1GE4A

Crystal structure of mutant human lysozyme substituted at left-handed helical positions
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQARDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Role of non-glycine residues in left-handed helical conformation for the conformational stability of human lysozyme
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME C
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 53
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-10-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ge4A00
5I53A 1LSMA 1G7IC 4H9FA 4CGEA 3AZ7A 1VDSA 1XGQC 1IWTA 1BVXA 1CJ6A 1HELA 4RW2A 5AMYA 4ZEEA 2Z12A 4AXTA 5KXKA 4BAFA 1IX0A 4HPIA 3P68A 4GCEA 5ILCA 1H87A 1UUZC 5HNLA 1LZNA 1G7LC 1TAYA 1IWZA 4WM6A 1LSAA 3WU7A 1B0DA 4HSFA 1LHIA 3WXTA 1LJFA 1LZDA 3HBHA 3ZVQA 3WW6A 1RJCB 1AM7A 5DM9A 5A3EA 1YAPA 1EL1A 2BQMA 4RDSA 1D0KA 1ZVYB 3QY4A 2YBIA 4NGJA 3WPLA 4DD2A 1YAOA 1LJGA 2G4NA 4DD0A 1INUA 2BLXA 1LMNA 208LA 5I4YA 1GB0A 4XJDA 4GCCA 5APCA 2YBHA 1GF8A 1LYOA 4H8YA 2XBSA 207LA 4NGKA 1LSBA 4N0JA 3HBDA 4OOTA 3A91A 1I20A 1NF5A 2ZWBA 4N5RA 1OUGA 4PGJB 1EQ4A 1YKYX 1B7RA 1YIKA 5DN4A 5LINA 4WM4A 4OWEA 2ZIJA 1GE3A 4XJBA 5K7OA 1CJ8A 4HJYA 1LJIA 2BQCA 2IFFY 2ZYPA 1QUSA 4H9CA 2FYCA 1IOQA 4GN5C 4H9AA 5L3HA 4CJ2A 1LAAA 4HP0A 1IP7A 2ZYCA 2BQKA 1ZMYL 5II3A 4OW1A 9LYZA 1IO5A 3AB6A 5B59A 1IC4Y 3GXKA 154LA 2C8OA 2DQDY 5FCPA 4B4JA 3RT5X 4ZFPA 1GB9A 5F9XA 1IWXA 1HMKA 1JHLA 2A7DA 5LYZA 4BS7A 1GE0A 3LZ2A 1LZ8A 3CT1A 134LA 3LYTA 5M1YA 4DD1A 4HJVA 2Z18A 2A7FA 3LN2A 3WUMA 2XTHA 3J4GA 2VB1A 2YBMA 3F6ZA 4XJHA 4YOPA 3GXRA 4NWHA 2HEEA 1GFTA 1GFRA 2LYOA 1YILA 1IWYA 1GWDA 2I6ZA 1LHLA 3AW6A 3ZVQB 3WMKA 5D5FA 1OUDA 2F4GA 2Y8PA 4NSHA 1V7TA 4HTQA 2DQHY 3AZ5A 1Z55A 2EIZC 5KXOA 3AZ4A 1E8LA 2CWIA 1T3PA 1LHMA 2YBLA 1F0WA 1LMQA 3TXEA 1ZVHL 5I4WA 5LVGA 1IP5A 1QTKA 1GF5A 1A4VA 1J1XY 1JJ0A 5LYMA 5KXTA 1XEIA 4W96A 1NWGA 1YL1X 1LJKA 1REXA 2HEBA 3B0OA 1BWJA 1JKBA 2YBJA 3ULRA 1D9UA 4OWCA 3TXKA 3W6EA 1B5YA 1C45A 1LSFA 5APFA 4KPMA 2FBBA 4HV2A 1LPIA 3B6LA 3N9EA 3WW5A 4DDCA 1B5XA 1LMAA 2B5ZA 4NSIA 2X0AA 5IDDA 