1GBZA

Crystal structure of mutant human lysozyme substituted at the surface positions
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWFAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Role of surface hydrophobic residues in the conformational stability of human lysozyme at three different positions.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 53
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1gbzA00
2LZTA 3QNGA 5KXNA 5AMYA 1GPQC 2BPUA 2DQEY 3CT5A 3EMSA 4DYGA 1LZGA 3G3AB 4C5FA 3WW5A 1LZ6A 1GAZA 1JJ0A 1TDYA 2DQJY 3J4GA 4LGKA 1WVVA 1LJNA 5LVGA 1DKJA 5E9RA 1YKXX 1QUSA 5FCPA 4GLAA 1LSFA 5ILFA 4UWUA 1YL0X 5APEA 4WM1A 3WULA 4YEMA 2W1MA 3IJVA 5T3FA 1UA6Y 4H9BA 2W1XA 1VATA 1GWDA 5F9UA 2MEEA 3QY4A 4GCEA 2MEIA 1GF0A 2LYOA 4NHTA 2CWIA 4WLDA 4DDBA 1DI5A 4H1PA 5J7CA 4RW1A 1DI4A 4LFXA 1YQVY 1FLQA 4CFOA 5KXWA 3WPLA 2BQBA 1D6PA 3LYMA 2Z18A 1OUCA 3A6BY 4LYCA 5I5QA 3CSQA 3D3DA 4WM5A 1QTKA 3A3QA 1GBXA 4WL6A 1GB8A 1INUA 1IEEA 3SP3A 1JKAA 3W6CA 5IDDA 1B7LA 1YAPA 2G4PA 4OW1A 207LA 4YEOA 1FLYA 1PZYA 4YENA 3AZ6A 5LYMA 2EPEA 1WQRA 1BVKC 1DPXA 1JUGA 1IO5A 1AT5A 1YANA 1EL1A 1T3PA 2BQGA 3AZ5A 4G4CA 4TUNA 5KXTA 2IFFY 4OWEA 1DXJA 1BB6A 1CKHA 1IR7A 4NGZA 4HPEA 132LA 1IIZA 2F4GA 3IWRA 4BAPA 1GB2A 1ZV5L 3RW8A 1F10A 4XN6A 5KKIA 1LSEA 2D4KA 1GFRA 4WLXA 1REXA 4XJGA 5LXWA 2I6ZA 4G4BA 4OOTA 1RCMA 3A90A 3LYTA 1QDRA 4HJZA 5HLLA 3T6UA 4KXIA 1XGRC 5FHWA 2GV0A 4UWVA 1JJ3A 5APFA 3W6AA 1OUHA 3ULRA 1F0WA 1LZTA 1XEKA 4P2EA 4Z41A 1B2KA 3AJNA 3TXGA 3LYOA 1ZVHL 3LZTA 1LSYA 3M3UA 2D91A 3B0IA 3QE8A 1KXYA 1ZVYB 2ZWBA 4NGVA 4RLMA 4B0DA 2DBTA 5L9JA 4M4OA 1GE0A 1LZ4A 4D9ZA 1LCNA 3B0KA 5B05A 4LT1A 5C6IA 4DDCA 1GB5A 1LSGA 4MCKA 2D4IA 2MEFA 3TXKA 2D6BA 1JJ1A 1LSPA 2HUBA 2LZ2A 1KIQC 2CGIA 3P65A 4NHIA 3AW7A 1LJFA 1AM7A 1C43A 1HNLA 1GBWA 1IWVA 1TBYA 4B4JA 3CT0A 4J0LA 1IWZA 1LZYA 4OWBA 1OUGA 4XJDA 1EQ5A 4DD9A 1BVXA 1KIRC 4RLNA 3WPJA 5LIOA 1XEIA 2AUBA 1J1XY 4NIJA 1LSAA 4KT3A 3OK0A 1UACY 2LYZA 3WPKA 4N0JA 5HQ1A 4WLYA 4XJBA 5HNCA 1GBYA 3P4ZA 2BQAA 4ZEEA 1AT6A 5ILCA 2ZQ3A 4HV2A 3W6DA 5D5CA 2I26L 