1GBWA

Crystal structure of mutant human lysozyme substituted at the surface positions
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWIAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Role of surface hydrophobic residues in the conformational stability of human lysozyme at three different positions.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 51
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1gbwA00
1EQ4A 1AZFA 4W94A 2VB1A 1INUA 1AM7A 1LZ6A 1GBXA 1RCMA 5B1GA 1GE2A 5C6LA 1LMAA 3KAMA 1IIZA 1BWJA 3A96A 4O34A 1YAOA 1OUGA 5F9XA 4WL7A 1QTEA 1UIDA 1HSWA 3W6DA 1IC7Y 1MELL 1JEFA 2DQGY 2C8OA 1MLCE 2PC2A 1T3PA 4OWCA 1LZ5A 1YKYX 1IWXA 3T6UA 2LYZA 4GCFA 3W3EA 1J1XY 4DWXA 1IWVA 1OP9B 2XBSA 3EXDA 1LZ1A 2BPUA 4ZFPA 153LA 1C45A 1HERA 1REZA 4GLAA 4WM4A 5IDDA 1JKCA 3E3DA 1LZ4A 1D6PA 2ZILA 2BQGA 2D4JA 4ETCA 4H9IA 5I5QA 1IR9A 4H9CA 1FLQA 5KXXA 1E8LA 5D5FA 1LCNA 1UICA 4ML7A 4DD7A 5I4YA 1LZBA 3LZ2A 1VFBC 4MSTA 2HEAA 2Z38A 4NIJA 2D4IA 1YAQA 1LZAA 134LA 4QDNA 3WU9A 4H90A 4YEOA 1XEKA 5FELA 1REYA 1J1OY 1JTTL 3A93A 3LYOA 207LA 1YANA 3AB6A 4QGZA 4DD3A 2YBMA 1CJ7A 5LINA 3QE8A 1JTPL 5JENB 1VDSA 3B72A 3VWOA 4H9EA 2W1LA 1LPIA 2YBIA 5KY1A 3J6KA 2D6BA 1XGPC 1GD6A 1LHMA 5FEKA 5FDJA 2F30A 4DD0A 5LYMA 1D0KA 1LJ3A 2D4KA 1DKJA 1YIKA 3EBAB 2MEEA 4H92A 1LZ9A 4Z3MA 4N8ZA 4DYGA 3A34A 1REMA 2DQJY 2LZTA 3P4ZA 4KT3A 4C5FA 5KKJA 2W1MA 1NHEA 1XGTC 1JJ0A 4WG7A 1CKCA 4YEMA 2MEBA 2YVBA 3ATNA 4NSGA 1GDXA 4WM1A 4EOFA 3IJUA 5LAGA 4NGWA 3W6FA 1BVKC 1KXYA 3HBEX 9LYZA 4LYZA 1KXWA 4LFPA 1C46A 1GPQC 1GF9A 4WM3A 3P66A 2LYOA 1OUHA 1OUDA 2X0AA 1IP2A 1GFVA 1WQRA 2AUBA 3HBDA 1HELA 4WOAA 1KIPC 2MEDA 1VDQA 4NG8A 1GFKA 6LYTA 5ILCA 4XJDA 1FLUA 4E3UA 3A95A 1AKIA 3SP3A 4M4OA 4RDSA 1D0LA 4BS7A 2DQHY 5IHGA 1BB4A 4NGOA 4GCBA 4YENA 1LZDA 5LVIA 1VAUA 1GE3A 1IEEA 2F4AA 2FYCA 1CJ8A 2NWDX 5E4PA 4TX7A 1IX0A 1HEWA 4H1PA 4HP0A 4WL6A 1IOSA 1FKVA 1XSFA 3K3TA 3CSRA 3OK0A 3WYHA 2DQDY 1BWIA 2BQBA 1IR7A 1FLYA 1A2YC 1DPXA 1NWGA 2ZIKA 4Z41A 4NGIA 1GB7A 4H8ZA 2ZYPA 4N0JA 1GF0A 5F16A 3CT0A 1B7QA 4WM2A 3FI7A 3WMKA 1LZGA 