1G0LA

Crystal structure of t4 lysozyme mutant t152v
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITVFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and thermodynamic analysis of the binding of solvent at internal sites in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-10-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1g0lA00
1C69A 1LYJA 1QSBA 183LA 1L29A 1L44A 1LI6A 3OE6A 4W59A 187LA 239LA 3SBAA 1L15A 248LA 131LA 1L05A 246LA 1PQDA 4K5YA 2F47A 2RBOA 244LA 3K2RA 125LA 1L28A 3GUPA 1C65A 1OWYA 1QT7A 1L85A 1G0QA 3LZMA 195LA 2O79A 170LA 1LGWA 1OVJA 1L08A 4W53A 3VW7A 4W54A 1LW9A 3GUIA 1L83A 3F8VA 1L95A 3HWLA 218LA 1L20A 119LA 256LA 4ARQB 4DKLA 161LA 201LA 4W58A 142LA 4LZMA 4I7JA 1NHBA 2B6TA 237LA 1C6CA 1D3NA 220LA 3HH5A 1OV5A 2LC9A 1KY1A 3CDOA 242LA 2B72A 1KS3A 3QAKA 3JR6A 1L26A 3HDEA 2LZMA 1QTHA 3C8QA 1L14A 4E97A 255LA 1L90A 1D3MA 1QUDA 235LA 2QB0B 1QUHA 1CU6A 104LA 2RBNA 4I7KA 160LA 1SWZA 226LA 1CV6A 123LA 3CDRA 1KNIA 2RH1A 1L68A 1CU5A 1C63A 1L11A 1G1VA 212LA 4I7RA 189LA 196LA 1PQOA 1L48A 1C67A 1QT4A 3DN2A 222LA 3HH4A 2F2QA 1L75A 1L01A 1L88A 1CV4A 213LA 1L30A 103LA 7LZMA 129LA 2B6ZA 4I7OA 2Q9EA 214LA 1LPYA 112LA 1C64A 3G3VA 4EKRA 144LA 1C68A 1LGXA 1L72A 1SX2A 174LA 1L35A 1L54A 1L67A 2OU0X 1L17A 1L32A 1L40A 3HT9A 224LA 1LI3A 141LA 3SB6A 1L69A 4I7TA 1KW7A 1L55A 198LA 1L89A 4EKQA 1L52A 140LA 1L87A 4GBRB 4W57A 168LA 1C6HA 1L79A 1OV7A 221LA 234LA 102LA 1CV5A 2B75A 1TLAA 3HTGA 3GUJA 3SB9A 2OTYX 126LA 1L10A 1L58A 3NY9A 3V2WA 3C7YA 259LA 128LA 3CDVA 191LA 3L2XA 1P6YA 252LA 1C6NA 2OE7X 2RAZX 1L47A 3NY8A 3C83A 2NTHA 4I7QA 4ZPUA 3C81A 1DYGA 1QTVA 1OVKA 1CX6A 3SB5A 1L03A 1LGUA 223LA 3DN0A 227LA 1C6MA 1CU0A 164LA 4IAPA 1L37A 6LZMA 1L80A 1L51A 210LA 4I7MA 1QTZA 148LE 249LA 1CU3A 4ARMA 1G07A 1G1WA 2IGCA 1P2RA 3DN3A 1L0JA 2HUKA 1L57A 146LA 3GUNA 4EXMA 1PQIA 1G0MA 1P7SA 1L70A 2RB2X 176LA 1ZWNA 1C62A 1L06A 205LA 2B6YA 1QTDA 3HH6A 108LA 1L36A 1QUGA 185LA 1I6SA 1G06A 2OU8A 2HUMA 2B6WA 1T8GA 1C6BA 1LYHA 1L04A 1D2WA 1L24A 2Z6BA 2L78A 1JTMA 2A4TA 260LA 4W52A 3OE8A 1SSYA 1XJUA 1CU2A 3OE0A 4LDOA 1L46A 4ARLA 1QUOA 3HTFA 