1GPQC

Structure of ivy complexed with its target, hewl
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure and Evolution of the Ivy Protein Family, Unexpected Lysozyme Inhibitors in Gram-Negative Bacteria.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INHIBITOR OF VERTEBRATE LYSOZYME
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Escherichia coli
total genus 48
structure length 127
sequence length 127
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2001-11-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1gpqC00
1IP3A 1LSMA 1GB7A 4XJDA 3D9AC 1UBZA 4NIJA 1IC5Y 1EQ5A 1QTKA 1DZBX 2ZNWY 3ATOA 3TXHA 1CJ9A 1KXYA 1NKHA 3B6LA 4LT3A 1UA6Y 4NGOA 4NWHA 2F4GA 5T3FA 4NHTA 1QUTA 1XFPL 4M6DA 4DYGA 1UICA 2BQHA 1UIDA 4N0JA 2Z38A 4WL7A 1YROA 2YSSC 5KXZA 4N9RA 4CJ2A 4QY9A 5E9RA 3J4GA 4DD0A 3BKHA 4HJVA 1GBXA 2DQCY 4I8SA 1LZ9A 4YF2A 4H9IA 4XJFA 3LYOA 3RT5X 2FBDA 4QGZA 1BB5A 4CFOA 4RDSA 1GB2A 4TWSA 1LMCA 1XGPC 1VDTA 3CQLA 4WM4A 2WARA 5DLAA 5KXPA 4DD1A 4NY5A 1HSXA 1F6SA 2YBMA 1LMOA 4GCEA 1E8LA 1HEWA 1W08A 1IEEA 4LYTA 1LPIA 2HU3A 3W6EA 4B4JA 208LA 1J1XY 5E4PA 1GDXA 4XENA 3LZ2A 1JJ1A 4NHSA 1JTPL 2CJLA 3A94A 3F6ZA 1LMNA 1ZVHL 2LYOA 3A95A 3A92A 1HFYA 1IY4A 2Z37A 1BGIA 3N9EA 2FYDA 4H9AA 1LTMA 3WUNA 2LZ2A 1LZBA 2XTHA 1IY3A 1JITA 3OK0A 4HSFA 1IOTA 1I20A 3T36A 1RJCB 2LYZA 4GCCA 5I54A 4WOAA 1QQYA 1XGTC 4IASA 4WO6A 1LHKA 1HEPA 6LYTA 8LYZA 2IFFY 1YANA 4XJBA 3W6FA 4OW1A 1BB7A 2VB1A 2YBNA 2ZIKA 1LSAA 1VFBC 4ZEEA 1ALCA 2BQCA 3AGHA 4BS7A 4C3WA 3P4ZA 5APDA 193LA 1IP5A 4GLVA 4LFPA 2ZNXY 3IJVA 3ZEKA 4B4EA 1HEMA 5DL9A 3WXTA 1FBIX 4DDCA 1B7OA 2BQLA 5D5CA 5F81A 2MEGA 4HPIA 1BWIA 1GF0A 1BHZA 1T3PA 1JKDA 4C5FA 3TMUA 4PRQA 1O23A 1AT6A 1UIEA 1LZSA 2YBIA 4HV1A 5LVKA 3CB7A 3D3DA 5ILFA 1FKVA 3EO5A 4NGYA 1LSDA 1LYOA 3WW5A 1AZFA 5D5FA 3ULRA 4X3BA 2XJWA 2YDGA 4R6CA 1HF4A 5APCA 3P68A 3AJNA 4B4IA 1B5WA 