1GF9A

Crystal structure of mutant human lysozyme substituted at the surface positions
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KYFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Positive contribution of hydration structure on the surface of human lysozyme to the conformational stability.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 52
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1gf9A00
1JEFA 4IASA 3RW8A 3WU9A 4J7VA 1DXJA 2D4JA 1XEKA 2EIZC 3B0KA 1LJNA 1KIRC 3MGWA 5ILCA 3P66A 1AM7A 1GBXA 4QDNA 4W94A 3N9EA 4B4JA 1GFRA 1LHIA 4DD9A 4DDAA 1LZRA 1YAQA 4MCKA 1YIKA 3FI7A 2D91A 1HEWA 3E3DA 3N9CA 1GB5A 1J1OY 2A7DA 2NWDX 1UBZA 1LZ8A 4LZTA 1QUTA 3FE0A 3AJNA 2DQFC 4YF2A 1A4VA 3AB6A 3CQLA 4DC4A 3K3TA 4WL6A 3LN2A 1LHHA 4HTQA 1FN5A 1LHLA 1QQYA 3WL2A 5HNCA 1CJ7A 1XFPL 2F4GA 4LYBA 4DDBA 1CKCA 1JWRA 2DQHY 1LZCA 4G9SA 4CHXA 3A94A 4AXTA 1WQOA 1IO5A 1IWUA 1GD6A 1GE2A 3A90A 1BVXA 1NF5A 2EPEA 2ZWBA 4WLYA 4XENA 4R6CA 5EBHA 5HMVA 1HEPA 5JENB 1EQ5A 1DI3A 4H8XA 1LYZA 5F81A 4NGZA 2DQEY 1LJ3A 1LZ6A 3AGGG 1QTKA 2YBHA 4GN3A 4NSHA 5LA8A 4DD7A 2ZYCA 3A6BY 3OK0A 4LFPA 4H8YA 2ZNXY 4WM2A 3A34A 3ATNA 1PS5A 4OOOA 2HEDA 1IWXA 1CJ8A 1IP7A 1J1XY 3EO5A 5L3HA 1XSFA 4OWEA 4C5FA 4HTKA 5KJ9A 4IJ4A 5E4PA 1IR7A 4BADA 4KT3A 1XGQC 3AZ5A 1REMA 1DKKA 3F6ZA 1LJKA 1OUCA 5HMJA 3TXHA 1VFBC 1GE3A 1LMAA 4GCBA 1IOSA 1HF4A 2CWIA 1KXWA 2IFFY 3B0IA 3HBHA 2HECA 1JISA 4GN5C 4DT3A 1BB3A 4B4IA 1HFYA 2BQFA 2HEEA 3LZTA 1A2YC 1REZA 4ETDA 1LSNA 3IJVA 4YOPA 3CT0A 5KXYA 3W6EA 5C6IA 4ZIXA 2DKVA 4RLNA 1JUGA 4BAPA 5HLLA 1HFXA 1NBZC 4GCDA 6LYZA 1TEWA 2FYCA 2GV0A 2BQBA 4LFXA 4WL7A 1D0LA 1IWZA 1UIFA 1NBYC 2HEFA 2Z12A 1IWWA 4RW2A 3WPJA 1IP2A 2Z19A 4Z46A 5C6LA 1OUGA 1QIOA 3ATOA 2XBRA 1QSWA 1UACY 3WU7A 4DD3A 2YVBA 1WQRA 2DQIY 4N9RA 3A92A 5KXRA 1IX0A 1I20A 4OWCA 1IP5A 1EL1A 1IC7Y 4W96A 4H92A 2DBTA 3B6LA 2RSCA 1OP9B 1KXYA 1DPXA 1LZ9A 4H1PA 5LYZA 2LZTA 2FBBA 5B07A 4DD0A 5KXKA 2MEAA 1UIEA 2Z38A 4WG7A 2MEFA 4H9IA 1GB3A 4KPMA 3WVXA 4II8A 1LAAA 1HEQA 1LZNA 1G7JC 2DQJY 1GAYA 3B0OA 3J6KA 4WM3A 2BQGA 3WW6A 4QEQA 