1GBXA

Crystal structure of mutant human lysozyme substituted at the surface positions
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWLAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Role of surface hydrophobic residues in the conformational stability of human lysozyme at three different positions.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords LYSOZYME
total genus 51
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1gbxA00
4WMGA 4LYOA 2BQCA 1FLWA 5LA8A 5KJ9A 3AGGG 4H9CA 1IWTA 4HV1A 1GBXA 3T6UA 3WPKA 3CSRA 1B5VA 1D6PA 4DD3A 2I6ZA 4M6DA 5K7OA 2DQAA 1CKCA 1TCYA 2BQOA 1LZ9A 1LZSA 1EQ5A 2ZNWY 4GLVA 5B1FA 1D9UA 3HBDA 1IWVA 1SQ2L 1LSFA 1DPXA 2D4KA 3TMWA 1LSNA 1XSFA 5EBHA 5LYMA 1UIBA 3WYHA 3KAMA 1IR8A 3IJUA 4GN3A 4Z46A 2RSCA 4BAFA 4H9AA 1LMQA 5T3FA 4PRQA 1WQOA 1BHZA 1C10A 1BWHA 4ZIXA 1C45A 2ZNXY 1JKAA 3AJNA 4LYBA 1LYZA 4II8A 4U3XB 1IP5A 1HSXA 1QUTA 1GDWA 1LMTA 3P65A 4NWHA 4TTDA 5LVIA 5L3IA 1P2CC 4R0FA 2CWIA 4WLXA 4OW1A 4WO6A 1LJHA 2Z38A 1AKIA 5I5QA 4A7DA 4EOFA 3TXIA 4H9EA 5JENB 194LA 4KXIA 1LZYA 1JTPL 1UBZA 1VDQA 1YAPA 2ZQ3A 3LHMA 4WM2A 1DXJA 1B7QA 1T6VL 1XEJA 1GBSA 1YROA 1BGIA 2DBTA 3WPLA 1UUZC 1KXYA 2FYDA 4H94A 4NGOA 1UA6Y 2BQLA 1IEEA 2VB1A 1PS5A 1LJIA 1BQLY 4NG8A 1VDSA 1LJEA 2IHLA 2W1YA 2ZWBA 1FKVA 4I8SA 1NDGC 1YKXX 4DD1A 1UCOA 2H9JA 2BQAA 3A6BY 1NDMC 3AW6A 1HFXA 3EO5A 4NWEA 5HNLA 1B0DA 4NGKA 1OUDA 1CNSA 1YQVY 4FJRA 5LYZA 3N9CA 4WG7A 4B0DA 4NSGA 2Z12A 2BQBA 1AZFA 1G7IC 2HU3A 4IJ4A 4TSBA 1ZMYL 1YKYX 1CJ6A 1IOTA 1IWXA 1N4FA 2HEEA 154LA 5I4WA 1JTOL 1LHMA 3E3DA 1JHLA 1F6SA 4XJDA 1BWIA 1LJNA 1E8LA 2DQFC 1JTTL 1NWGA 1TBYA 1B9OA 4HJYA 3HBHA 3A34A 1NF5A 3WXUA 1UIHA 1B7SA 2ZYPA 3TMXA 3AZ4A 4ANRA 4BAPA 3WU9A 3W6EA 1F0WA 1FKQA 1GFHA 2Y8PA 2HEFA 3B0IA 4RLMA 4NGLA 2HECA 5DLAA 1CJ9A 4ETCA 1J1XY 4WLDA 1JISA 1JKDA 4LFXA 2BLYA 3TXEA 2Z19A 2DQEY 1KXXA 