1GE1 | Genus

Total Genus 53

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	53
sequence length	130
structure length	130
Chain Sequence	KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFAINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__625215221425738__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__625215221425738__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1GE1/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__625215221425738__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"625215221425738","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1GE1/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__625215221425738__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfb325286b6baeaac77e661/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfb325286b6baeaac77e661/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfb325286b6baeaac77e661/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfb325286b6baeaac77e661/pdb.gz): 1154 ms

reading 130 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

130 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 18 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:129});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Homo sapiens
publication title	Role of non-glycine residues in left-handed helical conformation for the conformational stability of human lysozyme pubmed doi rcsb
molecule keywords	LYSOZYME C
total genus	53
structure length	130
sequence length	130
ec nomenclature	ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date	2000-10-06

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00062	Lys	C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.530.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	1ge1A00

2B5ZA 1ZV5L 1DI4A 1IWZA 1IC5Y 4LYMA 1JISA 5AMYA 2YBIA 1UUZC 4NGIA 4PRUA 3VWOA 1CJ6A 1IR7A 1NHEA 3LYMA 1GAZA 1HHLA 5KXZA 2W1MA 1IWVA 1GBSA 1JJ0A 1LMCA 2LZTA 4ML7A 1DZBX 3K3TA 3TXIA 1IC4Y 3P64A 5B06A 1F0WA 2EIZC 3WH1A 3WU7A 4HV1A 3CQLA 4LYOA 1CJ9A 4GCFA 4RLMA 1GBWA 2DQJY 2DQEY 4HTNA 5F81A 4WL7A 4CGEA 4HJYA 3W3EA 5C6JA 1B7RA 1YL0X 1AT5A 4WMGA 1IWYA 5KXOA 1SLYA 4UWUA 3AGHA 4G9SA 4WLTA 3AZ7A 2YBJA 3AW6A 1JJ3A 1UIFA 4NGKA 1HNLA 4WG1A 5KXNA 1OUHA 2DBTA 4ETEA 5B59A 1FKVA 1LZ1A 2D6BA 1ZMYL 2FBDA 4H90A 1KXYA 1LOZA 1LJKA 1OQMA 1UIBA 4OWEA 1LKRA 1YAOA 1YAMA 