1IWWA

Crystal structure analysis of human lysozyme at 152k.
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Nonlinear temperature dependence of the crystal structure of lysozyme: correlation between coordinate shifts and thermal factors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME C
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 54
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1iwwA00
4MSTA 1IO5A 1LHHA 1LSYA 1VDQA 4CGEA 1LMNA 3B0OA 1XGPC 4AXTA 1QUTA 5IELA 1YROA 5A3ZA 4TTDA 1UIHA 2DQGY 5LA5A 5DL9A 4CFPA 5B06A 3W6DA 1LYSA 1C08C 1IWWA 1HC0A 1GB0A 1GFEA 154LA 1B7LA 1HEQA 4H9CA 1B7PA 3WUNA 1B7MA 1XEJA 1BB6A 2YBNA 2Z2FA 135LA 4XJIA 6LYTA 4X3BA 1JJ3A 2BQLA 4C3WA 1LSZA 2LHMA 1JTPL 1GFVA 3AYQA 3KAMA 1EL1A 3QY4A 1EQ5A 1ALCA 1NMMA 1QDTA 5LYZA 4ANRA 1WQQA 1GAYA 2F30A 3IJUA 5LAGA 1Z55A 5KXLA 5M1YA 1UIAA 4WG1A 2BQGA 207LA 3P4ZA 1JJ0A 4J7VA 1JHLA 1GF9A 2EIZC 1INUA 4NHSA 4WLTA 3CT1A 4NSGA 3T6UA 2WARA 1UUZC 4DD0A 1BHZA 4H9HA 1GE4A 2CGIA 4YF2A 4DD9A 5LVIA 3P64A 4WLYA 2LZ2A 4YOPA 2C8PA 4GN3A 4UWNA 1LSCA 1VDSA 3D3DA 1RFPA 1AT6A 5HNCA 2Q0MX 3GXKA 2FBDA 4NGZA 4HPIA 5C6JA 1HEMA 3RW8A 1TAYA 4L41A 4H8YA 1BVKC 3WVYA 1G7MC 4MCKA 3RNXA 1IR7A 3RZ4A 4H92A 4LT1A 5HMVA 1H87A 1LSGA 5HQ1A 4NWHA 1LHMA 1VDTA 1T3PA 1HERA 4NIJA 1RJCB 2MEHA 2YVBA 3EMSA 4WO9A 1GB9A 5F14A 1IVMA 4J1BA 1OUGA 1LSAA 4NGYA 1J1OY 3N9EA 3W3EA 193LA 1J1XY 1W08A 1GF0A 1J1PY 3A95A 1LCNA 1LZRA 1TCYA 2YBHA 1NWGA 4HV2A 1IC5Y 4WLXA 1GDWA 1NBYC 2BQHA 1ZMYL 2AUBA 2BLXA 1JJ1A 1LZNA 5KKJA 4XENA 1GB7A 2C8OA 4H9EA 4NFVA 4XJFA 5II3A 1FBIX 5FEKA 4LYTA 1GFUA 4J1AA 4WM3A 2F4AA 1AM7A 1GE1A 2Z39A 3WU7A 3A92A 4B4JA 1LSEA 5APFA 4GCCA 1HEOA 1D0MA 1LZ1A 1OUJA 1CKHA 1LAAA 3P65A 1QSWA 5T3FA 4NSJA 2BQCA 4IASA 2N5ZA 2I25L 1LJJA 1GB8A 4DT3A 153LA 3M18B 4LZTA 4CFOA 1GF8A 1OUIA 1WQPA 1B7RA 4H9AA 1LMQA 5FDJA 1LZDA 