1GFVA

Crystal structure of mutant human lysozyme substituted at the surface positions
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWNAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Positive contribution of hydration structure on the surface of human lysozyme to the conformational stability.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 49
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1gfvA00
1IWXA 1NWGA 4LYZA 1DKJA 4WO9A 1ALCA 1LSGA 4M6DA 1FKVA 3G3AB 4WLXA 1XGRC 1I1ZA 4BAFA 2WARA 5KXOA 4DD3A 2BLXA 153LA 2FBDA 1GE1A 1SQ2L 4XADA 1VDTA 1HSXA 2DQCY 4TUNA 3TXDA 1KIRC 1UIDA 3TXKA 4OOOA 4GN5C 2CWIA 4H9HA 1GXV2 1LZ4A 1IP7A 2EIZC 5I53A 4C5FA 4CFOA 2ZIJA 1YIKA 1UACY 3A95A 4YOPA 2Z2EA 1GF4A 2Z2FA 3ULRA 5J7CA 6LYZA 1UIAA 4WM5A 5I5QA 5IELA 5FEKA 4NG8A 4DD9A 3CB7A 1D6QA 1BQLY 3HBHA 2EPEA 4H9BA 134LA 1HEQA 1LSFA 2BQMA 1CNSA 1IOTA 1BB7A 3P66A 1B5UA 1LCNA 4H93A 1GFHA 3AZ7A 1LMAA 1CKCA 3HBDA 4RW2A 4YM8A 3WH1A 1TCYA 4HJVA 5KJ9A 1OQMA 1B5YA 1OUEA 3AZ6A 2H9JA 1GB2A 1BVKC 3TMUA 1JTOL 4KXIA 1B9OA 2BQAA 1WTNA 4UWNA 1GPQC 2W1LA 3K3TA 1ZVYB 4LYCA 5DN4A 3TMVA 3ZVQA 2YBIA 4NHIA 1GE4A 3W6AA 5FDJA 2Q0MX 5LYMA 3TXBA 3QY4A 5KXNA 1IO5A 2BQCA 4B49A 3P4ZA 1IWZA 2B5ZA 4WM3A 3WU9A 1JKAA 4LYOA 1YL0X 4OW1A 4G9SA 2DKVA 1I20A 1IY3A 1LSYA 1YAPA 5IHGA 2BQJA 4DDAA 2MEBA 3M18B 5C6IA 3A96A 1JJ1A 4WL6A 3EXDA 3MGWA 1IP5A 1GBYA 2YBMA 4MR1A 1B7PA 4XJFA 5ILCA 1WQOA 4KL7A 3OK0A 1HEMA 2PC2A 3A8ZA 4XJHA 1GB5A 3J4GA 1DZBX 2F4AA 3LHMA 1GBWA 1C10A 3A3RX 4NGIA 3A90A 4WO6A 1UICA 5LVKA 135LA 4NHSA 1LZGA 1BGIA 1LAAA 3IWRA 2LHMA 3W6CA 1YANA 2CDSA 3KAMA 2BQOA 2ZQ4A 5LYZA 3WW5A 3TXIA 4GLVA 1LJNA 193LA 1JIYA 1LHKA 1OUHA 1T3PA 1IOCA 3LZ2A 4LYTA 3WXTA 1UIFA 3A92A 4G4BA 4TWSA 5DM9A 4Z3MA 1HFYA 1PZYA 3W3EA 4J7VA 1LJFA 1B7RA 5E4PA 1E8LA 1F10A 2D4IA 2EKSC 3LYOA 2BLYA 3A91A 3WU8A 4N0JA 1LZRA 5LXWA 1C46A 1FN5A 4LT1A 1BWJA 3WULA 2LZTA 5APCA 5D5CA 1HEOA 3CSZA 2I26L 4Z41A 2G4QA 4B4EA 3T6UA 2HTXA 3EMSA 5LVGA 4QDNA 3EBAB 1B2KA 1CKDA 4IATA 1LSNA 154LA 3A67Y 1RJCB 3A6CY 4WM6A 1GBSA 5I54A 1GFRA 2BQHA 2LYZA 