1HERA

Structural and thermodynamic analysis of compensating mutations within the core of chicken egg white lysozyme
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNSQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and thermodynamic analysis of compensating mutations within the core of chicken egg white lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Gallus gallus
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1herA00
3KAMA 1HSXA 1UCOA 1B7MA 3W6FA 1IP7A 4NGYA 2ZIJA 4PPOA 5KKIA 4OWEA 1HEQA 5KXKA 1JJ1A 1HFYA 1LJKA 4NGJA 2Z2FA 4A7DA 3A67Y 2CDSA 1HERA 1LMNA 1LOZA 4LFPA 1T3PA 2HEDA 1NQIA 2HEFA 1FN5A 3EBAB 4MCKA 4N1EI 2VB1A 4ETBA 1VDPA 1IR7A 1BWJA 1QDTA 3A3RX 3WW6A 1LCNA 1XGTC 1YKYX 3AW7A 3TMWA 4WOAA 1GDXA 1GEZA 2BQCA 1GE2A 1VFBC 3AW6A 4DDCA 3CQLA 2HEBA 4H92A 1GFVA 2BPUA 4OOOA 5DL9A 1HEOA 5T3FA 4UWUA 1LHJA 3W6AA 5C6JA 4YOPA 4YF2A 4H94A 1BHZA 4RW2A 4WM5A 1IP2A 1UACY 1IC5Y 4NGKA 1REZA 5KXYA 4HPEA 3QY4A 1RFPA 1G7JC 4H91A 1W08A 5LIOA 5M1YA 4NHQA 3A90A 1C7PA 4ETAA 1KXXA 1OUJA 2G4PA 1H6MA 4TWSA 4WG7A 4WLXA 2D91A 1LZNA 1GB9A 2IFFY 1HEMA 2YSSC 4HTQA 4DT3A 2BQBA 4DD3A 1IOTA 4FDYA 4NHIA 4PRQA 3WU8A 2WARA 1LAAA 4HJVA 208LA 1QTKA 5A3ZA 4N0JA 4DYGA 1F10A 4Z3MA 1LPIA 4XJBA 4YENA 3WXTA 2LZTA 5KXZA 4WL6A 1B7QA 3TXKA 1F6RA 1IORA 5DM9A 1P2CC 3A94A 1SLYA 4CFOA 5KXRA 1IWUA 1QUSA 3AGGG 1GBSA 133LA 2FBDA 3W6EA 5FDJA 1GBYA 2YVBA 1ZVHL 4NSJA 5IHGA 1JJ3A 2BQIA 4HTNA 2BQDA 2C8OA 5I54A 1LZSA 2MEBA 2H9JA 3TXFA 1WQPA 3HBDA 1BQLY 5L3IA 1XGPC 4BADA 4CHXA 1KIQC 1GB7A 4HTKA 1G7IC 4NEBA 2W1LA 2HU3A 5LVIA 2DBTA 4B4IA 5KXPA 3AYQA 3A92A 1CKGA 4GCEA 3P4ZA 1IY4A 3BKVA 1MLCE 2DQFC 2Z18A 4G4BA 4XJGA 4RDSA 4NSIA 3VWOA 1BWIA 3A6BY 4UWNA 2LHMA 1B7NA 1J1OY 2BQOA 3WPJA 2YBJA 1GF5A 4PRUA 8LYZA 4XYYA 1FBIX 4W94A 1GE4A 2A7FA 3ATNA 2HEEA 2MECA 1B7SA 1JKBA 1NF5A 2LZ2A 3P66A 3WL2A 2DQHY 