3K3TA 3TXFA 4Z3MA 5FSTA 5JENB 2G4QA 4HV1A 1WQNA 1HENA 194LA 2BQBA 2EKSC 3WUMA 4ETAA 1QQYA 1LZEA 1UACY 4WM4A 4XYYA 4DD7A 5K7OA 208LA 1IOCA 1HHLA 3A8ZA 3CQLA 1GD6A 1GE3A 1KXYA 3OK0A 1I56A 3TXEA 2Z37A 4NG1A 2XBSA 2XJWA 1XGQC 4OOTA 4WOAA 1CKCA 3TMXA 2MEBA 2ZIKA 5B1FA 2MEEA 2YSSC 5LINA 2B5ZA 4N1EI 5D5CA 5KXPA 1YKXX 3LHMA 4NHQA 1QSAA 2DBTA 2NWDX 1OUHA 4H9FA 1UCOA 4LT3A 3AZ4A 5B07A 5HNLA 1OUDA 1AZFA 2D4KA 1P2CC 1WTNA 3LYZA 5DN4A 3WUAA 4H91A 4LFXA 4NGVA 5EBHA 5F81A 3SP3A 4YEOA 2BQFA 1HSXA 5FCPA 2W1MA 4B4IA 3TXKA 4RDSA 1B5VA 4HPEA 1YILA 1EQEA 3WL2A 4LYMA 1QTEA 1LJFA 4NWEA 4XJHA 4AGAA 1GFRA 4QDNA 1PS5A 4KXIA 4U3XB 1GFGA 7LYZA 1GBZA 2MEAA 1NBZC 4KPMA 1ZVYB 3A90A 2I26L 1NDMC 1B5UA 1HNLA 1YQVY 2DQCY 5AMYA 2PC2A 1IP1A 5ILCA 4DDAA 3A6BY 1GXXA 3WMKA 1IWVA 3OJPA 4GLVA 4GN5C 1LJGA 1TBYA 3AZ7A 5KXYA 2MEIA 4M4OA 4Z41A 1WVUA 3HBEX 1LSBA 1BB4A 4WO6A 5IDDA 5I53A 3AGHA 2FYDA 1JTOL 2F2NA 1IX0A 4TX7A 4DD1A 1LZ9A 5LIOA 5APCA 1B5ZA 1C7PA 3P68A 2BQEA 1REMA 3EO5A 1NKHA 4XJBA 1LMCA 1QUSA 2H9KA 1YAPA 4PGJB 4B49A 1WTMA 1OUBA 2MEDA 3EBAB 1HF4A 4YEMA 1B9OA 1IOTA 1GEVA 1GFJA 1XGTC 1OUEA 1KXWA 1HEWA 4LT2A 5LVJA 5L3IA 2YDGA 3P66A 4ETBA 2HU1A 1IR9A 1IY4A 1B7SA 5LAFA 5B1GA 1HSWA 1TDYA 4OWBA 4Z98A 1XGRC 3AGIA 1B5WA 3N9CA 4PPOA 2G4NA 1BWIA 1LZGA 3WPKA 3FE0A 1LZAA 3WXTA 1B0DA 5DLAA 4DWXA 2CDSA 1QTKA 2D6BA 5DM9A 5KJ9A 1CJ8A 2DQAA 5KXWA 3G3BB 2A7FA 2ZQ4A 4TSCA 4LT0A 5E4PA 2A7DA 134LA 1E8LA 1CJ7A 1IR8A 1HMKA 2ZYPA 1REXA 4G4HA 4B1AA 3A91A 3RT5X 4OWHA 1IC4Y 2Z12A 2FYCA 1DKJA 1NHEA 1KIQC 1IORA 1GB6A 1YKYX 1GAZA 2RSCA 4P2EA 5LVKA 4B4EA 2EQLA 4LYOA 1OP9B 3WPJA 4NGOA 5LXWA 5L3HA 1JPOA 5L9JA 1DZBX 4NGKA 3A34A 1LJHA 1XEIA 3A67Y 1YL0X 4KL7A 2X0AA 4BADA 3TXGA 1W6ZA 1LPIA 2Z38A 1LSNA 1B7QA 4YENA 4ETEA 1IWYA 1YAOA 1LOZA 2H9JA 1PZYA 1LHLA 1IP4A 1IEEA 4B0DA 1GF5A 5I5QA 1FLUA 1C43A 1IIZA 3ATOA 3ZEKA 1LZBA 