1GXV2

Solution structure of lysozyme at low and high pressure
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
publication title Pressure-Dependent Changes in the Solution Structure of Hen Egg-White Lysozyme
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME C
total genus 55
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-04-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
2 PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1gxv200
5B1FA 3B0OA 5B07A 1IWXA 1YAOA 2H9KA 2W1YA 4NGIA 4QEQA 4WG1A 2BQNA 4XJDA 1GB7A 5DN5A 5I53A 1IR8A 3WPJA 1LJGA 1G7HC 1GF4A 1HEWA 2HU1A 1UCOA 4WLTA 1HFYA 2X0AA 4XJGA 4GCFA 4ANRA 4WO6A 1CJ7A 1YKZX 5E9RA 1HNLA 2ZIKA 5A3ZA 4D9ZA 4GLVA 1BB6A 1DKJA 1IY4A 1UIEA 1JTOL 4TX7A 4LZTA 1JKDA 5HMVA 1W6ZA 1GBSA 5F16A 4B0DA 1JPOA 2ZWBA 1GDWA 3WUNA 1B5WA 1G7JC 1UC0A 1VDQA 2G4PA 1XEKA 4UWUA 2BQFA 4R6CA 3AZ7A 1VAUA 1GFKA 2ZIJA 1E8LA 1LSPA 3B0KA 1FKVA 1BWIA 1LJFA 1B7LA 2YSSC 4OWAA 1BQLY 1CKHA 4WL6A 4ETEA 5IELA 5LXWA 3OK0A 4DD0A 1REMA 1WQMA 4AGAA 1MLCE 1QDRA 1LMTA 1F10A 1C45A 2DBTA 3HBHA 3N9EA 4NSHA 5KXKA 2BQIA 4C5FA 1HC0A 1B7MA 1LZBA 3G3AB 1GF9A 3TXHA 2FYCA 1IOQA 4H90A 4H9AA 3WVXA 4NIJA 4DD3A 2DQCY 5IHGA 5FSTA 1VFBC 1A4VA 4DC4A 1OUCA 1GFUA 1OP9B 3J4GA 5DM9A 4EOFA 3TXFA 2AUBA 2CGIA 2I25L 2H5ZA 3A3RX 4TSBA 1GWDA 1LHLA 1FLYA 1TAYA 3D9AC 1D6QA 4BADA 1HSXA 1XGQC 1IOCA 1Z55A 2Q0MX 2CJLA 1JWRA 1JJ0A 4H8YA 1RFPA 4ET8A 4NGZA 5LAGA 1GFEA 1GB5A 5B05A 1YKXX 2LYMA 1CJ8A 1GE0A 3ULRA 4FJRA 1CKGA 1O23A 4N5RA 3MGWA 1EQ5A 3CT1A 1JTTL 3B0IA 5FHWA 1FLUA 5I5QA 1LSMA 1LZ6A 3TMWA 4ETAA 1IP5A 1LJEA 4RLNA 4R0FA 8LYZA 2MEBA 1H6MA 1V7SA 4OWEA 1IIZA 3EMSA 2BQBA 1KIRC 1WQQA 1XGRC 3A34A 4IASA 4OOOA 1YROA 1GXV2 3QNGA 3AYQA 5KY1A 1QTKA 5KKIA 1WQPA 5KXPA 5LYTA 1UIDA 5I4XA 2EPEA 1UIBA 5B59A 2D6BA 2BLYA 2CDSA 4J0LA 1T6VL 4NGJA 4DDAA 2HEFA 1RI8B 1J1PY 1LSDA 2Z2EA 2F4AA 5F9XA 2H9JA 2YDGA 4NG1A 3WPLA 3M18B 1J1XY 1OUIA 3P65A 1LSEA 1VDTA 4LYOA 1F6RA 4NSIA 4BAPA 4HPEA 4QY9A 1LSZA 4LGKA 1LYYA 1LZEA 4DWXA 5LIOA 1D9UA 2G4QA 5B06A 3CT0A 2BQAA 1GB6A 1WTMA 4PGJB 4NGWA 1QUSA 4UWVA 