5HLLA 3SP3A 1IR9A 4H9EA 4P2EA 2XBRA 4GN3A 5II3A 1GFUA 4HP0A 1YL0X 1FLQA 4OWBA 1JPOA 1I56A 1LJGA 1IY3A 2F4GA 1LSDA 1OUFA 2Z19A 2Z12A 3WULA 1IO5A 2HUBA 3IJVA 2H9KA 3HBHA 1IWWA 2D4IA 2DQCY 1GFHA 1EL1A 2BQGA 1OP9B 1LMCA 1DQJC 1IR8A 2MEHA 3OJPA 4NY5A 3LZ2A 5KXSA 5HNCA 1IEEA 5I5QA 4ETEA 1EQ4A 1GWDA 4NGLA 4B1AA 1D6PA 1GE1A 194LA 2PC2A 5LAFA 4H93A 3T6UA 3T36A 1AT6A 4LYBA 2BQJA 2B5ZA 2CGIA 1WQQA 4QY9A 4KL7A 4H8ZA 4NFVA 3WPKA 4NSHA 5J7CA 1UIFA 5KY1A 1RJCB 1UBZA 5APEA 2BQKA 4WM6A 3WYHA 1C45A 1CKDA 1DPXA 1IIZA 3B0IA 5AMYA 1VATA 4NHSA 1A2YC 2GV0A 4XADA 2ZIKA 1B5WA 132LA 1LJFA 1RI8B 5DN4A 2MEDA 3WU9A 1LJ3A 2HECA 1JTOL 2BQHA 5B07A 1NHEA 1XEKA 2Z38A 1JHLA 3LYTA 5IDDA 1Z55A 3IWRA 2BQNA 2DQEY 1NKHA 1NDMC 2HU1A 3LYZA 4OOTA 207LA 4WL7A 1GF9A 1LZBA 4N9RA 1C08C 3AGHA 2D6BA 1GB5A 1HMLA 1LJEA 2EPEA 3TMVA 4HV2A 4I8SA 1YILA 4OWHA 1NBYC 2DQDY 2F4AA 4MSTA 4GCBA 1JSFA 4OWAA 3N9AA 3WXUA 4ANRA 5DLAA 3EXDA 4H9BA 5F9UA 1MELL 2XJWA 3WPLA 1CKCA 4KXIA 4Z41A 5K7OA 4LGKA 4BAFA 4DD7A 1GFGA 1LZDA 6LYZA 1XEJA 1GE0A 4NGIA 4D9ZA 4WMGA 4DC4A 2H5ZA 5LXWA 4ML7A 1DKJA 2W1XA 3K3TA 4Z98A 5E4PA 1NDGC 1JKCA 7LYZA 3FI7A 3TXHA 2MEGA 1D0MA 1WQRA 4KT3A 1LMAA 4QDNA 4WM3A 3WUAA 2I25L 154LA 1GFEA 2IHLA 1LSFA 1CJ6A 1INUA 2AUBA 4TTDA 1TAYA 1UIAA 1LMTA 1KIPC 5B1FA 1WVUA 3ZEKA 1QSWA 3A8ZA 3AGIA 4IASA 4NHPA 4XN6A 5ILCA 1HFZA 4WM1A 1OUCA 4C5FA 2Z2EA 2BQLA 1B7RA 4LFXA 1G7MC 4R6CA 3AB6A 1H87A 1FDLY 4TX7A 4WM4A 1FLUA 1UIDA 1IWYA 2BAAA 1LSNA 1OUHA 2ZYPA 1LSMA 3BKHA 3TXGA 1BB5A 1IOCA 1GPQC 4II8A 1AT5A 1T6VL 4GCFA 4PGJB 5C6IA 4H9AA 1LZ4A 1CJ7A 4NGOA 1W6ZA 4DDAA 1QSAA 1V7TA 1YANA 4H9CA 3CB7A 3QE8A 3TXJA 1YAQA 3WVXA 3A6CY 2BQEA 3WUMA 4TSCA 5KXTA 1LKSA 2BLXA 4LT0A 5KXWA 4G9SA 1B5YA 1UIBA 4WLDA 1REXA 3LHMA 1BB4A 4GCDA 5E9RA 1GHLA 6LYTA 1PZYA 1JUGA 3WH1A 5LYTA 5KXXA 1J1XY 3B72A 3CT1A 1LZ8A 4GN5C 5D5CA 4BAPA 1D0LA 1OUGA 1DZBX 