4OWAA 2F2NA 4QDNA 4LZTA 1VDPA 1GB7A 3EBAB 2F30A 4TSCA 3AZ5A 1OUHA 4NGIA 4NSIA 1JKCA 1FN5A 5F9XA 3ULRA 4CFPA 5LVHA 2G4PA 4OOTA 5FHWA 2LYOA 3CQLA 5M1YA 4ZFPA 1KIRC 1G7LC 4H9HA 1RI8B 3AW7A 1GE0A 4TUNA 4DC4A 1WQPA 1B7NA 1HSWA 1HNLA 3RNXA 3TXJA 5C6JA 4YENA 1BB7A 2Z2FA 1G7MC 2MEBA 5KXLA 5A3EA 1JSFA 1GEVA 1RCMA 2BQFA 2MEGA 1B2KA 2WARA 1GF0A 1G7HC 1DI5A 2XBRA 1HENA 1MELL 1GFVA 1LSAA 2D4JA 3P4ZA 1JSEA 1WTMA 2H5ZA 1LSEA 1XGRC 1TEWA 1GBYA 5LVJA 1GD6A 2BQGA 1NBZC 4OWHA 4XJFA 1REXA 5APFA 1UIDA 4DDBA 3WVYA 1REYA 5ILFA 5HMVA 1BB6A 1LZAA 4NGJA 2BPUA 1LMAA 1RFPA 2MEDA 1IP7A 1LSZA 3LZ2A 1LKSA 1QQYA 1IWZA 134LA 1DQJC 2EKSC 1C43A 1JITA 1LHJA 1IR7A 1IY4A 4H90A 2GV0A 1LJKA 1QUSA 4XADA 1LSGA 3TXDA 5HNCA 4LT0A 4Z41A 3B6LA 2BQEA 2DQDY 1JKBA 1LZ5A 1QTKA 2XTHA 3EXDA 5LAGA 3CSZA 4GN5C 1ALCA 1GFUA 1GFJA 1LJJA 4GCEA 4YOPA 132LA 1EQEA 4N1CC 1HC0A 4J1AA 2YBJA 1YAQA 4N5RA 4GCCA 1IC7Y 1UC0A 1FLQA 4N1EI 1DI4A 5LAFA 4IATA 1OUJA 2MEIA 4LT2A 1LJ4A 2C8PA 1GFTA 2CDSA 3TXFA 1C08C 2BQMA 3FI7A 1XFPL 1YAMA 4L41A 5HMJA 1GEZA 1OUIA 4GCFA 4KPMA 1O23A 1TDYA 1LJFA 3A96A 1VFBC 4H91A 3W6AA 1GE4A 4PPOA 1VATA 4B49A 3TMVA 4DD9A 5KKIA 4WM5A 5B05A 4B4EA 4DD0A 1GB3A 2PC2A 5APCA 5KXRA 1IWYA 1JJ3A 1GB0A 3HFMY 1LMOA 1KIQC 4HTQA 4H9IA 4N8ZA 1NKHA 1GF5A 2X0AA 3QE8A 3W6BA 1NHEA 1GHLA 4HPEA 3TXHA 4WM3A 4C3WA 1W08A 4WL7A 1REZA 1HFYA 1GBZA 3AZ6A 1JEFA 1NMMA 3LN2A 5IDDA 5KXZA 3A94A 4E3UA 2D6BA 3WU7A 1GFAA 5F16A 3A67Y 4WM6A 2LZ2A 1JWRA 1HHLA 4H1PA 2YBIA 4HV2A 2A7FA 2BAAA 3F6ZA 4OWCA 2NWDX 3A95A 4XJHA 5DN4A 4QY9A 2IFFY 4NIJA 1GAYA 1LZNA 3A3RX 2HU1A 1QDRA 2DKVA 2W1MA 3LYMA 3OJPA 2MEEA 4HTNA 4CJ2A 1LZ8A 3CT0A 3HBEX 4NHQA 1LYYA 1RJCB 1IP3A 1XGUC 5FELA 3RW8A 1CKGA 5II3A 3RZ4A 5I4YA 4UWVA 1WQMA 1UIEA 1MLCE 1LHIA 2MEFA 4NHIA 4WLTA 4D9ZA 5IHGA 1CKDA 3GXKA 3J6KA 1LHKA 1VAUA 4WM4A 3ATOA 4WLYA 3N9EA 5KXSA 3A6CY 5DN5A 5APDA 4XYYA 