4TWSA 4Z46A 5KJ9A 133LA 3RT5X 1LZNA 1YAQA 1YQVY 5KXLA 1FDLY 2FYDA 2ZILA 3CSQA 2LYOA 4H9FA 3OJPA 5L3IA 3AGHA 4QGZA 2N5ZA 5I4YA 5JENB 3AZ4A 1D6PA 1B5YA 2D4KA 2DQGY 2W1MA 4NHQA 4H9IA 4XN6A 3TXJA 4ETBA 5KXWA 4NHTA 5T3FA 1GF6A 1B7SA 4U3XB 1GDXA 2LHMA 1LYSA 4RW2A 4Z3MA 1CKCA 5HNLA 2HEAA 5ILCA 1IC7Y 2HTXA 1B7RA 1LMCA 1CJ6A 4YM8A 4LT2A 1GBXA 1N4FA 2C8OA 3IJVA 4ZIXA 1DXJA 1LJ3A 2MEAA 2YBMA 4J1BA 3WU9A 1UACY 4B4EA 1J1OY 4HTNA 5KXSA 4P2EA 1JSFA 4H92A 4XENA 4B1AA 154LA 1GFHA 3WYHA 4TUNA 2DQDY 1B7NA 1EQ4A 5F81A 5B1GA 3AZ6A 3D3DA 1JHLA 1VEDA 4YOPA 4H9CA 1V7TA 1YL0X 2BQGA 4B4IA 4W94A 1LMOA 1GFTA 1RJCB 2DQAA 4GCBA 2MEGA 4LYZA 4WM2A 3W6BA 1B2KA 4XJBA 5LVIA 1CKFA 1OUDA 1GBOA 1IP4A 1LAAA 3N9CA 9LYZA 1W08A 1I20A 3SP3A 4DD2A 1IWYA 4BAFA 2ZQ4A 5D5CA 1XSFA 4PPOA 1HERA 1DI3A 1GE3A 2BLXA 2LZ2A 5LAFA 1IO5A 1LPIA 1LZAA 1NMMA 5II3A 1OUJA 6LYTA 3VWOA 4NFVA 4O34A 1BVKC 5LVJA 4E3UA 1IWTA 1MELL 2Z12A 2HEDA 1GB9A 1RCMA 4OWCA 2BQJA 3LYZA 1GB8A 1D0LA 4Z98A 1GB3A 1IY3A 4H9HA 1YAMA 4H9BA 1LJKA 4LYMA 5LINA 1GBYA 2RSCA 4H9EA 1LSNA 4GN4A 1GFGA 4G49A 4GN3A 4PRQA 4NSGA 2HEBA 2YBLA 4NHSA 1FKQA 1HENA 1IP2A 3EO5A 1LJ4A 1B5ZA 4YF2A 4HTKA 1GFJA 3GXKA 1BHZA 5C6JA 4GCCA 1UIHA 4XADA 2F4GA 4NG8A 1UUZC 1B9OA 1HMLA 4OOTA 2XJWA 2B5ZA 1GAZA 3AW6A 3WL2A 1JKCA 2ZNXY 1HEPA 2D91A 4UWNA 4YEMA 1IORA 3A6BY 1G7MC 4WM4A 2BQKA 1F0WA 1LZTA 4WO9A 5LVHA 3LYMA 3AGIA 4LT1A 1JISA 3K3TA 5ILFA 3AGGG 4NGKA 3WU7A 1LSYA 1TDYA 208LA 2DQFC 1WQOA 2F30A 2Z39A 1SLYA 4CHXA 1OUBA 4KT3A 3TXDA 3AW7A 1NDMC 194LA 207LA 1GF5A 3WVYA 1HEMA 4ET9A 2Z2FA 1JEFA 5LYMA 4OWHA 1DI4A 1PS5A 1UIAA 4I0CA 1JTPL 3W3EA 1LZ9A 4N1EI 5HNCA 5FCPA 1WQNA 3EXDA 1GPQC 1I1ZA 1YIKA 1LZ1A 3WW5A 1OUEA 1D0KA 2MEIA 4BS7A 1AKIA 3T36A 1LZ8A 4TSCA 3CT5A 1YAPA 1DQJC 4DDBA 2HU3A 4HJZA 1IP7A 1GEVA 1LHMA 4H8XA 4NY5A 1IR7A 1NQIA 4PRUA 3WU8A 2F2NA 1LSAA 4HV2A 4XJFA 1LTMA 1XGPC 3LYOA 135LA 1LZSA 4CFOA 3TMXA 2YBNA 1C10A 1LHIA 1VATA 2DQIY 1IC4Y 1UICA 1IR9A 4DYGA 4LFXA 1GHLA 4MR1A 1OQMA 2ZQ3A 1B5XA 1P2CC 5IDDA 1IVMA 2BQLA 5LA5A 4NHPA 3WW6A 3AZ5A 1LJHA 1GAYA 1XGTC 4LT3A 1KIQC 2PC2A 1B7PA 2IFFY 1XEJA 