1GF6A

Buried polar mutant human lysozyme
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRTVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
publication title Contribution of polar groups in the interior of a protein to the conformational stability.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 50
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1gf6A00
1UUZC 3WVXA 3AZ4A 1WTMA 4KPMA 4AGAA 1VDSA 3AZ5A 4HV1A 5KXXA 2DQIY 2BQIA 5F14A 3WXUA 3LHMA 4G4CA 2MEGA 1LSNA 1WQPA 3AJNA 1AT6A 3RZ4A 1JTOL 4PGJB 4YENA 3WW5A 2CJLA 5KJ9A 4I8SA 1GF7A 1GBOA 2LZTA 5L3IA 3TXEA 1JISA 1B5XA 4EMNA 2G4PA 1FBIX 4WLDA 2BQCA 1B5ZA 4X3BA 3WL2A 2BPUA 4AXTA 4B4IA 4GCDA 4CHXA 1LMCA 2EPEA 4LFXA 4QDNA 5KXNA 1D6PA 1B5WA 3WMKA 1EL1A 1IC4Y 1NBYC 1YKYX 4H93A 5B06A 2A7FA 1LZ4A 4C5FA 3W6EA 1IEEA 3ZVQB 2BQEA 3B0OA 1HELA 4GCEA 3TMVA 1LJEA 1HEOA 3AZ7A 2G4QA 3J6KA 4WM4A 2W1MA 153LA 1TAYA 1LZGA 4MR1A 1LYSA 3CQLA 1HF4A 2N5ZA 1WQNA 1RFPA 4G49A 1YIKA 3P64A 1YANA 1JIYA 1EQ5A 1JWRA 4LZTA 4NG8A 2D4JA 4NGWA 3AZ6A 3LYTA 1J1PY 1LKRA 1HEMA 4B0DA 1LJ4A 3D3DA 2Z18A 4H9AA 194LA 3J4GA 4GN3A 1KXWA 1LHHA 5KXSA 2BQAA 1IWVA 2DQHY 3TMXA 4B4EA 4W96A 1LSPA 5KXKA 1LSGA 1LZSA 1LZAA 1BB7A 2DQCY 4FDYA 1BVKC 3CSZA 3AYQA 2H5ZA 4HJZA 3TMWA 1GBXA 1OUEA 5ILFA 4YOPA 1XEIA 3AGGG 4O34A 4YEOA 2MECA 3AW6A 4CGEA 4RW2A 2ZILA 4WMGA 3LYOA 1LHIA 4NGVA 5E9RA 4IJ4A 3GXRA 1FLYA 1GHLA 1LMTA 4NSJA 4PRUA 5LVKA 1Z55A 1GXXA 2CGIA 1FN5A 1GBYA 4NIJA 1XSFA 1UIAA 2F4GA 5LVJA 1LSCA 1VDPA 1LZBA 1LMPA 1LJGA 4D9ZA 1AM7A 2MEIA 2LYOA 1TEWA 2AUBA 3B0KA 1A2YC 4NHSA 1O23A 1IC5Y 1LSEA 2HEAA 1LYYA 4R6CA 1UACY 1NBZC 1IOQA 1IP2A 2BQLA 1VATA 4RDSA 1LJKA 1ALCA 3AB6A 4LGKA 1EQEA 1GE3A 1SQ2L 2IFFY 2XBRA 5I5QA 3E3DA 3F6ZA 2ZYPA 2HU1A 4XJIA 3RW8A 1BHZA 2LHMA 2DQJY 5A3ZA 1TDYA 3TXHA 1HNLA 1JSEA 2DQGY 4NGZA 2HTXA 3W6DA 4CJ2A 4MCKA 3WXTA 5FHWA 1LOZA 2BQOA 1IX0A 1OUAA 1REXA 1NHEA 1GWDA 1IP6A 1IP4A 1HFXA 1VDTA 4DD7A 9LYZA 1BWIA 3EXDA 4TTDA 4E3UA 4RW1A 1GPQC 4NWHA 1CKCA 4LYZA 2BQNA 1DQJC 3W6AA 1GE2A 4LT1A 1B5VA 2F30A 5DM9A 1HMKA 4ETBA 4OOOA 5LYTA 