1GPQ | Genus

Total Genus 48

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	48
sequence length	127
structure length	127
Chain Sequence	KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGC

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__512027180608147__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__512027180608147__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1GPQ/C/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__512027180608147__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"512027180608147","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1GPQ/C/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__512027180608147__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfb3c507c7280e01a1fd640/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfb3c507c7280e01a1fd640/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfb3c507c7280e01a1fd640/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfb3c507c7280e01a1fd640/pdb.gz): 207 ms

reading 127 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

127 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 19 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:126});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase/inhibitor
source organism	Escherichia coli
publication title	Structure and Evolution of the Ivy Protein Family, Unexpected Lysozyme Inhibitors in Gram-Negative Bacteria. pubmed doi rcsb
molecule keywords	INHIBITOR OF VERTEBRATE LYSOZYME
total genus	48
structure length	127
sequence length	127
chains with identical sequence	D
ec nomenclature	ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date	2001-11-08

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
C	PF00062	Lys	C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.530.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	1gpqC00

3HBHA 4W96A 2LZTA 1LKSA 3TXKA 4GLAA 1D6PA 1JPOA 2BPUA 1XGQC 3AW6A 3P66A 3TXEA 4H9HA 4TX7A 1ZMYL 2MEIA 1GF9A 1BHZA 4DDCA 5M1YA 4TSCA 1JTOL 2HEBA 4OWCA 4NSIA 1CKFA 4OWHA 2EPEA 4OWAA 3CSRA 2FYDA 3G3BB 3T36A 3WVXA 4NEBA 4H8XA 1WQRA 1LSYA 1GDWA 1NWGA 2ZYPA 4N1CC 4R0FA 9LYZA 4H9IA 4PRQA 1G7MC 1IEEA 3W6BA 4OWBA 1P2CC 1UIHA 2D4KA 2XJWA 2BQBA 2VB1A 1B5ZA 1NF5A 4G4CA 1DKKA 1GBSA 4GLVA 1AZFA 1JKDA 1LMOA 1VFBC 1IR8A 133LA 1TDYA 1CJ7A 4G49A 1B7MA 2LYMA 4ANRA 4NGWA 4TUNA 1T6VL 