1GBZ | Genus

Total Genus 53

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	53
sequence length	130
structure length	130
Chain Sequence	KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWFAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__4630514421928118__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__4630514421928118__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1GBZ/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__4630514421928118__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"4630514421928118","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1GBZ/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__4630514421928118__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfb31017da8cfbff818fdf8/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfb31017da8cfbff818fdf8/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfb31017da8cfbff818fdf8/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfb31017da8cfbff818fdf8/pdb.gz): 1029 ms

reading 130 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

130 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 19 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:129});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Homo sapiens
publication title	Role of surface hydrophobic residues in the conformational stability of human lysozyme at three different positions. pubmed doi rcsb
molecule keywords	LYSOZYME
total genus	53
structure length	130
sequence length	130
ec nomenclature	ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date	2000-06-26

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00062	Lys	C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.530.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	1gbzA00

4H94A 1C46A 1REXA 4B4EA 2XTHA 2Z2EA 3A92A 4HPEA 4OW1A 4HV1A 4GCCA 1MLCE 1JPOA 4PRUA 3LYMA 1F6SA 1HELA 3FE0A 1OUEA 1GB2A 1KXYA 2EQLA 4II8A 3TMUA 3A3QA 1CKHA 1NDGC 5LVIA 2DQDY 4OOOA 1GB5A 1REYA 2MEEA 1JSFA 2HEFA 4W94A 4HPIA 2I6ZA 4WMGA 1GE1A 2RSCA 4Z46A 5B1FA 4ZFPA 4ET8A 5L9JA 2Q0MX 1EQEA 1LZGA 1GBXA 1ZMYL 2ZQ3A 3AB6A 2ZIKA 1WQQA 4NSGA 4WLDA 4M6DA 1BVXA 4ETAA 1VDTA 1WVVA 4WOAA 4NHQA 3WXTA 1HFZA 1VFBC 1B7NA 2HEEA 3A96A 4NG8A 4QY9A 1IR7A 4ZIXA 2W1MA 1HFYA 4HTKA 4NFVA 4NEBA 1OUAA 1XGRC 2Y8PA 4KL7A 3A6BY 3EBAB 4WG1A 2G4NA 1O23A 1DPXA 1XGQC 5IHGA 1I56A 