182LA 261LA 216LA 107LA 138LA 3CDQA 3HTDA 2OTZX 1L0KA 1L86A 111LA 3HUAA 1C60A 1L60A 1C6LA 1QT8A 2NTGA 236LA 1L22A 2CUUA 177LA 1L23A 4I7PA 1QT3A 1L74A 251LA 1C6IA 1L56A 230LA 1DYEA 1C6JA 2QARC 1SX7A 1LYFA 118LA 1L45A 4W55A 2RAYX 3GUMA 2RBSA 1OVHA 3F9LA 2RB0X 3G3WA 3DKEX 114LA 1LYIA 1G0GA 1G0JA 1P37A 1L82A 1XJTA 219LA 2ANVA 3DMXA 175LA 1CUQA 1L39A 2B74A 4ARMB 228LA 1KY0A 1G0KA 1SSWA 3C8RA 1CX7A 2HULA 4W51A 217LA 1L62A 1L13A 1T97A 1L16A 1WTHA 4AQNA 4EKSA 1L94A 1C6EA 3D4SA 1QSQA 2B70A 162LA 1G0LA 1QT5A 172LA 4OO9A 3PBLA 3SB7A 127LA 4PJZA 1L02A 4S0WA 3OE9A 1CV3A 1XEPA 1L12A 3SN6R 2ANXA 151LA 238LA 3HT7A 1DYDA 110LA 257LA 3C80A 3EMLA 3UONA 157LA 1CV1A 1ZURA 3HT6A 1L00A 155LA 186LA 1D3JA 1L41A 4I7SA 1L27A 139LA 199LA 1LWKA 1P3NA 3DN6A 3C82A 1D3FA 109LA 1C6GA 241LA 2RB1X 247LA 3HUQA 152LA 145LA 253LA 2OEAX 1T8FA 137LA 173LA 1L84A 192LA 1C6QA 2LCBA 2RBRA 231LA 1LYGA 3CDTA 169LA 1P36A 163LA 1L71A 4I7NA 245LA 2F32A 1QS5A 1C6TA 1PQJA 4EPFA 2O7AA 3DN4A 165LA 1D2YA 3HDFA 4W56A 1JTNA 5LZMA 3DN1A 1C6AA 206LA 171LA 1L73A 159LA 2B7XA 3C8SA 4DJHA 262LA 1QTBA 1P2LA 1L77A 1L63A 3C7WA 1L50A 1L25A 1T6HA 1L97A 1OWZA 1L53A 1QTCA 211LA 2OE9X 4ARPA 115LA 4EKPA 1G0PA 1LYDA 4YXAC 4EJ4A 1L99A 122LA 1DYAA 3FI5A 4GRVA 2B73A 2RBPA 1C6DA 232LA 1L34A 1L61A 1K28A 1P46A 3HTBA 3SB8A 243LA 1L81A 233LA 1PQMA 1PQKA 1D9WA 3V2YA 3HH3A 130LA 1DYFA 1CTWA 1C6KA 181LA 3DMVA 209LA 1L59A 143LA 1EPYA 1CUPA 4PK0A 1L65A 1DYBA 1SWYA 1C66A 4LDLA 1DYCA 184LA 1ZYTA 200LA 1L92A 1L96A 3SBBC 3FA0A 167LA 1L38A 3RUNA 3RZEA 4DAJA 1L93A 3GUKA 3L64A 150LA 240LA 1L07A 1L43A 3GULA 5I14A 3NYAA 1LLHA 215LA 1L19A 1OYUA 1LI2A 2OE4X 149LA 4EPIA 1L64A 225LA 147LA 1L21A 4ARJA 4I7LA 258LA 1LWGA 2OU9A 4ARQA 1JQUA 250LA 3DMZA 3G3XA 1QT6A 120LA 1L76A 156LA 1CVKA 3FADA 4YX7C 4LDEA 1C61A 3DNAA 1L09A 2B6XA 188LA 166LA 1T8AA 197LA 1L31A 1QS9A 1C6PA 1KW5A 1LYEA 180LA 3DN8A 3HU9A 1B6IA 1L18A 1P64A 1L91A 3PDSA 113LA 1CV0A 1L33A 3C7ZA 178LA 2Q9DA 1L98A 190LA 3HT8A 1P5CA 2O4WA 158LA 3GUOA 3HUKA 3ODUA 1L42A 1L66A 254LA 3HU8A 229LA 2RBQA 1L49A 1C6FA 4YXCA 1P56A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C69A 