2Z37A 5KXYA 2MEDA 2Z38A 1QDTA 1CNSA 1D0MA 1GD6A 3M3UA 4NGVA 4YEOA 5KXXA 3ZVQA 1GF8A 3HFMY 5C6LA 1HEOA 4X3BA 3LZTA 1IWZA 4N9RA 1GE2A 1YKYX 1IX0A 1ZMYL 3TXKA 1JIYA 134LA 1YL1X 4XJHA 5KXRA 2G4NA 3CSZA 5KXTA 3N9AA 4G4BA 2D4JA 3W6FA 1GB2A 4WM5A 3A93A 1ZVHL 1GF7A 1OUFA 2EKSC 2ZNWY 4J7VA 3TXGA 3A92A 1HEQA 1LMQA 4RW1A 2YBHA 1TCYA 4WM1A 1LZ4A 1KXWA 3BKVA 3F6ZA 1LSCA 4AXTA 1BGIA 2EQLA 1EL1A 2XTHA 2Z18A 4YENA 2BQOA 4G4CA 2ZYCA 5KXMA 2DKVA 7LYZA 1GFAA 3A91A 4L41A 5L9JA 1JUGA 1LZRA 2BPUA 1LMAA 1IP3A 1BWHA 1GB0A 3P68A 4CJ2A 4LYBA 4LYTA 4XYYA 4ML7A 3W6DA 2HUBA 4GLAA 4H1PA 1NHEA 1LZGA 1FLWA 4W96A 1EQEA 4DD7A 1NBYC 4KL7A 1LKRA 1UA6Y 3A6CY 1KXYA 4KPMA 5APDA 3TXEA 5KXZA 5LVKA 4NGLA 4OWBA 4WLXA 2HECA 1REYA 1UIGA 1LZ5A 4WG7A 1G7LC 5HQ1A 1LJNA 4H94A 2MEEA 5EBHA 3WUAA 2IHLA 2VB1A 2BQCA 1LZCA 3A8ZA 1RE2A 4J1AA 4RLMA 4IATA 3GXRA 1QIOA 3B72A 3WXTA 5I4WA 4H8ZA 1B5VA 5A3EA 1AT5A 1ZVYB 2BQEA 2DQJY 2MEFA 1B5UA 1JKAA 1NF5A 1REXA 1LJIA 4MSTA 1HFXA 1LOZA 3FE0A 2I6ZA 1QUTA 2YBIA 4HPIA 4HJVA 1DPXA 1DPWA 1F6SA 4A7DA 1IOTA 1AT6A 4GCEA 132LA 1QTEA 4QDNA 1GBZA 2NWDX 1JJ3A 1OUHA 2Y8PA 3TXIA 4DD9A 1LJJA 1LYOA 3A95A 2DQEY 2FBDA 2XBSA 4WMGA 3W6AA 1BB4A 3AJNA 4DDCA 153LA 1YANA 4TTDA 3LHMA 1LKSA 2WARA 1XGUC 2A7FA 4KXIA 3RU5A 3KAMA 1LSGA 1VDPA 4GN5C 5K7OA 1IP1A 2HEEA 4HTQA 4WLYA 2EIZC 5FDJA 2MEHA 1BWJA 1C43A 4PJ2C 1LHJA 3RNXA 1LMPA 1GXXA 1GBWA 1CKDA 1WVUA 1IWVA 1GFRA 1UBZA 4WOAA 5APEA 1IOSA 3T6UA 4C3WA 5LVGA 4N8ZA 2BQHA 2MECA 3QE8A 4GCDA 3AB6A 4HV1A 1NKHA 5LYZA 5F14A 1UIFA 3W6CA 5FEKA 4CFPA 5M1YA 1AZFA 1LHHA 2A7DA 2BQMA 2BAAA 4LYCA 1A2YC 1OUGA 4RDSA 1DZBX 4M4OA 5L3HA 1G7IC 1H87A 3B6LA 3WH1A 4DT3A 1QQYA 3QY4A 4HP0A 2FBBA 3ZEKA 4ZFPA 4MCKA 3WXUA 4NGYA 3ZVQB 3WMKA 1C46A 4B4JA 3ATNA 3TMUA 4NEBA 1NBZC 2Z19A 3P4ZA 3RZ4A 1BB5A 4LT0A 2LZTA 1DKKA 1YILA 1TBYA 1VDSA 2YVBA 1XEIA 1XFPL 5KXNA 4H91A 5HLLA 4M6DA 1B0DA 4NHIA 1HELA 4N1CC 4HSFA 4WL7A 4LFPA 1T3PA 1C08C 1LHKA 5FELA 1GF3A 1GE1A 3TMVA 1AM7A 4H93A 5AMYA 1WVVA 1LMNA 2BQDA 4NWHA 4IJ4A 3RW8A 1LZDA 5HMJA 1INUA 3BKHA 1SQ2L 1LSBA 1KXXA 1JKBA 2D4IA 1REZA 1BB3A 4G9SA 1JITA 