5I4XA 4J7VA 4LFPA 2LYZA 5A3ZA 5KXPA 2LZTA 3TMUA 4IASA 1HMLA 2ZIKA 3W6DA 2W1XA 4WG1A 5J7CA 5KKJA 2DQIY 5L3HA 1QSWA 1IWWA 2XJWA 1GPQC 1GF9A 1GXV2 3WULA 4ET9A 1LMPA 1YANA 2Z37A 4LYMA 5C6LA 4EMNA 1IP2A 5KXYA 1REMA 2CGIA 4GN4A 3G3BB 3M18B 1GFKA 1LSYA 1B5XA 2FBBA 4G4BA 1LYOA 1B5WA 1LZBA 1GFRA 2YBLA 4J1BA 3ZEKA 4NSHA 1GAZA 5FEKA 1LMNA 2EQLA 5IELA 2MECA 1GB8A 4NHSA 1J1PY 4HSFA 1B5YA 1IORA 4HJVA 4DD7A 1WQQA 1FLUA 2YBHA 135LA 1B7LA 1HF4A 1OP9B 3CT1A 1OUFA 4P2EA 3QNGA 1B5UA 2HEBA 4CGEA 3T36A 4YF2A 1AM7A 6LYZA 1B7PA 2LHMA 3B0OA 1LAAA 2BQHA 4LYCA 1LZ6A 4NGWA 1GE2A 4RW1A 4XJIA 3SP3A 4G9SA 4B4JA 1LMCA 208LA 1AT5A 2BLXA 4BS7A 5LVKA 1LPIA 4XJGA 4DWXA 3LYZA 5LXWA 1TAYA 1BB5A 1LZ1A 1UICA 2DQHY 4ETAA 5F81A 3WH1A 1INUA 2A7DA 1SLYA 3ATNA 1FBIX 2EIZC 1OUCA 4RDSA 1DKJA 1EQ4A 4G4CA 4HPIA 2CJLA 2DQGY 2HEAA 4H93A 1D0KA 3BKVA 4NY5A 4WOAA 1HELA 2H9KA 3TXBA 1FLYA 3AGIA 1IWUA 1VEDA 2C8OA 4NFVA 1LJGA 1IO5A 1B7OA 1D6QA 1LOZA 4HP0A 2MEAA 5LIOA 1RE2A 1GB6A 1WQNA 4G49A 1DKKA 2EPEA 5L9JA 3ZVQB 5ILCA 4OOOA 4BADA 1LCNA 1IP6A 1LSMA 5LYTA 1A4VA 1HEPA 3J4GA 4B1AA 3A91A 1GF4A 1B5ZA 1JJ1A 1IVMA 1LHHA 4DDAA 193LA 1T3PA 4ET8A 5KXMA 2F4AA 5KY1A 4W94A 3WVXA 1BVKC 4FDYA 3W6FA 1CKFA 1LSBA 1WQRA 2XBSA 4NEBA 4HTKA 2F4GA 1WTNA 3LZTA 1LZCA 1XGPC 2I25L 1BB4A 5KXTA 1GF3A 3AB6A 4XN6A 1GFGA 4GLAA 5F9UA 1IC5Y 3WW6A 1OUEA 1LZTA 4CFOA 1YL1X 5APEA 5E4PA 1IOSA 1IOQA 3QY4A 1HFZA 4PRUA 1GF7A 2HUBA 3A90A 3FE0A 4WM1A 5KXKA 4YEOA 2YSSC 3D9AC 4H8ZA 5KXOA 4HJZA 1HEQA 4MCKA 1YL0X 4NHTA 4J0LA 5AMYA 133LA 5I53A 2YBNA 4AXTA 9LYZA 1LZDA 3P66A 1GB5A 2DQJY 1ZVHL 2LYMA 1Z55A 3TXGA 1XGQC 2Z2EA 5KXNA 3CB7A 3K3TA 1DI3A 1LZEA 1VDTA 2B5ZA 4B4IA 2HTXA 4Z3MA 2I26L 4N9RA 4LGKA 4NSJA 4AGAA 3WUNA 2Z39A 1ZV5L 3B72A 4H8XA 4OWBA 4PJ2C 3IWRA 1I56A 1HERA 1A2YC 5D5CA 1YIKA 1BB3A 5B07A 4NHPA 4KL7A 1JPOA 3P64A 4NGVA 4WO9A 2Q0MX 5F14A 3AZ7A 1D0LA 1GBWA 