2W1YA 1HMKA 1LZBA 3N9CA 5LVHA 3FI7A 2CGIA 3B6LA 4WM2A 1REZA 1FBIX 4PJ2C 1IVMA 1LJHA 1G7IC 2MEAA 2W1XA 1FLQA 1LOZA 1RJCB 4B49A 2Z39A 1REMA 2BQCA 1WVUA 1GBSA 1GEZA 1GF0A 2LYMA 4NGIA 1V7SA 1BWJA 4U3XB 5FDJA 1FLUA 3RT5X 1LMPA 2BAAA 2IHLA 4QEQA 1XGTC 1IC7Y 5KXSA 2HEDA 5LYZA 4Z3MA 1GDXA 1UIBA 4G4BA 3T36A 5I5QA 4DD7A 5F14A 3BKVA 1B7QA 153LA 1VEDA 2HEBA 4XYYA 2DQIY 5FCPA 1GF3A 1DI5A 1GF8A 1BHZA 4DD1A 2F4GA 4MSTA 3WPJA 1GFHA 1JSEA 3EXDA 3AGIA 1NF5A 1GEVA 4G4HA 4I8SA 2DKVA 3SP3A 4NGVA 1GB7A 1GFAA 1MELL 5K7OA 193LA 134LA 1EL1A 4R6CA 6LYZA 2YBLA 1JHLA 3LYOA 4HJVA 1AZFA 2FBDA 2DQEY 3LZTA 2G4QA 4HJZA 1OQMA 3ULRA 1JKAA 154LA 4DDBA 3HBDA 4N8ZA 4H9CA 1IOQA 1OUDA 1F10A 2LYOA 3WYHA 3QY4A 3A94A 1ZV5L 3RU5A 1J1PY 4CFOA 3GXRA 4H9EA 1YIKA 3W6DA 1B7MA 4N0JA 2W1LA 5FEKA 4B4JA 4ET9A 1CJ9A 3W6CA 4Z98A 1JTOL 1NWGA 4H9FA 1D6QA 5EBHA 1GB6A 5HLLA 3M3UA 1GDWA 5IELA 1BQLY 1C7PA 4NSJA 1LHHA 1BB3A 3CB7A 5E9RA 5FHWA 5B1GA 4OWEA 1YANA 1B7LA 4D9ZA 3EMSA 1HFXA 1JISA 1HSXA 1LSDA 1LSFA 5L3IA 1IP6A 2HU3A 5I54A 1AT6A 1D0LA 2YBNA 5KKIA 3TXEA 2BQFA 1GFVA 1FKVA 3EO5A 4N1EI 4H91A 5ILFA 2EPEA 1IO5A 1LZ1A 5KY1A 3CQLA 4ETDA 4NGJA 4WM3A 4N9RA 1JUGA 5E4PA 1HEWA 4DDAA 1LYSA 4DWXA 1GB3A 4YEMA 1LHLA 2NWDX 5C6JA 5KXKA 1DQJC 1LHJA 1LZCA 1IC4Y 4NGWA 1LZRA 1NQIA 3AZ6A 1LTMA 4NGZA 2D6BA 3RNXA 3D3DA 5LVJA 1P2CC 5KXZA 2MECA 1IP4A 4LT3A 1N4FA 4ETBA 2LHMA 3W6EA 1IP3A 1D6PA 1LHKA 1LSYA 1J1OY 4CHXA 4XENA 4LT2A 4MR1A 4QGZA 1B5YA 1LKSA 4HP0A 5FSTA 4FJRA 5LAFA 3W6BA 2GV0A 1B7PA 1FKQA 3AJNA 2D4JA 2BQOA 4YENA 3GXKA 2YVBA 5KXXA 3J6KA 2YDGA 4NSIA 2B5ZA 1JKDA 1GE2A 2CJLA 4LYZA 5B06A 3P65A 3MGWA 1HEQA 2LZTA 3WVXA 1AKIA 1JITA 2I25L 1LMQA 1HERA 1JJ0A 1BB6A 1IWXA 1CKDA 5M1YA 2HTXA 1LJKA 1B5XA 4TUNA 1JTPL 3G3AB 1F0WA 207LA 4TSBA 2BQAA 4XJDA 4ETCA 4UWVA 4EOFA 1LJFA 1UIEA 4XJGA 4NHSA 2F2NA 1GE4A 1UBZA 1TDYA 1BB5A 1GBZA 2DQGY 3B0KA 3D9AC 4GLVA 5B59A 3WUNA 1HENA 4LGKA 1YL1X 1NHEA 9LYZA 1LZAA 1JEFA 1AM7A 4NHPA 3T6UA 4H8XA 1LJ4A 3HFMY 1LMCA 3WU9A 3ATNA 3TXDA 2DQAA 1TAYA 1LJNA 1XGUC 4CFPA 2H9KA 4LFXA 4ANRA 1XSFA 1DZBX 1PS5A 5KXOA 2Z19A 1LZ8A 4J7VA 5APCA 1B0DA 4GLAA 4MCKA 1LSMA 4NGYA 5LYMA 5KXNA 5I4WA 3QE8A 4ETEA 7LYZA 4OWCA 4RLMA 1SQ2L 1OUBA 1XEKA 2BPUA 2BQKA 1GFJA 4NGOA 4NWEA 5C6IA 3TXKA 4WM1A 4WL7A 4XJFA 3WXUA 3LHMA 2YSSC 5KXPA 3A6CY 3LZ2A 4GN4A 4L41A 1GF4A 4LYCA 5DL9A 5T3FA 5FELA 1UACY 1HF4A 5LIOA 1BWHA 1JJ3A 3A3RX 1CJ7A 4NWHA 2BLYA 2YBIA 3CT5A 2MEFA 