1HSXA

Lysozyme grown at basic ph and its low humidity variant
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of orthorhombic lysozyme grown at basic pH and its low-humidity variant.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
total genus 43
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1998-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1hsxA00
5KXRA 2HEFA 2W1MA 2LZTA 4HJYA 4DD0A 3AGGG 3WUAA 4DYGA 2D4IA 1GFVA 1GAYA 3HBHA 1YQVY 4H9FA 4WM5A 4UWVA 3IJUA 2EPEA 4BADA 5F9XA 2ZIKA 4H9BA 4LYTA 1UBZA 3TXEA 2X0AA 3CSZA 2ZIJA 1JHLA 1B9OA 3WPJA 1IO5A 1IOCA 1LKSA 5I4YA 5KXWA 3RW8A 5F9UA 4LT3A 1LCNA 1LSBA 1D6PA 2FYCA 1B7NA 1XGPC 5AMYA 207LA 1LJEA 5KY1A 4UWUA 1IY4A 1LOZA 1DPWA 3FE0A 5F14A 2XBRA 2D91A 3ZVQA 4ET9A 1LYSA 4ETDA 3KAMA 1IP7A 4PGJB 2BQIA 2YBMA 1B5YA 5KXTA 4ET8A 2A7FA 5I53A 1GFHA 4DC4A 4I0CA 1DI3A 1YROA 3ULRA 2W1LA 1LMNA 4B0DA 1J1OY 5FCPA 5ILCA 4Z3MA 4LYOA 1FLQA 3E3DA 1TAYA 2W1YA 1BB4A 3EBAB 5KXMA 5F81A 133LA 1B7LA 2Y8PA 5APDA 1BWIA 1G7LC 1LSZA 4GLVA 4OW1A 4WO6A 1LTMA 3P64A 4PHIA 1J1XY 2DQDY 4KL7A 4KXIA 4NGJA 3CSRA 5I5QA 1VFBC 7LYZA 4NGKA 1GFGA 4LGKA 4LT0A 3G3AB 4TWSA 4WO9A 1ZVYB 4DD2A 4NG1A 1G7HC 1RJCB 2HECA 1FLYA 1C45A 1IOQA 1RI8B 1HSWA 4WMGA 1NBYC 2BQLA 1VATA 1J1PY 1B7SA 1H87A 1LMTA 2N5ZA 4D9ZA 2G4PA 1BVXA 154LA 1BWHA 1T6VL 4ETBA 1TEWA 1LHMA 4GN3A 194LA 1HEWA 3D9AC 5L3HA 4WL7A 2ZILA 1LSDA 3B0IA 3QE8A 3A92A 4PRUA 5LAFA 1GBSA 4LFPA 3B6LA 2DQCY 2XJWA 1AT5A 3N9EA 3A96A 2NWDX 1BGIA 4WL6A 4NGIA 1KIRC 2BQNA 1LSNA 1YKXX 3WUMA 1W08A 3AZ4A 4OWBA 1D9UA 5D5FA 1OQMA 1OUAA 4XJGA 1AM7A 3CSQA 1QDTA 1NHEA 1HSXA 1AT6A 4TX7A 4R6CA 3WPLA 3AW6A 4YEOA 3TMXA 1UCOA 1IR8A 2XBSA 4OOTA 1XSFA 3TMVA 1TCYA 5FHWA 5LVGA 1F0WA 3LZ2A 4DDAA 5C6JA 1DXJA 2D4JA 1YAQA 1OUCA 3A8ZA 1JSFA 5LINA 1CKDA 4M4OA 3RZ4A 1IP1A 1LJGA 1LJKA 1LHHA 4NHSA 4U3XB 4G9SA 1NQIA 2LYOA 1B7MA 1GBOA 1IY3A 1HMLA 4CFPA 2Z39A 1RFPA 1RCMA 2BAAA 4QEQA 1I1ZA 1LSFA 4L41A 1LJNA 1HFZA 1LZDA 3OK0A 4NGYA 5B07A 3W6CA 153LA 1CNSA 2BQDA 3A94A 1GF8A 2D6BA 3P68A 1WVVA 3WVXA 2HUBA 1LZSA 1BB7A 1GFKA 3B0OA 