1GB9A

Crystal structure of mutant human lysozyme substituted at the surface positions
Total Genus 52

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAFNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
EMPTYTI1 (39-42)TVIII1 (86-89)TI'1 (36-39)3H4 (122-124)AH1 (5-15)TII1 (17-20)O1 (6-128)AH3 (89-101)3H1 (20-22)AH2 (25-36)TI4 (55-58)S1 (43-46)TI2 (46-49)S2 (51-54)TI5 (60-63)TIV1 (67-70)S3 (59-60)TI6 (61-64)TIV2 (70-73)TI7 (75-78)3H2 (81-84)3H3 (105-108)AH4 (110-116)TII2 (116-119)TI8 (102-105)TII3 (125-128)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
publication title Role of surface hydrophobic residues in the conformational stability of human lysozyme at three different positions.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 52
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1gb9A00
4DC4A 207LA 2B5ZA 2BQNA 2HTXA 4MSTA 3IWRA 3AZ7A 5T3FA 1B7QA 4HP0A 5ILFA 4WM6A 1UIAA 1IY3A 1IIZA 1JPOA 1NQIA 3LYZA 5IELA 2BAAA 1P2CC 2ZIKA 4AGAA 1GF8A 2Z2EA 4R0FA 4U3XB 4A7DA 1JITA 4HSFA 3HBDA 1YIKA 1LSMA 1PZYA 2Z38A 5HMVA 2D4KA 1XGTC 4WLDA 1NBZC 5LINA 1JJ0A 3P68A 1ZMYL 4N0JA 3RT5X 4BAFA 1JTTL 1CJ9A 1HNLA 1A2YC 4ETEA 1YQVY 1B5XA 3P66A 4H91A 1UBZA 2D4JA 1LZSA 4O34A 1GAYA 4H9CA 4NSIA 2PC2A 1BGIA 1OUHA 1QIOA 1GF7A 4HV2A 4OWHA 3A95A 3HFMY 4YENA 2DBTA 4WM3A 5I54A 3ZEKA 4NHQA 3T36A 4J7VA 1D9UA 4LT1A 1LZ5A 2DQCY 2G4QA 3A6CY 4NGIA 2G4PA 4XJHA 3RNXA 4D9ZA 1XGRC 4NWHA 1JKDA 4YF2A 4P2EA 1BB3A 2MEAA 5FEKA 1IVMA 1LZ8A 2DQGY 1GD6A 1IOSA 1UIFA 3D3DA 1CKGA 2BQDA 2A7FA 1F0WA 5J7CA 2NWDX 3OJPA 1T3PA 4LFXA 4ZIXA 5LA8A 3IJUA 5L3IA 1AT6A 1OUAA 2GV0A 2LZ2A 2CDSA 4NGLA 4DWXA 1JJ3A 4TWSA 3CT1A 5L3HA 5AMYA 1GE1A 2EIZC 4EOFA 1LJHA 1HMKA 1BWHA 2LYMA 4GCEA 4IATA 5KXZA 1IC5Y 3A34A 3W6CA 1YKXX 5C6LA 3QY4A 5HQ1A 1RFPA 4GN4A 2Z39A 1C45A 1YKYX 1LMOA 5HMJA 3AGHA 1GB7A 1LOZA 1LYOA 2HEAA 1FKQA 3MGWA 5F9XA 3IJVA 4YM8A 4NSJA 1IR8A 2HEEA 1NDMC 4G4BA 3WPLA 1LCNA 4X3BA 1RCMA 3WW6A 1F6RA 5DN4A 1LHJA 1HEWA 1OUDA 3AYQA 4NGZA 3A92A 1GXXA 1HEPA 4WM5A 3G3BB 2MEBA 1LMPA 4G4HA 4HJZA 3B0OA 5FHWA 3W6BA 2YBHA 1GE3A 2HECA 132LA 4R6CA 5F14A 1IC4Y 5B06A 4DD2A 2MEGA 5KXNA 3T6UA 