5F9UA 1DXJA 1IR9A 4H9CA 2ZYPA 5L9JA 1GF4A 1GFTA 2EQLA 5II3A 4GCFA 1HMKA 1QSWA 4WL6A 4HTNA 1JKCA 1LZEA 2HUBA 1GB5A 1HELA 3WPJA 4DT3A 1GE0A 1DKJA 1JWRA 1C7PA 2BQMA 1GFKA 1GDWA 1YAQA 3A8ZA 1D0LA 1WTMA 1IP1A 3P64A 5C6JA 4H8ZA 4G9SA 132LA 3AYQA 4J1BA 4NEBA 5AMYA 4H91A 1IR8A 4WM1A 3J6KA 4WM2A 5DM9A 4GN5C 4OOOA 1HENA 4WLYA 2NWDX 3W6AA 1YAOA 1GFHA 1OUDA 1LMTA 1P2CC 1IO5A 4DD3A 4DDAA 3HFMY 4ZIXA 1YL1X 1OUEA 2DQGY 4KT3A 2DKVA 2MECA 3ATNA 4HJYA 1RE2A 3A6CY 4GN3A 3P66A 1LSYA 1JKBA 2AUBA 4XJHA 3A3RX 1FLYA 5KXSA 3KAMA 3WVXA 2BQOA 5HNLA 1GF5A 2BQAA 3LZTA 1HEQA 4WM5A 4LGKA 5HQ1A 1WTNA 1B5XA 3A90A 1LMQA 1OUFA 3TXGA 1B5ZA 5LYZA 2BQJA 4LT1A 2I26L 3LYZA 2ZQ3A 4TUNA 4UWVA 1WQPA 1INUA 2F4AA 3WU8A 4ANRA 4NGLA 4RLMA 4H9BA 5FCPA 5HLLA 3IWRA 4DC4A 2I6ZA 1IWVA 5KXKA 1D6QA 1GB3A 1SQ2L 1IVMA 2BQNA 1BVKC 4M4OA 3WL2A 1DI3A 1HNLA 1LJIA 5B07A 1B7RA 4DWXA 2N5ZA 3WULA 1LMAA 5FHWA 1REZA 1A4VA 4FDYA 4Z3MA 4TX7A 1LJ4A 1HFZA 1YKYX 3TMVA 5F14A 1GB6A 4BAFA 5APFA 2A7DA 1ZV5L 4YEOA 1GAZA 4GN4A 4OWCA 2DQJY 3EMSA 1JKAA 5KXYA 1RI8B 3CSQA 5IHGA 3CT1A 3G3BB 2D6BA 3TXIA 1JJ3A 3VWOA 1GE1A 5M1YA 4PRUA 1UIFA 1C45A 3W3EA 4MR1A 4B0DA 4LYZA 4H9EA 3GXKA 1DQJC 5FDJA 2MEEA 3T6UA 4NGKA 1B7MA 5LA5A 1XEJA 2DQFC 2FYCA 3N9CA 1YIKA 4NGJA 1LZNA 4YENA 3ZVQA 4GCDA 5LYMA 1LJNA 2LZTA 1OP9B 1YAMA 4MCKA 3M3UA 2F30A 1YQVY 3A3QA 3AGGG 4HJZA 4OOTA 4WO9A 4CFPA 1LSBA 4RW2A 1B7PA 1LSZA 5LAGA 3WMKA 3BKVA 1LCNA 1OUBA 1F10A 1VEDA 1HEOA 2DQEY 3IJUA 4DD2A 3W6CA 1NHEA 4OWBA 5KXNA 4DD7A 3AGIA 4H1PA 1GFUA 1OUGA 1DPWA 4N1EI 3TXBA 3SP3A 4CGEA 1VAUA 1LSNA 2ZWBA 2HTXA 2BLYA 3LYTA 4GLAA 1GHLA 1A2YC 3ZVQB 1GF6A 1FLQA 1NDGC 1W6ZA 1IWXA 1Z55A 5FSTA 5LVIA 1BWHA 4OWEA 4WLXA 1B5UA 4UWUA 1I1ZA 1CJ8A 1LJFA 1GFVA 1GXXA 1OUJA 1OUIA 1WQQA 4IATA 4NSHA 4PHIA 5KXMA 1G7MC 5LAFA 1HFXA 1LZ6A 1WQOA 1LZCA 1LSFA 4H90A 1IX0A 4A7DA 4DD9A 1CJ7A 4J7VA 3RNXA 4LZTA 4OWAA 4ETEA 2LYMA 