1CNSA 2MEEA 2Z19A 5B05A 5F14A 1MELL 1JKDA 1B7NA 1LMOA 1CKCA 1LZTA 5KKJA 3ATNA 1LSEA 1IWVA 5C6LA 4H91A 5HQ1A 3N9CA 4J0LA 5HMVA 4GN3A 1TBYA 2DQFC 4J1AA 5KXMA 5KXYA 4WOAA 1XGUC 1QTEA 1AKIA 1CKHA 1LZYA 1LOZA 2RSCA 4G4BA 1B5ZA 1KIQC 1B7LA 4CFPA 4DD9A 2DQJY 4WLDA 2LHMA 1V7SA 4LYOA 1C46A 1KXXA 1LZCA 4I0CA 5DLAA 4RLMA 1QSWA 3EO5A 5F16A 4WL6A 3E3DA 1F10A 3WH1A 4LT1A 3BKHA 4G9SA 5LXWA 3WULA 1YQVY 1DI4A 1IR7A 1OQMA 1REYA 1CKFA 1LJHA 3AW7A 3WUNA 1W6ZA 1B5WA 1YKZX 2DQGY 1DXJA 1LHKA 4LZTA 4TTDA 4TX7A 2CDSA 1HFYA 1LCNA 4II8A 4DYGA 2YBNA 3A90A 5I4XA 3TMUA 1FBIX 1ALCA 2I26L 1JKCA 3HBEX 4L41A 3D9AC 4I8SA 1NDMC 2BQLA 3P66A 4WO9A 3TMVA 3TXGA 4NHPA 4ETCA 1XSFA 1JJ1A 3CSQA 4H8ZA 3W6CA 1GE4A 1GB6A 1CKGA 3WU9A 4H90A 4WM5A 1TCYA 1BB4A 4LYMA 1FN5A 5LAGA 4PRQA 4KL7A 4NGLA 1GBZA 1GE1A 2Z2EA 1LZSA 3TXHA 3WPKA 1LZ5A 4NSGA 3AZ6A 4TUNA 4NGVA 1UIGA 4H9EA 1FKVA 2LYMA 4D9ZA 1IP2A 3EXDA 2F30A 1WTNA 1LJ4A 3B0IA 5A3ZA 3IJUA 1IR9A 1UIEA 1VDQA 2EQLA 4Z3MA 1LYZA 3A95A 4W94A 3TXJA 1GBSA 1C43A 1OUBA 4QGZA 4H1PA 1LYSA 1KIPC 1LTMA 2H9JA 1B7OA 4R0FA 4LYBA 1NMMA 1DPXA 1GFKA 3A67Y 4EMNA 2I25L 1GBYA 5L9JA 2D4IA 1J1PY 2HEAA 1REZA 4XYYA 5E4PA 5I54A 4R6CA 5LVJA 1OUEA 2DQEY 4DD3A 1ZV5L 3A6CY 4H92A 1IVMA 4YEMA 1PS5A 3OJPA 5KY1A 4UWNA 2Z37A 1GF3A 1DI5A 3FI7A 4LYZA 3WL2A 5LVIA 5C6JA 1GXXA 2G4PA 1UA6Y 1C08C 4UWUA 1BHZA 4NGOA 1AT6A 4ETBA 1JTOL 1UC0A 1IP4A 2BQFA 3FE0A 4GLAA 3TMXA 1UIBA 3TXBA 4Z41A 5LVKA 5FEKA 4YENA 3AJNA 2ZNXY 1BGIA 4GCFA 3TMWA 1IP6A 5KXWA 4LT3A 3AGGG 1NHEA 1B7QA 1GB7A 5KXNA 4H9HA 2W1YA 1WQOA 4B4IA 1CJ7A 1GE2A 1GB8A 3LYOA 1LSGA 1GF4A 1GFGA 4LYTA 4HTKA 3A8ZA 1CJ9A 3TXFA 3WU8A 2BQHA 1YAQA 1GEZA 1FLQA 1MLCE 2MEIA 1HERA 4WLYA 3IJVA 3A96A 2BQOA 2HU1A 4QEQA 2C8PA 2XJWA 4ET9A 2D6BA 1D0MA 2MECA 1IP1A 1LHHA 1WQMA 2F4AA 4LFPA 4C3WA 4PPOA 1YROA 1F6RA 1LZAA 4Z46A 1HEPA 1RCMA 3B72A 1JPOA 2ZNWY 3K3TA 1LZRA 3WXUA 4GLVA 1QIOA 1JISA 5LVHA 4AGAA 1TEWA 4LGKA 2W1XA 1GFHA 5LA5A 3A3RX 4YEOA 4HTNA 1IIZA 1B7PA 3LHMA 1GEVA 2W1MA 4H93A 2GV0A 5B06A 4NHQA 4LYCA 1GB3A 4XJIA 1DI3A 4Z98A 2HTXA 5FDJA 3VWOA 1IOTA 5KXSA 194LA 1NBZC 1KIRC 4TSBA 4XENA 1BQLY 