4B49A 1GFVA 5J7CA 193LA 2DQHY 2YBJA 1NWGA 1NDGC 1JJ1A 5LA8A 3WPKA 2XBRA 3CB7A 1LCNA 1WTNA 3CQLA 2LYZA 1HHLA 1TEWA 1IWUA 3FI7A 1I56A 1WQRA 4HJYA 3A3QA 4XJIA 5APCA 5APFA 3ATOA 1GE4A 3E3DA 5F9UA 1OUAA 5D5FA 1ALCA 2CWIA 3WULA 1FN5A 1KIPC 1HMKA 5DL9A 5I54A 4NSJA 5KXOA 5E4PA 2W1XA 4NWEA 1IEEA 1FBIX 3LYTA 3LN2A 3HBEX 1IP6A 3P66A 4WM3A 1HF4A 3WUMA 4WLDA 1HSWA 1QSAA 2GV0A 3CSRA 3G3BB 1HFZA 1IC5Y 2C8PA 4G4HA 1B7OA 4FDYA 4Z41A 4WM6A 3A94A 1LYZA 1GF0A 1LZYA 4NGOA 2I26L 6LYZA 4CGEA 4ETCA 4N0JA 1B7QA 1IWWA 1PZYA 3J6KA 4I8SA 1LSFA 3IJUA 3W6EA 1C7PA 1QSWA 5DLAA 5DN4A 3TXBA 1BVXA 1CJ9A 3IWRA 4OW1A 3HBDA 1BB7A 4PHIA 3P64A 4ETDA 2W1LA 4II8A 4DD1A 3EBAB 5C6IA 5KKJA 1ZV5L 1JSEA 4ZEEA 3A96A 1DI5A 3A67Y 3A90A 2ZYPA 1FLQA 4EMNA 3LZ2A 1GEZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
205LA 2W1YA 1YAOA 4XJDA 5DN5A 1GB7A 3WPJA 4XJGA 4ANRA 2Q9EA 1QTZA 4EPFA 2ZIKA 1DKJA 2B73A 1GDWA 3WUNA 1JTNA 1XEKA 4UWUA 1WTHA 2ZIJA 3B0KA 1FKVA 1BWIA 253LA 1LJFA 1B7LA 2YSSC 3OK0A 1REMA 1MLCE 4EKQA 4NSHA 3SN6R 2BQIA 4LDOA 1D2WA 1PQDA 3G3AB 3WVXA 4H90A 4NIJA 2DQCY 139LA 5FSTA 1A4VA 1GFUA 3J4GA 5DM9A 2B75A 2AUBA 1L26A 1G0PA 4TSBA 2H5ZA 4BADA 1Z55A 1JWRA 1L51A 4H8YA 1RFPA 4ET8A 5LAGA 143LA 137LA 5FHWA 1FLUA 3LZMA 1LSMA 1L20A 4R0FA 1T8FA 2MEBA 3A34A 1GXV2 3AYQA 5LYTA 1UIDA 2EPEA 147LA 1C67A 2HEFA 5F9XA 1L65A 2H9JA 2YDGA 4NG1A 3V2YA 3WPLA 3M18B 4LYOA 3P65A 1L11A 4QY9A 4LGKA 3HH5A 1LYYA 195LA 2G4QA 3CT0A 2CUUA 1WTMA 4UWVA 4Z46A 210LA 1C6KA 1LZNA 4H9FA 5L3IA 3AGHA 5JENB 1ZWNA 4LDLA 2QARC 3TXJA 5KXWA 1JTMA 1GDXA 4S0WA 4U3XB 4Z3MA 1CKCA 4YM8A 1CJ6A 4LT2A 2C8OA 4ZIXA 1DXJA 2MEAA 3WU9A 1UACY 1JSFA 1L33A 156LA 2RB1X 1L55A 168LA 5F81A 1B7NA 1LYDA 221LA 112LA 1VEDA 1D3NA 3V2WA 4W94A 1LMOA 2QB0B 200LA 230LA 1GBOA 1LAAA 3N9CA 1SSYA 1W08A 1L82A 1XSFA 1HERA 1L54A 1LWGA 190LA 1D3JA 2HEDA 4H9BA 5LINA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5B1F A;  3B0O A;  5B07 A;  1IWX A;  1YAO A;  2H9K A;  2W1Y A;  4NGI A;  4QEQ A;  4WG1 A;  2BQN A;  4XJD A;  1GB7 A;  5DN5 A;  5I53 A;  1IR8 A;  3WPJ A;  1LJG A;  1G7H C;  