1GB6A

Crystal structure of mutant human lysozyme substituted at the surface positions
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAINACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Role of surface hydrophobic residues in the conformational stability of human lysozyme at three different positions.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 52
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1gb6A00
5DLAA 4N1EI 1CJ8A 1GBYA 2I25L 4EOFA 1B5UA 1GFVA 3TXJA 1QSWA 4MCKA 3ZVQA 1YROA 5J7CA 4M4OA 3W6CA 1LZAA 2Z18A 5KXSA 1XGRC 4WLXA 1YKZX 4PPOA 4XJDA 1REZA 4X3BA 4DYGA 1IR9A 1F0WA 1VFBC 2BQKA 4I0CA 2MEAA 3TXBA 1OUCA 4NFVA 4RLNA 1LSMA 2BQHA 3VWOA 1G7HC 1LJGA 5KY1A 1TCYA 1IOCA 1OP9B 1IP4A 4HSFA 3EMSA 3CT0A 4ANRA 1WQOA 4GCFA 4W96A 5I4YA 4WM4A 1LSNA 2Q0MX 2FYDA 4LZTA 3WH1A 1LMPA 2HECA 1AM7A 1JTTL 2ZQ3A 3AGIA 4NGLA 4WLYA 5HQ1A 2CGIA 2MEGA 4AGAA 3A6BY 5II3A 1GBWA 2HEFA 1JWRA 5A3ZA 1AZFA 1CJ6A 1WVUA 1IP6A 5E9RA 1HMLA 1GEVA 4ZEEA 194LA 3B0OA 1LZSA 3ATOA 3E3DA 4NGYA 1HELA 2PC2A 4MR1A 3LHMA 5APDA 4IATA 3BKHA 1VEDA 3A91A 3EXDA 3TXDA 1IP1A 1BWIA 3A94A 4PHIA 1YAPA 1GF4A 5LINA 5I4XA 4LYZA 1XGPC 1BWHA 5KKJA 1XGTC 3WU8A 1NBYC 4YEOA 4O34A 4DD0A 2BQLA 4DDAA 1HEMA 3G3BB 3WPLA 4E3UA 4TTDA 5JENB 1DI4A 1NBZC 2XBSA 4YF2A 1BB7A 3SP3A 1JIYA 1LSZA 1EQEA 4OOTA 4H9EA 2FBBA 4HPIA 1GFEA 1KIRC 1GB8A 3AZ5A 1J1OY 1JPOA 3QNGA 2I6ZA 1JKBA 2BQEA 4OWAA 2EIZC 3CSQA 5F16A 5F9XA 3AZ6A 1QSAA 4LFXA 1XEIA 1UIHA 1UA6Y 4FDYA 5F81A 5KXYA 1TBYA 5LA5A 2YDGA 5APFA 1KIPC 1LJEA 2YBHA 1UIFA 4TX7A 3WUMA 1GB3A 2W1XA 2ZILA 1GWDA 1HEQA 5LXWA 1DQJC 3J6KA 5APCA 4NEBA 3ATNA 1OUHA 2ZNXY 3WU7A 4H90A 1GF7A 2BQCA 2EKSC 4YOPA 1IVMA 3LN2A 4GCEA 3RT5X 2WARA 4H9BA 2G4PA 2LYZA 3TMVA 1NDGC 2C8PA 2LZTA 1FKQA 1LMCA 1LZGA 2DQDY 5FDJA 4DWXA 1GPQC 1HFYA 2LYOA 1NHEA 3AYQA 4H1PA 1LZNA 1QDTA 2BQFA 3A90A 3P65A 3W6DA 4BS7A 4ET9A 4G4CA 4NGVA 1IR7A 3OK0A 1BB4A 4KT3A 4XJHA 153LA 1B5ZA 1W08A 1LZTA 4H9AA 1C46A 1B5WA 2G4QA 2VB1A 5FCPA 1WQPA 2FBDA 4Z98A 1LHKA 2F2NA 1KXYA 1UCOA 1LZ6A 3RU5A 1GBSA 5F9UA 3T36A 1YKYX 1DZBX 1LYZA 