1GBSA

Crystal structure of black swan goose-type lysozyme at 1.8 angstroms resolution
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
185
structure length
185
Chain Sequence
RTDCYGNVNRIDTTGASCKTAKPEGLSYCGVPASKTIAERDLKAMDRYKTIIKKVGEKLCVEPAVIAGIISRESHAGKVLKNGWGDRGNGFGLMQVDKRSHKPQGTWNGEVHITQGTTILTDFIKRIQKKFPSWTKDQQLKGGISAYNAGAGNVRSYARMDIGTTHDDYANDVVARAQYYKQHGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Cygnus atratus
publication title A strategy for rapid and effective refinement applied to black swan lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords AUSTRALIAN BLACK SWAN EGG WHITE LYSOZYME
total genus 76
structure length 185
sequence length 185
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-03-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01464 SLT Transglycosylase SLT domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1gbsA00
1EL1A 4WLDA 1UA6Y 1LYZA 1GE3A 4J1BA 4H92A 4NWEA 1LJEA 1T6VL 2F4AA 4KL7A 4GLVA 1LHKA 3IJUA 4ZIXA 3N9CA 3TMUA 4DWXA 1HEOA 4UWVA 1I56A 1WTMA 1G7MC 2DQGY 2CGIA 1W08A 3AYQA 4J1AA 1QDRA 1GB7A 3EXDA 1CNSA 4PGJB 1P2CC 4N1CC 1F6SA 2I26L 4B4JA 3P4ZA 1LJGA 4O34A 1LZYA 1GFUA 2XBSA 1G7LC 3HBDA 3LYTA 2W1XA 3A6CY 4OWAA 3CT1A 4LT3A 4PRUA 4PRQA 4TSCA 4DD0A 3A95A 5LA5A 1F0WA 1HFYA 4YF2A 1C45A 2HU1A 4YOPA 1INUA 4YEMA 4NFVA 1BVKC 4HJYA 4G4HA 4N9RA 1IOCA 1GB9A 4Z41A 3CQLA 1YAQA 3ZVQA 1NWGA 4ZEEA 1QUTA 3TMXA 2LZ2A 3W6CA 2EQLA 2AUBA 1HEMA 1LMTA 1HSXA 1CKHA 4XADA 1LSFA 1EQ4A 3CSQA 3WYHA 1FLWA 1ZV5L 1VDPA 2H9JA 1VDSA 4WG1A 1GBWA 1UC0A 5E4PA 2BQAA 1JHLA 3WU8A 1IORA 1BB5A 2HTXA 1LZRA 1GPQC 3AZ5A 2C8PA 1GF4A 3N9AA 4DYGA 4GCEA 1B5YA 1BWIA 133LA 2MEAA 4LYZA 4OW1A 1XSFA 4WOAA 4H8XA 4NHTA 3AB6A 2G4PA 4IATA 1FLYA 1EQ5A 3WU7A 1UIFA 1JPOA 1TAYA 1LZAA 3BKHA 2MEIA 4ET8A 7LYZA 1LHMA 4KT3A 2MEEA 1OUJA 1J1OY 1QUSA 1IOQA 4EOFA 2PC2A 2MEGA 1H87A 5F9UA 3WPLA 1JIYA 2CDSA 1J1XY 1YAMA 1QSAA 2Z38A 5KXOA 3AGHA 5FEKA 1IEEA 3J6KA 2GV0A 1KXXA 2BQFA 4IASA 5HMJA 1B7QA 2EIZC 1JTTL 3HFMY 3B0IA 1LKSA 3WUMA 1UCOA 5L3HA 5HLLA 1AM7A 1LZ5A 2D91A 2F2NA 3A93A 2EPEA 4ET9A 3A3QA 4YM8A 5B1GA 3M3UA 4QY9A 3WXUA 2D4JA 1GFAA 1LSPA 3LHMA 1YILA 1IC7Y 