4DDCA 1IR9A 1QIOA 4QDNA 1NDMC 3WUAA 1BB7A 4NSHA 1LZEA 3WVYA 1CNSA 1GHLA 1LMAA 1UA6Y 3CT0A 3CSRA 1T3PA 2FYDA 1GFUA 4YM8A 4P2EA 3W6FA 1OUIA 2H9JA 3IWRA 1GF5A 1EQ4A 4N5RA 4UWUA 1IY4A 4YOPA 3A34A 1KIQC 3HBHA 5AMYA 4XJIA 1LSNA 1IEEA 3TXHA 5A3ZA 3A90A 4LT1A 4G9SA 1IY3A 5F9UA 4HTQA 3WPKA 5HNCA 3B0OA 4PPOA 1I20A 5D5FA 4KXIA 3IJUA 1JJ1A 2ZILA 135LA 4EMNA 1GFRA 2XJWA 4HSFA 4OWHA 5D5CA 1G7MC 3A91A 1JWRA 1YQVY 5JENB 2ZWBA 1IOSA 1WQMA 1HNLA 4AGAA 1V7TA 1FN5A 2DQJY 2BQGA 1HEOA 1GXXA 1LJGA 1HMLA 5APEA 1D9UA 4C5FA 4LYMA 2XBRA 1C10A 1FDLY 4OWAA 1LZSA 1VAUA 5LVKA 1WTMA 5I53A 2BQEA 3CSZA 3LYZA 1ZVYB 2D4IA 4IASA 3WPLA 1GE0A 3A93A 2HU1A 132LA 1INUA 5F16A 5HNLA 1AT5A 3WULA 4HJYA 1KIRC 4HTNA 1YAPA 2ZNWY 4LT0A 1UIDA 4O34A 4DD2A 1HHLA 1WQPA 1TBYA 3M18B 1XEIA 4H92A 4IATA 1W08A 1B7SA 3BKHA 4CGEA 1D0KA 4HV2A 1B5WA 1LHMA 1LSBA 1QTKA 1GBOA 1B7RA 1OUFA 3KAMA 1SLYA 4H93A 1EQ5A 1OP9B 2DQFC 1CJ8A 2A7FA 4OOTA 5DLAA 3LYTA 1RE2A 1YILA 2D4KA 2BQLA 3B0IA 5F81A 3WU7A 2EIZC 5KXLA 1LZTA 5HMJA 2CWIA 4WO6A 1LSCA 1C43A 3E3DA 4X3BA 1LSGA 4R0FA 4UWNA 1GF9A 1IWZA 1LYZA 1H6MA 3QNGA 1UICA 3TXBA 2Z18A 1VDQA 2A7DA 4J0LA 4WLXA 4YF2A 3WW5A 3A8ZA 1LZNA 1GFKA 2LZ2A 4Z41A 1NBZC 1W6ZA 1VATA 4XJBA 1UIHA 1YKZX 1GF7A 5KXWA 4B4IA 1ALCA 1IP5A 4WM4A 1IWTA 2BLXA 3N9EA 2AUBA 1KXWA 3HBEX 4GCBA 4OWBA 3TXJA 4GCEA 1GE3A 2HECA 2PC2A 1DXJA 3W3EA 1HEPA 2HUBA 1CJ6A 1UC0A 1FLWA 1B7OA 1GWDA 1TEWA 2YBHA 1LJEA 5KXTA 2F4AA 3CSQA 1NMMA 1IR8A 3AZ5A 5KXYA 1GB8A 3AW7A 4J1AA 4DT3A 2BQHA 1YAQA 133LA 2DBTA 4H9AA 4WM6A 1XEJA 5LXWA 4BAFA 1HC0A 3P68A 4H9HA 4W96A 5APDA 1IWYA 5DN5A 1JIYA 1UUZC 3K3TA 1LSEA 1GB0A 2MEDA 4AXTA 2FBBA 1Z55A 5I4XA 1LZ9A 4KT3A 1JKCA 2MEGA 1QQYA 4XJHA 5KKJA 4KPMA 4B1AA 2ZQ4A 3N9AA 1PZYA 4FDYA 1IORA 1GFGA 2ZIJA 1QDTA 4DC4A 1XFPL 2VB1A 1LZ4A 2ZYCA 4GN3A 3TMWA 1KIPC 4DD0A 2BQBA 4H1PA 4WG7A 4RDSA 5C6LA 1LYOA 1GXV2 4NHIA 2C8OA 4PGJB 4TTDA 1IWWA 1B9OA 3IJVA 4WL6A 1T6VL 2Z2FA 5J7CA 2F30A 1TCYA 4J1BA 1BB4A 1ZVHL 2ZNXY 1GAZA 1OUCA 1UIFA 4NGLA 4TSCA 3W6AA 4G49A 1LMOA 1QUSA 4NIJA 4I0CA 1B5ZA 1GFTA 2H5ZA 4E3UA 1I1ZA 3ATOA 1CKCA 3P66A 1LSPA 4TX7A 1QDRA 3AGGG 3ZVQB 2Z12A 5B05A 1WQRA 1A4VA 4WO9A 1IOCA 1YKXX 3TXIA 1NKHA 1LSZA 1BVKC 1DKKA 1BWIA 1E8LA 3A67Y 5A3EA 5DM9A 3G3BB 1LJIA 4GCDA 2BQMA 1RCMA 1LJ3A 5KXMA 5KXRA 1DI3A 1HSWA 5II3A 1IP2A 3RW8A 1IWVA 4M4OA 2Z37A 4NHTA 4ZEEA 2CDSA 1LKRA 4WLTA 4GCFA 2ZYPA 4PRQA 3RZ4A 194LA 1D0MA 1BGIA 1LYYA 1GFEA 1LZDA 