1LSMA 5KKIA 2CJLA 4GCCA 1RE2A 2DQAA 1QTEA 4G4HA 3A6BY 3TMWA 1CKGA 2EQLA 1XEJA 4TSBA 4IASA 4LYBA 2Z37A 2Z19A 1B7SA 4XJIA 1NF5A 1LJ4A 1IWTA 1GXXA 1GBXA 3P64A 4NHTA 4H9EA 4W94A 3GXKA 3WUMA 4NWHA 1GDXA 1YL1X 4H92A 4LYMA 4N5RA 1JKCA 3FI7A 1IP4A 1FKQA 5F81A 1GEVA 3RW8A 5B1GA 2HEBA 3TXHA 2H5ZA 1GB8A 2DQIY 1KIQC 4MCKA 1LHIA 5HMJA 1GBOA 1LZ9A 3EO5A 5K7OA 1GFTA 1VDQA 3LZTA 4H8XA 2Z12A 3D9AC 3WPJA 1HFZA 4H91A 1DKKA 2ZQ3A 4FDYA 194LA 2YSSC 2AUBA 4YF2A 2YVBA 4X3BA 2XJWA 1GE2A 1IP2A 1QDRA 208LA 2MEGA 2FBBA 1UA6Y 3QE8A 4DD1A 1LJJA 3SP3A 3WUNA 1GDWA 1PS5A 4NGKA 3WPKA 5JENB 4GN3A 4LGKA 1FLWA 5DN5A 1P2CC 1YAQA 1GF5A 1AM7A 1YAMA 2C8OA 2LZ2A 1EQEA 3AW7A 3AW6A 2YBLA 3G3BB 1LYOA 1REXA 4PJ2C 3VWOA 5I4YA 3OJPA 2A7FA 1D0KA 1LTMA 2HEDA 4NHPA 1TEWA 1UIHA 1QTKA 4B4IA 5FELA 1OUJA 4XJGA 4H9AA 4OWCA 1N4FA 2HEFA 1LMPA 1JUGA 4NG1A 4G4CA 2ZNWY 5L9JA 1G7LC 1HFXA 1LHLA 5FHWA 4DDBA 4NGLA 3ATNA 4HTNA 4DYGA 2GV0A 4NGJA 5A3ZA 1IR8A 1BB4A 3B0OA 5KXKA 5I4WA 1VFBC 5LIOA 4B0DA 2BQLA 1LJHA 1LSCA 1AT5A 1GAZA 1LKRA 1SLYA 2C8PA 4G49A 4P2EA 1JKDA 1LMTA 1H87A 1CJ9A 1REMA 4BAPA 1IIZA 2HU1A 2W1XA 5B1FA 1HMLA 1BB6A 1FLYA 3WW6A 4LFXA 1B7OA 1TAYA 1YKZX 1HHLA 1YROA 1Z55A 1GFGA 2RSCA 1MELL 4ML7A 2YBHA 2DQGY 1FBIX 1LZ6A 3IJUA 1QSWA 1HEPA 1UIGA 5AMYA 4H94A 5FCPA 5LA5A 3WVYA 2ZILA 1YKXX 1GB9A 1GB0A 2I6ZA 1LMOA 1GF6A 2XBSA 1OP9B 1UCOA 2D91A 4ETCA 1JTPL 1GFKA 3P68A 5KKJA 1HNLA 3B0IA 4C3WA 1GEZA 4DDCA 2DQJY 1JISA 4OWBA 4H9FA 4WOAA 1HMKA 4HPIA 3QNGA 4J0LA 1H6MA 4ZIXA 1REZA 3W6FA 1IWUA 5L3IA 4MSTA 1AT6A 2MEDA 1QSAA 1F6SA 2HU3A 1LYSA 4NIJA 4XJBA 1A2YC 1IP3A 3TXEA 1B5ZA 4J1AA 1B0DA 1LZYA 3CSRA 1LSDA 3ZVQB 133LA 1UC0A 1WQQA 2Z18A 3CT0A 4H9IA 4OWHA 4I0CA 1DI4A 1XGPC 2D4JA 3LYZA 3B72A 1AKIA 1OUGA 5KXWA 3E3DA 1LSPA 1IP1A 1B5XA 2HECA 1IC7Y 1GFEA 4UWVA 3ATOA 1LSEA 3CT5A 4NFVA 5HLLA 4H9CA 4PRQA 4HTQA 1UUZC 1LSZA 1LZBA 1XFPL 1NDGC 4NHQA 3WPLA 1W08A 3AGGG 3BKHA 4WLDA 1HELA 4HV1A 2DQHY 3HBEX 3HFMY 2BQNA 1KXWA 1NQIA 3AGHA 1GFJA 5KXTA 4DT3A 2F4GA 3WMKA 1INUA 1V7TA 3CSQA 4NGVA 2BQBA 1V7SA 4NSGA 3WL2A 3BKVA 3TXJA 1HENA 4WM2A 2DQEY 2Z38A 