4WL7A 2BQMA 1C7PA 1FKQA 1LZ5A 2DQEY 4GN5C 1FLWA 2ZIJA 4XYYA 7LYZA 134LA 3P65A 1V7SA 1QUTA 1QQYA 1GB9A 3W3EA 4WO6A 1QDTA 3TXIA 4B1AA 1GFEA 1YAPA 4B49A 1IY4A 1GDXA 4ZFPA 1JKAA 5E4PA 1B7NA 1GF4A 1HSWA 1OP9B 1VDQA 4QGZA 3LZ2A 4NGJA 4DD0A 2HECA 1LHJA 1GB6A 1QTEA 4NY5A 5KXYA 3WUAA 4DC4A 5LYZA 2YBHA 5B1GA 1IP7A 4HJVA 1DPWA 4UWVA 4XJDA 4A7DA 4LYTA 1NMMA 3TXGA 4DD1A 4DDCA 4KL7A 3A67Y 1NF5A 4LT3A 1T6VL 1GFGA 2D91A 4PPOA 3LYZA 5HQ1A 2BLYA 4KXIA 3HBHA 5LA8A 4XJHA 1IORA 4N5RA 4NSGA 5I4YA 4Z98A 5ILCA 5FCPA 5IDDA 1WVVA 2EKSC 5LYMA 1XGQC 5KXOA 2HUBA 132LA 5B07A 3T36A 3ZVQA 1DPXA 5II3A 1JKCA 2Z19A 3OJPA 4H8ZA 5LVIA 4L41A 5B05A 4XJBA 1JHLA 5LAGA 1GEZA 1LZYA 3ATNA 4BS7A 1GBZA 4H9BA 3WPJA 1GEVA 1TCYA 1GBSA 4ETCA 4HTKA 4Z46A 5HNCA 4GLVA 2B5ZA 1G7IC 1IWUA 1NDMC 1I20A 1DKKA 2ZQ4A 1B7PA 4H9CA 2YBNA 4H8XA 3TXDA 4ETDA 4HSFA 154LA 4NGKA 1G7MC 1GF5A 1QSAA 1LZDA 5I4WA 3QE8A 1B7SA 1C46A 4LFPA 2CDSA 2XJWA 3EO5A 4NGLA 6LYZA 1QSWA 1LMOA 4H94A 1UICA 4C3WA 2D6BA 3HFMY 2VB1A 4B4JA 4NHTA 4NSHA 4BAPA 2H9JA 4TX7A 4WLTA 4OWAA 1IWYA 3RU5A 4NGOA 1BGIA 1P2CC 1OUDA 1REMA 4QY9A 1HSXA 4G4BA 1IWTA 1OUFA 1XGUC 4CFOA 3AGIA 1HENA 4DYGA 4ET9A 4PRQA 2BQGA 4I0CA 1B7QA 4HJYA 3TXKA 1HEPA 1GB5A 4H1PA 8LYZA 4DWXA 1LZ6A 1QTKA 3WW6A 1GB8A 1J1OY 4BADA 5KXMA 1KIRC 1GE4A 1E8LA 3M18B 3AGHA 1BB4A 4H90A 1GFJA 5D5CA 1XGRC 4QEQA 1LSMA 1LCNA 1LZ9A 2CWIA 193LA 5FSTA 3W6FA 1LSYA 1FLQA 1JKBA 1OUHA 4U3XB 5HLLA 1CJ9A 1FLUA 135LA 1YKZX 1CJ8A 2MEFA 5IHGA 1B5YA 1YAQA 1YAMA 4TSCA 1IWZA 2YBMA 4GCBA 3T6UA 3TXBA 4ZEEA 1LZTA 2H9KA 1T3PA 133LA 1HFYA 5KKJA 3K3TA 1WQOA 1JITA 1LSFA 5DL9A 2IHLA 1LJFA 1GFUA 1IOTA 4HTNA 1LZEA 4WL6A 3N9EA 5F81A 2PC2A 1GFVA 5HMVA 1WTNA 4UWUA 5JENB 2MEHA 1LJNA 5APEA 3TXJA 1UC0A 5I4XA 1GXV2 2LYMA 1JSFA 1UIBA 2DQDY 1HC0A 1IR8A 2DQAA 2Z2EA 1BQLY 3A96A 1C43A 1GF0A 3BKHA 1HHLA 2BQFA 4HTQA 5C6LA 4GLAA 1GAYA 4G9SA 1B7RA 1HMLA 1GFHA 1RCMA 1ZV5L 1PZYA 1RI8B 3BKVA 4PJ2C 5FELA 3KAMA 4XJGA 4PHIA 2FBDA 3AW7A 1LPIA 4M6DA 4FJRA 1F6SA 2BQKA 3MGWA 1YL0X 1A4VA 1UIHA 4TUNA 1IP5A 5KXRA 4HV2A 1NQIA 2HU3A 5LAFA 4OW1A 2Z12A 1C45A 