1GWD | Genus

Total Genus 47

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	47
sequence length	129
structure length	129
Chain Sequence	KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__7539237828895__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__7539237828895__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1GWD/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__7539237828895__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"7539237828895","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1GWD/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__7539237828895__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfb41d0b3924d457152ff05/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfb41d0b3924d457152ff05/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfb41d0b3924d457152ff05/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfb41d0b3924d457152ff05/pdb.gz): 1174 ms

reading 129 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

129 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 18 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:128});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lysozyme
publication title	Triiodide Derivatization and Combinatorial Counter-Ion Replacement: Two Methods for Enhancing Phasing Signal Using Laboratory Cu Kalpha X-Ray Equipment pubmed doi rcsb
molecule keywords	LYSOZYME C
total genus	47
structure length	129
sequence length	129
ec nomenclature	ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date	2002-03-14

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00062	Lys	C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.530.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	1gwdA00

4NGZA 5C6LA 3TXBA 1CJ7A 5F16A 5L3IA 2I26L 4XJFA 5L9JA 2VB1A 1LJ4A 1GBZA 5A3ZA 4W96A 4ZEEA 3E3DA 4TSBA 1LZBA 1GFHA 1DPWA 1HERA 1LYZA 2EPEA 1DKJA 1BQLY 1ALCA 5KXPA 4MR1A 4B1AA 2HTXA 1TEWA 1XEKA 3A67Y 1B5WA 4RLNA 3CSQA 1LKSA 1NHEA 1JPOA 1LZDA 1B7RA 2ZQ4A 4NGLA 5KXMA 1WQOA 3BKHA 4NGJA 4XJHA 1JEFA 1IX0A 2BQAA 3IJUA 4WM3A 3WW6A 4HJZA 1P2CC 1VAUA 1Z55A 2YDGA 3P64A 1LHHA 4YENA 1OUBA 3WXTA 1IO5A 4DD0A 4XYYA 2XBSA 2Z19A 4G49A 4GCFA 1AKIA 3IJVA 1IP1A 4UWUA 5KXYA 5KY1A 2MECA 1WTNA 3BKVA 3AZ7A 1QUSA 4GN3A 4LYCA 4X3BA 2LZ2A 1HF4A 4B49A 5LXWA 1BVXA 4KT3A 4LYTA 4UWNA 5HMVA 4M6DA 1CKDA 2BQLA 1N4FA 4R6CA 4HTKA 3B6LA 1HEWA 1IP3A 2ZYPA 4LYMA 3WYHA 3ZEKA 1IOQA 1B5YA 1WQPA 3HBDA 3AGGG 3ZVQB 1XEJA 2MEDA 3B0KA 1D0KA 1KIRC 1YKYX 1LJJA 2Z39A 5A3EA 1LZ8A 2W1YA 4ETAA 4YF2A 1LZNA 1LJEA 1LSGA 2HEEA 3A91A 4H9FA 5KKIA 1BGIA 1UACY 1ZV5L 5LINA 1GF4A 5B07A 1LYYA 4PHIA 1BVKC 4DT3A 4NG1A 1GHLA 1XSFA 1HFYA 2Z38A 5KKJA 1OUGA 2MEBA 2W1XA 3CT0A 4J7VA 1JJ3A 4G9SA 1LYSA 1GB5A 5FELA 4YEMA 3F6ZA 3KAMA 4LYZA 4WM2A 4Z98A 3WVXA 4ZFPA 3TMVA 1BWHA 5ILCA 2ZNXY 4NHTA 1IWVA 2D91A 3P65A 1GB8A 4II8A 5FHWA 5L3HA 3W6EA 4LT2A 3FI7A 1QDTA 1XGPC 1UIBA 3WH1A 4ET9A 1IP6A 2F2NA 1BB5A 1DI3A 3AW7A 1UIFA 1HFXA 3OK0A 4YEOA 3FE0A 1LSEA 5KXNA 2GV0A 1BHZA 1LSCA 1YAMA 1GE3A 1JSFA 4G4BA 1LHMA 4I8SA 3A34A 1REXA 3CSZA 1HEOA 4DD7A 1C45A 1GE0A 3HBEX 1UUZC 1YIKA 1VDQA 4BAPA 5I4YA 3WPJA 1JSEA 1B7NA 1GE2A 4IATA 1LCNA 3CQLA 1BB7A 1UICA 3M3UA 1B7QA 3QNGA 1ZVYB 2H9JA 1UIEA 5F14A 1XGRC 2I25L 3K3TA 3RT5X 1LSNA 1CJ8A 3ATOA 4UWVA 4NWHA 1LMCA 4H1PA 2ZIKA 4OOTA 3J6KA 2F30A 1C43A 1JKAA 3CT1A 1GAZA 1QUTA 2BPUA 2LHMA 3A6CY 5F9UA 1ZVHL 1B2KA 5DL9A 5KXWA 6LYTA 1GBOA 1GBYA 1GB7A 2HUBA 1IY4A 3TXGA 2LYZA 1JJ1A 2BQKA 3A3QA 4B4EA 2Q0MX 2YBLA 5LVJA 3D3DA 1XGTC 2F4GA 1B5ZA 1LYOA 4J1AA 154LA 2G4NA 4QDNA 1G7LC 3AYQA 1IWWA 3QE8A 5APDA 4ETDA 3T6UA 1D0LA 3TXDA 8LYZA 5APEA 5I4XA 4NSJA 2DBTA 3EMSA 5T3FA 1CKCA 1OUHA 2BQCA 3A90A 1G7HC 4LGKA 4I0CA 5HNCA 4ZIXA 1B0DA 5D5CA 1YANA 5LYMA 1LZCA 3A3RX 3WMKA 4NHQA 5IDDA 1IC7Y 4H92A 5APCA 1J1OY 1V7TA 2XBRA 1WVVA 2YBHA 4QGZA 4Z46A 4HTNA 1KIQC 1GFVA 5B06A 1G7MC 1CNSA 4NEBA 1UIDA 4PPOA 1B5XA 4TX7A 1LZRA 1A2YC 5AMYA 3WPKA 1OUAA 5JENB 5LVHA 1JTOL 5KXSA 1VDTA 1VEDA 1YAPA 2Z12A 1MLCE 3MGWA 4WL6A 1GB3A 1LJIA 1HSXA 2HECA 2Y8PA 4AGAA 5KXOA 5F81A 2ZNWY 3A95A 1QQYA 5IELA 4GN5C 5LA5A 1F0WA 1LMAA 2H5ZA 4ETCA 3AW6A 5B05A 1VATA 1XGQC 4U3XB 5I5QA 4NHIA 1PS5A 2MEAA 