5HMVA 5KXWA 3K3TA 3WU9A 4U3XB 3MGWA 1JTTL 1EQEA 4TSBA 1D6PA 4DDBA 2W1LA 1G7IC 2EIZC 4LYMA 1FN5A 1IOQA 3P65A 3A96A 4NSIA 1IIZA 2FBBA 3RW8A 5KKIA 1JJ0A 1LSEA 3A34A 1T6VL 1BB4A 2CWIA 1LYZA 5I53A 1YAPA 5I4YA 4J1AA 2HEEA 1LYYA 3CSRA 1H87A 1LSGA 1GF8A 2EKSC 4WM6A 4YEMA 1GE2A 1HC0A 2MEBA 2RSCA 1GEVA 1LZAA 3FE0A 3B0IA 2HEDA 2Z19A 135LA 1CNSA 1DKKA 3A67Y 4NHQA 154LA 1XGQC 1HMLA 1IWTA 5K7OA 1IP2A 4W96A 1CKDA 4NHPA 1CKFA 4TSCA 1NQIA 5FELA 1LMPA 1RCMA 1GF3A 1NBYC 1V7TA 3W6BA 2B5ZA 1B2KA 4QEQA 4I0CA 5L3IA 2HEFA 4G4BA 1BB3A 2HU1A 3AZ7A 1LOZA 1IWUA 1D0MA 4KPMA 2BQGA 1QUSA 3LN2A 3TMXA 4YM8A 1TAYA 1DPXA 2XBRA 5B1GA 1GBZA 1MLCE 2C8OA 5KXOA 4L41A 1GF7A 2X0AA 4Z98A 4BADA 5KY1A 2BLXA 1JSEA 4WLTA 4XJIA 5DN5A 4LT2A 4NWEA 1TEWA 134LA 1I56A 2BQIA 2PC2A 7LYZA 2Z18A 1GAYA 2BQEA 5IDDA 1IP6A 1DI4A 1EQ4A 5B06A 1VDQA 1LAAA 1JIYA 5B1FA 1D9UA 4MSTA 1UC0A 4EMNA 4NGZA 9LYZA 1OUHA 1WQNA 2XBSA 2YBHA 1LZ5A 1F0WA 2ZIJA 1NF5A 5FEKA 2BQDA 5A3EA 2I25L 4BAPA 5ILCA 3WUAA 1LSPA 3WUMA 4H9FA 4NSJA 1JUGA 1LHJA 1LKRA 2Z2EA 3A93A 2F2NA 1BVXA 1HSWA 3CT0A 4J0LA 2Z12A 3WH1A 3WPKA 1FLUA 1LZYA 2D4JA 2EPEA 1GB8A 1LHIA 1F6RA 4II8A 4WM3A 5LVGA 1SLYA 1GBSA 4TTDA 1BWJA 1KIPC 3EXDA 3TXKA 4ETCA 4E3UA 5HMJA 4ETAA 1LZ8A 4R0FA 1LHHA 1B7NA 1LSCA 1QDRA 1TBYA 3HBHA 5LXWA 1LJKA 4P2EA 2Q0MX 1B7LA 4HTKA 1J1OY 1JISA 1REYA 3B72A 1IWYA 1REXA 1GB9A 4WLDA 5F16A 4WMGA 4ZFPA 4H94A 4H8YA 3E3DA 1QDTA 133LA 1B7SA 1UIBA 1WQMA 1XGUC 3B0KA 4RW1A 1LZRA 2ZYCA 4G49A 3B0OA 3GXRA 1BB6A 4N5RA 3AZ6A 1GWDA 1HHLA 1GF9A 1IR7A 4B1AA 1XEIA 1GXV2 2ZQ4A 4HV2A 1IP7A 4QDNA 1G7HC 2D91A 2ZILA 3WVYA 2BQKA 3WPLA 4ML7A 1B5VA 1LZGA 1LZ1A 2MEAA 3AW7A 3M18B 4AXTA 4PGJB 1B9OA 3HBEX 1AM7A 3AZ4A 2DQHY 3WXUA 3CSZA 1LYSA 2Y8PA 3TXJA 1GFJA 3TXDA 4Z41A 2C8PA 5LA8A 2YBJA 4LYBA 1IWWA 4NGWA 5I5QA 3RU5A 4GCBA 1NWGA 3A91A 1QSAA 3QNGA 1YKZX 1LJEA 4HP0A 1CKGA 4D9ZA 1B0DA 2G4NA 2BQFA 2HECA 2Z2FA 