1BB7A 5LINA 1NDGC 4PJ2C 2HU1A 5LYZA 1LSZA 1LMOA 1BWIA 4Z46A 8LYZA 3TMXA 3W6FA 1JIYA 5LVIA 1YAOA 4OWAA 3TMVA 4CJ2A 3RZ4A 4DC4A 1LPIA 2C8OA 2H5ZA 1HELA 4XJIA 4WM2A 5APDA 1GBOA 5I4WA 2F30A 2YBIA 1JEFA 5KY1A 1LSNA 2IHLA 4H9IA 208LA 3BKVA 4J1BA 2MECA 1GB0A 1UICA 2Z38A 1RI8B 3WYHA 5FELA 2ZNWY 2BQOA 1IOQA 1QTEA 1LHIA 1YROA 4NGIA 4NFVA 1QQYA 3KAMA 4H91A 1O23A 1GE4A 4FJRA 3ZVQB 5KXLA 2ZYPA 4GN4A 1IVMA 1HC0A 1KXXA 4OOOA 4EMNA 1DI3A 5A3EA 4NSIA 1CJ9A 2F2NA 2Z2FA 3TMWA 5KXPA 1MELL 1EQ4A 4NGJA 2FYCA 3GXRA 4DD0A 1E8LA 2BQMA 3RT5X 4ZFPA 1YKYX 3CT1A 1J1PY 5LA8A 4WO6A 5LAFA 1LZNA 1LZSA 1HFXA 4HSFA 4WOAA 1HMLA 1PS5A 1C10A 4GCCA 1VEDA 3WU9A 4HTQA 1BB3A 1UIHA 1IWTA 1LZ8A 2A7DA 4J1AA 5D5FA 5FDJA 1LJ3A 1LOZA 1GF3A 2PC2A 1UIEA 4HJYA 4EOFA 2FYDA 1LHLA 1IWYA 4WM6A 4MR1A 1GD6A 1I20A 3F6ZA 4NEBA 1G7HC 1HMKA 4IASA 3A67Y 3HBHA 1GHLA 5B06A 153LA 2HTXA 5FEKA 4M6DA 1JHLA 1Z55A 1NHEA 3LZ2A 5KXZA 1ZMYL 2LYMA 3RU5A 1B0DA 1IY4A 4NHPA 4OWCA 3TXJA 1UBZA 1B7PA 1IWXA 4LFPA 2BQCA 4ETEA 3WVYA 2Q0MX 2BQLA 2BQJA 5K7OA 3CQLA 4H8XA 1OUIA 2BQDA 1XEJA 3IJUA 1GE1A 4J7VA 5I4XA 1HEWA 4WG1A 3ATOA 2DQCY 4B1AA 1LJIA 1FN5A 1VDTA 3WU8A 4GN3A 1B5YA 4CHXA 9LYZA 3WUNA 5KXRA 1JTPL 1IR9A 1TCYA 3OJPA 1HSWA 2D4JA 3AYQA 4GCDA 4H9AA 4HP0A 3WU7A 1G7JC 1GE3A 1YIKA 1EQEA 3W6EA 1LSMA 4DWXA 5C6LA 2BQEA 4LYTA 4II8A 1JWRA 5KXSA 1VDPA 4XADA 5KXMA 4OWHA 1GFEA 4DD3A 3AZ4A 2EKSC 4LT2A 2YBMA 5II3A 1WQQA 3A92A 4NWEA 1UIAA 5HMJA 2HEDA 1IX0A 1LZEA 1JTOL 4QDNA 1QUTA 2BLYA 1GFHA 1VFBC 1NF5A 3N9CA 4W96A 3WW6A 1GE2A 1B5VA 2H9KA 2Y8PA 4I0CA 4XJFA 3MGWA 3A6CY 5APCA 4O34A 2A7FA 5B07A 1IP7A 1G7LC 1LZ1A 3ATNA 7LYZA 1B7QA 1GFGA 3WXUA 3A34A 1CKCA 1WQPA 4LYZA 2Z39A 5LVKA 2EQLA 3A94A 1GF7A 1BQLY 2Z2EA 4CFPA 1JKDA 1LYZA 5EBHA 1AKIA 1OQMA 2BQKA 1GB7A 1GB9A 1WTNA 2H9JA 194LA 1IP6A 1IWWA 2RSCA 4RDSA 1UIBA 1H6MA 4C3WA 5JENB 4NGKA 1C7PA 1B7SA 1BB5A 2B5ZA 1IC5Y 1NKHA 4A7DA 1LSBA 4BAFA 4LYMA 4E3UA 6LYZA 2Z19A 1GB3A 1LYYA 2G4NA 1XSFA 3WL2A 1YAMA 3WUAA 4ETCA 1B5UA 1CJ6A 1GXV2 1UIGA 1JTTL 1V7TA 4LZTA 1IP4A 1BWHA 4H93A 1YAQA 5M1YA 1OUJA 4N1CC 1FBIX 5F9XA 2ZYCA 