5APEA 4AGAA 1BVXA 1CKFA 1B7MA 1LJEA 1REYA 3A3QA 4LFPA 1LZSA 4O34A 1F6RA 1IWYA 3D3DA 5LYTA 1LHJA 1LSAA 1NHEA 5B07A 1BWHA 3LYTA 1HERA 4WMGA 5F14A 1GB3A 3A34A 1WVVA 1JSFA 1GE0A 1OUIA 1AZFA 1LHHA 1MLCE 4NEBA 1C7PA 1EQ5A 2ZWBA 5F9XA 4CFPA 2BPUA 4NY5A 3T36A 1XGUC 3B0KA 4TX7A 4R0FA 3CQLA 4ZEEA 4GLAA 1J1OY 3ZEKA 4N8ZA 1GF3A 5KXPA 1IOQA 4DC4A 3RT5X 1IOSA 1LJGA 1LYZA 1LMNA 2XTHA 1D9UA 3AJNA 3CT1A 1GAYA 4XJDA 1LHMA 3TMXA 4B4JA 3A93A 1W6ZA 4NGOA 4OOTA 4EOFA 1LMQA 1B5VA 4HJYA 4HP0A 4II8A 1FDLY 1IR9A 2BQKA 3AYQA 4N1EI 2I25L 1OUBA 2ZYCA 1LOZA 3M3UA 2BQFA 3AB6A 3GXRA 5D5FA 4WL7A 5IDDA 3W6BA 3WU7A 2D4KA 5ILFA 1LJ3A 5LVIA 1XSFA 3RNXA 1T6VL 1JWRA 1WQRA 5KY1A 3J6KA 5B59A 1NMMA 4RW1A 5EBHA 5LA8A 1A4VA 3WUAA 1DPWA 4PRUA 1NDMC 1IP6A 4NGZA 5E9RA 2Z39A 1ZMYL 1CKHA 4XN6A 4NWEA 2F30A 1GFVA 1RFPA 4OWEA 1BB5A 1VDPA 3N9AA 1YAOA 4N9RA 1YQVY 1GBZA 1JHLA 1EQ4A 1LJIA 4LZTA 1HF4A 1KIPC 2H9KA 2FYCA 1NBYC 2N5ZA 4DWXA 5KXYA 4LT0A 2Y8PA 1LZTA 3W6EA 1GF7A 1IEEA 1OUDA 2IFFY 1G7IC 4N1CC 4BADA 5KXXA 207LA 5DL9A 1ZVHL 4KPMA 1LMCA 2FYDA 1QIOA 5C6LA 1C45A 1F0WA 4W96A 4ETBA 4GCDA 1HSWA 5T3FA 1JJ3A 1LZ1A 1LZAA 1LYYA 1VAUA 8LYZA 1LZDA 1O23A 4CJ2A 1OUCA 5A3EA 4ETEA 1ZV5L 5B05A 1JEFA 4NGWA 2MEFA 4TSCA 2BQDA 2BQGA 3AGIA 2VB1A 2A7DA 4DD0A 3AZ5A 4WLYA 4QGZA 5APFA 1XEKA 1LSBA 1GB6A 1D0LA 4DD7A 1LZCA 1GE3A 1QUTA 4ET8A 1HC0A 2MEEA 4GCEA 3N9EA 4GCBA 5II3A 5LAFA 2HUBA 1IC5Y 4U3XB 1QDTA 4YEOA 4H1PA 2X0AA 3LN2A 4TTDA 4ETDA 4EMNA 5L3HA 5LVHA 1GB7A 1EL1A 1VATA 4PHIA 1LZ5A 1D6PA 4ETAA 4M4OA 1VEDA 3WVXA 4WM4A 1WQMA 3FE0A 5KXSA 1IWVA 4XENA 4RLMA 1FLUA 4D9ZA 4A7DA 5HMVA 2CGIA 1LKSA 4B1AA 1WQNA 4GN4A 1CJ8A 4ZFPA 1BB3A 5HNLA 1CJ6A 1JPOA 2ZNXY 1IVMA 2ZIKA 4NGYA 4OWAA 4ANRA 6LYTA 1GWDA 1TBYA 1UBZA 2G4PA 2YBJA 3WXUA 1D0MA 1B7NA 1UIEA 1OUFA 1DQJC 1LZNA 4H8ZA 1LJKA 4KT3A 4AXTA 5LAGA 1UIBA 5I4XA 9LYZA 4WM1A 3A94A 3W6DA 5FSTA 5M1YA 4E3UA 4Z98A 2D6BA 1DXJA 1IC4Y 4FJRA 3LYMA 5F16A 4QY9A 4CGEA 2XBRA 5KXLA 1OUAA 1LZEA 2NWDX 4NSIA 4RLNA 1IR7A 2W1YA 4WG1A 1G7JC 4HPEA 4LT2A 2HEAA 2BQIA 3TXGA 2IHLA 1JKBA 1GF9A 1RI8B 2MEIA 1XGTC 2DQFC 3TXFA 