3WMKA 1FLUA 1BVXA 1IWWA 1HERA 1XSFA 1P2CC 1A2YC 1TAYA 4N1CC 4ZIXA 2HU3A 2B5ZA 1IWZA 1ZVHL 2F4AA 4N0JA 3TMXA 5F14A 4H9FA 1IX0A 2HEAA 4TSBA 1DI5A 4B0DA 1NDMC 4H94A 1T3PA 2X0AA 5DN5A 1HSXA 4XENA 1GFAA 4QY9A 1VATA 1B5VA 1I20A 1OQMA 1GE0A 1LYYA 4GLVA 2W1MA 1B7LA 2D6BA 1JKAA 5B05A 1NQIA 5LVKA 1IP2A 4DDBA 1VDTA 4U3XB 4TSCA 1WQMA 5DN4A 4NHSA 1GDWA 1YAQA 1BQLY 3B72A 1WTNA 1UICA 208LA 3EO5A 4NG8A 4NGKA 154LA 2D91A 3N9CA 3BKVA 1SLYA 1V7TA 1LSAA 4QGZA 1GHLA 2HTXA 3WW6A 1GB7A 1HHLA 4LYCA 1LJ3A 1XFPL 4BADA 2D4JA 4H8XA 207LA 1OUGA 1GF6A 4ETDA 4CGEA 5KJ9A 1JTOL 5L3HA 2H9KA 1DI3A 1LKRA 1JKDA 1DKKA 3LYTA 2DQFC 1LAAA 1YQVY 1INUA 1YL0X 132LA 1LHMA 1OUIA 3IWRA 3MGWA 1JJ3A 4XJBA 4XJFA 3LZTA 5IHGA 1F6RA 1GF3A 4PRQA 5FSTA 1FLQA 4DT3A 1REXA 4I8SA 5I54A 5I4WA 1LYOA 5AMYA 4YM8A 1LSBA 4J7VA 5KXWA 3WXTA 1GF5A 4BAFA 4B4IA 1UIAA 1GE1A 5KXZA 1FLWA 1NF5A 1WQQA 1YIKA 5L3IA 1GD6A 2C8OA 4IJ4A 5DM9A 4LT1A 1I1ZA 1GE2A 1VDPA 4TWSA 1UBZA 2A7DA 2MEIA 2N5ZA 1G7IC 4NGZA 1QTEA 3ULRA 1LJIA 1W6ZA 1LYSA 2YVBA 1WQNA 3HFMY 1YILA 1FN5A 1GB5A 5I53A 1UIDA 2ZIKA 4NHPA 4XJGA 1UUZC 1GB9A 4XADA 1LSGA 2ZWBA 1RJCB 5D5CA 1T6VL 3QE8A 1GFGA 2CDSA 3ZEKA 1LZYA 2DQEY 4WM5A 3WPJA 4DD7A 1JKCA 2DQHY 1JITA 4G49A 2YSSC 8LYZA 1B9OA 4WLDA 3N9AA 4LYMA 4NSIA 1OUEA 3WPKA 1LZ9A 5LYZA 1YAMA 3W6BA 1B5XA 4ETCA 2IHLA 1B7RA 5L9JA 4AXTA 3G3AB 4A7DA 1C7PA 4GCBA 4EMNA 4D9ZA 1MELL 4H8ZA 1QDRA 1GFKA 1D0MA 1IEEA 1VDQA 1B7MA 193LA 3P4ZA 4IASA 3W6AA 2DBTA 1B7OA 4HP0A 3F6ZA 1LJHA 1IWXA 1GE4A 1E8LA 4B49A 3B0IA 4H93A 2BQAA 3AJNA 1LZEA 3AZ4A 4LFPA 3RZ4A 1LMOA 4NWHA 2ZQ4A 1LZRA 4CFPA 1XEJA 1HNLA 4NY5A 4LGKA 1ZMYL 1VAUA 3HBEX 1UIGA 3CT5A 2LYMA 4OWCA 3ZVQB 5ILCA 2BQIA 1CKHA 1VDSA 3CB7A 3P66A 1LMNA 3RW8A 2DQJY 1BGIA 2FYCA 4Z3MA 1LZCA 2BQBA 133LA 2CJLA 5FHWA 1LOZA 1IOQA 2Z38A 2Z39A 1YKXX 1PZYA 1B5YA 1FDLY 5LYTA 2Z2EA 1F10A 1A4VA 5HNLA 1ALCA 2BPUA 4NGWA 1OUAA 4OOOA 3FI7A 1HEPA 1LZ5A 3AB6A 4WMGA 3K3TA 1XEKA 5EBHA 1CNSA 1AT5A 5B06A 5M1YA 1HFXA 4WL7A 4XJIA 1WQRA 4CFOA 3FE0A 4NSHA 1C10A 1GBOA 1G7MC 1SQ2L 1HSWA 4ZFPA 4L41A 2RSCA 4B1AA 3T6UA 1LHHA 1LMQA 1LHJA 