1IC4Y

Crystal structure of hyhel-10 fv mutant(hd32a)-hen lysozyme complex
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural evidence for entropic contribution of salt bridge formation to a protein antigen-antibody interaction: the case of hen lysozyme-HyHEL-10 Fv complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME BINDING IG KAPPA CHAIN
molecule tags Protein binding/hydrolase
source organism Mus musculus
total genus 41
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2001-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
Y PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ic4Y00
3WU9A 4WM6A 2BQKA 1GBSA 1UIEA 3QNGA 1GFAA 4HJVA 1CJ7A 3WW6A 3G3BB 4HV2A 2BQEA 2YBMA 5M1YA 1N4FA 4HTQA 4C5FA 4NWEA 4NHQA 4GN3A 1IWYA 1NKHA 2DQDY 1JJ0A 1LZ4A 3A3RX 3FE0A 3J6KA 3WPJA 2HEAA 4E3UA 3WYHA 5I4YA 5HMVA 1VAUA 1LZ6A 3A6CY 1IP2A 1IP3A 1HEOA 3AZ7A 2MEEA 4N9RA 4RW1A 5HNCA 4PRQA 4Z3MA 5LVHA 2VB1A 4P2EA 4OW1A 2YVBA 1NBZC 2CJLA 1LZ1A 1YKXX 3K3TA 3TXDA 4ETDA 4ETBA 1HFYA 3QE8A 1B7MA 1WQMA 3AGGG 2BLYA 4GN4A 3LZTA 4B49A 1LYZA 8LYZA 1UIGA 1BQLY 1VATA 2YBNA 4LT1A 5AMYA 2YBHA 4DDAA 1OP9B 1OUFA 2D4JA 3P64A 3AGHA 2IFFY 1HELA 4ANRA 1GBXA 4H9IA 1GF4A 4HTKA 1HSXA 2Z37A 4WLYA 2G4PA 2BLXA 2HU3A 1YAQA 4OOTA 1IORA 4WM3A 1GPQC 2W1LA 1YQVY 4LYMA 4TWSA 3B0IA 1OUIA 5IELA 4Z41A 2XBRA 3E3DA 2FYCA 9LYZA 4NEBA 2G4NA 4BADA 4YF2A 4XADA 1AZFA 3RW8A 3BKVA 1LHLA 1BB4A 3CB7A 1FLQA 3CT1A 1UIHA 1GBZA 2DQAA 1LZTA 4GCFA 3ZEKA 4M4OA 4H9AA 4YM8A 1B5YA 4R6CA 1IY3A 1IC5Y 3GXRA 3OJPA 5KXRA 4UWVA 4NWHA 1XFPL 1GFVA 2MEDA 1FKVA 5DM9A 4DD3A 5K7OA 4WO9A 4B4JA 5I5QA 4Z46A 4DC4A 1IWVA 1GDXA 1WVUA 2BQBA 3WXTA 3WPKA 1T3PA 4N0JA 2X0AA 1NF5A 1W6ZA 1A2YC 2PC2A 3WH1A 1MELL 1UIFA 2HTXA 4LYBA 4AGAA 1HEPA 1PZYA 1WTMA 2YBLA 4H9CA 5F16A 1JJ3A 1IOTA 5IDDA 4M6DA 3A91A 1GE1A 2ZNXY 1EQ4A 1IEEA 1WQPA 4I8SA 3P68A 2DQCY 5J7CA 1JIYA 4NGVA 1DPXA 1NDMC 5FHWA 1UBZA 5E4PA 1IO5A 1H87A 1IC7Y 5DL9A 1GB7A 1LTMA 1IOCA 2BQDA 1GDWA 4XJGA 5KXZA 1LJEA 3LN2A 3LYMA 1B7LA 3P65A 4L41A 4LT3A 1LMCA 5F9UA 1WVVA 4H8ZA 3A8ZA 4NHTA 1GB8A 1GB3A 1LSPA 1VDSA 1LSBA 2BPUA 4XJIA 3WW5A 