183LA 1L29A 4W59A 6LYZA 1AKIA 3HBHA 3SBAA 1XGTC 1L05A 4NGJA 1JTTL 5KKIA 4N5RA 244LA 3K2RA 1BGIA 4LT2A 1LJ4A 5KXNA 1YIKA 170LA 1LGWA 1OVJA 1L08A 4DQ5A 2D91A 1L95A 1YKZX 1B5YA 1L20A 3OK0A 4DKLA 1IP4A 161LA 3TXJA 3B6LA 1LJEA 1NHBA 1SLYA 5I4WA 4G4CA 4DQJA 3E3DA 1WTMA 1KS3A 2G4QA 4WO9A 4LZTA 1C46A 3A34A 1QTHA 1L14A 5HNCA 1LYSA 5L3HA 1CV6A 1LZBA 1LSYA 1KNIA 1RFPA 2RH1A 2Q0MX 1CU5A 4N1EI 1C63A 1L11A 1LYZA 7LYZA 3M3UA 196LA 4UWNA 2MEAA 1IORA 4PRUA 1L01A 3D3DA 5FEKA 1NMMA 3WL2A 5E4PA 1LPYA 4YEMA 1WQOA 1JKAA 1C64A 4NWEA 1SX2A 174LA 4MCKA 133LA 5L9JA 2OU0X 3RU5A 1GXXA 3HT9A 3G3BB 3P4ZA 1LYYA 1L69A 1NKHA 4NSJA 1DPWA 1LHJA 154LA 5LVKA 3LZ2A 140LA 1L87A 221LA 3CSZA 234LA 1UIHA 3HTGA 1L58A 1OUGA 1XGUC 3CDVA 2CWIA 1D0KA 1J1OY 2BPUA 4HJVA 4OW1A 252LA 2Y8PA 5I4YA 2RAZX 1B9OA 2BQMA 3NY8A 4H91A 1B5WA 2YBIA 1GB5A 2XQOA 1EL1A 1QUSA 3EXDA 4M6DA 1QTVA 1XGQC 1OVKA 1L03A 1BWJA 1C6MA 1ZVHL 1CU0A 1L37A 5T3FA 210LA 3P65A 4YM8A 148LE 4QEQA 2IGCA 1P2RA 4NSHA 3AW6A 2HUKA 1L57A 3GUNA 4GN5C 1GAZA 1GEVA 1GFTA 1L06A 3A8ZA 1XEIA 1YL1X 2C8PA 108LA 1L36A 3IJVA 1B7QA 3VWOA 4GCBA 2OU8A 1BQLY 1YAPA 1LJ3A 4NFVA 4DD0A 1GBSA 1C6BA 2DQHY 1QDTA 3B0IA 2L78A 5F14A 1JTMA 2A4TA 2DQIY 4CFOA 4W52A 1SSYA 4J1BA 2FYCA 3OE0A 1LHHA 1JISA 1LZEA 1BB5A 1C6LA 1GF3A 1CKFA 236LA 1L22A 177LA 4WLDA 4I7PA 2XJWA 134LA 1AT5A 1L45A 2YSSC 4W94A 3F9LA 3DKEX 114LA 1D0LA 5LYZA 1G0GA 5EBHA 2VB1A 1L39A 4WL7A 1G0KA 5KXYA 4WM4A 3C8RA 4RLMA 1CX7A 5LXWA 1FLYA 2HULA 1GFUA 1L13A 1L16A 1WTHA 4AQNA 2ZQ4A 1JJ0A 4Z3MA 3IWRA 4E3UA 1IC5Y 3PBLA 1GF5A 127LA 1L02A 3A96A 1XEPA 4IASA 2FYDA 1DYDA 3C80A 2BQGA 3EMLA 3UONA 1ZURA 2NWDX 4C5FA 199LA 3DN6A 4YENA 1ZMYL 1OUAA 1HNLA 1C6GA 4FJRA 3TMXA 1IC7Y 3HUQA 152LA 253LA 4NHTA 3J4GA 4LT0A 1LZ8A 1DKJA 2LCBA 1BB6A 1LYGA 231LA 169LA 1P36A 1G7LC 2F32A 4NEBA 4WM2A 1PQJA 4EPFA 3DN4A 165LA 1OUIA 4W56A 1GF4A 5ILFA 4LFXA 1F10A 2MEBA 1GD6A 159LA 5J7CA 1VDSA 4ANRA 1LMNA 2HEBA 1L63A 3G3AB 1QTCA 4EKPA 208LA 1LZ4A 4EJ4A 1QUTA 3HBEX 3FI5A 4B49A 3QE8A 1K28A 5I53A 4I0CA 1LJIA 2EPEA 3V2YA 1DYFA 1RI8B 2W1XA 1C6KA 1LHLA 3DMVA 1IR9A 209LA 4LYOA 1GB0A 3AGHA 1L65A 1SWYA 1BB3A 