2HUBA 4LYBA 1RI8B 1GFUA 1JUGA 6LYZA 1B7NA 2NWDX 6LYTA 5IDDA 2F30A 4H91A 4PRUA 2AUBA 4XYYA 2CWIA 4NHTA 1LHLA 2EPEA 4WLTA 4J1BA 1QUTA 1IC7Y 4KXIA 4YENA 1D6QA 1JSFA 1WTMA 4NHQA 1DKJA 4GN4A 2HU1A 4NG1A 1B2KA 1V7SA 3CT1A 4G9SA 4WM3A 4DD3A 5HLLA 2W1YA 1CKGA 3M3UA 1JEFA 2DQIY 4HV1A 3W6EA 4BAPA 3GXRA 4G4HA 4UWUA 1CJ9A 4NGOA 1B0DA 1IWUA 3EBAB 3AW6A 3A6CY 1JHLA 1LJFA 1LZ4A 1YAOA 4HTQA 5B07A 1HFZA 2IFFY 5B59A 1D0LA 2F4GA 1DPXA 1LSDA 2MEHA 4GN3A 3CQLA 1LCNA 4HTKA 2HEEA 2EQLA 2A7FA 4N8ZA 1IWYA 1NWGA 1REMA 1GFHA 5APEA 4DD2A 5LYMA 3TXEA 4LT2A 1JSEA 1HEWA 3A67Y 1RCMA 1OUJA 3WVYA 1GBZA 1JJ1A 1Z55A 3AGGG 1C43A 1LZ8A 3LYMA 4MSTA 4B4EA 5B1GA 4WM1A 4CHXA 1EQ5A 2Z37A 3P64A 4P2EA 9LYZA 2H5ZA 4HJVA 1GF0A 1LJKA 4CJ2A 1XGQC 4B4JA 1F6SA 3AW7A 1DPWA 2G4NA 3TXGA 5LVHA 2GV0A 4HPEA 3WVXA 1IP7A 2YBJA 4LYTA 1KXWA 5C6IA 1GBXA 1OUDA 1GXXA 1B7QA 5HMVA 3WUNA 3A92A 1G7JC 1MLCE 3LZ2A 1CKFA 1IWTA 4DDCA 1CKCA 1KIQC 1PS5A 2DKVA 2BLXA 1JISA 1BHZA 4ETEA 2ZIJA 3CSZA 4Z41A 5B1FA 1DXJA 4ET8A 3TMWA 1QIOA 1IOSA 1BB5A 1LSFA 7LYZA 3LYZA 4H9IA 5DL9A 4LT0A 3AZ7A 1AKIA 1FLYA 1IP5A 1LSCA 2YBNA 2Z12A 1QTKA 2Y8PA 3KAMA 1YANA 3D9AC 3AGHA 1FKVA 3A3RX 1C08C 134LA 2D4KA 1LSPA 1LTMA 2XJWA 3P68A 4NSJA 4FJRA 5FEKA 2ZYCA 1C45A 4RLMA 2BQMA 3TXFA 3W3EA 4DD1A 1OUFA 2DQGY 5LAFA 4YEMA 2BQGA 3TXIA 3A8ZA 1OUBA 3A95A 1TDYA 4N9RA 3A3QA 1J1PY 2ZYPA 3TXHA 1G7LC 1QUSA 3WU9A 5ILFA 1UIBA 2XBRA 1I56A 1RFPA 1LZDA 2MEDA 5KXKA 1GB2A 5KXTA 4LYOA 5C6LA 1N4FA 1ZVYB 4PGJB 2DQCY 1UC0A 1GE3A 1KXXA 3A96A 5KXLA 5LVJA 1J1XY 4R0FA 4C3WA 4OWHA 4HTNA 4RDSA 2BLYA 4NGIA 4C5FA 4QEQA 1LZBA 2MEBA 5LVGA 2DQAA 2HEBA 5LA8A 4ML7A 4OWBA 5KXPA 3D3DA 1IIZA 2D4IA 3TMUA 2YBIA 1B7SA 1NMMA 2H9JA 3WW5A 2HEDA 1LJJA 4HJYA 1HMKA 4WO9A 4WOAA 1HC0A 1TEWA 5KXXA 5HMJA 3B6LA 2MECA 1LMAA 1GAZA 3B0KA 1GAYA 1LSYA 5KXMA 5KKIA 4WM6A 2Z19A 1GB0A 5HNCA 1UACY 1GFTA 5I5QA 1HENA 2BQDA 4ETAA 4J1AA 5LVIA 5E4PA 1EQ4A 2W1LA 4GCDA 1GDXA 1LJ4A 2BQJA 1HF4A 1RE2A 4DD9A 1FBIX 1XGUC 1H6MA 1AT6A 4UWVA 4J0LA 5LIOA 1IC4Y 4R6CA 1D6PA 4H8YA 2XTHA 4NWEA 4WG1A 3WULA 1IY4A 4II8A 1GF8A 1GB6A 4HJZA 4LT3A 4RW2A 