1OUCA 1ZMYL 1T3PA 3J4GA 1OP9B 2BQDA 1LJNA 4XENA 3A96A 3OJPA 3ULRA 2BLXA 2F30A 5KKIA 5L9JA 4XYYA 1WQPA 1YIKA 3D3DA 1JKAA 3EO5A 4I0CA 1IY3A 1C43A 3AZ7A 1IP4A 2LYMA 5DN5A 3ZEKA 2ZQ4A 4LYMA 4J0LA 1KIQC 3LYZA 5I53A 1LOZA 4NIJA 1IIZA 1LZEA 1F6RA 1VAUA 1LSNA 2FYDA 1EQEA 4XJGA 3WH1A 3WPKA 2DQCY 4HJVA 1GF6A 1GBXA 4BADA 3QE8A 1LMOA 1G7IC 5HNCA 1DPWA 2HEDA 4DD2A 1NDGC 1HC0A 1OUIA 2D6BA 2MEFA 3W6AA 5C6LA 1KXYA 4H8YA 1JJ0A 1REMA 1GFVA 2BQEA 4WM4A 1DKJA 1GBZA 1BB7A 1GFEA 2W1YA 3TXJA 4ANRA 5C6JA 4LYOA 1YANA 5FSTA 1HELA 1TBYA 1A4VA 3CT0A 4WLTA 5DLAA 5FELA 4C3WA 5KXWA 4ETCA 1GF3A 3M18B 3IWRA 3TMVA 3MGWA 4CJ2A 1RCMA 2BAAA 3TXIA 5LVIA 3T36A 4CHXA 2DQHY 2BQMA 4H9BA 1LJJA 1XEIA 5APDA 3TXEA 1YKZX 1PZYA 2A7DA 1QQYA 4RLNA 4DD9A 4E3UA 5T3FA 1WTNA 2EKSC 1CJ6A 1CKDA 4J7VA 1BVXA 2BQLA 4G4BA 4YENA 4DD7A 4DDAA 2ZILA 5HMVA 4RW1A 1IO5A 2BQBA 3CSZA 1NHEA 1GF0A 1XEJA 3A91A 4OWEA 2ZNWY 1ZVYB 4MR1A 1LJHA 4WO6A 5IHGA 2D4IA 5LA8A 3LZ2A 3AW6A 1BB3A 3CSRA 3HBEX 3EBAB 3VWOA 5KXLA 2ZQ3A 5I54A 2BQHA 4XJFA 3W6BA 1LZ1A 1HERA 4LT0A 3ZVQB 1GB5A 4ETDA 3ATNA 1YAOA 2N5ZA 3TXKA 1LZDA 4RDSA 1HEQA 1BQLY 4NSIA 1IY4A 1LZ9A 1BWHA 208LA 4H9CA 4LT1A 4PJ2C 4WLYA 1IR7A 2RSCA 5LVJA 5KXXA 1LZ6A 4HPEA 1ZVHL 5DM9A 4WL7A 3AZ6A 2MECA 3CT5A 4H9AA 4AGAA 1RI8B 4NGLA 1QTKA 1GB0A 4XJIA 5LVKA 1B7SA 1QIOA 1G7JC 1LHJA 4HTNA 4Z3MA 1IVMA 1C08C 1MLCE 5LVHA 1JISA 4HJZA 1LSDA 4DD1A 1HENA 1WQRA 4HV2A 4TSBA 1LZ4A 1B7LA 1DI4A 4GN4A 5LIOA 1LYOA 1DKKA 1JITA 4C5FA 5F14A 5M1YA 4OWCA 4CFPA 1GBYA 4PPOA 3WPJA 2I25L 2HU3A 4NWHA 1VATA 3LYOA 1XGRC 2F4GA 4NSGA 1B7RA 1GFKA 1HHLA 1LZBA 2IHLA 4BAPA 1FLQA 2YBNA 5FHWA 5I4WA 5J7CA 4R0FA 1V7SA 1LHIA 4H9HA 4UWNA 153LA 3WVXA 1HF4A 1RE2A 1XFPL 2Z2FA 1IC5Y 1YAPA 4B0DA 1JTOL 3N9EA 4HP0A 4TWSA 2I6ZA 1LZSA 3W3EA 5ILCA 5JENB 4WL6A 3RW8A 1GFTA 2Z37A 4H9EA 5APEA 2H9KA 2ZIKA 4LFPA 4XN6A 1XEKA 6LYTA 5KXPA 1WVVA 1UIGA 2Z19A 1D0KA 4LYCA 1SLYA 3A8ZA 1B5UA 154LA 4H93A 3WUNA 3P66A 193LA 1FLUA 4NSHA 2Q0MX 5AMYA 2HUBA 1LYSA 3WVYA 4H94A 1QTEA 2BQKA 1C46A 1REXA 5B06A 1A2YC 2D4KA 1XGTC 2Y8PA 1AZFA 1N4FA 4XJDA 1UACY 4ETEA 3LZTA 2BLYA 3HBHA 1LZTA 4XJBA 3A92A 1VFBC 1NDMC 5F9XA 1LPIA 4B1AA 4ZFPA 3B0KA 2YBMA 1PS5A 1RFPA 