1B9OA 4Z46A 1GFTA 1GB9A 1G7HC 1RFPA 4OWBA 1G7MC 2YDGA 1LMPA 1QIOA 2FYDA 5KXNA 5E9RA 5L3IA 1OUCA 4LT3A 1ZMYL 1NBZC 4X3BA 4J0LA 1JKDA 4ET8A 1EQ5A 2BQLA 4XJBA 5FSTA 5B1FA 4RW1A 4WO6A 5FCPA 5HNCA 4IATA 1PZYA 4PRQA 1WVUA 4G4CA 3CQLA 4DD2A 5II3A 1DI4A 1GEVA 1GXV2 3A6BY 2F4GA 4KXIA 4NY5A 1B7SA 1CNSA 5LXWA 1GB2A 2DKVA 2HEEA 4H93A 1CJ6A 2FBBA 4XJGA 1LZTA 4OOOA 3TXJA 4CFOA 3B0IA 4NGVA 3RNXA 1HEMA 4G4BA 3D9AC 3B0OA 4FJRA 1G7IC 4NGLA 4NSHA 1BWHA 1C08C 3WL2A 2LYMA 3ZVQB 3A92A 1GDWA 3A3RX 4G49A 1LSFA 5KXPA 5C6IA 1QSWA 1LJGA 1XGUC 1LJFA 2DQEY 3AZ6A 4H9HA 5KXLA 2WARA 1B7LA 4NHSA 2Q0MX 3WU8A 2ZWBA 5KXYA 3A91A 1B5ZA 1KXXA 1BVXA 3IJVA 1Z55A 4GN3A 1IR8A 3BKHA 1HMLA 4XENA 1D9UA 3AGHA 5C6JA 1CKGA 1LMQA 1LJIA 4HV1A 3W6CA 2BQNA 1HFYA 2EQLA 3G3BB 3CSZA 1LZRA 1LZSA 2BQDA 3LN2A 4OW1A 1FLWA 1JHLA 1WQQA 3WVXA 2RSCA 1EQEA 3ATOA 4W96A 1GF7A 3A6CY 1KIRC 135LA 4NEBA 1LZEA 2ZQ4A 1YAPA 4HJYA 1DZBX 4GN5C 4WLYA 4BAFA 4P2EA 1EL1A 1B7PA 3ULRA 2HEBA 5I54A 1GBZA 3WUNA 4HTQA 8LYZA 4NWHA 3IWRA 3J4GA 2EPEA 4XJIA 5KXZA 1LSMA 1WQNA 1LSGA 1GFUA 5M1YA 2I25L 4PGJB 5F14A 5KJ9A 2BQFA 2ZYCA 4H94A 3LYTA 1B5VA 3AYQA 1IWYA 1UCOA 1ZVHL 3N9CA 5LVGA 2XTHA 1N4FA 1KIQC 1GF4A 3RW8A 5D5CA 4BADA 3TMWA 4XADA 4IJ4A 1JUGA 4N1CC 5A3EA 3TXBA 1BGIA 5LYTA 1GFRA 5KXSA 2BQOA 4XJHA 2CGIA 4KPMA 5ILFA 1LHLA 4DT3A 4ZEEA 4B1AA 3RT5X 4H9AA 1IP4A 1OUIA 1BHZA 1JSEA 1HSXA 1LAAA 3CT5A 3WU7A 3AGIA 1NQIA 1O23A 1QUSA 1H6MA 2EIZC 5B07A 1UIFA 1YQVY 2DQIY 3G3AB 1LOZA 2DBTA 4ETBA 5LAFA 2HECA 4ETAA 1F6SA 1G7LC 4RW2A 4WO9A 5KXKA 5LVJA 1JSFA 2ZNXY 3EO5A 1LZYA 1D6QA 1GB0A 4M6DA 3FE0A 1UIAA 4H9BA 1YROA 3WUMA 4G4HA 1FKQA 1GF8A 4N9RA 4NSIA 3TXHA 2BLXA 3MGWA 3AZ4A 3WH1A 3A67Y 1UIHA 1GF3A 3D3DA 1GF6A 1LMTA 3QY4A 4NGZA 4WLXA 2Z12A 1ZV5L 1HEQA 5B06A 3CT1A 1LSNA 4WG1A 4WLDA 4J7VA 2F2NA 2Z18A 4HTNA 1IP5A 1IWTA 1LSCA 2DQCY 2A7FA 4B4JA 1GFGA 5APFA 1HC0A 1A4VA 2LZ2A 1C10A 1LSDA 1NBYC 2ZQ3A 4B0DA 3LZTA 4LYTA 4H8XA 1RJCB 4ETDA 5KKIA 1QUTA 4II8A 3AW6A 1HHLA 1YKZX 3AW7A 4GLVA 4YF2A 1LJJA 1UIBA 1GAYA 3WUAA 2I6ZA 4DDAA 1CKFA 1LSAA 1UUZC 4LYBA 2CWIA 4HPEA 4U3XB 1IP1A 3TXFA 