1IWVA 4H9CA 1D9UA 4OW1A 5FELA 3CSRA 1WVVA 4WL6A 1GXV2 3HBHA 1O23A 3WYHA 4GCCA 2BAAA 1YL1X 1GEZA 1QQYA 1BB6A 1LPIA 4GN5C 4NGJA 4NIJA 4OWEA 135LA 1IP3A 1REYA 5KXNA 3RNXA 1JJ0A 4HV2A 4ETBA 4NSGA 5C6JA 1LZ1A 3IJVA 1LHIA 4DC4A 4Z46A 1UIEA 5IELA 1LJNA 1D0KA 4KPMA 5LAGA 1LSEA 4WO6A 1H87A 1IC5Y 4WG7A 5KXOA 4PJ2C 1CKDA 1IOTA 3A93A 1IO5A 1IR8A 3LYOA 4KL7A 5T3FA 1NKHA 2MEEA 4RW1A 4H9HA 2Z2FA 3QY4A 3GXKA 1EL1A 1GFJA 1HEOA 3WUAA 4G4BA 4H92A 3WL2A 3HBDA 2YBLA 4NHIA 1LKSA 4TUNA 1BVKC 3TXKA 1ZV5L 1GFRA 4M6DA 2BQOA 1B7PA 2LHMA 3IJUA 4UWNA 4XN6A 2ZNWY 1GF9A 2BQNA 3A34A 3WXUA 5KXRA 2LZ2A 2MEFA 5D5FA 1LMTA 1BWJA 4WM2A 1IY3A 4QDNA 1BB3A 3J4GA 2I26L 3OJPA 4N5RA 4W94A 5K7OA 2YBMA 1CJ7A 3N9EA 1JTPL 3W6FA 5A3EA 4GLAA 1IORA 3M18B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L35A 1OV5A 4I7NA 3DN1A 1LWGA 1C6DA 1QSWA 4WLXA 1REZA 4X3BA 2OEAX 3SB7A 3TXBA 1OUCA 1C63A 5KY1A 3VWOA 4ANRA 257LA 3CT0A 4W96A 4GCFA 2FYDA 3WH1A 1LMPA 2HECA 4WLYA 1L04A 4AGAA 113LA 1P36A 1GBWA 1JWRA 1CJ6A 1IP6A 5E9RA 1HMLA 1GEVA 3B0OA 3ATOA 3FA0A 249LA 3GULA 4IATA 3EXDA 234LA 4PHIA 5LINA 150LA 1CV1A 3WU8A 1NBYC 188LA 4O34A 1SX7A 2BQLA 4DQ7A 3SN6R 209LA 3WPLA 1L87A 4YF2A 2LCBA 3C8QA 236LA 4H9EA 3HUKA 4HPIA 2OU0X 1G06A 3QNGA 1SWZA 4OWAA 245LA 5F9XA 3AZ6A 1CV6A 5F81A 4LDLA 1L72A 1KIPC 3WUMA 1C6JA 2ANVA 5LXWA 3GUIA 4YOPA 2B6ZA 3RT5X 2WARA 1KS3A 1L83A 2G4PA 1L29A 4I7MA 3AYQA 1D3MA 1IR7A 4XJHA 1B5ZA 1LZTA 2VB1A 5FCPA 1D9WA 1L96A 1LZ6A 3RU5A 5F9UA 1L03A 3DN6A 1XSFA 1P2CC 1A2YC 1TAYA 3UONA 2HU3A 4N0JA 1ZVHL 1LLHA 4EPFA 1NDMC 147LA 2X0AA 1L30A 2OU9A 3C7ZA 3C7YA 5B05A 1VDTA 1UICA 4LDOA 4NGKA 4W57A 3BKVA 2HTXA 4LYCA 1LJ3A 4CGEA 103LA 1DI3A 1JKDA 3OE9A 1JJ3A 4XJBA 5IHGA 1F6RA 5I4WA 1LSBA 3PBLA 1C6TA 1G0JA 1NF5A 5L3IA 3C80A 1L62A 2C8OA 3CDVA 1C6PA 5DM9A 1UBZA 2A7DA 2N5ZA 2B72A 4NGZA 2YVBA 1L84A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5DLA A;  4N1E I;  1CJ8 A;  1GBY A;  2I25 L;  4EOF A;  1B5U A;  1GFV A;  3TXJ A;  1QSW A;  4MCK A;  3ZVQ A;  1YRO A;  5J7C A;  4M4O A;  3W6C A;  1LZA A;  2Z18 A;  5KXS A;  1XGR C;  