3TXGA 1L92A 1BWIA 1OQMA 5LYMA 5M1YA 3RUNA 1GB8A 1NF5A 3AZ5A 3GULA 4DDAA 1L19A 1OYUA 4IJ4A 1LI2A 3WPJA 5KJ9A 2EIZC 4Z98A 149LA 4EPIA 1LSDA 1LMTA 1T3PA 3FI7A 4BADA 147LA 5B1FA 4N8ZA 5IDDA 3OJPA 3P68A 250LA 3DMZA 3G3XA 120LA 4XYYA 1J1PY 4HV2A 5DLAA 2HEAA 3WUNA 188LA 3AJNA 1T8AA 197LA 1IWZA 1KW5A 180LA 1IOCA 1L18A 113LA 3F6ZA 1IP7A 178LA 1P5CA 4C3WA 4XADA 2PC2A 3HU8A 2BAAA 5I54A 1GBYA 1JJ1A 1LPIA 3WH1A 2A7DA 9LYZA 1GF6A 1HSXA 4NGKA 4K5YA 5HQ1A 1LZ5A 3AZ6A 3TXBA 3GUPA 1HFYA 1C65A 1GBWA 1QT7A 1L85A 4OOOA 1AZFA 3WXTA 3T36A 3VW7A 1OUBA 4W54A 5I5QA 1G7MC 3HWLA 218LA 119LA 1YILA 5K7OA 4W58A 1CKCA 142LA 4LZMA 4HJYA 5C6JA 1REXA 4N0JA 1CJ8A 1KY1A 1GBXA 4H9BA 3CDOA 1FLUA 242LA 1LZGA 1NBYC 1L26A 2LZMA 2YBMA 4E97A 255LA 1IC4Y 4G9SA 1CU6A 1GB6A 160LA 226LA 4TSCA 2ZNWY 1B7SA 3CDRA 4U3XB 1QSWA 1G1VA 2BQNA 4WM6A 3AZ7A 189LA 1PQOA 3D9AC 1JHLA 1L48A 2H9KA 222LA 1L88A 213LA 1GE3A 1LMPA 4DWXA 1J1XY 103LA 1GB3A 1LHIA 1WQRA 112LA 3G3VA 4ET9A 1L72A 3B0KA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1C69 A;  183L A;  1L29 A;  4W59 A;  6LYZ A;  1AKI A;  3HBH A;  3SBA A;  1XGT C;  1L05 A;  4NGJ A;  1JTT L;  5KKI A;  4N5R A;  244L A;  3K2R A;  1BGI A;  4LT2 A;  1LJ4 A;  5KXN A;  1YIK A;  170L A;  1LGW A;  1OVJ A;  1L08 A;  4DQ5 A;  2D91 A;  1L95 A;  1YKZ X;  1B5Y A;  1L20 A;  3OK0 A;  4DKL A;  1IP4 A;  161L A;  3TXJ A;  3B6L A;  1LJE A;  1NHB A;  1SLY A;  5I4W A;  4G4C A;  4DQJ A;  3E3D A;  1WTM A;  1KS3 A;  2G4Q A;  4WO9 A;  4LZT A;  1C46 A;  3A34 A;  1QTH A;  1L14 A;  5HNC A;  1LYS A;  5L3H A;  1CV6 A;  1LZB A;  1LSY A;  1KNI A;  1RFP A;  2RH1 A;  2Q0M X;  1CU5 A;  4N1E I;  1C63 A;  1L11 A;  1LYZ A;  7LYZ A;  3M3U A;  196L A;  4UWN A;  2MEA A;  1IOR A;  4PRU A;  1L01 A;  3D3D A;  5FEK A;  1NMM A;  3WL2 A;  5E4P A;  1LPY A;  4YEM A;  1WQO A;  1JKA A;  1C64 A;  4NWE A;  1SX2 A;  174L A;  4MCK A;  133L A;  5L9J A;  2OU0 X;  3RU5 A;  1GXX A;  3HT9 A;  3G3B B;  3P4Z A;  1LYY A;  1L69 A;  1NKH A;  4NSJ A;  1DPW A;  1LHJ A;  154L A;  5LVK A;  3LZ2 A;  140L A;  1L87 A;  221L A;  3CSZ A;  234L A; 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