4H9HA 1LZDA 1W08A 3KAMA 4WOAA 5KXXA 1BGIA 4FJRA 5LVGA 4ZEEA 1AT5A 1LHIA 1CKDA 1SQ2L 4H92A 5L9JA 2HEBA 1ZVHL 5LYTA 4WL6A 1LPIA 1B7OA 3WU8A 3F6ZA 3J4GA 1B5UA 1UICA 1GFRA 1B5XA 2XJWA 5EBHA 2MEIA 4G49A 1ZVYB 3CQLA 1P2CC 3LYOA 4TTDA 5KJ9A 4NGIA 5FCPA 4NSGA 5F81A 4N8ZA 1BWJA 1F10A 1LSDA 5D5FA 1LZRA 1F0WA 1YAPA 3TXJA 3IJUA 3WPLA 5II3A 3TMWA 4BAFA 5LVJA 3W6BA 1UUZC 1V7TA 5F9XA 1LJJA 1HFXA 4DD7A 1UC0A 4H9BA 2CDSA 132LA 2MEGA 1LSEA 3TXHA 1LYYA 4NIJA 4TX7A 1OQMA 1HFZA 4WL7A 4NSHA 4GCCA 1C46A 1G7MC 3AZ4A 1C45A 5I53A 5KXNA 5LA5A 4RDSA 4KXIA 1GAYA 2A7DA 4A7DA 1B5VA 1F6RA 1GB0A 1XEKA 4WG7A 5LINA 1GF9A 1JUGA 5DLAA 2XBSA 3A96A 1IWXA 5B1GA 3WUMA 4RW2A 3CSQA 4YEOA 1YANA 2C8OA 4RLMA 5LAFA 1GBOA 5LVIA 1YKZX 135LA 2IHLA 4MCKA 4PJ2C 4J1BA 2FYDA 1JKCA 3QY4A 2D4IA 4IASA 3TMVA 1WQNA 1B7PA 3EBAB 1IWTA 1LZYA 4NFVA 1GB2A 4ET8A 1OUBA 1LHJA 3N9AA 4H94A 1LSZA 4H91A 1OUHA 4XJFA 1J1PY 1LZ5A 1IC4Y 4H90A 1IP6A 2ZIJA 4NSIA 1XGTC 1CKFA 4XJDA 4NHPA 2EIZC 1LCNA 4DDCA 1JTPL 1GFEA 1DI3A 3A34A 4GCDA 4OWHA 1B5WA 2LHMA 1LJKA 6LYZA 1AT6A 1H6MA 2BQFA 3N9EA 3RT5X 1HEMA 1XGUC 2Q0MX 208LA 1JTTL 1LZEA 4C3WA 4NGKA 1NQIA 1YAMA 1BB7A 2GV0A 1ZMYL 5KY1A 5L3HA 134LA 4OWCA 3TXIA 2EQLA 1HMLA 1JPOA 5APDA 1BB5A 1UIBA 4GN5C 1D6PA 1B7NA 1B5ZA 1FDLY 1LMOA 2Y8PA 4NGOA 4ETAA 2B5ZA 2D91A 2F4GA 2HECA 4LYCA 1CNSA 1HF4A 1V7SA 3WL2A 3HBDA 1NDGC 2ZYPA 4WLXA 5KXLA 1B2KA 2I6ZA 3HBEX 4QDNA 1DQJC 1FLUA 1REMA 1JJ1A 1XEIA 2BQMA 5FDJA 5KXOA 4YOPA 4G9SA 3AYQA 4LZTA 1EQEA 1GFTA 1QDRA 1RI8B 3ZVQB 1UA6Y 1IR9A 1HEWA 3T36A 3TXKA 1XGPC 5B1FA 4HV1A 2F2NA 1TAYA 4R0FA 1D0KA 4HPIA 1DKKA 4XYYA 5APCA 4CJ2A 1QDTA 3A95A 5KKIA 2D4KA 1LYOA 5APEA 6LYTA 1XGRC 1WQQA 1DI4A 1LSNA 4H8XA 4OWBA 1OUGA 4MR1A 1GE0A 1IVMA 4NGYA 4LYTA 1C7PA 1GF3A 3A67Y 1HNLA 1QUTA 5FEKA 1AM7A 1YL1X 3D9AC 1GXV2 4YEMA 1TDYA 4H1PA 4O34A 1KXYA 2Z2EA 1OUJA 2NWDX 3ATNA 4PGJB 3W6EA 3IJVA 1VDTA 3MGWA 4MSTA 1GE2A 1UIDA 4DT3A 2AUBA 5APFA 4NHSA 1IP7A 2BQLA 2MEBA 4GLAA 5FELA 1GWDA 2ZQ3A 3CT5A 1TBYA 1NMMA 1D6QA 1OUEA 1WTNA 2H9KA 1EQ5A 3IWRA 4GCBA 2MEAA 1D0MA 3TXBA 3A93A 5KXKA 1GEZA 2YDGA 1Z55A 2EKSC 2BAAA 4QY9A 1JISA 1LSMA 2DQHY 