1GB2A

Crystal structure of mutant human lysozyme substituted at the surface positions
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KMFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
EMPTYTI1 (39-42)TVIII1 (86-89)TI'1 (36-39)3H4 (122-124)AH1 (5-15)TII1 (17-20)O1 (6-128)AH3 (89-101)3H1 (20-22)AH2 (25-36)TI3 (55-58)S2 (51-54)TIV1 (46-49)TI4 (60-63)TIV2 (67-70)S3 (59-60)TI5 (61-64)TII2 (70-73)TI6 (75-78)3H2 (81-84)3H3 (105-108)AH4 (110-116)TI7 (102-105)TII4 (125-128)S1 (43-46)TII3 (116-119)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
publication title Role of surface hydrophobic residues in the conformational stability of human lysozyme at three different positions.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 51
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1gb2A00
4J1BA 2HU1A 2A7FA 1LZCA 4OOOA 5DM9A 1LJFA 1WQNA 1HNLA 5I53A 3TXIA 3WPLA 2BQAA 2N5ZA 4AXTA 1YAOA 1CKCA 1XGPC 4BS7A 1CNSA 3CSQA 3WVYA 2EKSC 1V7SA 1BWHA 1GFVA 1LSDA 4HV2A 3W3EA 4FDYA 3TXEA 2DQIY 2B5ZA 4EMNA 1YQVY 4YOPA 5C6IA 4NGKA 3AGGG 2BQJA 1LCNA 1JSFA 1G7MC 1XGUC 2LZ2A 4LYZA 3WPKA 4CHXA 2W1YA 2FYDA 1B7SA 2FBBA 1DI5A 2C8PA 5KXTA 2YBHA 1D0MA 1LKSA 3A90A 1WTMA 1KIQC 1HELA 3F6ZA 5I4YA 1FN5A 2EIZC 3VWOA 3OJPA 1NDMC 1QTKA 2PC2A 1JTOL 2LYMA 4NHIA 1T6VL 2BPUA 2W1LA 1P2CC 2YBJA 4YEOA 1GFRA 4LT3A 3A96A 1TCYA 4J1AA 1IR7A 4GN5C 3A92A 2YBMA 5C6LA 4NFVA 4DD1A 3W6AA 1LMOA 4R6CA 1JEFA 1XGTC 4B49A 1B5WA 5KKIA 4W94A 4QDNA 5APCA 3SP3A 3WXUA 4LGKA 3TMWA 1BWJA 3WW5A 2BQLA 5LVKA 3FI7A 4QEQA 3A8ZA 1NDGC 4G49A 2G4PA 4TUNA 4UWNA 1LHLA 2Z19A 5B1GA 5LIOA 4YENA 3TMVA 4DD7A 3RNXA 5LYMA 4WM1A 4Z41A 4G4CA 1JIYA 1YL0X 3ULRA 1DPWA 4WM6A 1IR9A 1REZA 1EQEA 1LSYA 3A94A 1TAYA 3WW6A 5KXLA 2BLXA 1SLYA 3MGWA 1AT5A 1KXWA 1ZVHL 5B07A 4PJ2C 4CJ2A 3RZ4A 1ZVYB 1C43A 3TXBA 1DI3A 1Z55A 132LA 1GBXA 5HMJA 1EQ4A 4DDAA 1E8LA 3AB6A 5A3ZA 1HF4A 5DN4A 3OK0A 4HTQA 3A3QA 2BQBA 2HU3A 4NHQA 4IATA 3K3TA 1DPXA 1LJGA 1B5ZA 2Z12A 1WQMA 3LZTA 1HENA 1NF5A 2X0AA 1HHLA 1JJ3A 4H9EA 1LSMA 1GEVA 1GAZA 5APDA 1D9UA 1VFBC 2Z37A 3HBEX 4WL6A 2BLYA 5KXPA 1IP2A 5LVJA 4LFXA 1UA6Y 2ZIKA 1IWUA 4G4BA 5A3EA 1IWYA 