1G1WA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/q105m
Total Genus 61
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFMMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)3H1 (159-161)EMPTYS1 (14-19)TI1 (20-23)AH9 (137-141)S2 (25-28)AH3 (60-80)S3 (31-34)TI'1 (54-57)AH7 (115-123)AH8 (126-134)AH10 (143-155)AH2 (39-50)AH4 (83-90)AH6 (108-113)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Structural and thermodynamic analysis of the binding of solvent at internal sites in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-10-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1g1wA00
1L13A 2O79A 2B7XA 4I7QA 1C6BA 3SBAA 1L70A 109LA 3SB7A 1C6FA 1CUQA 1L91A 1QTDA 3K2RA 1LYIA 4ARMB 4EJ4A 174LA 1L92A 1CV0A 1L22A 5I14A 145LA 1L88A 3CDVA 4ARJA 1L89A 1QT8A 1L48A 1L43A 233LA 1L76A 1G06A 4LDOA 2B74A 1D3MA 1JTMA 1KY0A 3C7YA 3HT6A 1L85A 186LA 170LA 1L41A 3HU8A 1L0KA 3C81A 1CUPA 3C8RA 3G3XA 4EKSA 118LA 3SB6A 3V2WA 144LA 1PQOA 4W54A 1L30A 4EXMA 1ZURA 3DN0A 252LA 3EMLA 1L45A 4I7MA 2ANVA 1OYUA 3GULA 1QT6A 141LA 180LA 1CV5A 1G1VA 1L20A 4ARMA 231LA 1L46A 1SWYA 1L25A 253LA 1P2LA 1L07A 1QT4A 251LA 1L08A 1LYJA 1PQKA 1JQUA 1L51A 247LA 2NTGA 238LA 1L47A 2LC9A 1C66A 4I7TA 2RB1X 2RBRA 1L01A 244LA 172LA 1L67A 242LA 3PDSA 1L66A 2CUUA 3SB9A 4GBRB 4W52A 254LA 171LA 3HUQA 1C6KA 1L18A 164LA 3SN6R 3HU9A 1L49A 3DN1A 1L62A 1LPYA 4ZPUA 1D3NA 1L60A 245LA 1LLHA 4ARPA 1C6TA 1CV6A 1DYGA 1C64A 1DYAA 1LYEA 1DYDA 1D2WA 1L50A 150LA 1L99A 1LYHA 1QT5A 1LGXA 1SWZA 1L98A 2RBSA 6LZMA 1G0MA 4OO9A 3C83A 3DNAA 1L56A 3LZMA 2RBOA 3ODUA 1PQJA 3NY8A 2L78A 177LA 1L24A 4ARQB 113LA 1SX2A 1C6MA 1C6IA 1TLAA 1L71A 152LA 1L52A 1LYFA 1PQIA 218LA 2OU9A 3L2XA 1JTNA 1L10A 1L37A 3DMZA 1C68A 1L83A 4PK0A 1L21A 1QT7A 243LA 2QARC 3GUMA 3DMXA 1L0JA 1EPYA 3HH5A 2HUKA 4ARLA 1L72A 4I7PA 1L68A 1KW5A 4I7SA 4W58A 1L27A 257LA 209LA 2B73A 1D9WA 2B72A 4YXCA 4EPIA 151LA 1L12A 115LA 1CX7A 163LA 1QTBA 1L28A 1C6HA 2RAZX 2OU0X 4W51A 4ARQA 1C6AA 4YX7C 1XEPA 215LA 240LA 228LA 3HTGA 2B6ZA 1CV4A 3HH6A 1C61A 3HT8A 1LYGA 1XJUA 255LA 1L06A 4EKQA 160LA 1LI2A 1CV1A 3QAKA 1L95A 3FI5A 3NY9A 1L87A 4YXAC 1L61A 162LA 205LA 2OTZX 1DYEA 214LA 1G0JA 183LA 1CU5A 