4FJRA 2BLYA 1HSWA 3P66A 5EBHA 4Z3MA 1MELL 1EQEA 4C3WA 1LSPA 1EL1A 4NSGA 1GE1A 3TXJA 2YSSC 4NFVA 5LIOA 5LAFA 3J4GA 1D0MA 4WO9A 5E9RA 1LJGA 2D4IA 4HJYA 1UIGA 4RLMA 1TCYA 4NSHA 1B7OA 1LMNA 2DQIY 1FLUA 2C8OA 4H9IA 2BLXA 5DM9A 5I4WA 1HNLA 1KXXA 1YAQA 2ZWBA 1LMTA 4IJ4A 1T3PA 3LYOA 1XFPL 3AZ6A 1C7PA 4EOFA 1LSYA 4MCKA 1CJ9A 1REZA 5F9XA 1OUCA 1J1PY 3N9CA 4H9AA 2BQIA 3CB7A 3TMXA 2DKVA 2LZTA 1GBXA 4LYOA 5DLAA 1LSDA 3EO5A 4N8ZA 1D6QA 1FKQA 1KXWA 3RU5A 2BQNA 153LA 1EQ5A 1HHLA 4ETBA 1GF7A 1LJNA 4GLAA 1YL0X 2D4KA 3B72A 1GFJA 3LZ2A 2HU1A 4ANRA 194LA 2YBMA 4XJIA 1KXYA 4XJDA 4DD2A 1TAYA 4NGYA 2DQFC 4LT0A 2CDSA 5M1YA 4NSIA 4WG7A 3N9EA 3WULA 2D6BA 1JTTL 4NGKA 1DI5A 1YAOA 2EKSC 2MEHA 2D4JA 2MEGA 4KXIA 5KXLA 3P4ZA 2Z2FA 4KPMA 4H94A 5FSTA 2B5ZA 3AZ4A 1INUA 3IWRA 1XEIA 4DDBA 4TTDA 3TXHA 1IP4A 1HFZA 2YVBA 4LT1A 2PC2A 4HV1A 4PRUA 5LVGA 1GWDA 4GCCA 1FN5A 1GFKA 1CKHA 3D9AC 2MEFA 4OWCA 3A96A 4XJBA 1D6PA 3W6CA 4C5FA 3LYZA 5KXKA 1DPXA 4LFPA 1QIOA 1BB6A 3QY4A 4H9HA 2EIZC 4CFPA 3RZ4A 1QSWA 2BQHA 2HEFA 1IP2A 4H90A 1HEMA 2YBJA 2DQAA 1ZMYL 4GCEA 4DDCA 5KXXA 1AZFA 5J7CA 5KJ9A 132LA 4E3UA 2IFFY 1B9OA 5LAGA 5C6IA 4XJGA 3VWOA 1GDWA 4HTQA 2MEIA 2ZYCA 4NY5A 5I53A 4KL7A 1YKZX 4NGWA 4WLTA 5DN5A 4WM1A 1OUFA 1LZ5A 1RCMA 2A7FA 3A94A 1FDLY 1GFGA 1REMA 1LZYA 4N5RA 1UCOA 1IWUA 3CSRA 1B7SA 1LHKA 1NQIA 2FBDA 4J1BA 1LJHA 1QTKA 4N0JA 4PGJB 5LYTA 4DD1A 1LMPA 4CFOA 4CGEA 1LZEA 1LJ3A 1UA6Y 1OQMA 3EXDA 2Z18A 1B5UA 1GD6A 1OUEA 3A92A 1GB6A 1GB2A 2FBBA 3OJPA 5I54A 1F6SA 3ULRA 3WW5A 1O23A 4HPEA 1DXJA 3RW8A 2DQDY 7LYZA 1B7PA 2HEBA 1LMOA 1IWTA 1IVMA 3AJNA 4N1EI 2BQBA 1BWIA 3B0IA 1B5VA 1GE4A 4HJVA 1IP7A 5APFA 5HLLA 1EQ4A 1LSAA 1C08C 2A7DA 1YL1X 1JJ0A 1JUGA 3AGIA 2LYOA 2HEDA 1IEEA 1RFPA 3WUNA 2X0AA 1GFUA 3HFMY 5FDJA 4HV2A 1KIPC 2CWIA 2LYMA 4ET8A 2I6ZA 3EBAB 1NBYC 1FBIX 2EQLA 2WARA 1HMKA 1HEQA 1B7LA 3AZ5A 5IHGA 4OWBA 4OW1A 5KXRA 4LYBA 5II3A 1IORA 2Z2EA 2G4PA 1UC0A 2DQGY 3AGHA 3LN2A 4DD9A 1FLWA 2DQCY 3HBHA 2HEAA 3G3AB 4QEQA 4OWAA 1AM7A 1GPQC 207LA 1HENA 1HELA 1HEPA 2CGIA 4QY9A 2XTHA 4HP0A 4H9CA 1TBYA 2YBIA 5LYZA 1GBSA 4H8ZA 4CJ2A 1HC0A 4WM4A 4WLYA 1RJCB 