4CHXA 3WVXA 4DDBA 4H94A 2HUBA 1BB7A 1YANA 1GXV2 1UACY 3RNXA 1UIHA 5HLLA 3EBAB 4NHSA 1GFAA 3CSRA 4B0DA 1LSYA 4GCDA 1GFVA 1LSNA 5L3IA 2XBRA 2HECA 2MEFA 4YM8A 1WQPA 2F2NA 3G3AB 1GAZA 2MEBA 4ANRA 2PC2A 1VDPA 2DKVA 4DDAA 1FLYA 2Z2FA 4NG8A 2BQIA 4A7DA 4J1BA 3WYHA 1A2YC 2DQAA 2BPUA 6LYTA 5ILFA 2G4QA 6LYZA 4HPEA 5KKIA 1KXWA 4EOFA 3CQLA 1GDWA 4XJFA 4E3UA 5FHWA 4PRUA 1I1ZA 1N4FA 4KT3A 4PJ2C 1WQQA 3QNGA 4ETEA 1HF4A 2BQDA 4FDYA 193LA 1UIAA 4LT2A 3W6AA 1LJEA 1HEQA 4C5FA 1HEOA 1WQRA 2D91A 1G7JC 2Z38A 1IY3A 1REMA 1BB5A 1IWUA 4NIJA 2MEGA 4WG7A 1NKHA 4LT0A 2WARA 5KJ9A 1VEDA 1RFPA 5T3FA 4NGIA 1GFEA 2CGIA 1SQ2L 2ZQ3A 4QDNA 1AT5A 5B1FA 4NG1A 4NWEA 1LMPA 1FDLY 2D4KA 3ATOA 4J7VA 3RU5A 1PZYA 1H6MA 4WLTA 1B9OA 1IY4A 1JEFA 1EQ5A 3A34A 4HV1A 1UCOA 2BQGA 4FJRA 1LZ6A 3HFMY 2BQEA 4MR1A 5APEA 4DWXA 5E9RA 3J6KA 4XN6A 3AGHA 4ML7A 1HFXA 1LMTA 1IOSA 4HJZA 4IATA 1IOCA 4DD7A 3T36A 1JSEA 2Q0MX 4NGYA 1FKQA 3OK0A 5C6IA 1LJ3A 1GPQC 1IC7Y 1LYYA 1JIYA 1LKSA 4ETAA 4WMGA 1D0LA 1WTMA 3A92A 4G49A 4H8XA 4NGZA 1QSAA 1EQEA 1IR8A 3G3BB 5LA8A 1OUAA 1BB3A 1LZ1A 4N8ZA 1UBZA 4KXIA 4NHIA 1IWWA 8LYZA 1B5UA 4XJGA 3W6DA 1GB2A 133LA 1VATA 1GDXA 1IP3A 1DKJA 3A93A 4WM2A 4IJ4A 4WLXA 5FELA 4B49A 2HU3A 4U3XB 5B07A 3P64A 5APDA 1OUJA 1DZBX 4N1CC 1XGTC 5D5CA 3ZEKA 1W08A 2BQJA 1BVKC 3M18B 4H9BA 2YVBA 4MSTA 5JENB 1B2KA 4OWAA 4WM3A 2H9KA 1BWIA 1JSFA 4N9RA 3TXIA 5KXZA 3AGIA 4M6DA 4B1AA 1XGRC 1XEKA 4GCBA 1UIFA 1QUTA 3P4ZA 5HNCA 1GHLA 1B7SA 1XGPC 1B5VA 3M3UA 1GBOA 3QE8A 2YDGA 5HMJA 3T6UA 1HC0A 1D6PA 1LZGA 2BQAA 4G4CA 1LHJA 1WQNA 2MEAA 4N1EI 5KXXA 3A3QA 1HENA 1C10A 1GBXA 1HSXA 4PHIA 2IHLA 5LAFA 4ETDA 4O34A 4WL7A 1LZ4A 2ZIKA 4NY5A 1JTTL 4OOOA 5F9UA 1LZEA 3CB7A 1JJ3A 2MEHA 1TDYA 5DL9A 2EKSC 4NFVA 1HSWA 1XEJA 2NWDX 5LYTA 1GF0A 1DPWA 1G7HC 4RW1A 3RZ4A 5B1GA 2DQCY 4NHTA 2LYZA 4NSJA 3TXDA 2YSSC 1NQIA 1HNLA 1NBYC 1IORA 1DQJC 2H5ZA 3MGWA 5KXLA 4TSCA 3CT5A 4NEBA 4ET8A 1FLUA 2D4JA 1OUHA 3CT0A 2LZ2A 5J7CA 1LMCA 1NDGC 2HEFA 4XADA 1AZFA 4RLNA 1BWHA 4UWVA 1XFPL 2LZTA 3D3DA 1G7MC 4YF2A 4G4HA 5KXRA 3RW8A 132LA 1GFJA 1GF7A 1RE2A 1YL0X 1C7PA 3WVYA 1BB6A 4LFXA 2BQNA 1GF9A 4CFOA 