1SX7A 3OE0A 2HULA 3DN8A 1LI3A 1L03A 120LA 2LZMA 1LI6A 1KW7A 167LA 1L11A 224LA 2F32A 3CDQA 226LA 1DYCA 1L05A 2F2QA 4LZMA 1C69A 1C6DA 3L64A 1QUGA 1L82A 1C6CA 2B6XA 1P5CA 2RH1A 1KNIA 4K5YA 1D3FA 1PQMA 206LA 1XJTA 147LA 1G0GA 3VW7A 126LA 3CDRA 262LA 1QT3A 1QS9A 3DN2A 142LA 1SSWA 250LA 1L00A 3HH4A 2RBQA 129LA 1SSYA 4I7KA 3G3WA 4W57A 4W53A 229LA 175LA 3OE9A 3C7WA 1OWZA 3SBBC 241LA 1L33A 1G0LA 256LA 3G3VA 1L40A 157LA 1L59A 1L75A 3HUKA 213LA 3RUNA 3PBLA 2OE7X 1K28A 3DN4A 1LWKA 4PJZA 1G0PA 1G07A 1CV3A 222LA 7LZMA 237LA 1L55A 199LA 211LA 1L04A 1LW9A 2RB0X 1OVKA 2RBPA 1L42A 1DYFA 111LA 1P3NA 139LA 235LA 188LA 3NYAA 1QTZA 2RBNA 1DYBA 2B75A 1L35A 223LA 3HT9A 225LA 3V2YA 3F8VA 138LA 259LA 1C62A 2O4WA 3HUAA 1L90A 1C60A 2Q9EA 1L57A 1QUDA 4LDLA 1L58A 210LA 258LA 1L29A 1L38A 1CTWA 3D4SA 3HTBA 1NHBA 187LA 3C8SA 1L94A 219LA 1L44A 1ZWNA 1L31A 168LA 123LA 1L79A 4IAPA 1L80A 3GUOA 127LA 1G0QA 1D2YA 181LA 1L09A 1QSQA 3SB5A 2B6WA 1L39A 3HWLA 1L65A 1C6NA 3DMVA 4EPFA 1LGUA 217LA 248LA 4DKLA 140LA 2LCBA 190LA 1LWGA 1P37A 1C6LA 1L84A 195LA 161LA 1L81A 1C67A 1CU0A 114LA 4E97A 1QUOA 2ANXA 1WTHA 3C7ZA 196LA 166LA 3HTFA 1T97A 3JR6A 1L63A 4I7NA 1G1WA 227LA 1C6PA 1L34A 198LA 2HUMA 3DKEX 1L23A 1P56A 1C6GA 1L26A 1T8AA 3HTDA 2NTHA 4W55A 165LA 1L74A 189LA 128LA 1OV5A 1L77A 130LA 1C63A 220LA 107LA 1OV7A 201LA 173LA 119LA 3HDEA 4LDEA 1P36A 3UONA 246LA 1KS3A 3OE8A 2OE4X 1L15A 4EKPA 200LA 261LA 1CX6A 3HDFA 3RZEA 3C82A 1LGWA 1CU6A 1QTVA 1C6EA 2Z6BA 4DJHA 197LA 1L19A 3C8QA 125LA 102LA 169LA 1L73A 3C80A 131LA 1C65A 3GUNA 3CDOA 2RAYX 3GUIA 3SB8A 221LA 1P64A 112LA 1C6JA 1T6HA 1P7SA 1CVKA 1L32A 1P6YA 4I7RA 1L69A 3F9LA 3FA0A 2QB0B 1OVJA 159LA 178LA 212LA 156LA 249LA 176LA 137LA 2F47A 110LA 1L53A 1P2RA 1PQDA 4I7LA 2OE9X 3CDTA 2RB2X 230LA 236LA 103LA 234LA 2IGCA 2OTYX 3GUJA 4AQNA 5LZMA 3GUKA 1QSBA 1ZYTA 1L97A 122LA 158LA 1L14A 2B6YA 3OE6A 2OEAX 216LA 1QTCA 1OVHA 1L93A 1LYDA 239LA 3HT7A 182LA 1QTHA 2B70A 1T8FA 191LA 3HH3A 2Q9DA 2OU8A 184LA 104LA 4S0WA 1L16A 155LA 1L86A 4W56A 1G0KA 1L54A 149LA 1OWYA 4W59A 1CU3A 185LA 4I7JA 143LA 1T8GA 1L17A 1C6QA 232LA 1CU2A 192LA 1QS5A 2O7AA 1L96A 4I7OA 260LA 1I6SA 1L02A 2A4TA 4DAJA 3FADA 1P46A 1KY1A 