1XGQC 2DQDY 3B6LA 4H90A 1YILA 4IJ4A 3P65A 5KXRA 1BWIA 5LVJA 1GHLA 1GF8A 4H8YA 4HV2A 4GCFA 4CHXA 5B06A 3RZ4A 1NBZC 1B7LA 5DLAA 2LYOA 2ZYPA 4XYYA 5C6JA 2MEAA 2W1MA 4HSFA 5APDA 4NSHA 4DD2A 1JITA 1GD6A 1NKHA 4Z46A 5HNCA 4L41A 1JTTL 1GFUA 1FLQA 2YDGA 1DPXA 5KXMA 3RU5A 1C08C 4UWUA 2YBNA 3WYHA 1GF0A 1GFAA 1WQPA 2MECA 2BQEA 4RDSA 5F9UA 1VDSA 1LPIA 4QEQA 5LINA 132LA 4WG7A 3F6ZA 1BHZA 1JJ0A 1IORA 2G4NA 4WLTA 2DBTA 2F2NA 4YENA 1LZ8A 4J1BA 1WTMA 3AZ4A 7LYZA 1DI3A 1IX0A 1G7MC 1KXYA 1WVUA 1IWWA 1JSEA 4PGJB 3N9CA 4HTKA 1XEIA 1CJ7A 4PPOA 4I8SA 2BAAA 1B5WA 1J1PY 1IY4A 2MEHA 5KXZA 1B7QA 1J1XY 1KXXA 5HQ1A 1TDYA 4NSJA 4ET9A 4HJZA 1QQYA 1HEWA 1RCMA 1YKYX 2HEEA 3IJVA 4R6CA 1DI5A 1C43A 1I56A 1QUSA 1G7HC 4YEMA 2LYMA 4BS7A 4LT3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
122LA 4WO9A 1ALCA 250LA 247LA 173LA 1SWZA 2WARA 5KXOA 3ODUA 1L74A 153LA 1L33A 1HSXA 1QT4A 1L63A 2CWIA 4H9HA 1PQJA 2EIZC 240LA 2ZIJA 3GULA 1YIKA 1UACY 3A95A 2Z2EA 128LA 5FEKA 4DD9A 1L02A 3HBHA 2EPEA 134LA 1HEQA 1LSFA 1IOTA 4H93A 4RW2A 3HBDA 4YM8A 1TCYA 4HJVA 5KJ9A 1B5YA 1L79A 3TMUA 3CDVA 2L78A 4KXIA 1B9OA 4DKLA 4LYCA 3ZVQA 2YBIA 1GE4A 5FDJA 2BQCA 3P4ZA 182LA 1L19A 242LA 2DKVA 5IHGA 1SSYA 2MEBA 1LYDA 2NTHA 4MR1A 4ARMA 1WQOA 2PC2A 104LA 2F4AA 1GBWA 3A3RX 4NGIA 3A90A 1CU2A 3DN8A 1PQMA 170LA 1BGIA 3IWRA 3GUOA 3KAMA 2BQOA 2ZQ4A 1L70A 4GLVA 1L24A 1L29A 1QS5A 3WXTA 3C81A 1UIFA 5DM9A 4G4BA 3C8QA 1F10A 2RBSA 2D4IA 4N0JA 1CV5A 1C46A 3CDOA 3DN0A 1QT6A 1QSBA 4QDNA 3EBAB 1LSNA 3A67Y 175LA 4I7LA 5I54A 1GFRA 5KKIA 2CJLA 2DQAA 3TMWA 1CKGA 1TLAA 1L75A 2Z37A 140LA 1EPYA 1L91A 3P64A 1CTWA 1GDXA 1JKCA 3SB8A 3FI7A 1IP4A 1GEVA 1CV1A 5B1GA 1LYEA 1D3FA 2DQIY 1KIQC 3D9AC 4FDYA 4X3BA 2XJWA 257LA 3HH5A 1UA6Y 1WTHA 3SP3A 1PS5A 4LGKA 1L97A 1AM7A 2C8OA 165LA 1LYOA 3OJPA 1TEWA 1QTKA 4B4IA 3FI5A 2ZNWY 233LA 1HFXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1IWX A;  1NWG A;  4LYZ A;  1DKJ A;  4WO9 A;  1ALC A;  1LSG A;  4M6D A;  1FKV A;  3G3A B;  4WLX A;  1XGR C;  1I1Z A;  4BAF A;  2WAR A;  5KXO A;  4DD3 A;  2BLX A;  153L A;  2FBD A;  