3A6CY 4ML7A 1IORA 1GXV2 2YDGA 1GHLA 4N9RA 1CKFA 5B05A 4WLYA 4HP0A 1GF9A 2BQDA 3EXDA 1IIZA 2D4JA 2H5ZA 2LZTA 1YIKA 1OUBA 2HEAA 1LZEA 1GB2A 1VAUA 2DQJY 2Q0MX 4WM2A 1FKVA 2DBTA 4LT0A 1YAMA 2RSCA 3G3BB 1LJ4A 1JUGA 5D5FA 3D9AC 1LPIA 1YKYX 1LHKA 3T36A 4H9HA 1ZV5L 4XN6A 1BQLY 2CDSA 1NHEA 3B0OA 4H9CA 4IJ4A 1A4VA 4RW2A 5ILCA 3B6LA 4OWBA 1IC7Y 4B1AA 1XEKA 3HFMY 4QGZA 5DN5A 5L3HA 1IP4A 4OWCA 1LZ8A 3W6DA 5L3IA 4DDBA 1WTNA 2G4QA 4UWUA 2BQHA 1NBZC 1LZGA 4A7DA 1LSFA 1CJ6A 1LJIA 4N5RA 4NGIA 1JKBA 4LFPA 4RLMA 1W08A 2IFFY 1IVMA 3LYOA 3M3UA 1LSBA 1HEWA 4G9SA 2BQFA 6LYZA 7LYZA 1GFKA 4CFPA 1CKGA 1FLYA 1GFUA 1LAAA 1LTMA 3N9EA 3W6FA 1IY3A 1D0LA 2ZILA 6LYTA 1QUTA 1EL1A 1OUFA 3AZ5A 1B5XA 1GBYA 1GE0A 3AJNA 4GN4A 1LHJA 2YBLA 2ZYPA 4Z98A 5FHWA 5KXMA 3P4ZA 4N1CC 4KL7A 4NEBA 1LZAA 4L41A 4H93A 4D9ZA 1QSAA 2G4NA 4TX7A 4HTKA 3CQLA 1IOTA 1IP3A 1JKAA 3CSRA 4N1EI 2Z39A 4TTDA 1LMQA 3TXHA 1GF3A 1REYA 1IC5Y 4B4EA 5HLLA 1BB4A 4LT2A 1DZBX 2MEBA 2NWDX 4P2EA 1G7LC 1AZFA 1WVVA 4I0CA 1IX0A 1HEMA 1I20A 3N9CA 4B0DA 2W1MA 1YKXX 1N4FA 2F4GA 4GLAA 3GXKA 1RJCB 154LA 2GV0A 2C8OA 1RI8B 3WH1A 1XEIA 1SQ2L 4BADA 1JJ0A 4NHPA 3WMKA 4NGVA 4MSTA 2IHLA 5I5QA 4ETBA 3GXRA 5APEA 1OUCA 3W6CA 5LA8A 1AT6A 1C08C 4WOAA 5D5CA 4DYGA 1IOSA 1VDSA 4KT3A 1CJ8A 1LMTA 2YBIA 4IASA 1DI4A 2HUBA 3P68A 1G7IC 2YBNA 3G3AB 4DD3A 2MECA 1JTTL 1HEQA 1GWDA 1BWIA 1LSAA 3LYMA 5J7CA 4HPEA 1IWTA 2MEHA 4HTNA 4PPOA 4TWSA 2DQFC 4DWXA 4LT1A 5KJ9A 5KXXA 4LYBA 4NGZA 3LYTA 1REXA 4PHIA 5LVHA 4XENA 2HEDA 1HFZA 1GB0A 2ZYCA 1FLQA 1GF6A 1WQRA 1YROA 2BAAA 2VB1A 4GCBA 4UWVA 5KXZA 1HSXA 3TXGA 2XJWA 1T3PA 1HFXA 4YEMA 1LZ9A 3QY4A 3WU9A 1OUJA 1TDYA 2YVBA 5I54A 1GB7A 1REMA 1JKDA 1NBYC 1VEDA 4PRUA 1B7OA 5KXNA 3ZVQB 4O34A 2HECA 1NMMA 1C7PA 5HNCA 5JENB 4W96A 4M4OA 4RLNA 3BKVA 3AZ4A 1UCOA 3LZ2A 2FBDA 1YILA 1QQYA 1LJKA 1C10A 3IJVA 5FELA 1B7LA 4WM3A 2CJLA 5LINA 4NY5A 5B59A 1IC4Y 2MEGA 4GLVA 3W6EA 4Z3MA 1F6SA 1MELL 5KXWA 5KXRA 4X3BA 1DXJA 4HPIA 4H91A 5LXWA 4H8ZA 1UIBA 3WU8A 1CJ9A 2DQCY 4ET9A 3A95A 3AGHA 2DKVA 1B0DA 1PZYA 1QDTA 1AM7A 208LA 2F30A 2MEEA 4H9FA 1O23A 5LA5A 4H92A 4GCCA 3A3RX 3P64A 4C3WA 1B7NA 3EO5A 2ZWBA 4XJIA 1KXXA 4HJVA 1RCMA 1D6QA 1JITA 