1GBXA

Crystal structure of mutant human lysozyme substituted at the surface positions
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWLAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
publication title Role of surface hydrophobic residues in the conformational stability of human lysozyme at three different positions.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 51
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1gbxA00
1GB2A 5FHWA 1WQNA 5C6IA 1IR8A 1LZEA 1OUCA 2D4JA 4LZTA 1IOQA 5HMJA 1GB6A 1HC0A 5A3ZA 3IWRA 4LYCA 1EQ5A 4NWHA 1TBYA 5M1YA 1BGIA 1HFYA 1VAUA 2XTHA 4J1BA 1JEFA 2DQEY 1PS5A 5KXXA 1IP3A 1GF0A 1GFUA 1B7LA 1D0KA 1UICA 1KXWA 1UIGA 1Z55A 4NWEA 3WW5A 4WL6A 5II3A 154LA 1GD6A 1GF6A 4N1CC 4TWSA 3WU7A 1IWXA 4Z46A 3RZ4A 1LMAA 1TEWA 4BADA 1IVMA 1QSWA 1UUZC 3IJUA 1AT5A 4RLMA 1OUGA 3AGGG 1KXYA 5ILFA 1DI5A 1TDYA 4R6CA 1QUSA 2MEDA 3AB6A 2MEGA 1I56A 1LMQA 1SQ2L 5F16A 3EMSA 4H9EA 4B1AA 5JENB 1BB7A 1DKJA 3GXRA 1GHLA 1B2KA 3CSRA 3E3DA 1B5UA 4LT3A 5B07A 5LVIA 3TXIA 3ZVQA 4B49A 1IR9A 1YIKA 4GLAA 1OP9B 1B5YA 1QDRA 1AM7A 4G4BA 4YEOA 133LA 1INUA 2X0AA 2YDGA 4NGKA 2H5ZA 1LZDA 1XGQC 4N5RA 1GE3A 2YSSC 4NFVA 5F14A 4HP0A 5LVHA 3AZ4A 1REYA 1B7MA 2Z37A 4XJDA 1CKCA 1JTOL 2F2NA 2HEAA 3P68A 4NGIA 1LJHA 4P2EA 1HHLA 4U3XB 4WO6A 3M18B 1CJ8A 4HJZA 1WVVA 1XEIA 4LYOA 4BS7A 4GCDA 1JKBA 1GB5A 1GB9A 2W1XA 1GFEA 1OUIA 1C08C 3D9AC 4H9HA 3AW6A 1DI3A 1GFAA 4NG8A 3A93A 208LA 4RLNA 4W96A 1FDLY 5APEA 4ETDA 5B1GA 4CGEA 1JHLA 4NGOA 1RFPA 4NSGA 3W6FA 5LAFA 1LHLA 5HMVA 2MEBA 3A6BY 4H92A 1IP6A 1HMKA 1B7RA 4WLYA 2ZWBA 4NGLA 5APCA 2N5ZA 1NF5A 2Z12A 4LYZA 1WTNA 2DQIY 4TSCA 1BB5A 4H94A 5KXPA 4LYMA 4MR1A 4IATA 1HERA 1IC4Y 4LYBA 2CDSA 1SLYA 4TSBA 4XJFA 1GF4A 4WM4A 1B5VA 1T6VL 4G4CA 4C3WA 3OK0A 4WO9A 4B4IA 1O23A 4ETCA 1D9UA 4G4HA 3TXKA 5LINA 3A95A 4WLTA 4XN6A 1IWTA 2YVBA 1LKSA 4HTNA 1IX0A 1GXV2 1QIOA 3B0KA 3HFMY 5I4YA 1NBZC 5KXOA 1LSDA 4NHTA 1CKDA 1GBYA 1JKDA 1G7IC 1IC7Y 1XGUC 1B5ZA 4DD1A 4WG1A 1LHIA 4H8XA 1G7MC 2FYCA 4DT3A 1GFTA 1GDXA 1XSFA 2A7DA 4EOFA 3TMUA 3QY4A 3TXGA 1B5WA 1HELA 1YKYX 