4WLX A;  1YKZ X;  4PPO A;  4XJD A;  1REZ A;  4X3B A;  4DYG A;  1IR9 A;  1F0W A;  1VFB C;  2BQK A;  4I0C A;  2MEA A;  3TXB A;  1OUC A;  4NFV A;  4RLN A;  1LSM A;  2BQH A;  3VWO A;  1G7H C;  1LJG A;  5KY1 A;  1TCY A;  1IOC A;  1OP9 B;  1IP4 A;  4HSF A;  3EMS A;  3CT0 A;  4ANR A;  1WQO A;  4GCF A;  4W96 A;  5I4Y A;  4WM4 A;  1LSN A;  2Q0M X;  2FYD A;  4LZT A;  3WH1 A;  1LMP A;  2HEC A;  1AM7 A;  1JTT L;  2ZQ3 A;  3AGI A;  4NGL A;  4WLY A;  5HQ1 A;  2CGI A;  2MEG A;  4AGA A;  3A6B Y;  5II3 A;  1GBW A;  2HEF A;  1JWR A;  5A3Z A;  1AZF A;  1CJ6 A;  1WVU A;  1IP6 A;  5E9R A;  1HML A;  1GEV A;  4ZEE A;  194L A;  3B0O A;  1LZS A;  3ATO A;  3E3D A;  4NGY A;  1HEL A;  2PC2 A;  4MR1 A;  3LHM A;  5APD A;  4IAT A;  3BKH A;  1VED A;  3A91 A;  3EXD A;  3TXD A;  1IP1 A;  1BWI A;  3A94 A;  4PHI A;  1YAP A;  1GF4 A;  5LIN A;  5I4X A; 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 4GCD A;  1GDX A;  1LJ4 A;  2BQJ A;  1HF4 A;  1RE2 A;  4DD9 A;  1FBI X;  1XGU C;  1H6M A;  1AT6 A;  4UWV A;  4J0L A;  5LIO A;  1IC4 Y;  4R6C A;  1D6P A;  4H8Y A;  2XTH A;  4NWE A;  4WG1 A;  3WUL A;  1IY4 A;  4II8 A;  1GF8 A;  1GB6 A;  4HJZ A;  4LT3 A;  4RW2 A;  1IWV A;  4H9C A;  1D9U A;  4OW1 A;  5FEL A;  3CSR A;  1WVV A;  4WL6 A;  1GXV 2;  3HBH A;  1O23 A;  3WYH A;  4GCC A;  2BAA A;  1YL1 X;  1GEZ A;  1QQY A;  1BB6 A;  1LPI A;  4GN5 C;  4NGJ A;  4NIJ A;  4OWE A;  135L A;  1IP3 A;  1REY A;  5KXN A;  3RNX A;  1JJ0 A;  4HV2 A;  4ETB A;  4NSG A;  5C6J A;  1LZ1 A;  3IJV A;  1LHI A;  4DC4 A;  4Z46 A;  1UIE A;  5IEL A;  1LJN A;  1D0K A;  4KPM A;  5LAG A;  1LSE A;  4WO6 A;  1H87 A;  1IC5 Y;  4WG7 A;  5KXO A;  4PJ2 C;  1CKD A;  1IOT A;  3A93 A;  1IO5 A;  1IR8 A;  3LYO A;  4KL7 A;  5T3F A;  1NKH A;  2MEE A;  4RW1 A;  4H9H A;  2Z2F A;  3QY4 A;  3GXK A;  1EL1 A;  1GFJ A;  1HEO A;  3WUA A;  4G4B A;  4H92 A;  3WL2 A;  3HBD A;  2YBL A;  4NHI A;  1LKS A;  4TUN A;  1BVK C;  3TXK A;  1ZV5 L;  1GFR A;  4M6D A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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