4MCKA 4NG8A 1B7MA 5DL9A 4NSGA 5KXOA 1GB3A 4NGOA 4PRQA 1OUGA 1LJ3A 5KXSA 2D91A 5F16A 3A6BY 1GXXA 1B7RA 4TSBA 1FLWA 1QUSA 1JISA 1W6ZA 3A67Y 1ALCA 1B7QA 1J1PY 1IOCA 5F81A 4WM5A 194LA 1UIDA 3AGIA 3TMUA 3QE8A 5HQ1A 4KXIA 4NSIA 1LMNA 3B72A 3AZ6A 5FCPA 1GB6A 2BQOA 1D6PA 2Z2EA 3LHMA 1IOQA 3A93A 1TEWA 1GFTA 5EBHA 1QSWA 4NHSA 1WQPA 2ZQ3A 3WUMA 1UIEA 4DC4A 2EQLA 3AZ7A 1QTEA 3A91A 1D0KA 2I6ZA 4C5FA 5M1YA 1FKQA 1IWWA 1GF7A 8LYZA 4OWAA 1GFHA 4RDSA 1HEPA 1XGQC 2D4KA 1PS5A 9LYZA 2MEDA 4AGAA 4NHTA 4YF2A 4HJZA 4NGJA 4DD2A 1UACY 1LYSA 1LZ6A 5LVIA 1OP9B 1OUHA 2H9JA 4E3UA 3RW8A 1LMAA 5KXKA 1GBWA 4WO9A 1B7PA 1UC0A 2Z38A 1AKIA 4WG7A 3E3DA 3CT1A 2MEFA 4R0FA 1LMCA 1LSPA 4XYYA 1JHLA 1LSGA 4H1PA 4LYTA 4NSHA 135LA 3FE0A 2EPEA 4FJRA 5KY1A 1QIOA 134LA 1LYZA 2AUBA 4XJBA 4BAPA 1BHZA 4Z46A 4KPMA 1ZMYL 5F14A 2W1XA 1FBIX 4DD0A 4DT3A 1J1XY 2F4AA 2CGIA 1HSWA 2A7DA 4M6DA 4LYOA 1CKDA 3B0KA 4XJHA 3BKHA 1GD6A 1HERA 1UIGA 2LYOA 1GEZA 1OQMA 5IHGA 4N0JA 1GFJA 1GFAA 1MLCE 5C6JA 1LKRA 5FDJA 1GE3A 1QDRA 1LJNA 4BAFA 4NIJA 4H9AA 3RT5X 2D6BA 1HMLA 1C45A 1IP6A 3T6UA 4WLXA 3RU5A 1VDQA 4WLTA 5FEKA 3WVXA 3TMXA 1LZNA 4CFOA 4WLDA 3IWRA 3LN2A 1LZBA 1WQQA 1LZSA 3CT5A 4EOFA 2DQHY 3CSZA 2MEAA 4GCDA 4ET8A 3TXDA 4MR1A 5HMVA 2WARA 5B1FA 1LOZA 4B4IA 3W6BA 2Z2FA 3ATOA 3AYQA 1F0WA 1BB7A 1GB9A 153LA 2Z18A 4QY9A 4II8A 5HNLA 5IELA 1IY4A 1IP5A 4NWHA 4ETDA 1VDTA 2I25L 1DQJC 4N8ZA 1LZ4A 3M18B 4ZEEA 1HMKA 1KIRC 1BVXA 2F2NA 1B9OA 1H6MA 3WUNA 1YL1X 2DQDY 4ETEA 133LA 5LYTA 2ZQ4A 4OW1A 4ZFPA 1BB3A 1CKHA 1GE4A 4XADA 3ZEKA 4NGYA 1YANA 3J6KA 4ANRA 4HV1A 1A2YC 3EBAB 1LSCA 4NGLA 1YAQA 2BQMA 2H9KA 2FYCA 4WMGA 1HFYA 1DKJA 1F6RA 1IWZA 2ZNWY 1OUIA 4GCEA 2YSSC 4GN3A 5FSTA 1LZ1A 2Y8PA 1LMPA 4ETAA 1UIFA 1BB6A 5LVGA 1UIHA 1LZDA 207LA 3TXKA 1LSZA 3AW6A 3P65A 2LYZA 4WL7A 4NG1A 1GDWA 1LSNA 4GCFA 1I56A 3WULA 3TXFA 1IO5A 3WYHA 4DD9A 1B5YA 1LJEA 2D4IA 1B5UA 3IJUA 1GE1A 1GF5A 2HEFA 1LSEA 5DLAA 5LYZA 3TXJA 5E9RA 4WM4A 2DQEY 3WPJA 1UUZC 1G7HC 1OUAA 4I8SA 5ILFA 2BQIA 5LAFA 1C46A 4H94A 2HEEA 1CJ7A 4ETCA 1UICA 1KIPC 1GDXA 1KXYA 1NKHA 3N9AA 1LJJA 4PGJB 4NGWA 1JPOA 1XSFA 2XBRA 1B2KA 1LYOA 4NSJA 1BVKC 2LHMA 1J1OY 1IR8A 1JWRA 1YKZX 3KAMA 