5APDA 5APFA 3WVYA 1HC0A 1LMTA 5II3A 3GXRA 4I8SA 3TMVA 5KXKA 2BQLA 2G4QA 1GE0A 1YKZX 3W6AA 3TXHA 4DYGA 1LMQA 4XJDA 1LYZA 4MCKA 5I4XA 1W6ZA 1E8LA 1BB6A 1BB4A 5L3IA 3QE8A 2BQJA 1LHHA 1SQ2L 5DN5A 5LVIA 1QTKA 4XJHA 4XN6A 1LTMA 1IP4A 1IORA 3LYOA 4W94A 1GDXA 4XYYA 3WMKA 4YEMA 1LJ4A 2DQCY 4OWHA 2ZYPA 1LZ4A 1LJGA 5B1FA 1C08C 1A2YC 3A8ZA 4MR1A 4B4IA 4EOFA 4YF2A 1KXWA 2A7DA 4O34A 3A95A 1HMKA 4NSIA 3WXUA 2G4PA 2BQKA 2H9JA 4NEBA 3IJUA 1REXA 2X0AA 4YEOA 1GB0A 1JJ1A 1GE1A 1NQIA 1IEEA 1LSYA 5IHGA 1JKCA 1GB6A 4EMNA 5FEKA 1GXXA 1LSDA 3RW8A 3A92A 1QIOA 4OOTA 1GHLA 1T3PA 2ZNWY 4IATA 1HENA 1LSMA 1JSFA 4ETAA 2Z38A 5T3FA 4LT3A 1HMLA 1GAYA 2BQIA 2YBHA 4XJGA 5KKJA 1C7PA 1IY3A 1G7LC 1GFVA 2MEAA 3A94A 1KIRC 1CKHA 4NGVA 4DD0A 4H9BA 3B0OA 4KL7A 1LSAA 5F16A 2DQGY 1JKDA 5J7CA 1LAAA 2LZ2A 5FCPA 1B2KA 1G7JC 1B5XA 1GF6A 1GFEA 4ZFPA 4BAPA 3RU5A 1WQMA 1YILA 2IFFY 1XEJA 3AZ4A 3EO5A 3N9AA 5HNLA 3B72A 2BQBA 4Z98A 4OW1A 4LT1A 1LZ9A 4GCBA 2HTXA 1J1PY 1IWTA 1JEFA 3ULRA 1O23A 5KXLA 5IELA 1F6RA 3WVXA 1B7SA 4M4OA 3TMXA 1GB7A 6LYTA 2HECA 1KIQC 3W6CA 1JTPL 1IC7Y 1EQ4A 1WQOA 1WQPA 3CB7A 4TWSA 1IP1A 193LA 1J1XY 2BQHA 4GN5C 4BADA 1TCYA 1WTNA 2LYOA 1VDSA 1GBXA 1GF0A 1VDPA 1LHKA 2MEFA 4CJ2A 1BB7A 1D0LA 2YBNA 4LT0A 4RDSA 1V7SA 5FHWA 1D0MA 1OUCA 2H5ZA 5JENB 2ZILA 3N9CA 1B7LA 3A6BY 1B5UA 1EQEA 4NSJA 5LXWA 2MEEA 4H9FA 5KJ9A 4IJ4A 3WXTA 1DKKA 1CJ7A 1FLQA 2A7FA 1RFPA 3WULA 2BQFA 4WLXA 5D5FA 4KPMA 1V7TA 3WUNA 4ET8A 1HEWA 1HSWA 4DD7A 5LVHA 1FKQA 3HBHA 2EQLA 1B7NA 1DKJA 5I53A 1BVKC 1W08A 4LT2A 1GE4A 1HELA 3TXBA 4PGJB 3KAMA 1UIHA 1CKGA 1JHLA 4H9EA 1LSFA 1FDLY 3CT5A 1NWGA 1WVUA 3EXDA 3W6FA 1QDTA 4RLNA 3CT0A 4GCDA 1PZYA 4LYTA 5ILFA 1GFGA 1YL1X 2CGIA 2BQAA 1CJ8A 2YBLA 4NGLA 1LMAA 1IX0A 5LA5A 1IOSA 1LZ6A 3QY4A 2BQMA 1GF5A 1TDYA 4HJVA 1IWXA 1XSFA 2CJLA 1JTOL 3WPKA 3TXDA 1LSEA 3LYZA 3A67Y 4LFXA 1OUBA 4GLAA 4AXTA 4YM8A 1LYOA 4B1AA 2F2NA 1JKBA 1LZDA 1WQNA 4H9CA 5KXRA 1GE3A 3M3UA 4MSTA 4N5RA 5EBHA 3AZ5A 4G49A 4XJBA 1GB3A 3A91A 1LSGA 2YSSC 4G4HA 1IWUA 2MEBA 1G7IC 2BQOA 3A3RX 3F6ZA 1N4FA 4G4CA 1XGTC 5F9XA 3ZEKA 1DI5A 1EQ5A 4Z46A 5D5CA 1LKSA 5APEA 4NGYA 1IR8A 4NGJA 3CSRA 2CWIA 1XFPL 2I25L 4H1PA 2Z18A 3P68A 4J1BA 4Z3MA 2C8PA 4N1EI 2BLYA 1B7OA 1UIDA 3IWRA 4X3BA 2DQFC 1YKXX 1YQVY 4J7VA 1JWRA 1UA6Y 4HTQA 1DQJC 3OK0A 2DQAA 1FLWA 2ZYCA 4H9AA 1OUEA 3WUAA 1GFKA 1GF9A 1NF5A 4PRQA 3TXEA 4YOPA 4NGOA 1IOCA 4ET9A 2XBRA 1LJJA 1TAYA 2AUBA 3D9AC 1BB3A 1ZVHL 