1LSCA 3B0KA 1WVUA 4BAPA 2CJLA 5IHGA 4P2EA 3AYQA 1HMLA 3N9AA 1J1OY 2FBDA 1VFBC 4IASA 3W6FA 4GN4A 3SP3A 1HFZA 5FSTA 1KXYA 1RI8B 1YAMA 1I56A 2BAAA 4QY9A 2DBTA 3WUAA 5IELA 3KAMA 4BADA 2BLYA 1CKDA 2AUBA 1UIDA 1OUIA 3EMSA 3LYMA 3LYZA 7LYZA 4M4OA 2ZQ4A 1SLYA 1GBWA 4WG1A 1P2CC 1VDTA 4DC4A 3A6BY 2N5ZA 1QDTA 1LJNA 1HEMA 5I5QA 1GF6A 153LA 1LSPA 135LA 4ZIXA 1B7MA 2Z39A 1FLWA 1HEWA 2ZILA 2FYDA 5KXPA 5DN5A 1T6VL 1DKKA 4WO6A 1LZ9A 3IWRA 3LZTA 3BKVA 2MEDA 4H9IA 1JWRA 1WVVA 3WPJA 1QDRA 1GB5A 2DQIY 1O23A 1OUCA 4NGWA 4OWBA 1GD6A 3W6BA 1GAYA 1GFUA 1JUGA 1LZBA 1JKAA 1HHLA 1UICA 4OWHA 1VAUA 1LSZA 4MCKA 1LKRA 1IC5Y 1OUFA 1D6QA 1OP9B 2HEDA 2W1LA 3CSZA 4DT3A 3A94A 2EPEA 4WM1A 1LSDA 4TWSA 1F6SA 2BQBA 3W3EA 4X3BA 5EBHA 1IEEA 1QQYA 5F81A 5LIOA 3P65A 1YKXX 1JTPL 1JITA 1LJJA 4B4EA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
235LA 1JTNA 1IWTA 1CJ6A 3NY8A 5AMYA 4ZEEA 1L19A 211LA 4HPIA 4GCEA 249LA 1UUZC 213LA 1G7LC 1L10A 1TAYA 1LSAA 3WU7A 1L23A 4HSFA 1QUOA 1RJCB 5DM9A 165LA 3OE8A 5A3EA 4RDSA 1D0KA 3SBBC 1LJGA 2G4NA 4DD0A 208LA 1GB0A 4XJDA 1L51A 2YBHA 1G1VA 2XBSA 3HBDA 3PDSA 3A91A 1NF5A 4DQ5A 4N5RA 1YIKA 5DN4A 5LINA 4OWEA 1QUSA 2FYCA 2HUMA 1LAAA 2Q9EA 5II3A 1L88A 3DN8A 1XJUA 1L60A 154LA 2C8OA 5FCPA 1L47A 3CDRA 5F9XA 1CU6A 1JHLA 3LZMA 5M1YA 4HJVA 3D4SA 1LWKA 3HT6A 1L01A 2YBMA 3F6ZA 4XJHA 4YOPA 3HUAA 3ZVQB 2I6ZA 1LHLA 174LA 1KY1A 1OUDA 2Y8PA 1C6FA 1L50A 2B73A 1E8LA 2YBLA 1QT3A 5LVGA 4LDOA 1L22A 3HTBA 1C45A 5APFA 1C6IA 3B6LA 4I7TA 1LMAA 2B5ZA 192LA 4NSIA 3CDVA 5B05A 1B7NA 1CKCA 210LA 5HMVA 4GN3A 2ANXA 205LA 2OTYX 3DN6A 4EKRA 1L43A 1L28A 127LA 1LOZA 1L85A 4CFPA 2DQJY 4WLDA 1V7SA 1KXXA 1LZCA 4I0CA 4I7NA 200LA 4RLMA 4WL6A 3E3DA 4LT1A 4G9SA 1DI4A 3AW7A 2RBQA 3K2RA 1W6ZA 3EMLA 1DXJA 1L00A 1HFYA 1LCNA 3HDFA 3A90A 5I4XA 2I26L 238LA 3HBEX 1L56A 1QT5A 4ETCA 1XSFA 1D3FA 237LA 1GE4A 1CKGA 4H90A 4WM5A 1TCYA 1BB4A 4KL7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5I53 A;  1LSM A;  1G7I C;  4H9F A;  4CGE A;  3AZ7 A;  1VDS A;  1XGQ C;  1IWT A;  1BVX A;  1CJ6 A;  1HEL A;  4RW2 A;  5AMY A;  4ZEE A;  2Z12 A;  4AXT A;  