1GBSA

Crystal structure of black swan goose-type lysozyme at 1.8 angstroms resolution
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
185
structure length
185
Chain Sequence
RTDCYGNVNRIDTTGASCKTAKPEGLSYCGVPASKTIAERDLKAMDRYKTIIKKVGEKLCVEPAVIAGIISRESHAGKVLKNGWGDRGNGFGLMQVDKRSHKPQGTWNGEVHITQGTTILTDFIKRIQKKFPSWTKDQQLKGGISAYNAGAGNVRSYARMDIGTTHDDYANDVVARAQYYKQHGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Cygnus atratus
publication title A strategy for rapid and effective refinement applied to black swan lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords AUSTRALIAN BLACK SWAN EGG WHITE LYSOZYME
total genus 76
structure length 185
sequence length 185
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-03-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01464 SLT Transglycosylase SLT domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1gbsA00
2HU3A 3W3EA 1JTOL 5A3EA 2BAAA 3D9AC 1UUZC 1XSFA 4DD0A 1LTMA 2BQKA 4ETDA 2BQMA 1CJ9A 1LMOA 2IHLA 2H9JA 1LZ5A 3WW5A 4Z46A 1IP5A 3FE0A 1LHMA 1UIHA 2BQEA 2MEGA 4NFVA 4B4IA 5AMYA 1IWWA 1GFKA 3LZTA 1FKQA 5HMJA 4ETBA 1YKZX 4UWUA 4Z98A 1UBZA 1LZRA 2YBHA 4B0DA 4BS7A 1DQJC 5I53A 3LYZA 4NWHA 4W96A 1HELA 5E4PA 5APCA 1REZA 4TSCA 2DQAA 3TMVA 1HF4A 3WL2A 4H93A 4DDCA 2DQHY 3P4ZA 2FYCA 3B0KA 5KXWA 1YIKA 4LZTA 3ZVQB 1FLWA 1BQLY 2D4IA 4HTKA 1LMPA 4RLMA 1OUDA 1ALCA 2BQGA 1LAAA 3B0OA 1LZNA 7LYZA 5KXOA 1CKDA 2AUBA 4DC4A 2HEBA 2HEDA 3EXDA 1IC7Y 5L9JA 1I1ZA 4G4CA 1IP7A 1N4FA 5LVGA 1FLQA 1OUAA 1LPIA 1BB5A 3AW6A 1V7SA 4QGZA 133LA 1IWVA 1IEEA 1LZSA 5I5QA 5KXXA 3WUMA 1IP2A 1LZ4A 3AW7A 2RSCA 4H94A 4RLNA 1DPXA 5FEKA 4WM2A 5KJ9A 1JKBA 3AZ7A 1H6MA 1I56A 1KXYA 1G7LC 1LZCA 1UICA 1XEKA 5FELA 4NGJA 1WQPA 3ZEKA 1H87A 1KIRC 1XGPC 1B7PA 3IJUA 1B5UA 1AM7A 4NHTA 5LYZA 1WQQA 2EQLA 4Z41A 1UIFA 2BLYA 3A34A 1FKVA 4NY5A 2LYMA 1LMNA 1KXWA 3TXDA 1WTNA 1GF3A 4DYGA 2LZ2A 3A67Y 1B5VA 1OUFA 1D6PA 1UIBA 4GCFA 1LYOA 1DI5A 9LYZA 2Z38A 4GLAA 5IHGA 2YBMA 4I0CA 1LSBA 2YBLA 1HNLA 1C7PA 4W94A 4H8YA 5I4XA 5FCPA 2G4NA 1GB8A 1BWHA 4FDYA 1HSXA 4U3XB 1IOTA 4ANRA 1BGIA 1IP6A 1GBXA 5KXLA 3AGGG 4XYYA 1GB7A 1IR8A 2DKVA 4RDSA 3A94A 5K7OA 5KY1A 1BVKC 