1HEQA 1LJHA 1XGTC 3N9CA 5DLAA 5APDA 3WVYA 1GF6A 1IWWA 1LTMA 1V7TA 3CT1A 1YL1X 4NGYA 4W94A 4OWBA 1XGPC 2YSSC 5K7OA 1GFKA 5DN5A 2ZQ3A 1LMNA 1RE2A 1BB5A 4RLMA 4NG1A 3WU7A 1IOSA 1LZ8A 3TXFA 1GB2A 1JJ1A 1JTTL 2YBIA 4TWSA 1LZRA 1LSDA 4NHIA 2W1XA 1INUA 1LZCA 1SLYA 4WM5A 3EBAB 1OUCA 2MEEA 2Z2FA 3WUMA 5F9XA 3WH1A 1D0MA 4NGIA 5L3HA 1NWGA 3W6BA 3RT5X 2DKVA 1CKFA 4KT3A 5FDJA 1C08C 5KXLA 5D5FA 1LJIA 1IIZA 4ET8A 1MELL 5LVGA 1OUBA 3LYMA 2C8OA 1LHLA 1C10A 1QDRA 4UWNA 2BAAA 5APCA 1YQVY 3A92A 4OWHA 5KXTA 1GB0A 2BQJA 2BQDA 1WQQA 3CSRA 5KKIA 3A6BY 4WLXA 1OUJA 4NSIA 5APFA 6LYTA 5KXWA 2Q0MX 3IJVA 1CKGA 4RLNA 3IWRA 4TSBA 4WM3A 4DDAA 1LHMA 2MEDA 2I6ZA 2Z37A 3ATOA 1B2KA 1GF3A 3A3QA 3P66A 4N0JA 2I26L 4J7VA 4P2EA 3HBEX 5LA5A 1GF9A 1REYA 3A95A 4OOTA 1CKHA 1MLCE 4XADA 1GE1A 1GBWA 3A3RX 1D0KA 1FKVA 1XFPL 1LYZA 3D9AC 1UIFA 4ML7A 4YM8A 1UA6Y 1W08A 1YKXX 208LA 3N9AA 5I54A 1IR9A 1J1XY 1B7MA 1GB3A 2ZNXY 5J7CA 2HEBA 1LKSA 1GE0A 1GF8A 1BB3A 1GAZA 1I1ZA 4WO9A 4WM2A 5C6IA 1NKHA 3WULA 1JUGA 1LJJA 2G4NA 1IO5A 5EBHA 4ETEA 4LT2A 3B6LA 1JKDA 4WG1A 1AT5A 1JJ3A 4GCFA 4J1AA 4Z3MA 4Z41A 2I25L 2Z38A 4XN6A 2EQLA 4M4OA 207LA 2RSCA 1IP1A 2HEEA 2HEDA 1UBZA 3WPKA 4H9HA 1OUIA 5IELA 4H8YA 4LYCA 3A93A 2FBBA 4LYBA 5HNLA 5B59A 3QY4A 3ZEKA 1JTPL 4YEMA 2D4IA 4LT0A 4WM6A 4HPIA 4DDBA 3P68A 4NHPA 2NWDX 5DN4A 1XEKA 4J1BA 1CJ7A 3CSQA 1LYOA 4H92A 4N1EI 3ULRA 2YDGA 1LSZA 5F9UA 3VWOA 1H87A 2YBLA 2Z39A 5C6JA 1N4FA 4H9FA 3RNXA 1GFRA 4CFPA 1I56A 3IJUA 2F2NA 5B1FA 3QNGA 3A8ZA 3CB7A 4IASA 4HP0A 5LVHA 2BQBA 1H6MA 5A3EA 2XTHA 3FE0A 1IY3A 4NWEA 1AKIA 1DI4A 2MEAA 1LAAA 1HEWA 2BQHA 2W1YA 2XBSA 4WM1A 5L9JA 4HPEA 1DXJA 1F6RA 1GD6A 1CKDA 1ZVHL 4R0FA 5AMYA 1UIGA 3G3AB 1LMQA 1DKJA 2X0AA 3CT0A 5HMJA 4ZIXA 1HERA 1VAUA 1GB7A 3GXKA 1CJ6A 2C8PA 2FYDA 3M3UA 4NFVA 3A6CY 4WG7A 3WUNA 5LXWA 3B72A 1D6QA 3P4ZA 1IWXA 1UIDA 1YROA 4MSTA 5T3FA 1YILA 3WU9A 1IVMA 1OQMA 2W1LA 1LZNA 4II8A 5M1YA 1B9OA 4DD3A 1RJCB 1KXXA 2EIZC 2ZNWY 4WOAA 2A7DA 1XEJA 3B0IA 2ZYCA 4GN4A 4H91A 4N8ZA 4G4HA 3EMSA 1DI5A 1WQRA 4DD2A 1LHKA 1CNSA 1D0LA 1G7HC 1LSAA 1ZMYL 2WARA 