1TBYA 5LVHA 4NIJA 1LSAA 4RW1A 1CKFA 4O34A 2CGIA 1B5ZA 1VEDA 3G3BB 4BS7A 2Z18A 4HPIA 134LA 4IJ4A 4WM6A 4G4HA 3WUNA 5J7CA 4H93A 1GF0A 1GF4A 1LZCA 4NSHA 1LJJA 2YVBA 1LZRA 4EOFA 2HEDA 3RU5A 1B0DA 4CFOA 5LXWA 4WLTA 2MEHA 1UIBA 4MR1A 2YBIA 1EQ5A 1GFJA 1GWDA 8LYZA 1H6MA 5KXOA 1HMKA 5L3IA 1E8LA 5ILFA 2MEBA 3A95A 1LYOA 1YAPA 1D0KA 4H9HA 5FSTA 1D6QA 2BQEA 1GFAA 4HJZA 4DD3A 2BQHA 3W6FA 4G49A 1LSYA 4KPMA 1VAUA 1YKZX 2ZNXY 3TXBA 4B49A 1YL0X 2F2NA 3AZ5A 5HNCA 2DKVA 1PS5A 5APEA 1UIGA 4MSTA 5M1YA 3TXGA 4PPOA 3W6BA 3WU7A 1BHZA 4QDNA 1IIZA 1IP2A 5LVJA 1HHLA 1DZBX 2BQOA 4H9EA 1INUA 1DI5A 3CQLA 3LZTA 3P66A 1GE2A 3QY4A 1GF9A 4XENA 1IWZA 4CJ2A 3OJPA 1DI4A 1REZA 2ZQ3A 3GXRA 3HBDA 4DD1A 1O23A 3RNXA 5HMJA 5C6IA 2YBHA 2BQBA 3N9CA 4J7VA 1LSGA 1JJ3A 3AW7A 4HV1A 3HFMY 3A6BY 1GEVA 4DDCA 1B5VA 1OUHA 5KKJA 1IWYA 4OWCA 2Q0MX 1LSCA 3J6KA 1DQJC 5LAGA 1QDRA 1LZ4A 1LZ1A 2HTXA 3IJVA 5DN5A 1QIOA 2DQHY 1JSEA 2F4AA 1IP3A 2EQLA 3ZVQB 1GB2A 3WYHA 4RLMA 4NFVA 2DQFC 5IDDA 3M18B 1LYZA 4H9CA 2RSCA 1ALCA 1FBIX 3A3QA 1LHIA 2BLXA 1GBXA 2W1XA 1NDGC 4CHXA 1P2CC 2CWIA 4NGZA 4X3BA 5APFA 1CJ7A 4LT1A 4LT2A 5KXYA 1LYYA 4OOOA 4W94A 2BQAA 1GDWA 4XJHA 1KIPC 4EMNA 4A7DA 5LA5A 4WG1A 4WLYA 4KT3A 2LZ2A 1AZFA 1QTKA 135LA 1GBYA 5B1FA 4WM1A 4MCKA 1B7OA 6LYTA 1LZNA 2ZWBA 5KXPA 1OP9B 4NGWA 5LYZA 3WW5A 4NSGA 4IASA 1GB0A 1CKGA 1LZ9A 2ZNWY 3AYQA 2DQEY 2B5ZA 2DQJY 2YDGA 4H94A 1XEJA 4NEBA 4UWNA 1XGUC 3WXTA 4B4IA 1LZ5A 4H8XA 1UIEA 2DQGY 4H90A 5LIOA 2MEGA 1A4VA 1B7RA 3WMKA 3AJNA 1ZV5L 1B7PA 1VDPA 1LZ6A 3F6ZA 1WQMA 2YBJA 3GXKA 4HJVA 5HLLA 1GB7A 3WXUA 1REYA 1LAAA 1KXWA 4OWHA 5DL9A 5EBHA 4C3WA 3T6UA 208LA 5FEKA 1QQYA 1IWVA 1GFTA 3B72A 4GCBA 2HU3A 3EXDA 4HSFA 4BAPA 1IOTA 1A2YC 1JJ0A 1YAMA 2C8PA 3J4GA 2HEAA 3LN2A 4TTDA 1VDSA 4TSCA 1T3PA 5B05A 1JEFA 5K7OA 1CKHA 4NY5A 1XGRC 3WPKA 1GD6A 4GN5C 2BQGA 4LYMA 4WG7A 4OWEA 4XADA 1GB5A 1DKKA 3W3EA 4DT3A 193LA 4ETEA 1EQEA 4QY9A 1BQLY 1GFRA 1QSWA 1GDXA 1RE2A 1FN5A 1IEEA 1LJ4A 3FI7A 5KXLA 3A90A 3WW6A 5DN4A 1IWXA 4NSJA 1UIHA 4TUNA 5KXZA 4QGZA 3WULA 3D3DA 4GN4A 1LZTA 1REMA 4GCDA 2WARA 2I26L 