4HJYA 3M3UA 4LYBA 1BB6A 4MR1A 1J1PY 3AB6A 1C08C 4B4JA 5B06A 4NSGA 1BHZA 4ZFPA 5KKIA 3W6EA 1DPWA 1LSMA 3M18B 1JIYA 2DQFC 3A95A 1B9OA 4HJZA 1TCYA 4OWCA 5LXWA 1HFZA 1GDXA 1LSDA 3HFMY 3HBHA 4LYCA 3IJVA 1B7QA 4TTDA 3WXUA 1OUGA 3N9CA 1GFHA 1OP9B 5D5FA 1LJ3A 2YBNA 2ZYPA 1B2KA 4YF2A 3CT5A 3QE8A 4GCEA 2DQDY 1GFAA 4N8ZA 3QNGA 3LYTA 5APEA 1NDMC 1QDRA 1D9UA 1EQ5A 1RI8B 2ZNWY 4DD3A 4CHXA 4G49A 1GBSA 4MSTA 1OUJA 2H9KA 4LYTA 5FSTA 5ILFA 4UWNA 1RE2A 5KXYA 1D6QA 1LZAA 2EIZC 2BQCA 4NGWA 4H9AA 1JITA 2ZQ3A 4O34A 1LHKA 4LYMA 4NGVA 1JUGA 4XADA 1JSEA 4RW2A 4ZEEA 1XEJA 2DQGY 1HERA 4WMGA 4OWAA 2BLXA 1CKFA 3IWRA 1G7HC 3LHMA 1YILA 1LJJA 4HPIA 8LYZA 1JJ1A 2Z2FA 2C8OA 4DDBA 1UCOA 1LJNA 5LAGA 3A6BY 1LHJA 5B05A 4KPMA 4XJFA 4WL6A 1W08A 5F9XA 1HMLA 5B1FA 4ZIXA 4KL7A 3AGIA 1BWIA 4QY9A 1IR9A 1LMTA 3ATNA 5LVIA 1G7JC 5L3IA 3RW8A 2D4KA 4LFXA 4NGLA 5LIOA 4OW1A 4LGKA 4XJBA 1SQ2L 4TSBA 2BQBA 1YKYX 5E9RA 1LSYA 1REYA 1JJ0A 4NGKA 4WO6A 2DQCY 1QSWA 1GE1A 4XENA 1GB6A 3RU5A 4DWXA 1YAOA 1KXXA 1A4VA 1EL1A 3P65A 4WO9A 4BAFA 1HMKA 3J6KA 5APDA 4DT3A 1WVUA 2Y8PA 3TMUA 5J7CA 1DKJA 1YANA 1IOQA 2W1YA 1NF5A 1GXXA 1LZ9A 1ZV5L 4GCDA 1LZGA 4WL7A 5L3HA 1LSZA 5HLLA 2LZTA 2MEBA 1GFTA 1G7IC 1YL1X 1CJ6A 1IOSA 4IATA 3RNXA 5M1YA 1TAYA 4DD2A 3P66A 1TEWA 2IFFY 2ZQ4A 1MLCE 3OK0A 1IWUA 3A92A 2PC2A 1IY3A 1OUHA 5JENB 4L41A 4H8ZA 4N1CC 134LA 5B07A 1CNSA 4DD9A 4NHQA 1IWXA 3N9EA 3WULA 1GBZA 2F4GA 3WU9A 3RZ4A 2D4JA 2HECA 4HP0A 1GFEA 3P68A 3CSZA 3LN2A 1LZTA 2Z19A 3B6LA 4HTQA 4N0JA 3AYQA 4NGOA 3TXEA 1XGRC 1HEOA 5F9UA 3LYOA 4GLVA 1OUCA 3WU8A 4DDAA 1FDLY 1WQOA 4NIJA 3WU7A 1GF6A 2HUBA 5I54A 2YBIA 3ATOA 3WVYA 4OWEA 2CGIA 4NSJA 3KAMA 2MEEA 2Z18A 5C6JA 4TUNA 1HEMA 4H9IA 4NGZA 2GV0A 4IASA 1LKRA 2ZILA 3J4GA 1GF7A 132LA 1F6SA 1B0DA 2A7FA 3AJNA 1REXA 4HJVA 3TMXA 5HNCA 2CJLA 2I6ZA 2BPUA 1DI3A 3LYMA 3G3AB 3GXKA 1IWZA 4A7DA 1GWDA 3D3DA 2XBRA 5DL9A 1CKHA 1B7LA 2CDSA 1C10A 3LZ2A 6LYZA 1OQMA 4XJDA 3VWOA 1HEPA 3W6AA 4YEOA 5HMVA 4KT3A 4LT1A 1GAYA 4BADA 5D5CA 3EO5A 2W1XA 4ETCA 5KXSA 1HHLA 1LJIA 4HSFA 1IY4A 4OOTA 2YDGA 1LMAA 1BB3A 1CJ7A 1GF9A 4IJ4A 4WOAA 1GPQC 4J7VA 1B7RA 1HENA 3BKHA 1IC4Y 1D0LA 1KIQC 1NBZC 3WPLA 2BQHA 1BB4A 193LA 1JKDA 4OWHA 1LSNA 