4GRVA 1L36A 3GUPA 146LA 148LE 3DN6A 4EKRA 1L64A 2B6TA 1QUHA 108LA 3DN3A 1D3JA 1B6IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3EXDA 1WVVA 4NWHA 1L13A 2B7XA 1C6BA 1LYSA 109LA 4Z98A 1QTDA 4EJ4A 5L3IA 4GCDA 4WLXA 1L22A 3TXEA 1KXXA 4DD7A 1XGUC 3G3BB 1L89A 1TDYA 4HPEA 1WTMA 4ZEEA 4LDOA 5B59A 1KY0A 4LZTA 4H9EA 186LA 1T6VL 3EO5A 1MELL 4HV1A 4QGZA 4M6DA 4EKSA 3WVYA 1HFZA 3V2WA 144LA 5LINA 252LA 1IOCA 2ANVA 1F10A 5HNLA 1LJHA 2Z38A 141LA 1FKVA 1GBYA 1JKCA 4WM6A 3W6CA 1JTPL 5IHGA 253LA 4B0DA 1L07A 1QT4A 2EIZC 2Z18A 1LZGA 1RE2A 2BQCA 1GB0A 2YVBA 4KL7A 1LSFA 2NTGA 3AZ7A 1GAZA 3EMSA 4I7TA 2MEAA 1L67A 1DI3A 1L66A 2CUUA 4WOAA 4BS7A 4ZFPA 164LA 3HU9A 1L49A 4B1AA 1A2YC 1L62A 4GCCA 245LA 4ARPA 1C6TA 1C64A 1GBSA 1L50A 1JUGA 1BGIA 1HEQA 1QT5A 2RBSA 3BKVA 4DDCA 1VDPA 3WU9A 1G7JC 3LZMA 2RBOA 1IC5Y 4G9SA 3OK0A 4RLMA 1YILA 1FLWA 3ZVQB 1SX2A 1C6MA 3BKHA 4CGEA 152LA 3W6FA 1IOQA 218LA 9LYZA 1L10A 1C68A 1P2CC 1N4FA 2XBSA 243LA 3CSQA 2DBTA 2BQLA 1ALCA 3DMXA 4QY9A 2CWIA 3WW6A 5DN4A 3HBHA 4WLYA 4ETDA 1KW5A 1NQIA 1XEIA 1UICA 1ZMYL 4N5RA 3W3EA 4NSJA 1D9WA 4Z46A 4HSFA 1TCYA 115LA 163LA 2LYMA 4NG1A 4PPOA 2OU0X 4ARQA 1GF0A 1XEPA 240LA 3HTGA 3RZ4A 1C61A 3HT8A 1CNSA 4H9FA 1RFPA 2AUBA 8LYZA 4FDYA 4YXAC 1DYEA 3T6UA 1CU5A 1SX7A 3J4GA 1LI3A 1GFHA 5KXSA 4FJRA 167LA 2A7FA 2F32A 3L64A 3TXGA 2G4QA 2XTHA 1BQLY 1D3FA 147LA 1G0GA 1HEWA 4IATA 3VW7A 4DD1A 3CDRA 4I8SA 2X0AA 1GBXA 4LT0A 2W1MA 4N8ZA 1QS9A 1LKSA 3DN2A 1SSWA 4H90A 2I25L 1L00A 3HH4A 2ZQ4A 5APFA 4GCEA 4R6CA 1XEKA 1LJGA 1H87A 3G3WA 4W53A 2BQGA 4L41A 1YKXX 1WQPA 4YEMA 4XJIA 3SBBC 1L33A 1QUSA 5LAGA 1KIPC 1UCOA 3QE8A 4HJYA 1L75A 2HEBA 3PBLA 1D9UA 4NHQA 3DN4A 4I0CA 1CV3A 222LA 7LZMA 1YIKA 1L55A 211LA 3IJUA 1IP7A 5APEA 2HEDA 1FBIX 2RBPA 1L42A 1LYYA 1J1PY 1XEJA 4OOTA 1NF5A 5C6LA 1HEPA 2BQOA 4H9AA 223LA 3HT9A 4TWSA 4GCFA 225LA 5B07A 5LAFA 3F8VA 3A6BY 3HUAA 4DYGA 1LHIA 1L58A 1IVMA 258LA 1L38A 1C43A 3TMVA 4DD2A 219LA 1ZWNA 1LMNA 2F4GA 5KXYA 123LA 4XENA 1G0QA 2FYDA 1GB3A 1VATA 3WYHA 3HWLA 1LJKA 4EPFA 1LGUA 1LZSA 3LZTA 4NSIA 6LYTA 195LA 4ET8A 1GB6A 1QUOA 2ANXA 1JJ0A 1HC0A 3A3RX 1G1WA 227LA 4NY5A 4AGAA 5B06A 3DKEX 2DQIY 1L26A 1B5ZA 1OUFA 2YBLA 1RJCB 1L77A 4IJ4A 4H8XA 3B0IA 