1GE1A 1KXWA 4ZEEA 1IC4Y 3MGWA 4O34A 1AT6A 3W3EA 4QGZA 4I0CA 3M3UA 3CSQA 3IJVA 1JUGA 2D91A 1GXXA 3CT5A 5LVGA 2AUBA 5B1GA 2ZQ4A 1LZRA 4CHXA 2W1LA 4RW2A 7LYZA 1CJ8A 1V7SA 1WVUA 2BQKA 1I1ZA 5KXXA 1YAOA 4LYZA 6LYTA 1PZYA 2YBMA 1IP4A 4ML7A 1OUGA 3LYOA 2FYCA 4NGYA 4PHIA 4H92A 1IY3A 5C6IA 2YDGA 4DD2A 2N5ZA 2BQDA 3A8ZA 1XEKA 3WPJA 3N9AA 1DZBX 3VWOA 2D4IA 207LA 3WMKA 1LSCA 4ETDA 2ZYCA 1CJ7A 4ETEA 1XGTC 1ZVYB 4GCBA 5B06A 1C46A 3A92A 4Z98A 1UACY 3A93A 1J1OY 4H8YA 5B59A 1QIOA 4LT3A 1GB9A 1GF8A 4UWNA 5HLLA 1YILA 5LINA 1H6MA 1UIAA 1H87A 4YEMA 2YVBA 1JIYA 1LSPA 1NBYC 2DQCY 4GCDA 4H9FA 4XJBA 5E9RA 8LYZA 2BQIA 4QEQA 1BVXA 3WXTA 1WVVA 3RT5X 1LKRA 1GBOA 4ETBA 5LA5A 4KT3A 3LYTA 3B0KA 1B7RA 1LZ4A 1UIGA 5D5FA 5DM9A 1FDLY 3OK0A 1QDTA 2ZILA 5I54A 4TX7A 4MR1A 1EL1A 5FCPA 3GXRA 4M4OA 4N0JA 3RU5A 1GF6A 1F10A 1HEMA 4NGZA 5HQ1A 3BKHA 1F6RA 4XENA 4PGJB 4DT3A 1GE3A 3G3AB 2G4NA 4DDCA 5KXWA 5FDJA 3D3DA 4UWUA 4WL6A 1LHLA 4R6CA 3TXKA 3W6CA 3ZVQA 1HEWA 2FBDA 2Z18A 1W6ZA 1IIZA 4G4HA 4DYGA 4MSTA 1IP1A 2ZIJA 1OQMA 1LYSA 3P68A 1DPWA 2BQNA 3EMSA 4LYTA 3WL2A 1IR9A 3WU8A 1OUBA 2HEDA 4X3BA 3A3QA 1I20A 3WW5A 1QTEA 1XEIA 1B7MA 1BWJA 1G7JC 1V7TA 1CKHA 4NG1A 3WUAA 1YKZX 2G4QA 1QSAA 1KIPC 1NQIA 3WUMA 1C7PA 2MEHA 1IOCA 3AYQA 4C5FA 153LA 5DL9A 1HMKA 1GDXA 1GFEA 2BQJA 1D0MA 5FSTA 1LZGA 1LTMA 4LT1A 1UIFA 4RLNA 4TWSA 4W96A 1LSDA 4YM8A 4H9BA 1OUAA 1JJ0A 1GWDA 1LJ3A 3AGHA 1GB2A 4OWEA 1IX0A 1HEOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L97A 4LYOA 2BQCA 5LA8A 4HV1A 3CSRA 3GUMA 2DQAA 142LA 1L44A 1LZSA 2ZNWY 4ARLA 1C6JA 2D4KA 3TMWA 4GN3A 1IR8A 148LE 4BAFA 177LA 1LMQA 5T3FA 1BHZA 1BWHA 130LA 2RAZX 1L08A 201LA 1L32A 4U3XB 1IP5A 4TTDA 1CV1A 2OU8A 3P65A 5LVIA 1P2CC 4ZPUA 2B73A 3RUNA 1I6SA 4H9EA 5JENB 194LA 3LHMA 2CUUA 1XEJA 2DBTA 1L23A 1BGIA 4H94A 4NGOA 3L2XA 1PS5A 1L26A 1VDSA 2IHLA 1FKVA 1L73A 1YKXX 1UCOA 