1HMLA 1GF9A 4G49A 3HBDA 1BB6A 1LJ4A 1BHZA 1ZVHL 1BVKC 4WM6A 1LJNA 2MEIA 1B7NA 4QDNA 1UACY 1LZCA 1UIFA 1IY4A 1JJ0A 5KKJA 3N9AA 1F6RA 5HLLA 1IP7A 1LZBA 2F4AA 3G3AB 1OUJA 1RJCB 1UA6Y 3A91A 4ML7A 2BQFA 207LA 5LVGA 1LJFA 1FLUA 4NHPA 4YEMA 5J7CA 3ZEKA 132LA 2XBRA 2MEFA 4XENA 3WUAA 1IOSA 1A2YC 1GB8A 3BKVA 1FN5A 1EQ4A 5L3HA 1GB7A 1LMNA 1UCOA 2Z2EA 1J1PY 1LHKA 1J1OY 1IWZA 1LYSA 1IP1A 1LSZA 2CWIA 3A96A 2HECA 3G3BB 3W6AA 1N4FA 2G4PA 3N9EA 1OUFA 1YKXX 3F6ZA 1YAOA 5ILCA 2BQKA 2FBDA 1REMA 5F81A 3ULRA 4O34A 2YBMA 194LA 1A4VA 1EQEA 1HEPA 2HU3A 3P64A 5E9RA 3TMVA 1LYOA 4Z98A 1LSBA 1GFHA 5B1FA 3P65A 1UC0A 3WYHA 1B9OA 1VDSA 4H9FA 2D4IA 1LTMA 3MGWA 1GBXA 4OOTA 4ETEA 5K7OA 1LMCA 2LYOA 1GFRA 3RNXA 3A3QA 4NIJA 2BLYA 3FI7A 1OUHA 3GXKA 4M6DA 2Z2FA 1B7QA 1LSFA 5DM9A 1XGTC 2YBLA 1LMOA 1PZYA 1UIDA 2C8OA 3B0IA 1JTPL 1LZ6A 5I5QA 4AGAA 4OWCA 3A3RX 5I53A 1NDMC 1TCYA 2B5ZA 4ETAA 5A3EA 1LSNA 3HBHA 4X3BA 3CT5A 4XJIA 3TXDA 3WUNA 4J7VA 1GE4A 5IHGA 1CKFA 1QTKA 4DD0A 2BQAA 2DQGY 1QSAA 4GN3A 1GFKA 1QUTA 3CQLA 4J0LA 3W6CA 1GFGA 3RU5A 3WU8A 1LJ3A 5KXRA 4WLXA 4B4JA 5HQ1A 1IC5Y 5KXLA 1TAYA 4DDBA 3RT5X 1F6SA 1DPXA 5C6JA 1IOCA 2YBNA 1LSAA 1BWHA 5DN4A 1LMTA 1LZAA 1IWUA 1KIRC 1OUEA 3IJVA 2W1YA 1IOTA 2ZQ3A 1LZ1A 5FSTA 1JPOA 1YQVY 4PGJB 2W1LA 2D4KA 2BQMA 3AJNA 1GBOA 3K3TA 1I20A 1LZ5A 1WQRA 3LYOA 4QY9A 4WM1A 1IO5A 1C10A 1GAZA 1W08A 4H9AA 1UIEA 1WQQA 4NHSA 2WARA 4NSHA 5FELA 3WVXA 4H8YA 1DQJC 4HTKA 4ZIXA 3WH1A 1LSGA 1VDPA 2F4GA 1REZA 4I0CA 6LYZA 4PPOA 1WQPA 3LHMA 3WW6A 5L3IA 1GB0A 1DZBX 2FBBA 2ZNWY 4LYTA 4NGJA 3WULA 1GBZA 4CFPA 1IWWA 1B7SA 2YBHA 3B72A 3HBEX 4TX7A 1ALCA 4ZEEA 2Q0MX 1AT6A 4YM8A 1LHJA 5KXKA 3LYTA 1CJ9A 4WG7A 1CJ6A 2BQLA 4G9SA 1WQMA 3A6CY 1NWGA 1YANA 2A7FA 2LYZA 3CSQA 4DDAA 1IY3A 5F9XA 3EBAB 4FDYA 5LA8A 1GPQC 1KXXA 5FEKA 2BQNA 5LIOA 1LYYA 3A34A 4WL7A 3WXUA 1FLYA 4ETBA 4CHXA 3A67Y 1UIAA 1LZGA 1LYZA 3T36A 4D9ZA 1GEVA 1V7SA 4NY5A 5APFA 4DD3A 1MELL 2HTXA 1ZVYB 3W6BA 2G4QA 1W6ZA 4A7DA 3AZ7A 1LZ9A 2BQCA 4Z41A 1VEDA 4NGVA 2C8PA 1LPIA 4WMGA 3T6UA 4LFXA 1IWVA 1DPWA 5IELA 1F0WA 2AUBA 2CJLA 4AXTA 3LZ2A 4NG1A 1IIZA 