1G0JA

Crystal structure of t4 lysozyme mutant t152s
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITSFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and thermodynamic analysis of the binding of solvent at internal sites in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 63
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-10-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1g0jA00
5I14A 1L29A 1CX6A 2RBQA 161LA 1QTDA 166LA 3DNAA 2OE7X 3ODUA 1L30A 1QT7A 2B6YA 3HDEA 223LA 1CU5A 1CTWA 196LA 1XEPA 158LA 3NY8A 181LA 236LA 1L93A 151LA 2B70A 4EKPA 1L58A 1L42A 1OVHA 1WTHA 240LA 111LA 190LA 3HWLA 3HT9A 1L10A 145LA 1LGXA 1L77A 1L32A 1QSQA 1XJTA 219LA 1C67A 3DMZA 2OU8A 1SSWA 3C8SA 1G1VA 3HTBA 1P5CA 3OE6A 3C7YA 4YXAC 1L49A 4W56A 4EXMA 1C64A 1L71A 2HUKA 164LA 2NTGA 1L64A 1C62A 1L76A 1L07A 1JQUA 178LA 118LA 209LA 1LYJA 1L86A 1L33A 1CV4A 115LA 1OYUA 150LA 1L21A 1D3NA 4W53A 3PBLA 1P2RA 1G1WA 211LA 215LA 1K28A 3HDFA 1L26A 1L98A 192LA 3NY9A 3HU9A 1G0GA 241LA 2F2QA 1L91A 3CDQA 212LA 230LA 156LA 2ANXA 160LA 1G0QA 114LA 1L68A 250LA 3L2XA 2QARC 200LA 1CVKA 1OV5A 3SB6A 1C6IA 1L62A 256LA 4EKSA 3V2YA 7LZMA 1C6BA 1G0PA 1PQOA 1C66A 4DKLA 1CV3A 1QUHA 1CV0A 4I7LA 4W54A 1L05A 3HUKA 1JTNA 1L74A 3C7ZA 1C6HA 1C6MA 3G3WA 152LA 1ZURA 4LDEA 1KY1A 1L85A 1ZYTA 1CU0A 1QT6A 3HTFA 3HT6A 126LA 163LA 175LA 2HUMA 1DYFA 1L70A 1C6AA 1T8AA 3VW7A 1PQMA 4I7NA 185LA 3JR6A 1QT4A 3DN0A 1L35A 143LA 128LA 3DN2A 3OE0A 1L61A 3DN6A 3PDSA 1L39A 4W51A 1CU2A 3HTDA 1C6FA 1C6KA 2RH1A 3GUKA 159LA 1LYGA 226LA 1L83A 247LA 4EPFA 1OWYA 137LA 2HULA 1KY0A 1L02A 1QT8A 1L44A 2O79A 261LA 258LA 188LA 2B72A 173LA 3HH4A 2B75A 141LA 206LA 1P2LA 2Q9DA 1CUPA 2O7AA 2B7XA 3HT8A 2RBPA 155LA 1L84A 217LA 104LA 1KS3A 2OE4X 1QTZA 1L37A 4I7KA 176LA 3HH5A 5LZMA 227LA 1SSYA 1C61A 3FI5A 4DJHA 251LA 2QB0B 1QUGA 1L27A 1L87A 2LC9A 3CDTA 1L75A 169LA 2ANVA 2RBOA 4ARJA 233LA 1L0KA 1C6CA 1C6LA 225LA 168LA 1QTBA 205LA 3CDRA 4YX7C 1L96A 3GUNA 167LA 1CV6A 107LA 1D3JA 1L16A 216LA 187LA 1D3FA 2RB0X 3G3VA 1KW5A 3FADA 210LA 1CU6A 110LA 1L45A 1L82A 1TLAA 147LA 3GUIA 125LA 139LA 1L25A 2B74A 142LA 1L01A 1L36A 3SB7A 1L14A 