3LYOA 1ZV5L 4LYZA 1WQQA 2BQDA 2MEAA 1IVMA 5I53A 1GWDA 3KAMA 2BQCA 1IP1A 1GBOA 2Z2EA 1VAUA 1DI5A 4NFVA 1LJHA 4NGLA 2LYOA 4H9AA 1D9UA 2BLYA 4P2EA 1LOZA 4ETDA 4NGOA 3LZTA 3TMUA 1BVXA 1I56A 1LHIA 3WL2A 1OQMA 4AGAA 3HBEX 4Z46A 1YAMA 4NHPA 2BQNA 5KXNA 1YL1X 3IJVA 1GB6A 5APEA 1B7OA 4H94A 1WQMA 2YBLA 4ETBA 4RW1A 4RLMA 4HJZA 1LZ9A 1RCMA 4KXIA 4XJBA 1FN5A 2ZNXY 1EQEA 1AT5A 1LCNA 3RU5A 4NSJA 1IORA 4WLXA 5ILCA 3RT5X 1LYYA 1QSWA 1J1OY 1OUHA 1GF7A 5T3FA 1HEMA 3AGIA 5HMJA 4GN4A 1UIDA 4QEQA 1JUGA 3P64A 3QY4A 4NGZA 2BQGA 4WLDA 3WW6A 1NDGC 2G4NA 1IP4A 5LVGA 5KXMA 3CQLA 4CFPA 4HPIA 5B05A 1T3PA 1GB0A 1GFEA 1IWXA 4H9BA 4OWEA 5J7CA 1A2YC 1F10A 1G7JC 4XADA 4OOTA 1GAYA 2DQJY 2D4JA 1JKAA 1HELA 1W6ZA 5KXWA 1TEWA 3J4GA 4GCDA 1DPWA 1GFTA 1GDXA 2F4GA 4Z98A 5II3A 4GN5C 3WYHA 5I54A 2W1XA 3TXBA 3G3AB 1IIZA 1IWVA 4N0JA 1LSMA 3WW5A 1IWUA 1LJGA 4NGJA 3AW7A 3AGHA 1LAAA 1GB7A 1LSDA 3AZ7A 1GXXA 1VDQA 1LMAA 1BGIA 1LMQA 1NDMC 3CT0A 3TMXA 1AT6A 1BB6A 1F0WA 3ZVQB 1LZ8A 1JTPL 5IHGA 1HC0A 2IHLA 3IJUA 1GE1A 1C46A 1LYZA 2Z38A 1TBYA 4WLTA 2FBBA 4G9SA 5KXZA 3A90A 3BKHA 4PGJB 4YEMA 1LMCA 4J1BA 2H5ZA 3CB7A 4N8ZA 1CJ9A 4DT3A 1IOCA 1LZ6A 1UIGA 3CSQA 2W1MA 4H9CA 1LJNA 4X3BA 3VWOA 1B5YA 1LHJA 1C45A 1LSZA 1OUGA 2XBSA 4WOAA 5F81A 3TMWA 1UACY 3D9AC 3B0IA 1LZRA 3CT1A 5LYZA 3F6ZA 4H9EA 4WLYA 3J6KA 3WH1A 4H91A 1O23A 3TMVA 1KXYA 8LYZA 3TXDA 1ZVYB 3A67Y 4I0CA 1DPXA 2HTXA 4HP0A 1GFJA 4HV2A 5E4PA 5E9RA 3WUAA 5HNCA 4NIJA 4RDSA 4ZFPA 1FDLY 1LZ5A 1LSNA 4ETAA 2H9JA 1LPIA 4IATA 1GB9A 4NGIA 4WM3A 5JENB 1VDSA 4M6DA 2FBDA 4XN6A 5L9JA 4LYTA 1C08C 1YIKA 1IOQA 1CJ6A 1GF6A 1NBZC 1DXJA 1XGPC 2LYZA 4TSBA 1D0MA 1B7LA 2EIZC 3P68A 2X0AA 2F2NA 5L3HA 2RSCA 2A7DA 4GCEA 1INUA 2Q0MX 2CJLA 4B4EA 1FKVA 1NKHA 2A7FA 2EQLA 1LSGA 4II8A 1PS5A 4NHQA 4DC4A 4NHIA 4ETCA 5LVKA 3TXGA 2MECA 1VDPA 3AZ4A 2NWDX 2D91A 1IX0A 2Z39A 3P65A 4H8YA 4EMNA 1GFUA 1HMLA 1XGRC 2B5ZA 2HU3A 4LZTA 3FI7A 2HECA 4KL7A 1B5XA 1UCOA 1CNSA 1DQJC 2BQHA 1GPQC 2MEEA 2XTHA 1H87A 4LYBA 1XSFA 3AYQA 2HEAA 2Z37A 1GB3A 4LT3A 5DL9A 5FEKA 4M4OA 1C7PA 1GB5A 2I26L 1LZGA 4O34A 1LYSA 4R6CA 2YBIA 4L41A 4WL7A 4LT1A 3A6BY 2DQDY 3HBDA 4XJIA 4WM4A 3EBAB 1OUFA 1JJ3A 4H92A 1LZAA 1N4FA 2MEGA 3AZ6A 1GXV2 4WO9A 4MCKA 1DI3A 1LSAA 1ZVHL 3QNGA 1HERA 1LJEA 4NGYA 5KY1A 1LJKA 1GF3A 1WQNA 1CKCA 2IFFY 5KXRA 3OK0A 1GEVA 5AMYA 5APDA 3E3DA 4QGZA 5I4WA 5LA5A 1DI4A 1JISA 5KJ9A 4KT3A 1XEKA 5FDJA 1NQIA 1B7PA 1EQ4A 1FBIX 4QY9A 1LMTA 1LSFA 2CWIA 