1GFTA

Crystal structure of mutant human lysozyme substituted at the surface positions
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWYAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Positive contribution of hydration structure on the surface of human lysozyme to the conformational stability.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 52
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1gftA00
2HUBA 1UIHA 1VDQA 1GD6A 4WM5A 1JTPL 1YAMA 3CSRA 1D0MA 3AYQA 4OW1A 2IFFY 1AKIA 1LZBA 2DQCY 2F4AA 4NGZA 1YKZX 4TTDA 3A34A 1LZ4A 1OUDA 3CSZA 1JJ0A 2HEAA 4NSGA 1ZMYL 3A3QA 1IP1A 2Z18A 4XJIA 4H8XA 2EKSC 4NG8A 3W6BA 1F6RA 1FDLY 4PRUA 207LA 1IOTA 1INUA 3A92A 1WTMA 1JKCA 2D4KA 1C46A 3WU9A 1LZAA 1UIDA 1DKJA 1GAZA 4TWSA 4QY9A 5KXZA 4NHPA 5ILCA 5LA8A 3WPLA 1B5WA 5F16A 4WLYA 1YKYX 1GFUA 1JPOA 4ET9A 5LINA 1LMTA 4H9HA 5K7OA 4RW2A 5KXRA 2A7DA 3LHMA 2YVBA 4I0CA 4ANRA 2MEHA 3AGGG 2GV0A 3P4ZA 4LT1A 4HV1A 1GBOA 4NEBA 2MEFA 1B5UA 134LA 2BQFA 4YEOA 2YBHA 1AT6A 5APFA 3WXUA 3E3DA 4B4EA 1REZA 3K3TA 1EQ4A 5LAGA 4P2EA 5KXTA 2FBBA 1GAYA 2CGIA 2F30A 1JKBA 4DC4A 1IC4Y 4OWEA 1KXXA 1GE4A 1O23A 1GB3A 2XBSA 4ZFPA 1B5ZA 1FLQA 3WPJA 4CHXA 1IP5A 1MELL 1JTTL 5C6IA 1PS5A 1FN5A 5DLAA 4XJHA 1GPQC 2IHLA 3A90A 3A67Y 1G7HC 3TMWA 1LZRA 5B05A 3EMSA 1CKHA 4KXIA 1HC0A 2DKVA 4WLTA 1IWTA 5E9RA 1VEDA 4H9FA 2LYZA 4LFPA 4NY5A 4Z41A 2BQIA 3WULA 3ZEKA 3AZ5A 4O34A 4ETBA 4B49A 133LA 1D0KA 2ZILA 1CJ9A 1GFAA 3TMVA 2DQJY 3A3RX 4NSIA 4N0JA 2HEFA 3AZ4A 4HJYA 4PJ2C 1JISA 1GB0A 1LMQA 1XGQC 1IX0A 1ZVHL 3FE0A 3P64A 2BQBA 4NWHA 1LMAA 1D9UA 2I6ZA 1HEWA 1B9OA 3W6AA 1XEKA 3AB6A 1B0DA 1GE2A 5HMJA 1HHLA 3TXFA 1CJ6A 2LYOA 4LYBA 1BB7A 5LYMA 4NGKA 4BS7A 1JJ3A 1GHLA 2CJLA 3RW8A 4CJ2A 1REYA 1B7QA 2Z2FA 2ZYPA 3WMKA 1GBYA 1OUHA 4G9SA 1GBXA 1IIZA 1JITA 2Q0MX 4HJVA 1A2YC 4M6DA 4YEMA 4J1AA 1HEQA 3WUNA 1GB7A 3A91A 