2BQJA 3W6BA 1GBYA 1D0MA 1UCOA 2YBLA 2DQDY 1BGIA 2H5ZA 4AGAA 4XJIA 5I54A 3A3RX 2LZ2A 4O34A 3A6CY 4XADA 4XJHA 3G3BB 1YILA 1ZVHL 1IOCA 2BAAA 4G4CA 4YEOA 4WOAA 4B1AA 5ILFA 3AZ7A 1LZ4A 4QY9A 3TXBA 4HV1A 3WH1A 1HERA 1GE4A 1SQ2L 4PPOA 4XJGA 1EQ4A 1OUDA 3CT5A 1IP6A 2CDSA 4M4OA 2H9JA 2CJLA 4MSTA 4LGKA 1JKAA 1GXXA 4R0FA 2I6ZA 1DQJC 1GB6A 1IP4A 1WQMA 1LZ1A 1JPOA 3QE8A 4TTDA 1MLCE 1LZYA 5FSTA 4NHSA 4J1BA 1REXA 5B05A 3TMXA 1GHLA 1IWTA 1GE0A 1LSMA 3WVYA 4CFOA 5HQ1A 3AYQA 1BB7A 4H9EA 4G4BA 1DZBX 1HHLA 1YL0X 1AT6A 2N5ZA 4M6DA 153LA 4HV2A 3D3DA 5APDA 1RE2A 1GE1A 1IWYA 3P4ZA 4NGWA 1LOZA 4RW1A 1KIQC 1B9OA 2HEAA 2C8PA 3A3QA 1C43A 194LA 1B7LA 4CGEA 1Z55A 1HENA 1GF4A 2MEEA 5LIOA 2BQAA 1UICA 1I1ZA 1SLYA 1VDPA 3M18B 2EQLA 4DD1A 1UIBA 1LZAA 5DLAA 1NMMA 3RT5X 193LA 1OUBA 3BKHA 1B2KA 4UWVA 4LYTA 1OUEA 4TWSA 2Z2EA 1QSAA 2ZNWY 4UWNA 5LVGA 2G4NA 1LSCA 3A91A 5F9UA 2MEDA 1JSEA 3SP3A 2W1MA 3CB7A 1OUIA 4LYZA 5I53A 1DI4A 1B7OA 1HNLA 2BQOA 3WMKA 5DL9A 5DN4A 4GLAA 1QDTA 4WLXA 5KXMA 1GF9A 1CJ6A 1YKXX 1DKJA 2DQAA 2F4AA 1GFEA 1FLYA 3EMSA 5B1GA 5KY1A 1CJ9A 1LKRA 1D6QA 2ZIKA 2HEBA 1C45A 1FLQA 5LINA 1TDYA 2C8OA 4HJYA 1VDSA 1AT5A 4TX7A 1LZGA 1GB8A 1F6SA 135LA 2XBSA 1GF6A 1GFAA 1JJ0A 4PGJB 1HMLA 1IIZA 4NG8A 2I26L 4NEBA 5B1FA 2W1LA 2Z37A 1GEZA 1GFJA 1GPQC 1VAUA 5LVJA 2BQIA 1IWVA 3AW7A 3CSZA 5AMYA 2DQCY 3WULA 1PZYA 2I25L 4EMNA 1RFPA 1IR9A 1BWIA 3P68A 4GCCA 4H91A 1B7SA 1P2CC 1NHEA 3P64A 1B5VA 1QTEA 1IP3A 1UIDA 4P2EA 1GEVA 4Z3MA 1LJJA 1DI5A 1LYOA 1B5XA 1IY3A 1EQEA 1UA6Y 3WW5A 1C08C 1INUA 4I8SA 5L3IA 2W1YA 3HBEX 4NHPA 1W08A 4HJZA 1FLUA 3W6AA 2XJWA 5F9XA 1ZVYB 4FDYA 1WVUA 4NSGA 1LZSA 1LZDA 2F30A 2ZILA 4H94A 2MEBA 3WUNA 5I4YA 1VATA 4NSIA 1YAOA 2FYDA 4WG1A 1GFVA 3LYTA 4NG1A 2ZYPA 1NKHA 1KXXA 1ZMYL 4UWUA 1LHKA 1YAPA 5KXZA 4YM8A 3M3UA 3AZ6A 1D0KA 3GXKA 4WO9A 1B7PA 3TMUA 4NSJA 4OWHA 4L41A 1ZV5L 2HU3A 2YDGA 3T36A 3TMVA 3ZVQB 1LZTA 2Z2FA 4YENA 5D5FA 4HJVA 3D9AC 1G7LC 1UUZC 2HTXA 4EOFA 5KKIA 4G49A 3LZ2A 3BKVA 2W1XA 5T3FA 2BQNA 1GXV2 2AUBA 4HTNA 1HC0A 3HFMY 3GXRA 4DYGA 2YBNA 1B5WA 1WQNA 5KXNA 5LA5A 1YAMA 4WM4A 3TMWA 