1G1WA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/q105m
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFMMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and thermodynamic analysis of the binding of solvent at internal sites in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-10-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1g1wA00
4I7SA 236LA 1G0MA 111LA 221LA 1QSBA 122LA 3FI5A 1CUPA 3CDVA 1LW9A 1L18A 4PJZA 1QS5A 1LGUA 138LA 223LA 4ARLA 3DN8A 4I7KA 4OO9A 1G07A 1L42A 3SB8A 3HTFA 3CDOA 1OVKA 1CU5A 1L92A 1T8FA 2B75A 2O79A 3FADA 145LA 4EKQA 3CDQA 3K2RA 254LA 4W52A 1B6IA 259LA 3GUOA 1CUQA 1CU0A 3PBLA 1L66A 2RB0X 158LA 3GUKA 1L20A 3DMZA 4EJ4A 1L0JA 3C80A 230LA 107LA 1C61A 141LA 2OE7X 3OE9A 1L69A 166LA 1L43A 1QT8A 206LA 1L90A 139LA 157LA 1L41A 1L49A 1ZURA 1T8GA 2QARC 3HT8A 1DYDA 183LA 1P37A 2OU0X 1L84A 182LA 1L96A 2HULA 1L05A 1KS3A 1L29A 1CV0A 2RBRA 3NY9A 1L89A 227LA 4I7TA 190LA 1L75A 1LYIA 3JR6A 244LA 1KY1A 1L55A 224LA 168LA 3D4SA 1QTVA 2NTHA 1QS9A 1PQMA 4I7RA 235LA 1L45A 1C6PA 4I7QA 2RBNA 2Q9DA 3V2YA 1L23A 1CX6A 1C6DA 1QUHA 112LA 1L57A 1G0QA 1P6YA 211LA 186LA 2RB1X 1C66A 1C63A 184LA 1L13A 4DKLA 172LA 3HUKA 3C7YA 1CU2A 187LA 2NTGA 1C6NA 2RBQA 3HUAA 1L64A 1L93A 177LA 1G0LA 1C68A 1LI3A 1L94A 3HH3A 174LA 1C6BA 102LA 3HU9A 2F32A 228LA 2B6YA 4DAJA 1L03A 1D3FA 1LI6A 1C6KA 1LGXA 3C7WA 178LA 1OYUA 2Z6BA 1LYEA 3HT7A 3HTDA 2Q9EA 1LYFA 1P56A 3F8VA 1PQOA 1C6AA 1L98A 1JTNA 1QTZA 229LA 237LA 1C6JA 1L46A 152LA 162LA 2RBOA 1SWYA 3RZEA 4I7PA 1C64A 1L99A 4S0WA 1G0PA 2OTZX 1QT7A 232LA 1L17A 120LA 1L08A 1L83A 2RBPA 213LA 1DYEA 4EKRA 2OTYX 3CDRA 1L52A 4I7MA 1XEPA 2RH1A 4K5YA 1D3MA 1DYBA 171LA 3C7ZA 1L07A 1P7SA 156LA 3HH5A 258LA 3C81A 1WTHA 1L28A 3G3WA 4LDEA 247LA 1L56A 3G3VA 3QAKA 3HU8A 2O4WA 1L44A 4GBRB 3GUNA 1C6IA 2B6XA 1C6TA 2F2QA 239LA 7LZMA 4I7NA 3GUJA 4YXCA 1L14A 1LWKA 1C6HA 118LA 181LA 2OU8A 2RAYX 3C8SA 2QB0B 233LA 1D3NA 1QT3A 4W51A 1L91A 1QSQA 144LA 1LWGA 212LA 3GUPA 3L2XA 219LA 126LA 1T8AA 175LA 255LA 197LA 4E97A 6LZMA 146LA 1L21A 1LYDA 1OVJA 1G1WA 1SSWA 1QTDA 109LA 1L01A 1L37A 2B74A 1L59A 119LA 201LA 2OE4X 1C62A 1C6GA 