1OUDA 4E3UA 4LT2A 4UWVA 1J1PY 1LSAA 3ULRA 5I4YA 1OUEA 3M18B 1GFJA 1UICA 1IC7Y 1YAMA 1VEDA 4W96A 4KPMA 1G7LC 3F6ZA 4LYMA 1VDTA 4WM2A 1XEIA 3B6LA 3G3AB 4DDBA 1TCYA 1JSEA 2EQLA 1GB6A 1LYYA 1CJ9A 2ZQ3A 1F6SA 1LHIA 4LYTA 3ZVQA 2D4KA 1D0KA 1IP4A 3A3QA 4LT1A 3WU7A 4L41A 1NWGA 1RCMA 1LZCA 2F30A 4EMNA 1GBOA 1B5UA 5FCPA 1IOSA 3ATOA 4G49A 1B7PA 4M6DA 4CFPA 1GAZA 1LZ5A 1NMMA 1LSCA 4LT3A 2EIZC 1LTMA 5KXMA 5C6LA 1LJHA 1GXXA 1GF0A 1LJJA 4IJ4A 1AKIA 1IP5A 4MR1A 1WTNA 4XJDA 5F9XA 1GEVA 1GBZA 1LSYA 1JITA 1LHMA 1LYZA 3AZ6A 1GE3A 1GBWA 4NHTA 1LSZA 1IWVA 5L9JA 3CSZA 4RW1A 4HV1A 1B9OA 2ZWBA 5LVJA 2A7DA 1OQMA 1IX0A 1ZV5L 4WO6A 3N9CA 5KXLA 1QQYA 3B0OA 4WLTA 4LZTA 4G4CA 4ET9A 4NSGA 5APFA 3W6DA 1FKVA 1IP6A 2N5ZA 4NIJA 4RLNA 4O34A 1LMQA 4FJRA 4LYCA 1EQ5A 1BB6A 2G4NA 1B5XA 5B1GA 1GB3A 1AM7A 1FLYA 3W6BA 1D6QA 4CGEA 5KXOA 1YKZX 1GFRA 3LN2A 1JEFA 1DPWA 1GF4A 1XGRC 2BQFA 3TXEA 1GF7A 2F2NA 1B5ZA 1HFXA 1DI5A 1EQEA 1GDWA 4OW1A 4H1PA 5ILFA 1B5VA 4XENA 2Q0MX 5KKJA 3TMUA 1TEWA 1B2KA 1HSWA 4QEQA 1GBXA 2ZQ4A 4N1CC 5D5FA 5I4WA 1HC0A 3AZ7A 3TMXA 1DXJA 1B7LA 1LMPA 1I20A 4EOFA 2MEFA 4HPIA 1LZRA 4B0DA 4DWXA 3CT5A 1LZ6A 1HNLA 4ETDA 4H9IA 1HELA 1JIYA 1GD6A 1WQNA 3A34A 3A95A 1LZTA 4NG1A 3B0KA 1C43A 2Z37A 4AXTA 4ZEEA 4XJFA 4RLMA 1KIRC 2YDGA 1LZAA 4DD0A 4HJZA 2I26L 1OUIA 2NWDX 1GB0A 5FSTA 5B05A 193LA 2HTXA 1QTEA 2DQAA 4HJYA 1JTTL 1CNSA 2YBMA 1AZFA 1LYOA 1BVXA 1B7OA 1O23A 1YAOA 4J0LA 4ET8A 1QDRA 5FEKA 2FBBA 2MEEA 1IWTA 5A3EA 5I4XA 135LA 1LJIA 1OUAA 4R0FA 1LHLA 2D4JA 1IWXA 5F14A 5APCA 1WQMA 1VDQA 2XBSA 5L3HA 1V7SA 3EO5A 2C8PA 5LVKA 4DD1A 1BGIA 4C3WA 1ALCA 1REMA 4U3XB 1XFPL 1IP1A 1HEWA 4PHIA 4X3BA 4ETCA 1GFKA 1WQOA 3A93A 3LZTA 1ZMYL 2LYMA 1LSBA 4NGZA 1GB8A 1QUTA 1TBYA 1XGQC 1VDSA 3J6KA 1A4VA 3FE0A 1LJ4A 4YEOA 5LYZA 5FELA 1DKKA 5KXNA 1UUZC 2YBNA 2ZILA 4ZFPA 3W6CA 1JTPL 1LZEA 1YL1X 1UC0A 9LYZA 1LZGA 2MEIA 1LHHA 