1EQ4A 2BQIA 1AKIA 5KXTA 1JKCA 1IC5Y 4LYZA 1HSWA 4XJHA 3E3DA 4QEQA 4LT3A 1XFPL 3MGWA 3WPJA 5IDDA 3TXKA 1C46A 1AT5A 1LZ1A 1REMA 1F0WA 1T6VL 1WQNA 2HEEA 4D9ZA 1YROA 1JPOA 1LSGA 3TMWA 4GN5C 6LYTA 1LMQA 4J0LA 1BWJA 1QIOA 2DQJY 4HPEA 4WLTA 5KXZA 4R0FA 1FBIX 1ZVHL 1PZYA 2MEDA 4GN4A 2HEAA 4H90A 4H9HA 4WG1A 2F4AA 2FBDA 5LA8A 1J1XY 1GB3A 1IP4A 1YAQA 4WLXA 1B7OA 4PHIA 2EKSC 1LJHA 4PRQA 1JISA 1FLUA 4C5FA 4DD1A 5I4YA 1GF0A 5F16A 5KXRA 3EBAB 1IX0A 1I20A 1ZMYL 3QY4A 1GE4A 1GFRA 1F10A 153LA 3W6BA 3A3RX 3BKVA 4I8SA 3WMKA 4ET8A 1QDTA 2FBBA 1HFYA 3TXFA 3P64A 1LJKA 5T3FA 4B49A 1LHLA 4NSHA 3HBDA 1LZ6A 4LFPA 4M6DA 4DD7A 1BB7A 4M4OA 1XGTC 4NSIA 1QTEA 1A2YC 1QUSA 3B72A 3F6ZA 1LYZA 4X3BA 3RT5X 2Z2EA 4CFOA 5DN4A 3A3QA 1GE0A 4H9EA 1HC0A 4UWVA 4PRUA 4AGAA 1JJ3A 1LZYA 1INUA 1HEQA 1WTMA 1YKXX 2CWIA 4G4BA 5LAFA 1LZEA 4B1AA 4J1AA 1LZ8A 3WVXA 4NEBA 1QSAA 4E3UA 4OOOA 1UIDA 2YBJA 4WM3A 4ETEA 4ET9A 1B7SA 1LSEA 3HBEX 4N1EI 1B5WA 5B1GA 1DI4A 1JTTL 1LOZA 1ZVYB 5DN5A 5HNLA 2W1LA 2EPEA 1GB0A 4J1BA 1WQRA 5LVHA 1GFUA 1VAUA 2DBTA 2DQEY 4WG7A 4XJGA 1WVVA 1IWYA 5A3ZA 2NWDX 1LYYA 207LA 1VEDA 1MELL 3WPKA 1XGQC 4H91A 1YL0X 4AXTA 1OUBA 4H9CA 1IIZA 1RFPA 2VB1A 3W6DA 1VDSA 1JKAA 1LKSA 3CT0A 3G3BB 4GCCA 194LA 2ZWBA 1IR7A 2H5ZA 5APFA 4H92A 3WUNA 3TXIA 4LT0A 2Z37A 1GBWA 3TXHA 2BQNA 1JTPL 3TXJA 1E8LA 208LA 4CGEA 4NHSA 4EMNA 1J1OY 4RW1A 2MEFA 4EOFA 5LA5A 5KXPA 1IO5A 2X0AA 1QQYA 1GD6A 1DKKA 1LHIA 4CFPA 1B7NA 1GF5A 1CKCA 3W6CA 1LYSA 1UC0A 1IVMA 1GFVA 2XJWA 154LA 1GHLA 1LCNA 1C45A 2I25L 1G7MC 2Z12A 1B5ZA 4HV1A 4PJ2C 1GFJA 3CT1A 1JEFA 3SP3A 2BQLA 2MEAA 3N9AA 5F14A 1IP3A 1IOCA 2MECA 5ILCA 1TBYA 1GBYA 1GB5A 2WARA 2HEFA 4BAPA 1GE3A 2DQIY 2YSSC 1LZBA 4WLYA 2D91A 3CSQA 3OJPA 2LYZA 5DLAA 2F2NA 1B5YA 1JWRA 4WM5A 5HQ1A 4OWBA 2BQOA 4NGYA 1T3PA 1AZFA 1LMCA 1XGUC 4WM4A 5EBHA 5F81A 4LT2A 4YEMA 1LSFA 1W6ZA 4H9FA 3B0IA 5C6LA 1WQMA 1EQEA 3AZ5A 5FHWA 1GXV2 2Z39A 1NWGA 1B7MA 1KIPC 4N9RA 1O23A 3A6CY 1OUIA 4HV2A 5KKJA 2I26L 4R6CA 2MEIA 1GBOA 4G4HA 1DXJA 4H9BA 4TX7A 5B59A 1LJ4A 3A91A 4WM1A 3WXTA 5I4WA 5KXKA 4XJIA 4CJ2A 4II8A 5KXNA 4H8XA 1NQIA 3A96A 4NG8A 4FJRA 4YM8A 1LJGA 2LHMA 2C8PA 3EMSA 4H1PA 4LYOA 3CSRA 4HTNA 1GB2A 1GF8A 