5KXZA 1C7PA 4B0DA 1CNSA 4BAFA 4DD7A 1LSYA 3AGIA 5DN5A 1RCMA 4TUNA 5KJ9A 3TXJA 5KXSA 1NQIA 2BQEA 4WLDA 4IJ4A 1JWRA 1HF4A 1MLCE 1B7OA 5D5FA 1LJKA 1HEWA 2BLXA 4ANRA 5I54A 5LXWA 4ET9A 1HEQA 4UWUA 1DKKA 1XGRC 1LOZA 5LAGA 2XJWA 5LVKA 1LSCA 2HEBA 2NWDX 4UWVA 4DWXA 1GE2A 2ZYPA 4I8SA 2BQHA 1JSFA 1BWIA 4N0JA 4NGYA 1HSWA 1IP4A 1ZV5L 2LZ2A 2Z38A 4HJYA 1JTTL 1FKVA 3M3UA 1BB4A 4NGWA 1JUGA 1YROA 3AZ6A 3J4GA 4KL7A 2MEHA 3D3DA 3WVYA 4DDCA 3TXBA 4ZFPA 1ZMYL 1VATA 1LSMA 3VWOA 2H9JA 1LJIA 2DQHY 1NDGC 1DXJA 2DBTA 2ZNXY 2BQGA 4N8ZA 4WM5A 4XJGA 1IEEA 2BAAA 5LA5A 5B59A 134LA 1NMMA 5I4WA 4RW1A 1JITA 1OUAA 1QTEA 1FKQA 3OJPA 3A90A 1LZTA 1GWDA 1LCNA 1IR7A 2HEDA 2LYMA 4NSJA 1UIBA 2D6BA 2IHLA 3A92A 4DYGA 2DKVA 2Y8PA 5L9JA 1HFZA 1LKRA 1OQMA 1CJ7A 4LT2A 4WM2A 1GXXA 2D91A 1LHHA 3AYQA 4LT1A 3QNGA 3ATOA 1RE2A 4PRUA 1D6QA 1D6PA 5F9UA 1XFPL 3WU9A 1BQLY 2Z19A 1GF7A 3EO5A 4BAPA 2EQLA 1GE1A 1JSEA 4XYYA 1JISA 2YBIA 1YAMA 3CSZA 3KAMA 4DC4A 4GN4A 5LYTA 4PRQA 1B5XA 1LZNA 2G4NA 4RDSA 2Z18A 1JIYA 1YKZX 2RSCA 1LZ8A 2XBSA 4R0FA 3SP3A 4Z3MA 4KXIA 153LA 1IWYA 4GCEA 2EKSC 4L41A 4PJ2C 1BWJA 1KIPC 4QGZA 1HFXA 2ZIJA 1GF8A 1UBZA 2HEFA 1GBWA 5APDA 4M4OA 2HUBA 2HU1A 1VDQA 3BKHA 3TMXA 2Z39A 1YL0X 2FYDA 1LHMA 3W6EA 1GB3A 1DI4A 4TTDA 2CGIA 4H91A 4LT0A 5LVJA 1VDTA 1GBSA 2MEEA 4HSFA 5HNCA 9LYZA 1B7PA 1LJEA 5AMYA 5LYMA 2DQAA 1LJGA 3A8ZA 1FLWA 1LAAA 4LFPA 4E3UA 3FE0A 2DQCY 5KXNA 1V7TA 2BQBA 3TXEA 1GF3A 3P66A 3N9CA 4HTQA 2ZIKA 4H9IA 1QQYA 3CB7A 1C46A 3ZVQB 1I1ZA 1IORA 3EXDA 2DQFC 1G7HC 4ET8A 1CKGA 4DD9A 1JJ3A 193LA 2MEAA 1F10A 1UIHA 1OUDA 3J6KA 4NEBA 1HSXA 2GV0A 1XEJA 3ATNA 3LYMA 1NHEA 5D5CA 5IDDA 3TXHA 2VB1A 7LYZA 2LHMA 1LSPA 4KT3A 4FJRA 2EIZC 4OWAA 3CT1A 4MCKA 3WPLA 3LZTA 1NBYC 1XGPC 3B0OA 4GLVA 3WMKA 2F30A 1JKCA 5DL9A 1WTMA 5B05A 4HPEA 1CKHA 5KXMA 1GFVA 4H90A 4WOAA 4H93A 1J1XY 4HJVA 2I25L 1P2CC 1C45A 5DLAA 1YAQA 1JJ1A 4WM3A 4GN5C 3WPKA 3AZ5A 2BPUA 1JKAA 4OWEA 4YENA 1QDTA 5E4PA 4XJHA 1BB3A 3CT0A 1D0LA 4II8A 4NSIA 1VFBC 4N1EI 2YBJA 4YOPA 3AGHA 1C43A 3TMWA 1D0MA 1H6MA 4OOOA 4GCCA 4H1PA 3WPJA 4KPMA 1HEMA 1NKHA 4XADA 4HV1A 1T3PA 