4W96A 4LZTA 4XJIA 1LJFA 4UWNA 1GHLA 1GB6A 1IY4A 3WMKA 1GB2A 3AW7A 1ZVHL 5D5FA 4DD7A 3BKVA 1IP1A 1YL1X 4H8ZA 4DD9A 1IP7A 1LJIA 5C6IA 1LKSA 1NBYC 1LSYA 2HU1A 4XN6A 4ANRA 1HENA 1GFVA 4J1BA 3ZVQA 3W3EA 4GCCA 1BHZA 1XSFA 4DD1A 1H6MA 1QQYA 4J0LA 4I0CA 3G3AB 1LJ4A 1RI8B 1TEWA 3WUNA 1BB5A 4KL7A 2F4GA 2A7DA 2XTHA 2YSSC 1JIYA 2DQAA 2YBNA 5KXXA 2ZNXY 4NGKA 1GFKA 1GE2A 5JENB 3TXEA 1GFGA 4EMNA 4HV1A 1MLCE 4GLVA 4H9EA 3TMUA 1LPIA 2ZWBA 2Z18A 4NGVA 5LYMA 1LSAA 2X0AA 5LAGA 5D5CA 1D0MA 3B0IA 2FYCA 1GF6A 2C8PA 3WXUA 1GF5A 2I26L 1GFHA 4TSBA 1IWVA 1IOTA 2FBDA 4H9FA 1GXV2 1FDLY 1RJCB 1YILA 1VDSA 5KXPA 3RW8A 5APDA 3QNGA 1ALCA 1T6VL 3B6LA 3FE0A 4I8SA 4LYZA 1BB6A 1HEMA 3RZ4A 1AKIA 2BQJA 2N5ZA 2ZYPA 5ILCA 3A8ZA 5DN5A 1WQMA 1UACY 4NGYA 1DKJA 4B1AA 1TDYA 1YL0X 4GCFA 4NGWA 4BADA 4NHIA 4RLMA 1B5VA 1NMMA 1GB3A 1JKBA 1GPQC 5KXTA 8LYZA 5APEA 4XJDA 1GAZA 1REZA 4KXIA 1B2KA 3SP3A 193LA 2XBSA 4LYOA 4M6DA 1GFTA 1REXA 1YKZX 5F9UA 5M1YA 4ZFPA 1B7LA 1IP6A 1LSDA 1BQLY 1LZ9A 1W08A 2BPUA 3AZ4A 3TXDA 4BS7A 4Z41A 3FI7A 1UA6Y 5HLLA 1EQEA 1B5YA 3F6ZA 3EXDA 1TAYA 1LAAA 1J1PY 2CWIA 3WPKA 1CJ8A 1GE0A 3N9EA 2BQMA 5DL9A 3AB6A 3WXTA 1FN5A 4YEOA 3W6DA 3D9AC 2BQGA 2WARA 4OWCA 1D0LA 1V7TA 2ZIJA 3CB7A 5LYZA 2VB1A 4N8ZA 1VATA 1OUCA 4WMGA 4J1AA 2Z19A 2LYZA 1LMAA 2Q0MX 5LVIA 4CFPA 1DI3A 4MCKA 1HEOA 5LA5A 1W6ZA 1LZ6A 1IX0A 1YAMA 4HJVA 4LYMA 1LZDA 1LSGA 3P65A 1LZ1A 4WLYA 2HUBA 5E9RA 4QDNA 5KKJA 1QTEA 4ETCA 1JSFA 4N5RA 1QUSA 1LHIA 4Z46A 1GFRA 5APCA 5KXWA 1JEFA 2IHLA 1WQPA 4XENA 5FELA 1IP3A 2FYDA 1TCYA 3WYHA 2CJLA 2W1LA 4NEBA 4NHPA 4NSGA 1UUZC 1VDQA 1REYA 2BQAA 1LZTA 3LHMA 4WL6A 4B4EA 1DPXA 1J1OY 1UCOA 1MELL 2W1XA 3CT5A 1H87A 5F16A 4ZEEA 4W94A 1GB9A 1HMLA 5APFA 1LSFA 1BVKC 1B7SA 3J4GA 3KAMA 2YBIA 5FDJA 5IHGA 3A90A 1ZV5L 5KY1A 2MECA 4LYCA 1FLQA 3WVYA 4DD3A 1WQOA 1LJJA 1XEJA 5E4PA 1RE2A 153LA 1LMQA 1UIBA 1B9OA 4NGJA 4H9IA 1OP9B 133LA 1DI5A 1DPWA 1QTKA 3LN2A 1GEVA 4LFPA 4PJ2C 4ETBA 3LYOA 3LYMA 3EO5A 4CFOA 3WU8A 4WO6A 3ZVQB 4DDBA 1J1XY 3AGGG 4LYTA 4KPMA 4LGKA 2EKSC 4PPOA 4IASA 4FJRA 1GFEA 2BQIA 1IWUA 1XGUC 2HEDA 3ATNA 1LJEA 1LJKA 1LSPA 4H92A 1IWYA 1CKHA 1JKAA 1SLYA 1WQNA 2ZILA 4G9SA 4RDSA 3WPJA 1D6QA 4ETAA 