1IOTA

Stabilization of hen egg white lysozyme by a cavity-filling mutation
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAALKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Stabilization of hen egg white lysozyme by a cavity-filling mutation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME C
molecule tags Hydrolase
source organism Gallus gallus
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2001-03-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1iotA00
1J1PY 4GCBA 3LZ2A 2BQKA 1C7PA 1TCYA 1XEIA 4NGIA 4NGZA 4O34A 1UACY 3W6DA 2RSCA 1LZ6A 1UCOA 1YIKA 4NHPA 4UWNA 1FBIX 1GF5A 1TBYA 5LIOA 4DDAA 3A96A 5LVGA 1GBSA 1LYOA 1JHLA 3A93A 2Z37A 1PZYA 2HU3A 2ZNXY 1HSXA 4UWVA 1CKCA 1GB7A 1LZSA 4MR1A 1NDGC 1QTKA 2AUBA 1KIPC 3TXKA 2ZYPA 5F81A 1KXYA 4AGAA 4WO6A 1REZA 1J1XY 1REMA 1LZEA 1LZ8A 6LYZA 3M18B 2F30A 4ANRA 1NBYC 5KXXA 1A4VA 3WW6A 4LYCA 4NG1A 4DWXA 1I20A 2BQMA 4NHIA 1WTNA 4YEMA 1I56A 1I1ZA 2MEFA 1NWGA 2BLYA 2FYDA 4HJVA 1GF6A 1KIQC 2DQEY 4PPOA 4HTNA 1DI5A 3WL2A 2YBIA 1IY3A 1GBZA 5LXWA 3CT1A 4TSCA 3CT0A 4NHTA 4TWSA 1OUCA 4LYMA 1HEWA 4WOAA 2YBNA 3E3DA 1AT5A 2YBMA 1NDMC 1WQPA 5LYMA 1H87A 1O23A 4H1PA 4NGLA 4LYZA 4HSFA 1GPQC 4ETAA 1B7OA 2F2NA 2YBJA 5I4WA 3RW8A 4DD2A 2YSSC 4M4OA 1GE2A 3TMUA 1RFPA 1B7SA 2G4PA 1OUIA 1LHIA 1INUA 2MEEA 4PHIA 5HMVA 5KXLA 1HF4A 3AZ6A 1F6SA 1DI4A 3ATNA 4ETCA 1WQOA 3T6UA 2BQIA 1OUHA 1YILA 3G3AB 2YBLA 1B5ZA 4HV2A 2LYOA 4Z41A 1HC0A 1C08C 2I6ZA 5L3IA 3WPKA 1LSDA 3QE8A 1SQ2L 4U3XB 4DD0A 2G4NA 1B9OA 1LKSA 3AGGG 1IP4A 1YKZX 3J6KA 4W96A 1GFAA 1LHLA 1LPIA 1UIDA 2MEDA 1EQ4A 2DQJY 4BAFA 4II8A 1IC7Y 1IC4Y 1D0MA 3WUAA 3WUNA 1B0DA 5HMJA 4Z46A 1LMPA 4G9SA 4XENA 4B4IA 2LZ2A 3BKVA 1GDWA 1BWHA 1OUGA 1P2CC 1VATA 3WVYA 3AJNA 4G4HA 2BLXA 2HEAA 1IWTA 2IFFY 9LYZA 3CSRA 4NGVA 1D9UA 4D9ZA 4NSGA 1FN5A 4J1AA 2Z38A 4HP0A 4HTQA 4DC4A 2BQBA 3ZVQB 5HQ1A 4H9FA 1LJIA 1BWJA 1OUAA 1JITA 1XGTC 3ULRA 3WH1A 1UIHA 3B0IA 3WVXA 4H92A 4H9BA 4XN6A 1LZTA 4LT1A 2HEBA 1EL1A 4N0JA 5T3FA 4WM4A 5FEKA 4OWEA 1GDXA 1LZAA 1LMQA 1NF5A 3AZ5A 4HPIA 4NSJA 1XFPL 2W1LA 2XTHA 5F9UA 1GFRA 1N4FA 