4B4JA 5AMYA 5KXYA 1F10A 4H9BA 3WXTA 1JKCA 1JSEA 1WVUA 2BQGA 2CWIA 1JTPL 1RFPA 2I26L 4WG1A 1INUA 5F9XA 1GFGA 1I1ZA 4XJGA 4OOTA 1V7TA 1IWXA 2HTXA 1LZRA 2BQEA 2DQAA 4TSCA 5K7OA 1H87A 1HEOA 2XTHA 4CGEA 1VATA 2ZIJA 2XBSA 3ATNA 3D3DA 1GF8A 1OUDA 4H90A 1IEEA 4G4HA 4XJDA 5LAGA 1HC0A 4HSFA 1XGRC 1LJHA 3EMSA 1LHMA 4NWEA 5I4WA 4OWHA 1G7JC 1YAPA 1LHIA 1UIAA 3A34A 3QNGA 3J4GA 4XJFA 1DKKA 2BQNA 1IP1A 4DDCA 1RE2A 3HBHA 4RW1A 4HJYA 5II3A 4OWEA 1GBZA 1GFEA 1GF4A 3WL2A 2HEBA 2BQCA 1BGIA 1FLUA 1LHHA 5APFA 1LYYA 3CB7A 1BB5A 1EQ5A 5IDDA 4H8YA 1JJ1A 1B5VA 1LZ5A 4J7VA 4WO6A 4ZIXA 1TBYA 2BQKA 5I4XA 1UBZA 1GB8A 2DQGY 4H8XA 1FDLY 4LYMA 1NWGA 1GPQC 1GB5A 3B0IA 1GBOA 4YM8A 3P66A 193LA 3ZVQA 3WUAA 4U3XB 4LZTA 5F9UA 1OUEA 3WU7A 3CT0A 1XFPL 4H9IA 2MEIA 2ZNXY 1GF0A 1IWVA 1LZYA 3AW7A 1GE2A 1WQOA 5T3FA 1NQIA 1VDPA 1LZTA 1XEJA 3LYZA 4J0LA 5L9JA 1IP7A 4LYCA 3HBDA 1GBSA 5B06A 5KKJA 1GAYA 5E4PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HU1A 1P2LA 1WQNA 1PQDA 1HNLA 3TXIA 149LA 2NTGA 1CKCA 1CNSA 1C6CA 1L23A 3DN8A 2EKSC 2RBQA 1DI5A 5KXTA 3A90A 1LKSA 107LA 196LA 4DQ5A 1T6VL 2BPUA 248LA 4LT3A 3A96A 3A92A 3CDQA 240LA 112LA 1LMOA 1XGTC 3C80A 1BWJA 3WW5A 181LA 5LIOA 1NDGC 1LHLA 3G3XA 4YENA 4WM1A 1DYDA 4G4CA 3A94A 226LA 4CJ2A 1SSYA 1C43A 1GBXA 3AB6A 1P64A 2HU3A 1PQJA 212LA 1L86A 3K3TA 1LJGA 1WQMA 1HENA 2X0AA 2OE9X 1LSMA 3HBEX 1L82A 5KXPA 1IP2A 1QUOA 1L62A 129LA 4AQNA 1UA6Y 1IWYA 1GXV2 4N9RA 1CKFA 5B05A 4HP0A 2H5ZA 2HEAA 1GB2A 1CU0A 2DQJY 2DBTA 1YAMA 1LJ4A 1JUGA 5D5FA 3T36A 1YKYX 1LHKA 1C6KA 1ZV5L 2CDSA 3NYAA 4IJ4A 1L50A 5ILCA 250LA 1LYEA 3GUKA 4QGZA 4PJZA 1IP4A 4OWCA 1LZ8A 3SN6R 1LZGA 4A7DA 1C6PA 4NGIA 4RLMA 2IFFY 7LYZA 1FLYA 3N9EA 1IY3A 103LA 1OUFA 1QT4A 1GBYA 3AJNA 3SBBC 3HH5A 3P4ZA 2QARC 4NEBA 1LGXA 3HUKA 1QSAA 2G4NA 3CQLA 1IP3A 4N1EI 1LMQA 4LT2A 2NWDX 1IX0A 2W1MA 1N4FA 3GXKA 1RJCB 3WH1A 3CDTA 4BADA 4NHPA 2B6ZA 4NGVA 2OU8A 3W6CA 5LA8A 4WOAA 1IOSA 4KT3A 4IASA 1DI4A 2HUBA 1G7IC 2YBNA 1L39A 3G3AB 1XJTA 2MECA 1JTTL 1L24A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4J1B A;  2HU1 A;  2A7F A;  1LZC A;  4OOO A;  5DM9 A;  1LJF A;  1WQN A;  1HNL A;  5I53 A;  3TXI A;  