4XN6A 135LA 5IELA 1BVXA 1LSPA 4NHIA 1P2CC 1GE2A 1V7TA 4ETAA 1GEVA 3CB7A 2ZNXY 1NHEA 1SLYA 3A90A 1JHLA 1VDTA 3ZVQA 4P2EA 3WYHA 1LJEA 1GFGA 1AT6A 1UIAA 5LVKA 2HTXA 1RCMA 4MCKA 4NGIA 4WLDA 4ML7A 2HU1A 1VDQA 1YAMA 1UIEA 4NHPA 2W1MA 2XTHA 4YENA 1IP1A 1GF4A 2B5ZA 3WW6A 1YQVY 1Z55A 4KXIA 1DZBX 3TXGA 1QTKA 5II3A 4PPOA 3T36A 3W6FA 5KXMA 1UACY 2BQFA 1HFXA 2F30A 2LYOA 1NDGC 1IWTA 4PGJB 1HEWA 3WUAA 2D6BA 2Q0MX 3WH1A 1TDYA 1D0KA 3TXBA 1OUEA 1VFBC 3K3TA 4QDNA 1C43A 5DM9A 2G4QA 5FDJA 3AZ6A 1UIGA 3AZ4A 1F6RA 4GCBA 1CKGA 1B5XA 4B4EA 4C3WA 4WM6A 1VDPA 4G9SA 1LSCA 4NG1A 1IORA 4TWSA 1CJ8A 1XEIA 1NBYC 1D0MA 1LHHA 1JSFA 2BQDA 2N5ZA 2YVBA 4GN3A 1NKHA 1GAZA 3A8ZA 1VATA 1PS5A 3A93A 4NWEA 4N5RA 2ZIJA 2ZIKA 3AGHA 5C6IA 4YOPA 1GB9A 1FN5A 1QUTA 1YAPA 1GDWA 2FYDA 2G4PA 3CQLA 1GEZA 2BQJA 4Z3MA 1LZDA 2MEHA 2ZYCA 5LYMA 2BQAA 3FI7A 2A7DA 3GXRA 1RJCB 1UA6Y 1LJFA 2XBSA 3T6UA 1LSAA 5LINA 3ULRA 5LVJA 5LYTA 1NMMA 1FLYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5A3EA 3W3EA 1L42A 1QUDA 1C6GA 2BQMA 3LZMA 1LMOA 2RB2X 2H9JA 4Z46A 3HTFA 5AMYA 1IWWA 1C6JA 1KY1A 4ETBA 1LZRA 1UBZA 2YBHA 5I53A 1HELA 1L37A 4DDCA 5KXWA 1FLWA 2D4IA 4RLMA 1OUDA 1L09A 1LAAA 3B0OA 2F2QA 1L24A 2AUBA 1CV4A 1QTVA 1I1ZA 4G4CA 1IP7A 182LA 1V7SA 1IP2A 3AW7A 212LA 2RSCA 4H94A 4RLNA 3AZ7A 1H6MA 1XEKA 1G7LC 1UICA 3ZEKA 1H87A 3HT7A 1PQKA 5LYZA 1WQQA 2EQLA 3A34A 4NY5A 2LYMA 251LA 1KXWA 196LA 1GF3A 1UIBA 3UONA 4GLAA 4DQ5A 2YBMA 4I0CA 2YBLA 1SWZA 4H8YA 3HT9A 1GB8A 5KXLA 1HSXA 1IP6A 1IR8A 3A94A 1OWYA 3M3UA 4LDOA 1BB6A 1J1PY 5B06A 1DPWA 1JIYA 1EPYA 1TCYA 5LXWA 1LSDA 241LA 188LA 3IJVA 1L26A 3WXUA 3N9CA 1GFHA 1L88A 3CT5A 5I14A 3LYTA 1D9UA 1EQ5A 3DMXA 1GBSA 4MSTA 1RE2A 1B6IA 2BQCA 4NGWA 4LYMA 1SX2A 1JUGA 4ZEEA 1HERA 1CKFA 174LA 1G7HC 3HWLA 1YILA 3LHMA 1C6TA 3SBBC 5LAGA 3A6BY 4KPMA 5F9XA 4WL6A 4QY9A 1IR9A 3ATNA 4OW1A 1L34A 1SQ2L 1L73A 1JJ0A 4EKQA 1GB6A 3RU5A 3GUPA 4DT3A 3TMUA 1YANA 1LZ9A 5L3HA 1LZGA 1LSZA 2MEBA 4IATA 1L66A 1TAYA 3P66A 2ZQ4A 3RZEA 3V2YA 1C6FA 1MLCE 3OK0A 225LA 1SWYA 5JENB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2HU3 A;  3W3E A;  1JTO L;  5A3E A;  2BAA A;  3D9A C;  1UUZ C;  1XSF A;  4DD0 A;  1LTM A;  