2C8PA 3TMXA 1RFPA 2BQDA 2LYZA 3OJPA 4PHIA 4BS7A 1QTEA 4LZTA 1KXXA 1YAMA 1GB9A 4H90A 3AW6A 1IP7A 1LJJA 4NY5A 5APFA 5LINA 2MEHA 5HMVA 2EKSC 5F9XA 5I4YA 1IOTA 1IP1A 8LYZA 1NBYC 1LZYA 2N5ZA 1YKYX 2FYCA 1G7HC 1UIAA 2MEIA 1OUJA 3VWOA 5ILCA 2HEAA 5KJ9A 4IJ4A 3J4GA 1IIZA 4BAPA 2BQIA 3P4ZA 1VDSA 5LYTA 2BQNA 1VDPA 1DKJA 2DQHY 1RI8B 5LAGA 6LYTA 4NGKA 4YEOA 4RW1A 1QSWA 4G4CA 5L3HA 2BQJA 5B07A 1LCNA 1HEMA 4DYGA 2X0AA 3B72A 1LMTA 4ML7A 3LN2A 3AGHA 4LYBA 1WQOA 1B5VA 2IFFY 4H8YA 4BADA 4B0DA 1C08C 1JTTL 1IC5Y 1WQNA 1LPIA 1OUGA 1XGPC 3F6ZA 4WM5A 4A7DA 3P64A 4XN6A 1CKGA 1G7LC 2YBMA 4DD9A 1DI4A 2WARA 5IDDA 3TMVA 1DPWA 1G7JC 4H9IA 3AZ7A 4CJ2A 2G4PA 2XBSA 2YBJA 3WL2A 4WLYA 2Z38A 1LZ6A 1GD6A 1B5UA 3TXGA 1LHIA 1LAAA 1UIGA 5LVGA 2D91A 1GBWA 4N1CC 4NG1A 1GAYA 4LYTA 5LA8A 1GPQC 3TXFA 4RLNA 4GN5C 1B2KA 3CT1A 3OK0A 4XADA 4H8ZA 3ZEKA 1QUTA 3WW6A 1IWUA 4DD3A 1YROA 1J1XY 1QSAA 1LZ5A 5LA5A 4LYOA 3A95A 1IX0A 1LSAA 1YAOA 1WTNA 2I26L 3AYQA 3AZ4A 1UCOA 1LMNA 4C3WA 1FLYA 1YL0X 3WMKA 208LA 4RW2A 1GBYA 1F6RA 4TWSA 4H9BA 3WU8A 5DN4A 4LFPA 2DQCY 3WUMA 1OUHA 3ZVQA 1C45A 2MEBA 1H87A 1A2YC 1JKBA 3WH1A 1CKFA 1GF6A 5HQ1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4H94 A;  1C46 A;  1REX A;  4B4E A;  2XTH A;  2Z2E A;  3A92 A;  4HPE A;  4OW1 A;  4HV1 A;  4GCC A;  1MLC E;  1JPO A;  4PRU A;  3LYM A;  1F6S A;  1HEL A;  3FE0 A;  1OUE A;  1GB2 A;  1KXY A;  2EQL A;  4II8 A;  3TMU A;  3A3Q A;  1CKH A;  1NDG C;  5LVI A;  2DQD Y;  4OOO A;  1GB5 A;  1REY A;  2MEE A;  1JSF A;  2HEF A;  4W94 A;  4HPI A;  2I6Z A;  4WMG A;  1GE1 A;  2RSC A;  4Z46 A;  5B1F A;  4ZFP A;  4ET8 A;  5L9J A;  2Q0M X;  1EQE A;  1LZG A;  1GBX A;  1ZMY L;  2ZQ3 A;  3AB6 A;  2ZIK A;  1WQQ A;  4NSG A;  4WLD A;  4M6D A;  1BVX A;  4ETA A;  1VDT A;  1WVV A;  4WOA A;  4NHQ A;  3WXT A;  1HFZ A;  1VFB C;  1B7N A;  2HEE A;  3A96 A;  4NG8 A;  4QY9 A;  1IR7 A;  4ZIX A;  2W1M A;  1HFY A;  4HTK A;  4NFV A;  4NEB A;  1OUA A;  1XGR C;  2Y8P A;  4KL7 A;  3A6B Y;  3EBA B;  4WG1 A;  2G4N A;  1O23 A;  1DPX A;  1XGQ C;  5IHG A;  1I56 A;  2W1Y A;  1HMK A;  1LZB A;  3N9C A;  5LVH A;  3FI7 A;  2CGI A;  3B6L A;  4WM2 A;  1REZ A;  1FBI X;  4PJ2 C;  1IVM A;  1LJH A;  1G7I C;  2MEA A;  2W1X A;  1FLQ A;  1LOZ A;  1RJC B; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1GBZA

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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