1DKKA 1QDRA 1JISA 1IP6A 4G9SA 4PRUA 4RLNA 3AZ5A 1WQPA 193LA 3LYZA 1GXXA 5HLLA 2BQCA 5A3ZA 4UWUA 4YM8A 4HV2A 1B5UA 4LGKA 1NMMA 3WXTA 3RU5A 1WVVA 4HSFA 3BKVA 3RZ4A 1LZ8A 2YBHA 4TWSA 3P65A 1W6ZA 4TTDA 2BAAA 5DL9A 1TAYA 4QY9A 4MR1A 4ZIXA 1LMNA 3HBHA 4NHIA 1UIEA 3AGGG 194LA 1B7OA 4EMNA 1AT6A 3WW6A 5HMVA 1IORA 1GFJA 4WM5A 1QTKA 4OWAA 4H8YA 1JWRA 5L3HA 1VDPA 5APEA 2C8PA 4GN4A 4UWVA 1BQLY 1JIYA 4I0CA 4I8SA 4AGAA 5LVKA 2BQKA 1IWWA 1NF5A 4J1BA 3M3UA 5K7OA 1FDLY 1AT5A 1XGRC 1HF4A 4LT1A 2W1YA 2Z2FA 5DN5A 1IWZA 1LSZA 1V7TA 1JITA 1LTMA 3M18B 4OWEA 2Z19A 1XEIA 4GCDA 1XGQC 1IY4A 1DQJC 1F6RA 1JKAA 3LHMA 1LSEA 4R0FA 1GBOA 4IASA 4PJ2C 1ALCA 1RI8B 2YBNA 1UACY 2BLYA 5I4XA 1J1PY 1B5WA 1XFPL 1W08A 4ET9A 2YSSC 2YBJA 5HNLA 3ZVQA 3P68A 4N1EI 3TMVA 4LFXA 1IO5A 1FBIX 1GHLA 3WPKA 1GBSA 1GEZA 1HNLA 4B49A 4DDBA 5J7CA 1QDTA 4MCKA 2BQIA 1TDYA 4C3WA 5DLAA 3AZ7A 2XJWA 2BQHA 1GFAA 4XJFA 1IY3A 3OJPA 4H91A 2I26L 1WTMA 2W1XA 4NGYA 5KXRA 4ANRA 4NWEA 1IC4Y 5B05A 1BB5A 1LSBA 4OOTA 1LYZA 1QQYA 1JJ1A 2IHLA 4HJVA 4N5RA 1LSYA 2H9JA 1LSPA 2MEIA 1GFHA 1UIGA 3TXDA 1OUBA 4HJZA 3B0KA 1LHKA 1LJEA 3T36A 1H87A 2HUBA 4KL7A 4YOPA 3A94A 1LYSA 4QEQA 1D0MA 5LYZA 3A3QA 3A90A 3TXGA 3HFMY 2G4NA 2HU1A 4CGEA 1LJKA 1G7JC 2MECA 2LHMA 5FHWA 1HFZA 1I56A 2MEGA 3WPJA 1LJHA 1LZCA 1DPWA 1VEDA 2H9KA 1QSAA 1IWUA 1T6VL 3W6EA 1GE4A 1YAMA 4R6CA 5I53A 2A7DA 4GCCA 4AXTA 4A7DA 1I20A 3WPLA 3W6AA 1UC0A 4Z98A 1HFXA 5HQ1A 3WW5A 1GWDA 3TXKA 5KXOA 3WXUA 1B7NA 1XEJA 4WM6A 1BB7A 7LYZA 1YL1X 2CJLA 4NG1A 2XBRA 3N9AA 2BQJA 1LYYA 5DM9A 1JKBA 4HTKA 4DD1A 4DD9A 4L41A 3TMUA 3N9EA 1FN5A 2MEFA 3P64A 1TBYA 1C43A 4TSBA 1JTOL 1GF5A 4WMGA 1YL0X 3TXIA 3W6BA 4PHIA 5AMYA 1GB3A 3QNGA 2BQMA 4TSCA 3TMXA 2D91A 4B4IA 1IOCA 1LZNA 1ZVYB 2G4PA 1DI3A 4TUNA 3TXEA 4LZTA 1RE2A 3A8ZA 1GE0A 1SLYA 2HEFA 5APDA 1UBZA 1CKDA 1PS5A 1LYOA 1B5XA 4H9FA 1OUFA 4UWNA 1TEWA 5I4WA 1GE1A 1SQ2L 5F9UA 1VATA 4LYOA 4DDCA 2BQEA 1GAZA 4OWHA 1IOTA 5LA8A 5LA5A 3B6LA 4ETEA 3GXKA 1LHIA 4NHTA 2EKSC 4LT2A 2DQAA 2MEHA 1REXA 1WQMA 2MEAA 1F0WA 1OQMA 1B7MA 1JJ3A 3CB7A 4CJ2A 3GXRA 1JPOA 1F10A 1TCYA 2G4QA 