4Z46A 1XFPL 5D5FA 4UWUA 4NHIA 1KIRC 2CWIA 1IY3A 4OWEA 4GCDA 1FKQA 1GBOA 5DN5A 1YL1X 3CSRA 2Z19A 1T6VL 1V7TA 2EPEA 2IFFY 4IJ4A 5APEA 5C6IA 3TMWA 1OUAA 5F9XA 2W1YA 3WVXA 8LYZA 4II8A 2MEFA 1LHKA 3F6ZA 4N1CC 1FLQA 3GXRA 1O23A 2MEGA 3AZ5A 3MGWA 4OOOA 1YANA 2ZNXY 4IATA 2LYOA 4I8SA 4GN4A 4MR1A 1CKFA 5C6LA 5KKIA 1IP7A 1GBSA 3HFMY 4WM2A 1HMLA 2ZILA 4HP0A 1JKDA 2I6ZA 1UIGA 2H5ZA 1LJIA 1YAMA 1IOQA 2Z2EA 4QEQA 1GFTA 1GFHA 1OUFA 3AGGG 2F4GA 3QE8A 1JKAA 1MELL 2BPUA 1DPXA 1RE2A 1GHLA 4R0FA 4RLMA 1G7IC 4ML7A 5KXSA 4UWVA 2HEEA 1G7LC 1NDGC 3J6KA 4NGIA 4QY9A 1IWTA 1REZA 2CJLA 1UICA 3CSZA 4N0JA 4WM1A 1LYZA 5KXNA 2YBJA 1HFXA 1ZVHL 2HECA 4NGWA 2HEAA 5FELA 1HFYA 1GFKA 1LZ8A 4HJYA 1OUCA 4N9RA 4FDYA 1GB5A 3LZTA 3WPLA 1UIFA 2ZQ3A 3FI7A 4HJZA 1WQRA 2HTXA 3D9AC 5B59A 1FKVA 1B7NA 4DDCA 1D0KA 1RCMA 2BQJA 2BQAA 1LYYA 4H93A 4GCEA 1GEZA 1IP6A 1LKRA 1BB7A 3E3DA 1KIPC 4PJ2C 1F6RA 4DDBA 2YBMA 4OW1A 4LYZA 3A93A 1GBXA 1N4FA 1H6MA 1YKZX 3J4GA 1LZCA 1AKIA 2LZTA 4WM5A 1YIKA 5I4YA 4H94A 4DD3A 2HEFA 1JUGA 2DQIY 3LYTA 4NHTA 5E9RA 5KXRA 4XN6A 4QGZA 1JSFA 1GDXA 3ZVQB 1IP5A 4LYCA 3CT5A 1KXXA 3RU5A 3B72A 4H8XA 4XADA 4J0LA 4PHIA 1UIDA 4HTKA 5HMJA 1QIOA 3HBDA 4RW1A 5LYTA 4NHPA 1WVVA 1FLWA 2DQHY 2FBBA 4WMGA 2D91A 3WW5A 2BAAA 1GXV2 5I4WA 1GB3A 1GFAA 4WLDA 1GF6A 1JKCA 4PRUA 4CJ2A 1GF3A 1JISA 1B2KA 1BB5A 1XEKA 3WYHA 4E3UA 5B05A 3TXDA 5ILFA 3LN2A 5FHWA 2D4JA 3TXBA 2XTHA 1UIBA 3W6CA 1CKGA 1UC0A 1B5YA 4OWAA 4NSIA 4WG7A 1C10A 4H8ZA 3A96A 4TUNA 4D9ZA 4R6CA 1HFZA 4GCBA 1A2YC 3CSQA 1VEDA 3A3QA 4NSHA 1JWRA 1LMAA 1C45A 5KXMA 4A7DA 1OQMA 4LFPA 1G7HC 2W1XA 132LA 1LJ3A 3B0KA 4G9SA 4GLAA 3ZVQA 4ET8A 5KY1A 2DQDY 1LJ4A 2HU3A 5F9UA 4I0CA 1BWJA 1TEWA 3A3RX 2BQNA 1DPWA 1DKKA 1LTMA 2LYMA 1D6QA 1GF4A 3CB7A 2DKVA 4PRQA 4TSBA 3AJNA 1LZYA 5A3EA 1LJNA 1UA6Y 3N9AA 1JSEA 1ZV5L 2W1LA 4FJRA 1SQ2L 2BQDA 3B6LA 3VWOA 2DQEY 3W6BA 