1UIAA 4GCFA 4LYMA 1LSZA 1V7SA 5FCPA 1D6PA 4LT0A 4RLMA 2YBIA 4NGLA 2Y8PA 2D4IA 1KIPC 1GDWA 1B5ZA 1BB6A 2B5ZA 4H9BA 132LA 3W6CA 4N0JA 3WU8A 5I4WA 5E9RA 4DWXA 1WTMA 3OJPA 1BB4A 1GB2A 5DM9A 1LJ4A 3AZ4A 2MEHA 1F10A 1G7IC 2Q0MX 4OW1A 2EKSC 2A7FA 4H9AA 4C3WA 1JJ3A 1UIGA 5KXWA 1T6VL 4NFVA 5HNLA 3QNGA 3A93A 1GFKA 3TXDA 1LMOA 1NDGC 1UIHA 3ZVQA 2HU1A 2IHLA 4D9ZA 1VDTA 4H93A 3LYMA 1GF8A 4WLTA 1IVMA 3EXDA 4WMGA 1B5UA 5M1YA 1FBIX 2BQMA 5D5CA 1WTNA 1UC0A 5F16A 5IELA 1GBOA 2LYOA 1LHMA 1JKCA 4HSFA 1XGPC 5FEKA 4PJ2C 1LTMA 1LZBA 2ZQ4A 4CJ2A 1T3PA 1GFHA 5KXOA 2D6BA 4G4HA 2X0AA 1LMQA 3VWOA 5IDDA 1LZ5A 1B5YA 2MECA 1GF0A 4H8ZA 2BQHA 1JTTL 2G4QA 4ML7A 4OWBA 2BPUA 1FLWA 5L9JA 1AZFA 1HSWA 1C7PA 1TCYA 2Z39A 4PHIA 3CT1A 5I5QA 4LT2A 4WM5A 4LT3A 1JKBA 3TXIA 1JTOL 5K7OA 4XJBA 2YBMA 1XGTC 5KXXA 207LA 5LAGA 3WPLA 4ANRA 5B06A 5FDJA 4WLDA 4KXIA 1CKDA 2YBJA 2BLXA 4WM1A 3A96A 5APFA 2MEIA 3W6FA 3WXTA 1LJIA 1OQMA 4LYOA 4TSCA 1OUHA 1QUSA 1LHJA 1LSBA 3WYHA 4H9HA 4MR1A 3EBAB 1O23A 1QDRA 4U3XB 3A67Y 3QY4A 5LVKA 5APEA 4TUNA 4H9CA 1WQQA 1JITA 2G4PA 3WUAA 4DDCA 4ET9A 9LYZA 5LVIA 1H6MA 1NWGA 3TXJA 2DQGY 4ZFPA 1LSFA 3N9AA 3TXKA 4GN4A 3ZEKA 4ETBA 1NDMC 1LJHA 1F6RA 1LMPA 4NGVA 3AGIA 4HP0A 133LA 1BWJA 4WM6A 4KL7A 1LPIA 1MELL 1IC5Y 2F2NA 1LZEA 4NHIA 1ALCA 3RZ4A 208LA 1J1PY 1XEIA 1F0WA 1GB0A 3CSRA 1JHLA 4Z98A 1B7QA 4YEMA 4DD2A 5DN5A 1YKYX 1TAYA 1C46A 1D9UA 1LSYA 2BQEA 2FBDA 3LYZA 4RDSA 5KKJA 1OUAA 2BQLA 4E3UA 1N4FA 1JTPL 1H87A 1IOQA 134LA 4OOTA 4B49A 5KXTA 4I0CA 4WO6A 2ZQ3A 4GCEA 1DPWA 3TXGA 1VEDA 3J4GA 5LYMA 4XYYA 1RI8B 1GAZA 4QGZA 1XGUC 1GFTA 3TXEA 1LSGA 3AGHA 3IJUA 1GFGA 1JJ1A 7LYZA 3W6DA 1IEEA 3WUMA 4HPIA 4H9FA 1VDQA 1LMCA 5II3A 1B7MA 1GDXA 2BQKA 1GBZA 1CNSA 4H90A 8LYZA 2BQDA 2H9KA 3CSQA 1B7RA 4N5RA 4N1CC 4NGOA 5C6JA 4BS7A 1CKHA 1HSXA 1RCMA 3P65A 1WQPA 4ETEA 1GB9A 1FKQA 5KXSA 1IORA 5A3ZA 4OWAA 1B0DA 5F14A 1LJEA 1OUFA 4NWEA 1YL1X 3WXUA 1GFUA 2ZIJA 1NQIA 4ZEEA 1GBSA 1XEJA 4NWHA 1LJGA 1GWDA 4LYCA 2Z18A 1HEMA 4B4EA 1V7TA 1XGRC 3TXFA 1IOTA 1B7NA 1G7HC 4CFPA 4X3BA 1YROA 5I4XA 4N1EI 5IHGA 1HEOA 1W6ZA 2LYMA 5LXWA 