2YSSC 4L41A 1IWWA 2LYMA 2ZIKA 1GXV2 4GLAA 4LFXA 4AXTA 1DZBX 4C3WA 4NG1A 1BQLY 3LYMA 1IOQA 3AGHA 4OOTA 3LZ2A 1WTNA 3CSQA 4YM8A 1LYZA 4XJBA 3EO5A 5F14A 1VATA 1B5YA 2N5ZA 3HBHA 5FEKA 1BHZA 3CT5A 1NMMA 5KXNA 4HPEA 1LJKA 4N9RA 3LYZA 5L9JA 1BWIA 1XFPL 3BKVA 1UUZC 1ZV5L 1GB8A 1C43A 1GF5A 2W1XA 1REXA 7LYZA 8LYZA 3W6FA 5LAFA 1LMCA 1IR9A 3B0KA 9LYZA 3A6CY 4DD2A 5L3IA 1KXYA 1FLUA 3SP3A 1QTKA 3B6LA 1B2KA 4NGYA 1LJ4A 2EIZC 3BKHA 2EQLA 4W96A 2DQEY 2LHMA 5J7CA 2XTHA 4X3BA 4FJRA 1JUGA 4N8ZA 1UICA 1LJIA 1LZDA 3LYOA 5F81A 1GFRA 1OUIA 5KXYA 4HJZA 2Z19A 4EOFA 4H9BA 3WXTA 2BLYA 5II3A 4PGJB 1ALCA 4TUNA 4WL6A 3N9CA 5DL9A 1CKFA 3W3EA 1LOZA 1NQIA 4J1BA 5DM9A 4GCCA 5LVGA 1GE1A 1LSCA 4R6CA 1C45A 4ML7A 4GCEA 6LYTA 1AT5A 2ZYCA 1IP3A 5KKIA 3B72A 1C08C 5KXLA 1IWUA 3D3DA 1DQJC 4IATA 3GXRA 2Z39A 1UIEA 1GFHA 5HNLA 2DQIY 1JHLA 3CT1A 3QY4A 1LSPA 1XGTC 2CWIA 1J1PY 3OK0A 1GBZA 4LZTA 1WQNA 4DDBA 5ILFA 4WM2A 4M4OA 3G3BB 1EQ5A 1IC5Y 1F0WA 3J6KA 2BQAA 4DD1A 4H91A 4DD9A 1IWXA 3P66A 2HTXA 3TXBA 5I54A 4OWHA 153LA 3G3AB 1JTOL 3AW7A 1LSZA 2BQLA 4TX7A 1LJFA 3TXKA 5C6LA 5I4XA 1IWVA 5KXKA 1YQVY 3B0IA 4HSFA 5HNCA 3TXEA 1DI4A 2LZ2A 3AGIA 2BQHA 2MEBA 1B5VA 4J7VA 1NKHA 2DQGY 1FBIX 1OUAA 4DD3A 5KJ9A 1LYOA 1LHKA 2C8PA 2D91A 2I25L 1GEZA 1UA6Y 1CNSA 1UIAA 2BQJA 1VAUA 5KXOA 3P65A 4RLNA 1HMLA 2X0AA 2AUBA 1TAYA 1GFJA 4TSCA 4NGLA 4ET8A 1LJHA 2HU3A 2ZWBA 3RNXA 4J0LA 1OUGA 1QSWA 2Z38A 4WM4A 4NHTA 5A3ZA 1LHHA 5IDDA 5F9UA 5I4WA 1LZGA 1WQPA 2HEDA 3GXKA 1B7LA 2HU1A 1GF8A 1IO5A 3TMXA 4NFVA 4CGEA 4N1EI 1YAQA 1AZFA 1GF3A 1NHEA 1B7PA 1LMPA 2PC2A 4KL7A 4WLXA 3WYHA 2BQOA 2LZTA 4UWNA 5LA5A 1CKGA 5B06A 5EBHA 1LZTA 1RE2A 4MSTA 1V7TA 1DI3A 3TXHA 2ZQ3A 2D6BA 1LSGA 3VWOA 5KY1A 1QUTA 1LZ9A 3OJPA 1QTEA 1HF4A 1YL0X 1T6VL 1HSXA 1LCNA 1HENA 4OWBA 4XADA 1GWDA 1GFVA 2I26L 1IY4A 4GLVA 4NSJA 1IOCA 1IP7A 3EBAB 1LHMA 2D4JA 4II8A 3IWRA 1GE0A 