1WVUA 5F16A 3IWRA 3TXDA 4H8YA 1V7SA 1IP5A 4IATA 3EO5A 4E3UA 1QUSA 2Z12A 5IHGA 2PC2A 4LYCA 1LMQA 5LVKA 1LSMA 3B0KA 3TMWA 1QTEA 1OUBA 4J1AA 3W6AA 4W96A 1I56A 4Z46A 4NGLA 1GF6A 3M3UA 2G4QA 1GF5A 5C6LA 1LZEA 2CDSA 1XFPL 3A3RX 1LHKA 1LSPA 1LZ8A 1REXA 4Z41A 5D5CA 4J0LA 1KXXA 1LJIA 3SP3A 4DD9A 4ZFPA 3AGIA 3T36A 1NKHA 1IWTA 1LHLA 4OWAA 1MELL 2ZYCA 3TXIA 1EQ4A 2XTHA 3TMUA 1WTMA 3TXHA 4CGEA 2Z38A 1JTTL 4GCEA 1C43A 1GFEA 1C08C 1IP4A 1CJ6A 4AXTA 2BQJA 1D0MA 4R0FA 4B4EA 3ZEKA 1JJ1A 2F4GA 1BB5A 1G7IC 1XEIA 4H1PA 5A3ZA 5KXKA 2MEFA 1IWUA 3AB6A 1JTOL 1UA6Y 4H92A 5KXNA 5KJ9A 4NHIA 1ZMYL 5APCA 5HNLA 3WVYA 1YILA 1HEMA 1JTPL 4H8ZA 1WQNA 1GE3A 4FDYA 2BQFA 2HEEA 5LA8A 5E9RA 1QSAA 1GFUA 2CJLA 4ETAA 4DWXA 2FYDA 4FJRA 4C5FA 1C7PA 4N1CC 1GHLA 1F10A 1LZAA 2Z2EA 1N4FA 1Z55A 3A34A 3ATNA 4N9RA 1GF3A 4N8ZA 4XN6A 4YEMA 1IC7Y 5HMVA 2I6ZA 4PJ2C 5LYMA 2LHMA 4H91A 2Z2FA 4N0JA 2IFFY 132LA 3N9AA 4WLDA 3EMSA 4DD7A 1KXYA 1EL1A 4XJIA 5HQ1A 1LMCA 4J1BA 4GCFA 1G7JC 1LMAA 3A6CY 4I8SA 5I54A 1UIFA 3LYTA 5LYTA 1JKCA 3TXKA 1OUIA 5FELA 2YBLA 1UACY 1XGTC 4NHPA 1WQRA 1UC0A 1LZYA 1IORA 1LSEA 2FBDA 3BKVA 1AKIA 4LYZA 3WL2A 4AGAA 4Z98A 2VB1A 2AUBA 4BAFA 4HTQA 3WU8A 4H9AA 3LHMA 4NSIA 1WTNA 2HU1A 4RW2A 1WQOA 3LYZA 4N5RA 1GXV2 1YL1X 2HEBA 1WQQA 4ML7A 2A7DA 1BB6A 4P2EA 4YOPA 6LYZA 3P65A 1B5WA 2H5ZA 1YANA 4GCCA 1C10A 1IR7A 1NDMC 1XGQC 1NWGA 5KKIA 5L9JA 1GAZA 3CB7A 3HBEX 4NGVA 1IC5Y 1B7QA 5DLAA 4G4BA 5DM9A 1HF4A 3CT1A 1YKYX 4M6DA 3TXJA 4NWHA 1BB3A 1NF5A 2LYZA 3CT0A 2GV0A 1LJHA 9LYZA 3AZ6A 1GBWA 4PRQA 1W6ZA 4XJDA 1LZGA 4HV2A 1F6SA 4H9IA 1IVMA 1LKRA 1JKBA 4NWEA 3LYMA 1OUDA 1GPQC 1FKVA 1UIDA 3WU9A 4YF2A 4XJFA 1GE0A 4LZTA 2YBNA 1GB8A 2LYMA 1YAOA 1GE4A 1GB6A 1XEKA 1HFXA 1IR9A 2C8OA 5FDJA 3WH1A 4ZIXA 3TXFA 1UIAA 2BQCA 1HC0A 2BLYA 1IOSA 4ANRA 4B4JA 5E4PA 3W6DA 4ETCA 2F30A 5LVIA 1GBZA 1C46A 1VDTA 1CJ9A 1HNLA 1JKAA 1PZYA 4N1EI 4NGOA 2IHLA 5B1GA 3A67Y 4WM4A 5IELA 4GLAA 2BQKA 1IX0A 1HERA 4WOAA 1JWRA 1HENA 5B59A 1LHJA 5II3A 1HEPA 1LMOA 2MEIA 1BVKC 2G4NA 1D0LA 3RT5X 2DQAA 4YENA 2H9KA 2DQIY 1B2KA 1UUZC 3AGHA 3LYOA 1CJ8A 