4LT1A 1BVKC 1CKFA 1JKDA 4IATA 4GLVA 2LHMA 1LYYA 154LA 1LMTA 1BB5A 1WVVA 1BHZA 5KXPA 4NGJA 3T6UA 5APCA 2YSSC 1G7MC 1RJCB 1YANA 1FDLY 4TSBA 3KAMA 1LYSA 3A95A 4NGKA 2PC2A 1BQLY 4BAFA 1HMKA 4XN6A 1BWHA 2BLYA 1IC4Y 1HELA 1CKGA 4NHTA 5A3EA 1IP1A 1E8LA 4A7DA 4PRQA 2CGIA 1I56A 4FJRA 1JIYA 3HBDA 2BQCA 5J7CA 2XTHA 3WPKA 1GBWA 3ULRA 1IR8A 4ETCA 4J1AA 1TBYA 4NGYA 4NIJA 2WARA 1LMNA 3IWRA 3RU5A 1GF7A 1OUJA 3LHMA 1GB7A 1AKIA 1C10A 4N8ZA 5KXLA 5LYTA 1YKZX 3B72A 4XJFA 1LKSA 6LYTA 2MEGA 4HPEA 1GF3A 3W3EA 4Z41A 4NGIA 4NY5A 1LSEA 1IY4A 2LYZA 3LYOA 5FELA 4B0DA 4ET8A 1YQVY 1FKVA 1LCNA 4ETAA 3AW6A 1LJFA 3RNXA 1GF5A 5FHWA 1LSDA 4XJDA 1LSPA 5LVHA 5B59A 3G3AB 3A8ZA 4NHQA 4J0LA 2VB1A 4PRUA 1JSFA 1HFZA 1LSAA 5LAFA 1REYA 2HUBA 2D4KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JEFA 4J7VA 2EIZC 3B0KA 3P66A 4DDAA 147LA 1HEWA 1GB5A 1UBZA 2B6TA 2DQFC 3CQLA 4DC4A 3K3TA 1L59A 1QUDA 1QQYA 4DDBA 4CHXA 4AXTA 1GD6A 1GE2A 5HMVA 1CU6A 4XENA 1OWZA 3HTBA 2RB1X 1L18A 1DI3A 2RBQA 4H8XA 1L38A 2OTZX 4NGZA 257LA 4NSHA 3A6BY 1D3MA 4YXCA 3A34A 3ATNA 1PS5A 4OOOA 3EO5A 1LI2A 1L05A 1G0KA 1QS9A 1XEPA 4ARPA 2IFFY 4B4IA 4ETDA 174LA 1LSNA 114LA 1QS5A 4EKPA 5HLLA 1LGUA 1NBZC 6LYZA 1IWWA 4LZMA 1IP2A 2Z19A 1OUGA 1QIOA 4DD3A 1WQRA 4W57A 2DQIY 4I7PA 5KXRA 4OWCA 4PK0A 2DBTA 2RSCA 1OP9B 1KXYA 1L23A 1P2LA 4H1PA 2FBBA 4WG7A 4H9IA 4KPMA 1C6FA 4QEQA 3SBBC 1GBYA 1L96A 172LA 2YBLA 125LA 4XJHA 3AZ7A 4QY9A 1JTMA 4HV1A 1L22A 1SQ2L 4XJGA 131LA 1IP6A 2CJLA 4MSTA 4R0FA 1GB6A 4TTDA 206LA 1REXA 1GHLA 1LSMA 4LDLA 1D2WA 4H9EA 4G4BA 1DZBX 2N5ZA 5APDA 1GE1A 1LOZA 1QUHA 2C8PA 1GF4A 2MEEA 5LIOA 169LA 1VDPA 3V2YA 3M18B 2NTGA 1LZAA 193LA 1OUEA 4I7QA 4TWSA 2ZNWY 1L93A 1LSCA 5F9UA 1JSEA 1L56A 200LA 4ARQA 1B7OA 3HT6A 3WMKA 1OVKA 4GLAA 209LA 1YKXX 1SWYA 1DKJA 2DQAA 1GFEA 3CDRA 178LA 138LA 4HJYA 1VDSA 1L15A 4TX7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1JEF A;  4IAS A;  3RW8 A;  3WU9 A;  4J7V A;  1DXJ A;  2D4J A;  1XEK A;  2EIZ C;  3B0K A;  1LJN A;  1KIR C;  3MGW A;  5ILC A;  3P66 A;  1AM7 A;  1GBX A;  4QDN A;  4W94 A;  3N9E A;  