5KXK A;  4BAF A;  1IX0 A;  4HPI A;  3P68 A;  4GCE A;  5ILC A;  1H87 A;  1UUZ C;  5HNL A;  1LZN A;  1G7L C;  1TAY A;  1IWZ A;  4WM6 A;  1LSA A;  3WU7 A;  1B0D A;  4HSF A;  1LHI A;  3WXT A;  1LJF A;  1LZD A;  3HBH A;  3ZVQ A;  3WW6 A;  1RJC B;  1AM7 A;  5DM9 A;  5A3E A;  1YAP A;  1EL1 A;  2BQM A;  4RDS A;  1D0K A;  1ZVY B;  3QY4 A;  2YBI A;  4NGJ A;  3WPL A;  4DD2 A;  1YAO A;  1LJG A;  2G4N A;  4DD0 A;  1INU A;  2BLX A;  1LMN A;  208L A;  5I4Y A;  1GB0 A;  4XJD A;  4GCC A;  5APC A;  2YBH A;  1GF8 A;  1LYO A;  4H8Y A;  2XBS A;  207L A;  4NGK A;  1LSB A;  4N0J A;  3HBD A;  4OOT A;  3A91 A;  1I20 A;  1NF5 A;  2ZWB A;  4N5R A;  1OUG A;  4PGJ B;  1EQ4 A;  1YKY X;  1B7R A;  1YIK A;  5DN4 A;  5LIN A;  4WM4 A;  4OWE A;  2ZIJ A;  1GE3 A;  4XJB A;  5K7O A;  1CJ8 A;  4HJY A;  1LJI A;  2BQC A;  2IFF Y;  2ZYP A;  1QUS A;  4H9C A;  2FYC A;  1IOQ A;  4GN5 C; 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 4UWV A;  1XFP L;  2LZT A;  3D3D A;  1G7M C;  4YF2 A;  4G4H A;  5KXR A;  3RW8 A;  132L A;  1GFJ A;  1GF7 A;  1RE2 A;  1YL0 X;  1C7P A;  3WVY A;  1BB6 A;  4LFX A;  2BQN A;  1GF9 A;  4CFO A;  1LSC A;  3B0K A;  1WVU A;  4BAP A;  2CJL A;  5IHG A;  4P2E A;  3AYQ A;  1HML A;  3N9A A;  1J1O Y;  2FBD A;  1VFB C;  4IAS A;  3W6F A;  4GN4 A;  3SP3 A;  1HFZ A;  5FST A;  1KXY A;  1RI8 B;  1YAM A;  1I56 A;  2BAA A;  4QY9 A;  2DBT A;  3WUA A;  5IEL A;  3KAM A;  4BAD A;  2BLY A;  1CKD A;  2AUB A;  1UID A;  1OUI A;  3EMS A;  3LYM A;  3LYZ A;  7LYZ A;  4M4O A;  2ZQ4 A;  1SLY A;  1GBW A;  4WG1 A;  1P2C C;  1VDT A;  4DC4 A;  3A6B Y;  2N5Z A;  1QDT A;  1LJN A;  1HEM A;  5I5Q A;  1GF6 A;  153L A;  1LSP A;  135L A;  4ZIX A;  1B7M A;  2Z39 A;  1FLW A;  1HEW A;  2ZIL A;  2FYD A;  5KXP A;  5DN5 A;  1T6V L;  1DKK A;  4WO6 A;  1LZ9 A;  3IWR A;  3LZT A;  3BKV A;  2MED A;  4H9I A;  1JWR A;  1WVV A;  3WPJ A;  1QDR A;  1GB5 A;  2DQI Y;  1O23 A;  1OUC A;  4NGW A;  4OWB A;  1GD6 A;  3W6B A;  1GAY A;  1GFU A;  1JUG A;  1LZB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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