4W57A 237LA 1C65A 2Q9EA 131LA 3HH6A 1DYAA 3CDOA 4GRVA 213LA 2B6TA 1L20A 1LYFA 3K2RA 149LA 1L48A 4ARLA 224LA 4I7JA 252LA 138LA 1L17A 130LA 3V2WA 2RBSA 1DYEA 1L28A 3HUQA 3GUJA 4W59A 257LA 3G3XA 1LLHA 1PQKA 4E97A 3DN1A 1L31A 2OTZX 234LA 1OWZA 1LYEA 2F32A 3HTGA 1L66A 1L11A 3OE9A 1QUOA 2F47A 122LA 3F9LA 1C6QA 4I7PA 3F8VA 1L53A 2L78A 3L64A 1L88A 1L54A 1C69A 2RAZX 1L34A 172LA 1KNIA 253LA 235LA 3C8QA 1L51A 3DN4A 4ARQA 1L04A 3SBBC 3SB5A 108LA 1CV1A 1G0LA 2B6WA 3NYAA 191LA 222LA 1L79A 183LA 1C6JA 1CUQA 112LA 3HT7A 1LWKA 1P7SA 2OE9X 3C81A 2RB1X 4I7QA 1L73A 1P6YA 3FA0A 1T6HA 4PK0A 1G07A 4EJ4A 1T8GA 249LA 1C6GA 1B6IA 1L52A 220LA 189LA 4IAPA 1SX2A 3DKEX 214LA 1P37A 1C6DA 245LA 1SWYA 1L12A 231LA 1OVKA 260LA 1CU3A 1L41A 1L40A 1L00A 1LWGA 3C80A 1L15A 177LA 127LA 3RZEA 3LZMA 1L55A 4K5YA 3QAKA 1L50A 1CV5A 171LA 4PJZA 1C63A 4S0WA 243LA 3RUNA 232LA 1G0KA 3HU8A 3CDVA 1L81A 1L59A 1L89A 3GUPA 4I7SA 197LA 2B73A 3C7WA 6LZMA 1QSBA 3GUOA 255LA 2CUUA 218LA 3SB9A 4EPIA 1D2WA 1D3MA 162LA 1LYDA 1SX7A 1L80A 1L03A 4I7RA 3DN8A 1L38A 246LA 3OE8A 1C6EA 1NHBA 4DAJA 1QS9A 1QT3A 119LA 1L24A 1L09A 113LA 1L65A 1PQJA 4ARMA 3GULA 1QUDA 198LA 1DYGA 1C68A 180LA 3UONA 1KW7A 1L60A 1L97A 244LA 157LA 221LA 228LA 3C82A 4I7MA 1L69A 2RAYX 1SWZA 1P46A 1P36A 1QS5A 4AQNA 4ARQB 1LGUA 1LGWA 1P3NA 170LA 4YXCA 3DMXA 2B6ZA 1C6PA 1QT5A 120LA 199LA 1QTHA 182LA 3C8RA 1C60A 4LDOA 2LZMA 1L57A 1L18A 1QTVA 1LYHA 1D9WA 1I6SA 2OTYX 1L22A 1DYDA 3HUAA 3EMLA 3SN6R 238LA 1G0MA 1L99A 2Z6BA 1L95A 129LA 1L46A 1DYBA 1P56A 148LE 4EKRA 3DMVA 1LW9A 3HH3A 4I7TA 3C83A 1G06A 2RBRA 1L56A 144LA 1L92A 2B6XA 2O4WA 3D4SA 4I7OA 254LA 1JTMA 1P64A 4W55A 2OU9A 123LA 1L23A 4ZPUA 102LA 1OV7A 1T97A 262LA 248LA 1L13A 4EKQA 1PQIA 1L08A 3GUMA 4W58A 1L72A 1LYIA 1EPYA 2OEAX 201LA 2NTHA 1PQDA 2OU0X 1C6TA 229LA 1L90A 1XJUA 239LA 259LA 4W52A 242LA 1D2YA 1L47A 3DN3A 1T8FA 1L19A 1QTCA 4LDLA 3SB8A 1OVJA 4GBRB 1L43A 2RB2X 1CX7A 2LCBA 1L0JA 4ARMB 2RBNA 174LA 184LA 146LA 165LA 1L06A 1LI2A 4LZMA 2A4TA 1LI6A 1G0JA 1DYCA 186LA 4ARPA 1LPYA 103LA 1C6NA 109LA 1ZWNA 195LA 1L67A 4OO9A 1L63A 140LA 3SBAA 1LI3A 2IGCA 1L94A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L29A 