1MLCE 4TSBA 4RLNA 1KIQC 1OUJA 4YM8A 1B5UA 1FLWA 1BWJA 1ZVHL 1JPOA 1HEOA 4XYYA 2DBTA 2MECA 1OUEA 1IP6A 4WLXA 5B06A 1VDQA 4B1AA 2MEAA 1LJ3A 4XJBA 4G4CA 2EIZC 2ZYPA 3P4ZA 1JITA 1I20A 1DPXA 1SQ2L 1DKJA 1GXXA 1NMMA 1V7TA 2FBBA 2BPUA 2D4KA 2Z19A 4HPEA 5JENB 4ZEEA 1GB3A 1FKQA 3A93A 2BQMA 1FLUA 1LMPA 3MGWA 3BKHA 5I4WA 4WM3A 4HTKA 5T3FA 1CKCA 1GE1A 1UICA 1JIYA 1FDLY 1OUFA 1TDYA 1JKDA 2H9JA 4DDBA 4WM2A 2MEEA 3CT5A 3K3TA 5A3EA 1LPIA 1SLYA 1G7MC 1GEZA 1GF7A 1HFYA 3A91A 2Z37A 4RDSA 5KXXA 1OUGA 3ATOA 1YIKA 1NBZC 5KXSA 3AZ7A 5I4XA 2YSSC 4LFXA 1HEQA 3VWOA 1B5XA 1WQPA 3W6EA 2EKSC 1LZBA 4LYBA 4NHQA 1IC4Y 1HELA 2ZQ4A 4NHTA 1JISA 1IWWA 2I25L 4II8A 4HP0A 4HTNA 1LJFA 4NG8A 1F6RA 3QNGA 1GB9A 2MEDA 1JUGA 1QUTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HEFA 158LA 3LZMA 3AGGG 3WUAA 2D4IA 2O4WA 3IJUA 1G0MA 3TXEA 1JTNA 3CSZA 1B9OA 1IO5A 1IOCA 3DN6A 1LCNA 1D6PA 5AMYA 119LA 1P7SA 137LA 3HT6A 3FE0A 247LA 1P5CA 1L02A 4DQJA 4ETDA 4ET9A 1L74A 3CDRA 4ET8A 3HDFA 3C80A 1YROA 1C6IA 4I7OA 1OYUA 3HU8A 1J1OY 4Z3MA 4LYOA 260LA 1KW5A 2W1YA 1BB4A 3C82A 1B7LA 2Y8PA 4YX7C 1LSZA 3P64A 4PHIA 1LPYA 4LT0A 2HECA 1P2LA 1IOQA 1NBYC 1LI6A 1H87A 1BWHA 194LA 3D9AC 5L3HA 4WL7A 3B0IA 1L75A 5LZMA 1DYAA 3UONA 1AT5A 2NWDX 4OO9A 1KIRC 1YKXX 5D5FA 1OUAA 1ZWNA 2NTGA 1AM7A 1HSXA 4ARQB 3PDSA 3AW6A 4I7MA 166LA 1LYEA 1QT8A 1TCYA 5FHWA 3LZ2A 4DDAA 1DXJA 5LINA 3A8ZA 1CU3A 253LA 176LA 3RZ4A 3PBLA 1LHHA 3DN8A 1NQIA 2LYOA 1C6JA 1B7MA 1RFPA 1RCMA 2BAAA 4NGYA 153LA 3P68A 177LA 3NY9A 4NIJA 3L2XA 102LA 1VEDA 3GULA 3G3BB 2Z18A 134LA 4IJ4A 1DYFA 233LA 1GF0A 1GF4A 1LZCA 4YXCA 139LA 1EQ5A 1GWDA 168LA 103LA 5ILFA 2MEBA 3A95A 5FSTA 2BQHA 1L50A 1KNIA 211LA 185LA 1G0PA 2DKVA 1QSBA 4MSTA 1L07A 1G0KA 1HHLA 3HU9A 4CJ2A 3GXRA 1LYDA 3RNXA 1L70A 1C66A 5C6IA 4J7VA 3HFMY 3A6BY 1B5VA 3GUPA 1QTDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5KXR A;  2HEF A;  2W1M A;  2LZT A;  4HJY A;  4DD0 A;  3AGG G;  3WUA A;  4DYG A;  2D4I A;  1GFV A;  1GAY A;  3HBH A;  1YQV Y;  4H9F A;  4WM5 A;  4UWV A;  3IJU A;  2EPE A;  4BAD A;  5F9X A;  