1G0PA

Crystal structure of t4 lysozyme mutant v149g
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRGITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and thermodynamic analysis of the binding of solvent at internal sites in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 62
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-10-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1g0pA00
4ARPA 3C7YA 212LA 151LA 138LA 1JTNA 1L39A 1L20A 1C62A 4LDOA 1G0QA 1L0KA 182LA 216LA 230LA 2LC9A 1G1WA 4OO9A 1KS3A 1QUHA 219LA 112LA 4W54A 143LA 170LA 192LA 1L91A 1C6LA 1C6DA 1OVJA 3DKEX 1L07A 146LA 1LGWA 1L05A 2A4TA 255LA 3C7ZA 1P46A 1L50A 198LA 108LA 1ZYTA 4AQNA 1T6HA 3DMVA 190LA 1QS5A 1XJUA 1L69A 3EMLA 1C6GA 1PQDA 3K2RA 2RBNA 1L54A 1P3NA 221LA 1P7SA 1OVHA 109LA 1CV0A 183LA 1L22A 1QTVA 2RBPA 1LI6A 1LPYA 1DYAA 1L45A 2RBOA 4DJHA 4PJZA 3NY8A 115LA 211LA 3CDTA 1LYHA 3L64A 2RB0X 168LA 7LZMA 1L06A 2B73A 1QT7A 222LA 1L57A 201LA 2B72A 4ARMB 1C67A 4I7KA 3GUJA 244LA 3GUIA 1L67A 3C7WA 1DYGA 220LA 3DMZA 4EKRA 103LA 4EPFA 1QUDA 236LA 1P2LA 1QSBA 1OWYA 1CX7A 251LA 4GRVA 2B7XA 3JR6A 1DYBA 3OE0A 156LA 1L11A 1QT5A 1C64A 1C6PA 242LA 260LA 3C8RA 1T8GA 2B75A 247LA 1KNIA 2RB2X 1L68A 1QSQA 1L16A 1C65A 249LA 1LYGA 1QT3A 1LGXA 1L01A 1G0JA 261LA 1WTHA 1DYDA 254LA 1L63A 3OE8A 3GUKA 3NYAA 1C6BA 1L04A 1XEPA 1L27A 1L33A 195LA 262LA 1B6IA 3DN0A 1C6CA 4EKQA 1L12A 259LA 3HTGA 1CU0A 1LYDA 3C8SA 1QT4A 1L18A 172LA 1LYEA 243LA 2F2QA 1L03A 4I7NA 162LA 1D3MA 3HT9A 2RBQA 3CDOA 1PQMA 3SBBC 1LYJA 1L75A 1C61A 1C6MA 1CVKA 3HH6A 3NY9A 4E97A 3SN6R 150LA 209LA 1C6IA 2Z6BA 1P37A 5LZMA 238LA 2LCBA 1L44A 178LA 1C6NA 1KY0A 232LA 2NTGA 4I7OA 1LI2A 1L25A 200LA 1CUPA 250LA 224LA 4W55A 187LA 186LA 4W52A 2OU0X 102LA 1D3FA 1D2YA 1L23A 196LA 2B6ZA 3V2WA 1L83A 1SWZA 140LA 111LA 1L81A 3DN1A 1L64A 181LA 189LA 252LA 253LA 1L89A 123LA 3HTDA 3GUNA 1OVKA 1G0GA 245LA 1JQUA 1L93A 2OE4X 3CDQA 1D3NA 185LA 4IAPA 1CX6A 2RBSA 3SB6A 1OV7A 1L65A 3HH3A 2B74A 165LA 4S0WA 231LA 3RZEA 1D2WA 155LA 3HU8A 1L30A 1G07A 2RH1A 1L28A 3HT6A 4W57A 1L56A 3SB7A 174LA 176LA 225LA 1C6HA 1L34A 3D4SA 1L53A 1K28A 1L88A 1L47A 2O79A 