1BWHA 2CWIA 3P65A 4LYOA 2LYZA 4WG1A 3AZ5A 5LA5A 3D9AC 2W1MA 1GF6A 3G3BB 2HEAA 4QGZA 4WO9A 4H8YA 4TUNA 3N9EA 4DD9A 3AJNA 3GXKA 1IP3A 3CT0A 3W3EA 134LA 1CKHA 5LAGA 1G7HC 1CKFA 5DN5A 3M3UA 3D3DA 3P64A 4HSFA 1GF3A 1GFAA 3P68A 4N5RA 4M4OA 5I53A 3TXIA 3J4GA 1F0WA 4LYZA 3RNXA 2X0AA 1IVMA 1RE2A 1LJNA 2ZNWY 1YKXX 4H8XA 4YM8A 1C46A 1GB2A 1KXWA 1YROA 3TXBA 1BB7A 3GXRA 1JWRA 3IJUA 4AGAA 2FYCA 1FLWA 1LMOA 4YEMA 3HFMY 1CJ8A 3LYMA 4DD2A 5B59A 4ZIXA 4XJHA 1JISA 1WTMA 5KJ9A 4H9HA 2BQAA 1REYA 2Y8PA 3WMKA 1LYSA 2W1YA 5APDA 4WLYA 1XSFA 1HF4A 1ZVYB 5F16A 3RT5X 1YQVY 2LYOA 1GAYA 2G4QA 4IATA 5HMJA 1LSGA 5IELA 4NG8A 1UIEA 3OK0A 4NGVA 1GFTA 1HEPA 2ZNXY 5JENB 5B06A 1BVKC 3EMSA 5LYMA 3HBEX 1IOQA 4NWHA 1BB3A 3WUNA 2CJLA 3WVYA 3RW8A 1IWZA 4NGWA 2XTHA 5HMVA 1FKQA 4OWCA 3TXDA 4H90A 1PS5A 4H9FA 1UIHA 2Z39A 5EBHA 2BLYA 4TSBA 2YBHA 3RZ4A 3QNGA 2EKSC 1LKRA 3LYOA 1E8LA 5LINA 1LZ1A 4B4JA 2DQIY 4N8ZA 1LSPA 2BQMA 1LHKA 3E3DA 2DQJY 2MEAA 1XGUC 2YBIA 3RU5A 3CSQA 5F81A 3A96A 1C10A 2I6ZA 1NBZC 4GN4A 4Z46A 5LVGA 3ZVQB 153LA 1TDYA 1LZ9A 1DI4A 4NWEA 4J7VA 4PJ2C 1JKDA 1IC4Y 1GF8A 1I1ZA 1HHLA 4GLVA 1UA6Y 4XJIA 1QIOA 2YBLA 3WW5A 1YAPA 4B49A 1GXV2 1N4FA 1UIGA 4G4HA 4GCCA 3CSRA 2DKVA 2DQGY 2FYDA 2RSCA 1WVVA 4J1AA 1D9UA 4BS7A 1HMKA 1DI3A 1LSEA 4B4EA 1HENA 1KXYA 2ZYCA 1JKAA 1OUBA 1SQ2L 4CJ2A 5LA8A 3MGWA 5FHWA 5HNLA 3A91A 1LZYA 4J1BA 5HQ1A 3AZ4A 1VAUA 4I0CA 1JJ0A 1B0DA 1YIKA 5LVHA 4GLAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2LCBA 3W6FA 1L98A 171LA 1JJ1A 4NGJA 2Z2FA 1L74A 1HERA 4W52A 1LOZA 2Q9EA 1QDTA 1YKYX 3AW7A 1QTHA 110LA 251LA 1GEZA 1GE2A 125LA 2BPUA 4OOOA 5DL9A 1HEOA 5T3FA 3DMZA 4UWUA 1IP2A 1UACY 1IC5Y 1REZA 1W08A 5LIOA 1LI6A 3V2WA 1HEMA 4DT3A 4PRQA 3WU8A 1C6PA 1C6AA 1L56A 1LPIA 2LZTA 4DAJA 1DYEA 2RAYX 1P2CC 1SLYA 1IWUA 3UONA 1QTCA 4HTNA 1LZSA 3SB9A 3TXFA 1BQLY 4BADA 1KIQC 1GB7A 1CV3A 