5FCPA 6LYTA 1GAYA 5KKIA 5KXYA 1YILA 135LA 3LYZA 4H8ZA 4DD2A 1E8LA 1H87A 2H9KA 4NGZA 1GEZA 1GE0A 4C5FA 1RI8B 4H9CA 4OWBA 1WVUA 3P4ZA 3W6DA 4YF2A 4QEQA 1B0DA 3WL2A 4HPIA 2I6ZA 1FLQA 4UWNA 4W94A 2ZQ4A 2ZYCA 1YAPA 5KXWA 4CJ2A 5FDJA 1LZRA 4OWHA 3B6LA 1GF5A 1LSEA 1WQOA 2BQJA 4N9RA 1LJJA 3TXFA 3W3EA 4CFOA 1HNLA 1LZ4A 4GCFA 4NHQA 4NHIA 3LN2A 5KY1A 1AZFA 3AW7A 2BQDA 2LZTA 4J1AA 4B4EA 1HEOA 1FBIX 5EBHA 5B06A 2DQJY 5I4XA 5KXTA 5T3FA 3WXTA 2PC2A 4XJBA 2DQDY 3RW8A 1IP5A 1G7JC 1LZSA 2BQIA 2IFFY 2ZILA 1OUBA 4MSTA 5C6LA 1HENA 1REXA 2EPEA 2I26L 2MECA 4GCBA 8LYZA 1LMPA 4PHIA 1LZYA 5LYZA 4LGKA 1EL1A 1IP2A 1KIQC 5HNLA 4RW2A 4IASA 2W1MA 4EMNA 1XEKA 1YL1X 4HV2A 4H9BA 1BVXA 2BQOA 1GFJA 2HEEA 3A94A 3WUMA 1AKIA 1GDWA 3QE8A 1G7LC 4OW1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2LC9A 2OE7X 5A3ZA 3IWRA 1TBYA 3GUKA 1L23A 1LWGA 1PS5A 1UICA 1D0KA 1KXWA 3HUKA 5II3A 1L32A 2RBOA 4N1CC 3WU7A 3IJUA 4RLMA 3AGGG 1LPYA 1PQMA 1QTHA 212LA 4R6CA 3AB6A 166LA 5F16A 195LA 3EMSA 3GXRA 1B2KA 1B5UA 5B07A 3DN3A 1B5YA 1QDRA 1L22A 133LA 2YDGA 4NGKA 4N5RA 3GUOA 1B7MA 1LJHA 1P2LA 4W59A 1JKBA 1GB9A 1L33A 1C08C 1L51A 1T97A 4RLNA 4W96A 5APEA 1JHLA 5LAFA 1CVKA 2MEBA 3A6BY 4H92A 1HMKA 4W56A 2ZWBA 2Z12A 1L43A 3DNAA 4LYMA 1IC4Y 125LA 1DYDA 4DAJA 1B5VA 3OK0A 4WO9A 1L47A 5LINA 1LKSA 205LA 1NBZC 1LSDA 1GBYA 238LA 4H8XA 1L44A 1C6IA 2FYCA 1QUOA 3PDSA 3TMUA 1B5WA 1HMLA 4DQ7A 3HBDA 1L56A 227LA 1BVKC 1LJNA 3HT9A 1UACY 252LA 1LYFA 1IY4A 2Q9DA 4GBRB 1F6RA 1L24A 1LZBA 1OUJA 1RJCB 3A91A 4ML7A 207LA 4NHPA 132LA 2XBRA 1L62A 2MEFA 3WUAA 1GB8A 1FN5A 1T8FA 5L3HA 1UCOA 178LA 1J1PY 1IWZA 177LA 3G3BB 3RUNA 4YXCA 4S0WA 169LA 1L28A 2FBDA 3ULRA 1A4VA 5E9RA 1EQEA 1QT6A 2HU3A 3TMVA 1LSBA 5B1FA 1L89A 1KW7A 1LTMA 2D4IA 4ETEA 5K7OA 1LMCA 1GFRA 3A3QA 4W51A 3FI7A 2RBQA 2YBLA 1LMOA 1L65A 1PZYA 1JTPL 4OWCA 1TCYA 4YX7C 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GB2 A;  5FHW A;  1WQN A;  5C6I A;  1IR8 A;  1LZE A;  1OUC A;  2D4J A;  4LZT A;  1IOQ A;  5HMJ A;  1GB6 A;  1HC0 A;  5A3Z A;  3IWR A;  4LYC A;  1EQ5 A;  4NWH A;  1TBY A;  5M1Y