1OV5A 229LA 1L41A 1L58A 149LA 1C6JA 4I7MA 119LA 1L21A 1L59A 1L00A 1XJTA 1KW7A 1L87A 1DYCA 3DNAA 160LA 3C81A 188LA 120LA 3C82A 1L80A 1QTHA 227LA 2IGCA 1L72A 1CV5A 223LA 197LA 1L52A 3G3VA 1LWKA 3F8VA 1L19A 1L10A 158LA 1L92A 2ANVA 113LA 180LA 3LZMA 2O7AA 1L17A 258LA 246LA 1T8FA 2HULA 1PQKA 145LA 1L51A 125LA 1L37A 1L29A 1PQIA 3HH5A 3F9LA 4LDLA 1OYUA 1L99A 152LA 2RAYX 1LW9A 1D9WA 1L40A 1L70A 173LA 1L42A 1L31A 3DN8A 1QTCA 1CU5A 1T8AA 1P64A 1CU2A 1L35A 1L46A 4YXCA 1P36A 1CV3A 4I7RA 144LA 157LA 1L43A 228LA 3GUMA 4W53A 4EKSA 4I7LA 1DYFA 3HUQA 3HUAA 2B6TA 164LA 1C69A 1LGUA 2L78A 1C6KA 2HUMA 139LA 107LA 4W59A 214LA 1L36A 1C6QA 215LA 1L95A 3GUPA 3DN4A 2Q9DA 3OE9A 3PDSA 1EPYA 3DMXA 3HDFA 213LA 241LA 2OU8A 1L13A 1P56A 3GUOA 1QUGA 1C68A 1CV6A 218LA 3GULA 1LWGA 3VW7A 163LA 1L02A 127LA 142LA 199LA 4LZMA 1L86A 1ZWNA 1QUOA 1L09A 1QTDA 1C63A 191LA 1L82A 1L77A 2Q9EA 1L98A 147LA 4EPIA 3ODUA 1KY1A 126LA 4ZPUA 167LA 2O4WA 226LA 1L62A 1G0PA 129LA 3RUNA 1C6EA 1L15A 1DYEA 1QTZA 3OE6A 4LDEA 4ARLA 3CDVA 4W51A 1QTBA 104LA 1L24A 137LA 3SBAA 1SSWA 177LA 1JTMA 118LA 205LA 161LA 2RAZX 2OEAX 1QT6A 1CUQA 4I7SA 2CUUA 1CU3A 2OE7X 4I7TA 1P2RA 3HU9A 237LA 234LA 4EJ4A 171LA 1TLAA 235LA 148LE 2B70A 3HT8A 1L96A 4YX7C 2B6YA 1LI3A 3L2XA 4ARQA 1L49A 1L32A 3SB9A 240LA 3FADA 1L14A 1QT8A 3G3WA 2OTYX 1L90A 4ARJA 175LA 3HTBA 4GBRB 1SSYA 1OWZA 248LA 1L85A 169LA 1L48A 3SB8A 1L26A 3HWLA 1L66A 1L73A 233LA 1L71A 256LA 3HUKA 4YXAC 3DN3A 1CV1A 1P5CA 3HDEA 1G0MA 1KW5A 3PBLA 1L74A 2QB0B 2ANXA 3SB5A 166LA 4EKPA 3C80A 131LA 1G0LA 257LA 210LA 1G0KA 1PQJA 4K5YA 2RB1X 2RBRA 1G06A 1CV4A 1L94A 1SWYA 184LA 3DN2A 1SX7A 1L97A 4I7JA 2LZMA 3G3XA 1C60A 3FI5A 3HTFA 1LYFA 1L0JA 2QARC 128LA 3C83A 3FA0A 3UONA 1C66A 110LA 3C8QA 2B6WA 1CU6A 1C6FA 4DKLA 2B6XA 2F47A 1L55A 122LA 3HT7A 3QAKA 239LA 1P6YA 1QS9A 1L76A 2OTZX 1L84A 1L60A 1NHBA 1C6TA 2OU9A 1C6AA 1I6SA 4PK0A 3V2YA 1LYIA 206LA 2HUKA 159LA 1PQOA 3DN6A 2OE9X 4DAJA 141LA 1SX2A 4ARQB 2F32A 1T97A 5I14A 217LA 1L79A 130LA 114LA 1L61A 4W58A 3CDRA 1LLHA 4EXMA 1G1VA 4ARMA 1L38A 1ZURA 1L08A 1D3JA 4W56A 4I7QA 1CTWA 3HH4A 6LZMA 4I7PA 2NTHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3C7YA 