4WMGA 1HSWA 1N4FA 3A93A 1BGIA 1BB4A 1UIBA 1BB3A 4HTNA 5FCPA 4C5FA 1YAOA 1CJ8A 3A96A 1J1OY 4XENA 1HEMA 1QIOA 3T36A 3TMUA 1IP6A 4EMNA 4D9ZA 5HLLA 2W1MA 1I20A 4YOPA 1GF9A 1IC7Y 3J4GA 1GDXA 2B5ZA 208LA 4LT2A 1CKDA 3TXIA 4KPMA 4OWAA 1RFPA 1UACY 1KIPC 1LZNA 4WG1A 3WVXA 5DN5A 1IR8A 4ETCA 2MEAA 2ZQ4A 3A95A 1HERA 2W1YA 4XJDA 4HPIA 1LZEA 3QE8A 3HBDA 1VDPA 2WARA 3AW6A 3KAMA 2Z37A 2W1LA 3TXGA 4E3UA 5IHGA 1ZVYB 4H9AA 2Z12A 5KXSA 1YIKA 1PZYA 2XJWA 4LT0A 5B59A 1WQRA 1B7RA 3A94A 5LXWA 4NGOA 5LVJA 193LA 4H8ZA 4GCBA 1D6PA 5APDA 3CT0A 4ZEEA 4ZIXA 4LGKA 4BAPA 4DWXA 5KXWA 1HFYA 2YBLA 4WG7A 4HV2A 1LHLA 1GFKA 3ZVQA 4H94A 2BPUA 5IELA 2XBRA 2ZIJA 4PPOA 1VDTA 1JSFA 4H92A 4WM3A 4WM1A 5KXMA 1TEWA 2A7FA 1FLYA 1OUBA 2D4IA 3RT5X 1XGUC 1LZ6A 1LSEA 1RJCB 4NGIA 4PRQA 1QQYA 5LVHA 1OUJA 4MCKA 4NGJA 5M1YA 1HEPA 1LHIA 1SQ2L 3A6BY 3T6UA 4QDNA 5F9XA 1LYYA 3TXDA 4B4JA 4YENA 6LYZA 5HQ1A 4H1PA 1I1ZA 1YL1X 4N5RA 3IJVA 1WVVA 1LSBA 3M3UA 4W94A 1KIRC 4HTKA 4LYCA 1RI8B 1GFEA 2BAAA 2MEGA 1IWZA 1DKKA 3ATOA 4QGZA 1BB5A 4CFPA 4DD0A 5C6JA 1IOSA 4R0FA 1HELA 1LKRA 5I5QA 1LZ1A 1BB6A 3AZ6A 2YBJA 4CFOA 1JIYA 5LVIA 4LT3A 3WW6A 4QEQA 1C10A 1MLCE 1WQQA 2DQDY 1IP4A 4BAFA 2MEDA 5FHWA 3AZ7A 5E4PA 4NIJA 3WUMA 1HEOA 3CQLA 3D9AC 4H9IA 5KXPA 5LIOA 1GDWA 1LZCA 1VDSA 3EXDA 3WU8A 1GEVA 3WH1A 1JKAA 4H93A 5B1GA 3WW5A 4H90A 4GN3A 4G4CA 3WUAA 1UC0A 2G4NA 1LSFA 2DQAA 2BQEA 1GF6A 1OP9B 1P2CC 1KXWA 3RU5A 5L3HA 5DN4A 5B07A 1HFXA 2BQKA 1WQMA 4ETEA 2VB1A 3P68A 1VFBC 4G4HA 2Y8PA 3WL2A 1NDGC 4B4IA 1EQEA 1LJ3A 3WPKA 5HMVA 1BWJA 1LJEA 1XGPC 1GE3A 4DDCA 4GN4A 1J1XY 4HTQA 5I4YA 2ZNXY 4YF2A 1JEFA 4LYMA 1UCOA 2FYDA 4NHQA 2MEIA 1GF4A 1YANA 5LVKA 1A4VA 1YKXX 2CDSA 3ATNA 1GXXA 1DPXA 1NDMC 1EL1A 3B0OA 3WU7A 1G7IC 1D0LA 2YBIA 4XJFA 3N9AA 4WO9A 1HFZA 1LTMA 3F6ZA 2BQGA 154LA 4DDAA 1GF7A 1IP2A 1GB9A 4H9EA 1LJJA 1LMNA 1NF5A 2YBMA 3WVYA 1IY3A 