4W96A 4J1AA 6LYZA 1YL0X 2BQOA 4PJ2C 223LA 2XBRA 196LA 236LA 1L93A 2Z37A 151LA 4HJYA 4N9RA 1WTHA 1OVHA 4QGZA 1JWRA 3HWLA 1CKCA 3CSZA 1L32A 1QSQA 1IVMA 1XJTA 3WPJA 2PC2A 3DMZA 1LCNA 4LT0A 3C8SA 1GE2A 4BAFA 2D91A 1TAYA 4LYTA 1LSPA 1BB3A 4EXMA 1IWZA 1LSCA 1GE0A 3OJPA 5IDDA 5F9XA 1W6ZA 2BQCA 5I54A 1FDLY 2D4JA 1H6MA 1G7JC 1LYJA 1WQMA 3TMXA 2EKSC 3FI7A 115LA 4W53A 150LA 1D3NA 1LZAA 4BS7A 1LHHA 5ILFA 1G1WA 1REMA 1LZRA 1LJJA 3HDFA 5ILCA 3W6EA 1L98A 1JKDA 4ET8A 1L91A 1FBIX 1L68A 114LA 3L2XA 2LYOA 2QARC 200LA 4LYOA 1OV5A 1I56A 4RLMA 1L62A 1YKXX 256LA 2YVBA 1YKZX 4NSGA 154LA 1CV3A 1QUHA 1LHMA 1CV0A 4W54A 1GWDA 1JTNA 1GF7A 1ZURA 1KY1A 5KXOA 1VDQA 1ZYTA 4M6DA 4G49A 1GB8A 1LJGA 2WARA 3HTFA 3TXEA 1JJ0A 1ALCA 175LA 1WQPA 2HUMA 4DT3A 1LZSA 4G4BA 1QSWA 3AZ5A 3VW7A 1QQYA 4I7NA 4IJ4A 185LA 3WPLA 2H9JA 4YEOA 1WTMA 3PDSA 3DN6A 4WM5A 1HMLA 226LA 247LA 3M18B 1LOZA 1KY0A 3HFMY 5B59A 1B5YA 3TXDA 1PS5A 4CFOA 4DD3A 1CUPA 2RBPA 3IJUA 4WO9A 155LA 1L84A 4AGAA 217LA 2OE4X 4I7KA 3HH5A 1OUIA 4J0LA 1BVXA 3AYQA 5LVKA 1L87A 1JTPL 4ARJA 1GFTA 4ZIXA 3A96A 3IJVA 3WXUA 2BQIA 1IP2A 1L96A 4YEMA 1L16A 3FADA 1L45A 1LJNA 1LZDA 1XGTC 4NY5A 5LYZA 1L25A 1VDTA 4NEBA 1GD6A 1L36A 237LA 1VDPA 4GRVA 5B1GA 4WL7A 4ARLA 4NGJA 1CKFA 3W6BA 130LA 1HF4A 8LYZA 4J7VA 2RBSA 5F9UA 1GF5A 3WVXA 1GF6A 1LSYA 257LA 3ULRA 1GBSA 3G3XA 1LLHA 3DN1A 3TXJA 7LYZA 2F32A 3K3TA 3HTGA 1L66A 5KXSA 1QUOA 4OWBA 4DDAA 5I4YA 4NHQA 4L41A 1C08C 2Q0MX 172LA 1KNIA 4H9FA 2DQAA 1L51A 5KXNA 1LTMA 1YKYX 4ARQA 4B1AA 3RZ4A 3AGIA 3SB5A 108LA 1YAMA 2B6WA 3MGWA 191LA 3BKVA 1CUQA 3C81A 4N1CC 1T6HA 1D6PA 2A7FA 4EJ4A 1AZFA 1C6GA 1B5XA 2MEGA 1P37A 245LA 1SWYA 1L12A 1OVKA 1T3PA 1IR7A 1L00A 2C8PA 4WM4A 4H8ZA 4H9AA 1IY4A 127LA 2X0AA 3ATNA 3LZMA 4XJHA 1IC4Y 1LAAA 1CV5A 1QTKA 1C63A 243LA 4GN5C 3HU8A 1JIYA 1IWVA 4G4CA 3C7WA 5LVJA 6LZMA 1QSBA 4NHIA 3GUOA 1D2WA 1LYDA 207LA 1VATA 4AXTA 4ETEA 9LYZA 4WLTA 4Z41A 1C6EA 1NHBA 4DAJA 2GV0A 1IOTA 1L24A 1LZ8A 4FDYA 113LA 1B9OA 1GXXA 5HMVA 4ARMA 1QUDA 1DYGA 4CFPA 180LA 4CGEA 2LYZA 1RJCB 4ANRA 5I4WA 228LA 3C82A 2W1LA 5APEA 2RAYX 1SWZA 1QS5A 1LGWA 2B6ZA 4NG8A 1C6PA 1QTHA 2MEAA 1WVVA 2FBBA 1C60A 2EQLA 