1GEZA 4N8ZA 1I1ZA 2BLXA 4WM2A 151LA 1GFUA 4XENA 1JTNA 1IY4A 1L20A 2N5ZA 2W1LA 3CQLA 1LSYA 1B2KA 112LA 1VATA 4YEMA 1JITA 1L07A 1GBXA 4NG8A 108LA 5LVGA 1ZYTA 4AQNA 3DMVA 3WXUA 1XJUA 1L69A 1PQDA 1L54A 2BQHA 1P3NA 3WUNA 1J1OY 1OVHA 1CV0A 1L22A 1LI6A 1HSWA 4DJHA 4PJZA 3AGGG 4HJYA 1GF6A 9LYZA 5KKIA 1JSFA 2BQAA 1YIKA 4WM3A 2Q0MX 2B72A 2ZNXY 4I7KA 3GUJA 244LA 3GUIA 1L67A 220LA 3A93A 3DMZA 2IHLA 1O23A 6LYTA 3OE0A 4CFPA 2HEBA 1NKHA 5I4YA 8LYZA 3ATNA 1LZRA 247LA 1L68A 1L16A 3AJNA 1QT3A 4OWEA 1LGXA 1NQIA 3J4GA 1G0JA 1FLWA 254LA 3OE8A 3GUKA 1C6BA 2FBBA 5L3IA 1FLQA 4FJRA 4NHPA 1B7LA 1C6CA 4EKQA 4H9IA 259LA 3AZ5A 1GB5A 1QT4A 1L18A 4HTKA 2BPUA 3J6KA 1YANA 2RBQA 3CDOA 1SQ2L 4E97A 1GAZA 1LJJA 5HNLA 5LZMA 5B07A 4M4OA 1L44A 1C6NA 1KY0A 4R6CA 1GB7A 1LHKA 1L25A 2LYMA 4KL7A 3A91A 1GBYA 3WYHA 4B4IA 4TSCA 1IR8A 186LA 1IOCA 3LHMA 1B5XA 4L41A 3V2WA 1SWZA 1GF3A 2A7DA 1L81A 3LYMA 3G3BB 1J1XY 5LA5A 4GCBA 253LA 2G4PA 1LZ5A 1IO5A 2YSSC 3GUNA 1LSAA 4LT0A 1GFTA 3D9AC 5I5QA 1HERA 1YAQA 4IAPA 5KXSA 1GF9A 2DQJY 3WUAA 2RBSA 4PRUA 3SB6A 4WL7A 4S0WA 4B1AA 4M6DA 231LA 5LAGA 5KXKA 1D6QA 1L30A 2WARA 1UIFA 1F6SA 4W57A 1AT6A 2Z12A 174LA 1BWJA 225LA 1LSNA 1B0DA 4HTNA 1OV5A 229LA 1L58A 4I7MA 1L87A 3BKHA 3W6AA 1GFEA 2FYDA 3C81A 3AYQA 3C82A 3EMSA 4YM8A 3AZ7A 223LA 4G9SA 3G3VA 5LVKA 1L19A 1L10A 2CWIA 4EOFA 2MEDA 5LVJA 1JJ3A 1IC5Y 1WQPA 246LA 1FN5A 4YOPA 1L37A 1L29A 4WLYA 1WQRA 4GN5C 1LW9A 4MSTA 1EQEA 1ZVHL 3QNGA 3DN8A 4DYGA 1CU5A 1LJNA 1L46A 2BQIA 1UIHA 1CV3A 3M18B 1L43A 157LA 1YROA 1UIEA 2ZILA 4I7LA 1ZMYL 5FEKA 4BAPA 1B7SA 3B0OA 2L78A 2HUMA 1GE3A 1L36A 215LA 1TDYA 3OE9A 3PDSA 1DPXA 1EPYA 4NGIA 213LA 1JIYA 3G3AB 4NSHA 2HEEA 5FSTA 1CV6A 4HSFA 3TXKA 1LWGA 1GB3A 3P64A 1DKKA 1YKYX 4LZMA 1ZWNA 1QUOA 2HU3A 4EPIA 1LZ9A 1KXXA 4RW2A 2ZNWY 1GBOA 1GBWA 1IP3A 2MEAA 1UIBA 4ETEA 4W51A 4CJ2A 1L24A 1DKJA 4XYYA 1SSWA 5F14A 4NGKA 5LVIA 118LA 2EQLA 4WLTA 2OEAX 1CUQA 4IJ4A 1CU3A 4I7TA 3HU9A 7LYZA 234LA 4EJ4A 5FDJA 148LE 2B70A 5A3EA 5C6LA 1L96A 4YX7C 2B6YA 4N1CC 4DQJA 1REMA 1VDTA 3B0KA 1L90A 4ARJA 1LKSA 175LA 1DQJC 3HTBA 2H5ZA 1CKFA 3HWLA 1L66A 4H1PA 1L71A 4D9ZA 5DL9A 4YXAC 4NSGA 1CKHA 1L74A 2QB0B 