1LSMA 1BVKC 5JENB 1IWYA 1LSYA 2MEEA 4I8SA 3HFMY 1QSAA 2FBDA 3ULRA 1LZSA 1IORA 1WVUA 3W6CA 2F4GA 1SLYA 1TDYA 4LYOA 1NBYC 3IJUA 4NHIA 1H87A 4OWCA 194LA 1YROA 1LHJA 4GN5C 2DQHY 1FLWA 2G4PA 1C7PA 4G49A 2YDGA 1LPIA 4DT3A 4KT3A 4WM6A 4B0DA 2F2NA 4G4BA 3FI7A 4B1AA 4NHSA 1NWGA 1LJGA 1V7SA 3W6EA 4IJ4A 1LMOA 2YBNA 4NSHA 1JSEA 3LZTA 4UWUA 3N9EA 1GF0A 2DQFC 4H8YA 4AGAA 1QUSA 1LKSA 2BQDA 1QDRA 1LSNA 4RW1A 5APEA 1B7NA 5APCA 4WO6A 1GFTA 2HECA 1I56A 1Z55A 1KIQC 1OQMA 5D5CA 4DYGA 4Z46A 1B5XA 1OUEA 4LYZA 1HNLA 1GB6A 1T3PA 2HEBA 1GB5A 2BQMA 3AJNA 5FDJA 1YILA 1JWRA 3M18B 5FELA 1FKQA 4RLMA 1LSDA 1WQOA 2DBTA 1GB2A 1LSAA 1OUFA 1B7MA 3TXJA 135LA 1G7LC 1GBSA 1NBZC 1XGRC 2C8OA 4IASA 1XSFA 4ETDA 2ZNWY 1LAAA 4GCDA 1DXJA 2EPEA 2BQNA 4WLDA 2BQCA 3A8ZA 1AM7A 4BADA 4UWVA 1JJ1A 1H6MA 1G7MC 1HMKA 2H9KA 4PHIA 5I53A 2G4QA 1LYSA 5KXXA 2NWDX 5T3FA 4DD7A 1RCMA 4H9CA 1IEEA 1TBYA 1FKVA 3W6DA 5LYTA 2BLXA 3ZVQB 2MECA 4NGVA 1BWHA 1LZ5A 4N1CC 1TCYA 2H9JA 2FYCA 5KKJA 5FSTA 5B1FA 2HEEA 5A3EA 1BVXA 1UBZA 1F6SA 4U3XB 1UIFA 4TSBA 4ETAA 3MGWA 1LZ8A 4WL7A 5LYZA 1LJNA 1B7SA 1CKCA 1CJ7A 1W6ZA 4LYTA 5AMYA 2Z2EA 4WOAA 132LA 1IR7A 4XN6A 4Z3MA 3HBEX 1GBWA 4GCFA 4RDSA 1DI5A 3QNGA 1LZYA 3LYTA 1IVMA 1E8LA 1XEJA 3CB7A 1OUCA 3LN2A 1W08A 2H5ZA 4XYYA 5D5FA 4Z98A 4NWEA 1XEIA 1D6QA 1QDTA 4FDYA 2RSCA 1F10A 1REMA 1DPWA 1G7JC 1YAPA 4XJGA 1B7OA 4HP0A 1GFGA 4MR1A 1UIGA 4A7DA 3RZ4A 4OOOA 1JKDA 4NGWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
110LA 1C60A 1VDQA 149LA 4WM5A 3CSRA 3AYQA 4OW1A 2QARC 180LA 2B70A 1AKIA 1YKZX 4NSGA 1ZMYL 1IP1A 197LA 2EKSC 1JKCA 1L46A 1UIDA 1L64A 4W57A 1L89A 4H9HA 5K7OA 4I7OA 5KXRA 2A7DA 2RBRA 4I0CA 3DN2A 4HV1A 5APFA 3WXUA 4P2EA 2F30A 1JKBA 2F32A 1C6JA 1L72A 2XBSA 3SB5A 4CHXA 3A67Y 4KXIA 247LA 1VEDA 1L75A 4NY5A 4EKQA 1LW9A 1QT7A 178LA 184LA 1KY1A 4B49A 120LA 3TMVA 3CDVA 4PJ2C 1L32A 1CU0A 