4LYMA 2Y8PA 1GFTA 1B7OA 5LINA 4NEBA 2YVBA 3A90A 3FI7A 1W6ZA 1HFZA 4H9IA 1IP3A 4ETAA 1VFBC 4J0LA 2ZWBA 1AZFA 3WYHA 4XENA 1QUSA 4H9EA 2DQFC 3A91A 2MEBA 5FEKA 1WVUA 4LYOA 1NDGC 1BVXA 1KXYA 2FYCA 3CT5A 3WPLA 4DT3A 4N1CC 1B0DA 1FDLY 1JPOA 1LZ1A 2BLXA 3OK0A 3LN2A 3SP3A 2D4KA 1D9UA 1JEFA 2LYZA 5I53A 1KIPC 3A34A 1LMAA 1YAOA 5LIOA 4WLYA 3LZTA 4XJFA 1BWJA 1GDWA 4GCCA 1IR7A 1DI3A 4IATA 4N9RA 4ANRA 2GV0A 4YF2A 1F10A 2LZ2A 3A94A 1LSBA 2HEFA 1KIQC 3WU8A 1IOCA 1BWHA 1OUGA 1QIOA 2F4AA 1B7LA 1G7LC 1ZVYB 1LJ3A 1UIEA 2DBTA 3HBDA 1JJ0A 4NHQA 1PS5A 1EQ4A 5KXZA 1WQMA 5F16A 2ZIKA 1UCOA 1F0WA 1BB6A 1DZBX 3G3BB 2YBJA 1GFAA 1REZA 4OWCA 4BAFA 3W6CA 4DD9A 1G7JC 5KXPA 3TMUA 1VEDA 4OWEA 1IC7Y 4EOFA 1B5UA 1TBYA 5KY1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4AGAA 3AZ5A 5KXXA 3LHMA 1L26A 1WQPA 3HH6A 1JTOL 4PGJB 4YENA 3WW5A 1GBOA 1JISA 1FBIX 3WL2A 1PQJA 4CHXA 1LMCA 1LGWA 5B06A 2A7FA 3W6EA 1PQMA 4LZMA 3TMVA 1LJEA 1L72A 248LA 1C6QA 1TAYA 1L71A 2HULA 3PBLA 1WQNA 1CX7A 3P64A 4LZTA 1JIYA 1EQ5A 4NGWA 4W51A 1P3NA 111LA 1D3JA 2DQHY 3TMXA 109LA 4W96A 1KY0A 2DQCY 247LA 3NY9A 1OUEA 4YEOA 2MECA 214LA 2ZILA 3GXRA 4PRUA 157LA 1VDPA 171LA 1QUHA 4YXCA 4NHSA 1IC5Y 4R6CA 1LYYA 1IOQA 1L86A 1L11A 1OWYA 4RDSA 1ALCA 3AB6A 2RBOA 185LA 1SQ2L 2B6XA 2IFFY 2XBRA 114LA 1T8FA 2RB2X 1LWGA 2LHMA 2DQGY 3G3XA 3WXTA 1L16A 1REXA 1C61A 1BWIA 4TTDA 4E3UA 3VW7A 1DQJC 2OTYX 1HMKA 1QUOA 1C7PA 1FKQA 2ZIJA 1QDTA 2O7AA 1GFEA 1YAPA 1B7NA 3HUAA 166LA 1HSWA 4NGJA 115LA 2HECA 5LYZA 2YBHA 174LA 1IP7A 1L10A 4DD1A 4DDCA 113LA 1KS3A 1NF5A 4LT3A 3LYZA 147LA 5HQ1A 2BLYA 1L69A 3HBHA 5LA8A 4Z98A 2B6YA 2EKSC 5II3A 5B07A 3ZVQA 1JKCA 4LDLA 4L41A 158LA 1P7SA 5LAGA 4BS7A 1GBZA 4Z46A 1PQOA 1I20A 1B7PA 4H8XA 2YBNA 4NGKA 1EPYA 1LZDA 3EO5A 1G0GA 1LMOA 1LYEA 1UICA 250LA 3HFMY 4WLTA 4OWAA 3HTGA 186LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1UUZ C;  3WVX A;  3AZ4 A;  1WTM A;  4KPM A;  4AGA A;  1VDS A;  3AZ5 A;  4HV1 A;  5KXX A;  2DQI Y;  2BQI A;  5F14 A;  3WXU A;  3LHM A;  4G4C A;  2MEG A;  1LSN A;  1WQP A;  3AJN A;  1AT6 A;  