1IWWA 1F10A 1LYSA 2FYDA 2DQIY 4IASA 3W6DA 1GFRA 1GB5A 1TEWA 3OJPA 4D9ZA 4ZEEA 2HEDA 1TBYA 1YANA 1B5WA 3MGWA 6LYZA 4HPEA 2I6ZA 1DPWA 5KXTA 5LAFA 4H94A 2BPUA 1IP5A 2D4JA 2BQEA 1HEOA 1CKFA 1GFHA 3FI7A 3EBAB 4RW1A 1JPOA 1GF7A 1AM7A 4NGWA 5KXYA 1MELL 1VAUA 1UICA 2PC2A 1FLUA 4WM5A 2Z12A 3ZVQB 4DT3A 4NHSA 2D4KA 1NDMC 1LZYA 2C8OA 1FLYA 1REMA 8LYZA 2WARA 1D6QA 5IDDA 1JTTL 1LMNA 1T6VL 1LHIA 1ZVYB 3E3DA 5KXWA 3WPJA 1LZGA 5LVKA 1OUGA 1GFJA 2W1XA 3D3DA 5M1YA 3G3BB 4H9IA 1MLCE 5KXSA 2HU3A 1CKDA 134LA 1LMPA 1RCMA 3W6BA 2MECA 1GFUA 1GB2A 5LINA 2NWDX 2N5ZA 4OWAA 1HEQA 4WO6A 4NWHA 3BKHA 3HFMY 4I0CA 1LZBA 3BKVA 4TSCA 4GN3A 4PHIA 4J0LA 1B5YA 5HQ1A 3WPLA 4A7DA 1J1OY 3WW5A 3CSQA 2ZIJA 1GB9A 1YAQA 2ZIKA 1JKAA 1AZFA 5C6IA 2CDSA 4B49A 1WQQA 3IJVA 4QGZA 1GEZA 4UWVA 2Y8PA 4XENA 1UIEA 1CKCA 1C46A 4GCEA 4G4BA 1B7QA 1QSAA 1JUGA 1KIPC 1LHLA 4P2EA 2RSCA 2Z19A 5KKIA 2FBBA 1OP9B 1B9OA 1ALCA 1D9UA 3HBEX 3N9EA 4H8XA 4BAFA 2MEDA 4ETCA 4TTDA 1I20A 3GXKA 1LHMA 2BQCA 1LZRA 3TXGA 1HF4A 3J6KA 4TSBA 1JSEA 4TUNA 4WL6A 1GEVA 5DN4A 1GB8A 3LN2A 5LA8A 4TX7A 2Z2FA 4ETBA 1LHJA 1UCOA 1C10A 1P2CC 3A6CY 1UIGA 4H8ZA 1IVMA 4DDBA 4WM2A 1HERA 1Z55A 1INUA 1NDGC 3A93A 4OWBA 4E3UA 3WL2A 207LA 5HMVA 4L41A 4N1CC 3AGIA 2HEFA 5LYTA 1LYYA 3TXKA 4NG1A 5HNCA 2LYMA 1GD6A 1GPQC 1RJCB 2ZQ4A 2W1YA 4HSFA 5I54A 2DQDY 154LA 4NIJA 1LSZA 1HFZA 1LJEA 2F30A 4N0JA 1FN5A 1LZAA 2BQNA 1YROA 4NHTA 5E4PA 2HEEA 4H91A 4HV2A 2Z39A 3TXFA 1OUFA 4WLDA 1VATA 1EL1A 2G4NA 2ZWBA 1G7MC 2BAAA 5I4YA 4LFPA 2W1LA 4NG8A 1LMOA 3AW7A 2I26L 2Z2EA 5FSTA 3LZ2A 1LJ3A 3AZ6A 5I5QA 1LZSA 4B0DA 5HMJA 1LSNA 1LCNA 1WTMA 2DQHY 5LVGA 1IP6A 2EKSC 5DL9A 4DWXA 3G3AB 1GBZA 5E9RA 5B05A 1IP3A 1LSBA 2XBSA 1NBYC 4M6DA 1F6SA 5LYMA 1LJFA 4H92A 3TMWA 3CSZA 1B7MA 2ZNXY 4NHPA 1JIYA 5LIOA 3M18B 4DDAA 1XGUC 4B4JA 133LA 4U3XB 4WM6A 4AGAA 1PS5A 1GDWA 1QQYA 2Q0MX 1BHZA 4ANRA 5A3EA 3AGGG 1XEIA 3W6EA 2DKVA 1I56A 3WW6A 4R0FA 5F14A 1DI3A 135LA 4C5FA 2YVBA 1BQLY 5KXXA 2HU1A 4DD3A 1GF8A 4NGZA 4PPOA 3WU9A 1OUDA 2D4IA 4WM4A 132LA 1HEMA 1QUTA 1QTEA 4WO9A 2MEIA 4ZIXA 1QDRA 1UIAA 4HP0A 3RT5X 3AYQA 3ATOA 2F4AA 4LGKA 5K7OA 3A3QA 1RI8B 1OUJA 5KXPA 4QY9A 2YBMA 5B07A 4OWCA 1KXXA 4B4EA 153LA 3LHMA 3P65A 4KT3A 4J1AA 1HSXA 2FYCA 1BWJA 1LSPA 1IOQA 5A3ZA 1GE2A 3P66A 3RZ4A 1BWHA 2MEHA 3J4GA 4NY5A 2HEBA 4LZTA 1REZA 2HEAA 5KXMA 1XGQC 2LYZA 2BQGA 4NHQA 1HFYA 1REYA 3T36A 3TXJA 4DD1A 1C45A 1GBYA 1LZNA 1AT6A 1BWIA 1VEDA 2H9KA 