5LVGA 5E9RA 1LJ4A 2YBLA 4NSJA 4QGZA 1VDTA 1WQQA 2LZTA 2DQIY 4G9SA 4TUNA 1GB8A 1LSMA 4U3XB 3W6EA 1IX0A 1FKQA 2A7FA 1GBOA 1LHLA 5KKJA 1TEWA 1FBIX 1LCNA 1IWTA 1LTMA 1LZGA 1LSAA 1QDTA 2YVBA 2ZYCA 3A6BY 1JUGA 4NHIA 2BQNA 1YKXX 2XTHA 3AJNA 4WLXA 1W6ZA 4R6CA 3WUAA 1LZ8A 5LINA 1LSEA 1B2KA 4NGVA 1GE0A 4WO9A 1NQIA 3ATOA 1AT5A 4NHSA 4GCFA 1GFGA 2G4NA 4NGJA 5LAFA 1LHHA 1LAAA 2NWDX 4NGWA 2YSSC 1LMPA 3B0OA 4AXTA 5LYMA 2YBHA 4WM1A 1LMAA 1B9OA 1HEPA 5EBHA 1C7PA 3F6ZA 4II8A 132LA 4DC4A 1JJ1A 1WQMA 1B7OA 1WVUA 4H1PA 4WM6A 4BS7A 1DPXA 2G4QA 207LA 5L3IA 4B4IA 1OUEA 3EMSA 3TMWA 1HNLA 3K3TA 1JSFA 2Z18A 2Z2EA 2LYOA 3RZ4A 1RJCB 1F10A 1SQ2L 1J1PY 1DXJA 3OK0A 1GDXA 5APCA 5KXZA 5I4XA 1UIEA 4H9FA 4LZTA 3RU5A 1GXXA 4FDYA 2DQDY 4NEBA 1MELL 1DI3A 4WM5A 1LSZA 1CKCA 4RW2A 4WM2A 1REZA 1B0DA 1CJ7A 1BGIA 1JWRA 3B6LA 3CB7A 4GCCA 4HSFA 4NG1A 5F16A 5B05A 1IWYA 3TXDA 4OOOA 1GXV2 2CJLA 2Z39A 1NF5A 2W1MA 2VB1A 4TTDA 3FI7A 2HEBA 1UICA 4NGIA 4B4EA 2XJWA 4Z46A 1DQJC 1LSGA 2BQCA 2W1LA 1GD6A 4G4CA 3A90A 1GAZA 4L41A 4WMGA 3T6UA 3WW6A 1UIHA 1AT6A 1JTPL 2ZYPA 1GAYA 1LZCA 2YBJA 3AW7A 1NBYC 1JKBA 1B7NA 3G3AB 3P68A 1D6PA 135LA 1HSWA 3W6DA 1IR9A 2BQIA 1GE1A 4NGOA 1KIRC 1BB6A 1B5ZA 1GDWA 1GWDA 1DZBX 4NGKA 4X3BA 5A3EA 1O23A 2BQGA 1LJIA 1LSBA 5HQ1A 1LMNA 2CWIA 2DKVA 1IP3A 4NHQA 4DT3A 4LT2A 1BB4A 1HFZA 5K7OA 5LXWA 2WARA 5FDJA 2DBTA 4ML7A 3LYMA 1IP2A 4LFXA 4OOTA 3TXFA 3WW5A 5KJ9A 1YROA 1UUZC 2B5ZA 4I8SA 4NHPA 4H91A 5DN4A 1HEWA 5FCPA 3WU9A 2LYZA 3WL2A 1IOSA 1D9UA 4N1EI 3A67Y 1LKRA 1V7TA 2DQEY 2FBBA 1LMQA 1TCYA 4WG7A 5IDDA 4BAFA 1HMKA 1OUFA 2MEBA 2X0AA 4LYBA 1YKYX 1B7MA 3AGIA 1FKVA 4Z98A 2YDGA 1E8LA 1JEFA 5KXMA 1Z55A 1GE2A 1REYA 4W96A 3TXBA 5B07A 4NGZA 5C6IA 3IJVA 4FJRA 1GF8A 1GF7A 1B5WA 5KXRA 2HEFA 4ETAA 1H6MA 1GE4A 1GF9A 5D5FA 1GFRA 4CFOA 1GEZA 4EMNA 1FDLY 194LA 1DI5A 1FN5A 4G49A 4H9IA 3GXKA 4W94A 4H8ZA 1GFJA 3AZ4A 1LMCA 1B5XA 1LZNA 1XGPC 1JKCA 4KXIA 3TXHA 1WQNA 1B5VA 2YBIA 3D9AC 4KPMA 1GHLA 4GN3A 4OWHA 1GB3A 4WM3A 1IP7A 5KY1A 1IWWA 6LYZA 4B49A 1XGUC 1JJ3A 3BKVA 2BPUA 4HPIA 2ZIJA 3B72A 5D5CA 4N8ZA 4D9ZA 1OUAA 5LYTA 2DQJY 2DQFC 3RT5X 4RLMA 5APFA 1GB6A 8LYZA 9LYZA 1BWJA 1GF5A 1HFXA 1YL1X 3AGGG 4DD3A 4HTKA 1IWZA 