2BQAA 3A6BY 5HNLA 1HFXA 111LA 1OUDA 1CNSA 228LA 2Z12A 4IJ4A 1YKYX 2HEEA 154LA 1JHLA 2DQFC 1B9OA 3HT9A 2ZYPA 3TMXA 3AZ4A 4BAPA 227LA 1F0WA 3B0IA 144LA 2HEFA 4ETCA 1CJ9A 4I7OA 1JISA 3TXEA 1GB7A 109LA 3HWLA 3ULRA 3CDVA 4CFPA 4OOTA 2LYOA 3CQLA 1RI8B 3AW7A 2OU0X 4TUNA 1G06A 3RNXA 1P7SA 245LA 1BB7A 2Z2FA 4ARQB 1L87A 1G7HC 143LA 1DI5A 1NHBA 4ARMA 1GFVA 1GBYA 137LA 1LGWA 5APFA 145LA 195LA 244LA 1L63A 1L72A 3DN6A 4NGJA 3SB7A 3CDQA 1LSZA 1L57A 1IWZA 134LA 1C43A 1L18A 3C8QA 1LJKA 1QUSA 118LA 1L88A 4Z41A 4W59A 5LAGA 1DYAA 2XTHA 4GN5C 1LJJA 1ZYTA 2YBJA 3G3VA 4N5RA 4GCCA 1IC7Y 1FLQA 1DI4A 5LAFA 2C8PA 1C6NA 1QTCA 2BQMA 168LA 2B6XA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4WMG A;  4LYO A;  2BQC A;  1FLW A;  5LA8 A;  5KJ9 A;  3AGG G;  4H9C A;  1IWT A;  4HV1 A;  1GBX A;  3T6U A;  3WPK A;  3CSR A;  1B5V A;  1D6P A;  4DD3 A;  2I6Z A;  4M6D A;  5K7O A;  2DQA A;  1CKC A;  1TCY A;  2BQO A;  1LZ9 A;  1LZS A;  1EQ5 A;  2ZNW Y;  4GLV A;  5B1F A;  1D9U A;  3HBD A;  1IWV A;  1SQ2 L;  1LSF A;  1DPX A;  2D4K A;  3TMW A;  1LSN A;  1XSF A;  5EBH A;  5LYM A;  1UIB A;  3WYH A;  3KAM A;  1IR8 A;  3IJU A;  4GN3 A;  4Z46 A;  2RSC A;  4BAF A;  4H9A A;  1LMQ A;  5T3F A;  4PRQ A;  1WQO A;  1BHZ A;  1C10 A;  1BWH A;  4ZIX A;  1C45 A;  2ZNX Y;  1JKA A;  3AJN A;  4LYB A;  1LYZ A;  4II8 A;  4U3X B;  1IP5 A;  1HSX A;  1QUT A;  1GDW A;  1LMT A;  3P65 A;  4NWH A;  4TTD A;  5LVI A;  5L3I A;  1P2C C;  4R0F A;  2CWI A;  4WLX A;  4OW1 A;  4WO6 A;  1LJH A;  2Z38 A;  1AKI A;  5I5Q A;  4A7D A;  4EOF A;  3TXI A;  4H9E A;  5JEN B;  194L A;  4KXI A;  1LZY A;  1JTP L;  1UBZ A;  1VDQ A;  1YAP A;  2ZQ3 A;  3LHM A;  4WM2 A;  1DXJ A;  1B7Q A;  1T6V L;  1XEJ A;  1GBS A;  1YRO A;  1BGI A;  2DBT A;  3WPL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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