3WPL A;  2BQA A;  2N5Z A;  4AXT A;  1YAO A;  1CKC A;  1XGP C;  4BS7 A;  1CNS A;  3CSQ A;  3WVY A;  2EKS C;  1V7S A;  1BWH A;  1GFV A;  1LSD A;  4HV2 A;  3W3E A;  4FDY A;  3TXE A;  2DQI Y;  2B5Z A;  4EMN A;  1YQV Y;  4YOP A;  5C6I A;  4NGK A;  3AGG G;  2BQJ A;  1LCN A;  1JSF A;  1G7M C;  1XGU C;  2LZ2 A;  4LYZ A;  3WPK A;  4CHX A;  2W1Y A;  2FYD A;  1B7S A;  2FBB A;  1DI5 A;  2C8P A;  5KXT A;  2YBH A;  1D0M A;  1LKS A;  3A90 A;  1WTM A;  1KIQ C;  1HEL A;  3F6Z A;  5I4Y A;  1FN5 A;  2EIZ C;  3VWO A;  3OJP A;  1NDM C;  1QTK A;  2PC2 A;  1JTO L;  2LYM A;  4NHI A;  1T6V L;  2BPU A;  2W1L A;  1P2C C;  2YBJ A;  4YEO A;  1GFR A;  4LT3 A;  3A96 A;  1TCY A;  4J1A A;  1IR7 A;  4GN5 C;  3A92 A;  2YBM A;  5C6L A;  4NFV A;  4DD1 A;  3W6A A;  1LMO A;  4R6C A;  1JEF A;  1XGT C;  4B49 A;  1B5W A;  5KKI A;  4W94 A;  4QDN A;  5APC A;  3SP3 A;  3WXU A;  4LGK A;  3TMW A;  1BWJ A;  3WW5 A;  2BQL A;  5LVK A;  3FI7 A; 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 1JWR A;  1YKZ X;  3KAM A;  4B4J A;  5AMY A;  5KXY A;  1F10 A;  4H9B A;  3WXT A;  1JKC A;  1JSE A;  1WVU A;  2BQG A;  2CWI A;  1JTP L;  1RFP A;  2I26 L;  4WG1 A;  1INU A;  5F9X A;  1GFG A;  1I1Z A;  4XJG A;  4OOT A;  1V7T A;  1IWX A;  2HTX A;  1LZR A;  2BQE A;  2DQA A;  4TSC A;  5K7O A;  1H87 A;  1HEO A;  2XTH A;  4CGE A;  1VAT A;  2ZIJ A;  2XBS A;  3ATN A;  3D3D A;  1GF8 A;  1OUD A;  4H90 A;  1IEE A;  4G4H A;  4XJD A;  5LAG A;  1HC0 A;  4HSF A;  1XGR C;  1LJH A;  3EMS A;  1LHM A;  4NWE A;  5I4W A;  4OWH A;  1G7J C;  1YAP A;  1LHI A;  1UIA A;  3A34 A;  3QNG A;  3J4G A;  4XJF A;  1DKK A;  2BQN A;  1IP1 A;  4DDC A;  1RE2 A;  3HBH A;  4RW1 A;  4HJY A;  5II3 A;  4OWE A;  1GBZ A;  1GFE A;  1GF4 A;  3WL2 A;  2HEB A;  2BQC A;  1BGI A;  1FLU A;  1LHH A;  5APF A;  1LYY A;  3CB7 A;  1BB5 A;  1EQ5 A;  5IDD A;  4H8Y A;  1JJ1 A;  1B5V A;  1LZ5 A;  4J7V A;  4WO6 A;  4ZIX A;  1TBY A;  2BQK A;  5I4X A;  1UBZ A;  1GB8 A;  2DQG Y;  4H8X A;  1FDL Y;  4LYM A;  1NWG A;  1GPQ C;  1GB5 A;  3B0I A;  1GBO A;  4YM8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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