1G7LC 1HEOA 1HFYA 4I8SA 1WVVA 1LZCA 4NSGA 4H90A 1F6RA 5KXTA 132LA 1B7NA 3N9CA 1LJIA 4MSTA 1B5UA 1LHKA 1IP6A 3AB6A 1JEFA 1UA6Y 1YKXX 3AJNA 2AUBA 2LZ2A 1B5WA 1IR7A 2DQIY 3CT5A 3LYTA 4C5FA 4LYOA 4DD2A 3WU8A 2YDGA 5KKJA 3B0KA 2DQGY 1BWJA 4NG8A 5B59A 1OUBA 2Y8PA 4DD9A 4DYGA 1GFRA 5KXKA 1YKZX 2FYCA 1GFGA 3TXIA 5A3ZA 5FSTA 1LZDA 3WXUA 3IWRA 2ZIKA 194LA 3WU7A 5B06A 1FLWA 1KXWA 4YOPA 3WPKA 1JHLA 208LA 4D9ZA 5KXPA 1REYA 1D6QA 4GN3A 1BB5A 5IDDA 3W6FA 5APFA 7LYZA 5L3IA 1JKCA 1V7TA 2ZIJA 4DD1A 1LMPA 1UIAA 3GXKA 5HQ1A 4XYYA 1G7IC 1B9OA 1HEPA 1NMMA 3A34A 1OUCA 2BQJA 4EOFA 5KXOA 2ZQ4A 5FELA 4J1AA 4CGEA 1JKBA 1UICA 1YAPA 4GCCA 5LAFA 1HFXA 1GB8A 1JWRA 4OOOA 3RNXA 2C8OA 1LSPA 2I25L 1ALCA 3EXDA 1KXXA 1HHLA 4AXTA 3RZ4A 1LZNA 1LTMA 3M3UA 1KIPC 1LZTA 1IY4A 3A94A 2ZILA 1IC5Y 3M18B 2N5ZA 1C10A 1TAYA 3D3DA 1OUEA 1W08A 4LGKA 5LAGA 2MEBA 4B4IA 1GBXA 5ILFA 4WM1A 1VEDA 3LZ2A 1LSBA 1GE3A 3LYZA 2ZWBA 3LN2A 154LA 3WVYA 4HTKA 1OUIA 3A93A 5DN4A 4NWHA 4N1EI 4ZIXA 1LJFA 5C6IA 3WULA 1BWIA 2CGIA 1KIRC 1FKQA 2EKSC 2Z12A 5HLLA 4YEOA 3QE8A 135LA 1HNLA 3CSZA 2W1YA 5HNLA 1E8LA 5C6LA 4J0LA 1IP7A 1NBYC 3ULRA 4XENA 5F16A 3ZVQA 1GD6A 2Z2FA 5B1FA 4H9FA 3A3RX 5HMVA 4HJYA 1QUSA 4LFXA 1LSCA 4DWXA 5LYTA 1XFPL 3W6CA 1XEJA 4XJFA 1D0KA 2BLXA 3A91A 1IWYA 3WUMA 1REZA 4DDAA 4CHXA 4GCFA 1QIOA 3N9AA 3AGGG 3A8ZA 1I20A 4DD7A 4HPEA 1V7SA 4HJVA 5LIOA 5KXXA 4ETEA 4NG1A 3W6DA 2G4PA 1CJ8A 4NY5A 3WMKA 1YANA 2H9KA 1WVUA 5K7OA 3A95A 3LHMA 1YILA 4IASA 4WMGA 1B0DA 1HEWA 4RW2A 3WXTA 1UIBA 4NSHA 1GF4A 1BWHA 4RLNA 4PJ2C 3A92A 4NHSA 6LYZA 1HEQA 3B0OA 4UWNA 1PZYA 4XJGA 3P4ZA 2DBTA 1A4VA 1LSEA 1GFAA 3HFMY 1NHEA 1RE2A 1B7QA 1UBZA 1CKHA 4TWSA 1BB7A 1GE2A 1XGTC 1YROA 5B1GA 1JJ0A 1RI8B 1GF0A 2HEEA 1XEIA 2HEDA 4G4BA 3TXFA 2C8PA 2DQHY 2BQIA 4BAFA 1EL1A 3RW8A 3N9EA 4QDNA 4C3WA 1RFPA 3ZEKA 1BVKC 1YAQA 5LVIA 1FLUA 3ATOA 1IOSA 4WM5A 2BQEA 1B2KA 4W94A 2DQCY 1HF4A 4DDBA 1WQPA 1HSXA 2BQAA 1SLYA 5F9UA 1IR9A 5FHWA 3T6UA 4Z41A 1C43A 1IWZA 4HV1A 1GF8A 1LZSA 2HEFA 1DKJA 4B49A 2I6ZA 1GBWA 3A3QA 4H8ZA 5LXWA 5KXLA 2ZYCA 4BS7A 3WPJA 3WU9A 1QDRA 1IP2A 1LYOA 4ET9A 3FE0A 1QTEA 4WG7A 2G4QA 1B7SA 1LKRA 5DLAA 153LA 1J1XY 2YSSC 4YENA 1AM7A 3W3EA 4H93A 2XBRA 4CJ2A 4HSFA 1CKGA 4HTQA 1BB3A 1H6MA 4PRUA 1GF5A 3AZ5A 2Z18A 4Z3MA 1YAOA 1IOTA 1CKDA 1REXA 2MEHA 1BB4A 1GFHA 1TCYA 4BADA 1WTMA 5D5CA 1DZBX 1UIFA 4PPOA 1YL0X 4LT2A 2F4AA 2WARA 3GXRA 1D0LA 4WL6A 5F9XA 2D6BA 134LA 207LA 4G4HA 2HUBA 