2ZIK A;  4H9B A;  4LYT A;  1UBZ A;  3TXE A;  2X0A A;  3CSZ A;  2ZIJ A;  1JHL A;  1B9O A;  3WPJ A;  1IO5 A;  1IOC A;  1LKS A;  5I4Y A;  5KXW A;  3RW8 A;  5F9U A;  4LT3 A;  1LCN A;  1LSB A;  1D6P A;  2FYC A;  1B7N A;  1XGP C;  5AMY A;  207L A;  1LJE A;  5KY1 A;  4UWU A;  1IY4 A;  1LOZ A;  1DPW A;  3FE0 A;  5F14 A;  2XBR A;  2D91 A;  3ZVQ A;  4ET9 A;  1LYS A;  4ETD A;  3KAM A;  1IP7 A;  4PGJ B;  2BQI A;  2YBM A;  1B5Y A;  5KXT A;  4ET8 A;  2A7F A;  5I53 A;  1GFH A;  4DC4 A;  4I0C A;  1DI3 A;  1YRO A;  3ULR A;  2W1L A;  1LMN A;  4B0D A;  1J1O Y;  5FCP A;  5ILC A;  4Z3M A;  4LYO A;  1FLQ A;  3E3D A;  1TAY A;  2W1Y A;  1BB4 A;  3EBA B;  5KXM A;  5F81 A;  133L A;  1B7L A;  2Y8P A;  5APD A;  1BWI A;  1G7L C;  1LSZ A;  4GLV A;  4OW1 A;  4WO6 A;  1LTM A;  3P64 A;  4PHI A;  1J1X Y;  2DQD Y;  4KL7 A;  4KXI A;  4NGJ A; 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 4NGO A;  2IHL A;  5B1G A;  3A67 Y;  4WM4 A;  5IEL A;  4GLA A;  2BQK A;  1IX0 A;  1HER A;  4WOA A;  1JWR A;  1HEN A;  5B59 A;  1LHJ A;  5II3 A;  1HEP A;  1LMO A;  2MEI A;  1BVK C;  2G4N A;  1D0L A;  3RT5 X;  2DQA A;  4YEN A;  2H9K A;  2DQI Y;  1B2K A;  1UUZ C;  3AGH A;  3LYO A;  1CJ8 A;  1MLC E;  4TSB A;  4RLN A;  1KIQ C;  1OUJ A;  4YM8 A;  1B5U A;  1FLW A;  1BWJ A;  1ZVH L;  1JPO A;  1HEO A;  4XYY A;  2DBT A;  2MEC A;  1OUE A;  1IP6 A;  4WLX A;  5B06 A;  1VDQ A;  4B1A A;  2MEA A;  1LJ3 A;  4XJB A;  4G4C A;  2EIZ C;  2ZYP A;  3P4Z A;  1JIT A;  1I20 A;  1DPX A;  1SQ2 L;  1DKJ A;  1GXX A;  1NMM A;  1V7T A;  2FBB A;  2BPU A;  2D4K A;  2Z19 A;  4HPE A;  5JEN B;  4ZEE A;  1GB3 A;  1FKQ A;  3A93 A;  2BQM A;  1FLU A;  1LMP A;  3MGW A;  3BKH A;  5I4W A;  4WM3 A;  4HTK A;  5T3F A;  1CKC A;  1GE1 A;  1UIC A;  1JIY A;  1FDL Y;  1OUF A;  1TDY A;  1JKD A;  2H9J A;  4DDB A;  4WM2 A;  2MEE A;  3CT5 A;  3K3T A;  5A3E A;  1LPI A;  1SLY A;  1G7M C;  1GEZ A;  1GF7 A;  1HFY A;  3A91 A;  2Z37 A;  4RDS A;  5KXX A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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