4LGKA 1LSYA 1GBSA 2ZNXY 3W6FA 1IP6A 3P65A 1IOTA 2IFFY 1VEDA 4GN5C 5KXTA 4NG8A 1YQVY 4M4OA 1OUHA 2HEEA 5KXNA 1NMMA 1LJFA 2MEHA 1NKHA 1GB2A 3LN2A 5LYZA 4GLAA 1CJ9A 5DL9A 4H90A 5LAGA 1OUBA 5I5QA 4IJ4A 1IC4Y 5KXSA 3QNGA 1LJ3A 1OUGA 3TXGA 5A3ZA 2LHMA 4PHIA 4QDNA 1I1ZA 1D0LA 5KXKA 2ZWBA 2XBRA 1G7HC 4GCDA 4MSTA 5F81A 4OWBA 3GXRA 4HTQA 4N0JA 1ALCA 4LYTA 2C8OA 2HEAA 4ETBA 1TDYA 1JSEA 4CGEA 1IWXA 1UIBA 1NBZC 1UBZA 4YEOA 5HNLA 4UWUA 1KXWA 1QSWA 1AKIA 5I4YA 3G3BB 4NGYA 3E3DA 2HECA 1I20A 1B7PA 3WULA 2MEDA 1IWUA 4NY5A 4DDCA 2FBDA 3RNXA 1LYYA 1WQOA 4TX7A 4HV1A 1IP5A 4N5RA 1IWVA 3WXTA 5II3A 4P2EA 4GCBA 5KXYA 134LA 1CKFA 3P64A 3WMKA 5IELA 1XGQC 1UIDA 1VDQA 1BHZA 3SP3A 4MCKA 3A3RX 1LSCA 4XJHA 1IP1A 3A34A 4QEQA 4M6DA 4A7DA 2DQAA 2FYCA 1KIPC 5ILFA 1YL0X 2BQOA 3KAMA 1HMLA 5B59A 4DDBA 1UIAA 2BQJA 1JKDA 1IR8A 1GFHA 1OUDA 3A94A 3FE0A 1D0MA 5B1FA 1GEVA 1D6QA 1LJKA 1CJ8A 2H5ZA 2Z12A 1C10A 3QY4A 1OQMA 1CKGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WLDA 1UA6Y 1GE3A 1G0JA 4GLVA 3HUAA 4ZIXA 1L32A 2OU8A 4DWXA 4UWVA 1I56A 1F6SA 2I26L 1L07A 1LJGA 4O34A 1L68A 4OWAA 4W51A 4ARJA 1L61A 1L12A 4DD0A 1HFYA 4YF2A 1C45A 248LA 4YEMA 1INUA 1IOCA 191LA 4ZEEA 1SSWA 1NWGA 3TMXA 1L10A 3HDFA 3W6CA 1HEMA 1HSXA 122LA 190LA 168LA 1IORA 1BB5A 225LA 1LZRA 1GF4A 1QSQA 4DYGA 3OE6A 1BWIA 4OW1A 4NHTA 1C6TA 4IATA 1FLYA 1JPOA 2RBNA 1LZAA 3BKHA 4ET8A 1LHMA 3OE8A 2MEEA 3CDOA 1DYCA 3HTBA 1L09A 235LA 5F9UA 2IGCA 210LA 1IEEA 1KXXA 2BQFA 3HT8A 3B0IA 5HLLA 1LZ5A 2D91A 3A93A 3G3WA 3M3UA 1L01A 4QY9A 3LHMA 1ZMYL 1T3PA 1OP9B 3A96A 2BLXA 3D3DA 3DKEX 1L13A 4I0CA 1L49A 4DQ5A 4LYMA 1QT3A 2F32A 1LOZA 1IIZA 4GRVA 4BADA 1LMOA 1L63A 2HEDA 3HUQA 2D6BA 1KXYA 1OYUA 2BQEA 129LA 1YANA 254LA 3CT0A 3GUOA 150LA 1G0PA 1L65A 3MGWA 1RCMA 3C8RA 1L35A 3TXEA 1QQYA 5T3FA 1WTNA 1CKDA 1QTHA 4W54A 2BQBA 1LYEA 4WO6A 3AW6A 3CSRA 173LA 4W55A 1GB5A 4ETDA 1HEQA 4NSIA 1L03A 1BWHA 4PJ2C 1K28A 1JTMA 1IR7A 4HPEA 3C82A 1ZVHL 4WL7A 4H9AA 1QTKA 1GB0A 2QB0B 5LVKA 1L15A 1G7JC 1C08C 1MLCE 5LVHA 125LA 1HENA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1EL1 A;  4WLD A;  1UA6 Y;  1LYZ A;  1GE3 A;  4J1B A;  4H92 A;  4NWE A;  1LJE A;  1T6V