4LDEA 3CT1A 1GPQC 1XGPC 3OE8A 1QTKA 200LA 5L9JA 2BQDA 1CX6A 2MEIA 4LYZA 1CU6A 1QTVA 1C6EA 3A91A 4DJHA 4BAPA 3C8QA 125LA 1CKGA 1L73A 1B7PA 3TMWA 1C65A 4NGZA 4RLNA 3GUNA 1EL1A 3GUIA 3SB8A 1P64A 1UBZA 1C6JA 4NSHA 2HUBA 3WXTA 1LZ9A 2N5ZA 1B5UA 3FA0A 159LA 1PS5A 2BQHA 1LYZA 178LA 4XJFA 212LA 1B9OA 4PGJB 1GF4A 1B7OA 1IR9A 2F47A 1NHEA 236LA 1YROA 5FEKA 4CFPA 4WO9A 1LSDA 1BWJA 5LZMA 3N9EA 4XYYA 2HU3A 2Y8PA 5I4WA 4PRQA 5DL9A 1L93A 1D0LA 4WL6A 1HMKA 1JTOL 1LTMA 1LYDA 239LA 4WO6A 2B70A 1T8FA 4KXIA 1IORA 2G4NA 1L16A 3A95A 1B5YA 1LZNA 4UWVA 1LZCA 1LOZA 208LA 4W59A 4I7JA 1C45A 1T8GA 1G7LC 3T36A 1B7LA 2RSCA 1L17A 1YAQA 192LA 4WMGA 1YAMA 2O7AA 1L96A 3A8ZA 3WW5A 2IHLA 3GUPA 4M4OA 5F16A 3IWRA 1OUDA 3W6AA 1QUHA 5F9UA 1LJIA 1D3JA 1FKQA 2O79A 3SBAA 5HLLA 1L70A 1HSWA 4LFPA 1WQOA 2HECA 1REYA 1GB8A 1JSFA 1FDLY 1LYIA 174LA 5DM9A 1L92A 1CV0A 5I14A 145LA 2BQJA 4GN3A 1JKBA 4ARJA 1L48A 1L43A 233LA 1G06A 1JTMA 1KIRC 1L85A 170LA 2YBIA 3HU8A 4LT1A 3B6LA 3C81A 3G3XA 3SB6A 1HFYA 4HJZA 1B7QA 4WM4A 1OYUA 1JEFA 1GFGA 153LA 1G7MC 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3EXD A;  1WVV A;  4NWH A;  1L13 A;  2B7X A;  1C6B A;  1LYS A;  109L A;  4Z98 A;  1QTD A;  4EJ4 A;  5L3I A;  4GCD A;  4WLX A;  1L22 A;  3TXE A;  1KXX A;  4DD7 A;  1XGU C;  3G3B B;  1L89 A;  1TDY A;  4HPE A;  1WTM A;  4ZEE A;  4LDO A;  5B59 A;  1KY0 A;  4LZT A;  4H9E A;  186L A;  1T6V L;  3EO5 A;  1MEL L;  4HV1 A;  4QGZ A;  4M6D A;  4EKS A;  3WVY A;  1HFZ A;  3V2W A;  144L A;  5LIN A;  252L A;  1IOC A;  2ANV A;  1F10 A;  5HNL A;  1LJH A;  2Z38 A;  141L A;  1FKV A;  1GBY A;  1JKC A;  4WM6 A;  3W6C A;  1JTP L;  5IHG A;  253L A;  4B0D A;  1L07 A;  1QT4 A;  2EIZ C;  2Z18 A;  1LZG A;  1RE2 A;  2BQC A;  1GB0 A;  2YVB A;  4KL7 A;  1LSF A;  2NTG A;  3AZ7 A;  1GAZ A;  3EMS A;  4I7T A;  2MEA A;  1L67 A;  1DI3 A;  1L66 A;  2CUU A;  4WOA A;  4BS7 A;  4ZFP A;  164L A;  3HU9 A;  1L49 A;  4B1A A;  1A2Y C;  1L62 A;  4GCC A;  245L A;  4ARP A;  1C6T A;  1C64 A;  1GBS A;  1L50 A;  1JUG A;  1BGI A;  1HEQ A;  1QT5 A;  2RBS A;  3BKV A;  4DDC A;  1VDP A;  3WU9 A;  1G7J C;  3LZM A;  2RBO A;  1IC5 Y;  4G9S A;  3OK0 A; 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