3WU8A 1JEFA 2HUBA 1GE0A 1YAQA 1F0WA 4H9IA 1GE2A 1WQOA 1IWUA 1IC7Y 2Y8PA 4LGKA 3TMVA 3A94A 3AB6A 5LA8A 3WW6A 4BAFA 3G3AB 5I54A 3BKVA 1RI8B 4N5RA 1IWZA 3AZ6A 4RLNA 3ULRA 4NG8A 1JTTL 5F16A 1D6PA 4NGJA 133LA 5KXZA 1BGIA 1D0LA 3A6CY 4HSFA 1G7JC 5KXOA 3W6EA 1I1ZA 2HEDA 1GBYA 1LSDA 1REYA 4H1PA 4G4CA 4DC4A 3BKHA 1CJ9A 1JIYA 4EOFA 1LZ5A 1EQ4A 3WXUA 1LJEA 1I20A 1VAUA 1IP2A 3WU9A 4EMNA 4ZFPA 1NQIA 1LSFA 1HELA 4WL6A 2XBRA 1D9UA 4W96A 3LYMA 4RW2A 4WL7A 1LJKA 9LYZA 1LMOA 5J7CA 1JKBA 1IOSA 5I4XA 1LMPA 2Z18A 1CNSA 3HBHA 4NEBA 1LZ4A 1UIEA 1B7OA 3TXHA 4TWSA 1WQMA 2YBLA 2ZNWY 4G49A 4NY5A 5LVGA 3TXIA 2DQJY 1MLCE 1V7SA 5HLLA 4BS7A 3CT0A 1LKSA 2BQKA 4LYBA 1QDRA 2VB1A 2G4PA 4DD2A 1UBZA 4H9BA 5KXTA 1VDPA 4ZIXA 4G4BA 1CKDA 4WM6A 3W6FA 3IJVA 1XSFA 1BB3A 1GWDA 1FLYA 1BVXA 3WH1A 1DQJC 1AT5A 1BQLY 1GBWA 4CHXA 4W94A 1LZTA 4DYGA 3AW6A 1LSPA 4ETDA 3T36A 4KT3A 1XGUC 1IP3A 1HEPA 1LSMA 1LZSA 1SLYA 2ZWBA 4NGLA 1NF5A 4HTQA 4HJVA 4ZEEA 4XJGA 3W6AA 2YBIA 3WULA 1IWXA 3QNGA 2ZIJA 1DI5A 1DI4A 1B5XA 1FN5A 4XJDA 2HEBA 3ATNA 3M3UA 4O34A 1VFBC 4H90A 4M6DA 1LZ6A 1JITA 3LZ2A 4N8ZA 1GPQC 1DI3A 1GB2A 2IHLA 3TMUA 4GCFA 4C5FA 1VATA 1LMTA 3TXJA 5APDA 1F6SA 4YM8A 2D4IA 6LYZA 5KXXA 2DQFC 4ET9A 2ZYCA 2BQMA 2LYZA 5IHGA 1LHJA 1GF7A 2BQOA 2GV0A 4ETCA 1LHIA 1C46A 3IWRA 1FDLY 3AW7A 5LYMA 3LYOA 2MECA 1BWHA 3B0IA 2BLYA 2BQIA 4HTNA 4OWCA 1DXJA 5KXKA 1A4VA 1CJ6A 3EXDA 4BAPA 1F10A 5LVHA 1LYOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2LZMA 1IO5A 1LHHA 1PQIA 1YROA 5A3ZA 1C08C 1IWWA 162LA 1B7LA 1B7PA 3WUNA 1BB6A 4XJIA 1KW7A 4X3BA 4C3WA 1LSZA 1GFVA 3QY4A 2F30A 5KXLA 4WG1A 2BQGA 1JHLA 1GF9A 1CV1A 1QTHA 4YF2A 1DYFA 1L57A 3P64A 2LZ2A 4GN3A 1LSCA 1VDSA 3HDEA 3HT7A 5HNCA 4ARPA 4W58A 1C62A 1IR7A 4H92A 1T3PA 1HERA 1L37A 4I7LA 4GRVA 2MEHA 1GB9A 1C6GA 139LA 1L96A 1J1OY 3NY8A 1J1XY 215LA 1L15A 1GF0A 3A95A 3HWLA 2LCBA 