1CU0A 1XEPA 4GCEA 3P4ZA 4W55A 3BKVA 1MLCE 2Z18A 3HDFA 4RDSA 4NSIA 4DJHA 1BWIA 2IGCA 4UWNA 3C83A 2BQOA 1L44A 3WPJA 108LA 4PRUA 3ATNA 2MECA 1JKBA 232LA 1P2RA 3WL2A 4I7NA 4H9EA 5II3A 1L62A 1QT4A 1YL0X 1JPOA 1LJGA 1L42A 1QUDA 1OUFA 1IO5A 3HBHA 3WUNA 3SB7A 1OP9B 1LMCA 5KXSA 1IR8A 1IEEA 4DQJA 1L29A 1EQ4A 222LA 3T6UA 4H93A 1AT6A 4KL7A 4H8ZA 3WPKA 5J7CA 4NSHA 2BQKA 1IIZA 1VATA 4NHSA 4XADA 132LA 2B6TA 2MEDA 1LJ3A 1L30A 1L63A 2HECA 4YXCA 2BQHA 1XEKA 3EMLA 1D2WA 3LYTA 5IDDA 2OU9A 4OOTA 1NDMC 1LZBA 2D6BA 4HV2A 4I8SA 4OWAA 107LA 5DLAA 5F9UA 4Z41A 1CKCA 5K7OA 2B74A 4DC4A 2H5ZA 173LA 5E4PA 3TXHA 4QDNA 4KT3A 154LA 1LSFA 1CJ6A 2B7XA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3KAM A;  1HSX A;  1UCO A;  1B7M A;  3W6F A;  1IP7 A;  4NGY A;  2ZIJ A;  4PPO A;  5KKI A;  4OWE A;  1HEQ A;  5KXK A;  1JJ1 A;  1HFY A;  1LJK A;  4NGJ A;  2Z2F A;  4A7D A;  3A67 Y;  2CDS A;  1HER A;  1LMN A;  1LOZ A;  4LFP A;  1T3P A;  2HED A;  1NQI A;  2HEF A;  1FN5 A;  3EBA B;  4MCK A;  4N1E I;  2VB1 A;  4ETB A;  1VDP A;  1IR7 A;  1BWJ A;  1QDT A;  3A3R X;  3WW6 A;  1LCN A;  1XGT C;  1YKY X;  3AW7 A;  3TMW A;  4WOA A;  1GDX A;  1GEZ A;  2BQC A;  1GE2 A;  1VFB C;  3AW6 A;  4DDC A;  3CQL A;  2HEB A;  4H92 A;  1GFV A;  2BPU A;  4OOO A;  5DL9 A;  1HEO A;  5T3F A;  4UWU A;  1LHJ A;  3W6A A;  5C6J A;  4YOP A;  4YF2 A;  4H94 A;  1BHZ A;  4RW2 A;  4WM5 A;  1IP2 A;  1UAC Y;  1IC5 Y;  4NGK A;  1REZ A;  5KXY A;  4HPE A;  3QY4 A;  1RFP A;  1G7J C;  4H91 A;  1W08 A;  5LIO A;  5M1Y A;  4NHQ A;  3A90 A;  1C7P A;  4ETA A;  1KXX A;  1OUJ A;  2G4P A;  1H6M A;  4TWS A;  4WG7 A;  4WLX A;  2D91 A;  1LZN A;  1GB9 A;  2IFF Y;  1HEM A;  2YSS C;  4HTQ A;  4DT3 A;  2BQB A;  4DD3 A;  1IOT A;  4FDY A;  4NHI A;  4PRQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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