3RZ4 A;  1JTO L;  4PGJ B;  4YEN A;  3WW5 A;  2CJL A;  5KJ9 A;  4I8S A;  1GF7 A;  1GBO A;  2LZT A;  5L3I A;  3TXE A;  1JIS A;  1B5X A;  4EMN A;  2G4P A;  1FBI X;  4WLD A;  2BQC A;  1B5Z A;  4X3B A;  3WL2 A;  2BPU A;  4AXT A;  4B4I A;  4GCD A;  4CHX A;  1LMC A;  2EPE A;  4LFX A;  4QDN A;  5KXN A;  1D6P A;  1B5W A;  3WMK A;  1EL1 A;  1IC4 Y;  1NBY C;  1YKY X;  4H93 A;  5B06 A;  2A7F A;  1LZ4 A;  4C5F A;  3W6E A;  1IEE A;  3ZVQ B;  2BQE A;  3B0O A;  1HEL A;  4GCE A;  3TMV A;  1LJE A;  1HEO A;  3AZ7 A;  2G4Q A;  3J6K A;  4WM4 A;  2W1M A;  153L A;  1TAY A;  1LZG A;  4MR1 A;  1LYS A;  3CQL A;  1HF4 A;  2N5Z A;  1WQN A;  1RFP A;  4G49 A;  1YIK A;  3P64 A;  1YAN A;  1JIY A;  1EQ5 A;  1JWR A;  4LZT A;  4NG8 A;  2D4J A;  4NGW A;  3AZ6 A;  3LYT A;  1J1P Y;  1LKR A;  1HEM A;  4B0D A;  1LJ4 A;  3D3D A;  2Z18 A;  4H9A A; 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 1IVM A;  1OQM A;  2W1L A;  1LZN A;  4II8 A;  5M1Y A;  1B9O A;  4DD3 A;  1RJC B;  1KXX A;  2EIZ C;  2ZNW Y;  4WOA A;  2A7D A;  1XEJ A;  3B0I A;  2ZYC A;  4GN4 A;  4H91 A;  4N8Z A;  4G4H A;  3EMS A;  1DI5 A;  1WQR A;  4DD2 A;  1LHK A;  1CNS A;  1D0L A;  1G7H C;  1LSA A;  1ZMY L;  2WAR A;  4LYM A;  2Y8P A;  1GFT A;  1B7O A;  5LIN A;  4NEB A;  2YVB A;  3A90 A;  3FI7 A;  1W6Z A;  1HFZ A;  4H9I A;  1IP3 A;  4ETA A;  1VFB C;  4J0L A;  2ZWB A;  1AZF A;  3WYH A;  4XEN A;  1QUS A;  4H9E A;  2DQF C;  3A91 A;  2MEB A;  5FEK A;  1WVU A;  4LYO A;  1NDG C;  1BVX A;  1KXY A;  2FYC A;  3CT5 A;  3WPL A;  4DT3 A;  4N1C C;  1B0D A;  1FDL Y;  1JPO A;  1LZ1 A;  2BLX A;  3OK0 A;  3LN2 A;  3SP3 A;  2D4K A;  1D9U A;  1JEF A;  2LYZ A;  5I53 A;  1KIP C;  3A34 A;  1LMA A;  1YAO A;  5LIO A;  4WLY A;  3LZT A;  4XJF A;  1BWJ A;  1GDW A;  4GCC A;  1IR7 A;  1DI3 A;  4IAT A;  4N9R A;  4ANR A;  2GV0 A;  4YF2 A;  1F10 A;  2LZ2 A;  3A94 A;  1LSB A;  2HEF A;  1KIQ C;  3WU8 A;  1IOC A;  1BWH A;  1OUG A;  1QIO A;  2F4A A;  1B7L A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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