKA 1L90A 1AT6A 1GF8A 2W1XA 1ZMYL 1GE1A 1L60A 2RBOA 1SQ2L 175LA 1LMCA 3KAMA 2F4GA 3QAKA 2D4JA 5KXRA 1C6QA 4MR1A 1IP7A 3AJNA 3WUAA 1BB7A 2C8PA 3OE6A 4DT3A 1L79A 3UONA 1HERA 4AGAA 3P65A 1FKQA 1IY4A 2LZTA 4DD1A 1DPXA 1T3PA 1C6CA 119LA 3RT5X 2Z6BA 3WVXA 1CUPA 1BHZA 166LA 1QTDA 110LA 1QT5A 5F16A 1LYZA 2MEGA 1CNSA 4II8A 4TTDA 5I4XA 2RBNA 4H91A 228LA 1QSQA 2B75A 1TBYA 1C6GA 2RBPA 5KY1A 142LA 3QNGA 3HU8A 242LA 1G1VA 1GB0A 2BQBA 1LYDA 1LYEA 4W59A 5KXOA 3CDRA 3TXKA 1P56A 1IOTA 1L33A 3M3UA 2BLYA 3NYAA 1L91A 2YBNA 1JUGA 1BVKC 1XGUC 1WTMA 1CKHA 3K3TA 1HMLA 1LLHA 4B0DA 1TDYA 4OW1A 1JISA 4Z41A 1INUA 1LJ4A 1F0WA 1LHJA 1GXXA 149LA 4I7KA 1ZURA 1KW7A 3B0OA 4IASA 3WL2A 1CV5A 1L05A 150LA 2OE7X 2QARC 3AGHA 1B9OA 1T8GA 3OK0A 4DQ7A 233LA 4NHIA 1LJEA 3LYMA 4ET8A 232LA 4MSTA 1D6QA 3V2WA 201LA 1WQPA 1L69A 3PBLA 1NHEA 4CJ2A 3TMWA 4DDCA 3GXRA 1LYGA 1UIBA 7LYZA 1OUEA 1H6MA 1L54A 1QUTA 1P37A 1IR7A 3P64A 3HT6A 1LSEA 1LSYA 1BWJA 2C8OA 3AGGG 4HV2A 1D3FA 2Y8PA 3HBDA 3GXKA 3EO5A 5LXWA 1LHKA 4PJ2C 5DN5A 4OWCA 2F2NA 5FDJA 3M18B 1LWKA 186LA 4NGJA 1L00A 5LA8A 3P66A 1OVHA 238LA 4ARLA 4ARQA 245LA 2ZIKA 1IP6A 1L01A 1WVUA 1LHMA 2W1YA 4LYMA 1CV1A 1XGQC 2RB2X 2ZWBA 1UA6Y 1DYGA 1LMPA 4FJRA 1D3JA 1GF9A 4BAFA 1NQIA 3SB8A 1ZWNA 1LYFA 4K5YA 2RAZX 1LHIA 4EKRA 2B7XA 1L03A 1QTBA 1LGXA 2RH1A 196LA 1LZTA 5FSTA 1JIYA 4R6CA 1JWRA 1JKDA 3E3DA 4NGYA 1LGUA 1L31A 1B5ZA 4LGKA 3C7WA 1PQIA 4XJHA 1QTEA 1BGIA 1P46A 1NWGA 2B6TA 1E8LA 2RBQA 1HSWA 4H94A 2A7FA 2HEFA 1IOCA 3A92A 1IWVA 2MEEA 1LSFA 1CKDA 1NDGC 4H9FA 1L92A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LPI A;  3CT1 A;  1LYI A;  153L A;  140L A;  4ZPU A;  1IWT A;  1JIT A;  1JTO L;  1QUD A;  3WW5 A;  1YAM A;  2ANV A;  3QE8 A;  1QTV A;  1L89 A;  1L46 A;  1WTH A;  5LIO A;  145L A;  4I7Q A;  1REX A;  5LVH A;  1P36 A;  173L A;  5IDD A;  4OO9 A;  1DKK A;  1XGT C;  2MEI A;  229L A;  3C8Q A;  2BQF A;  2RBS A;  3W6C A;  4W55 A;  2BAA A;  254L A;  1FLW A;  3A3Q A;  1LTM A;  2LYO A;  1UIC A;  1L68 A;  4H9C A;  4XYY A;  2N5Z A;  4I7L A;  1VDP A;  2OU8 A;  1L66 A;  4NHS A;  1FLQ A;  1OUD A;  1QT6 A;  1LSB A;  1CV0 A;  1LZA A;  3GUK A;  250L A;  1IY3 A;  251L A;  4G49 A;  4DKL A;  1L53 A;  1KS3 A;  1KIP C;  1QSA A;  178L A;  4WL7 A;  4J0L A;  4ARQ B;  2LYM A;  1ZV5 L;  1L86 A;  260L A;  2BQK A;  4G4H A;  4HV1 A;  2BQE A;  1GE3 A;  4WM4 A;  1C69 A;  1L18 A;  3GUO A;  1AT5 A;  1IWX A;  1WTN A;  3HUQ A;  1OP9 B;  227L A;  1PQM A;  3LHM A;  4LYC A;  3VWO A;  235L A;  4W94 A;  1LMT A;  1LSM A;  1CU0 A;  1GF7 A;  1J1O Y;  1B5X A;  1JJ3 A;  5KXW A;  1WQR A;  1GBO A;  1P6Y A;  3TXB A;  3V2Y A;  5LVJ A;  1C63 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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