1CX7A 3OE8A 170LA 1C69A 242LA 1PQIA 4W57A 3DN0A 3C83A 176LA 4W58A 198LA 173LA 3DN1A 2B70A 3C82A 199LA 1L09A 4ARQB 1L00A 5I14A 1LYGA 3EMLA 4ARJA 180LA 1OWZA 1LLHA 4W54A 1L25A 241LA 129LA 1KW7A 191LA 1L79A 1G0JA 1L19A 1DYAA 108LA 2B6ZA 1L88A 147LA 1L86A 1QTBA 1L10A 1EPYA 4AQNA 2RAZX 1L35A 2HUMA 1L48A 2B72A 1L67A 256LA 1L62A 220LA 3DNAA 150LA 3GUIA 216LA 4EKSA 1P64A 246LA 1L06A 210LA 1KY0A 1L71A 4EXMA 1OWYA 1PQKA 1L97A 1P2LA 2O7AA 2ANVA 222LA 3DN2A 1L70A 3C8RA 3CDTA 113LA 1QT4A 225LA 4ARQA 1OVHA 1L81A 1L53A 1QUDA 104LA 1C65A 257LA 238LA 2LCBA 149LA 1L11A 3DN3A 1L73A 143LA 2B6WA 127LA 248LA 189LA 115LA 3DMVA 188LA 1CVKA 4ZPUA 1L51A 1L61A 1SSYA 1CU6A 159LA 1L33A 2OEAX 160LA 114LA 1L63A 1L54A 5LZMA 3OE6A 4EPFA 1L36A 2RBSA 1L34A 195LA 1L26A 161LA 1P46A 2HUKA 3ODUA 1ZWNA 240LA 1SWZA 130LA 1C6CA 3SBAA 1T6HA 261LA 151LA 4I7OA 1CV4A 1L39A 3LZMA 214LA 1L47A 1XJTA 4W56A 165LA 3F9LA 249LA 2L78A 1L65A 231LA 1QUOA 3DN4A 1PQDA 1QTHA 4W55A 3HTGA 1D2WA 1SX7A 3NYAA 4ARMB 2RB2X 103LA 125LA 1CV1A 3SB9A 1JTMA 1LI2A 252LA 2IGCA 2B7XA 4GRVA 4LDLA 3PDSA 1G0KA 1JQUA 209LA 253LA 164LA 1L60A 131LA 3SBBC 4EPIA 1L02A 142LA 1L76A 1L38A 1C6FA 2OE9X 1D9WA 1L22A 2OU9A 3SB7A 3HH4A 3HUQA 1C60A 4W59A 4IAPA 1QT6A 3HDEA 4YX7C 123LA 3DN6A 1P3NA 196LA 185LA 1KNIA 3GUMA 251LA 4W53A 3VW7A 1PQJA 1P2RA 217LA 3FA0A 205LA 1LYHA 3HT9A 1L0KA 1C6EA 200LA 1G1VA 2F47A 1KW5A 2B6TA 4I7JA 3DMXA 1L30A 1I6SA 4ARMA 2ANXA 1C6LA 1CV3A 1L31A 1L24A 1L87A 2B73A 3C8QA 155LA 4I7LA 3L64A 169LA 3HH6A 2LC9A 3SB6A 1LYJA 1D3JA 3OE0A 140LA 1CU3A 1ZYTA 1P5CA 3G3XA 1DYCA 1LGWA 4LZMA 4YXAC 226LA 218LA 4PK0A 110LA 3SN6R 1L74A 1CTWA 1L32A 1L95A 3RUNA 1DYGA 1L15A 2CUUA 1L40A 2LZMA 128LA 1CV6A 3UONA 192LA 1NHBA 167LA 3DKEX 1QTCA 3V2WA 1L80A 1OV7A 1G06A 245LA 2A4TA 3NY8A 1L16A 1L72A 1DYFA 1QT5A 3HT6A 1C67A 4EKPA 3HTBA 148LE 1LPYA 1K28A 1L77A 4ARPA 243LA 3SB5A 1TLAA 1L04A 1XJUA 262LA 163LA 1D2YA 215LA 234LA 250LA 1L12A 3HDFA 1C6QA 4DJHA 1L50A 1QUGA 1SX2A 1L58A 1P36A 1L27A 1L82A 4LDOA 3GULA 1C6MA 1T97A 3HWLA 1CV5A 1OV5A 137LA 1G0GA 1L85A 1L68A 260LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5E9RA 1B5WA 