4BAPA 1LMOA 1IC5Y 5IELA 1HMKA 1WQOA 1B5YA 208LA 1LHJA 1LKSA 2Z37A 1V7SA 4NSJA 5APCA 5L9JA 2HTXA 2BQAA 4LYCA 1BB6A 5EBHA 1IP7A 1DI5A 1DXJA 1HENA 3EMSA 5HMJA 5LIOA 4D9ZA 5LVHA 4NGJA 1NDMC 1B0DA 5F81A 2GV0A 3WULA 2CDSA 1LKRA 2ZIJA 1GFEA 1YKXX 1GBWA 1LHHA 2N5ZA 5KXWA 2B5ZA 1UA6Y 1GB6A 4HPIA 4LYMA 5T3FA 1HEOA 1GB5A 5B59A 1OUJA 2Y8PA 2FBDA 1YILA 2Z39A 1LJ4A 4NHQA 1VDTA 4CHXA 154LA 2H5ZA 1CJ9A 1BB3A 4NFVA 1LMCA 1IP3A 1GBYA 4DC4A 133LA 1IOQA 5DN4A 5KXMA 2Z2EA 2IFFY 2HU3A 3AJNA 4NGKA 1B7RA 4GCEA 4PPOA 4LT0A 1B2KA 6LYZA 132LA 2YBLA 4WLTA 3WVYA 1LJNA 1C7PA 3ZEKA 1CKHA 4RLMA 4J1AA 4B4EA 1NDGC 1OUAA 3LYMA 1OUEA 4XN6A 1HEPA 1NKHA 2HEDA 1I1ZA 2DQFC 3F6ZA 4CFPA 1WTNA 5KXTA 2ZNWY 4XYYA 3CSQA 4NHPA 1P2CC 1IVMA 4FDYA 1GB8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4W94A 2VB1A 5C6LA 1P2LA 210LA 1IIZA 1BWJA 3A96A 1OUGA 4WL7A 1QTEA 111LA 1IC7Y 2RBQA 1JEFA 2DQGY 2B6TA 1L25A 2B7XA 2LYZA 2BPUA 1C45A 1LZ4A 2D4JA 4ETCA 4H9IA 1IR9A 108LA 4I7TA 1E8LA 4ML7A 1CU2A 1G0PA 250LA 4YEOA 5FELA 1J1OY 4PJZA 1YANA 2YBMA 214LA 3VWOA 4H9EA 2W1LA 4W56A 5KY1A 1C6CA 168LA 5FEKA 167LA 1GD6A 5FDJA 1L65A 1DKJA 1YIKA 2D4KA 4DYGA 3P4ZA 5KKJA 1L30A 4WG7A 4YEMA 2MEBA 161LA 4EOFA 1L06A 1L63A 4NGWA 9LYZA 1L18A 3F9LA 187LA 1L37A 1GPQC 1KY0A 1GF9A 4WM3A 138LA 3P66A 1D2YA 1IP2A 1WQRA 1L08A 2AUBA 1DYGA 2MEDA 4NG8A 6LYTA 1CV0A 1G0GA 1D0LA 4YENA 1LZDA 1GE3A 4I7SA 1L44A 5E4PA 3NY8A 4WL6A 1C6EA 3CSRA 2O7AA 1L88A 1NWGA 2OU9A 4ARQA 1DYCA 1GB7A 1L98A 1LYGA 5F16A 4WM2A 1L42A 1LZGA 5E9RA 4LT3A 4X3BA 3HUKA 147LA 130LA 4PRQA 107LA 4G4CA 1L39A 152LA 1QT7A 1G1VA 1CNSA 5LXWA 4EXMA 3TXJA 4NGVA 1HEMA 3B0OA 4FJRA 246LA 2HULA 1L95A 3WL2A 2HUKA 1GDWA 4G49A 1CVKA 245LA 4H9HA 2CUUA 2Q0MX 1DYEA 1BVXA 3IJVA 4GN3A 1IR8A 1D9UA 1G0JA 4HV1A 1QS5A 3CSZA 3WVXA 4OW1A 3LN2A 1WQQA 4ARPA 1EQEA 1QUOA 3ATOA 4W96A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1EQ4 A;  1AZF A;  4W94 A;  2VB1 A;  1INU A;  1AM7 A;  1LZ6 A;  1GBX A;  1RCM A;  5B1G A;  1GE2 A;  5C6L A;  1LMA A;  3KAM A;  1IIZ A;  1BWJ A;  3A96 A;  4O34 A;  1YAO A;  1OUG