L;  2F4A A;  4KL7 A;  4GLV A;  1LHK A;  3IJU A;  4ZIX A;  3N9C A;  3TMU A;  4DWX A;  1HEO A;  4UWV A;  1I56 A;  1WTM A;  1G7M C;  2DQG Y;  2CGI A;  1W08 A;  3AYQ A;  4J1A A;  1QDR A;  1GB7 A;  3EXD A;  1CNS A;  4PGJ B;  1P2C C;  4N1C C;  1F6S A;  2I26 L;  4B4J A;  3P4Z A;  1LJG A;  4O34 A;  1LZY A;  1GFU A;  2XBS A;  1G7L C;  3HBD A;  3LYT A;  2W1X A;  3A6C Y;  4OWA A;  3CT1 A;  4LT3 A;  4PRU A;  4PRQ A;  4TSC A;  4DD0 A;  3A95 A;  5LA5 A;  1F0W A;  1HFY A;  4YF2 A;  1C45 A;  2HU1 A;  4YOP A;  1INU A;  4YEM A;  4NFV A;  1BVK C;  4HJY A;  4G4H A;  4N9R A;  1IOC A;  1GB9 A;  4Z41 A;  3CQL A;  1YAQ A;  3ZVQ A;  1NWG A;  4ZEE A;  1QUT A;  3TMX A;  2LZ2 A;  3W6C A;  2EQL A;  2AUB A;  1HEM A;  1LMT A;  1HSX A;  1CKH A;  4XAD A;  1LSF A;  1EQ4 A;  3CSQ A;  3WYH A;  1FLW A;  1ZV5 L;  1VDP A;  2H9J A;  1VDS A;  4WG1 A;  1GBW A;  1UC0 A;  5E4P A;  2BQA A;  1JHL A;  3WU8 A;  1IOR A;  1BB5 A;  2HTX A;  1LZR A;  1GPQ C; 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 1LSY A;  1GBS A;  2ZNX Y;  3W6F A;  1IP6 A;  3P65 A;  1IOT A;  2IFF Y;  1VED A;  4GN5 C;  5KXT A;  4NG8 A;  1YQV Y;  4M4O A;  1OUH A;  2HEE A;  5KXN A;  1NMM A;  1LJF A;  2MEH A;  1NKH A;  1GB2 A;  3LN2 A;  5LYZ A;  4GLA A;  1CJ9 A;  5DL9 A;  4H90 A;  5LAG A;  1OUB A;  5I5Q A;  4IJ4 A;  1IC4 Y;  5KXS A;  3QNG A;  1LJ3 A;  1OUG A;  3TXG A;  5A3Z A;  2LHM A;  4PHI A;  4QDN A;  1I1Z A;  1D0L A;  5KXK A;  2ZWB A;  2XBR A;  1G7H C;  4GCD A;  4MST A;  5F81 A;  4OWB A;  3GXR A;  4HTQ A;  4N0J A;  1ALC A;  4LYT A;  2C8O A;  2HEA A;  4ETB A;  1TDY A;  1JSE A;  4CGE A;  1IWX A;  1UIB A;  1NBZ C;  1UBZ A;  4YEO A;  5HNL A;  4UWU A;  1KXW A;  1QSW A;  1AKI A;  5I4Y A;  3G3B B;  4NGY A;  3E3D A;  2HEC A;  1I20 A;  1B7P A;  3WUL A;  2MED A;  1IWU A;  4NY5 A;  4DDC A;  2FBD A;  3RNX A;  1LYY A;  1WQO A;  4TX7 A;  4HV1 A;  1IP5 A;  4N5R A;  1IWV A;  3WXT A;  5II3 A;  4P2E A;  4GCB A;  5KXY A;  134L A;  1CKF A;  3P64 A;  3WMK A;  5IEL A;  1XGQ C;  1UID A;  1VDQ A;  1BHZ A;  3SP3 A;  4MCK A;  3A3R X;  1LSC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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