5C6JA 135LA 3WL2A 4B0DA 1LHLA 4NIJA 3TXEA 3TXFA 1XGUC 1LSMA 1IR7A 1OP9B 2FYCA 2ZILA 1JISA 3GXRA 1SLYA 4NHPA 4NHSA 2HU3A 2DQHY 1YQVY 1H87A 2W1LA 1JITA 1GB9A 1NF5A 1H6MA 4OWEA 1LZ6A 4P2EA 3RNXA 1D9UA 5D5FA 2ZQ3A 4PJ2C 4WO6A 2AUBA 1FKVA 1G7IC 1DQJC 1GF0A 1NMMA 1LZAA 1GF8A 1LAAA 4Z41A 1J1XY 1DZBX 4G4HA 4NG8A 1NDMC 4WL7A 1I56A 1IC5Y 1LTMA 3B0OA 3W6AA 3WPLA 1GBWA 2BQJA 1LKRA 4NWEA 4IASA 3WUMA 4WG1A 1LZTA 1GEVA 1GFAA 1LHJA 5B1GA 1GXV2 1YROA 4M4OA 1E8LA 1QTEA 3CT5A 1OUIA 4DWXA 193LA 4GLVA 4XENA 1GF5A 4R0FA 4TSCA 1GF6A 1QSAA 1V7SA 4N1CC 4BADA 1JHLA 4O34A 4W94A 1JKDA 4B4IA 4GCBA 1GFRA 1IIZA 3TXIA 1I20A 1NDGC 1CKGA 2BQOA 3W6BA 5B59A 4OWHA 4LZTA 5LVIA 3TMWA 4HSFA 4BS7A 1BB4A 1YILA 1LSBA 3W3EA 2F4AA 1WQMA 2NWDX 4LT3A 1GAYA 1G7JC 1RI8B 3GXKA 1AT5A 2YBNA 1WQRA 4NGIA 1TDYA 1JKCA 4A7DA 1GF9A 1WVUA 5FEKA 1WQNA 1LZSA 3LHMA 4TUNA 1A4VA 5ILFA 1UBZA 1IR8A 4GCDA 1LPIA 1C10A 1VFBC 3A93A 4WLDA 4YOPA 1LMQA 1C46A 2ZIJA 3WU8A 2FYDA 1FLYA 1W6ZA 4DYGA 1IC4Y 4ETEA 4H9EA 2RSCA 3WU7A 9LYZA 5KXTA 5KXZA 4J0LA 1IR9A 4G4CA 134LA 2BAAA 5LVKA 1LJKA 1QDRA 2BQFA 4WM5A 1BWJA 1WTMA 3WUAA 1BB3A 2DQEY 2H9KA 2G4QA 1OUDA 4L41A 1LSFA 4D9ZA 3W6FA 2BQEA 3P68A 1NKHA 4XADA 4H93A 1GDXA 1IWYA 1DI4A 4PRQA 1F6RA 4WOAA 1CKFA 1RE2A 5HQ1A 1B7MA 1GB0A 1SQ2L 1LJFA 1JWRA 5DN4A 4YM8A 1AT6A 3W6DA 1IWXA 4BAFA 3TXKA 2C8PA 2BQDA 3SP3A 2BQMA 1FLQA 3G3BB 3LYTA 1VDSA 4NGVA 1GXXA 4ML7A 4OOOA 5E4PA 4CHXA 5B1FA 3WVYA 5FCPA 1IWZA 1I1ZA 2N5ZA 3A6BY 3ATNA 4NGOA 1LOZA 1VDPA 2CJLA 1GF3A 1JIYA 4WM6A 4GN4A 4H91A 4DC4A 1LZGA 1GFEA 4N9RA 3T36A 1CJ6A 4H9BA 3AB6A 4LFXA 4EMNA 4TWSA 1W08A 3A8ZA 1T6VL 4RW1A 1WQQA 4DDAA 4H8XA 133LA 1F10A 3M18B 1GFTA 3WXUA 4MSTA 4H8YA 2IHLA 4WMGA 5HNLA 5LA8A 1LZ1A 1UIAA 1PZYA 4RDSA 3N9AA 4DD3A 1YKXX 4AXTA 1LSZA 1REYA 1NBZC 2W1MA 6LYZA 4B4JA 2BQGA 2Z37A 1LHIA 4XN6A 1JKBA 4WLXA 1HMLA 5HMJA 1IOCA 3LYMA 1JTPL 1IP5A 1LZ9A 208LA 4HPIA 2DQJY 1NWGA 4RW2A 1IY3A 3WU9A 2MEEA 2XJWA 3ZVQA 5K7OA 1DKKA 1IOSA 1UIHA 1LZ4A 3TMUA 1IOTA 1GEZA 4FDYA 3LZTA 1OUJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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