1GF6A 5F81A 1UUZC 5KXYA 3AGIA 4NSGA 3T36A 5L3IA 1LKRA 1OP9B 4RW2A 3HBEX 1REYA 1B5ZA 1W6ZA 4QGZA 4DD2A 3A8ZA 1JITA 2DQDY 2MEGA 1GFVA 1LSCA 1XFPL 3ZVQA 1GF5A 1XGUC 1GBSA 2HU3A 1LZRA 1OUEA 1P2CC 2CDSA 1CKFA 2CJLA 1ALCA 3AW6A 4MSTA 4TSBA 4ANRA 3W3EA 4ETDA 5DN5A 3BKHA 1FLWA 4B4IA 4TWSA 4H9CA 1LJKA 1SLYA 2EIZC 5KJ9A 3TXFA 4W94A 4XYYA 1UIDA 1DQJC 4H92A 4DT3A 1JISA 1I56A 3P64A 4PPOA 3EO5A 1NBYC 1RE2A 3WXTA 2DQGY 4X3BA 1LHHA 3CSZA 1TAYA 3VWOA 3WMKA 1NBZC 1D0LA 1N4FA 2C8PA 1B7MA 2DQAA 4GCFA 4LYBA 1MLCE 1DPWA 5LVJA 1H87A 3HBDA 1GF8A 4NG1A 1KXWA 5HNLA 1QDTA 4TSCA 4ETAA 5IHGA 4KPMA 4N5RA 1IOCA 4I8SA 4NGOA 1C08C 2MEBA 4PGJB 1LHMA 1QIOA 2ZIKA 4TX7A 1LMNA 4ETBA 4HPIA 1F6SA 1D6QA 5F14A 2HEFA 1HFZA 4HV1A 4QY9A 4NWHA 1WQNA 4AGAA 1LZ9A 1REMA 1NDMC 4L41A 3LN2A 5E4PA 1JKBA 4ML7A 1GEZA 1WTMA 4PHIA 3TXIA 4DD7A 1LJHA 3A95A 1IP2A 2FBDA 2YDGA 3FI7A 1LKSA 1B5WA 4UWNA 1IWUA 4N9RA 3G3BB 4U3XB 4ET9A 1YL1X 5B1GA 4YF2A 135LA 3AGHA 1LHKA 4N8ZA 5FSTA 2N5ZA 1XGQC 5I4YA 2DQIY 1LYSA 2BQIA 1LMTA 5I53A 1GAYA 2HEAA 4PRQA 2HEEA 4WO9A 3WUMA 1A2YC 2BQHA 3M18B 1TEWA 4GLVA 1CJ7A 3ZEKA 4CGEA 1QSWA 5KXXA 3EXDA 5KXOA 1GFTA 3LYZA 1NMMA 4H9FA 1CKDA 1D0MA 1LMAA 1WVUA 3E3DA 5DM9A 1IOSA 4NG8A 1B5XA 1XGTC 3P68A 2XTHA 4IATA 1OUBA 1F6RA 4HTKA 5HMVA 1GF9A 1LYOA 1OUDA 1QSAA 1IP3A 1XGPC 2ZQ4A 1HEMA 1GXXA 1OUAA 4G49A 1JSEA 4TTDA 4ET8A 4Z98A 2ZILA 1RFPA 1LJ4A 1WQOA 2BQFA 3N9AA 4NSHA 4DD1A 3RNXA 1KIPC 1LMCA 2NWDX 4Z3MA 2ZNXY 4LT3A 2ZIJA 3AB6A 5L3HA 4ZIXA 5DL9A 1A4VA 1LAAA 2LHMA 2YBJA 4WM4A 1IR8A 4LYOA 1LJEA 1BB4A 1UIFA 2W1YA 4B49A 1IC4Y 1FKVA 4YOPA 1GB6A 1LMPA 1D0KA 1C46A 1BHZA 4FDYA 5LVHA 1B7RA 1GF4A 1DZBX 1LTMA 1VDQA 4NGYA 1JKCA 2G4QA 5IELA 1IY3A 1HENA 1GEVA 4DDAA 6LYTA 3WH1A 1GBZA 5B1FA 2BLXA 1B9OA 1YKZX 4PRUA 1OUFA 1NQIA 4IJ4A 1HSXA 1LZDA 4G4HA 3FE0A 1FLUA 4NGLA 3A3RX 1HEOA 3AGGG 5LA5A 4NSJA 3TXEA 1HEPA 2YVBA 4B4EA 3B0OA 2Z37A 3J6KA 4XENA 2DKVA 5KXKA 1CNSA 1LZBA 1UCOA 2XBSA 1VAUA 1GDXA 1CJ8A 2X0AA 1WQMA 2F4AA 1RJCB 4R6CA 4WL7A 3A96A 4BADA 1JPOA 2MEHA 4NGWA 1LZ5A 3CSRA 5LYTA 1C45A 1LHJA 1FDLY 1LZAA 1REZA 1DKKA 1HERA 2I25L 