1JPOA 4N1CC 4X3BA 1BB4A 4XJDA 2D4IA 4OOOA 1YQVY 2LYMA 1CKFA 1QDRA 5KXRA 1CKDA 3CB7A 1LHJA 4NWHA 5APEA 4NGWA 3LYTA 135LA 1KXXA 1QTEA 1JSFA 4WMGA 3AW7A 1GFKA 2H9JA 4H9IA 1LSZA 1FKVA 4FDYA 1DKJA 1GE1A 1LJNA 1LMCA 1LSCA 2EQLA 4IJ4A 1FKQA 1LMNA 1GF4A 1WQQA 2X0AA 3A67Y 3A94A 3P4ZA 4GCFA 1XGQC 3MGWA 4GN5C 4LFPA 1IP2A 2ZQ3A 4GCDA 1VEDA 4WM2A 5JENB 2BQEA 4NGKA 1BGIA 1UBZA 3TMXA 2D4KA 1JJ1A 3QY4A 3ATOA 4ETBA 2MECA 4OW1A 1GE4A 4LT0A 3TXIA 5M1YA 4G49A 5LAGA 1LJFA 3TXBA 2PC2A 1BHZA 1IEEA 5C6IA 3WULA 4LGKA 5L3HA 1UIGA 4ZFPA 1LKRA 5KXWA 1G7HC 1JTPL 1JUGA 208LA 4G4CA 1G7MC 5B05A 3A3RX 5DN5A 5KXYA 5B1GA 3EO5A 1UIBA 2YVBA 3TMWA 2NWDX 1IR7A 1ZMYL 4TSBA 1BB7A 1GFHA 2Z2FA 1IWWA 4XJFA 4M6DA 1LYZA 1VDTA 2XBRA 4WM6A 1XGUC 5B1FA 2W1YA 5KJ9A 4BADA 1DQJC 3A95A 1HMKA 2C8PA 1CKHA 1HEMA 3AB6A 1OUBA 3N9AA 3P64A 4PRUA 2WARA 2EKSC 5LVHA 153LA 1F10A 5B06A 4WM1A 5LVJA 1J1OY 4FJRA 1QSAA 3WU8A 1IP5A 1F6RA 2BQGA 4LYBA 4I0CA 3TXHA 3WU7A 4H8ZA 1WVUA 2MEHA 1XEJA 5I54A 2DKVA 1LAAA 1IWUA 4DD9A 1GBOA 1YAQA 1YROA 2CJLA 2BQDA 1D0LA 154LA 1JSEA 1LZYA 3FE0A 4N9RA 1GD6A 1GFVA 1GF3A 4TUNA 3M3UA 1W6ZA 5HNCA 4ETEA 4GN3A 3CT5A 4TX7A 1GB8A 3QNGA 4IASA 3RNXA 4CFPA 7LYZA 1HEOA 4L41A 8LYZA 1GBYA 1GF8A 1LJHA 1RI8B 1IY4A 2BQHA 2C8OA 1B7PA 1LZ9A 3P66A 4PGJB 3B0OA 4EMNA 1IWVA 2DQFC 4N5RA 4QGZA 3CQLA 1DZBX 5DLAA 4DDBA 2DBTA 5KXZA 1HEQA 3W6AA 5ILCA 2IHLA 1OP9B 4NGJA 3AGIA 1XSFA 3WU9A 4MCKA 4CJ2A 1WQNA 3WXTA 4H9HA 1LMOA 1NKHA 5IDDA 5LAFA 4E3UA 1YAPA 1BWIA 1GB2A 4H93A 3GXKA 1MLCE 1GE3A 3RU5A 4N1EI 1IOTA 4H91A 1UC0A 3W6EA 1B2KA 3A34A 4GLAA 3VWOA 1IWYA 5B07A 1FLQA 1GBWA 4H9EA 1CJ6A 3A6BY 5KXOA 1HSWA 4LT3A 5I5QA 1HHLA 2ZYCA 1C10A 2DQAA 1GWDA 1XGPC 4NSHA 1GFEA 1QIOA 4H9AA 1B7RA 1IO5A 3AZ4A 4WO9A 1D6PA 2BQLA 5DN4A 3TXDA 2XJWA 4KL7A 3SP3A 1XEKA 1NHEA 1AKIA 4H8YA 2BPUA 4HJYA 3WXUA 1JTTL 5I4YA 2A7DA 1B5YA 2HUBA 5ILFA 4GN4A 4J0LA 1BB5A 1LJ4A 1JIYA 4RDSA 1NQIA 4NIJA 1IP1A 1FLYA 3A8ZA 4BAPA 4WLDA 4NGYA 2CGIA 2DQCY 4XADA 4LYTA 4P2EA 1JEFA 1DI3A 1LTMA 3A90A 1GAZA 5LINA 2BQAA 4MSTA 1OUDA 1UIAA 134LA 1FDLY 1JKDA 1QQYA 3OJPA 1ZVHL 5F9XA 2HEDA 1CKGA 