4HPEA 1KXXA 1EL1A 3WU7A 4NG8A 4AGAA 2DQIY 5KXLA 1PZYA 5KJ9A 1LHLA 1GFAA 4IJ4A 4ET9A 5LINA 1AT5A 1GB0A 1TDYA 2Z39A 1UUZC 4LT0A 2LHMA 5IELA 5L3HA 1UIHA 1G7LC 4N1CC 5J7CA 1UIAA 3N9AA 1IC4Y 1GPQC 2HEAA 1JTOL 4OWHA 3TXEA 4NSGA 1LZDA 3AZ5A 1YILA 1OUCA 4XN6A 1XEKA 1IOCA 4KXIA 3RZ4A 5B05A 3AB6A 5KXRA 1NDMC 4Z46A 153LA 1C10A 1WVUA 1IORA 1C46A 1D0KA 1OQMA 4O34A 5C6LA 3WW6A 1LJ3A 2MEDA 4H92A 1LJJA 2H9JA 1GE3A 5JENB 4EOFA 1ZVYB 4YOPA 1KIQC 2HEBA 1KXWA 1LJHA 1UIGA 4NFVA 1GD6A 1N4FA 1YL0X 3QY4A 3TMWA 5LYTA 2W1XA 1LZ4A 3FI7A 4ET8A 5LVJA 4B49A 1VDPA 2D4KA 1NBZC 1AKIA 2W1YA 1KIRC 1LKSA 5B59A 2YBLA 4NG1A 1IOSA 3TXFA 1GFRA 1MELL 4XADA 1IP4A 1QTEA 5I4XA 5C6IA 3G3AB 1RFPA 1VATA 4W94A 5DN4A 3WYHA 3EBAB 3CT5A 6LYZA 4XYYA 1TCYA 5LVHA 4WG1A 2BAAA 5F9XA 2DQAA 2GV0A 2D4IA 5I4WA 2MEIA 1G7JC 1GFEA 3A6BY 3QE8A 1V7SA 4ETBA 1CKHA 4PPOA 1GBOA 5KXXA 2W1MA 1CJ6A 1IC7Y 1NMMA 1BQLY 1QIOA 1YKXX 2DQDY 2BQBA 2CDSA 4H8XA 1J1PY 4HTQA 1GFGA 2H9KA 2MEHA 1OUAA 4UWNA 1ZMYL 1REMA 3HBDA 2YVBA 5KXTA 1GE4A 2G4PA 1B7QA 4KL7A 4LYCA 1FLWA 3W6DA 1WVVA 2BPUA 1B5YA 1JSFA 4H93A 4WG7A 1HERA 3OJPA 4N8ZA 1FKQA 4LYOA 3LYMA 5APEA 1IWZA 2MEFA 5LIOA 4G4HA 1GBYA 1JPOA 5EBHA 1WQRA 2CGIA 1JHLA 1GEZA 3LHMA 4ETDA 2A7FA 4RLNA 5A3ZA 1JEFA 3AW6A 1LZTA 4NGIA 1LJGA 1CKCA 4FJRA 4LFXA 4PJ2C 1XGRC 1FDLY 4H9HA 4NHIA 1PS5A 1C43A 4NGVA 1H6MA 194LA 2G4QA 1LHMA 4CHXA 1UCOA 4XJGA 1GBWA 2H5ZA 5HNCA 2IHLA 207LA 2DBTA 1XSFA 1C08C 1UACY 4G4CA 1VDSA 5KKJA 1DI5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LSMA 1GB7A 3ATOA 1QTKA 3HU9A 5T3FA 4NHTA 4M6DA 2BQHA 3DN0A 4WL7A 1LYEA 3HTGA 4CJ2A 4HJVA 1LZ9A 4YF2A 2FBDA 4QGZA 1BB5A 1XJTA 1VDTA 2WARA 1L41A 5DLAA 1L71A 1F6SA 4GCEA 1L19A 3W6EA 2HU3A 2B74A 1L66A 4NHSA 1JTPL 4ARJA 2LYOA 3A92A 1BGIA 1SX2A 1LTMA 1L77A 2LZ2A 2XTHA 1IY3A 3T36A 1IOTA 1I20A 1XGTC 4WO6A 1LHKA 6LYTA 1YANA 233LA 1L84A 2VB1A 2YBNA 1CU3A 3P4ZA 