1GF4 A;  1HEW A;  2HU1 A;  1UCO A;  4WLT A;  1HFY A;  2X0A A;  4XJG A;  4GCF A;  4ANR A;  4WO6 A;  1CJ7 A;  1YKZ X;  5E9R A;  1HNL A;  2ZIK A;  5A3Z A;  4D9Z A;  4GLV A;  1BB6 A;  1DKJ A;  1IY4 A;  1UIE A;  1JTO L;  4TX7 A;  4LZT A;  1JKD A;  5HMV A;  1W6Z A;  1GBS A;  5F16 A;  4B0D A;  1JPO A;  2ZWB A;  1GDW A;  3WUN A;  1B5W A;  1G7J C;  1UC0 A;  1VDQ A;  2G4P A;  1XEK A;  4UWU A;  2BQF A;  4R6C A;  3AZ7 A;  1VAU A;  1GFK A;  2ZIJ A;  1E8L A;  1LSP A;  3B0K A;  1FKV A;  1BWI A;  1LJF A;  1B7L A;  2YSS C;  4OWA A;  1BQL Y;  1CKH A;  4WL6 A;  4ETE A;  5IEL A;  5LXW A;  3OK0 A;  4DD0 A;  1REM A;  1WQM A;  4AGA A;  1MLC E;  1QDR A;  1LMT A;  1F10 A;  1C45 A;  2DBT A;  3HBH A;  3N9E A;  4NSH A;  5KXK A;  2BQI A;  4C5F A;  1HC0 A;  1B7M A;  1LZB A;  3G3A B;  1GF9 A;  3TXH A;  2FYC A;  1IOQ A;  4H90 A;  4H9A A;  3WVX A;  4NIJ A; 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 1LHK A;  5FEL A;  1GF3 A;  1GE1 A;  3TMV A;  1AM7 A;  4H93 A;  5AMY A;  1WVV A;  1LMN A;  2BQD A;  4NWH A;  4IJ4 A;  3RW8 A;  1LZD A;  5HMJ A;  1INU A;  3BKH A;  1SQ2 L;  1LSB A;  1KXX A;  1JKB A;  2D4I A;  1REZ A;  1BB3 A;  4G9S A;  1JIT A;  4B49 A;  1GFV A;  5J7C A;  193L A;  2DQH Y;  2YBJ A;  1NWG A;  1NDG C;  1JJ1 A;  5LA8 A;  3WPK A;  2XBR A;  3CB7 A;  1LCN A;  1WTN A;  3CQL A;  2LYZ A;  1HHL A;  1TEW A;  1IWU A;  3FI7 A;  1I56 A;  1WQR A;  4HJY A;  3A3Q A;  4XJI A;  5APC A;  5APF A;  3ATO A;  1GE4 A;  3E3D A;  5F9U A;  1OUA A;  5D5F A;  1ALC A;  2CWI A;  3WUL A;  1FN5 A;  1KIP C;  1HMK A;  5DL9 A;  5I54 A;  4NSJ A;  5KXO A;  5E4P A;  2W1X A;  4NWE A;  1IEE A;  1FBI X;  3LYT A;  3LN2 A;  3HBE X;  1IP6 A;  3P66 A;  4WM3 A;  1HF4 A;  3WUM A;  4WLD A;  1HSW A;  1QSA A;  2GV0 A;  3CSR A;  3G3B B;  1HFZ A;  1IC5 Y;  2C8P A;  4G4H A;  1B7O A;  4FDY A;  4Z41 A;  4WM6 A;  3A94 A;  1LYZ A;  1GF0 A;  1LZY A;  4NGO A;  2I26 L;  6LYZ A;  4CGE A;  4ETC A;  4N0J A;  1B7Q A;  1IWW A;  1PZY A;  3J6K A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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