1L77A 4WLXA 2BLXA 5KKJA 2C8OA 1T8GA 1L65A 212LA 3L64A 4LYTA 1GFUA 1AM7A 1SX2A 2Z39A 3C83A 229LA 176LA 1L08A 1LZ1A 221LA 1OV5A 5T3FA 1LJJA 1GB8A 3M18B 4YXAC 1LMQA 3K3TA 167LA 181LA 3DN1A 4HV1A 1HENA 109LA 3WUMA 4DD7A 3A8ZA 1IOCA 3DN6A 1GE3A 3OK0A 1G1WA 5B1FA 2MEEA 5KXPA 1P3NA 1OUHA 1L0KA 140LA 5HNLA 1OUDA 1AZFA 1L31A 1P2CC 3LYZA 2RB2X 1L39A 1L14A 183LA 1L09A 3SP3A 2BQFA 1L12A 2XQOA 3DNAA 4HPEA 1QTEA 4NWEA 4AGAA 113LA 1L89A 2MEAA 3A90A 2I26L 1LW9A 143LA 2DQCY 1HNLA 2PC2A 3GULA 1IWVA 3OJPA 1LJGA 1TBYA 241LA 2MEIA 1LSBA 5IDDA 1JTOL 5LIOA 218LA 108LA 1LMCA 2B6TA 4B49A 1YAPA 3FADA 2MEDA 1IOTA 1CV6A 3RZEA 5LVJA 5L3IA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4MST A;  1IO5 A;  1LHH A;  1LSY A;  1VDQ A;  4CGE A;  1LMN A;  3B0O A;  1XGP C;  4AXT A;  1QUT A;  5IEL A;  1YRO A;  5A3Z A;  4TTD A;  1UIH A;  2DQG Y;  5LA5 A;  5DL9 A;  4CFP A;  5B06 A;  3W6D A;  1LYS A;  1C08 C;  1IWW A;  1HC0 A;  1GB0 A;  1GFE A;  154L A;  1B7L A;  1HEQ A;  4H9C A;  1B7P A;  3WUN A;  1B7M A;  1XEJ A;  1BB6 A;  2YBN A;  2Z2F A;  135L A;  4XJI A;  6LYT A;  4X3B A;  1JJ3 A;  2BQL A;  4C3W A;  1LSZ A;  2LHM A;  1JTP L;  1GFV A;  3AYQ A;  3KAM A;  1EL1 A;  3QY4 A;  1EQ5 A;  1ALC A;  1NMM A;  1QDT A;  5LYZ A;  4ANR A;  1WQQ A;  1GAY A;  2F30 A;  3IJU A;  5LAG A;  1Z55 A;  5KXL A;  5M1Y A;  1UIA A;  4WG1 A;  2BQG A;  207L A;  3P4Z A;  1JJ0 A;  4J7V A;  1JHL A;  1GF9 A;  2EIZ C;  1INU A;  4NHS A;  4WLT A;  3CT1 A;  4NSG A;  3T6U A;  2WAR A;  1UUZ C;  4DD0 A;  1BHZ A;  4H9H A;  1GE4 A;  2CGI A;  4YF2 A;  4DD9 A;  5LVI A;  3P64 A;  4WLY A;  2LZ2 A;  4YOP A;  2C8P A;  4GN3 A;  4UWN A;  1LSC A;  1VDS A;  3D3D A;  1RFP A;  1AT6 A;  5HNC A;  2Q0M X;  3GXK A;  2FBD A;  4NGZ A;  4HPI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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