4LFPA 3K3TA 4N9RA 1JJ1A 1LJJA 6LYTA 1OUJA 2ZQ3A 4UWVA 3TXJA 5C6JA 2DQEY 2GV0A 3WUNA 2PC2A 4E3UA 1IP5A 1LZEA 4NGKA 1B5VA 1GBYA 1BQLY 5LVHA 4XJDA 5FCPA 1LHHA 5LINA 2LHMA 1IO5A 1HMKA 1JSEA 1Z55A 2YBMA 4B1AA 1GFKA 5KXYA 1LJ3A 4J7VA 1UUZC 4NHTA 1QSAA 1J1PY 2YVBA 1IWTA 2BQMA 2BQKA 2DQFC 4NWEA 1JITA 3B72A 4LT0A 5IELA 1FLQA 2DKVA 1IY3A 1LHLA 2DQAA 1GAZA 1I1ZA 1REMA 1LMNA 2BQFA 1SQ2L 3A96A 1FLYA 2W1LA 1OUAA 1YQVY 1UIEA 4U3XB 3TXHA 1G7HC 5I4YA 5I4XA 1VATA 1VDTA 2Z19A 5D5FA 4B4JA 2ZNWY 4WM6A 4KPMA 1MLCE 3A6CY 1AKIA 1IWWA 2F30A 1MELL 4IJ4A 5DM9A 4DD3A 5A3EA 1UC0A 5I5QA 5LYMA 1LHMA 1GBZA 4HTNA 1JIYA 4ET8A 2MEDA 5APCA 4XJHA 1WQOA 4A7DA 1OUDA 1QUTA 4YF2A 1HENA 1IP3A 4N5RA 2BAAA 1GB2A 1B7RA 1GHLA 1IC4Y 2MEFA 2YBHA 5KXSA 1RJCB 4OW1A 4DD0A 5F14A 1LZ4A 4GCBA 5KKIA 193LA 1HSWA 4H1PA 2YBJA 3B6LA 1GE4A 1WTNA 4MR1A 1JTTL 1LZBA 3OJPA 4NGVA 3EO5A 5B07A 1XGUC 4BAPA 1IC7Y 5LA8A 4B0DA 4LYMA 1QTKA 5LVJA 4FDYA 2D4IA 3EMSA 2HU1A 1KIQC 4LYCA 1QQYA 1OP9B 5EBHA 1GEZA 1LZ1A 3WPLA 1LZYA 3BKVA 3ATNA 3SP3A 1EQ5A 3MGWA 1HFZA 4TTDA 4CFOA 1GFVA 2YBNA 4WO6A 1F6SA 4ML7A 1YKYX 1LJ4A 4UWUA 1GE0A 4ZEEA 5DN5A 4FJRA 4WM2A 3W6AA 4YM8A 3W6EA 4WG1A 2BQOA 2BQLA 3LYMA 4PHIA 1QDTA 1JSFA 2CDSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3HBH A;  4W96 A;  2LZT A;  1LKS A;  3TXK A;  4GLA A;  1D6P A;  1JPO A;  2BPU A;  1XGQ C;  3AW6 A;  3P66 A;  3TXE A;  4H9H A;  4TX7 A;  1ZMY L;  2MEI A;  1GF9 A;  1BHZ A;  4DDC A;  5M1Y A;  4TSC A;  1JTO L;  2HEB A;  4OWC A;  4NSI A;  1CKF A;  4OWH A;  2EPE A;  4OWA A;  3CSR A;  2FYD A;  3G3B B;  3T36 A;  3WVX A;  4NEB A;  4H8X A;  1WQR A;  1LSY A;  1GDW A;  1NWG A;  2ZYP A;  4N1C C;  4R0F A;  9LYZ A;  4H9I A;  4PRQ A;  1G7M C;  1IEE A;  3W6B A;  4OWB A;  1P2C C;  1UIH A;  2D4K A;  2XJW A;  2BQB A;  2VB1 A;  1B5Z A;  1NF5 A;  4G4C A;  1DKK A;  1GBS A;  4GLV A;  1AZF A;  1JKD A;  1LMO A;  1VFB C;  1IR8 A;  133L A;  1TDY A;  1CJ7 A;  4G49 A;  1B7M A;  2LYM A;  4ANR A;  4NGW A;  4TUN A;  1T6V L;  3LYO A;  1ZV5 L;  4LYZ A;  1WQQ A;  2BQD A;  2MEA A;  1IVM A;  5I53 A;  1GWD A;  3KAM A;  2BQC A;  1IP1 A;  1GBO A;  2Z2E A;  1VAU A;  1DI5 A;  4NFV A;  1LJH A;  4NGL A;  2LYO A;  4H9A A;  1D9U A;  2BLY A;  4P2E A;  1LOZ A;  4ETD A;  4NGO A;  3LZT A;  3TMU A;  1BVX A;  1I56 A;  1LHI A;  3WL2 A;  1OQM A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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