1GE1 A;  1SQ2 L;  4XAD A;  1VDT A;  1HSX A;  2DQC Y;  4TUN A;  3TXD A;  1KIR C;  1UID A;  3TXK A;  4OOO A;  4GN5 C;  2CWI A;  4H9H A;  1GXV 2;  1LZ4 A;  1IP7 A;  2EIZ C;  5I53 A;  4C5F A;  4CFO A;  2ZIJ A;  1YIK A;  1UAC Y;  3A95 A;  4YOP A;  2Z2E A;  1GF4 A;  2Z2F A;  3ULR A;  5J7C A;  6LYZ A;  1UIA A;  4WM5 A;  5I5Q A;  5IEL A;  5FEK A;  4NG8 A;  4DD9 A;  3CB7 A;  1D6Q A;  1BQL Y;  3HBH A;  2EPE A;  4H9B A;  134L A;  1HEQ A;  1LSF A;  2BQM A;  1CNS A;  1IOT A;  1BB7 A;  3P66 A;  1B5U A;  1LCN A;  4H93 A;  1GFH A;  3AZ7 A;  1LMA A;  1CKC A;  3HBD A;  4RW2 A;  4YM8 A;  3WH1 A;  1TCY A;  4HJV A;  5KJ9 A;  1OQM A;  1B5Y A;  1OUE A;  3AZ6 A;  2H9J A;  1GB2 A;  1BVK C;  3TMU A;  1JTO L;  4KXI A;  1B9O A;  2BQA A;  1WTN A;  4UWN A;  1GPQ C;  2W1L A;  3K3T A;  1ZVY B;  4LYC A;  5DN4 A;  3TMV A;  3ZVQ A;  2YBI A;  4NHI A; 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 4FJR A;  3LYM A;  5F16 A;  4QY9 A;  4CGE A;  2XBR A;  5KXL A;  1OUA A;  1LZE A;  2NWD X;  4NSI A;  4RLN A;  1IR7 A;  2W1Y A;  4WG1 A;  1G7J C;  4HPE A;  4LT2 A;  2HEA A;  2BQI A;  3TXG A;  2IHL A;  1JKB A;  1GF9 A;  1RI8 B;  2MEI A;  1XGT C;  2DQF C;  3TXF A;  1XGQ C;  2DQD Y;  3B6L A;  4H90 A;  1YIL A;  4IJ4 A;  3P65 A;  5KXR A;  1BWI A;  5LVJ A;  1GHL A;  1GF8 A;  4H8Y A;  4HV2 A;  4GCF A;  4CHX A;  5B06 A;  3RZ4 A;  1NBZ C;  1B7L A;  5DLA A;  2LYO A;  2ZYP A;  4XYY A;  5C6J A;  2MEA A;  2W1M A;  4HSF A;  5APD A;  4NSH A;  4DD2 A;  1JIT A;  1GD6 A;  1NKH A;  4Z46 A;  5HNC A;  4L41 A;  1JTT L;  1GFU A;  1FLQ A;  2YDG A;  1DPX A;  5KXM A;  3RU5 A;  1C08 C;  4UWU A;  2YBN A;  3WYH A;  1GF0 A;  1GFA A;  1WQP A;  2MEC A;  2BQE A;  4RDS A;  5F9U A;  1VDS A;  1LPI A;  4QEQ A;  5LIN A;  132L A;  4WG7 A;  3F6Z A;  1BHZ A;  1JJ0 A;  1IOR A;  2G4N A;  4WLT A;  2DBT A;  2F2N A;  4YEN A;  1LZ8 A;  4J1B A;  1WTM A;  3AZ4 A;  7LYZ A;  1DI3 A;  1IX0 A;  1G7M C;  1KXY A;  1WVU A;  1IWW A;  1JSE A;  4PGJ B; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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