3C8RA 4E3UA 1REXA 4NSJA 2LZMA 4PRQA 1B5VA 3SP3A 1D9WA 1GE4A 1HFXA 238LA 2F2NA 1G0MA 1L46A 1DYBA 1P56A 1EQ4A 5KXLA 3LZTA 2XQOA 3HH3A 4WG7A 1LYZA 1L92A 144LA 1DZBX 5LXWA 4XJGA 2B6XA 1HEQA 3CQLA 4BAPA 254LA 3T36A 1P64A 2OU9A 123LA 4ZPUA 1DQJC 1OV7A 2YBMA 1PQIA 132LA 1L08A 1XEJA 1L72A 4TSBA 1EPYA 2OEAX 201LA 2NTHA 2OU0X 1P2CC 2ZIJA 1G7HC 3E3DA 1HEOA 1LSMA 4LDLA 1CX7A 2LCBA 2XTHA 1LI2A 1QDTA 4LZMA 4GCFA 4R6CA 3HBEX 4D9ZA 2ZWBA 3ZVQB 4ARPA 186LA 103LA 1C6NA 109LA 3W6FA 1G7LC 140LA 1GF4A 3LYTA 2W1MA 2I6ZA 1LI3A 1KS3A 2IGCA 1JJ1A 1GBOA 1CX6A 2RBQA 1B5ZA 161LA 4WL6A 166LA 3DNAA 3ODUA 3OK0A 2B6YA 1CU5A 181LA 2B70A 1TDYA 1XFPL 1L58A 1L42A 240LA 1UICA 111LA 1LHIA 1FKQA 1OUJA 4H1PA 145LA 2DQJY 3P65A 3TXIA 2MEDA 2OU8A 4GCBA 1GB6A 3A95A 1P5CA 5T3FA 4W56A 4NG1A 6LYTA 1LSGA 2HUKA 135LA 1GAZA 2IHLA 2BQNA 2D4IA 1L76A 1L07A 1UIHA 1IWXA 4QY9A 1BWJA 1L33A 4UWUA 3FE0A 4XENA 1K28A 5KXYA 1IR8A 4NHTA 2EPEA 241LA 4WM6A 2F2QA 212LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L29 A;  4W96 A;  4J1A A;  6LYZ A;  1YL0 X;  2BQO A;  4PJ2 C;  223L A;  2XBR A;  196L A;  236L A;  1L93 A;  2Z37 A;  151L A;  4HJY A;  4N9R A;  1WTH A;  1OVH A;  4QGZ A;  1JWR A;  3HWL A;  1CKC A;  3CSZ A;  1L32 A;  1QSQ A;  1IVM A;  1XJT A;  3WPJ A;  2PC2 A;  3DMZ A;  1LCN A;  4LT0 A;  3C8S A;  1GE2 A;  4BAF A;  2D91 A;  1TAY A;  4LYT A;  1LSP A;  1BB3 A;  4EXM A;  1IWZ A;  1LSC A;  1GE0 A;  3OJP A;  5IDD A;  5F9X A;  1W6Z A;  2BQC A;  5I54 A;  1FDL Y;  2D4J A;  1H6M A;  1G7J C;  1LYJ A;  1WQM A;  3TMX A;  2EKS C;  3FI7 A;  115L A;  4W53 A;  150L A;  1D3N A;  1LZA A;  4BS7 A;  1LHH A;  5ILF A;  1G1W A;  1REM A;  1LZR A;  1LJJ A;  3HDF A;  5ILC A;  3W6E A;  1L98 A;  1JKD A;  4ET8 A;  1L91 A;  1FBI X;  1L68 A;  114L A;  3L2X A;  2LYO A;  2QAR C;  200L A;  4LYO A;  1OV5 A;  1I56 A;  4RLM A;  1L62 A;  1YKX X;  256L A;  2YVB A;  1YKZ X;  4NSG A;  154L A;  1CV3 A;  1QUH A;  1LHM A;  1CV0 A;  4W54 A;  1GWD A;  1JTN A;  1GF7 A;  1ZUR A;  1KY1 A;  5KXO A;  1VDQ A;  1ZYT A;  4M6D A;  4G49 A;  1GB8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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