A;  5F9X A;  4WL7 A;  1QTE A;  1UID A;  1HSW A;  3W6D A;  1IC7 Y;  1MEL L;  1JEF A;  2DQG Y;  2C8O A;  1MLC E;  2PC2 A;  1T3P A;  4OWC A;  1LZ5 A;  1YKY X;  1IWX A;  3T6U A;  2LYZ A;  4GCF A;  3W3E A;  1J1X Y;  4DWX A;  1IWV A;  1OP9 B;  2XBS A;  3EXD A;  1LZ1 A;  2BPU A;  4ZFP A;  153L A;  1C45 A;  1HER A;  1REZ A;  4GLA A;  4WM4 A;  5IDD A;  1JKC A;  3E3D A;  1LZ4 A;  1D6P A;  2ZIL A;  2BQG A;  2D4J A;  4ETC A;  4H9I A;  5I5Q A;  1IR9 A;  4H9C A;  1FLQ A;  5KXX A;  1E8L A;  5D5F A;  1LCN A;  1UIC A;  4ML7 A;  4DD7 A;  5I4Y A;  1LZB A;  3LZ2 A;  1VFB C;  4MST A;  2HEA A;  2Z38 A;  4NIJ A;  2D4I A;  1YAQ A;  1LZA A;  134L A;  4QDN A;  3WU9 A;  4H90 A;  4YEO A;  1XEK A;  5FEL A;  1REY A;  1J1O Y;  1JTT L;  3A93 A;  3LYO A;  207L A;  1YAN A;  3AB6 A;  4QGZ A;  4DD3 A;  2YBM A;  1CJ7 A;  5LIN A;  3QE8 A;  1JTP L;  5JEN B; 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 2BQE A;  1GAZ A;  4OWH A;  1IOT A;  5LA8 A;  5LA5 A;  3B6L A;  4ETE A;  3GXK A;  1LHI A;  4NHT A;  2EKS C;  4LT2 A;  2DQA A;  2MEH A;  1REX A;  1WQM A;  2MEA A;  1F0W A;  1OQM A;  1B7M A;  1JJ3 A;  3CB7 A;  4CJ2 A;  3GXR A;  1JPO A;  1F10 A;  1TCY A;  2G4Q A;  4BAP A;  1LMO A;  1IC5 Y;  5IEL A;  1HMK A;  1WQO A;  1B5Y A;  208L A;  1LHJ A;  1LKS A;  2Z37 A;  1V7S A;  4NSJ A;  5APC A;  5L9J A;  2HTX A;  2BQA A;  4LYC A;  1BB6 A;  5EBH A;  1IP7 A;  1DI5 A;  1DXJ A;  1HEN A;  3EMS A;  5HMJ A;  5LIO A;  4D9Z A;  5LVH A;  4NGJ A;  1NDM C;  1B0D A;  5F81 A;  2GV0 A;  3WUL A;  2CDS A;  1LKR A;  2ZIJ A;  1GFE A;  1YKX X;  1GBW A;  1LHH A;  2N5Z A;  5KXW A;  2B5Z A;  1UA6 Y;  1GB6 A;  4HPI A;  4LYM A;  5T3F A;  1HEO A;  1GB5 A;  5B59 A;  1OUJ A;  2Y8P A;  2FBD A;  1YIL A;  2Z39 A;  1LJ4 A;  4NHQ A;  1VDT A;  4CHX A;  154L A;  2H5Z A;  1CJ9 A;  1BB3 A;  4NFV A;  1LMC A;  1IP3 A;  1GBY A;  4DC4 A;  133L A;  1IOQ A;  5DN4 A;  5KXM A;  2Z2E A;  2IFF Y;  2HU3 A;  3AJN A;  4NGK A;  1B7R A;  4GCE A;  4PPO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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