3HBEX 5I53A 1LYYA 1QSWA 5LVIA 3CSZA 4HV1A 4XYYA 2XBSA 3LHMA 4ML7A 1IOQA 1IX0A 3D9AC 4NGOA 3WPJA 2BQJA 1WQRA 1QUSA 2Z19A 1LJJA 4NWEA 4YOPA 5APDA 4BS7A 1HFXA 1OUEA 3HBDA 4WLTA 2ZILA 1B7MA 1JTOL 1GB9A 1LOZA 3TXJA 1IOSA 4PRQA 2B5ZA 3LN2A 1LMAA 4QDNA 3ZVQA 5A3ZA 5KXKA 5II3A 1D6QA 4YM8A 2F4GA 1LHKA 4B49A 1IVMA 133LA 2EPEA 2EIZC 5FDJA 4TTDA 3IJVA 1JKBA 2ZNWY 1D0KA 1GF7A 1B7NA 2D6BA 2BQCA 4Z98A 1YAOA 4C5FA 3A6CY 2D91A 4GLVA 1IR9A 3EMSA 1LSFA 5A3EA 2DQDY 5KXTA 4WM5A 1OUFA 1GF9A 4RLMA 4XJBA 4NY5A 2FBBA 3A91A 5C6LA 5I4XA 1VAUA 6LYTA 1LZ4A 4CHXA 3WW5A 1FLUA 3WMKA 1TEWA 207LA 5KKIA 4GCEA 5KXPA 3G3BB 1C45A 4HTKA 1LJEA 3RT5X 4DDCA 5EBHA 1VDQA 1YL1X 1HEPA 4I8SA 4DD7A 2HU1A 1BVKC 2Z18A 2N5ZA 4PJ2C 1OUJA 4OWBA 2LHMA 2DQHY 1LZCA 1LSYA 2HEFA 4ZIXA 2MEAA 1YKXX 1IOCA 3KAMA 1G7IC 1GB0A 4ET9A 5D5FA 1TAYA 5E4PA 1H6MA 1GFJA 1LZDA 3W6CA 1TDYA 1DPXA 4H90A 5KY1A 1YAMA 1B7QA 5IELA 3A3QA 1MELL 1HFZA 4RW2A 3TXFA 1G7LC 4H8XA 3WYHA 2MEGA 1XGRC 1LSAA 3IJUA 4XJGA 1Z55A 1V7TA 3K3TA 1G7JC 3LYMA 5D5CA 3OK0A 1JISA 5FCPA 1QDTA 2GV0A 4ETDA 2Z12A 2F4AA 1IWXA 1GFTA 4NSIA 4XJIA 5IHGA 1LSEA 3T36A 4B0DA 1DKKA 5KXNA 5LYZA 1BVXA 4NG8A 5E9RA 1UA6Y 4RLNA 5APFA 2VB1A 1IC5Y 2W1MA 1F0WA 1GEVA 1LCNA 1GXV2 5DL9A 1GFGA 4H9CA 1JJ3A 4R0FA 1LSPA 132LA 3LZTA 1EQ5A 1B5UA 1W08A 5F16A 1B5VA 2CDSA 1RJCB 1T3PA 1JKCA 1LZNA 3LYOA 2H5ZA 4WLXA 1VDPA 1UIEA 1LHHA 2LYZA 4RW1A 4YF2A 3TMVA 1A2YC 1CNSA 1LHMA 2DQGY 3F6ZA 3EBAB 1GAYA 5F14A 2D4JA 3WPLA 4HPEA 3B72A 4OWAA 1HERA 5LVKA 3B6LA 4KT3A 2HECA 5J7CA 3N9EA 4OOTA 4WL6A 4AXTA 1GXXA 5HLLA 2BQNA 1BB3A 5K7OA 1WTMA 4LT2A 1YKYX 3A92A 1ZV5L 1AM7A 1GB3A 4N8ZA 4A7DA 4J1BA 2Q0MX 5LA8A 4OWCA 3B0KA 2ZWBA 4KPMA 4WLYA 1V7SA 5FSTA 1LZ1A 2W1XA 4H94A 2MEBA 4J7VA 4XJHA 4B4EA 2FBDA 3AGHA 1LJ3A 3W6FA 3RZ4A 2BQFA 4GCCA 2H9KA 1SLYA 1WQMA 1HENA 1CJ7A 3P68A 194LA 4YEOA 1RCMA 4ZEEA 1HFYA 3IWRA 1LSBA 1LJGA 4HJZA 4W94A 1LZRA 4DD1A 5AMYA 4DYGA 1GFUA 1VDSA 1JJ0A 1GB5A 2MEIA 3N9CA 4WM3A 3ZEKA 4ET8A 1BB6A 1UUZC 4IATA 4R6CA 2YDGA 3TXEA 1LMTA 2BQOA 1GF0A 4OWHA 4LFXA 5B59A 5FHWA 1IR8A 1BQLY 1B5XA 1AT6A 1LZ5A 1T6VL 1LSGA 3J4GA 