2HEFA 5F14A 1CKGA 4OWAA 2MECA 1IP4A 3B0OA 3AW6A 4H9FA 4H9EA 5A3EA 1IWZA 1CKHA 1WQOA 4G4CA 1YKYX 4H8YA 4NHIA 2Z38A 4BS7A 1LJGA 1WQRA 1GF7A 3LYZA 4AXTA 1LJ4A 3T6UA 1F6SA 1LHKA 2LYMA 2BQAA 1HEQA 3AB6A 3P4ZA 4XJHA 3W6CA 1GF0A 2ZQ4A 1O23A 2DQGY 2BQGA 2MEHA 4LGKA 4B4IA 2DQEY 1PS5A 2DQJY 1OUDA 3D3DA 5KXPA 1IP5A 4CGEA 1LJFA 5HLLA 1DPWA 2BQIA 1IWUA 4PPOA 4NGZA 1LMAA 1VFBC 3TMUA 4NY5A 4HJZA 3W6AA 1C08C 1IY4A 1J1OY 4D9ZA 4DD9A 1LZCA 1B7QA 1G7JC 1GD6A 1DZBX 3RU5A 4LYZA 3WUAA 1UIAA 4W96A 5DN4A 2HUBA 4TSCA 1LMPA 1LZSA 5LXWA 1UACY 1G7HC 1GF8A 4NGJA 1BB3A 1HSWA 207LA 3AW7A 1E8LA 4NG1A 3G3AB 1B0DA 4HSFA 4LYOA 4B4EA 1D9UA 1YROA 3AGIA 1D0LA 1I56A 1I20A 1GF5A 2H9JA 1JHLA 4PHIA 1GFHA 1UCOA 3WVYA 1QTKA 3AJNA 4W94A 1JTOL 4KL7A 1LMNA 4CHXA 1HMKA 1QIOA 1YIKA 4H93A 1GE4A 1KXXA 5DN5A 3ATOA 4I0CA 1LAAA 1G7IC 3CSRA 2ZILA 1BB6A 3TXGA 3B6LA 1REYA 4WM2A 4XN6A 5HNLA 5C6JA 4RLNA 3WVXA 4J0LA 4NGLA 2YSSC 1GB6A 2LZ2A 4NG8A 4ZIXA 3B72A 4ZFPA 1BWHA 1IWWA 1XEJA 1YILA 2H5ZA 2LYZA 4DD2A 2ZWBA 1B9OA 2W1YA 1FLWA 5JENB 2LZTA 3RNXA 1GB5A 1IOQA 1FN5A 2BQHA 5KXTA 5LYMA 4ETEA 3WU7A 1NHEA 4CFOA 1LHHA 1ZV5L 4DD1A 1LJNA 4WLDA 5ILFA 4NGWA 3A92A 3EO5A 3RZ4A 5ILCA 3P66A 1HHLA 3LZ2A 4GCEA 1BVXA 2YBIA 3AZ6A 5IHGA 1CJ8A 1HC0A 2Z19A 2WARA 1LSAA 4PRUA 1I1ZA 3A94A 3W6FA 3B0KA 2N5ZA 3WXUA 1LZBA 1GFUA 1LJHA 1REXA 5LYZA 2ZYCA 3ULRA 2F30A 1JWRA 2BQOA 4Z98A 3M18B 1QSWA 4KPMA 1JKBA 5KXSA 4DDBA 1RFPA 3ZVQA 4TSBA 2YBJA 2HEDA 4HP0A 2BQCA 4WG1A 4EMNA 1RCMA 4LFXA 4UWNA 154LA 1J1XY 1RJCB 1LZGA 4WLTA 1LZNA 1LMQA 4NSJA 1GHLA 4WM4A 4WO6A 1TCYA 4QGZA 1LZ8A 1LSFA 1LSYA 1AKIA 1QUSA 1EL1A 1LHMA 2XTHA 1FBIX 1INUA 3N9CA 4XENA 4WM1A 1CJ6A 2Z2FA 1GEVA 5LIOA 1TEWA 2FBDA 5I4XA 1BWIA 2W1XA 4GLVA 3M3UA 4B1AA 1JITA 4YENA 5KXMA 1B7RA 1GF6A 3WMKA 4ML7A 2CWIA 3AZ5A 1FLYA 1LOZA 3TXFA 2D6BA 2DBTA 3WULA 2I25L 2FBBA 4J1AA 5D5CA 193LA 1LMTA 5LVKA 1KIQC 4ET9A 153LA 4B0DA 4DD0A 2F4AA 3TMXA 2BQNA 3CSZA 3HFMY 3GXKA 1IR7A 1LZ9A 2CGIA 1XGQC 1C10A 1JSFA 3BKHA 4CFPA 1A4VA 1KIPC 4HPEA 1DI5A 1REZA 1VEDA 4OOOA 5KXWA 2DKVA 1SLYA 1HENA 4LT0A 1RE2A 1GFGA 2ZNWY 1B7SA 1DKJA 1LYSA 1QSAA 3WUNA 4N5RA 4J7VA 