2BQK A;  4ETD A;  2BQM A;  1CJ9 A;  1LMO A;  2IHL A;  2H9J A;  1LZ5 A;  3WW5 A;  4Z46 A;  1IP5 A;  3FE0 A;  1LHM A;  1UIH A;  2BQE A;  2MEG A;  4NFV A;  4B4I A;  5AMY A;  1IWW A;  1GFK A;  3LZT A;  1FKQ A;  5HMJ A;  4ETB A;  1YKZ X;  4UWU A;  4Z98 A;  1UBZ A;  1LZR A;  2YBH A;  4B0D A;  4BS7 A;  1DQJ C;  5I53 A;  3LYZ A;  4NWH A;  4W96 A;  1HEL A;  5E4P A;  5APC A;  1REZ A;  4TSC A;  2DQA A;  3TMV A;  1HF4 A;  3WL2 A;  4H93 A;  4DDC A;  2DQH Y;  3P4Z A;  2FYC A;  3B0K A;  5KXW A;  1YIK A;  4LZT A;  3ZVQ B;  1FLW A;  1BQL Y;  2D4I A;  4HTK A;  1LMP A;  4RLM A;  1OUD A;  1ALC A;  2BQG A;  1LAA A;  3B0O A;  1LZN A;  7LYZ A;  5KXO A;  1CKD A;  2AUB A;  4DC4 A;  2HEB A;  2HED A;  3EXD A;  1IC7 Y;  5L9J A;  1I1Z A;  4G4C A;  1IP7 A;  1N4F A;  5LVG A;  1FLQ A;  1OUA A;  1LPI A;  1BB5 A;  3AW6 A;  1V7S A;  4QGZ A;  133L A;  1IWV A;  1IEE A;  1LZS A;  5I5Q A;  5KXX A;  3WUM A;  1IP2 A;  1LZ4 A;  3AW7 A;  2RSC A; 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 135L A;  5IEL A;  1BVX A;  1LSP A;  4NHI A;  1P2C C;  1GE2 A;  1V7T A;  4ETA A;  1GEV A;  3CB7 A;  2ZNX Y;  1NHE A;  1SLY A;  3A90 A;  1JHL A;  1VDT A;  3ZVQ A;  4P2E A;  3WYH A;  1LJE A;  1GFG A;  1AT6 A;  1UIA A;  5LVK A;  2HTX A;  1RCM A;  4MCK A;  4NGI A;  4WLD A;  4ML7 A;  2HU1 A;  1VDQ A;  1YAM A;  1UIE A;  4NHP A;  2W1M A;  2XTH A;  4YEN A;  1IP1 A;  1GF4 A;  2B5Z A;  3WW6 A;  1YQV Y;  1Z55 A;  4KXI A;  1DZB X;  3TXG A;  1QTK A;  5II3 A;  4PPO A;  3T36 A;  3W6F A;  5KXM A;  1UAC Y;  2BQF A;  1HFX A;  2F30 A;  2LYO A;  1NDG C;  1IWT A;  4PGJ B;  1HEW A;  3WUA A;  2D6B A;  2Q0M X;  3WH1 A;  1TDY A;  1D0K A;  3TXB A;  1OUE A;  1VFB C;  3K3T A;  4QDN A;  1C43 A;  5DM9 A;  2G4Q A;  5FDJ A;  3AZ6 A;  1UIG A;  3AZ4 A;  1F6R A;  4GCB A;  1CKG A;  1B5X A;  4B4E A;  4C3W A;  4WM6 A;  1VDP A;  4G9S A;  1LSC A;  4NG1 A;  1IOR A;  4TWS A;  1CJ8 A;  1XEI A;  1NBY C;  1D0M A;  1LHH A;  1JSF A;  2BQD A;  2N5Z A;  2YVB A;  4GN3 A;  1NKH A;  1GAZ A;  3A8Z A;  1VAT A;  1PS5 A;  3A93 A;  4NWE A;  4N5R A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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