3LZTA 4YM8A 1G0MA 1GFEA 122LA 1LW9A 4YEMA 2LYMA 4ARLA 3DN8A 4OO9A 5I54A 3HBDA 4LYCA 3CDOA 1CU5A 1L92A 1LJ4A 145LA 1HERA 4EKQA 3CDQA 2MEFA 1WQMA 3HFMY 4W52A 3TXIA 1DKJA 3GUOA 5D5CA 3GUKA 4GCBA 1XSFA 1DPXA 1LZ8A 3C80A 4NSJA 1UC0A 4HV2A 1L69A 166LA 4WLXA 1QT8A 1LYZA 1L90A 4BADA 4C5FA 1GBXA 5B05A 3HT8A 4BAFA 2ZIJA 1GFGA 2DQEY 1G7MC 1L75A 4H9AA 1GF8A 4H92A 3TXKA 1XGPC 235LA 4I7QA 1C6PA 1LJGA 1V7TA 2Q9DA 2WARA 3ZEKA 1CX6A 1HF4A 3AZ5A 1QUHA 1NDGC 1L57A 1G0QA 1CKFA 1LJKA 1TCYA 211LA 1XGTC 186LA 1C63A 4LT0A 1L13A 2I26L 4WLTA 1QDRA 1GB9A 3AJNA 1JITA 3WULA 4H94A 1C6NA 1OUJA 4LGKA 177LA 1C68A 1LI3A 1HEMA 1BWJA 4XJHA 3B0KA 3M3UA 1L03A 1LI6A 1KIRC 1LYEA 4H90A 3HTDA 3HBEX 1NWGA 1UIHA 1JTNA 2BQAA 4OW1A 1L46A 1LJ3A 4NGVA 1EQ4A 1GB8A 1LZEA 1QIOA 3CT0A 4S0WA 5L9JA 2OTZX 1IWVA 232LA 2YBHA 1JKCA 1L52A 1LSYA 3LYTA 2RH1A 1C10A 1JUGA 1D3MA 3C7ZA 5IELA 1JSFA 8LYZA 4LT2A 1P7SA 4H9BA 1AM7A 5HNCA 2HUBA 1WTHA 1IOTA 1LHKA 2FYCA 5KXYA 3G3VA 1RE2A 3HU8A 1L44A 4DC4A 1C6TA 239LA 7LZMA 193LA 3GUJA 1O23A 1GFTA 1CJ6A 2RAYX 1HENA 3W3EA 233LA 3QE8A 1L91A 1QSQA 2Z38A 1OP9B 219LA 1GE1A 1KXXA 2F4AA 175LA 4GCDA 3GXRA 1OVJA 1NHEA 109LA 1L59A 1G7LC 1LZ4A 1TDYA 1C62A 201LA 4H93A 3LYZA 4NGWA 3P64A 3C83A 176LA 4NY5A 1BB5A 3DN1A 1HSWA 4X3BA 3P4ZA 3C82A 4LYZA 1IP7A 4H8ZA 5I14A 4A7DA 1DI3A 4W54A 1ZVYB 1KW7A 1GAYA 4HTQA 1G0JA 5KKJA 2B6ZA 2MEAA 4OWBA 1L10A 5APCA 2EQLA 4XENA 2RAZX 4WL6A 2CJLA 2YVBA 1FKQA 1BVKC 3DNAA 4BS7A 4EKSA 1QDTA 1LMCA 246LA 1L06A 1L97A 1MELL 1P2LA 2D6BA 2O7AA 2ANVA 3DN2A 3CDTA 4H9EA 3RT5X 1WVUA 257LA 238LA 2LCBA 5APDA 1GE0A 1LZYA 1L73A 3B6LA 5LINA 5KXNA 3A6BY 4RLMA 3AGHA 1CU6A 4ETAA 1B7LA 1L63A 1JKBA 5DLAA 1FLWA 2CGIA 4OWAA 4NWHA 4N5RA 240LA 2XQOA 5LYMA 261LA 151LA 4I7OA 4G9SA 4WG7A 165LA 1D0KA 2ZQ3A 231LA 3DN4A 4N0JA 4NGOA 2LYZA 2B5ZA 2EPEA 2RB2X 1IC5Y 1D6QA 2IGCA 2B7XA 2IHLA 2BQNA 1BWIA 3PDSA 4YENA 1UCOA 1JQUA 253LA 4MR1A 4RDSA 4FJRA 2HEDA 2W1LA 1C6FA 2ZYPA 1XGUC 4GCEA 3SB7A 3HH4A 1QUTA 3HUQA 1GFAA 2DQGY 2BPUA 3HDEA 4YX7C 1UUZC 134LA 123LA 185LA 1IP1A 1GBWA 1OUCA 5FELA 4PGJB 1CJ7A 4ET8A 5KJ9A 1TBYA 1L0KA 2DQDY 200LA 2BLXA 1ZMYL 2B6TA 4TTDA 4NSIA 4ARMA 2ANXA 1C6LA 