2BQBA 1D9UA 1PQIA 3W6AA 3AB6A 5LYMA 1L49A 2LYOA 4LYBA 4BS7A 1L10A 2CJLA 3RW8A 1IIZA 1L38A 3NYAA 3A91A 2YSSC 1L04A 216LA 2ZIKA 233LA 1BQLY 3LYMA 3AGHA 3DNAA 1T8FA 213LA 3CSQA 1LYZA 3EO5A 1L0JA 1D3FA 5KXNA 4HPEA 211LA 2B6ZA 3GUKA 1UUZC 1GB8A 2W1XA 3W6FA 4DD2A 1CU6A 3SP3A 4W53A 4NGYA 1LZDA 3LYOA 1OUIA 5KXYA 2Z19A 3WXTA 5II3A 4WL6A 1LOZA 5LVGA 4R6CA 1AT5A 190LA 2ZYCA 212LA 5KXLA 1L02A 3D3DA 231LA 1UIEA 1GFHA 1XGTC 1J1PY 3SB9A 4LZTA 164LA 1D2WA 5ILFA 4WM2A 3G3BB 1IC5Y 2BQAA 3GUOA 4DD1A 1L56A 259LA 5I54A 189LA 153LA 209LA 3G3AB 5KXKA 1LSZA 1LJFA 5I4XA 1YQVY 2LZ2A 3HH5A 2DQGY 1FBIX 1GEZA 1VAUA 2AUBA 4TSCA 1GFJA 4NGLA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2HUB A;  1UIH A;  1VDQ A;  1GD6 A;  4WM5 A;  1JTP L;  1YAM A;  3CSR A;  1D0M A;  3AYQ A;  4OW1 A;  2IFF Y;  1AKI A;  1LZB A;  2DQC Y;  2F4A A;  4NGZ A;  1YKZ X;  4TTD A;  3A34 A;  1LZ4 A;  1OUD A;  3CSZ A;  1JJ0 A;  2HEA A;  4NSG A;  1ZMY L;  3A3Q A;  1IP1 A;  2Z18 A;  4XJI A;  4H8X A;  2EKS C;  4NG8 A;  3W6B A;  1F6R A;  1FDL Y;  4PRU A;  207L A;  1IOT A;  1INU A;  3A92 A;  1WTM A;  1JKC A;  2D4K A;  1C46 A;  3WU9 A;  1LZA A;  1UID A;  1DKJ A;  1GAZ A;  4TWS A;  4QY9 A;  5KXZ A;  4NHP A;  5ILC A;  5LA8 A;  3WPL A;  1B5W A;  5F16 A;  4WLY A;  1YKY X;  1GFU A;  1JPO A;  4ET9 A;  5LIN A;  1LMT A;  4H9H A;  5K7O A;  4RW2 A;  5KXR A;  2A7D A;  3LHM A;  2YVB A;  4I0C A;  4ANR A;  2MEH A;  3AGG G;  2GV0 A;  3P4Z A;  4LT1 A;  4HV1 A;  1GBO A;  4NEB A;  2MEF A;  1B5U A;  134L A;  2BQF A;  4YEO A;  2YBH A;  1AT6 A;  5APF A;  3WXU A;  3E3D A;  4B4E A;  1REZ A;  3K3T A;  1EQ4 A;  5LAG A;  4P2E A;  5KXT A;  2FBB A;  1GAY A;  2CGI A;  2F30 A;  1JKB A;  4DC4 A;  1IC4 Y;  4OWE A;  1KXX A;  1GE4 A;  1O23 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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