4G4BA 1JWRA 4UWUA 5DM9A 4B1AA 2FYCA 4LYOA 5FELA 1IP6A 2YBHA 3AW6A 1LSNA 4LZTA 4EOFA 2Z2EA 1LJKA 193LA 2HEEA 5HNLA 3CSQA 4CGEA 4CFOA 1YL0X 2CWIA 5L9JA 4YENA 1HNLA 2I25L 1LYSA 1IP7A 1C43A 1CJ9A 5KXSA 2ZIJA 1NBZC 4NHQA 4QEQA 1NMMA 1QUTA 1E8LA 1B7LA 2BAAA 1GBXA 1LZBA 3TXGA 3HFMY 4WG1A 2G4QA 1CJ8A 1B5WA 1JKAA 1HMLA 2A7FA 4DD3A 1HELA 5APCA 3HBHA 2LZTA 4Z3MA 5KKJA 4NEBA 1GHLA 1ZVYB 1IP3A 3AZ7A 1ALCA 3P65A 1AZFA 2Y8PA 1DPWA 1REYA 1VFBC 1LZGA 4NFVA 3W6BA 1GB6A 1YANA 3W3EA 5LA5A 2HTXA 1OQMA 3GXRA 1RE2A 4C3WA 2DQIY 1FLWA 1GEZA 1KIRC 2ZQ4A 4KXIA 1WVVA 1KXWA 3AYQA 4WG7A 1IWZA 1DXJA 5C6JA 5LYTA 2ZIKA 3FI7A 2I26L 1LSMA 1EQEA 1REXA 1PS5A 1IIZA 1UICA 4WL7A 3WUMA 4B4JA 4DT3A 1GE0A 1IORA 1UIFA 2Z39A 5KXMA 3D3DA 3LYZA 4QY9A 4NHSA 3BKHA 1C46A 3EXDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1J1PY 3GUOA 1XEIA 4NGZA 4O34A 4IAPA 172LA 1FBIX 4DDAA 3A96A 160LA 174LA 1CKCA 5F81A 1REZA 227LA 1A4VA 1I20A 1L05A 4NHIA 1WTNA 4YEMA 4HTNA 2Q9EA 4LYMA 205LA 1NDMC 4HSFA 1B7OA 2YBJA 4DD2A 1GE2A 1LHIA 3HDFA 253LA 5KXLA 3AZ6A 2RAZX 3T6UA 1L15A 3C7YA 2I6ZA 251LA 3WPKA 2F2QA 1L85A 2RBPA 1SQ2L 1L98A 3AGGG 4W96A 3NY9A 1GFAA 1LHLA 2MEDA 1P2RA 1EQ4A 4BAFA 214LA 3DN3A 1B0DA 3BKVA 4DAJA 1LI6A 3AJNA 1C6HA 1D9UA 1G0MA 1QUOA 1L32A 1OUAA 2ANXA 4DKLA 4ARQB 2HEBA 1EL1A 5T3FA 1GFRA 1N4FA 1L31A 102LA 2LYMA 1KY0A 3CB7A 5APEA 4NGWA 2OEAX 4WMGA 3AW7A 2H9JA 4H9IA 4FDYA 4WLDA 1OYUA 1L23A 3MGWA 1IP2A 2LZMA 1VEDA 4NGKA 3TMXA 3K2RA 1JJ1A 3DKEX 2MECA 4OW1A 1GE4A 1L74A 3TXIA 4LGKA 247LA 1LKRA 3A3RX 3HUAA 3OE0A 5B1GA 3C7WA 2OE9X 1L41A 4LDEA 2XBRA 4EKPA 4BADA 1CU5A 1DQJC 238LA 2C8PA 239LA 3AB6A 103LA 2WARA 3HT6A 5LVHA 153LA 4WM1A 1J1OY 4PJZA 4I7JA 1F6RA 3TXHA 176LA 3CDRA 1IWUA 1YROA 2RBNA 154LA 216LA 1W6ZA 3CT5A 1GB8A 3QNGA 4IASA 1L44A 1GBYA 1GF8A 1LJHA 2C8OA 1B7PA 2DQFC 4N5RA 2Q9DA 5KXZA 5ILCA 1OP9B 4NGJA 1WQNA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1J1P Y;  4GCB A;  3LZ2 A;  2BQK A;  1C7P A;  1TCY A;  1XEI A;  4NGI A;  4NGZ A;  4O34 A;  1UAC Y;  3W6D A;  2RSC A;  1LZ6 A;  1UCO A;  1YIK A;  4NHP A;  4UWN A;  1FBI