A;  1BGI A;  1HFY A;  1VAU A;  2XTH A;  4J1B A;  1JEF A;  2DQE Y;  1PS5 A;  5KXX A;  1IP3 A;  1GF0 A;  1GFU A;  1B7L A;  1D0K A;  1UIC A;  1KXW A;  1UIG A;  1Z55 A;  4NWE A;  3WW5 A;  4WL6 A;  5II3 A;  154L A;  1GD6 A;  1GF6 A;  4N1C C;  4TWS A;  3WU7 A;  1IWX A;  4Z46 A;  3RZ4 A;  1LMA A;  1TEW A;  4BAD A;  1IVM A;  1QSW A;  1UUZ C;  3IJU A;  1AT5 A;  4RLM A;  1OUG A;  3AGG G;  1KXY A;  5ILF A;  1DI5 A;  1TDY A;  4R6C A;  1QUS A;  2MED A;  3AB6 A;  2MEG A;  1I56 A;  1LMQ A;  1SQ2 L;  5F16 A;  3EMS A;  4H9E A;  4B1A A;  5JEN B;  1BB7 A;  1DKJ A;  3GXR A;  1GHL A;  1B2K A;  3CSR A;  3E3D A;  1B5U A;  4LT3 A;  5B07 A;  5LVI A;  3TXI A;  3ZVQ A;  4B49 A;  1IR9 A;  1YIK A;  4GLA A;  1OP9 B;  1B5Y A;  1QDR A;  1AM7 A;  4G4B A;  4YEO A;  133L A;  1INU A;  2X0A A;  2YDG A;  4NGK A;  2H5Z A;  1LZD A;  1XGQ C;  4N5R A;  1GE3 A; 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 4YEN A;  1QDT A;  5E4P A;  4XJH A;  1BB3 A;  3CT0 A;  1D0L A;  4II8 A;  4NSI A;  1VFB C;  4N1E I;  2YBJ A;  4YOP A;  3AGH A;  1C43 A;  3TMW A;  1D0M A;  1H6M A;  4OOO A;  4GCC A;  4H1P A;  3WPJ A;  4KPM A;  1HEM A;  1NKH A;  4XAD A;  4HV1 A;  1T3P A;  5FCP A;  6LYT A;  1GAY A;  5KKI A;  5KXY A;  1YIL A;  135L A;  3LYZ A;  4H8Z A;  4DD2 A;  1E8L A;  1H87 A;  2H9K A;  4NGZ A;  1GEZ A;  1GE0 A;  4C5F A;  1RI8 B;  4H9C A;  4OWB A;  1WVU A;  3P4Z A;  3W6D A;  4YF2 A;  4QEQ A;  1B0D A;  3WL2 A;  4HPI A;  2I6Z A;  1FLQ A;  4UWN A;  4W94 A;  2ZQ4 A;  2ZYC A;  1YAP A;  5KXW A;  4CJ2 A;  5FDJ A;  1LZR A;  4OWH A;  3B6L A;  1GF5 A;  1LSE A;  1WQO A;  2BQJ A;  4N9R A;  1LJJ A;  3TXF A;  3W3E A;  4CFO A;  1HNL A;  1LZ4 A;  4GCF A;  4NHQ A;  4NHI A;  3LN2 A;  5KY1 A;  1AZF A;  3AW7 A;  2BQD A;  2LZT A;  4J1A A;  4B4E A;  1HEO A;  1FBI X;  5EBH A;  5B06 A;  2DQJ Y;  5I4X A;  5KXT A;  5T3F A;  3WXT A;  2PC2 A;  4XJB A;  2DQD Y;  3RW8 A;  1IP5 A;  1G7J C;  1LZS A;  2BQI A;  2IFF Y;  2ZIL A;  1OUB A;  4MST A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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