2Z12A 5LAGA 2VB1A 3B72A 3EBAB 4WG7A 4WLTA 4XJHA 5F16A 4AXTA 154LA 4H8ZA 2FBBA 1NWGA 1HFYA 2YBHA 1LZCA 3K3TA 4H9EA 4H8YA 1BWJA 4NY5A 2BAAA 193LA 3HFMY 1YILA 3WVXA 1G7MC 4HJVA 3P66A 3TXHA 1UC0A 4KL7A 3CB7A 4GCBA 3TXDA 5DLAA 1LSDA 5C6JA 1LJGA 1B7NA 1HEQA 1HF4A 134LA 2DQHY 4G9SA 1GFJA 1J1OY 5I54A 1GFAA 1GDWA 4H9HA 4GN5C 4H90A 1IC7Y 1T6VL 2BQNA 3D9AC 3A93A 3A91A 3GXKA 3TMUA 4YM8A 2MEAA 1CKGA 1W08A 3TXBA 1AZFA 2YBLA 4BS7A 1SQ2L 5B59A 4LT0A 4WM3A 1IOTA 5KKJA 4N1EI 3AZ7A 3LHMA 1I1ZA 1LMQA 1VDSA 1IP1A 2YSSC 1JSFA 4QEQA 1IORA 2XJWA 2HECA 1B7OA 1IP5A 1HHLA 3N9EA 1G7IC 4NHSA 1FKQA 3W6BA 4R0FA 3B6LA 2MEDA 1GFKA 1V7SA 2HEBA 2W1LA 2DQFC 4H94A 2YBNA 2WARA 5A3ZA 133LA 1D9UA 1LJJA 4HTNA 5DN4A 1BGIA 1GFUA 4WMGA 2XBRA 4NHQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2B7XA 5KXNA 1C6GA 2DQEY 4C5FA 1QS9A 3J4GA 4LGKA 1LJNA 1DKJA 1YKXX 1QUSA 1KNIA 4GLAA 1LSFA 1YL0X 5APEA 4WM1A 3WULA 2W1MA 3IJVA 4ARPA 1GF0A 4NHTA 4DDBA 1DI5A 5J7CA 143LA 4RW1A 4LFXA 1KS3A 1D6PA 5I5QA 3CSQA 4WM5A 1L36A 1L15A 3SP3A 2G4PA 4YEOA 1PZYA 2EPEA 4WOAA 1IO5A 1YANA 4TUNA 1EL1A 195LA 2IFFY 4OWEA 152LA 2Z6BA 4W53A 1IIZA 1GB2A 1F10A 1LSEA 1D2WA 1L97A 4HJZA 1L37A 3ULRA 1XEKA 1B2KA 1ZVHL 4LDEA 1KXYA 2ZWBA 4RLMA 4B0DA 1GE0A 1LZ4A 1LCNA 1L70A 3B0KA 3DMVA 1L49A 5C6IA 1C6BA 4MCKA 2D4IA 1LSPA 3P65A 3CT0A 4DD9A 4W57A 4DQ7A 4NIJA 2LC9A 2LYZA 4N0JA 2BQAA 1AT6A 5LINA 1NDGC 1LMOA 1BWIA 3DN8A 3TMXA 3C82A 1JIYA 4OWAA 2C8OA 2H5ZA 4XJIA 5APDA 4WM2A 4GRVA 1D3FA 1L74A 208LA 1I6SA 1GB0A 3C7ZA 3LZMA 1LHIA 1QQYA 2B75A 3ZVQB 4GN4A 2B6YA 1HC0A 1DI3A 1MELL 2FYCA 1L48A 1XEPA 1YKYX 3DMZA 1SWYA 1LZNA 1LZSA 1HFXA 262LA 4AQNA 1VEDA 4HTQA 1BB3A 1IWTA 5FDJA 5D5FA 1LJ3A 1LOZA 2PC2A 4HJYA 2FYDA 1IWYA 4WM6A 1GD6A 4NEBA 3DN6A 1G7HC 3A67Y 1GHLA 1PQOA 5B06A 1L51A 4M6DA 1Z55A 3LZ2A 5KXZA 2LYMA 3RU5A 1B0DA 4OWCA 3GUMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2LZT A;  3QNG A;  5KXN A;  5AMY A;  1GPQ C;  2BPU A;  2DQE Y;  3CT5 A;  3EMS A;  4DYG A;  1LZG A;  3G3A B;  4C5F A;  3WW5 A;  1LZ6 A;  1GAZ A;  1JJ0 A;  1TDY A;  2DQJ Y;  3J4G