4B4J A;  1GFR A;  1LHI A;  4DD9 A;  4DDA A;  1LZR A;  1YAQ A;  4MCK A;  1YIK A;  3FI7 A;  2D91 A;  1HEW A;  3E3D A;  3N9C A;  1GB5 A;  1J1O Y;  2A7D A;  2NWD X;  1UBZ A;  1LZ8 A;  4LZT A;  1QUT A;  3FE0 A;  3AJN A;  2DQF C;  4YF2 A;  1A4V A;  3AB6 A;  3CQL A;  4DC4 A;  3K3T A;  4WL6 A;  3LN2 A;  1LHH A;  4HTQ A;  1FN5 A;  1LHL A;  1QQY A;  3WL2 A;  5HNC A;  1CJ7 A;  1XFP L;  2F4G A;  4LYB A;  4DDB A;  1CKC A;  1JWR A;  2DQH Y;  1LZC A;  4G9S A;  4CHX A;  3A94 A;  4AXT A;  1WQO A;  1IO5 A;  1IWU A;  1GD6 A;  1GE2 A;  3A90 A;  1BVX A;  1NF5 A;  2EPE A;  2ZWB A;  4WLY A;  4XEN A;  4R6C A;  5EBH A;  5HMV A;  1HEP A;  5JEN B;  1EQ5 A;  1DI3 A;  4H8X A;  1LYZ A;  5F81 A;  4NGZ A;  2DQE Y;  1LJ3 A;  1LZ6 A;  3AGG G;  1QTK A;  2YBH A;  4GN3 A;  4NSH A;  5LA8 A;  4DD7 A;  2ZYC A;  3A6B Y;  3OK0 A;  4LFP A;  4H8Y A;  2ZNX Y; 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 1GFU A;  2ZIJ A;  1NQI A;  4ZEE A;  1GBS A;  1XEJ A;  4NWH A;  1LJG A;  1GWD A;  4LYC A;  2Z18 A;  1HEM A;  4B4E A;  1V7T A;  1XGR C;  3TXF A;  1IOT A;  1B7N A;  1G7H C;  4CFP A;  4X3B A;  1YRO A;  5I4X A;  4N1E I;  5IHG A;  1HEO A;  1W6Z A;  2LYM A;  5LXW A;  4LT1 A;  1BVK C;  1CKF A;  1JKD A;  4IAT A;  4GLV A;  2LHM A;  1LYY A;  154L A;  1LMT A;  1BB5 A;  1WVV A;  1BHZ A;  5KXP A;  4NGJ A;  3T6U A;  5APC A;  2YSS C;  1G7M C;  1RJC B;  1YAN A;  1FDL Y;  4TSB A;  3KAM A;  1LYS A;  3A95 A;  4NGK A;  2PC2 A;  1BQL Y;  4BAF A;  1HMK A;  4XN6 A;  1BWH A;  2BLY A;  1IC4 Y;  1HEL A;  1CKG A;  4NHT A;  5A3E A;  1IP1 A;  1E8L A;  4A7D A;  4PRQ A;  2CGI A;  1I56 A;  4FJR A;  1JIY A;  3HBD A;  2BQC A;  5J7C A;  2XTH A;  3WPK A;  1GBW A;  3ULR A;  1IR8 A;  4ETC A;  4J1A A;  1TBY A;  4NGY A;  4NIJ A;  2WAR A;  1LMN A;  3IWR A;  3RU5 A;  1GF7 A;  1OUJ A;  3LHM A;  1GB7 A;  1AKI A;  1C10 A;  4N8Z A;  5KXL A;  5LYT A;  1YKZ X;  3B72 A;  4XJF A;  1LKS A;  6LYT A;  2MEG A;  4HPE A;  1GF3 A;  3W3E A;  4Z41 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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