4KT3A 4QEQA 3VWOA 2EPEA 2BQJA 3A3QA 1IIZA 1IP1A 4DWXA 4UWUA 5E9RA 1IX0A 1NBYC 1QQYA 3LYTA 1KXWA 3HBHA 133LA 1QTEA 1DXJA 1FKQA 1YL0X 5FSTA 4IJ4A 2MEFA 1GFKA 1LKSA 4X3BA 7LYZA 1GFJA 5C6IA 4HTNA 4IATA 3FI7A 4EOFA 1CJ9A 5B05A 2Z18A 5L3IA 3OK0A 1GE3A 1XSFA 1LJIA 4II8A 5T3FA 4G4BA 1G7LC 5HMJA 5KKJA 4N1EI 3W3EA 5B07A 1LSCA 5C6LA 1JSEA 1C43A 1OUAA 4HJYA 4WMGA 194LA 1LSGA 1YAOA 4G4HA 4N1CC 5I54A 1T6VL 3W6DA 1LKRA 1ALCA 2A7FA 4WM5A 3TXEA 1LJ3A 2W1MA 2I26L 4BAPA 5LAGA 1IR8A 5B59A 3LHMA 1HERA 5I4WA 1NWGA 1GXXA 2ZIKA 5KXYA 4TUNA 4U3XB 2Z12A 3A90A 3CT0A 3SP3A 1GB9A 1LZAA 1VDQA 2DQFC 2G4QA 2HU1A 1GAZA 4XJBA 5HQ1A 2Z39A 3A6BY 4OWEA 1IOSA 1CKCA 1JKAA 2LYOA 3EMSA 5LA8A 5B06A 1JEFA 5A3ZA 1GBWA 1OUCA 1BHZA 1JKDA 2RSCA 1KIRC 3EXDA 1VDPA 2HEEA 1BVKC 1GBYA 4LFPA 4DYGA 4ETCA 4LT2A 2C8PA 1MLCE 2DQIY 4FDYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2B72A 1G1WA 3WU9A 3HH4A 218LA 3QNGA 3WW6A 3G3BB 2LCBA 1N4FA 4HTQA 4NHQA 1IWYA 2OU9A 1NHBA 3A3RX 4E3UA 4DJHA 3A6CY 1IP3A 4PRQA 3C7ZA 5LVHA 4P2EA 1L76A 240LA 3K3TA 1WQMA 6LZMA 4B49A 155LA 1UIGA 1OP9B 1OUFA 1L82A 1OYUA 3GUOA 1L10A 4H9IA 1ZWNA 1HSXA 4WLYA 4WM3A 2L78A 1GPQC 250LA 2XBRA 2FYCA 1L99A 3FADA 4GCFA 1BB4A 1UIHA 2DQAA 4YM8A 5DM9A 5K7OA 5I5QA 1GDXA 1WVUA 4N0JA 2X0AA 2PC2A 1UIFA 2HTXA 4DD9A 1WTMA 5F16A 1JJ3A 1L61A 149LA 181LA 3P68A 5J7CA 1QT5A 5FHWA 1IC7Y 5DL9A 222LA 1IOCA 1GDWA 1LJEA 3LN2A 3P65A 3GUJA 4LT3A 1LMCA 4ARPA 3WW5A 1LZDA 2OE7X 2RB0X 1LHIA 2HEBA 5LYTA 1LPIA 2RBNA 1T8FA 4W52A 2XJWA 5EBHA 2F2QA 3PDSA 4OO9A 223LA 5KJ9A 4NGIA 1QUGA 4NSGA 5F81A 1LZRA 1F0WA 3TXJA 3IJUA 4BAFA 1LW9A 1UUZC 1V7TA 5F9XA 1LJJA 1HFXA 4DD7A 1UC0A 4H9BA 137LA 132LA 1JTMA 1LYYA 4GCCA 5I53A 5KXNA 1CX7A 4RDSA 4KXIA 2A7DA 1D9WA 1F6RA 4WG7A 1XEKA 1JUGA 3A96A 1C6IA 4RW2A 4YEOA 2C8OA 2RB1X 2IHLA 229LA 3QY4A 1L38A 2D4IA 1WQNA 4ET8A 3N9AA 1LZ5A 4NSIA 4XJDA 1DI3A 4OWHA 1B5WA 4I7SA 1SWYA 1L80A 2GV0A 1L31A 258LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3WU9 A;  4WM6 A;  2BQK A;  1GBS A;  1UIE A;  3QNG A;  1GFA A;  4HJV A;  1CJ7 A;  3WW6 A;  3G3B B;  4HV2 A;  2BQE A;  2YBM A;  5M1Y A;  1N4F A;  