5LVHA 3A3RX 1DQJC 4NSHA 2FBBA 3M18B 4HTKA 4OOOA 3TXHA 2Z37A 4GN5C 1JTPL 3B72A 3LZTA 4NG1A 2BQFA 3TXBA 4LT3A 5FCPA 154LA 4HTNA 5LYTA 1GB8A 1CJ6A 2Z12A 1DXJA 1JKCA 1IP4A 1B5ZA 2HU3A 1B5WA 5I4YA 1KXWA 1BVXA 1BB7A 1VAUA 1CJ7A 1FLYA 1GEZA 1A4VA 1BWIA 2MEDA 2EQLA 1LMTA 1OUIA 1KXYA 1LJGA 4YEMA 1CKFA 1LHKA 3TMWA 1C7PA 4XJGA 4HTQA 194LA 1IEEA 1CKCA 3A93A 3N9AA 4LT2A 4E3UA 5I53A 5HNCA 2DQIY 5HNLA 1V7SA 1LZBA 1LYSA 1ZVYB 4DD0A 1LZEA 4ETDA 1HERA 3P64A 1JSEA 4Z98A 3A91A 1LYZA 2D91A 1TBYA 4TUNA 1KXXA 2BQLA 1GBYA 5DM9A 1VDTA 4B49A 4NFVA 1G7HC 1VFBC 1GB5A 1SQ2L 4NHTA 4M4OA 3A94A 3GXRA 2MEIA 1DI4A 1KIQC 1NHEA 4H9AA 4XJBA 1GWDA 2I25L 4QGZA 1FBIX 2YBMA 1OUFA 1LZ4A 4Z3MA 4H9HA 1F6SA 4II8A 4CJ2A 1GF3A 1XEKA 2DQEY 5KXYA 3E3DA 1BWJA 4HJYA 1WVVA 3A3QA 4DDAA 4RW1A 4C3WA 3AZ6A 2RSCA 3TMXA 1VDPA 1HHLA 1VEDA 1WTNA 1NF5A 1N4FA 1GBOA 4L41A 6LYTA 2BQBA 1NWGA 1FLUA 1OUBA 1UIHA 1GF0A 1IR7A 5KXKA 4DYGA 4FDYA 4GLAA 1XGPC 3J6KA 3A96A 4CHXA 2CGIA 2BLXA 1LHMA 4NWEA 5L9JA 9LYZA 1G7MC 4N9RA 2DQJY 1I1ZA 1IWZA 1IORA 4WG7A 1GE4A 1IWXA 1CNSA 2YBJA 1LZRA 4NIJA 1IO5A 1KIPC 5EBHA 4YOPA 5B05A 2ZNWY 1QSWA 1C46A 4N1CC 4NGOA 5A3ZA 1JUGA 2HEFA 4B4IA 4KT3A 3EMSA 5C6JA 2BQOA 5KKIA 1REMA 1QSAA 3M3UA 7LYZA 3WU7A 1G7IC 1NKHA 5FSTA 3AGIA 1EL1A 4UWUA 2LZTA 4LT0A 2MEHA 1OUGA 4ET8A 2D4IA 1UIEA 4MR1A 3CSRA 3QE8A 4WLXA 1FLWA 6LYZA 2W1YA 5KXLA 1DZBX 1JJ1A 1WVUA 4TX7A 1YANA 4WOAA 1OUEA 208LA 3W6EA 4TSCA 5LXWA 4WLTA 1IC7Y 4QY9A 2C8OA 3CQLA 4OWBA 1EQ5A 1JISA 3WU9A 2BQKA 1C10A 1HSXA 1LZCA 1OQMA 2F4AA 3N9CA 4H9BA 1O23A 1LKRA 1YAOA 2MEEA 1WTMA 1LZGA 3CSQA 3LYTA 4H1PA 4HPIA 4OWEA 4TTDA 135LA 1B7NA 2W1MA 3VWOA 2BQEA 1QDRA 2G4NA 134LA 4WM4A 2F30A 3WUMA 1EQ4A 5I5QA 2Z2FA 1LMNA 3CSZA 2BQHA 2YVBA 1D0KA 4PGJB 4C5FA 3EBAB 4H94A 1GDWA 4AXTA 5II3A 1KIRC 1LTMA 5A3EA 5K7OA 1HSWA 1C43A 1LMCA 1HFXA 4LYBA 4PRUA 4XYYA 3AJNA 5LVKA 4DT3A 5KXRA 1YAPA 2LHMA 3AW6A 4NHSA 3HBHA 1HEQA 3TXFA 1LHHA 3K3TA 2AUBA 3TMVA 1IR9A 2H9KA 2ZQ4A 4PHIA 1QDTA 2BQCA 1B7PA 2H9JA 1QUTA 1IOQA 5KXSA 1B7RA 4H8XA 5F81A 5IDDA 1G7LC 4G4CA 4NY5A 4QEQA 1B7MA 1UIDA 1AM7A 3WL2A 1WQQA 4GCBA 5KJ9A 1GDXA 4WM1A 4G49A 1I20A 2YBLA 4XJFA 1LSZA 5DLAA 3WW5A 4WO9A 