3WUMA 5APCA 1OUAA 1H87A 1HFXA 2IHLA 1LZ8A 1A4VA 1LSCA 1IY4A 1LJNA 1LZTA 1NKHA 2EPEA 2GV0A 4Z41A 1UC0A 3LYTA 3HBDA 1LZ5A 1GBOA 1GWDA 1IP2A 1YAPA 1LPIA 4NWEA 5ILCA 3AB6A 4WM3A 1IR9A 3A96A 1G7HC 1GF4A 4LYCA 4BS7A 4NSHA 4GCCA 1IOTA 4CHXA 1WQRA 4C3WA 3SP3A 1IIZA 2BQDA 1NMMA 2XJWA 2MEGA 4WG7A 3AJNA 4XADA 5FELA 1OUIA 5DM9A 3FE0A 3WYHA 1B0DA 1VDQA 4HTKA 2YDGA 1QUSA 2D91A 4N8ZA 1FBIX 1BGIA 1BVXA 5C6LA 1XGPC 1D6PA 1IO5A 7LYZA 1XGRC 3CT1A 4OOOA 3P4ZA 2HUBA 4H9HA 1GFAA 4LYZA 3QNGA 4DD2A 1VFBC 1LJHA 1YKYX 4WOAA 1YIKA 4LYBA 5HLLA 5FDJA 5F9UA 5L3HA 1UACY 1RE2A 1GFTA 1LZEA 3A90A 5LAGA 3B6LA 2BLXA 4XJFA 3LZTA 1C43A 4KXIA 3RNXA 4ETDA 5LYZA 4RW2A 3B0IA 5I4WA 4HJZA 5KY1A 1DXJA 3B0KA 2F4GA 1LJIA 4H93A 9LYZA 1NBZC 4NHIA 4UWNA 4WLYA 2Z37A 2ZQ3A 1QSWA 1UBZA 2VB1A 4GLVA 4GN4A 208LA 4WM1A 3WU8A 2LHMA 1XEKA 5L9JA 1AKIA 1D0KA 4II8A 4DC4A 4DDCA 1DPXA 1VDTA 1B5VA 1B7PA 1HEPA 4PJ2C 4QEQA 3TMUA 1GXV2 1WVVA 1CNSA 3EMSA 1H6MA 1LZCA 4W96A 3A34A 4NFVA 5DLAA 5LVJA 2XTHA 1GF3A 5B1GA 1BB5A 4NSGA 4CFOA 4DD9A 4FJRA 4QDNA 3T6UA 4R6CA 1B5ZA 1JITA 4HPIA 4FDYA 4CFPA 1I1ZA 4H8YA 3ATNA 4N9RA 3ZVQA 4XJIA 1IP7A 194LA 4YENA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2B5Z A;  1ZV5 L;  1DI4 A;  1IWZ A;  1IC5 Y;  4LYM A;  1JIS A;  5AMY A;  2YBI A;  1UUZ C;  4NGI A;  4PRU A;  3VWO A;  1CJ6 A;  1IR7 A;  1NHE A;  3LYM A;  1GAZ A;  1HHL A;  5KXZ A;  2W1M A;  1IWV A;  1GBS A;  1JJ0 A;  1LMC A;  2LZT A;  4ML7 A;  1DZB X;  3K3T A;  3TXI A;  1IC4 Y;  3P64 A;  5B06 A;  1F0W A;  2EIZ C;  3WH1 A;  3WU7 A;  4HV1 A;  3CQL A;  4LYO A;  1CJ9 A;  4GCF A;  4RLM A;  1GBW A;  2DQJ Y;  2DQE Y;  4HTN A;  5F81 A;  4WL7 A;  4CGE A;  4HJY A;  3W3E A;  5C6J A;  1B7R A;  1YL0 X;  1AT5 A;  4WMG A;  1IWY A;  5KXO A;  1SLY A;  4UWU A;  3AGH A;  4G9S A;  4WLT A;  3AZ7 A;  2YBJ A;  3AW6 A;  1JJ3 A;  1UIF A;  4NGK A;  1HNL A;  4WG1 A;  5KXN A;  1OUH A;  2DBT A;  4ETE A;  5B59 A;  1FKV A;  1LZ1 A;  2D6B A;  1ZMY L;  2FBD A;  4H90 A;  1KXY A;  1LOZ A;  1LJK A;  1OQM A;  1UIB A;  4OWE A;  1LKR A;  1YAO A;  1YAM A;  5APD A;  5APF A;  3WVY A;  1HC0 A;  1LMT A;  5II3 A;  3GXR A;  4I8S A;  3TMV A;  5KXK A;  2BQL A;  2G4Q A;  1GE0 A;  1YKZ X;  3W6A A;  3TXH A;  4DYG A;  1LMQ A;  4XJD A;  1LYZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1GE1A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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