4HTQ A;  4C5F A;  4NWE A;  4NHQ A;  4GN3 A;  1IWY A;  1NKH A;  2DQD Y;  1JJ0 A;  1LZ4 A;  3A3R X;  3FE0 A;  3J6K A;  3WPJ A;  2HEA A;  4E3U A;  3WYH A;  5I4Y A;  5HMV A;  1VAU A;  1LZ6 A;  3A6C Y;  1IP2 A;  1IP3 A;  1HEO A;  3AZ7 A;  2MEE A;  4N9R A;  4RW1 A;  5HNC A;  4PRQ A;  4Z3M A;  5LVH A;  2VB1 A;  4P2E A;  4OW1 A;  2YVB A;  1NBZ C;  2CJL A;  1LZ1 A;  1YKX X;  3K3T A;  3TXD A;  4ETD A;  4ETB A;  1HFY A;  3QE8 A;  1B7M A;  1WQM A;  3AGG G;  2BLY A;  4GN4 A;  3LZT A;  4B49 A;  1LYZ A;  8LYZ A;  1UIG A;  1BQL Y;  1VAT A;  2YBN A;  4LT1 A;  5AMY A;  2YBH A;  4DDA A;  1OP9 B;  1OUF A;  2D4J A;  3P64 A;  3AGH A;  2IFF Y;  1HEL A;  4ANR A;  1GBX A;  4H9I A;  1GF4 A;  4HTK A;  1HSX A;  2Z37 A;  4WLY A;  2G4P A;  2BLX A;  2HU3 A;  1YAQ A;  4OOT A;  1IOR A;  4WM3 A;  1GPQ C;  2W1L A;  1YQV Y;  4LYM A;  4TWS A;  3B0I A;  1OUI A;  5IEL A;  4Z41 A;  2XBR A; 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 4OOO A;  5KXW A;  2DKV A;  1SLY A;  1HEN A;  4LT0 A;  1RE2 A;  1GFG A;  2ZNW Y;  1B7S A;  1DKJ A;  1LYS A;  1QSA A;  3WUN A;  4N5R A;  4J7V A;  4KT3 A;  4QEQ A;  3VWO A;  2EPE A;  2BQJ A;  3A3Q A;  1IIZ A;  1IP1 A;  4DWX A;  4UWU A;  5E9R A;  1IX0 A;  1NBY C;  1QQY A;  3LYT A;  1KXW A;  3HBH A;  133L A;  1QTE A;  1DXJ A;  1FKQ A;  1YL0 X;  5FST A;  4IJ4 A;  2MEF A;  1GFK A;  1LKS A;  4X3B A;  7LYZ A;  1GFJ A;  5C6I A;  4HTN A;  4IAT A;  3FI7 A;  4EOF A;  1CJ9 A;  5B05 A;  2Z18 A;  5L3I A;  3OK0 A;  1GE3 A;  1XSF A;  1LJI A;  4II8 A;  5T3F A;  4G4B A;  1G7L C;  5HMJ A;  5KKJ A;  4N1E I;  3W3E A;  5B07 A;  1LSC A;  5C6L A;  1JSE A;  1C43 A;  1OUA A;  4HJY A;  4WMG A;  194L A;  1LSG A;  1YAO A;  4G4H A;  4N1C C;  5I54 A;  1T6V L;  3W6D A;  1LKR A;  1ALC A;  2A7F A;  4WM5 A;  3TXE A;  1LJ3 A;  2W1M A;  2I26 L;  4BAP A;  5LAG A;  1IR8 A;  5B59 A;  3LHM A;  1HER A;  5I4W A;  1NWG A;  1GXX A;  2ZIK A;  5KXY A;  4TUN A;  4U3X B;  2Z12 A;  3A90 A;  3CT0 A;  3SP3 A;  1GB9 A;  1LZA A;  1VDQ A;  2DQF C; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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