X;  1GF5 A;  1TBY A;  5LIO A;  4DDA A;  3A96 A;  5LVG A;  1GBS A;  1LYO A;  1JHL A;  3A93 A;  2Z37 A;  1PZY A;  2HU3 A;  2ZNX Y;  1HSX A;  4UWV A;  1CKC A;  1GB7 A;  1LZS A;  4MR1 A;  1NDG C;  1QTK A;  2AUB A;  1KIP C;  3TXK A;  2ZYP A;  5F81 A;  1KXY A;  4AGA A;  4WO6 A;  1REZ A;  1J1X Y;  1REM A;  1LZE A;  1LZ8 A;  6LYZ A;  3M18 B;  2F30 A;  4ANR A;  1NBY C;  5KXX A;  1A4V A;  3WW6 A;  4LYC A;  4NG1 A;  4DWX A;  1I20 A;  2BQM A;  4NHI A;  1WTN A;  4YEM A;  1I56 A;  1I1Z A;  2MEF A;  1NWG A;  2BLY A;  2FYD A;  4HJV A;  1GF6 A;  1KIQ C;  2DQE Y;  4PPO A;  4HTN A;  1DI5 A;  3WL2 A;  2YBI A;  1IY3 A;  1GBZ A;  5LXW A;  3CT1 A;  4TSC A;  3CT0 A;  4NHT A;  4TWS A;  1OUC A;  4LYM A;  1HEW A;  4WOA A;  2YBN A;  3E3D A;  1AT5 A;  2YBM A;  1NDM C;  1WQP A;  5LYM A;  1H87 A;  1O23 A;  4H1P A;  4NGL A;  4LYZ A;  4HSF A;  1GPQ C;  4ETA A; 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 3N9C A;  4WM3 A;  3ZEK A;  4ET8 A;  1BB6 A;  1UUZ C;  4IAT A;  4R6C A;  2YDG A;  3TXE A;  1LMT A;  2BQO A;  1GF0 A;  4OWH A;  4LFX A;  5B59 A;  5FHW A;  1IR8 A;  1BQL Y;  1B5X A;  1AT6 A;  1LZ5 A;  1T6V L;  1LSG A;  3J4G A;  4G4B A;  1JWR A;  4UWU A;  5DM9 A;  4B1A A;  2FYC A;  4LYO A;  5FEL A;  1IP6 A;  2YBH A;  3AW6 A;  1LSN A;  4LZT A;  4EOF A;  2Z2E A;  1LJK A;  193L A;  2HEE A;  5HNL A;  3CSQ A;  4CGE A;  4CFO A;  1YL0 X;  2CWI A;  5L9J A;  4YEN A;  1HNL A;  2I25 L;  1LYS A;  1IP7 A;  1C43 A;  1CJ9 A;  5KXS A;  2ZIJ A;  1NBZ C;  4NHQ A;  4QEQ A;  1NMM A;  1QUT A;  1E8L A;  1B7L A;  2BAA A;  1GBX A;  1LZB A;  3TXG A;  3HFM Y;  4WG1 A;  2G4Q A;  1CJ8 A;  1B5W A;  1JKA A;  1HML A;  2A7F A;  4DD3 A;  1HEL A;  5APC A;  3HBH A;  2LZT A;  4Z3M A;  5KKJ A;  4NEB A;  1GHL A;  1ZVY B;  1IP3 A;  3AZ7 A;  1ALC A;  3P65 A;  1AZF A;  2Y8P A;  1DPW A;  1REY A;  1VFB C;  1LZG A;  4NFV A;  3W6B A;  1GB6 A;  1YAN A;  3W3E A;  5LA5 A;  2HTX A;  1OQM A;  3GXR A;  1RE2 A;  4C3W A;  2DQI Y;  1FLW A;  1GEZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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