5B59A 3TXIA 1GFJA 5LVJA 4IJ4A 2DKVA 2DQDY 4RLNA 1AZFA 1GBWA 1BB4A 1AT5A 1JHLA 3CT0A 1WQRA 3GXKA 4BAPA 1F10A 2XBRA 1LSBA 2DQFC 3WULA 3RU5A 1DKKA 2ZYCA 3A6BY 1UC0A 1XEIA 3OK0A 4HPEA 5LIOA 3W6FA 4OOTA 3WVXA 1GBZA 3LZ2A 1B0DA 1GBXA 1CKDA 1E8LA 1LZAA 3AZ5A 1GFAA 1NDGC 1IWTA 4H93A 1JWRA 1LZYA 2DQHY 1JTOL 1HF4A 4OW1A 4RW2A 4UWVA 4GN3A 4CGEA 3TXKA 4OWAA 3ULRA 1B7OA 4PRQA 1I56A 1GFUA 4ET9A 4GCDA 5LAFA 1Z55A 3P4ZA 4N1EI 1C08C 3TXJA 1FKVA 2F2NA 3TXGA 5KXOA 5LVGA 2D6BA 2I6ZA 4B0DA 2YDGA 2ZQ3A 3B0KA 4ML7A 1HELA 3WH1A 5I4WA 1YAQA 2MEFA 3HBEX 1D6PA 3W6AA 1GBSA 1LJ3A 4H8YA 1GB0A 1XFPL 1IP5A 1UIGA 2IFFY 1B5UA 1LZNA 2LYOA 4WM2A 4WL7A 5I4XA 2HEBA 2BLYA 4DDCA 5B1FA 2EPEA 1YROA 3WUAA 5B1GA 1IOCA 1LSCA 4H90A 1INUA 2Y8PA 5KXMA 1LJNA 1PS5A 1LHLA 2H5ZA 1GF4A 3A67Y 1HC0A 4WG1A 4XADA 1LSNA 1LYYA 1OUJA 5B07A 1UICA 4B4JA 1IP2A 1LSEA 1G7JC 1HFZA 4NG8A 3ATOA 2XJWA 1XGQC 1HFYA 3BKHA 1GF9A 1IWWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DC4A 207LA 3AZ7A 4HP0A 1IY3A 1IIZA 1LI3A 2Z2EA 112LA 1D2YA 7LZMA 3HBDA 2OEAX 1YIKA 1LSMA 1XGTC 3P68A 4N0JA 3RT5X 1CJ9A 4ETEA 2OE9X 1L35A 2PC2A 1G0LA 1OUHA 1QIOA 3A95A 3HFMY 3HUQA 4WM3A 3ZEKA 147LA 1LZ5A 261LA 2G4QA 3A6CY 4D9ZA 3RNXA 4XJHA 1C6TA 1LYEA 1GD6A 3D3DA 1CKGA 5J7CA 4I7KA 3OJPA 1LPYA 4NGLA 257LA 3CT1A 2EIZC 250LA 1LJHA 1HMKA 2LYMA 222LA 1QTHA 5C6LA 3QY4A 1LMOA 240LA 5F9XA 1IR8A 2RBSA 3NYAA 1OUDA 168LA 3G3BB 2MEBA 4G4HA 1GE3A 1OVHA 1LI6A 2HECA 5KXNA 1CTWA 3AW7A 1ZVHL 3BKVA 4LDOA 5C6IA 1LKSA 1NBYC 4XN6A 165LA 217LA 3W3EA 1QT7A 4DD1A 1H6MA 1P5CA 4J0LA 3WUNA 1BB5A 2F4GA 1L47A 1LYDA 3DN1A 1GFKA 1LYFA 1GFGA 4GLVA 2ZWBA 5LAGA 1L26A 1L96A 2I26L 1GFHA 1IOTA 1GXV2 1PQOA 130LA 3FADA 3RZ4A 2N5ZA 5DN5A 161LA 1UACY 4I7JA 2OU9A 4NGWA 4DAJA 1NMMA 4XJDA 1GAZA 4I7SA 1REZA 4KXIA 2CUUA 2XBSA 4M6DA 1GFTA 4ZFPA 2BPUA 1BQLY 4BS7A 1W08A 2B6TA 182LA 1UA6Y 1B5YA 3F6ZA 1T8AA 1LAAA 2CWIA 3WPKA 2F32A 3AB6A 3D9AC 2BQGA 1L29A 1D0LA 1V7TA 2RAYX 2A4TA 3CB7A 1LYJA 2Q0MX 1D3FA 260LA 1DI3A 1W6ZA 1IX0A 3F8VA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4DC4 A;  207L A;  2B5Z A;  2BQN A;  2HTX A;  4MST A;  3IWR A;  3AZ7 A;  5T3F A;  1B7Q A;  4HP0 A;  