4N8ZA 5F81A 5T3FA 2MEBA 1B0DA 5HQ1A 1B5ZA 5KY1A 5LYZA 1MLCE 4DD1A 1G7JC 4R6CA 3HH6A 3CT5A 1LYJA 1D3JA 1XEKA 1CU3A 4W96A 4NHPA 1LGWA 2BQEA 1GBYA 1JKDA 3SN6R 4DWXA 5LVHA 1GF6A 4XYYA 1OUAA 1L40A 5LVGA 4XJDA 135LA 2MEEA 3CSZA 4EMNA 2BQGA 3V2WA 3N9AA 4TSBA 1L72A 2DQJY 4NGYA 3B0IA 2HU1A 1C67A 4E3UA 1K28A 4ARPA 1PZYA 4IASA 1LOZA 1B5VA 1TLAA 1GE4A 262LA 1IY3A 1KXWA 1L12A 3HDFA 4ETCA 4DD9A 1P36A 4LDOA 1VDSA 3GULA 1C7PA 3HWLA 1T97A 4TX7A 1INUA 4H9FA 1L85A 1L68A 2BQKA 4HSFA 3EXDA 4PPOA 3BKHA 221LA 2W1MA 3FI5A 2MEIA 1CUPA 4WM6A 4G4HA 1QS5A 1LGUA 2BQDA 1IOCA 1G07A 2DQHY 1OVKA 1B7NA 2B75A 1N4FA 2A7DA 2XJWA 2BQLA 2DQFC 4GN4A 1HEPA 4J1BA 1B6IA 4UWUA 1L20A 1LYSA 4GCFA 1L0JA 4OWHA 1B5XA 3ZVQA 1LSFA 4NHQA 1SQ2L 5LVKA 1YANA 157LA 4QGZA 1BB4A 2ZYCA 3CQLA 2QARC 1DYDA 2MEDA 2OU0X 1L84A 182LA 1L96A 4H1PA 1KS3A 1L29A 3WU9A 3QNGA 1LJJA 1AT6A 1RFPA 3JR6A 4DQJA 1L55A 5LVIA 1QS9A 2DQIY 3V2YA 1L23A 4LFXA 9LYZA 3A90A 2BQHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5E9R A;  1B5W A;  3LZT A;  4YM8 A;  1G0M A;  1GFE A;  122L A;  1LW9 A;  4YEM A;  2LYM A;  4ARL A;  3DN8 A;  4OO9 A;  5I54 A;  3HBD A;  4LYC A;  3CDO A;  1CU5 A;  1L92 A;  1LJ4 A;  145L A;  1HER A;  4EKQ A;  3CDQ A;  2MEF A;  1WQM A;  3HFM Y;  4W52 A;  3TXI A;  1DKJ A;  3GUO A;  5D5C A;  3GUK A;  4GCB A;  1XSF A;  1DPX A;  1LZ8 A;  3C80 A;  4NSJ A;  1UC0 A;  4HV2 A;  1L69 A;  166L A;  4WLX A;  1QT8 A;  1LYZ A;  1L90 A;  4BAD A;  4C5F A;  1GBX A;  5B05 A;  3HT8 A;  4BAF A;  2ZIJ A;  1GFG A;  2DQE Y;  1G7M C;  1L75 A;  4H9A A;  1GF8 A;  4H92 A;  3TXK A;  1XGP C;  235L A;  4I7Q A;  1C6P A;  1LJG A;  1V7T A;  2Q9D A;  2WAR A;  3ZEK A;  1CX6 A;  1HF4 A;  3AZ5 A;  1QUH A;  1NDG C;  1L57 A;  1G0Q A;  1CKF A;  1LJK A;  1TCY A;  211L A;  1XGT C;  186L A;  1C63 A;  4LT0 A;  1L13 A;  2I26 L;  4WLT A;  1QDR A;  1GB9 A;  3AJN A;  1JIT A;  3WUL A;  4H94 A;  1C6N A;  1OUJ A;  4LGK A;  177L A;  1C68 A;  1LI3 A;  1HEM A;  1BWJ A;  4XJH A;  3B0K A;  3M3U A;  1L03 A;  1LI6 A;  1KIR C;  1LYE A;  4H90 A;  3HTD A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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