5APDA 1QTZA 4LDEA 3VW7A 4B4EA 3WXTA 4DDCA 1LI2A 4HPIA 4I7JA 140LA 1L96A 3TMUA 4HV1A 1LZSA 3HH4A 4IAPA 3V2YA 1DYBA 1AZFA 163LA 1L58A 3P68A 1B5WA 1DXJA 5L9JA 4H9CA 2HUBA 4DT3A 3D4SA 1P37A 252LA 1C60A 2BQMA 1GFKA 1YAQA 3P64A 1LYIA 184LA 4WM1A 1L10A 164LA 1G06A 1I6SA 1OUDA 1G0KA 1L05A 1CUQA 1YL1X 1L52A 4HJYA 4GN3A 3P66A 1LSYA 2AUBA 4XJHA 3WVXA 1FLYA 1LYHA 3C7ZA 5HNLA 3LZTA 1HEQA 3DN6A 3A90A 2RBRA 1LMQA 1PQOA 4LT1A 2F4AA 232LA 5FCPA 4DC4A 1GB3A 1SQ2L 1QTHA 1DI3A 223LA 4ARQB 1SSYA 3HT8A 219LA 4FDYA 4Z3MA 222LA 1C64A 1LJ4A 5APFA 220LA 1GAZA 4GN4A 4OWCA 1RI8B 3CT1A 1D2YA 4MR1A 1LYFA 1L40A 4DJHA 1LWGA 2F2QA 1C6MA 1LZNA 1C6AA 1G0LA 3NY9A 1OP9B 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1IP3 A;  1LSM A;  1GB7 A;  4XJD A;  3D9A C;  1UBZ A;  4NIJ A;  1IC5 Y;  1EQ5 A;  1QTK A;  1DZB X;  2ZNW Y;  3ATO A;  3TXH A;  1CJ9 A;  1KXY A;  1NKH A;  3B6L A;  4LT3 A;  1UA6 Y;  4NGO A;  4NWH A;  2F4G A;  5T3F A;  4NHT A;  1QUT A;  1XFP L;  4M6D A;  4DYG A;  1UIC A;  2BQH A;  1UID A;  4N0J A;  2Z38 A;  4WL7 A;  1YRO A;  2YSS C;  5KXZ A;  4N9R A;  4CJ2 A;  4QY9 A;  5E9R A;  3J4G A;  4DD0 A;  3BKH A;  4HJV A;  1GBX A;  2DQC Y;  4I8S A;  1LZ9 A;  4YF2 A;  4H9I A;  4XJF A;  3LYO A;  3RT5 X;  2FBD A;  4QGZ A;  1BB5 A;  4CFO A;  4RDS A;  1GB2 A;  4TWS A;  1LMC A;  1XGP C;  1VDT A;  3CQL A;  4WM4 A;  2WAR A;  5DLA A;  5KXP A;  4DD1 A;  4NY5 A;  1HSX A;  1F6S A;  2YBM A;  1LMO A;  4GCE A;  1E8L A;  1HEW A;  1W08 A;  1IEE A;  4LYT A;  1LPI A;  2HU3 A;  3W6E A;  4B4J A;  208L A;  1J1X Y;  5E4P A;  1GDX A;  4XEN A;  3LZ2 A;  1JJ1 A;  4NHS A;  1JTP L;  2CJL A;  3A94 A;  3F6Z A;  1LMN A;  1ZVH L;  2LYO A;  3A95 A;  3A92 A;  1HFY A;  1IY4 A;  2Z37 A;  1BGI A;  3N9E A;  2FYD A;  4H9A A;  1LTM A;  3WUN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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