5ILF A;  4WM6 A;  1UIA A;  1IY3 A;  1IIZ A;  1JPO A;  1NQI A;  3LYZ A;  5IEL A;  2BAA A;  1P2C C;  2ZIK A;  4AGA A;  1GF8 A;  2Z2E A;  4R0F A;  4U3X B;  4A7D A;  1JIT A;  4HSF A;  3HBD A;  1YIK A;  1LSM A;  1PZY A;  2Z38 A;  5HMV A;  2D4K A;  1XGT C;  4WLD A;  1NBZ C;  5LIN A;  1JJ0 A;  3P68 A;  1ZMY L;  4N0J A;  3RT5 X;  4BAF A;  1JTT L;  1CJ9 A;  1HNL A;  1A2Y C;  4ETE A;  1YQV Y;  1B5X A;  3P66 A;  4H91 A;  1UBZ A;  2D4J A;  1LZS A;  4O34 A;  1GAY A;  4H9C A;  4NSI A;  2PC2 A;  1BGI A;  1OUH A;  1QIO A;  1GF7 A;  4HV2 A;  4OWH A;  3A95 A;  3HFM Y;  4YEN A;  2DBT A;  4WM3 A;  5I54 A;  3ZEK A;  4NHQ A;  3T36 A;  4J7V A;  1D9U A;  4LT1 A;  1LZ5 A;  2DQC Y;  2G4Q A;  3A6C Y;  4NGI A;  2G4P A;  4XJH A;  3RNX A;  4D9Z A;  1XGR C;  4NWH A;  1JKD A;  4YF2 A;  4P2E A;  1BB3 A;  2MEA A;  5FEK A;  1IVM A;  1LZ8 A;  2DQG Y;  1GD6 A;  1IOS A;  1UIF A;  3D3D A;  1CKG A;  2BQD A;  2A7F A;  1F0W A;  5J7C A; 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 3WW5 A;  4WO9 A;  5B59 A;  3TXI A;  1GFJ A;  5LVJ A;  4IJ4 A;  2DKV A;  2DQD Y;  4RLN A;  1AZF A;  1GBW A;  1BB4 A;  1AT5 A;  1JHL A;  3CT0 A;  1WQR A;  3GXK A;  4BAP A;  1F10 A;  2XBR A;  1LSB A;  2DQF C;  3WUL A;  3RU5 A;  1DKK A;  2ZYC A;  3A6B Y;  1UC0 A;  1XEI A;  3OK0 A;  4HPE A;  5LIO A;  3W6F A;  4OOT A;  3WVX A;  1GBZ A;  3LZ2 A;  1B0D A;  1GBX A;  1CKD A;  1E8L A;  1LZA A;  3AZ5 A;  1GFA A;  1NDG C;  1IWT A;  4H93 A;  1JWR A;  1LZY A;  2DQH Y;  1JTO L;  1HF4 A;  4OW1 A;  4RW2 A;  4UWV A;  4GN3 A;  4CGE A;  3TXK A;  4OWA A;  3ULR A;  1B7O A;  4PRQ A;  1I56 A;  1GFU A;  4ET9 A;  4GCD A;  5LAF A;  1Z55 A;  3P4Z A;  4N1E I;  1C08 C;  3TXJ A;  1FKV A;  2F2N A;  3TXG A;  5KXO A;  5LVG A;  2D6B A;  2I6Z A;  4B0D A;  2YDG A;  2ZQ3 A;  3B0K A;  4ML7 A;  1HEL A;  3WH1 A;  5I4W A;  1YAQ A;  2MEF A;  3HBE X;  1D6P A;  3W6A A;  1GBS A;  1LJ3 A;  4H8Y A;  1GB0 A;  1XFP L;  1IP5 A;  1UIG A;  2IFF Y;  1B5U A;  1LZN A;  2LYO A;  4WM2 A;  4WL7 A;  5I4X A;  2HEB A;  2BLY A;  4DDC A;  5B1F A;  2EPE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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