A;  4LGK A;  1WVV A;  1LJN A;  5LVG A;  1DKJ A;  5E9R A;  1YKX X;  1QUS A;  5FCP A;  4GLA A;  1LSF A;  5ILF A;  4UWU A;  1YL0 X;  5APE A;  4WM1 A;  3WUL A;  4YEM A;  2W1M A;  3IJV A;  5T3F A;  1UA6 Y;  4H9B A;  2W1X A;  1VAT A;  1GWD A;  5F9U A;  2MEE A;  3QY4 A;  4GCE A;  2MEI A;  1GF0 A;  2LYO A;  4NHT A;  2CWI A;  4WLD A;  4DDB A;  1DI5 A;  4H1P A;  5J7C A;  4RW1 A;  1DI4 A;  4LFX A;  1YQV Y;  1FLQ A;  4CFO A;  5KXW A;  3WPL A;  2BQB A;  1D6P A;  3LYM A;  2Z18 A;  1OUC A;  3A6B Y;  4LYC A;  5I5Q A;  3CSQ A;  3D3D A;  4WM5 A;  1QTK A;  3A3Q A;  1GBX A;  4WL6 A;  1GB8 A;  1INU A;  1IEE A;  3SP3 A;  1JKA A;  3W6C A;  5IDD A;  1B7L A;  1YAP A;  2G4P A;  4OW1 A;  207L A;  4YEO A;  1FLY A;  1PZY A;  4YEN A;  3AZ6 A;  5LYM A;  2EPE A;  1WQR A;  1BVK C;  1DPX A;  1JUG A;  1IO5 A;  1AT5 A;  1YAN A;  1EL1 A;  1T3P A;  2BQG A; 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 1CNS A;  1LZB A;  1UCO A;  2XBS A;  1VAU A;  1GDX A;  1CJ8 A;  2X0A A;  1WQM A;  2F4A A;  1RJC B;  4R6C A;  4WL7 A;  3A96 A;  4BAD A;  1JPO A;  2MEH A;  4NGW A;  1LZ5 A;  3CSR A;  5LYT A;  1C45 A;  1LHJ A;  1FDL Y;  1LZA A;  1REZ A;  1DKK A;  1HER A;  2I25 L;  2Z12 A;  5LAG A;  2VB1 A;  3B72 A;  3EBA B;  4WG7 A;  4WLT A;  4XJH A;  5F16 A;  4AXT A;  154L A;  4H8Z A;  2FBB A;  1NWG A;  1HFY A;  2YBH A;  1LZC A;  3K3T A;  4H9E A;  4H8Y A;  1BWJ A;  4NY5 A;  2BAA A;  193L A;  3HFM Y;  1YIL A;  3WVX A;  1G7M C;  4HJV A;  3P66 A;  3TXH A;  1UC0 A;  4KL7 A;  3CB7 A;  4GCB A;  3TXD A;  5DLA A;  1LSD A;  5C6J A;  1LJG A;  1B7N A;  1HEQ A;  1HF4 A;  134L A;  2DQH Y;  4G9S A;  1GFJ A;  1J1O Y;  5I54 A;  1GFA A;  1GDW A;  4H9H A;  4GN5 C;  4H90 A;  1IC7 Y;  1T6V L;  2BQN A;  3D9A C;  3A93 A;  3A91 A;  3GXK A;  3TMU A;  4YM8 A;  2MEA A;  1CKG A;  1W08 A;  3TXB A;  1AZF A;  2YBL A;  4BS7 A;  1SQ2 L;  5B59 A;  4LT0 A;  4WM3 A;  1IOT A;  5KKJ A;  4N1E I;  3AZ7 A;  3LHM A;  1I1Z A;  1LMQ A;  1VDS A;  1IP1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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