4EKPA 166LA 1C45A 3C80A 131LA 257LA 1GWDA 2RB1X 1CKGA 5K7OA 4Z3MA 184LA 4WL6A 3ULRA 3A94A 4W96A 4H92A 3AGIA 2CJLA 1UBZA 2G4QA 1LJGA 1JTPL 3E3DA 1C6FA 5LIOA 3TXGA 3VWOA 5LVHA 3QAKA 1V7SA 1C08C 4CGEA 5KXZA 1C6AA 3V2YA 159LA 1SX2A 5F16A 1LSDA 2F32A 114LA 5LYTA 4XJBA 4ARMA 1GE1A 2MEEA 1CTWA 6LZMA 1HELA 4I7PA 2NTHA 4ARPA 138LA 1HEQA 3W6DA 4TSBA 1C62A 1G0QA 1L0KA 4LT1A 2LC9A 2HTXA 1HNLA 4OO9A 1KS3A 1QUHA 219LA 1A2YC 1LSMA 1LZBA 170LA 5APFA 4NHQA 1L91A 1LJFA 4ETCA 198LA 3A8ZA 1C10A 1IWVA 1T6HA 1JKCA 1QS5A 2YDGA 1CKCA 1LSFA 1FLYA 5B1GA 1LZ6A 2RBNA 1B5UA 4AGAA 221LA 5T3FA 1P7SA 109LA 1QTVA 183LA 4PJ2C 4NFVA 1IOQA 1L45A 3NY8A 1QIOA 1G7HC 3L64A 2LZ2A 1HSXA 3LZTA 3TXBA 1NF5A 168LA 194LA 2EKSC 2W1XA 3B6LA 1TEWA 1IWXA 201LA 1JSEA 3N9CA 1IIZA 4ARMB 1QTEA 5L3HA 4EPFA 3EO5A 4DDBA 2D6BA 4ZEEA 1CX7A 3HBEX 1DYBA 1FDLY 3WMKA 2BQGA 5IDDA 1QT5A 1IOSA 1LPIA 2B75A 1KNIA 2HECA 1QSQA 2MEGA 4B0DA 3TXDA 1KIRC 1WTHA 1DYDA 1TBYA 1IR7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3C7Y A;  1GEZ A;  4N8Z A;  1I1Z A;  2BLX A;  4WM2 A;  151L A;  1GFU A;  4XEN A;  1JTN A;  1IY4 A;  1L20 A;  2N5Z A;  2W1L A;  3CQL A;  1LSY A;  1B2K A;  112L A;  1VAT A;  4YEM A;  1JIT A;  1L07 A;  1GBX A;  4NG8 A;  108L A;  5LVG A;  1ZYT A;  4AQN A;  3DMV A;  3WXU A;  1XJU A;  1L69 A;  1PQD A;  1L54 A;  2BQH A;  1P3N A;  3WUN A;  1J1O Y;  1OVH A;  1CV0 A;  1L22 A;  1LI6 A;  1HSW A;  4DJH A;  4PJZ A;  3AGG G;  4HJY A;  1GF6 A;  9LYZ A;  5KKI A;  1JSF A;  2BQA A;  1YIK A;  4WM3 A;  2Q0M X;  2B72 A;  2ZNX Y;  4I7K A;  3GUJ A;  244L A;  3GUI A;  1L67 A;  220L A;  3A93 A;  3DMZ A;  2IHL A;  1O23 A;  6LYT A;  3OE0 A;  4CFP A;  2HEB A;  1NKH A;  5I4Y A;  8LYZ A;  3ATN A;  1LZR A;  247L A;  1L68 A;  1L16 A;  3AJN A;  1QT3 A;  4OWE A;  1LGX A;  1NQI A;  3J4G A;  1G0J A;  1FLW A;  254L A;  3OE8 A;  3GUK A;  1C6B A;  2FBB A;  5L3I A;  1FLQ A;  4FJR A;  4NHP A;  1B7L A;  1C6C A;  4EKQ A;  4H9I A;  259L A;  3AZ5 A;  1GB5 A;  1QT4 A;  1L18 A;  4HTK A;  2BPU A;  3J6K A;  1YAN A;  2RBQ A;  3CDO A;  1SQ2 L; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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